Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014190.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14211, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.20, T:0.30
Found at i:1446 original size:15 final size:15
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Indices: 1426--1455 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
1416 CTACTTGTTT
1426 TTTTGAAAGTAATTA
1 TTTTGAAAGTAATTA
1441 TTTTGAAAGTAATTA
1 TTTTGAAAGTAATTA
1456 ACGAGAAGCT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.13, T:0.47
Consensus pattern (15 bp):
TTTTGAAAGTAATTA
Found at i:3173 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 3147--3212 Score: 89
Period size: 5 Copynumber: 13.0 Consensus size: 5
3137 GTGATGATAA
3147 TATAT ATATAT TAT-T ATATAT TATAT TATAT TATAT TATAT TATAT TATAT
1 TATAT -TATAT TATAT -TATAT TATAT TATAT TATAT TATAT TATAT TATAT
* *
3198 TATAT AACAT TATAT
1 TATAT TATAT TATAT
3213 AACATAACAT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 4, Indels: 5
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
4 1 0.02
5 47 0.87
6 6 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (5 bp):
TATAT
Found at i:5550 original size:762 final size:764
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Indices: 4489--6551 Score: 3441
Period size: 765 Copynumber: 2.7 Consensus size: 764
4479 TCAGCTATAA
* * **
4489 GATGCACAACATTCACCCAAGAACAAATTGTCA-GGGTATTTCGATACTTTCAAACTCGGTATTT
1 GATGCACCACATTCACCCAAGAACAAATTGTCAGGGGTATTTCGGTACTTTCATGCTCGGTATTT
* * * *
4553 TCGTTATTATTGTTGATTGTTAAGGGCGTTTTGGGAACTTTGGGATAAAGTTACTATTTGATAGG
66 TCGTTATTATTGTTGATTGTTGAGGGCGTTTTGGGAACTTTAGGATAAAGTTACTATTTGGTGGG
* * * *
4618 TCCCACTCTCAATAAACAAATTATTTTTTGTTGG--GA--TA--AATAATCCCCACACTTTTATG
131 TCCCACTCTCAATAAACAAATTATTTTTTGTTGGATTATTTATCAATGATCCTCATACTTTTATG
* * *
4677 CTTTATGTTATTTAATCTTTTACAATTATGAGTTGGACGATTGAATGTTTCGACTTTAATTCTTT
196 CTTTATGCTATTTAATCTTTTACAATTATGGGTTGGACGACTGAATGTTTCGACTTTAATTCTTT
*
4742 TATTTTTATTCTATTTGTCC-AGTCAAGGTAATTCATGTGTCTATTTAAAGGTAATTTCATGGTC
261 TATTTTTATTCTATTTGTCCGA-TCAAGGTAATTCAGGTGTCTATTTAAAGGTAATTTCATGGTC
*
4806 TACAACTTTCATTCAGGACTCAAAAGCCAATTTTAATGTTTTGATTCTAAAAAATGCTTTTGAAA
325 TACAACTTTCATTCAGGACTCAAAAGCCAATTTTAATGTTTTGATTCTAAAAAATGCTTCTGAAA
* * *
4871 TTTTGTTGTCTCGATTGCCGGTCTATATAATATTGTATAATTTTCGGTCTACACGTCTGATTGAA
390 TTTTGTTGTCTCGATTGCCGGTCTATATAATATTGTATAATTTTCGGTCCACATGTCCGATTGAA
*
4936 ATTATTCAAGTGTTGGTTAAAAAGTTATTTCATGATCTACGACTTTTGTCAAGGGCCTCAAAGCA
455 ATTATTCAAGTGTTGGTTAAAAAGTTATTTCATGATCTACGACTTTTGTCAAGGGCCTCAAAGCT
* *
5001 TAATTTGACTAATGATTTTCGTGGAGAGTTCAAGAGGGAATTTTTATGTTT-G-CTCCATGAACA
520 TAATTTGACTAATGAGTTTCGTGGAGAGTTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCCATAAACA
*
5064 AATA-TTTTTTCCCTGGATTATTTATCAAATGGCCCTTATACTTTTATGCTTTAAGCTATTTAAT
585 AATATTTTTTTCCCTGGATTATTTATCAAATGACCCTTATACTTTTATGCTTTAAGCTATTTAAT
* * *
5128 CCTCTACAAATTCTGGGTTGGATGCTTTAACGCTTCGGCTTTAATTCTTTTACTTTTTTTCTATT
650 CCTCTACAAATTCTGGGTTGGACGCTTTAACACTTCGGCTTTAATTCTTTTACTTTTGTTCTATT
*
5193 TGTCCGATCAATGTGATTCAAGTGTCTATTGAAAGATAATTTAATGACTT
