Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014299.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14320, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 80613
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.18, T:0.30
Found at i:4221 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 4196--4236 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
4186 AAGGCTAGTT
4196 TAAAAAAAAAATCTTTTTCA
1 TAAAAAAAAAATCTTTTTCA
* * *
4216 TAAAAAGAAAGTGTTTTTCA
1 TAAAAAAAAAATCTTTTTCA
4236 T
1 T
4237 GCAAGAGGAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
TAAAAAAAAAATCTTTTTCA
Found at i:5525 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 5510--5535 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 2.6 Consensus size: 10
5500 AGTTGCTGCC
5510 AAATTCCAGA
1 AAATTCCAGA
5520 AAATTCCAGA
1 AAATTCCAGA
5530 AAATTC
1 AAATTC
5536 TAGAGTCCTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 16 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.19, G:0.08, T:0.23
Consensus pattern (10 bp):
AAATTCCAGA
Found at i:13435 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 13240--13462 Score: 248
Period size: 71 Copynumber: 3.1 Consensus size: 70
13230 GATTAAAAAG
* * * *
13240 AATTAAGAAAAGGAATTACAGTCAAGGTCCTAAGTTAGGCAATTAAGAAAAGTAAAGTCTTAATT
1 AATTAAGAAAAGAAAGTACAGTCAAGGTCCTAA-TTTGGCAATTAAGAAGAGTAAAGTCTTAATT
13305 CAGGGT
65 CAGGGT
* * ***
13311 AATTAAGAAAAGAAAGTGCAGTCAAGGTCCTAAGTTGGGCAGCAAAGAAGAGTAAAGTCTTAATT
1 AATTAAGAAAAGAAAGTACAGTCAAGGTCCTAA-TTTGGCAATTAAGAAGAGTAAAGTCTTAATT
*
13376 CGGGGT
65 CAGGGT
* * * * * * *
13382 AATTAAGCAAAGAAAGTATAGTCAAGGTCATAATTTGGATAATTAAGATGAGTAAAGTTTTAATC
1 AATTAAGAAAAGAAAGTACAGTCAAGGTCCTAATTTGG-CAATTAAGAAGAGTAAAGTCTTAATT
*
13447 CAGGGC
65 CAGGGT
*
13453 GATTAAGAAA
1 AATTAAGAAA
13463 GTCAAACATA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 25, Indels: 2
0.82 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
70 4 0.03
71 122 0.97
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (70 bp):
AATTAAGAAAAGAAAGTACAGTCAAGGTCCTAATTTGGCAATTAAGAAGAGTAAAGTCTTAATTC
AGGGT
Found at i:13495 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 13434--13625 Score: 262
Period size: 41 Copynumber: 4.7 Consensus size: 41
13424 TTAAGATGAG
13434 TAAAGTTTTAATCCAGGGCGATTAAGAAAGTCAAACATAGT
1 TAAAGTTTTAATCCAGGGCGATTAAGAAAGTCAAACATAGT
* * *
13475 TAAGGTTTTAATCTAGGGCGATTAAGAAAGTCAAACACAAG-
1 TAAAGTTTTAATCCAGGGCGATTAAGAAAGTCAAACA-TAGT
* *
13516 TAAAGTGTTAATCCAGGGCGATTAAGAAGGTCAAACATAGT
1 TAAAGTTTTAATCCAGGGCGATTAAGAAAGTCAAACATAGT
* * * * *
13557 TAAGGTTTTAATACAGGGCGATTAAGAAAGTCAGA-TTAAT
1 TAAAGTTTTAATCCAGGGCGATTAAGAAAGTCAAACATAGT
*
13597 TAAAGTTTTAATCCAGGGTGATTAAGAAA
1 TAAAGTTTTAATCCAGGGCGATTAAGAAA
13626 AGAGCAGTTA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 5
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
40 31 0.24
41 98 0.75
42 2 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.22, T:0.27
Consensus pattern (41 bp):
TAAAGTTTTAATCCAGGGCGATTAAGAAAGTCAAACATAGT
Found at i:13575 original size:82 final size:81
Alignment explanation
Indices: 13432--13625 Score: 300
Period size: 82 Copynumber: 2.4 Consensus size: 81
13422 AATTAAGATG
13432 AGTAAAGTTTTAATCCAGGGCGATTAAGAAAGTCAAACATAGTTAAGGTTTTAATCTAGGGCGAT
1 AGTAAAGTTTTAATCCAGGGCGATTAAGAAAGTCAAACATAGTTAAGGTTTTAATCTAGGGCGAT
13497 TAAGAAAGTCAAACACA
66 TAAGAAAGTCAAA-ACA
* *
13514 AGTAAAGTGTTAATCCAGGGCGATTAAGAAGGTCAAACATAGTTAAGGTTTTAATAC-AGGGCGA
1 AGTAAAGTTTTAATCCAGGGCGATTAAGAAAGTCAAACATAGTTAAGGTTTTAAT-CTAGGGCGA
* **
13578 TTAAGAAAGTCAGATTA
65 TTAAGAAAGTCAAAACA
* *
13595 ATTAAAGTTTTAATCCAGGGTGATTAAGAAA
1 AGTAAAGTTTTAATCCAGGGCGATTAAGAAA
13626 AGAGCAGTTA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 9, Indels: 3
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
81 28 0.27
82 73 0.72
83 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.22, T:0.27
Consensus pattern (81 bp):
AGTAAAGTTTTAATCCAGGGCGATTAAGAAAGTCAAACATAGTTAAGGTTTTAATCTAGGGCGAT
TAAGAAAGTCAAAACA
