Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014141.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14162, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9597
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.14, T:0.34
Found at i:231 original size:51 final size:50
Alignment explanation
Indices: 123--300 Score: 302
Period size: 50 Copynumber: 3.5 Consensus size: 50
113 CTCTCTTTGA
*
123 TTGTAATCAGTGAGGGGAGCACTTGTTCTAAGCTTGGGAAAATCTTAGGT
1 TTGTAATCAGTGCGGGGAGCACTTGTTCTAAGCTTGGGAAAATCTTAGGT
*
173 TTGTAATCAGTGCGGGGAGCACTTGTTCTAAGCCTTGGGAAAATCTTAGGG
1 TTGTAATCAGTGCGGGGAGCACTTGTTCTAAG-CTTGGGAAAATCTTAGGT
* *
224 TTGTAATCAGTGCGGGGAGCACTTGTTCTAAGCTTGGGGAAAGCTTAGGT
1 TTGTAATCAGTGCGGGGAGCACTTGTTCTAAGCTTGGGAAAATCTTAGGT
*
274 TTGTGATCAGTGCGGGGAGCACTTGTT
1 TTGTAATCAGTGCGGGGAGCACTTGTT
301 TGAACTTGGG
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 6, Indels: 2
0.94 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
50 72 0.60
51 49 0.40
ACGTcount: A:0.22, C:0.14, G:0.33, T:0.31
Consensus pattern (50 bp):
TTGTAATCAGTGCGGGGAGCACTTGTTCTAAGCTTGGGAAAATCTTAGGT
Found at i:1187 original size:38 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1143--1370 Score: 214
Period size: 38 Copynumber: 5.9 Consensus size: 37
1133 CTTTTTGACG
1143 GGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAAAACTGGAT
1 GGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAAAACTGGAT
1180 AGGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTG-AAACTTGG-T
1 -GGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAAAAC-TGGAT
* * * *
1217 GGGATCTTTCCCTAAATTTAAAATTTTTAAAAAAACTAGAT
1 -GGATCTTTCCCTAAATTGAAAA-CTTT--GAAAACTGGAT
1258 GAGATCTTTCCCTAAATAT-AAAACTTTGAAAACTTGG-T
1 G-GATCTTTCCCTAAAT-TGAAAACTTTGAAAAC-TGGAT
* *
1296 GGGATCTTTCCCTAAATCT-AAAACTTTTTAAAAAACTTGAT
1 -GGATCTTTCCCTAAAT-TGAAAAC--TTT-GAAAACTGGAT
* *
1337 GTGATCTTTCCCTAAACTGAAAGCTTTGAAAACT
1 G-GATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAAAACT
1371 ATTCTTTGTT
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 14, Indels: 32
0.78 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
37 26 0.16
38 66 0.41
39 6 0.04
40 13 0.08
41 48 0.30
42 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (37 bp):
GGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAAAACTGGAT
Found at i:1331 original size:79 final size:77
Alignment explanation
Indices: 1142--1370 Score: 290
Period size: 79 Copynumber: 2.9 Consensus size: 77
1132 GCTTTTTGAC
* *
1142 GGGATCTTTCCCTAAATTGAAAAC--TTT-GAAAACTGGAT-AGGATCTTTCCCTAAATTGAAAA
1 GGGATCTTTCCCTAAATT-AAAACTTTTTAAAAAACTAGATGA-GATCTTTCCCTAAATT-AAAA
1203 CTTTG-AAACTTGGT
63 CTTTGAAAACTTGGT
1217 GGGATCTTTCCCTAAATTTAAAA-TTTTTAAAAAAACTAGATGAGATCTTTCCCTAAATATAAAA
1 GGGATCTTTCCCTAAA-TTAAAACTTTTT-AAAAAACTAGATGAGATCTTTCCCTAAAT-TAAAA
1281 CTTTGAAAACTTGGT
63 CTTTGAAAACTTGGT
* * * *
1296 GGGATCTTTCCCTAAATCTAAAACTTTTTAAAAAACTTGATGTGATCTTTCCCTAAACTGAAAGC
1 GGGATCTTTCCCTAAAT-TAAAACTTTTTAAAAAACTAGATGAGATCTTTCCCTAAA-TTAAAAC
1361 TTTGAAAACT
64 TTTGAAAACT
1371 ATTCTTTGTT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 6, Indels: 18
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
75 20 0.15
76 5 0.04
78 34 0.25
79 72 0.53
80 6 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (77 bp):
GGGATCTTTCCCTAAATTAAAACTTTTTAAAAAACTAGATGAGATCTTTCCCTAAATTAAAACTT
TGAAAACTTGGT
Found at i:3504 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 3469--3573 Score: 102
Period size: 35 Copynumber: 3.1 Consensus size: 31
3459 CTGACTCCAG
3469 ATTAAGCCATTTATTTACTTAATTACACCGA
1 ATTAAGCCATTTATTTACTTAATTACACCGA
*
3500 ATTAAGCCAACTACTGATTTACTTAATTACACCGA
1 ATTAAGCC-A-T--TTATTTACTTAATTACACCGA