715 TGTCCGATCAATGCGATTCAAGTGTCTATTGAAAGATAATTTAATGACTT
*
5243 GATGCACCACATTCACCCAAGAACAAATTGTTAGGGGTATTTCGGTACTTTCATGCTCGGTATTT
1 GATGCACCACATTCACCCAAGAACAAATTGTCAGGGGTATTTCGGTACTTTCATGCTCGGTATTT
* *
5308 TCATTATTATTGTTGATTGTTG-GAGGCGTTTTGGGAACTTTAGGATAAGGTTACTATTTGGTGG
66 TCGTTATTATTGTTGATTGTTGAG-GGCGTTTTGGGAACTTTAGGATAAAGTTACTATTTGGTGG
*
5372 GTCCCACTCTCAATAGACAAATTATTTTTTGTTGGATTATTTATCGAATGATCCTCATACTTTTA
130 GTCCCACTCTCAATAAACAAATTATTTTTTGTTGGATTATTTATC-AATGATCCTCATACTTTTA
* * *
5437 TGCTTTATGCTATTTAATCTTTTACAATTATGGGTTGGACGACTAAATGTTTCGGCTTTAATTCA
194 TGCTTTATGCTATTTAATCTTTTACAATTATGGGTTGGACGACTGAATGTTTCGACTTTAATTCT
5502 TTTATTTTTATTCTATTTGTCCGATCAAGGTAATTCAGGTGTCTATTTAAAGGTAATTTCATGGT
259 TTTATTTTTATTCTATTTGTCCGATCAAGGTAATTCAGGTGTCTATTTAAAGGTAATTTCATGGT
*
5567 CTACAACTTTCATTCAGGACTCAAAAGCCAATTTTAATGTTTTAATTCTAAAAAATGCTTCTGAA
324 CTACAACTTTCATTCAGGACTCAAAAGCCAATTTTAATGTTTTGATTCTAAAAAATGCTTCTGAA
*
5632 ATTTGGTTGTCTCGATTGCCGGTCTATATAATATTGTATAATTTTCGGTCCACATGTCCGATTGA
389 ATTTTGTTGTCTCGATTGCCGGTCTATATAATATTGTATAATTTTCGGTCCACATGTCCGATTGA
*
5697 AATTATTCAAGTGTTGGTTAAAAAGTTATTTCATGATCTACGACTTTCGTCAAGGGCCTCAAAGC
454 AATTATTCAAGTGTTGGTTAAAAAGTTATTTCATGATCTACGACTTTTGTCAAGGGCCTCAAAGC
5762 TTAATTTGACTAATGAGTTTCGTGGAGAGTTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCCATAAAC
519 TTAATTTGACTAATGAGTTTCGTGGAGAGTTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCCATAAAC
* * *
5827 AAATATTTTTTTCCCTGGATTATTTATTAAATGACCCTTATACTTTTATGTTTTATGCTATTTAA
584 AAATATTTTTTTCCCTGGATTATTTATCAAATGACCCTTATACTTTTATGCTTTAAGCTATTTAA
*
5892 TCCTCTACAAATTCTGGGTTGGACGCTTTAACACTTCGGTTTTAATTCTTTTACTTTTGTTCTAT
649 TCCTCTACAAATTCTGGGTTGGACGCTTTAACACTTCGGCTTTAATTCTTTTACTTTTGTTCTAT
5957 TTGTCCGATCAATGCGATTCAAGTGTCTATTGAAAGATAATTTAATGACTT
714 TTGTCCGATCAATGCGATTCAAGTGTCTATTGAAAGATAATTTAATGACTT
* * *
6008 GATGCACCACATTCACCTAAGAACAAATTGTCAGGGGTATTTTGGTACTTTCATGCTCGATATTT
1 GATGCACCACATTCACCCAAGAACAAATTGTCAGGGGTATTTCGGTACTTTCATGCTCGGTATTT
*
6073 TCGTTATTATTGTTGATTGTTGAGGGCGTTTTGGGAACTTTAGGATAAAGTTACTATTTGGTGTG
66 TCGTTATTATTGTTGATTGTTGAGGGCGTTTTGGGAACTTTAGGATAAAGTTACTATTTGGTGGG
*
6138 TCCCACTCTCAATAAACAAATTATTTTTTGTTGTATTATTTATCAAATGATCCTCATACTTTTAT
131 TCCCACTCTCAATAAACAAATTATTTTTTGTTGGATTATTTATC-AATGATCCTCATACTTTTAT
*
6203 GCTTTATGCTATTTAATCTTTTACAATTATGGGTTGGACGACTGAATGTTTTGACTTTAATTCTT
195 GCTTTATGCTATTTAATCTTTTACAATTATGGGTTGGACGACTGAATGTTTCGACTTTAATTCTT
* * * *
6268 TTATTTTTATTCTATTTGTCCGATCAAGGTAATTCAGGTGTCTATTTAAATGTAATTTTATGTTT
260 TTATTTTTATTCTATTTGTCCGATCAAGGTAATTCAGGTGTCTATTTAAAGGTAATTTCATGGTC
*
6333 TATAACTTTCATTCAGGACTCAAAAGCCAATTTTAATGTTTTGATTCTAAAAAATGCTTCTGAAA
325 TACAACTTTCATTCAGGACTCAAAAGCCAATTTTAATGTTTTGATTCTAAAAAATGCTTCTGAAA
* *
6398 TTTTGTTGTCTCGATTGCCAGTCTATATAATATTGTATAATTTTCGGTCCATATGTCCGATTGAA
390 TTTTGTTGTCTCGATTGCCGGTCTATATAATATTGTATAATTTTCGGTCCACATGTCCGATTGAA
* * * * *
6463 ATTATCCAAGTGTTGGTTAAAAGGTTATTTCATGATCTAC-AATTTTCATCAAGGGCCTGAAAGC
455 ATTATTCAAGTGTTGGTTAAAAAGTTATTTCATGATCTACGACTTTT-GTCAAGGGCCTCAAAGC
*
6527 TTAATTTTACTAATGAGTTTCGTGG
519 TTAATTTGACTAATGAGTTTCGTGG
6552 TGTAGGCACC
Statistics