Found at i:13666 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 13604--13963 Score: 409
Period size: 37 Copynumber: 9.9 Consensus size: 37
13594 AATTAAAGTT
* * *
13604 TTAATCCAGGGTGATTAAGAAAAGAGCAGTTAAAGAAC
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-AGCAGTTAAAGAAC
* * *
13642 TTAATTCATGGAAATTAAGTAAGAGCAGTTAAAGAAC
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGAAC
* * *
13679 TTAATTTAGGGTAATTAAGTAAGAGCAGTTAAAGAGC
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGAAC
*
13716 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAAATT-AAGAAC
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGC-AGTTAAAGAAC
* * *
13753 TTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAACACAGTCAAAGAAC
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAAA-GCAGTTAAAGAAC
*
13792 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGAACAGTT-AAGAAC
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-AGCAGTTAAAGAAC
**
13829 TTAATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTT-----A-
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGAAC
**
13860 --AATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTT-AAGAAC
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGAAC
* *
13894 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTGAAGGAC
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGAAC
*
13931 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACAGTTAAA
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAA
13964 AGGTAAGGAT
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 28, Indels: 27
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 28 0.10
32 1 0.00
33 1 0.00
36 32 0.11
37 158 0.56
38 34 0.12
39 27 0.10
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGAAC
Found at i:13870 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 13831--13889 Score: 118
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
13821 TTAAGAACTT
13831 AATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTTA
1 AATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTTA
13860 AATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTTA
1 AATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTTA
13889 A
1 A
13890 GAACTTAATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 30 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.10, G:0.17, T:0.24
Consensus pattern (29 bp):
AATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTTA
Found at i:13901 original size:65 final size:66
Alignment explanation
Indices: 13794--13923 Score: 208
Period size: 65 Copynumber: 2.0 Consensus size: 66
13784 CAAAGAACTT
**
13794 AATTCAGGGTAATTAAGTAAAGAACAGTTAAGAACTTAATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTT
1 AATTCAGGACAATTAAGTAAAGAACAGTTAAGAACTTAATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTT
13859 A
66 A
* **
13860 AATTCAGGACAATTAAGTAAA-AGCAGTTAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTT
1 AATTCAGGACAATTAAGTAAAGAACAGTTAAGAACTTAATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTT
13924 GAAGGACTTA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 5, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
65 40 0.68
66 19 0.32
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.18, T:0.26
Consensus pattern (66 bp):
AATTCAGGACAATTAAGTAAAGAACAGTTAAGAACTTAATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTT
A
Found at i:13908 original size:102 final size:105
Alignment explanation
Indices: 13755--13963 Score: 309
Period size: 102 Copynumber: 2.0 Consensus size: 105
13745 TTAAGAACTT
*
13755 AATTCAGGGCAATTAAGTAAAAACACAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGAACA
1 AATTCAGGACAATTAAGTAAAAACACAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-AACA
*
13820 GTT-AAGAACTTAATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTTA
65 GTTGAAGAACTTAATTCAGGACAATTAAGTAAAAACAGTTA
* * *
13860 AATTCAGGACAATTAAGT-AAAA-GCAGT-TAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAG
1 AATTCAGGACAATTAAGTAAAAACACAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACAG
* **
13922 TTGAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACAGTTA
66 TTGAAGAACTTAATTCAGGACAATTAAGTAAAAACAGTTA
13962 AA
1 AA
13964 AGGTAAGGAT
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 8, Indels: 5
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
101 6 0.06
102 64 0.67
103 4 0.04
104 4 0.04
105 17 0.18
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (105 bp):
AATTCAGGACAATTAAGTAAAAACACAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACAG
TTGAAGAACTTAATTCAGGACAATTAAGTAAAAACAGTTA
Found at i:13949 original size:178 final size:182
Alignment explanation
Indices: 13604--13957 Score: 477
Period size: 178 Copynumber: 1.9 Consensus size: 182
13594 AATTAAAGTT
* * *
13604 TTAATCCAGGGTGATTAAGAAAAGAGCAGTTAAAGAACTTAATTCATGGAAATTAAGTAAGAGCA
1 TTAATCCAGGGTAATTAAGAAAAGAACAGTTAAAGAACTTAATTCATGGAAATTAAGTAAAAGCA
* ** * *
13669 GTTAAAGAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAGAGCAGTTAAAGAGCTTAATTCAGGGTAATTAA
66 GTT----AA--TAATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAA
13734 GTAAAAGCAAATTAAGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAACACAGTCAAAGAAC
125 GTAAAAGCAAATTAAGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAACACAGTCAAAGAAC
* *
13792 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGAACAGTT-AAGAACTTAATTCA-GGACAATTAAGTAAAAGC
1 TTAATCCAGGGTAATTAAGAAAAGAACAGTTAAAGAACTTAATTCATGGA-AATTAAGTAAAAGC
13855 AGTT-A-AATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTT-AAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA
65 AGTTAATAATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA
* * *
13917 AGC-AGTTGAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACA
130 AGCAAATT-AAGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAACA
13958 GTTAAAAGGT
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 13, Indels: 14
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.02
178 62 0.41
179 24 0.16
182 1 0.01
186 3 0.02
187 31 0.21
188 27 0.18
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (182 bp):
TTAATCCAGGGTAATTAAGAAAAGAACAGTTAAAGAACTTAATTCATGGAAATTAAGTAAAAGCA
GTTAATAATTCAGGACAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA
GCAAATTAAGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAACACAGTCAAAGAAC
Found at i:14025 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 13976--14227 Score: 256
Period size: 41 Copynumber: 6.5 Consensus size: 40
13966 GTAAGGATAG
13976 GCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAA
1 GCACAGACTTAATTTC-AGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAA
* * ** *
14017 GCATAGACTTAA-TTCA-G--GGTAATTAAATAAAG-TAA
1 GCACAGACTTAATTTCAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAA
* *
14052 GCACATACTTAATTTCAAGGAAGGAAGTTAGGTAAAGACAA
1 GCACAGACTTAATTTC-AGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAA
* * * *
14093 GCATAGACTTAA-TTC---AAGGTAATTAAGTAAAG-TAA
1 GCACAGACTTAATTTCAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAA
*
14128 GCACAGACTTAATTTCAGTAAAGGAAATTAGGTAAAGACAA
1 GCACAGACTTAATTTCAG-GAAGGAAATTAGGTAAAGACAA
* *
14169 GCATAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGGCAA
1 GCACAGACTTAATTTC-AGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAA
*
14210 GCACATACTTAA-TTCAGG
1 GCACAGACTTAATTTCAGG
14228 GTAATTAAGT
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 27, Indels: 28
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
35 25 0.15
36 32 0.19
37 1 0.01
38 2 0.01
39 4 0.02
40 35 0.20
41 70 0.41
42 2 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (40 bp):
GCACAGACTTAATTTCAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAA
Found at i:14062 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 14001--14256 Score: 147
Period size: 41 Copynumber: 6.8 Consensus size: 35
13991 CAAGGAAGGA
* * *
14001 AATTAGGTAAAGACAAGCATAGACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAG-TAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
* * *
14037 AATTAAATAAAGTAAGCACATACTTAATTTCAAGGAAGG
