Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014088.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14109, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 32652
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.19, T:0.32
Found at i:2001 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1937--2014 Score: 97
Period size: 27 Copynumber: 2.9 Consensus size: 27
1927 GCATTAGGGT
1937 CATTCAAGGGCATTTTGGTCATTTCTTA
1 CATTCAAGGGCATTTTGGTCATTTC-TA
*
1965 CACT-AAGGGCATTTTGGTCATTTGC-A
1 CATTCAAGGGCATTTTGGTCATTT-CTA
* *
1991 CATTCAGGGGCATTTTAGTCATTT
1 CATTCAAGGGCATTTTGGTCATTT
2015 TAAGTCCACT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 4, Indels: 5
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
26 4 0.09
27 36 0.82
28 4 0.09
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.21, T:0.40
Consensus pattern (27 bp):
CATTCAAGGGCATTTTGGTCATTTCTA
Found at i:5264 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 5182--5420 Score: 406
Period size: 55 Copynumber: 4.3 Consensus size: 55
5172 AAAAAGGGGC
*
5182 AATCAGTAATTAAGTAAAAAAGAGATTAGTCAGAGTCAAGGTAATAGTAATCAGTA
1 AATCAGTAATTAAGT-AAAAAGAGATTAATCAGAGTCAAGGTAATAGTAATCAGTA
* *
5238 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAGTCAGAGTCAAGATAATAGTAATCAGTA
1 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAATCAGAGTCAAGGTAATAGTAATCAGTA
* *
5293 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAATTAGAGTTAAGGTAATAGTAATCAGTA
1 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAATCAGAGTCAAGGTAATAGTAATCAGTA
*
5348 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAATCAGAGTTAAGGTAATAGTAATCAGTA
1 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAATCAGAGTCAAGGTAATAGTAATCAGTA
*
5403 AATTAGTAATTAAGTAAA
1 AATCAGTAATTAAGTAAA
5421 TTGGTAATCA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 7, Indels: 1
0.96 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
55 161 0.91
56 15 0.09
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (55 bp):
AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAATCAGAGTCAAGGTAATAGTAATCAGTA
Found at i:5390 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 5238--5379 Score: 85
Period size: 26 Copynumber: 5.2 Consensus size: 26
5228 GTAATCAGTA
5238 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATT
1 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATT
* * * * *
5264 AGTCAG-AGTCAAGATAATAGTAATCAG-TA
1 AATCAGTAATTAAG-TAA-A--AA-GAGATT
5293 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATT
1 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATT
* * * *
5319 AATTAG-AGTTAAGGTAATAGTAATCAG-TA
1 AATCAGTAATTAA-GTAA-A--AA-GAGATT
5348 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATT
1 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATT
5374 AATCAG
1 AATCAG
5380 AGTTAAGGTA
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 18, Indels: 28
0.65 0.14 0.22
Matches are distributed among these distances:
25 14 0.17
26 29 0.35
27 2 0.02
28 2 0.02
29 23 0.27
30 14 0.17
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (26 bp):
AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATT
Found at i:5449 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5408--5618 Score: 172
Period size: 35 Copynumber: 5.8 Consensus size: 35
5398 CAGTAAATTA
* *
5408 GTAATTAAGTAAATTGGTAATCAATTTAATTCGGT
1 GTAATTAAGTAAATTGGTAATTAACTTAATTCGGT
* *
5443 GTAATTAAGTAATTTGGTAGTTAACTTAATTCGGT
1 GTAATTAAGTAAATTGGTAATTAACTTAATTCGGT
* * * *
5478 GAAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTCGTTT
1 GTAATTAAGTAAATTGGTAATTAACTTAATTCG-GT
* * * * *
5514 GGTAATCAACTTAATTCGGTGAAATTAAGTAAATT-GGT
1 -GTAATTAAGTAAATT-GGT--AATTAACTTAATTCGGT
* * * *
5552 AATTAAATTAAGTCATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT
1 --GT-AATTAAGTAAATTGGTAATTAACTTAATTCGGT
* *
5590 GTAATTAAGTAAAGTGGTAATTAAATTAA
1 GTAATTAAGTAAATTGGTAATTAACTTAA
5619 GTAATTTGGT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 33, Indels: 16
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
35 81 0.60
36 2 0.01
37 21 0.16
38 7 0.05
39 5 0.04
40 19 0.14
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
GTAATTAAGTAAATTGGTAATTAACTTAATTCGGT
Found at i:5501 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 5399--5501 Score: 80
Period size: 16 Copynumber: 6.1 Consensus size: 16
5389 AATAGTAATC
*
5399 AGTAAATTAGTAATTA
1 AGTAAATTGGTAATTA
*
5415 AGTAAATTGGTAATCA
1 AGTAAATTGGTAATTA
* *
5431 ATTTAATTCGGTGTAATTA
1 AGTAAATT--G-GTAATTA
* *
5450 AGTAATTTGGTAGTTA
1 AGTAAATTGGTAATTA
* *
5466 ACTTAATTCGGTGAAATTA
1 AGTAAATT-GGT--AATTA
5485 AGTAAATTGGTAATTA
1 AGTAAATTGGTAATTA
5501 A
1 A
5502 ATTAAGTCGT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 15, Indels: 12
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 37 0.56
17 4 0.06
18 4 0.06
19 21 0.32
ACGTcount: A:0.40, C:0.04, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
AGTAAATTGGTAATTA
Found at i:5515 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 5445--5733 Score: 362
Period size: 56 Copynumber: 5.0 Consensus size: 56
5435 AATTCGGTGT
* *
5445 AATTAAGTAATTTGGTAGTTAACTTAATTCGGTGAAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGAAATTAAGTAAATTGGTAATTA
**
5501 AATTAAGTCGTTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGAAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGAAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * *
5557 AATTAAGTCATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAGTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGAAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* **
5613 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAAATTAAGCAAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGAAATTAAGT-AAATT--GGTAATTA
* * *
5672 AATTAAGTAAATTAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGATAAT
1 AA-T---T--A--AGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGAAATTAAGTAAATTGGTAAT
5734 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 16, Indels: 14
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
56 146 0.71
57 4 0.02
59 8 0.04
60 1 0.00
63 1 0.00
64 4 0.02
65 1 0.00
66 4 0.02
67 37 0.18
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGAAATTAAGTAAATTGGTAATTA
Found at i:5519 original size:91 final size:92
Alignment explanation