Matches: 1222, Mismatches: 72, Indels: 19
0.93 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
754 32 0.03
755 118 0.10
757 1 0.00
759 2 0.00
762 375 0.31
763 2 0.00
764 18 0.01
765 673 0.55
766 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.16, T:0.42
Consensus pattern (764 bp):
GATGCACCACATTCACCCAAGAACAAATTGTCAGGGGTATTTCGGTACTTTCATGCTCGGTATTT
TCGTTATTATTGTTGATTGTTGAGGGCGTTTTGGGAACTTTAGGATAAAGTTACTATTTGGTGGG
TCCCACTCTCAATAAACAAATTATTTTTTGTTGGATTATTTATCAATGATCCTCATACTTTTATG
CTTTATGCTATTTAATCTTTTACAATTATGGGTTGGACGACTGAATGTTTCGACTTTAATTCTTT
TATTTTTATTCTATTTGTCCGATCAAGGTAATTCAGGTGTCTATTTAAAGGTAATTTCATGGTCT
ACAACTTTCATTCAGGACTCAAAAGCCAATTTTAATGTTTTGATTCTAAAAAATGCTTCTGAAAT
TTTGTTGTCTCGATTGCCGGTCTATATAATATTGTATAATTTTCGGTCCACATGTCCGATTGAAA
TTATTCAAGTGTTGGTTAAAAAGTTATTTCATGATCTACGACTTTTGTCAAGGGCCTCAAAGCTT
AATTTGACTAATGAGTTTCGTGGAGAGTTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCCATAAACAA
ATATTTTTTTCCCTGGATTATTTATCAAATGACCCTTATACTTTTATGCTTTAAGCTATTTAATC
CTCTACAAATTCTGGGTTGGACGCTTTAACACTTCGGCTTTAATTCTTTTACTTTTGTTCTATTT
GTCCGATCAATGCGATTCAAGTGTCTATTGAAAGATAATTTAATGACTT
Found at i:10668 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 10548--11094 Score: 580
Period size: 35 Copynumber: 15.8 Consensus size: 35
10538 GTCAACAATA
* *
10548 ACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAACA-CAGTTA-AGG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-ATCAG-CACA-G
* * * * *
10584 ACTTAATTCAGGGCAATTAAATAGAATCAGTAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACA-G
* *
10620 GCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAAATCAGCACAG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
* *
10655 ACTTAATTTAGGGTAATTAGGTAAAATCAGCACAG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
* * * *
10690 GCTTAATTCGGGGTAATTAAGTAAAACCAGCACAA
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
10725 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
* * * * *
10760 GCTTAATTCGGGGTAATTTAGTAAAACCAAG-ACAA
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATC-AGCACAG
* *
10795 ACTTGATTCAGGGTAATTAAGT-AAATCA-CAAAG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
*
10828 GCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
* *
10863 ACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAAACCAGCACAG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
* * *
10898 ACTTGATTTAGGGTAATTAAGT-AAATCA-CAAAG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
* *
10931 GCTTAATTCAGGG-AATTAAGTAAAATCAGCATAG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
* *
10965 ACTTGATTCAGGGTAATTATGTAAAATCAGCACAG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
*
11000 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCA--A-TG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
* * *
11032 ACTTGATTCAAGG-AGATTAAGT-AAATCAGCAAAG
1 ACTTAATTCAGGGTA-ATTAAGTAAAATCAGCACAG
* ** *
11066 ACTTAGTTTCAAAGAAATTAAGTAAAATC
1 ACTTA-ATTCAGGGTAATTAAGTAAAATC
11095 CACAAAGGCT
Statistics
Matches: 430, Mismatches: 65, Indels: 32
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 7 0.02
