Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01014206.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14227, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6645
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.19, T:0.32


Found at i:1062 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 1018--1394  Score: 515
    Period size: 35  Copynumber: 10.8  Consensus size: 35

       1008 CAGTAATAAG

                                              * 
       1018 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAA-TCAGTAGT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTAAT

                                    *         *
       1053 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAC
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

                                      *  *     
       1088 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCGGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

            *                       **         
       1123 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGGTCAGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

            *                         *  *     
       1158 AAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCGGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

            *                                 * 
       1193 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAA-TCAGTAGT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTAAT

                                               
       1228 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

                            *                  
       1263 CAACTTAATTCAGGGTGATTAAGTAAGTCAGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

            *  *                          *    
       1298 AAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

                          *         *     *  * 
       1333 CAACTTAATTCAGGATAATTAAGTGAGTCAATAGT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

            *      *                   
       1368 TAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTAAG
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG

       1395 GGTAATTAAG


Statistics
Matches: 302,  Mismatches: 37, Indels: 6
        0.88            0.11        0.02

Matches are distributed among these distances:
  34    3  0.01
  35  297  0.98
  36    2  0.01

ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.19, T:0.33


Consensus pattern (35 bp):   
CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

Found at i:1398 original size:14 final size:14

Alignment explanation


    Indices: 1379--1405  Score: 54
    Period size: 14  Copynumber: 1.9  Consensus size: 14

       1369 AACTTAGTTC

                          
       1379 AGGGTAATTAAGTA
          1 AGGGTAATTAAGTA

                         
       1393 AGGGTAATTAAGT
          1 AGGGTAATTAAGT

       1406 TTAGCAAGAA


Statistics
Matches: 13,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
  14   13  1.00

ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.30, T:0.30


Consensus pattern (14 bp):   
AGGGTAATTAAGTA

Found at i:3880 original size:21 final size:21

Alignment explanation


    Indices: 3854--3904  Score: 66
    Period size: 21  Copynumber: 2.4  Consensus size: 21

       3844 GCACTGGAGT

                   *   * *       
       3854 ACATGGGTCGCGAGGCAAACC
          1 ACATGGGCCGCCAAGCAAACC

                             *   
       3875 ACATGGGCCGCCAAGCATACC
          1 ACATGGGCCGCCAAGCAAACC

                     
       3896 ACATGGGCC
          1 ACATGGGCC

       3905 CGCAGCGCTA


Statistics
Matches: 26,  Mismatches: 4, Indels: 0
        0.87            0.13        0.00

Matches are distributed among these distances:
  21   26  1.00

ACGTcount: A:0.27, C:0.33, G:0.29, T:0.10


Consensus pattern (21 bp):   
ACATGGGCCGCCAAGCAAACC
Done.