Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014105.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14126, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 29905
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.19, T:0.32
Found at i:2548 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 2511--2590 Score: 115
Period size: 33 Copynumber: 2.4 Consensus size: 33
2501 GGCGCGAGTG
* * *
2511 ACCGGCTATGCGACTTGGAGAAGCCCGGCCAAC
1 ACCGGCCACGCGACTCGGAGAAGCCCGGCCAAC
* *
2544 ACCGGCCACGCGACTCGGAGATGCCCGGCCATC
1 ACCGGCCACGCGACTCGGAGAAGCCCGGCCAAC
2577 ACCGGCCACGCGAC
1 ACCGGCCACGCGAC
2591 ATGGACATGT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 42 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.40, G:0.30, T:0.09
Consensus pattern (33 bp):
ACCGGCCACGCGACTCGGAGAAGCCCGGCCAAC
Found at i:2605 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 2533--2617 Score: 109
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
2523 ACTTGGAGAA
*
2533 GCCCGGCCAACACCGGCCACGCGACTCGGAGAT
1 GCCCGGCC-ACACCGGCCACGCGACTCGGACAT
2566 GCCCGGCCATCACCGGCCACGCGACAT-GGACAT
1 GCCCGGCCA-CACCGGCCACGCGAC-TCGGACAT
*
2599 GTCCGGCCACAACCGGCCA
1 GCCCGGCCAC-ACCGGCCA
2618 TCGCTTGGCG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 6
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
32 2 0.04
33 44 0.94
34 1 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.44, G:0.28, T:0.07
Consensus pattern (32 bp):
GCCCGGCCACACCGGCCACGCGACTCGGACAT
Found at i:3847 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 3804--3990 Score: 169
Period size: 36 Copynumber: 5.4 Consensus size: 35
3794 TCTTTTTTAG
*
3804 ATTAAGTTCTTTATTGATTTCACTTAATTACCTTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGATCTCACTTAATTACC-TGA
* *
3840 ATTAAGTTCTTTA-T--TCT-GCTTAATTGCCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGATCTCACTTAATT-ACCTGA
* *
3872 ATTAAG-CCTTTTATTGACCTCACTTAATTACACTGA
1 ATTAAGTTC-TTTATTGATCTCACTTAATTAC-CTGA
*
3908 ATTAAGTTCTTTATT--T-T-GCTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGATCTCACTTAATTA-CCTGA
* *
3940 ATTAAG-CCTTTTATTGACCTCACTTAATTACACTGA
1 ATTAAGTTC-TTTATTGATCTCACTTAATTAC-CTGA
3976 ATTAAGTTCTTTATT
1 ATTAAGTTCTTTATT
3991 TTACTTAATT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 14, Indels: 32
0.72 0.08 0.19
Matches are distributed among these distances:
31 2 0.02
32 44 0.36
33 7 0.06
35 6 0.05
36 60 0.50
37 2 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (35 bp):
ATTAAGTTCTTTATTGATCTCACTTAATTACCTGA
Found at i:3873 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 3825--4000 Score: 158
Period size: 32 Copynumber: 5.2 Consensus size: 32
3815 TATTGATTTC
*
3825 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTTCTTTATTCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
* * *
3857 GCTTAATTGCCCTGAATTAAG-CCTTTTATTGACCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC-TTTATT---CT
* *
3892 CACTTAATTACACTGAATTAAGTTCTTTATTTT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
* *
3925 GCTTAATTACCCTGAATTAAG-CCTTTTATTGACCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC-TTTATT---CT
* *
3960 CACTTAATTACACTGAATTAAGTTCTTTATTTT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
3993 ACTTAATT
1 ACTTAATT
4001 TCCTTTCCTG
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 17, Indels: 24
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
31 2 0.02
32 57 0.50
33 2 0.02
35 3 0.03
36 49 0.43
37 2 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (32 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
Found at i:3885 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 3813--4000 Score: 315
Period size: 68 Copynumber: 2.8 Consensus size: 68
3803 GATTAAGTTC
** * *
3813 TTTATTGATTTCACTTAATTAC-CTTGAATTAAGTTCTTTATTCTGCTTAATTGCCCTGAATTAA
1 TTTATTGACCTCACTTAATTACAC-TGAATTAAGTTCTTTATTTTGCTTAATTACCCTGAATTAA
3877 GCCT
65 GCCT
3881 TTTATTGACCTCACTTAATTACACTGAATTAAGTTCTTTATTTTGCTTAATTACCCTGAATTAAG
1 TTTATTGACCTCACTTAATTACACTGAATTAAGTTCTTTATTTTGCTTAATTACCCTGAATTAAG
3946 CCT
66 CCT
*
3949 TTTATTGACCTCACTTAATTACACTGAATTAAGTTCTTTATTTTACTTAATT
1 TTTATTGACCTCACTTAATTACACTGAATTAAGTTCTTTATTTTGCTTAATT
4001 TCCTTTCCTG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 5, Indels: 2
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
68 113 0.99
69 1 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (68 bp):
TTTATTGACCTCACTTAATTACACTGAATTAAGTTCTTTATTTTGCTTAATTACCCTGAATTAAG
CCT
Found at i:4034 original size:39 final size:37
Alignment explanation
Indices: 3989--4646 Score: 239
Period size: 35 Copynumber: 18.5 Consensus size: 37
3979 AAGTTCTTTA
3989 TTTTACTTAATTTCCTTTCCTGAAATTAAGCCTGTGTCT
1 TTTTACTTAATTTCCTTT--TGAAATTAAGCCTGTGTCT
4028 TTTTACTTAATTTCC--TTGAAATTAAGCCTGTGTCT