** *
3535 ATTAAGTTGATTACCTATTAACTTAATTACACCGA
1 ATTAAG-CCATT---TATTTACTTAATTACACCGA
3570 ATTA
1 ATTA
3574 GGTTAATTAC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 5, Indels: 12
0.78 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
31 8 0.13
32 2 0.03
33 1 0.02
34 1 0.02
35 49 0.80
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (31 bp):
ATTAAGCCATTTATTTACTTAATTACACCGA
Found at i:3527 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 3481--3822 Score: 260
Period size: 35 Copynumber: 9.9 Consensus size: 35
3471 TAAGCCATTT
** *
3481 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGCCAACTACTG
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
*
3516 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCT-
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTA-CTG
* * **
3551 ATTAACTTAATTACACCGAATTAGGTTAATTACCA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* * *
3586 ATTTACTTAATCACATCGAATTAAGTTGATTACTG
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* * *
3621 ATTTACTTAATTTAATTACC-AATTTACTTAATTACACTG
1 ATTTACTTAA-TT-A-CACCGAATTAAGTTAATT--ACTG
* * **
3660 ATTTACTTAATTACACCGAATTGAGTTGATTACCA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* * **
3695 AGTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* **
3730 AATTACTTAA-T--------TTAA-TTAATTACCA
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
* * * *
3755 ATTTACTTAATTGCACCGAATTGAGTTTATTACCAG
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTA-CTG
*
3791 A-TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTAC
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTAC
3823 CAATTTGCTT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 39, Indels: 39
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
25 18 0.07
26 5 0.02
34 6 0.02
35 172 0.69
36 8 0.03
37 22 0.09
38 4 0.02
39 14 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
Found at i:3579 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3522--3822 Score: 82
Period size: 19 Copynumber: 16.4 Consensus size: 19
3512 ACTGATTTAC
3522 TTAATTACACCGAATTAAG
1 TTAATTACACCGAATTAAG
* * *
3541 TTGATT--ACC-TATTAAC
1 TTAATTACACCGAATTAAG
*
3557 TTAATTACACCGAATTAGG
1 TTAATTACACCGAATTAAG
* *
3576 TTAATT--ACC-AATTTAC
1 TTAATTACACCGAATTAAG
* *
3592 TTAATCACATCGAATTAAG
1 TTAATTACACCGAATTAAG
* *** * *
3611 TTGATTACTGATTTACTTAAT
1 TTAATTAC--ACCGAATTAAG
* *
3632 TTAATT--ACC-AATTTAC
1 TTAATTACACCGAATTAAG
* * *
3648 TTAATTACACTG-ATTTAC
1 TTAATTACACCGAATTAAG
*
3666 TTAATTACACCGAATTGAG
1 TTAATTACACCGAATTAAG
* *
3685 TTGATT--ACC-AAGTT-AC
1 TTAATTACACCGAA-TTAAG
3701 TTAATTACACCGAATTAAG
1 TTAATTACACCGAATTAAG
* ** *
3720 TTGATTAC-CAAATTACTTAAT
1 TTAATTACACCGA--A-TTAAG
* * *
3741 TTAATTAATTACC-AATTTAC
1 TTAATT-A-CACCGAATTAAG
* *
3761 TTAATTGCACCGAATTGAG
1 TTAATTACACCGAATTAAG
* * *
3780 TTTATTAC-CAG-ATT-AC
1 TTAATTACACCGAATTAAG
3796 TTAATTACACCGAATTAAG
1 TTAATTACACCGAATTAAG
*
3815 TTGATTAC
1 TTAATTAC
3823 CAATTTGCTT
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 55, Indels: 54
0.65 0.18 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 45 0.22
17 17 0.09
18 39 0.19
19 64 0.32
20 10 0.05
21 22 0.11
22 1 0.00
23 1 0.00
24 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
TTAATTACACCGAATTAAG
Found at i:3638 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3614--3671 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 3.0 Consensus size: 20
3604 AATTAAGTTG
3614 ATTACTGATTTACTTAATTT
1 ATTACTGATTTACTTAATTT
**
3634 AATTACCAATTTACTTAA-TT
1 -ATTACTGATTTACTTAATTT
*
3654 A-CACTGATTTACTTAATT
1 ATTACTGATTTACTTAATT
3672 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 4
