Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014209.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14230, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1680
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Found at i:1247 original size:329 final size:329
Alignment explanation
Indices: 2--1680 Score: 1798
Period size: 331 Copynumber: 5.1 Consensus size: 329
1 A
2 GAGGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTGAATTACTTTTTAATTAAATTGAA
1 GAGGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCAT-TTTTTTGAATTACTTTTTAATTAAATTGAA
* * *
67 ATAAGATTTAAATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGAATATATGA
65 ATAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA
* * *
132 ATATGGATATCTCAAGGAGTTTTACCGCGAAAAATAATGCAAAACTGCCCCAGGGCCTGTAATGC
130 ATATGGATATCTCAAGGAGTTTTAGCACGAAAAATAATGCAAAACTGCGCCAGGGCCTGTAATGC
*
197 TTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGATTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAATTGACC
195 TTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGATTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACC
* ** * * *
261 GGAAAGATA-TTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAGAATATATAATTCAACACCAAA
260 AGAAA-ATATTTTCCAAAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAA-TATATATAATTTAACACCAAA
*
325 AAGATAG
323 AAGATTG
* * * ** * * *
332 AAGGACTTTTCACGTTTTTAATATTATTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTTTCATTAAATCG
1 GAGGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTC--ATTTTTT-TGAATTACTTTTTAATTAAATTG
* * * * *
397 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGAT
63 AAATAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGAT
* * * * * ** ** * * ** ** * *
462 GAATGTAGAAATTTCAAGGAGTGTCGGTGCCAAAAATCATGCAATGCTAAGTCAGGGCCCCG-AG
128 GAATATGGATATCTCAAGGAGTTTTAGCACGAAAAATAATGCAAAACTGCGCCAGGG-CCTGTA-
* * * * * *
526 ATGCGTTTTTAGCCAAAAA-C-T-ATGA-TACCTACACGATTTTGGCTAGAATTTT--TAAAAAA
191 ATGCTTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGATTA-TTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAA
* ** * *
585 TGACCCA-AAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAACACTCATAAAATATTTATAATTTAACAC
255 TGA-CCAGAAAATATTTTCCAAAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTTAACAC
649 CAAAAAGATTG
319 CAAAAAGATTG
* * * * * * * *
660 GTGGACTTTTCAAGATTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTTAATTAATTTCTAATTAAATCGA
1 GAGGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCAT-TTTTT-TGAATTACTTTTTAATTAAATTGA
* * * ** * *
725 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-ATATCCTTAAACGCAATGTGATTGACATTTGATTAAATG
64 AATAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATG
* * * * * * * *
789 AATATAGATATTTCAAGGA-TTCTCG-ACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCCCG-A
129 AATATGGATATCTCAAGGAGTTTTAGCACG--AAAAATAATGCAAAACTGCGCCAGGG-CCTGTA
* * * * * * *
851 A-GCTTGTTTTTAG-CAAAAAACTGGGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAATTCTACAAAAA
191 ATGC-T-TTTTTAGCCAAAAATC-GTGATGATTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
** * **
914 AATGATTAGAAAAAATTTTCCAAAATTTTTGGATAAAATACTCA-AGAAATATATATAATTTATT
253 AATGACCAGAAAATATTTTCCAAAATTTTTGGATAAAATACTCATA-AAATATATATAATTTAAC
*
978 GCCAAAAAGATTG
317 ACCAAAAAGATTG
*
991 GAGGACATTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCATTTTTTTGAATTACTTTTTAATTAAATTGAAA
1 GAGGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCATTTTTTTGAATTACTTTTTAATTAAATTGAAA
* *
1056 TAAGATTCAAATGCTCGTATAAACATAT-CTTAAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGAATAGATGA
66 TAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACATATCCTT-AAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA
1120 ATATGGATATCTCAAGGAGTTTTAGCACGAAAAATAATGCAAAACTGCGCCAGGGCCTGTAATGC
130 ATATGGATATCTCAAGGAGTTTTAGCACGAAAAATAATGCAAAACTGCGCCAGGGCCTGTAATGC
* *
1185 TTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGATTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACT
195 TTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGATTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACC
* * * *** *
1250 AGAAAATTTTTTCCAAAATTTTTGGATAAAATACTCATGAAATATATATAATATATTGCTAAAAA
260 AGAAAATATTTTCCAAAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTTAACACCAAAAA
*
1315 GATTA
325 GATTG
*
1320 GAGGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTTTGAATTACTTTTCAATTAAATTGA
1 GAGGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTC--ATTTTTTTGAATTACTTTTTAATTAAATTGA
* * * *
1385 AATAGGATTGAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTATATG
64 AATAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATG
* * * * * *
1450 GATATGAATATCTCAAGGAGTCTTAGCCCGAAAAATAATGCAAAACTGC-CCTTGAGCCTGTAAT
129 AATATGGATATCTCAAGGAGTTTTAGCACGAAAAATAATGCAAAACTGCGCC-AGGGCCTGTAAT
* *
1514 GCTTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGATTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTG-TAAAAATTGA
193 GCTTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGATTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGA
* *** * * * ** *
1578 CCGGAAAGATA-TTTCCTTCATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAGAATATATAATTCAATGCAA
258 CCAGAAA-ATATTTTCCAAAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAA-TATATATAATTTAACACCA
*
1642 AAAAGATAG
321 AAAAGATTG
* * * *
1651 AAGGACTTTTCACGTTTTTAATATTGTTTT
1 GAGGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTT
Statistics
Matches: 1139, Mismatches: 173, Indels: 73
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
324 3 0.00
325 9 0.01
326 87 0.08
327 52 0.05
328 52 0.05
329 255 0.22
330 184 0.16
331 349 0.31
332 127 0.11
333 21 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (329 bp):
GAGGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCATTTTTTTGAATTACTTTTTAATTAAATTGAAA
TAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAA
TATGGATATCTCAAGGAGTTTTAGCACGAAAAATAATGCAAAACTGCGCCAGGGCCTGTAATGCT
TTTTTAGCCAAAAATCGTGATGATTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCA
GAAAATATTTTCCAAAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTTAACACCAAAAAG
ATTG
Done.