Indices: 5410--5850 Score: 370
Period size: 91 Copynumber: 4.9 Consensus size: 92
5400 GTAAATTAGT
* * * *
5410 AATTAAGTAAATTGGTAATCAATTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAGTTAACTTAATTC
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTC
5475 GGTGAAATTAAGTAAATT-GGTAATTA
66 GGTGAAATTAAGTAAATTAGGTAATTA
** * * * * *
5501 AATTAAGTCGTTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGAAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTC
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTC
** * * * * * *
5566 ATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT--GT-
66 -GGT-GAAATTAAGTAAATTAGGTAATTA
** * * ** * * * *
5592 AATTAAGTAAAGTGGTAATTAAATTAAGTAATTTG-GTAATCAACTTAATTCGGT--GCAA-TTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA-T--TCGGTGTAATTAA-GTAATTTGGTAATCAACTTA
* * ** *
5653 A----GTAAAATTAAGCAAATTAAATTAAGTA
62 ATTCGGTGAAATTAAGTAAATT-AGGTAATTA
*
5681 AATT-AGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGATAATCAACTTAATTC
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTC
* *
5745 GGTGCAATTAAGT-AATTTGGTAATTA
66 GGTGAAATTAAGTAAATTAGGTAATTA
*
5771 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTC
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTC
*
5836 GGTGTAATTAAGTAA
66 GGTGAAATTAAGTAA
5851 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 62, Indels: 41
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
85 18 0.07
86 9 0.03
87 4 0.01
88 24 0.09
89 4 0.01
90 9 0.03
91 155 0.58
92 15 0.06
93 17 0.06
94 12 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (92 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTC
GGTGAAATTAAGTAAATTAGGTAATTA
Found at i:5559 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5535--5631 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 5.0 Consensus size: 21
5525 TAATTCGGTG
5535 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
1 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
* * *
5556 AAATTAAGTCATTTGGTAATC
1 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
* * *
5577 AACTTAA-T---TCGGT--GT
1 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
*
5592 -AATTAAGTAAAGTGGTAATT
1 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
*
5612 AAATTAAGTAATTTGGTAAT
1 AAATTAAGTAAATTGGTAAT
5632 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 13, Indels: 14
0.67 0.16 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.09
15 1 0.02
17 4 0.07
18 3 0.05
20 2 0.04
21 41 0.73
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
AAATTAAGTAAATTGGTAATT
Found at i:5639 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5592--5639 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
5582 AATTCGGTGT
*
5592 AATTAAGTAAAGTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAAGTGGTAATCA
**
5613 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAAGTGGTAATCA
*
5634 ACTTAA
1 AATTAA
5640 TTCGGTGCAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 23 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAAAGTGGTAATCA
Found at i:5652 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5613--5768 Score: 194
Period size: 35 Copynumber: 4.5 Consensus size: 35
5603 GTGGTAATTA
5613 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGC
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGC
** * * ** *
5648 AATTAAGTAAAAT--TAAGCAAATTAAATTAAGT-A
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTT-AATTCGGTGC
*
5681 AATT-AGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGT
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGC
*
5715 AATTAAGTAATTTGATAATCAACTTAATTCGGTGC
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGC
5750 AATTAAGTAATTTGGTAAT
1 AATTAAGTAATTTGGTAAT
5769 TAAATTAAGT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 17, Indels: 10
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
32 6 0.06
33 18 0.18
34 18 0.18
35 57 0.58
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (35 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGC
Found at i:5777 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 5715--5824 Score: 193
Period size: 56 Copynumber: 2.0 Consensus size: 56
5705 AATTCGGTGT
*
5715 AATTAAGTAATTTGATAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGATAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTA
* *
5771 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAATTTGGTAAT
1 AATTAAGTAATTTGATAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAATTTGGTAAT
5825 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 3, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 51 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (56 bp):
AATTAAGTAATTTGATAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTA
Found at i:5797 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 5750--5937 Score: 117
Period size: 21 Copynumber: 10.0 Consensus size: 19
5740 AATTCGGTGC
5750 AATTAAGTAATTTGGTAATT
1 AATTAAGTAATTTGGTAA-T
5770 AAATTAAGTAATTTGGTAAT
1 -AATTAAGTAATTTGGTAAT
* ** *
5790 CAACT---TAATTCAGT-GT
1 -AATTAAGTAATTTGGTAAT
5806 AATTAAGTAATTTGGTAAT
1 AATTAAGTAATTTGGTAAT
* * *
5825 CAACT---TAATTCGGT-GT
1 -AATTAAGTAATTTGGTAAT
* *
5841 AATTAAGTAATTCGGT-GT
1 AATTAAGTAATTTGGTAAT
* *
5859 AATTAAGTAATTCGGTGA-
1 AATTAAGTAATTTGGTAAT
*
5877 AATTAAGTAAATTGGTAATT
1 AATTAAGTAATTTGGTAA-T
5897 AAATTAAGTAATTTGGTAATT
1 -AATTAAGTAATTTGGTAA-T
*
5918 AAGTTAAGTAGTTTGGTAAT
1 AA-TTAAGTAATTTGGTAAT
5938 TAACTTAATT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 19, Indels: 27
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.04
16 2 0.01
17 15 0.11
18 49 0.36
19 1 0.01
20 10 0.07
21 52 0.39
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (19 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAAT
Found at i:5810 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5771--5963 Score: 190
Period size: 35 Copynumber: 5.3 Consensus size: 35
5761 TTGGTAATTA
* *
5771 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTGT
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGT
*
5806 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGT
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGT
* * *
5841 AATTAAGTAATTCGGTGTAATTAA-GTAATTCGGTGA
1 AATTAAGTAATT-TG-GTAATTAACTTAATTCGGTGT
* * * *
5877 AATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATT
