Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014125.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14146, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23064
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.19, T:0.33
Found at i:808 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 789--816 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 14
779 CTCCTTGTAA
789 AGTCGACTTCTCCT
1 AGTCGACTTCTCCT
803 AGTCGACTTCTCCT
1 AGTCGACTTCTCCT
817 CTAATCGGCC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 14 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.36, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (14 bp):
AGTCGACTTCTCCT
Found at i:816 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 754--816 Score: 83
Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
744 TTTGCTTCCA
* * *
754 AAAGTCGACTTGTGTAGTCGATTTGCTCCTTGT
1 AAAGTCGACTTCTCTAGTCGACTTGCTCCTTGT
787 AAAGTCGACTTCTCCTAGTCGACTT-CTCCT
1 AAAGTCGACTTCT-CTAGTCGACTTGCTCCT
817 CTAATCGGCC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
33 17 0.65
34 9 0.35
ACGTcount: A:0.19, C:0.25, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (33 bp):
AAAGTCGACTTCTCTAGTCGACTTGCTCCTTGT
Found at i:7884 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 7850--7906 Score: 105
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
7840 AAAGGAGAGG
*
7850 ATGGAATCGCAAAGTCTCATGGAGATGCCA
1 ATGGAATCGCAAAGCCTCATGGAGATGCCA
7880 ATGGAATCGCAAAGCCTCATGGAGATG
1 ATGGAATCGCAAAGCCTCATGGAGATG
7907 TCATTAAGAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 26 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.28, T:0.19
Consensus pattern (30 bp):
ATGGAATCGCAAAGCCTCATGGAGATGCCA
Found at i:16761 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 16720--16862 Score: 161
Period size: 36 Copynumber: 4.1 Consensus size: 36
16710 AGATTAAGTT
* *
16720 CTTTATTGACTCCACTTAATTATCCTGAACTAAGCC
1 CTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGCC
*
16756 TTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGCC
1 CTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGCC
* * *
16792 CCTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
1 CTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAG-CC
**
16829 C-----TGACTTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
1 CTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAG-CC
16861 CT
1 CT
16863 AACATGACTT
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 10, Indels: 7
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
32 29 0.31
36 63 0.66
37 3 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.27, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (36 bp):
CTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGCC
Found at i:16846 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 16769--16908 Score: 183
Period size: 32 Copynumber: 4.2 Consensus size: 32
16759 TATTGACTCC
* *
16769 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCCCCTTA-TTGACG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACTT---G
16803 CTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACTTG
1 --ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACTTG
* *
16837 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTAACATG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACTTG
*
16869 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACTTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACTTG
16901 ACTTAATT
1 ACTTAATT
16909 TCCTTCCCTG
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 7, Indels: 6
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
32 67 0.70
34 1 0.01
36 26 0.27
37 2 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.24, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (32 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACTTG
Found at i:16898 original size:64 final size:66
Alignment explanation
Indices: 16769--16908 Score: 205
Period size: 64 Copynumber: 2.1 Consensus size: 66
16759 TATTGACTCC
*
16769 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCCCCTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCCCCTTA-T-ACGATACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGAC
16834 TTG
64 TTG
* *
16837 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCC-TA-AC-ATGACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCCCCTTATACGAT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACT
16899 TG
65 TG
16901 ACTTAATT
1 ACTTAATT
16909 TCCTTCCCTG
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 3, Indels: 6
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
63 1 0.01
64 41 0.60
67 2 0.03
68 24 0.35
ACGTcount: A:0.30, C:0.24, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (66 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGCCCCTTATACGATACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACTT
G
Found at i:16927 original size:37 final size:35
Alignment explanation
Indices: 16814--17055 Score: 203
Period size: 37 Copynumber: 6.8 Consensus size: 35
16804 TACTTAATTA
* *
16814 CCCTGAATTAAGTCCCTGACTTGACTTAA--T--TA
1 CCCTGAATTAAGTCCTTGACTT-ACTTAATTTCCTT
* * * *
16846 CCCTGAATTAAGTCCCTAACATGACTTAA--T--TA
1 CCCTGAATTAAGTCCTTGAC-TTACTTAATTTCCTT
16878 CCCTGAATTAAGTCCTTGACTTGACTTAATTTCCTT
1 CCCTGAATTAAGTCCTTGACTT-ACTTAATTTCCTT
*
16914 CCCTGAAATTAAGTCCTTGGCTCTACTTAATTTCCTT
1 CCCTG-AATTAAGTCCTTGACT-TACTTAATTTCCTT
* *
16951 CCTTGGGATTAAGTCCTTGACTCTACTTAATTTCCTT
1 CCCT-GAATTAAGTCCTTGACT-TACTTAATTTCCTT
* * *
16988 CCTTGAAATTAAGTCCTTGACTCTATTTAATTCCCTT
1 CCCTG-AATTAAGTCCTTGACT-TACTTAATTTCCTT
* *
17025 CCTTGGAATTAAGTCCTTAACTTTACTTAAT
1 CCCT-GAATTAAGTCCTTGAC-TTACTTAAT
17056 CCTCCTGGGT
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 15, Indels: 19