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.39
19 2 0.06
20 2 0.06
21 15 0.48
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (20 bp):
ATTACTGATTTACTTAATTT
Found at i:3701 original size:109 final size:107
Alignment explanation
Indices: 3483--3766 Score: 324
Period size: 109 Copynumber: 2.6 Consensus size: 107
3473 AGCCATTTAT
*** * * * * *
3483 TTACTTAATTACACCGAATTAAGCCAACTACTGATTTACTTAA-TT-A-CACCGAATTAAGTTGA
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACTGATTTACTTAATTTAATTACC-AATTTACTTAA
*
3545 TTACCTATTAACTTAATTACACCGAATTAGGTTAATTACCAAT
65 TTACCTATTAACTTAATTACACCGAATTAGGTTAATTACCAAG
* *
3588 TTACTTAATCACATCGAATTAAGTTGATTACTGATTTACTTAATTTAATTACCAATTTACTTAAT
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACTGATTTACTTAATTTAATTACCAATTTACTTAAT
* *
3653 TACACTGATTTACTTAATTACACCGAATT-GAGTTGATTACCAAG
66 TAC-CT-ATTAACTTAATTACACCGAATTAG-GTTAATTACCAAG
** *
3697 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAATTAATTACCAATTTACT
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACTGATTTACTTAA--T--TTAATTACCAATTTACT
3762 TAATT
62 TAATT
3767 GCACCGAATT
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 18, Indels: 12
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
105 37 0.25
106 2 0.01
107 13 0.09
108 6 0.04
109 70 0.46
111 1 0.01
113 22 0.15
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (107 bp):
TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACTGATTTACTTAATTTAATTACCAATTTACTTAAT
TACCTATTAACTTAATTACACCGAATTAGGTTAATTACCAAG
Found at i:3761 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 3688--3801 Score: 183
Period size: 60 Copynumber: 1.9 Consensus size: 60
3678 AATTGAGTTG
3688 ATTACCAAGTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAATTA
1 ATTACCAAGTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAATTA
* * * * *
3748 ATTACCAATTTACTTAATTGCACCGAATTGAGTTTATTACCAGATTACTTAATT
1 ATTACCAAGTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATT
3802 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 5, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
60 49 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (60 bp):
ATTACCAAGTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAATTTAATTA
Found at i:3796 original size:95 final size:97
Alignment explanation
Indices: 3641--3825 Score: 304
Period size: 95 Copynumber: 1.9 Consensus size: 97
3631 TTTAATTACC
* *
3641 AATTTACTTAATTACACTGATTTACTTAATTACACCGAATTGAGTTGATTACCAAGTTACTTAAT
1 AATTTAATTAATTACACTAATTTACTTAATTACACCGAATTGAGTTGATTACCAAGTTACTTAAT
3706 TACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTT
66 TACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTT
* *
3738 AATTTAATTAATTAC-C-AATTTACTTAATTGCACCGAATTGAGTTTATTACC-AGATTACTTAA
1 AATTTAATTAATTACACTAATTTACTTAATTACACCGAATTGAGTTGATTACCAAG-TTACTTAA
3800 TTACACCGAATTAAGTTGATTACCAA
65 TTACACCGAATTAAGTTGATTACCAA
3826 TTTGCTTTTT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 4, Indels: 4
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
94 2 0.02
95 66 0.80
96 1 0.01
97 14 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (97 bp):
AATTTAATTAATTACACTAATTTACTTAATTACACCGAATTGAGTTGATTACCAAGTTACTTAAT
TACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTT
Found at i:6397 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 6372--6410 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
6362 AAAAAGAGCA
*
6372 CCAATTTGCAAATCAAATGT
1 CCAATTCGCAAATCAAATGT
*
6392 CCAATTCGTAAATCAAATG
1 CCAATTCGCAAATCAAATG
6411 CCTTGTATTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.21, G:0.10, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
CCAATTCGCAAATCAAATGT
Done.