1 TTTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
*
4063 TTTTACTTAATTTCC--TTGAAATTAAGCC--AGTCT
1 TTTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* * * * * *
4096 TTCCTTGACCTACTTTCC--TTGAAACTAAGCCAGTCTTT
1 TT--TT-ACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* * *
4134 TTTTACTTAATTTCC--TTGAAATTAAGCCAGTCTTT
1 TTTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* * * ** *
4169 TCTTTACCTAGTTTCC--TTGAAACTAAGCCAAT-TTT
1 T-TTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* *
4204 TTTTACTTAATTTCC-TTT-AAATTAAGCCAGTCTACT
1 TTTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGT-CT
* * * * *
4240 TTTTACCTAGTTTCC--TTGAAACTAAGCCAGTCT-T
1 TTTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* * *
4274 GTTTTACTTAATTTCC--TTGAAATTAAGCCAGTCTTT
1 -TTTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* * * * * **
4310 TCTTTACCTAGTTTCC--TTGAAACTAAGCCAGTCTAG
1 T-TTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* * * * *
4346 CTTTACCTAATTTCC--TTGAAATTAAGCCAGTCTTT
1 TTTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* * * * *
4381 TCTTTACCTAGTTTCC--TTGAAACTAAGCCAGTCT-T
1 T-TTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* *
4416 GTTTTACTTAATTTCC--TTGAAATTAAGCCAGTCT-T
1 -TTTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* * * * * *
4451 ATCTTTACCTAGTTTCC--TTGAAACTAAGCCAGTCTAT
1 -T-TTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* * * * *
4488 CTTTACCTAATTTCC--TTGAAATTAAGCCAGTCTTT
1 TTTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* * * * *
4523 TCTTTACCTAGTTTCC--TTGAAACTAAGCCAGTCT-T
1 T-TTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
** *
4558 GTTTTACTTAATTTCC--TTGAAATTAAGCAAGTCT-T
1 -TTTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* * * *
4593 GTCTTTACTTAATTTCC--TTGAAACTAAGCCAGTCTAT
1 -T-TTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
* *
4630 CTTTACCTAATTTCCTT
1 TTTTACTTAATTTCCTT
4647 GAAACTAAGC
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 60, Indels: 48
0.83 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
33 6 0.01
34 24 0.04
35 256 0.48
36 228 0.43
37 3 0.01
38 4 0.01
39 15 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (37 bp):
TTTTACTTAATTTCCTTTTGAAATTAAGCCTGTGTCT
Found at i:4125 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 4004--4811 Score: 968
Period size: 36 Copynumber: 22.8 Consensus size: 35
3994 CTTAATTTCC
* * * *
4004 TTTCC-TGAAATTAAGCCTGTGTCTT-TTTACTTAA
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCT-TTCTTTACCTAA
* * * *
4038 TTTCCTTGAAATTAAGCCTGTGTCTT-TTTACTTAA
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCT-TTCTTTACCTAA
* * *
4073 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCTTGACCTAC
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTT-CTTTACCTAA
* *
4109 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTTTTTACTTAA
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTCTTTACCTAA
* *
4144 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAG
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTC-TTTCTTTACCTAA
* * *
4180 TTTCCTTGAAACTAAGCCAAT-TTTTTTTACTTAA
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTCTTTACCTAA
* * *
4214 TTTCCTTTAAATTAAGCCAGTCTACTT-TTTACCTAG
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCT--TTCTTTACCTAA
*
4250 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTGT-TTTACTTAA
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTT-TCTTTACCTAA
* *
4285 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAG
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTC-TTTCTTTACCTAA
**
4321 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTAGCTTTACCTAA
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTCTTTACCTAA
* *
4356 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAG
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTC-TTTCTTTACCTAA
*
4392 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTGT-TTTACTTAA
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTT-TCTTTACCTAA
* *
4427 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTATCTTTACCTAG
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTT-TCTTTACCTAA
*
4463 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTATCTTTACCTAA
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTCTTTACCTAA
* *
4498 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAG
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTC-TTTCTTTACCTAA
*
4534 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTGT-TTTACTTAA
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTT-TCTTTACCTAA
* * *
4569 TTTCCTTGAAATTAAGCAAGTCTTGTCTTTACTTAA
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTT-TCTTTACCTAA
*