1 AATTAAGTAATTTGGTAATT-AACT---TAATTCGGT--GT
* *
5918 AAGTTAAGTAGTTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGC
1 AA-TTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGT
5954 AATTAAGTAA
1 AATTAAGTAA
5964 ACTGGTAAAT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 18, Indels: 20
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
34 6 0.05
35 56 0.43
36 24 0.18
37 7 0.05
38 8 0.06
39 8 0.06
41 5 0.04
42 16 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGT
Found at i:5938 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5876--5945 Score: 104
Period size: 21 Copynumber: 3.3 Consensus size: 21
5866 TAATTCGGTG
*
5876 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
1 AAATTAAGTAATTTGGTAATT
5897 AAATTAAGTAATTTGGTAATT
1 AAATTAAGTAATTTGGTAATT
* *
5918 AAGTTAAGTAGTTTGGTAATT
1 AAATTAAGTAATTTGGTAATT
*
5939 AACTTAA
1 AAATTAA
5946 TTCGGTGCAA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 45 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
AAATTAAGTAATTTGGTAATT
Found at i:6010 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5971--6044 Score: 96
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
5961 TAAACTGGTA
* *
5971 AATTAAGTAAATCGGTAGTCCA-CTTAATTCGGTGT
1 AATTAAGTAAATCAGTAAT-CAGCTTAATTCGGTGT
* *
6006 AATTAAGTAATTCAGTAATTAGCTTAATTCGGTGT
1 AATTAAGTAAATCAGTAATCAGCTTAATTCGGTGT
6041 AATT
1 AATT
6045 GGGTAAATAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
34 1 0.03
35 33 0.97
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
AATTAAGTAAATCAGTAATCAGCTTAATTCGGTGT
Found at i:6043 original size:148 final size:148
Alignment explanation
Indices: 5678--6044 Score: 384
Period size: 148 Copynumber: 2.5 Consensus size: 148
5668 ATTAAATTAA
* * * * *
5678 GTAAATT-AGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT-TGATAATCAACTTA
1 GTAAATTAAGTAATTCGGTAGTCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTCAG-TAATTAGCTTA
*
5741 ATTCGGTG-----CAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTC
65 ATTCGGTGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTC
* **
5801 AGTGTAATTAAGTAATTTG
130 AGTGCAATTAAGTAAACTG
* * * *
5820 GT-AATCAACTTAATTCGGT-GT-AATTAAGTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTCGGTGAAATTA
1 GTAAATTAA-GTAATTCGGTAGTCAACT---TAATTCGGTGTAATTAAGTAATTCAGT--AATT-
* * * *
5882 AG-TAAATT--G-GTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATTAAGTTAAGTAGTTTGGTAATTAACT
59 AGCTTAATTCGGTGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACT
*
5943 TAATTCGGTGCAATTAAGTAAACTG
124 TAATTCAGTGCAATTAAGTAAACTG
* *
5968 GTAAATTAAGTAAATCGGTAGTCCACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTCAGTAATTAGCTTAA
1 GTAAATTAAGTAATTCGGTAGTCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTCAGTAATTAGCTTAA
6033 TTCGGTGTAATT
66 TTCGGTGTAATT
6045 GGGTAAATAA
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 24, Indels: 36
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
141 6 0.03
142 4 0.02
143 9 0.05
144 27 0.15
145 10 0.06
146 8 0.04
147 28 0.16
148 79 0.44
149 7 0.04
150 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (148 bp):
GTAAATTAAGTAATTCGGTAGTCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTCAGTAATTAGCTTAA
TTCGGTGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCA
GTGCAATTAAGTAAACTG
Found at i:6064 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5993--6064 Score: 90
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
5983 CGGTAGTCCA
* * *
5993 CTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTCAGTAATTAG
1 CTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATAAGTAAATAG
** *
6028 CTTAATTCGGTGTAATTGGGTAAATAATTAAATAG
1 CTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATAAGTAAATAG
6063 CT
1 CT
6065 CAATCCAGAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 31 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
CTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATAAGTAAATAG
Found at i:10657 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 10581--10693 Score: 163
Period size: 46 Copynumber: 2.4 Consensus size: 46
10571 GAATGCTTTG
* *
10581 CAAGAAGCTACCGTATAGAGAATTCCTTCTGAAGATGGCTACTCACA
1 CAAG-AGCTACCGTATAGAGTATTCCTTCTGAAGAAGGCTACTCACA
* * *
10628 CAAGAGCTACCGTATAGAGTATTCTTTCTGAAGAAGGGTGCTCACA
1 CAAGAGCTACCGTATAGAGTATTCCTTCTGAAGAAGGCTACTCACA
*
10674 TAAGAGCTACCGTATAGAGT
1 CAAGAGCTACCGTATAGAGT
10694 TCAAAATGCA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 6, Indels: 1
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
46 56 0.93
47 4 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (46 bp):
CAAGAGCTACCGTATAGAGTATTCCTTCTGAAGAAGGCTACTCACA
Found at i:10918 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 10866--10994 Score: 161
Period size: 36 Copynumber: 3.6 Consensus size: 36
10856 GTGGCATCAG
* *
10866 AGGCCAGCGACATTATAGCCAATTATTGGGTGAC-T
1 AGGCCAGCGGCATTATAGCCAATTATTGGGCGACTT
* *
10901 ATGGCCAGCGGCTTTATAGCCAATTTTTGGGCGACTT
1 A-GGCCAGCGGCATTATAGCCAATTATTGGGCGACTT
* * * *
10938 AGGCCATCAGCATTATAGCCAAATATTAGGCGACTT
1 AGGCCAGCGGCATTATAGCCAATTATTGGGCGACTT
*
10974 AGGCCATCGGCATTATAGCCA
1 AGGCCAGCGGCATTATAGCCA
10995 GAAACAGAGT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 11, Indels: 3
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 1 0.01
36 78 0.96
37 2 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.24, T:0.26
Consensus pattern (36 bp):
AGGCCAGCGGCATTATAGCCAATTATTGGGCGACTT
Found at i:11353 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 11284--11354 Score: 81
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
11274 GTGGTAACAG
* *
11284 TTTGCCAACACCATGTGGAAGATGGTGTACT
1 TTTGACAACACCATGTGGAAGATGGTGTACC
*
11315 TCTTGACAACACCATGTGGAATA-GGATGTACCC
1 T-TTGACAACACCATGTGGAAGATGG-TGTA-CC
11348 TTTGACA
1 TTTGACA
11355 TTGGAAGGAG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 5
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
31 3 0.09
32 29 0.85
33 2 0.06
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (31 bp):
TTTGACAACACCATGTGGAAGATGGTGTACC
Found at i:11410 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 11390--11428 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.6 Consensus size: 15
11380 CGCCATATGC
11390 AAAAAAAAAGCAAAA
1 AAAAAAAAAGCAAAA
