Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014214.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14235, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 32849
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.19, T:0.32
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1263 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1244--1282 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.8 Consensus size: 14
1234 ACTCAAAAGC
1244 TTTTTGAAAACCCA
1 TTTTTGAAAACCCA
*
1258 TTTTTGAAAA-CCT
1 TTTTTGAAAACCCA
1271 TTTCTTGAAAAC
1 TTT-TTGAAAAC
1283 ATATTTTGAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.23
14 17 0.77
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
TTTTTGAAAACCCA
Found at i:2632 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 2612--2641 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.5 Consensus size: 12
2602 AACCGGCCAA
*
2612 CGCATGGGACAT
1 CGCACGGGACAT
2624 CGCACGGGACAT
1 CGCACGGGACAT
2636 CGCACG
1 CGCACG
2642 AGCCATCCGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 17 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.33, G:0.33, T:0.10
Consensus pattern (12 bp):
CGCACGGGACAT
Found at i:2677 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 2637--2696 Score: 102
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
2627 ACGGGACATC
*
2637 GCACGAGCCATCCGGCCACCACCGGCCATT
1 GCACGAGCCATCCGGCCACAACCGGCCATT
*
2667 GCACGGGCCATCCGGCCACAACCGGCCATT
1 GCACGAGCCATCCGGCCACAACCGGCCATT
2697 CGACCCTTTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 28 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.45, G:0.25, T:0.10
Consensus pattern (30 bp):
GCACGAGCCATCCGGCCACAACCGGCCATT
Found at i:9187 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 9147--9206 Score: 84
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
9137 ATGGGACATC
* *
9147 GCACGAGCCATCATGCCACCACCGGCCATT
1 GCACGAGCCATCAGGCCACAACCGGCCATT
* *
9177 GCACGGGCCATCCGGCCACAACCGGCCATT
1 GCACGAGCCATCAGGCCACAACCGGCCATT
9207 CGACCCTTTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 26 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.43, G:0.23, T:0.12
Consensus pattern (30 bp):
GCACGAGCCATCAGGCCACAACCGGCCATT
Found at i:11986 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 11956--11984 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
11946 ACTTCTATTC
11956 AATGCATGAATGCA
1 AATGCATGAATGCA
11970 AATG-ATGAATGCA
1 AATGCATGAATGCA
11983 AA
1 AA
11985 ATCCGATTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
13 11 0.73
14 4 0.27
ACGTcount: A:0.48, C:0.10, G:0.21, T:0.21
Consensus pattern (14 bp):
AATGCATGAATGCA
Found at i:13952 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 13932--13969 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 2.5 Consensus size: 15
13922 CTAGAGAGAG
*
13932 AGAGAGAGAGACCGA
1 AGAGAGAGAGACCCA
*
13947 AGAGAGAGAGCCCCA
1 AGAGAGAGAGACCCA
13962 AGAGAGAG
1 AGAGAGAG
13970 TAAGAGTTTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 21 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.16, G:0.39, T:0.00
Consensus pattern (15 bp):
AGAGAGAGAGACCCA
Found at i:20594 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 20568--20627 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 21
20558 GCATAACTTG
20568 GAATCGATTGGAATATTCCTA
1 GAATCGATTGGAATATTCCTA
* * ** *
20589 GAATCGATTGTAAGAAGCTTA
1 GAATCGATTGGAATATTCCTA
*
20610 GAATCGATTAGAATATTC
1 GAATCGATTGGAATATTC
20628 TTGCTCAAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 10, Indels: 0
0.74 0.26 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 29 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (21 bp):
GAATCGATTGGAATATTCCTA
Found at i:25981 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 25943--26116 Score: 198
Period size: 36 Copynumber: 5.0 Consensus size: 36
25933 AGATTAACTT
** *
25943 CTTTATTGACTCCACTTAATCGCCCTGAATTAAGTT
1 CTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
**
25979 CTTTATT-ATCTCTGCTTAATTACCCTGAATTAAG-C
1 CTTTATTGA-CTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
* * *
26014 CCTTATTGACTCCACTTAATTACCATGAATTAAGCC
1 CTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
*
26050 CTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
1 CTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
* *
26086 C----TTGACTCTACTTAATTACCTTGAATTAAGT
1 CTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGT
26117 TTTTTTCTTT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 14, Indels: 10
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
32 29 0.24
35 29 0.24
36 63 0.52
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (36 bp):
CTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
Found at i:26043 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 25945--26117 Score: 228
Period size: 71 Copynumber: 2.5 Consensus size: 71
25935 ATTAACTTCT
** * *
25945 TTATTGACTCCACTTAATCGCCCTGAATTAAGTTCTTTATT-ATCTCTGCTTAATTACCCTGAAT
1 TTATTGACTCCACTTAATTACCATGAATTAAGTTCTTTATTGA-CTCTACTTAATTACCCTGAAT
26009 TAAGCCC
65 TAAGCCC