4605 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTATCTTTACCTAA
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTCTTTACCTAA
*
4640 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTGTCTTTACCTAG
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTT-TCTTTACCTAA
* *
4676 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTATCTTTACCTAG
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTT-TCTTTACCTAA
*
4712 TTTCCTTGAAACTAAGACAGTCTATT-TTTACCTAA
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCT-TTCTTTACCTAA
* *
4747 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAG
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTC-TTTCTTTACCTAA
* *
4783 TTTCCTTGAAACTAAGTCAGTCTTCCTTT
1 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTCTTT
4812 CTTGAAATTA
Statistics
Matches: 680, Mismatches: 74, Indels: 39
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
34 36 0.05
35 305 0.45
36 336 0.49
37 3 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (35 bp):
TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTCTTTACCTAA
Found at i:4126 original size:71 final size:69
Alignment explanation
Indices: 3989--4811 Score: 1058
Period size: 71 Copynumber: 11.6 Consensus size: 69
3979 AAGTTCTTTA
* * * * *
3989 TTTTACTTAATTTCCTTTCCTGAAATTAAGCCTGTGTCTT-TTTACTTAATTTCCTTGAAATTAA
1 TTTTACTTAATTTCC--T--TGAAATTAAGCCAGTCT-TTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAA
* *
4053 GCCTGTGTCT
61 GCCAGTCT-T
* *
4063 TTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCTTGACCTACTTTCCTTGAAACTAAGCCA
1 TTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTT-CTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCA
4128 GTCTTT
65 GTC-TT
4134 TTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCA
1 TTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTC-TTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCA
* *
4199 ATTTT
65 GTCTT
*
4204 TTTTACTTAATTTCCTTTAAATTAAGCCAGTCTACTT-TTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCC
1 TTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCT--TTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCC
4268 AGTCTT
64 AGTCTT
4274 GTTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCC
1 -TTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTC-TTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCC
*
4339 AGTCTAG
64 AGTCT-T
* *
4346 CTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCA
1 TTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTC-TTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCA
4411 GTCTT
65 GTCTT
4416 GTTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTATCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCC
1 -TTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTT-TCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCC
4481 AGTCTAT
64 AGTCT-T
* *
4488 CTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCA
1 TTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTC-TTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCA
4553 GTCTT
65 GTCTT
* * *
4558 GTTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCAAGTCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTGAAACTAAGCC
1 -TTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTT-TCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCC
4623 AGTCTAT
64 AGTCT-T
* * * *
4630 CTTTACCTAATTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTGTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAATTAAGCCA
1 TTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTT-TCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCA
4695 GTCTT
65 GTCTT
* * * * * *
4700 ATCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGACAGTCTATT-TTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGC
1 -T-TTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCT-TTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGC
4764 CAGTCTTT
63 CAGTC-TT
* * * * *
4772 TCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGTCAGTCTTCCTTT
1 T-TTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCTTT
4812 CTTGAAATTA
Statistics
Matches: 685, Mismatches: 42, Indels: 47
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
69 3 0.00
70 88 0.13
71 535 0.78
72 43 0.06
73 1 0.00
74 15 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (69 bp):
TTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAG
TCTT
Found at i:4887 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 4836--4987 Score: 187
Period size: 40 Copynumber: 3.8 Consensus size: 40
4826 TGTGCTCTGA
* * *
4836 TGTTTTTACTTAATTACTATGAATTAAGTCCTTTAACTAT
1 TGTTTTCACTTAATTTCTATGAATTAAGTCCTTTAACTGT
* * *
4876 TGCTTCCACTTAATTTCTATGAATTAAGTCTTTTAACTGT
1 TGTTTTCACTTAATTTCTATGAATTAAGTCCTTTAACTGT