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.01
32 52 0.28
33 1 0.01
34 1 0.01
36 7 0.04
37 117 0.64
38 4 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.24, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (35 bp):
CCCTGAATTAAGTCCTTGACTTACTTAATTTCCTT
Found at i:16984 original size:74 final size:73
Alignment explanation
Indices: 16882--17055 Score: 267
Period size: 74 Copynumber: 2.3 Consensus size: 73
16872 TAATTACCCT
* *
16882 GAATTAAGTCCTTGACTTGACTTAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTCCTTGGCTCTACTTAATTT
1 GAATTAAGTCCTTGACTT-ACTTAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTCCTTGACTCTACTTAATTC
16947 CCTTCCTTG
65 CCTTCCTTG
* * *
16956 GGATTAAGTCCTTGACTCTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTGACTCTATTTAATTC
1 GAATTAAGTCCTTGACT-TACTTAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTCCTTGACTCTACTTAATTC
17021 CCTTCCTTG
65 CCTTCCTTG
*
17030 GAATTAAGTCCTTAACTTTACTTAAT
1 GAATTAAGTCCTTGAC-TTACTTAAT
17056 CCTCCTGGGT
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 7, Indels: 4
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
74 89 0.98
75 2 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (73 bp):
GAATTAAGTCCTTGACTTACTTAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTCCTTGACTCTACTTAATTCC
CTTCCTTG
Found at i:17088 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 17047--17127 Score: 92
Period size: 36 Copynumber: 2.2 Consensus size: 36
17037 GTCCTTAACT
* * **
17047 TTACTTAATCCTC-CTGGGTTAAGTTTTTGTCTGATC
1 TTACTTAATCATCTCTCGGTTAAGTCCTTG-CTGATC
* *
17083 TTACTTAATCATCTTTCGGTTAAGTCCTTGCTGATT
1 TTACTTAATCATCTCTCGGTTAAGTCCTTGCTGATC
17119 TTACTTAAT
1 TTACTTAAT
17128 TCTTGTGAAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 6, Indels: 2
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
36 26 0.68
37 12 0.32
ACGTcount: A:0.20, C:0.19, G:0.14, T:0.48
Consensus pattern (36 bp):
TTACTTAATCATCTCTCGGTTAAGTCCTTGCTGATC
Found at i:17164 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 17102--17198 Score: 149
Period size: 35 Copynumber: 2.7 Consensus size: 35
17092 CATCTTTCGG
*
17102 TTAAGTCCTTGCTGATTTTACTTAATTCTTGTGAAA
1 TTAAGTCTTTGCTGA-TTTACTTAATTCTTGTGAAA
*
17138 TTAAGTCTTTGCTGATTTACTTAATTCTTGTTAAA
1 TTAAGTCTTTGCTGATTTACTTAATTCTTGTGAAA
* *
17173 TTAAGTCTTTGTTGATTTAATTAATT
1 TTAAGTCTTTGCTGATTTACTTAATT
17199 ACCCTGAATT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 4, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 43 0.75
36 14 0.25
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.12, T:0.52
Consensus pattern (35 bp):
TTAAGTCTTTGCTGATTTACTTAATTCTTGTGAAA
Found at i:17166 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 17110--17166 Score: 52
Period size: 20 Copynumber: 3.0 Consensus size: 20
17100 GGTTAAGTCC
17110 TTGCTGATTTTACTTAATTC-
1 TTGCTGA-TTTACTTAATTCT
* *
17130 TTG-TGA---AATTAAGTCT
1 TTGCTGATTTACTTAATTCT
17146 TTGCTGATTTACTTAATTCT
1 TTGCTGATTTACTTAATTCT
17166 T
1 T
17167 GTTAAATTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 10
0.67 0.10 0.24
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.25
16 3 0.11
17 3 0.11
19 3 0.11
20 12 0.43
ACGTcount: A:0.23, C:0.12, G:0.12, T:0.53
Consensus pattern (20 bp):
TTGCTGATTTACTTAATTCT
Found at i:17196 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 17136--17196 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 3.3 Consensus size: 20
17126 ATTCTTGTGA
*
17136 AATTAAGTCTTTGCTGATTT
1 AATTAAGTCTTTGTTGATTT
* *
17156 ACTTAATTC-TTGTT-A---
1 AATTAAGTCTTTGTTGATTT
17171 AATTAAGTCTTTGTTGATTT
1 AATTAAGTCTTTGTTGATTT
17191 AATTAA
1 AATTAA
17197 TTACCCTGAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 10
0.67 0.11 0.22
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.23
16 5 0.16
17 1 0.03
18 1 0.03
19 4 0.13
20 13 0.42
ACGTcount: A:0.30, C:0.08, G:0.11, T:0.51
Consensus pattern (20 bp):
AATTAAGTCTTTGTTGATTT
Found at i:17250 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 17205--17315 Score: 161
Period size: 40 Copynumber: 2.7 Consensus size: 41
17195 AATTACCCTG
* **
17205 AATTAAGTCTATGCTTGCCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
*
17246 AATTAAGTATGTGCTTTACTTTACCTAA-TTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
* *
17286 AATTAAGTCTGTGCTTTTCTTTACATAATT
1 AATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACCTAATT
17316 ACCATGAATT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 7, Indels: 2
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
40 37 0.60
41 25 0.40
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (41 bp):
AATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
Found at i:17581 original size:38 final size:37
Alignment explanation
Indices: 17305--18082 Score: 986
Period size: 37 Copynumber: 20.8 Consensus size: 37
17295 TGTGCTTTTC
* * *
17305 TTTACATAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
** * * *
17342 TTTACTTAATTTTCTTGAATTAAATCCTTTTACTGCT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* *
17379 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCTTTTAACTGCT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* *
17416 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCATTTAAGTGCT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* * *
17453 TTTACTTAATTGCCCAGAATTAAGTACTTTAACTGCT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* * *
17490 TTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCCTTTAACCG-T
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* * *
17526 CTTGACTTAATTGCCCTGAATTAAGTACTTTAACTGCT
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* *
17564 CTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTACTTTAACTACT
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
*
17602 CTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCG
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* * *
17640 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTACTTTAATTGCT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* *
17677 CTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTAAACTGCT
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* * *
17715 TTTACTTAACTACCATGAATTAAGTCTTTTAACTGCT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
*
17752 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTACT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* * * *
17789 TCTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTTTTAATTGCT
1 T-TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
*
17827 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTTAACTGCT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
*
17864 CTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAATTGCT
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
*
17902 CTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* * *
17940 TATTACTTAATTTCCCTTAATTAAGCCCTTTAACTG-T
1 T-TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* * *
17977 CTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTACTTTAACTGCCC
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTG-CT
* * *
18016 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGCCCTTTAACT-AT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
*
18052 CTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTACTTT
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTT
18083 GACTACTGTG
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 82, Indels: 20
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
36 1 0.00
37 381 0.59
38 267 0.41
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (37 bp):
TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
Found at i:17644 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 17303--18082 Score: 1034
Period size: 75 Copynumber: 10.4 Consensus size: 75
17293 TCTGTGCTTT
* * * * * *
17303 TCTTTACATAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCTTTTACTTAATTTTCTTGAATTAAATC
1 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC
*
17368 CTTTTACTGC
66 CTTTAACTGC
* * *
17378 T-TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCTTTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
1 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC
* *
17442 ATTTAAGTGC
66 CTTTAACTGC
* * * *
17452 T-TTTACTTAATTGCCCAGAATTAAGTACTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTC
1 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC
*
17516 CTTTAACCG-
66 CTTTAACTGC
* * * *
17525 TCTTGACTTAATTGCCCTGAATTAAGTACTTTAACTGCTCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
1 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT-TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
* *
17590 ACTTTAACTAC
65 CCTTTAACTGC
* *
17601 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCGTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTA
1 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC
*
17666 CTTTAATTGC
66 CTTTAACTGC
* * * * *
17676 TCTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTAAACTGCTTTTACTTAACTACCATGAATTAAGTC
1 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC
*
17741 TTTTAACTGC
66 CTTTAACTGC
* *
17751 T-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTACTTCTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGT
1 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT-TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
* *
17815 CTTTTAATTGC
65 CCTTTAACTGC
* *
17826 T-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTTAACTGCTCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
1 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT-TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
*
17890 CCTTTAATTGC
65 CCTTTAACTGC
* * *
17901 TCTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTATTACTTAATTTCCCTTAATTAAGC
1 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT-TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
17966 CCTTTAACTG-
65 CCTTTAACTGC
* * * *
17976 TCTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTACTTTAACTGCCCTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGC
1 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTG-CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
*
18041 CCTTTAACT-A
65 CCTTTAACTGC
*
18051 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTACTTT
1 TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTT
18083 GACTACTGTG
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 65, Indels: 18
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
73 1 0.00
74 196 0.31
75 331 0.52
76 103 0.16
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (75 bp):
TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC
CTTTAACTGC
Found at i:18120 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 18056--18170 Score: 139
Period size: 40 Copynumber: 2.7 Consensus size: 44
18046 AACTATCTTT
* *
18056 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTACTTTGACTACTGTGTTTACTTA
1 ACTTAATTACCATGAATTAAG-ACTTTGACTACTGTGCTTACTTA
* * *
18101 ACTTAATTACCTTGAATTAAGA-ATT--C-ACTGTGCTTACTTT
1 ACTTAATTACCATGAATTAAGACTTTGACTACTGTGCTTACTTA
*
18141 TCTTAATTACCATGAATTAAGACTTTGACT
1 ACTTAATTACCATGAATTAAGACTTTGACT
18171 GCATTTACTG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 7, Indels: 9
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
40 32 0.54
41 3 0.05
43 3 0.05
44 1 0.02
45 20 0.34
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (44 bp):
ACTTAATTACCATGAATTAAGACTTTGACTACTGTGCTTACTTA
Done.