**
26016 TTATTGACTCCACTTAATTACCATGAATTAAGCCCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGAATT
1 TTATTGACTCCACTTAATTACCATGAATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGAATT
*
26081 AAGTCC
66 AAGCCC
* *
26087 ---TTGACTCTACTTAATTACCTTGAATTAAGTT
1 TTATTGACTCCACTTAATTACCATGAATTAAGTT
26118 TTTTTCTTTA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 11, Indels: 5
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
68 27 0.30
71 62 0.69
72 1 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.23, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (71 bp):
TTATTGACTCCACTTAATTACCATGAATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGAATT
AAGCCC
Found at i:26195 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 26143--26263 Score: 152
Period size: 36 Copynumber: 3.4 Consensus size: 35
26133 TCCCCTTGGG
* * * *
26143 TTAAGTCTTTGTCTAATCTTGCTTAATCATCTTTGGA
1 TTAAGTCTTTG-CTAATTTTACTTAAT-TTCTTTGAA
26180 TTAAGTCTTTGCTAATTTTACTTAATTTCTTTGAAA
1 TTAAGTCTTTGCTAATTTTACTTAATTTCTTTG-AA
* *
26216 TTAAGTCTTTGCTGATTTTACTTAATTTCCTTGAA
1 TTAAGTCTTTGCTAATTTTACTTAATTTCTTTGAA
*
26251 TTAAGTCTGTGCT
1 TTAAGTCTTTGCT
26264 TGTCTTTACA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 7, Indels: 4
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
35 20 0.26
36 45 0.59
37 11 0.14
ACGTcount: A:0.23, C:0.14, G:0.12, T:0.50
Consensus pattern (35 bp):
TTAAGTCTTTGCTAATTTTACTTAATTTCTTTGAA
Found at i:26272 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 26062--26981 Score: 351
Period size: 41 Copynumber: 24.6 Consensus size: 36
26052 TTATTGACTC
* * * *
26062 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTC----CTTGACTC
1 TACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
* *
26094 TACTTAATTACCTTGAATTAAGT-T-T--TTTTCTT
1 TACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
** ** * **
26126 TACTTAATCCCCTTGGGTTAAGTCTTTGTCTAATC-T
1 TACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTGTG-CTTGTCTT
* * * * * **
26162 TGCTTAATCATCTTTGGATTAAGTCTTTGCTAAT-TT
1 TACTTAAT-TTCCTTGAATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
* *
26198 TACTTAATTTCTTTGAAATTAAGTCTTTGC-TGAT-TT
1 TACTTAATTTCCTTG-AATTAAGTCTGTGCTTG-TCTT
26234 TACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
1 TACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
*
26270 TACATAATTTCCTTCATTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
1 TACTTAATTT-C--C-TTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
* * *
26311 TACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCAT
1 TACTTAA--T--TTCCTTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
* * * *
26352 TACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTGAGTCTTTGCTTATCTT
1 TACTTAA--T--TTCCTTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
* * *
26393 TGCCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCATGTCTT
1 TACTTAA--T--TTCCTTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
*
26434 TACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
1 TACTTAA--T--TTCCTTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
* * * *
26475 TACCTAATTTCCTTCCTTGAAAATAAGTCTATGCTTG--TA
1 TACTTAA--T--TTCCTTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
* * * *
26514 GACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTATGTCTGTGATTGTCTT
1 TACTTAA--T--TTCCTTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
*
26555 TACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
1 TACTTAA--T--TTCCTTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
*
26596 TACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
1 TACTTAATTTCCTTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
* *
26633 TACCTAATTTCATTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
1 TACTTAATTTCCTTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
* *
26670 TACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCCT-TGAC-T-ACTT
1 TACTTAATTTCCTTG-AATTAAGT-CTGTG-CTTGTCTT
* * *
26706 TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGAC-TG-CTTT
1 T-ACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTGTG-CTTGTC-TT
* *
26743 TACTTAATTTCC-TGAATTAAGTCCTTTAAC-TG-CTTT
1 TACTTAATTTCCTTGAATTAAGT-CTGT-GCTTGTC-TT
* * * *
26779 TACTTAATTTCCCTGAATGAAGTCCTTTAAC-TG-CTTT
1 TACTTAATTTCCTTGAATTAAGT-CTGT-GCTTGTC-TT
* **
26816 TACTTAATTTCCCT-AATTAAGTCCT-TTATTG-CTTT
1 TACTTAATTTCCTTGAATTAAGT-CTGTGCTTGTC-TT
* * * * * *
26851 TGCTTAATTACCCTGAATTTAGCCCT-TGATTG-CTTT
1 TACTTAATTTCCTTGAATTAAG-TCTGTGCTTGTC-TT
* * *
26887 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAC-TGAT-TT
1 TACTTAATTTCCTTGAATTAAGT-CTGTGCTTG-TCTT
* * *
26923 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGAC-TG-CTTT
1 TACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTGTG-CTTGTC-TT
26959 TACTTAATTTACC-TGAATTAAGT
1 TACTTAATTT-CCTTGAATTAAGT
26982 TGATCGAACT
Statistics
Matches: 770, Mismatches: 74, Indels: 84
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 45 0.06
33 1 0.00
34 1 0.00
35 55 0.07
36 213 0.28
37 165 0.21
38 3 0.00
39 35 0.05
40 3 0.00
41 244 0.32
42 1 0.00
43 1 0.00
44 1 0.00