32 27 0.06
33 45 0.10
34 35 0.08
35 254 0.59
36 62 0.14
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (35 bp):
ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
Found at i:10868 original size:103 final size:104
Alignment explanation
Indices: 10548--11070 Score: 593
Period size: 103 Copynumber: 5.0 Consensus size: 104
10538 GTCAACAATA
* * * * *
10548 ACTTAATTCAGTGTAATTAAGT-AAACACAGTTA-AGGACTTAATTCAGGGCAATTAAATAGAAT
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAGGTAAAAC-CAG-CACA-GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA-AAT
* *
10611 CAGTAAAGGGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAAATCAGCACAG
62 CAGCAAA-GGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
* * * * *
10655 ACTTAATTTAGGGTAATTAGGTAAAATCAGCACAGGCTTAATTCGGGGTAATTAAGTAAAACCAG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAGGTAAAACCAGCACAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAG
*
10720 CACAA-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
65 CA-AAGGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
* * * *
10760 GCTTAATTCGGGGTAATTTA-GTAAAACCAAG-ACAAACTTGATTCAGGGTAATTAAGTAAATCA
1 ACTTAATTCAGGGTAA-TTAGGTAAAACC-AGCACAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCA
10823 -CAAAGGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
64 GCAAAGGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
* * * *
10863 ACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAAACCAGCACAGACTTGATTTAGGGTAATTAAGTAAATCA-C
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAGGTAAAACCAGCACAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGC
*
10927 AAAGGCTTAATTCAGGG-AATTAAGTAAAATCAGCATAG
66 AAAGGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
* * * *
10965 ACTTGATTCAGGGTAATTATGTAAAATCAGCACAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA--ATC
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAGGTAAAACCAGCACAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGC
* * * * *
11028 AATGACTTGATTCAAGG-AGATTAAGT-AAATCAGCAAAG
66 AAAGGCTTAATTCAGGGTA-ATTAAGTAAAATCAGCACAG
11066 ACTTA
1 ACTTA
11071 GTTTCAAAGA
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 41, Indels: 28
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
100 1 0.00
101 30 0.08
102 88 0.24
103 105 0.29
104 5 0.01
105 75 0.21
106 31 0.09
107 26 0.07
108 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (104 bp):
ACTTAATTCAGGGTAATTAGGTAAAACCAGCACAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGC
AAAGGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAG
Found at i:11121 original size:102 final size:101
Alignment explanation
Indices: 10833--11132 Score: 239
Period size: 102 Copynumber: 2.9 Consensus size: 101
10823 CAAAGGCTTA
* * * * * *
10833 ATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGCACAGACTTAATTC-AGGATAATTAAGTAAAACCAGCACA
1 ATTCAAGG-AATTAAGTAAAATCAGCAAAGACTTGATTCAAAGA-AATTAAGTAAAATCAGCAAA
* ** * * * * * *
10897 GACTTGATTTAGGGTAATTAAG-TAAATCACAAAGGCTTA
64 GACTTAATCCAAGATAATTAAGCAAAAT--CAATGACTTG
* * ** * * *
10936 ATTCAGGGAATTAAGTAAAATCAGCATAGACTTGATTCAGGGTAATTATGTAAAATCAGCACAGA