* *
11405 AAAAAAAAGGGAAAA
1 AAAAAAAAAGCAAAA
11420 AAAAAAAAA
1 AAAAAAAAA
11429 AAAACTTCAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 21 1.00
ACGTcount: A:0.87, C:0.03, G:0.10, T:0.00
Consensus pattern (15 bp):
AAAAAAAAAGCAAAA
Found at i:11647 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 11563--11771 Score: 192
Period size: 45 Copynumber: 4.6 Consensus size: 45
11553 CTAATCGACC
* *
11563 CCACCACCATGTTGAGAAAAGAGTATAATTCTTGTCATTGGAAGCG
1 CCACCACTATGTTG-GAAGAGAGTATAATTCTTGTCATTGGAAGCG
* *
11609 CCACCACTATGTTGGAAGAGGGTATAATTCTTGCCATTGGAAGCG
1 CCACCACTATGTTGGAAGAGAGTATAATTCTTGTCATTGGAAGCG
* * * ** *
11654 CCACCA-TCATGTTGGAGGAGAGTAAAAATAATGTCGTTGGAAGCG
1 CCACCACT-ATGTTGGAAGAGAGTATAATTCTTGTCATTGGAAGCG
* * * * *
11699 CCACCACCATGCTGGAAGCGCA-TATAAATT-TTATCGTTGGAAGCG
1 CCACCACTATGTTGGAAGAG-AGTAT-AATTCTTGTCATTGGAAGCG
*
11744 CCACCA-TCATGTTGGAAAGAGCGTATAA
1 CCACCACT-ATGTTGG-AAGAGAGTATAA
11772 ATTTTTTTGA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 24, Indels: 15
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.01
45 107 0.81
46 24 0.18
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (45 bp):
CCACCACTATGTTGGAAGAGAGTATAATTCTTGTCATTGGAAGCG
Found at i:11725 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 11595--11759 Score: 233
Period size: 90 Copynumber: 1.8 Consensus size: 90
11585 GTATAATTCT
* * ** *
11595 TGTCATTGGAAGCGCCACCACTATGTTGGAAGAGGGTAT-AATTCTTGCCATTGGAAGCGCCACC
1 TGTCATTGGAAGCGCCACCACCATGCTGGAAGAGCATATAAATT-TTACCATTGGAAGCGCCACC
11659 ATCATGTTGGAGGAGAGTAAAAATAA
65 ATCATGTTGGAGGAGAGTAAAAATAA
* * * *
11685 TGTCGTTGGAAGCGCCACCACCATGCTGGAAGCGCATATAAATTTTATCGTTGGAAGCGCCACCA
1 TGTCATTGGAAGCGCCACCACCATGCTGGAAGAGCATATAAATTTTACCATTGGAAGCGCCACCA
11750 TCATGTTGGA
66 TCATGTTGGA
11760 AAGAGCGTAT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 9, Indels: 2
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
90 61 0.94
91 4 0.06
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.26, T:0.25
Consensus pattern (90 bp):
TGTCATTGGAAGCGCCACCACCATGCTGGAAGAGCATATAAATTTTACCATTGGAAGCGCCACCA
TCATGTTGGAGGAGAGTAAAAATAA
Found at i:11818 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 11790--11843 Score: 108
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
11780 GATTGGAGGC
11790 GCGCATATAAATTTTATCGTTGGAA
1 GCGCATATAAATTTTATCGTTGGAA
11815 GCGCATATAAATTTTATCGTTGGAA
1 GCGCATATAAATTTTATCGTTGGAA
11840 GCGC
1 GCGC
11844 CACCATCATG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 29 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.22, T:0.33
Consensus pattern (25 bp):
GCGCATATAAATTTTATCGTTGGAA
Found at i:11882 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 11711--11889 Score: 349
Period size: 99 Copynumber: 1.8 Consensus size: 99
11701 ACCACCATGC
*
11711 TGGAAGCGCATATAAATTTTATCGTTGGAAGCGCCACCATCATGTTGGAAAGAGCGTATAAATTT
1 TGGAAGCGCATATAAATTTTATCGTTGGAAGCGCCACCATCATGTTGGAAAGAGCGTATAAAGTT
11776 TTTTGATTGGAGGCGCGCATATAAATTTTATCGT
66 TTTTGATTGGAGGCGCGCATATAAATTTTATCGT
11810 TGGAAGCGCATATAAATTTTATCGTTGGAAGCGCCACCATCATGTTGGAAAGAGCGTATAAAGTT
1 TGGAAGCGCATATAAATTTTATCGTTGGAAGCGCCACCATCATGTTGGAAAGAGCGTATAAAGTT
11875 TTTTGATTGGAGGCG
66 TTTTGATTGGAGGCG
11890 TCACCATCAT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
99 79 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.25, T:0.32
Consensus pattern (99 bp):
TGGAAGCGCATATAAATTTTATCGTTGGAAGCGCCACCATCATGTTGGAAAGAGCGTATAAAGTT
TTTTGATTGGAGGCGCGCATATAAATTTTATCGT
Found at i:11947 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 11899--11957 Score: 68
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
11889 GTCACCATCA
** *
11899 TGTTGGAAGTGAGTATAGGTTTTGTC
1 TGTTGGAAGTGAGTATAAATTTTATC
11925 TGTTGGAAGTGCA-TATAAATTTTATC
1 TGTTGGAAGTG-AGTATAAATTTTATC
11951 -GTTGGAA
1 TGTTGGAA
11958 ACGCCACCGT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 3
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
25 7 0.24
26 21 0.72
27 1 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.05, G:0.29, T:0.41
Consensus pattern (26 bp):
TGTTGGAAGTGAGTATAAATTTTATC
Found at i:11953 original size:118 final size:118
Alignment explanation
Indices: 11808--12054 Score: 424
Period size: 118 Copynumber: 2.1 Consensus size: 118
11798 AAATTTTATC
*
11808 GTTGGAAGCGCATATAAATTTTATCGTTGGAAGCGCCACCATCATGTTGGAAAGAGCGTATAAAG
1 GTTGGAAGCGCATATAAATTTTATCGTTGGAAACGCCACCATCATGTTGGAAAGAGCGTATAAA-
11873 TTTTT-TGATTGGAGGCGTCACCATCATGTTGGAAGTGAGTATAGGTTTTGTCT
65 TTTTTGTGATTGGAGGCGTCACCATCATGTTGGAAGTGAGTATAGGTTTTGTCT
* *
11926 GTTGGAAGTGCATATAAATTTTATCGTTGGAAACGCCACCGTCATGTTGGAAAGAGCGTATAAAT
1 GTTGGAAGCGCATATAAATTTTATCGTTGGAAACGCCACCATCATGTTGGAAAGAGCGTATAAAT
*
11991 TTTTGTGATTGGAGGCGTCGCCATCATGTTGGAAGTGAGTATAGGTTTTGTCT
66 TTTTGTGATTGGAGGCGTCACCATCATGTTGGAAGTGAGTATAGGTTTTGTCT
* *
12044 ATGGGAAGCGC
1 GTTGGAAGCGC
12055 CAACACCATG
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 7, Indels: 2
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
117 5 0.04
118 116 0.96
ACGTcount: A:0.26, C:0.13, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (118 bp):
GTTGGAAGCGCATATAAATTTTATCGTTGGAAACGCCACCATCATGTTGGAAAGAGCGTATAAAT
TTTTGTGATTGGAGGCGTCACCATCATGTTGGAAGTGAGTATAGGTTTTGTCT
Found at i:12120 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 11938--12167 Score: 190
Period size: 46 Copynumber: 5.1 Consensus size: 42
11928 TGGAAGTGCA
* * * *
11938 TATAAATTTTATCGTTGGAAACGCCACCGTCATGTTGGAAAGAGCG
1 TATAAATTTTGTCATTGGAAGCGCCA-C--CATGTTGG-AAGAGGG
* * * * *
11984 TATAAATTTTTGTGATTGGAGGCGTCGCCATCATGTTGGAAGTGAG
1 TATAAA-TTTTGTCATTGGA--AG-CGCCACCATGTTGGAAGAGGG
** *
12030 TATAGGTTTTGTCTATGGGAAGCGCCAACACCATGTTGGAAGAGGG
1 TATAAATTTTGTC-ATTGGAAGCG-C--CACCATGTTGGAAGAGGG
*
12076 TATAAATTTTGTCATTGGAAGCGCCACCATGTTGGAAGACGG
1 TATAAATTTTGTCATTGGAAGCGCCACCATGTTGGAAGAGGG
* *
12118 TATAATTTTTGTCATTGGAAGCATCACCACCATGTTGGAAGAGGG
1 TATAAATTTTGTCATTGGAAG---CGCCACCATGTTGGAAGAGGG
12163 TATAA
1 TATAA
12168 TTCTCATTGT
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 23, Indels: 23
0.77 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
42 37 0.25
43 2 0.01
44 3 0.02
45 39 0.26
46 46 0.31
47 18 0.12
50 5 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.27, T:0.30
Consensus pattern (42 bp):
TATAAATTTTGTCATTGGAAGCGCCACCATGTTGGAAGAGGG
