Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01000140.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig00140, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 904

Length: 1508
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.34


Found at i:243 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 231--271  Score: 75
    Period size: 3  Copynumber: 14.0  Consensus size: 3

        221 TAATAACATA

                                                                   
        231 ATT A-T ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

        272 TTGGTGAAAA


Statistics
Matches: 37,  Mismatches: 0, Indels: 2
        0.95            0.00        0.05

Matches are distributed among these distances:
   2    2  0.05
   3   35  0.95

ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Found at i:1286 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 1274--1314  Score: 75
    Period size: 3  Copynumber: 14.0  Consensus size: 3

       1264 TAATAACATA

                                                                   
       1274 ATT A-T ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

       1315 TTGGTGAAAT


Statistics
Matches: 37,  Mismatches: 0, Indels: 2
        0.95            0.00        0.05

Matches are distributed among these distances:
   2    2  0.05
   3   35  0.95

ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.