1 ATTCAAGGAATTAAGTAAAATCAGCAAAGACTTGATTCAAAGAAATTAAGTAAAATCAGCAAAGA
* * * *
11001 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAATGACTTG
66 CTTAATCCAAGATAATTAAGCAAAATCAATGACTTG
*
11037 ATTCAAGGAGATTAAGT-AAATCAGCAAAGACTTAGTTTCAAAGAAATTAAGTAAAATCCA-CAA
1 ATTCAAGGA-ATTAAGTAAAATCAGCAAAGACTT-GATTCAAAGAAATTAAGTAAAAT-CAGCAA
* * *
11100 AGGCTTAATCCAAGATGATTAAGCAAGATCAAT
63 AGACTTAATCCAAGATAATTAAGCAAAATCAAT
11133 CAAAGACTTA
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 27, Indels: 11
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
101 30 0.18
102 119 0.72
103 16 0.10
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (101 bp):
ATTCAAGGAATTAAGTAAAATCAGCAAAGACTTGATTCAAAGAAATTAAGTAAAATCAGCAAAGA
CTTAATCCAAGATAATTAAGCAAAATCAATGACTTG
Found at i:11208 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 11156--11298 Score: 205
Period size: 36 Copynumber: 3.9 Consensus size: 36
11146 TAAGGGGACT
*
11156 AAGTGAAGTAAAGAACTTAATTCGGGGTAATTAAGTA
1 AAGTGAA-TAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * *
11193 AAATCAATAAAGAACTTAATTCAGGGCAACTAAGTA
1 AAGTGAATAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
11229 GAGTGAATAAAGAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTA
1 AAGTGAATAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
11265 AAGTGAATAAAGAACTTAATTTAGGGTAATTAAG
1 AAGTGAATAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
11299 AGGGATATTA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 13, Indels: 1
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
36 88 0.95
37 5 0.05
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (36 bp):
AAGTGAATAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
Found at i:13366 original size:21 final size:21
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Indices: 13342--13386 Score: 72
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
13332 AAATTGTGTA
*
13342 CCGGGATGAAGAGGCAAGGCG
1 CCGGGATGAAGAGGCAAGACG
*
13363 CCGGGATGAGGAGGCAAGACG
1 CCGGGATGAAGAGGCAAGACG
13384 CCG
1 CCG
13387 AGAGGAGGCA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.47, T:0.04
Consensus pattern (21 bp):
CCGGGATGAAGAGGCAAGACG
Found at i:13394 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13352--13394 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
13342 CCGGGATGAA
* * *
13352 GAGGCAAGGCGCCGGGATGAG
1 GAGGCAAGACGCCGAGAGGAG
13373 GAGGCAAGACGCCGAGAGGAG
1 GAGGCAAGACGCCGAGAGGAG
13394 G
1 G
13395 CAAACGAATG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.51, T:0.02
Consensus pattern (21 bp):
GAGGCAAGACGCCGAGAGGAG
Found at i:17634 original size:14 final size:14
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Indices: 17584--17635 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 3.6 Consensus size: 14
17574 AATTTTCTGA
17584 TTTTTCTATTTTTCC
1 TTTTTCT-TTTTTCC
*
17599 ATTTTT-TCTTTTCC
1 -TTTTTCTTTTTTCC
*
17613 TTTCTTCTTTTTTGC
1 TTT-TTCTTTTTTCC
17628 TTTTTCTT
1 TTTTTCTT
17636 CAAATCTTGA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 6