45 2 0.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (36 bp):
TACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTGTGCTTGTCTT
Found at i:26295 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 26242--26683 Score: 663
Period size: 41 Copynumber: 11.0 Consensus size: 41
26232 TTTACTTAAT
*
26242 TTCCTTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACATAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
*
26282 TTCATTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
* *
26323 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCATTACCTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
* * * *
26364 TTCCTTGAAATTGAGTCTTTGCTTATCTTTGCCTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
*
26405 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCATGTCTTTACCTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
26446 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
* * **
26487 TTCCTTGAAAATAAGTCTATGCTTG--TAGACCTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
* *
26526 TTCCTTGAAATTATGTCTGTGATTGTCTTTACCTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
26567 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAA--T--
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
26604 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAA--T--
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
*
26641 TTCATTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
26682 TT
1 TT
26684 GAAATTAAGT
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 28, Indels: 13
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
37 72 0.20
39 35 0.10
40 6 0.02
41 254 0.69
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.12, T:0.46
Consensus pattern (41 bp):
TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
Found at i:26715 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 26668--26981 Score: 398
Period size: 36 Copynumber: 8.7 Consensus size: 36
26658 TGTGCTTGTC
* * *
26668 TTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCCTTGACTACT
1 TTTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCCTTGACTGCT
* * *
26705 TTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTGACTGCT
*
26741 TTTACTTAATTT-CCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCC-TTGACTGCT
* *
26777 TTTACTTAATTTCCCTGAATGAAGTCCTTTAACTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCC-TTGACTGCT
* *
26814 TTTACTTAATTTCCCT-AATTAAGTCCTTTATTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTGACTGCT
* * * * *
26849 TTTGCTTAATTACCCTGAATTTAGCCCTTGATTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTGACTGCT
* *
26885 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTACTGAT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTGACTGCT
* *
26921 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTGACTGCT
*
26957 TTTACTTAATTTACCTGAATTAAGT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
26982 TGATCGAACT
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 32, Indels: 7
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 34 0.14
36 156 0.64
37 52 0.21
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (36 bp):
TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTGACTGCT
Found at i:26849 original size:72 final size:72
Alignment explanation
Indices: 26668--26981 Score: 443
Period size: 72 Copynumber: 4.3 Consensus size: 72
26658 TGTGCTTGTC
* * * * *
26668 TTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCCTTGACTACTTTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTT
1 TTTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCCTTTACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTT
26733 TGACTGCT
65 TGACTGCT
* *
26741 TTTACTTAATTT-CCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATGAAGTCCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTT-ACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-CT
*
26805 TTAACTGCT
64 TTGACTGCT
* * * * *
26814 TTTACTTAATTTCCCT-AATTAAGTCCTTTATTGCTTTTGCTTAATTACCCTGAATTTAGCCCTT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT
*
26878 GATTGCT
66 GACTGCT
*
26885 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTACTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT
26950 GACTGCT
66 GACTGCT
*
26957 TTTACTTAATTTACCTGAATTAAGT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
26982 TGATCGAACT
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 25, Indels: 9
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
71 36 0.17
72 127 0.60
73 46 0.22
74 3 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (72 bp):
TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT
GACTGCT
Found at i:27244 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 27220--27255 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
27210 TGAAGATTTC
27220 TTGAAGATAATTTGAAGAT
1 TTGAAGATAA-TTGAAGAT
*
27239 TTGAAGATCATTGAAGA
1 TTGAAGATAATTGAAGA
27256 ATTATTTCAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.44
19 9 0.56
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.22, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
TTGAAGATAATTGAAGAT
Done.