1 AATTAAGTAAAGTAAGCACAGACTTAA-TTC-AGG--GT
* * * *
14076 AAGTTAGGTAAAGACAAGCATAGACTTAATTCAAGGT
1 AA-TTAAGTAAAG-TAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
*
14113 AATTAAGTAAAGTAAGCACAGACTTAATTTCAGTAAAGGA
1 AATTAAGTAAAGTAAGCACAGACTTAA-TTCAG----GGT
* * * *
14153 AATTAGGTAAAGACAAGCATAGACTTAATTTCAAGGAAGGA
1 AATTAAGTAAAG-TAAGCACAGACTTAA-TTC-A-G--GGT
* * *
14194 AATTAGGTAAAGGCAAGCACATACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAA-GTAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
* *
14230 AATTAAGTAAA-TTA-CAAAGACTTAATT
1 AATTAAGTAAAGTAAGCACAGACTTAATT
14257 TCATAAGAAT
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 29, Indels: 33
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
33 11 0.06
34 1 0.01
35 25 0.14
36 38 0.22
37 6 0.03
38 1 0.01
39 6 0.03
40 27 0.15
41 58 0.33
42 2 0.01
43 1 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (35 bp):
AATTAAGTAAAGTAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
Found at i:14064 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 13976--14188 Score: 356
Period size: 76 Copynumber: 2.8 Consensus size: 76
13966 GTAAGGATAG
*
13976 GCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCATAGACTTAATTCAGGGTAATT
1 GCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCATAGACTTAATTCAAGGTAATT
14041 AAATAAAGTAA
66 AAATAAAGTAA
* *
14052 GCACATACTTAATTTCAAGGAAGGAAGTTAGGTAAAGACAAGCATAGACTTAATTCAAGGTAATT
1 GCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCATAGACTTAATTCAAGGTAATT
*
14117 AAGTAAAGTAA
66 AAATAAAGTAA
*
14128 GCACAGACTTAATTTC-AGTAAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCATAGACTTAATTTCAAGG
1 GCACAGACTTAATTTCAAG-GAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCATAGACTTAA-TTCAAGG
14189 AAGGAAATTA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 7, Indels: 3
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
75 2 0.02
76 119 0.93
77 7 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (76 bp):
GCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCATAGACTTAATTCAAGGTAATT
AAATAAAGTAA
Found at i:14171 original size:117 final size:115
Alignment explanation
Indices: 14050--14259 Score: 321
Period size: 117 Copynumber: 1.8 Consensus size: 115
14040 TAAATAAAGT
* * *
14050 AAGCACATACTTAATTTCAAGGAAGGAAGTTAGGTAAAGACAAGCATAGACTTAATTCAAGGTAA
1 AAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTCAAGGTAA
*
14115 TTAAGTAAAGTAAGCACAGACTTAATTTCAGTAAAGGAAATTAGGTAAAGAC
66 TTAAGTAAA-TAA-CAAAGACTTAATTTCAGTAAAGGAAATTAGGTAAAGAC
* * * *
14167 AAGCATAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGGCAAGCACATACTTAATTCAGGGTAA
1 AAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTCAAGGTAA
*
14232 TTAAGTAAATTACAAAGACTTAATTTCA
66 TTAAGTAAATAACAAAGACTTAATTTCA
14260 TAAGAATTAA
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 9, Indels: 2
0.88 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
115 15 0.18
116 2 0.02
117 67 0.80
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (115 bp):
AAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTCAAGGTAA
TTAAGTAAATAACAAAGACTTAATTTCAGTAAAGGAAATTAGGTAAAGAC
Found at i:14305 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 14230--14314 Score: 95
Period size: 36 Copynumber: 2.4 Consensus size: 35
14220 AATTCAGGGT
* *
14230 AATTAAGT-AAATTACAAAGACTTAATTTCATAAG
1 AATTAAGTAAAATCACAAAGACTTAATTCCATAAG
14264 AATTAAGTAAAATCATCAAAGACTTAA-TCCA-AAG
1 AATTAAGTAAAATCA-CAAAGACTTAATTCCATAAG
*
14298 ATGATTAAGTAAGATCA
1 A--ATTAAGTAAAATCA
14315 GACAAAAACT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 6
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
34 12 0.27
35 8 0.18
36 24 0.55
ACGTcount: A:0.51, C:0.11, G:0.11, T:0.28
Consensus pattern (35 bp):
AATTAAGTAAAATCACAAAGACTTAATTCCATAAG
Found at i:14442 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 14349--14723 Score: 387
Period size: 37 Copynumber: 10.4 Consensus size: 37
14339 TAAGTAAACA
*
14349 AAAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGT----T