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 13 0.42
15 10 0.32
16 5 0.16
ACGTcount: A:0.04, C:0.19, G:0.02, T:0.75
Consensus pattern (14 bp):
TTTTTCTTTTTTCC
Found at i:19491 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 19472--19498 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
19462 CTGGAAAATG
19472 TGAGAGAGAGTGAT
1 TGAGAGAGAGTGAT
19486 TGAGAGAGAGTGA
1 TGAGAGAGAGTGA
19499 GTGAAGGGAG
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.44, T:0.19
Consensus pattern (14 bp):
TGAGAGAGAGTGAT
Found at i:20726 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 20684--20802 Score: 193
Period size: 31 Copynumber: 3.8 Consensus size: 31
20674 CATGATTACT
*
20684 CACCAAAAGGTATACCGTAAATACTCCCTACC
1 CACC-AAAGGTATACCGTAAATACTCCATACC
20716 CACCAAAGGTATACCGTAAATACTCCATACC
1 CACCAAAGGTATACCGTAAATACTCCATACC
*
20747 CACCAAGGGTATACCGTAAATACTCCATACC
1 CACCAAAGGTATACCGTAAATACTCCATACC
* *
20778 CACAAAAGGTATACCGTAAACACTC
1 CACCAAAGGTATACCGTAAATACTC
20803 ACCAAGTATT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 5, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
31 78 0.95
32 4 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.32, G:0.11, T:0.18
Consensus pattern (31 bp):
CACCAAAGGTATACCGTAAATACTCCATACC
Found at i:20890 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 20826--20911 Score: 163
Period size: 45 Copynumber: 1.9 Consensus size: 45
20816 AAGCCAATAG
*
20826 GCAGTTACTTCATCAAGAATGAGGTAACCACCCACGTTCTTCAAA
1 GCAGTTACTTCACCAAGAATGAGGTAACCACCCACGTTCTTCAAA
20871 GCAGTTACTTCACCAAGAATGAGGTAACCACCCACGTTCTT
1 GCAGTTACTTCACCAAGAATGAGGTAACCACCCACGTTCTT
20912 ATTTGAAGAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 40 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.28, G:0.16, T:0.24
Consensus pattern (45 bp):
GCAGTTACTTCACCAAGAATGAGGTAACCACCCACGTTCTTCAAA
Found at i:28128 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 28120--28169 Score: 100
Period size: 3 Copynumber: 16.7 Consensus size: 3
28110 TTCAGTTACA
28120 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
28168 AA
1 AA
28170 GTGTCTCAAC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 47 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:28942 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 28889--29056 Score: 180
Period size: 36 Copynumber: 4.7 Consensus size: 36
28879 TGCTCCTGGG
* *
28889 GAGGAAGAAGTAGGGCGCACCCTACTATTCC-T-TGGA
1 GAGGAAGAAGTAAGGCGCACCCTACCA--CCTTGTGGA
* * ** *
28925 GAAGAAGATGTAAGGCGCATGCTACCACCTTGTGGG
1 GAGGAAGAAGTAAGGCGCACCCTACCACCTTGTGGA
* **
28961 GAGGAAGATGTAAGGCGCATGCTACCACCTTGTGGA
1 GAGGAAGAAGTAAGGCGCACCCTACCACCTTGTGGA
28997 GAGGAAGAAGTAAGGCGCACCCTACCATCCTT-TGGA
1 GAGGAAGAAGTAAGGCGCACCCTACCA-CCTTGTGGA
* *
29033 GAGGAGGAAGTAAGGCGTACCCTA
1 GAGGAAGAAGTAAGGCGCACCCTA
29057 TCACGCTTAA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 14, Indels: 6
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
34 2 0.02
35 1 0.01
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ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (36 bp):
GAGGAAGAAGTAAGGCGCACCCTACCACCTTGTGGA
Done.