Found at i:12165 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 11968--12169 Score: 221
Period size: 46 Copynumber: 4.5 Consensus size: 45
11958 ACGCCACCGT
* * * * *
11968 CATGTTGGAAAGAGCGTATAAATTTTTGTGATTGGAGGCGTCGCCAT
1 CATGTTGG-AAGAGGGTAT-AATTTTTGTCATTGGAAGCGTCACCAC
* * ** * * *
12015 CATGTTGGAAGTGAGTATAGGTTTTGTCTATGGGAAGCGCCAACAC
1 CATGTTGGAAGAGGGTATAATTTTTGTC-ATTGGAAGCGTCACCAC
*
12061 CATGTTGGAAGAGGGTATAAATTTTGTCATTGGAAGCG---CCAC
1 CATGTTGGAAGAGGGTATAATTTTTGTCATTGGAAGCGTCACCAC
* *
12103 CATGTTGGAAGACGGTATAATTTTTGTCATTGGAAGCATCACCAC
1 CATGTTGGAAGAGGGTATAATTTTTGTCATTGGAAGCGTCACCAC
12148 CATGTTGGAAGAGGGTATAATT
1 CATGTTGGAAGAGGGTATAATT
12170 CTCATTGTTG
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 10
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
42 38 0.29
45 41 0.32
46 43 0.33
47 8 0.06
ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (45 bp):
CATGTTGGAAGAGGGTATAATTTTTGTCATTGGAAGCGTCACCAC
Found at i:12181 original size:45 final size:41
Alignment explanation
Indices: 12058--12169 Score: 161
Period size: 42 Copynumber: 2.6 Consensus size: 41
12048 GAAGCGCCAA
*
12058 CACCATGTTGGAAGAGGGTATAAATTTTGTCATTGGAAGCGC
1 CACCATGTTGGAAGAGGGTAT-AATTTTGTCATTGGAAGCAC
*
12100 CACCATGTTGGAAGACGGTATAATTTTTGTCATTGGAAGCATCAC
1 CACCATGTTGGAAGAGGGTATAA-TTTTGTCATTGGAAG---CAC
12145 CACCATGTTGGAAGAGGGTATAATT
1 CACCATGTTGGAAGAGGGTATAATT
12170 CTCATTGTTG
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 3, Indels: 6
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.03
42 35 0.56
44 2 0.03
45 24 0.38
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.26, T:0.29
Consensus pattern (41 bp):
CACCATGTTGGAAGAGGGTATAATTTTGTCATTGGAAGCAC
Found at i:12299 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 12245--12398 Score: 211
Period size: 50 Copynumber: 3.0 Consensus size: 50
12235 ATATGATAAG
* * *
12245 TTTCCAACACCATATAGAACTTCCAGCTATATGAAACAACAACGATAATC
1 TTTCCAACACCATATGGAACTTCCAACTATATGAAACAACAACGACAATC
12295 TTTCCAACACCATATGGAACTTCCAACTATATGAAGCTAACAACAACGACAATC
1 TTTCCAACACCATATGGAACTTCCAACTATATG-A---AACAACAACGACAATC
* * *
12349 -TTCCAACACCATATGGAATTTCCAACTATGTGAAACAGCAACGACAATC
1 TTTCCAACACCATATGGAACTTCCAACTATATGAAACAACAACGACAATC
12398 T
1 T
12399 GATATTCCAA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 6, Indels: 10
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
49 15 0.16
50 31 0.33
51 1 0.01
52 1 0.01
53 30 0.32
54 15 0.16
ACGTcount: A:0.40, C:0.27, G:0.10, T:0.23
Consensus pattern (50 bp):
TTTCCAACACCATATGGAACTTCCAACTATATGAAACAACAACGACAATC
Found at i:12633 original size:26 final size:28
Alignment explanation
Indices: 12576--12633 Score: 66
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
12566 TTTTTTTTTT
* * *
12576 TAAAGCTGCATAGGCTGTAGTAGGCGTTG
1 TAAAGCTGCAAAGGC-GTAGTAGGCATAG
12605 TAAAGCTGCAAAGGC-T-GTAGGCATAG
1 TAAAGCTGCAAAGGCGTAGTAGGCATAG
12631 TAA
1 TAA
12634 GCCTCTTTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 3
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
26 11 0.42
27 1 0.04
29 14 0.54
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.31, T:0.24
Consensus pattern (28 bp):
TAAAGCTGCAAAGGCGTAGTAGGCATAG
Found at i:12782 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 12647--13097 Score: 539
Period size: 40 Copynumber: 11.5 Consensus size: 40
12637 TCTTTTTTTA
*
12647 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCATTT-T
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
* * * * *
12686 TTTAAAGCTGCATAGGCTATAGGCGTTGTACGCC--CTC-
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
* *
12723 TTTCAAGCTACATTGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
12763 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTT-T
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
* * *
12802 TTTTAAAGCTGCATAGGCTATAGGCATTGTACGCC--CTC-
1 TTTT-AAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
* * *
12840 TTTCAAGCTACATTGGCTATAGACATTGTAAGCCTTTTCT
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
* * *
12880 TTTTAAACTGCATAGGCTATAGGCATTGTAAGTCTTTT-T
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
* * * *
12919 TTTTAAAGCTGCATAGGCTATAGGCGTTGTACGCC--CTC-
1 TTTT-AAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
* **
12957 TTTCAAGCTACATTTGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
12997 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
* *
13037 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCACTGTAAGCCTTTTTTT
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCC-TTTTCT
*
13078 TTTTAAAGCTGCATAGGCTA
1 TTTT-AAGCTACATAGGCTA
13098 GAAGTGTCAA
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 46, Indels: 29
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
37 81 0.23
38 8 0.02
39 46 0.13
40 192 0.55
41 9 0.03
42 14 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (40 bp):
TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
Found at i:12840 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 12647--13066 Score: 727
Period size: 117 Copynumber: 3.6 Consensus size: 117
12637 TCTTTTTTTA
* *
12647 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCC-ATTTTTTTAAAGCTGCATAGGCTATAGGCG
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTTTTTTAAAGCTGCATAGGCTATAGGCA
12711 TTGTACGCCCTCTTTCAAGCTACATTGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
66 TTGTACGCCCTCTTTCAAGCTACATTGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
12763 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTTTTTTAAAGCTGCATAGGCTATAGGCA
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTTTTTTAAAGCTGCATAGGCTATAGGCA
*
12828 TTGTACGCCCTCTTTCAAGCTACATTGGCTATAGACATTGTAAGCCTTTTCT
66 TTGTACGCCCTCTTTCAAGCTACATTGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
* * * *
12880 TTTTAAACTGCATAGGCTATAGGCATTGTAAGTCTTTTTTTTTAAAGCTGCATAGGCTATAGGCG
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTTTTTTAAAGCTGCATAGGCTATAGGCA
*
12945 TTGTACGCCCTCTTTCAAGCTACATTTGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
66 TTGTACGCCCTCTTTCAAGCTACATTGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
*
12997 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCTTTTT-AAGCTACATAGGCTATAGGC
1 TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTT-TTTTTAAAGCTGCATAGGCTATAGGC
*
13061 ACTGTA