* * * * * *
4916 TGTTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAATCTTTTGACTGC
1 TGTTTTCACTTAATTTCTATGAATTAAGTCCTTTAACTGT
*
4956 TGTTTTCACTTAATCTCTATGAATTAAGTCCT
1 TGTTTTCACTTAATTTCTATGAATTAAGTCCT
4988 CAACTATGCT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 18, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 94 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.09, T:0.49
Consensus pattern (40 bp):
TGTTTTCACTTAATTTCTATGAATTAAGTCCTTTAACTGT
Found at i:4920 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 4836--4985 Score: 210
Period size: 80 Copynumber: 1.9 Consensus size: 80
4826 TGTGCTCTGA
* * * *
4836 TGTTTTTACTTAATTACTATGAATTAAGTCCTTTAACTATTGCTTCCACTTAATTTCTATGAATT
1 TGTTTTTACTTAATTACCATGAATTAAATCCTTTAACTACTGCTTCCACTTAATCTCTATGAATT
4901 AAGTCTTTTAACTGT
66 AAGTCTTTTAACTGT
* * * * * *
4916 TGTTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAATCTTTTGACTGCTGTTTTCACTTAATCTCTATGAATT
1 TGTTTTTACTTAATTACCATGAATTAAATCCTTTAACTACTGCTTCCACTTAATCTCTATGAATT
4981 AAGTC
66 AAGTC
4986 CTCAACTATG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 10, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
80 60 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.09, T:0.49
Consensus pattern (80 bp):
TGTTTTTACTTAATTACCATGAATTAAATCCTTTAACTACTGCTTCCACTTAATCTCTATGAATT
AAGTCTTTTAACTGT
Found at i:12022 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 11982--12040 Score: 84
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
11972 TGTCTTCAAG
11982 TCCATAATAAGTCCTT-GGCGCATAATTCCT
1 TCCATAATAAG-CCTTGGGCGCATAATTCCT
* *
12012 TCCATGATAAGCCTTGGGCGCATCATTCC
1 TCCATAATAAGCCTTGGGCGCATAATTCC
12041 CTCCCCCTTG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 4 0.15
30 22 0.85
ACGTcount: A:0.24, C:0.29, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (30 bp):
TCCATAATAAGCCTTGGGCGCATAATTCCT
Found at i:12447 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 12383--12490 Score: 182
Period size: 33 Copynumber: 3.3 Consensus size: 33
12373 TTCTTTTCAC
** *
12383 CCAAAACAGAATT-TTTTTAATGCTATAATCAA
1 CCAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAA
12415 CCAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAA
1 CCAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAA
12448 CCAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAA
1 CCAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAA
12481 CCAAAACAGA
1 CCAAAACAGA
12491 TTTGTTTTCA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 3, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
32 13 0.18
33 59 0.82
ACGTcount: A:0.44, C:0.19, G:0.10, T:0.27
Consensus pattern (33 bp):
CCAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAA
Found at i:12518 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 12383--12523 Score: 158
Period size: 66 Copynumber: 2.2 Consensus size: 65
12373 TTCTTTTCAC
** * * *
12383 CCAAAACAGAATTTTTTTAATGCTATAATCAACCAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAA
1 CCAAAACAGAATTTTTGCAATGCTATAATCAACCAAAACAGAATTATTTGCAATACAATGAGCAA
* * * * *
12448 CCAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAACCAAAACAGATTTGTTTTC-ATCACAATTAGC
1 CCAAAACAGAATT-TTTGCAATGCTATAATCAACCAAAACAGAATTATTTGCAAT-ACAATGAGC
*
12512 AT
64 AA
12514 CCAAAACAGA
1 CCAAAACAGA
12524 TTTAGTTTCA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 11, Indels: 3
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
65 15 0.24
66 48 0.76
ACGTcount: A:0.43, C:0.19, G:0.10, T:0.28
Consensus pattern (65 bp):
CCAAAACAGAATTTTTGCAATGCTATAATCAACCAAAACAGAATTATTTGCAATACAATGAGCAA
Found at i:12557 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 12520--12617 Score: 99
Period size: 33 Copynumber: 3.0 Consensus size: 32
12510 GCATCCAAAA
*
12520 CAGATTTAGTTTCATCACAAACAACACCTAAAT
1 CAGATTTAGTATCATCACAAACAACA-CTAAAT
* **
12553 CAGATTTAGTGTCATTGCAAACAACACTCAAAT
1 CAGATTTAGTATCATCACAAACAACACT-AAAT
* *
12586 TAGGTTTAGTATCATCA-AAAGCAACATCTAAA
1 CAGATTTAGTATCATCACAAA-CAACA-CTAAA
12618 ACACTCTTTG
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 8, Indels: 6
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 5 0.09
33 47 0.87
34 2 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.20, G:0.10, T:0.28
Consensus pattern (32 bp):
CAGATTTAGTATCATCACAAACAACACTAAAT
Found at i:16228 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 16207--16239 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
16197 AATTTGGGAA
16207 AATAATC-CTCAACTTT
1 AATAATCACTCAACTTT
16223 AATAATCAACTCAACTT
1 AATAATC-ACTCAACTT
16240 CAACTTTTAC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.47
18 8 0.53
ACGTcount: A:0.42, C:0.24, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (17 bp):
AATAATCACTCAACTTT
Done.