65 ATTGTA
13067 AGCCTTTTTT
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 15, Indels: 3
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
116 34 0.12
117 248 0.86
118 5 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (117 bp):
TTTTAAGCTACATAGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTTTTTTAAAGCTGCATAGGCTATAGGCA
TTGTACGCCCTCTTTCAAGCTACATTGGCTATAGGCATTGTAAGCCTTTTCT
Found at i:13202 original size:109 final size:107
Alignment explanation
Indices: 13104--13323 Score: 327
Period size: 107 Copynumber: 2.1 Consensus size: 107
13094 GCTAGAAGTG
* * **
13104 TCAACAAGGAGGGGCACTCCAGGAGGTGCAATCAGTGCAACACTCCTAAGGGTGCA-TTGCTCCA
1 TCAACAAGGAAGGGCACTCCAGGAGGTGCAACCAGTGCAACACTCCTAAGGGTGCACTCACTCCA
*
13168 AGTCAAAATATA-ATTTTTTTTAATGGGCTACATAGTCCAGAA
66 AGTCAAAATATAGA-TTTTTTTAATGGGCTACATAGGCCAGAA
* * ** *
13210 TCATCAAGGAAGGGCACTCCTGGAGGTGCAACCAGTGCAGTACTCCTATGGGTGCACTCACTCCA
1 TCAACAAGGAAGGGCACTCCAGGAGGTGCAACCAGTGCAACACTCCTAAGGGTGCACTCACTCCA
13275 AGTCAAAATATAGATTTTTTTAATGGGCTACATAGGCCAGAA
66 AGTCAAAATATAGATTTTTTTAATGGGCTACATAGGCCAGAA
13317 TCAACAA
1 TCAACAA
13324 AAGGAAAGGC
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 11, Indels: 3
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
106 49 0.49
107 51 0.50
108 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.22, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (107 bp):
TCAACAAGGAAGGGCACTCCAGGAGGTGCAACCAGTGCAACACTCCTAAGGGTGCACTCACTCCA
AGTCAAAATATAGATTTTTTTAATGGGCTACATAGGCCAGAA
Found at i:13749 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13726--13761 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
13716 CCATCATTTT
*
13726 TGTCAGCAGCTCCTGATC
1 TGTCAGCAACTCCTGATC
*
13744 TGTCAGCAACTTCTGATC
1 TGTCAGCAACTCCTGATC
13762 ATGTGCAACA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.31, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (18 bp):
TGTCAGCAACTCCTGATC
Found at i:25053 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 25033--25081 Score: 62
Period size: 8 Copynumber: 6.0 Consensus size: 8
25023 TTAAAGTAAG
25033 TTGAAGCAA
1 TTGAAG-AA
*
25042 TTGAATAA
1 TTGAAGAA
25050 TTGAAGAA
1 TTGAAGAA
*
25058 TTGAAGCA
1 TTGAAGAA
25066 TTGAAGAA
1 TTGAAGAA
*
25074 TTGGAGAA
1 TTGAAGAA
25082 GGACCACCCT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 1
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
8 30 0.86
9 5 0.14
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.24, T:0.27
Consensus pattern (8 bp):
TTGAAGAA
Found at i:25075 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 25033--25081 Score: 73
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
25023 TTAAAGTAAG
*
25033 TTGAAGCAATTGAATAATTGAAGAA
1 TTGAAGCAATTGAAGAATTGAAGAA
*
25058 TTGAAGC-ATTGAAGAATTGGAGAA
1 TTGAAGCAATTGAAGAATTGAAGAA
25082 GGACCACCCT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 15 0.68
25 7 0.32
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.24, T:0.27
Consensus pattern (25 bp):
TTGAAGCAATTGAAGAATTGAAGAA
Found at i:25160 original size:73 final size:74
Alignment explanation
Indices: 24989--25247 Score: 256
Period size: 75 Copynumber: 3.5 Consensus size: 74
24979 ATCGATAATA
* * * *
24989 AATTGAAGAATTGAAGAAAGATCACCCTAGATCA--TTAAAGTAAGTTGAAGCAATTGAATAATT
1 AATTGAAGAATTGAAGAAAGACCACCCTAGATCATTTTAAAATAAATTGAAGC-ATTGGA-AATT
25052 GAAGAATTGAAG
64 -AAGAATTGAAG
* * * * *
25064 CATTGAAGAATTGGAGAAGGACCACCCTAAATCATTTTAAAATAAATTGAAGCATCGGAAA-T-A
1 AATTGAAGAATTGAAGAAAGACCACCCTAGATCATTTTAAAATAAATTGAAGCATTGGAAATTAA
*
25127 GATTTTGAAG
66 GA-ATTGAAG
* * * * *
25137 AATTGAGGAATTGAAGAAAGACCACCCTTGATCATTCTGAAATAAATTGAAGCATTGGAATTTGA
1 AATTGAAGAATTGAAGAAAGACCACCCTAGATCATTTTAAAATAAATTGAAGCATTGGAAATT-A
*
25202 AGAATTGGAG
65 AGAATTGAAG
** ** *
25212 AATAAAAGAATCAAAGAAAGACCACCCTCGATCATT
1 AATTGAAGAATTGAAGAAAGACCACCCTAGATCATT
25248 GACGTAAATT
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 28, Indels: 12
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
72 3 0.02
73 57 0.38
74 2 0.01
75 66 0.44
76 7 0.05
77 15 0.10
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (74 bp):
AATTGAAGAATTGAAGAAAGACCACCCTAGATCATTTTAAAATAAATTGAAGCATTGGAAATTAA
GAATTGAAG
Found at i:25293 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 25002--25285 Score: 199
Period size: 73 Copynumber: 3.8 Consensus size: 75
24992 TGAAGAATTG
* * *
25002 AAGAAAGATCACCCTAGATCA-T-T-AAAGTAAGTTGAAGCAATTGAATAATTGAAGAATTGAAG
1 AAGAAAGACCACCCTCGATCATTCTGAAA-TAAATTGAAGC-ATTGAA-AATTGAAGAATTGAAG
* ** **
25064 CATTGAAGAATTG
63 AATAAAAGAATCA
* * ** * * * * *
25077 GAGAAGGACCACCCTAAATCATTTTAAAATAAATTGAAGCATCGGAAA-T--AGATTTTGAAGAA
1 AAGAAAGACCACCCTCGATCATTCTGAAATAAATTGAAGCATTGAAAATTGAAGA-ATTGAAGAA
** * **
25139 TTGAGGAATTG
65 TAAAAGAATCA
* * * *
25150 AAGAAAGACCACCCTTGATCATTCTGAAATAAATTGAAGCATTGGAATTTGAAGAATTGGAGAAT
1 AAGAAAGACCACCCTCGATCATTCTGAAATAAATTGAAGCATTGAAAATTGAAGAATTGAAGAAT
25215 AAAAGAATCA
66 AAAAGAATCA
**
25225 AAGAAAGACCACCCTCGATCA-T-TGACGTAAATTGAAGCATTGAACAATTGAA-AGATTGAAG
1 AAGAAAGACCACCCTCGATCATTCTGAAATAAATTGAAGCATTGAA-AATTGAAGA-ATTGAAG
25286 TATTAAAATA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 31, Indels: 19
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
72 3 0.02
73 77 0.46
74 15 0.09
75 52 0.31
76 8 0.05
77 11 0.07
78 3 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (75 bp):
AAGAAAGACCACCCTCGATCATTCTGAAATAAATTGAAGCATTGAAAATTGAAGAATTGAAGAAT
AAAAGAATCA
Found at i:25393 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 25359--25796 Score: 168
Period size: 30 Copynumber: 14.6 Consensus size: 29
25349 ATTAATGGAG
*
25359 GAATTGAAGAATGGAAATTGAACAATTGAA
1 GAATTGAAGAATTGAAATTGAA-AATTGAA
25389 GAATTGAA-ACATTGAAATACTG-AAATTGAA
1 GAATTGAAGA-ATTGAAAT--TGAAAATTGAA
** *
25419 TCATTGAAGAATTGCAATTGAAACATTGAA
1 GAATTGAAGAATTGAAATTGAAA-ATTGAA
25449 GAATTGAAATTGAAGCATTGGAATATTG-AAATTGAA
1 GAATTG-AA--G-A--ATT-GAA-ATTGAAAATTGAA
*
25485 -ACATTGAAGAATTGAATTTGAAGAATTG-A
1 GA-ATTGAAGAATTGAAATTGAA-AATTGAA
*
25514 G-ATTGAAGCATTGAAATATTG-AAATTGAA
1 GAATTGAAGAATTG-AA-ATTGAAAATTGAA
* * * *
25543 -AGAGTGAATAATTGAATTTGAAACACTGAA
1 GA-ATTGAAGAATTGAAATTGAAA-ATTGAA
*
25573 GGATT---GAATT----TTGAAGAATTG-A
1 GAATTGAAGAATTGAAATTGAA-AATTGAA
*
25595 -AATTGAAGCATTGAAATTG-AAATTG-A
1 GAATTGAAGAATTGAAATTGAAAATTGAA
** *
25621 GGCTTGAAGAATTGAAATTGAAACACTATAGGATT
1 GAATTGAAGAATTGAAATTGAAA-A-T-T--GA-A
* * * *
25656 GAATTTAAAGAAATGAAATCGAAGCATTGAA
1 GAA-TTGAAGAATTGAAATTGAA-AATTGAA
25687 -ACATTGAAGAATTGAAATTGAAACATTGAA
1 GA-ATTGAAGAATTGAAATTGAAA-ATTGAA
*
25717 -ATATTGAA-ATATTGAAATTGAAGGATTGAA
1 GA-ATTGAAGA-ATTGAAATTGAA-AATTGAA
25747 GAATTG-A-AATTGAAGTATTGAAGAATTGAAA
1 GAATTGAAGAATTGAA--ATTGAA-AATTG-AA
25778 GAAACATTGAAGAATTGAA
1 G--A-ATTGAAGAATTGAA
25797 GCATTGAAGA
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 39, Indels: 110
0.68 0.08 0.24
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.01
22 1 0.00
23 8 0.03
24 5 0.02
26 6 0.02
27 21 0.07
28 35 0.11
29 20 0.06
30 136 0.44
31 10 0.03
32 5 0.02
33 4 0.01
34 6 0.02
35 6 0.02
36 37 0.12
37 4 0.01
38 4 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (29 bp):
GAATTGAAGAATTGAAATTGAAAATTGAA
Found at i:25415 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 25375--25543 Score: 154
Period size: 22 Copynumber: 7.7 Consensus size: 22
25365 AAGAATGGAA
*
25375 ATTGAACAATTGAAGAATTGAAAC
1 ATTGAAGAATTG-A-AATTGAAAC
* *
25399 ATTGAA-ATACTGAAATTGAATC
1 ATTGAAGA-ATTGAAATTGAAAC
*
25421 ATTGAAGAATTGCAATTGAAAC
1 ATTGAAGAATTGAAATTGAAAC
*
25443 ATTGAAGAATTGAAATTGAAGC
1 ATTGAAGAATTGAAATTGAAAC
*
25465 ATTGGAA-TATTGAAATTGAAAC
1 ATT-GAAGAATTGAAATTGAAAC
*
25487 ATTGAAGAATTGAATTTGAAGA-
1 ATTGAAGAATTGAAATTGAA-AC
*
25509 ATTG-AG-ATTGAAGCATTGAAAT
1 ATTGAAGAATTGAA--ATTGAAAC
25531 ATTG-A-AATTGAAA
1 ATTGAAGAATTGAAA
25544 GAGTGAATAA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 12, Indels: 22
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.06
21 6 0.05
22 95 0.77
23 7 0.06
24 9 0.07
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (22 bp):
ATTGAAGAATTGAAATTGAAAC
Found at i:25426 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 25360--25817 Score: 132
Period size: 14 Copynumber: 33.4 Consensus size: 14
25350 TTAATGGAGG
*
25360 AATTGAAGAATGGA
1 AATTGAAGAATTGA
*
25374 AATTGAACAATTGAA
1 AATTGAAGAATTG-A
25389 GAATTGAA-ACATTGA
1 -AATTGAAGA-ATTGA
25404 AATACTG-A-AATTGA
1 AAT--TGAAGAATTGA
*
25418 ATCATTGAAGAATTGC
1 A--ATTGAAGAATTGA
25434 AATT---GAA---A
1 AATTGAAGAATTGA
*
25442 CATTGAAGAATTGA
1 AATTGAAGAATTGA
*
25456 AATTGAAGCATTGGA
1 AATTGAAGAATT-GA
25471 ATATTG-A-AATTGAA
1 A-ATTGAAGAATTG-A
25485 ACATTGAAGAATTGA
1 A-ATTGAAGAATTGA
*
25500 ATTTGAAGAATTGA
1 AATTGAAGAATTGA
* *
25514 GATTGAAGCATTGA
1 AATTGAAGAATTGA
25528 AA-T-----ATTGA
1 AATTGAAGAATTGA
*
25536 AATTGAA-AGAGTGAA
1 AATTGAAGA-ATTG-A
*
25551 TAATTG-A-ATTTGAA
1 -AATTGAAGAATTG-A
* *
25565 ACACTGAAGGATTGA
1 A-ATTGAAGAATTGA
*
25580 ATTTTGAAGAATTGA
1 A-ATTGAAGAATTGA
*
25595 AATTGAAGCATTGA
1 AATTGAAGAATTGA
25609 AATTG-A-AATTGA
1 AATTGAAGAATTGA
**
25621 GGCTTGAAGAATTGA
1 -AATTGAAGAATTGA
*
25636 AATTGAA-ACACT--
1 AATTGAAGA-ATTGA
*
25648 -A-T--AGGATTGA
1 AATTGAAGAATTGA
* * *
25658 ATTTAAAGAAATGA
1 AATTGAAGAATTGA
* *
25672 AATCGAAGCATTGAA
1 AATTGAAGAATTG-A
25687 ACATTGAAGAATTGA
1 A-ATTGAAGAATTGA
25702 AATTGAA-ACATTGAA
1 AATTGAAGA-ATTG-A
25717 ATATTGAA-ATATTGA
1 A-ATTGAAGA-ATTGA
25732 AATTGAAG----G-
1 AATTGAAGAATTGA
25741 -ATTGAAGAATTGA
1 AATTGAAGAATTGA
*
25754 AATTGAAGTATTGAA
1 AATTGAAGAATTG-A
25769 GAATTGAAAGAA---A
1 -AATTG-AAGAATTGA
*
25782 CATTGAAGAATTGA
1 AATTGAAGAATTGA
*
25796 AGCATTGAAGATTTGA
1 A--ATTGAAGAATTGA
25812 AATTGA
1 AATTGA
25818 GGCATTGAAT
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 50, Indels: 124
0.66 0.10 0.25
Matches are distributed among these distances:
8 20 0.06
9 1 0.00
10 2 0.01
11 12 0.04
12 11 0.03
13 10 0.03
14 150 0.45
15 45 0.14
16 77 0.23
17 4 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (14 bp):
AATTGAAGAATTGA
Found at i:25444 original size:44 final size:42
Alignment explanation
Indices: 25375--25645 Score: 208
Period size: 44 Copynumber: 6.5 Consensus size: 42
25365 AAGAATGGAA
*
25375 ATTGAACAATTGAAGAATTGAAACATTGAAATACTGAAATTGAATC
1 ATTGAAGAATTG-A-AATTGAAACATTGAAA-A-TGAAATTGAATC
* *
25421 ATTGAAGAATTGCAATTGAAACATTGAAGAATTGAAATTGAAGC
1 ATTGAAGAATTGAAATTGAAACATTGAA-AA-TGAAATTGAATC
*
25465 ATTGGAA-TATTGAAATTGAAACATTG--AA-G-AATTGAAT-
1 ATT-GAAGAATTGAAATTGAAACATTGAAAATGAAATTGAATC
* * **
25502 -TTGAAGAATTGAGATTGAAGCATTGAAATATTGAAATTGAAAG
1 ATTGAAGAATTGAAATTGAAACATTGAAA-A-TGAAATTGAATC
* * * * *
25545 AGTGAATAATTGAATTTGAAACACTG--AA-G-GATTGAAT-
1 ATTGAAGAATTGAAATTGAAACATTGAAAATGAAATTGAATC
* * * **
25582 TTTGAAGAATTGAAATTGAAGCATTGAAATTGAAATTGAGGC
1 ATTGAAGAATTGAAATTGAAACATTGAAAATGAAATTGAATC
25624 -TTGAAGAATTGAAATTGAAACA
1 ATTGAAGAATTGAAATTGAAACA
25646 CTATAGGATT
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 30, Indels: 37
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
35 3 0.02
36 18 0.10
37 20 0.11
38 14 0.08
39 4 0.02
40 1 0.01
41 30 0.17
42 8 0.04
44 66 0.37
45 4 0.02
46 11 0.06
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (42 bp):
ATTGAAGAATTGAAATTGAAACATTGAAAATGAAATTGAATC
Found at i:25507 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 25363--25826 Score: 211
Period size: 58 Copynumber: 7.7 Consensus size: 58
25353 ATGGAGGAAT
* * * * * * *
25363 TGAAGAATGGAAATTGAACAATTGAAGAATTGAAACATTGAAATACTGAAATTGAATCAT
1 TGAAGAATTGAATTTGAAGAATTG-A-AATTGAAGCATTGAAATATTGAAATTGAAACAG
*
25423 TGAAGAATTGCAATTGAAACATTGAAGAATTGAAATTGAAGCATTGGAATATTGAAATTGAAACA
1 TGAAGAATTG-AA-T------TTGAAGAATTGAAATTGAAGCATTGAAATATTGAAATTGAAACA
*
25488 T
58 G
* *
25489 TGAAGAATTGAATTTGAAGAATTGAGATTGAAGCATTGAAATATTGAAATTGAAAGAG
1 TGAAGAATTGAATTTGAAGAATTGAAATTGAAGCATTGAAATATTGAAATTGAAACAG
* * ** * *
25547 TGAATAATTGAATTTGAA-ACACTGAAGGATTGAA-TTTTGAAGA-ATTGAAATTGAAGCAT
1 TGAAGAATTGAATTTGAAGA-ATTGAA--ATTGAAGCATTGAA-ATATTGAAATTGAAACAG
** * * ** *
25606 TGAAATTGAAATTGAGGCTTGAAGAATTGAAATTGAAACACT-ATAGGATTGAATTTAAAGAAAT
1 TG-AA--G-AATTGA-ATTTGAAGAATTGAAATTGAAGCATTGA-AATATTGAAATT---GAAA-
* *
25670 GAAA
56 -CAG
* * * *
25674 TCGAAGCATTGAAACATTGAAGAATTGAAATTGAAACATTGAAATATTGAAATATTG-AA-AT
1 T-GAAGAATTG-AA-TTTGAAGAATTGAAATTGAAGCATTGAAATATTG-AA-ATTGAAACAG
* *
25735 TGAAG----G-A-TTGAAGAATTGAAATTGAAGTATTGAAGA-ATTGAAA--GAAACAT
1 TGAAGAATTGAATTTGAAGAATTGAAATTGAAGCATTGAA-ATATTGAAATTGAAACAG
* * *
25785 TGAAGAATTGAAGCATTGAAGATTTGAAATTGAGGCATTGAA
1 TGAAGAATTGAA--TTTGAAGAATTGAAATTGAAGCATTGAA
25827 TAATTGATGA
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 44, Indels: 88
0.71 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
48 1 0.00
49 2 0.01
50 8 0.03
51 2 0.01
52 29 0.09
53 1 0.00
54 2 0.01
55 1 0.00
56 1 0.00
57 1 0.00
58 86 0.27
59 20 0.06
60 22 0.07
61 4 0.01
62 7 0.02
63 16 0.05
64 13 0.04
65 8 0.03
66 72 0.23
67 4 0.01
68 16 0.05
69 1 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (58 bp):
TGAAGAATTGAATTTGAAGAATTGAAATTGAAGCATTGAAATATTGAAATTGAAACAG
Found at i:25572 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 25503--25583 Score: 67
Period size: 22 Copynumber: 3.7 Consensus size: 22
25493 GAATTGAATT
* *
25503 TGAAGAATTGAGA-TTGAAGCAT
1 TGAAGAATTGA-ATTTGAAACAC
* * *
25525 TGAA-ATATTGAAATTGAAAGAG
1 TGAAGA-ATTGAATTTGAAACAC
*
25547 TGAATAATTGAATTTGAAACAC
1 TGAAGAATTGAATTTGAAACAC
*
25569 TGAAGGATTGAATTT
1 TGAAGAATTGAATTT
25584 TGAAGAATTG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 6
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.04
22 45 0.94
23 1 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.22, T:0.31
Consensus pattern (22 bp):
TGAAGAATTGAATTTGAAACAC
Found at i:25722 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 25583--25796 Score: 110
Period size: 22 Copynumber: 9.6 Consensus size: 22
25573 GGATTGAATT
*
25583 TTGAAGAATTGAAATTGAAGCA
1 TTGAAGAATTGAAATTGAAACA
**
25605 TTG-A-AATTGAAATTGAGGC-
1 TTGAAGAATTGAAATTGAAACA
25624 TTGAAGAATTGAAATTGAAACA
1 TTGAAGAATTGAAATTGAAACA
* * * *
25646 CT-ATAGGATTG-AATTTAAAGAA
1 TTGA-AGAATTGAAATTGAAA-CA
* *
25668 ATG-A-AATCGAAGCATTGAAACA
1 TTGAAGAATTGAA--ATTGAAACA
25690 TTGAAGAATTGAAATTGAAACA
1 TTGAAGAATTGAAATTGAAACA
25712 TTGAA-ATATTGAAATATTG-AA-A
1 TTGAAGA-ATTG-AA-ATTGAAACA
*
25734 TTGAAGGATTGAAGAATTG-AA-A
1 TTGAAGAATTG-A-AATTGAAACA
*
25756 TTGAAGTATTGAAGAATTGAAAGAAACA
1 TTGAAGAATTG-A-AATT----GAAACA
25784 TTGAAGAATTGAA
1 TTGAAGAATTGAA
25797 GCATTGAAGA
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 17, Indels: 40
0.73 0.08 0.19
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.02
20 18 0.12
21 25 0.16
22 69 0.45
23 12 0.08
24 10 0.07
26 2 0.01
27 3 0.02
28 11 0.07
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (22 bp):
TTGAAGAATTGAAATTGAAACA
Found at i:25794 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 25254--25845 Score: 120
Period size: 8 Copynumber: 79.2 Consensus size: 8
25244 CATTGACGTA
25254 AATTGAAG
1 AATTGAAG
* *
25262 CATTGAAC
1 AATTGAAG
25270 AATTGAA-
1 AATTGAAG
25277 AGATTGAAG
1 A-ATTGAAG
* *
25286 TATT-AAA
1 AATTGAAG
25293 ATATTGAAG
1 A-ATTGAAG
* *
25302 CATTG-AC
1 AATTGAAG
* *
25309 ATTTG-GG
1 AATTGAAG
*
25316 ATTTGAAG
1 AATTGAAG
25324 AATT-AA-
1 AATTGAAG
25330 AATTG-A-
1 AATTGAAG
25336 AATTGAAG
1 AATTGAAG
* **
25344 CATTGATT
1 AATTGAAG
* *
25352 AATGGAGG
1 AATTGAAG
25360 AATTGAAG
1 AATTGAAG
*
25368 AA-TGGA-
1 AATTGAAG
*
25374 AATTGAAC
1 AATTGAAG
25382 AATTGAAG
1 AATTGAAG
25390 AATTGAA-
1 AATTGAAG
25397 ACATTGAA-
1 A-ATTGAAG
*
25405 ATACTG-A-
1 A-ATTGAAG
*
25412 AATTGAAT
1 AATTGAAG
*
25420 CATTGAAG
1 AATTGAAG
*
25428 AATTG--C
1 AATTGAAG
25434 AATTGAA-
1 AATTGAAG
25441 ACATTGAAG
1 A-ATTGAAG
25450 AATTG-A-
1 AATTGAAG
25456 AATTGAAG
1 AATTGAAG
*
25464 CATTGGAA-
1 AATT-GAAG
*
25472 TATTG-A-
1 AATTGAAG
25478 AATTGAA-
1 AATTGAAG
25485 ACATTGAAG
1 A-ATTGAAG
25494 AATTG-A-
1 AATTGAAG
*
25500 ATTTGAAG
1 AATTGAAG
25508 AATTG-AG
1 AATTGAAG
25515 -ATTGAAG
1 AATTGAAG
*
25522 CATTGAA-
1 AATTGAAG
25529 ATATTG-A-
1 A-ATTGAAG
25536 AATTGAA-
1 AATTGAAG
* *
25543 AGAGTGAAT
1 A-ATTGAAG
25552 AATTG-A-
1 AATTGAAG
*
25558 ATTTGAA-
1 AATTGAAG
*
25565 ACACTGAAG
1 A-ATTGAAG
*
25574 GATTGAA-
1 AATTGAAG
**
25581 TTTTGAAG
1 AATTGAAG
25589 AATTG-A-
1 AATTGAAG
25595 AATTGAAG
1 AATTGAAG
*
25603 CATTG-A-
1 AATTGAAG
25609 AATTG-A-
1 AATTGAAG
25615 AATTG-AG
1 AATTGAAG
**
25622 GCTTGAAG
1 AATTGAAG
25630 AATTG-A-
1 AATTGAAG
25636 AATTGAA-
1 AATTGAAG
*
25643 ACACT-ATAG
1 A-ATTGA-AG
*
25652 GATTG-A-
1 AATTGAAG
* *
25658 ATTTAAAG
1 AATTGAAG
*
25666 AAATG-A-
1 AATTGAAG
*
25672 AATCGAAG
1 AATTGAAG
*
25680 CATTGAA-
1 AATTGAAG
25687 ACATTGAAG
1 A-ATTGAAG
25696 AATTG-A-
1 AATTGAAG
25702 AATTGAA-
1 AATTGAAG
25709 ACATTGAA-
1 A-ATTGAAG
25717 ATATTGAA-
1 A-ATTGAAG
25725 ATATTG-A-
1 A-ATTGAAG
25732 AATTGAAG
1 AATTGAAG
*
25740 GATTGAAG
1 AATTGAAG
25748 AATTG-A-
1 AATTGAAG
25754 AATTGAAG
1 AATTGAAG
*
25762 TATTGAAG
1 AATTGAAG
25770 AATTGAAAG
1 AATTG-AAG
25779 AAACATTGAAG
1 --A-ATTGAAG
25790 AATTGAAG
1 AATTGAAG
*
25798 CATTGAAG
1 AATTGAAG
*
25806 ATTTG-A-
1 AATTGAAG
*
25812 AATTGAGG
1 AATTGAAG
* *
25820 CATTGAAT
1 AATTGAAG
*
25828 AATTGATG
1 AATTGAAG
*
25836 AATGGAAG
1 AATTGAAG
25844 AA
1 AA
25846 AGACCCCCTT
Statistics
Matches: 433, Mismatches: 89, Indels: 124
0.67 0.14 0.19
Matches are distributed among these distances:
6 90 0.21
7 72 0.17
8 250 0.58
9 13 0.03
11 4 0.01
12 4 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (8 bp):
AATTGAAG
Found at i:25935 original size:53 final size:54
Alignment explanation
Indices: 25861--25991 Score: 151
Period size: 53 Copynumber: 2.4 Consensus size: 54
25851 CCCTTGGATC
* * *
25861 ATTGAAGTAAATTGAAGAATTGAAGCAATA-AGTAATCAAAGAATTGAAGAA-ATAA
1 ATTGAAGT--ATTGAATAATTGAAGCAATAGAATAATCAAAGAATCGAA-AAGATAA
* * *
25916 ATTGAAGTATTGAATAATTGAA-TAATAGAATAATTAAAGAGTCGAAAAGATAA
1 ATTGAAGTATTGAATAATTGAAGCAATAGAATAATCAAAGAATCGAAAAGATAA
*
25969 ATTGAAGTATTGAATAATGGAAG
1 ATTGAAGTATTGAATAATTGAAG
25992 AGTTGAAGTG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 7
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
52 6 0.09
53 52 0.79
55 8 0.12
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (54 bp):
ATTGAAGTATTGAATAATTGAAGCAATAGAATAATCAAAGAATCGAAAAGATAA
Found at i:27855 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 27807--27903 Score: 153
Period size: 52 Copynumber: 1.9 Consensus size: 52
27797 TTTTTTGAAG
*
27807 AAAACA-TTTTGAAAAAAAAAACA-TTGTTGAAAACCATGACTCTCTTTTGA
1 AAAACATTTTTGAAAAAAAAAAAACTTGTTGAAAACCATGACTCTCTTTTGA
* *
27857 AAAACATTTTTGAAAAAAAAAAAACTTTTTGAAAACCATGATTCTCT
1 AAAACATTTTTGAAAAAAAAAAAACTTGTTGAAAACCATGACTCTCT
27904 ACTATTCCAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 2
0.89 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
50 6 0.14
51 16 0.38
52 20 0.48
ACGTcount: A:0.47, C:0.13, G:0.08, T:0.31
Consensus pattern (52 bp):
AAAACATTTTTGAAAAAAAAAAAACTTGTTGAAAACCATGACTCTCTTTTGA
Done.