1 AAAGGACTTAATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGT
* *
14382 -AAGGTCTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGT
1 AAAGGACTTAATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGT
* *
14418 AAAGAACTTGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGCT
1 AAAGGACTTAATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAG-T
* *
14456 -AAGGATTTGATTCCAAGGAAGGGGAATTAAGTAGAGT
1 AAAGGACTTAATTCCAAGGAA-GGGAATTAAGTAGAGT
* * * *
14493 TAAGAACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGT
1 AAAGGACTTAATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGT
* * * *
14530 TAAGGACTTAATTTCAAGAAAGGAAATTAAGTAGAGT
1 AAAGGACTTAATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGT
* * * *
14567 AAAAGACATGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTGGAGT
1 AAAGGACTTAATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGT
* * *
14604 AAAGGGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGT--AG-
1 AAAGGACTTAATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGT
*
14638 --AGGACTTGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGT
1 AAAGGACTTAATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGT
* * *
14673 TAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTCA-AGT
1 AAAGGACTTAATTCCAAGGAAGGGAATTAAGT-AGAGT
* *
14710 CAGGGACTTAATTC
1 AAAGGACTTAATTC
14724 AGGGTAATTA
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 38, Indels: 24
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
32 56 0.19
34 2 0.01
35 2 0.01
36 1 0.00
37 196 0.68
38 33 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (37 bp):
AAAGGACTTAATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGT
Found at i:14595 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 14360--14704 Score: 433
Period size: 74 Copynumber: 4.8 Consensus size: 74
14350 AAGGACTTAG
* * * *
14360 TTCCAAGGAAGGGAA-T---TA-AGTTAAGGTCTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTAA
1 TTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGTAA
14420 AGAACTTGA
66 AGAACTTGA
* * * * * *
14429 TTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGCTAAGGATTTGATTCCAAGGAAGGGGAATTAAGTAGAGTT
1 TTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAA-GGAAATTAAGTAGAGTA
*
14494 AAGAACTTAA
65 AAGAACTTGA
* * *
14504 TTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGAAAGGAAATTAAGTAGAGTAA
1 TTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGTAA
*
14569 A-AGACATGA
66 AGA-ACTTGA
* * *
14578 TTCCAAGGAAGGGAATTAAGTGGAGTAAAGGGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAG---
1 TTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGTAA
14640 -G-ACTTGA
66 AGAACTTGA
14647 TTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGT
1 TTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGT
14705 CAAGTCAGGG
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 28, Indels: 16
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
69 75 0.31
70 1 0.00
73 3 0.01
74 96 0.40
75 65 0.27
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (74 bp):
TTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGTAA
AGAACTTGA
Found at i:14622 original size:149 final size:143
Alignment explanation
Indices: 14351--14704 Score: 434
Period size: 149 Copynumber: 2.5 Consensus size: 143
14341 AGTAAACAAA
* * * * * *
14351 AGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAA-T---TA-AGTTAAGGTCTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAA
1 AGGACTTAATTCCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAA
* * *
14411 GTAGAGTAAAGAACTTGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGCTAAGGATTTGATTCCAAGGAA
66 GTAGAGTAAAGAACATGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGCTAAGGACTTAATTCCAAGGAA
*
14476 GGGGAATTAAGTAG
131 -GGAAATTAAGTAG
* *
14490 AGTTAAGAACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGAAAGGAA
1 AG----G-ACTTAATTCCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAA
* * *
14555 ATTAAGTAGAGTAAA-AGACATGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTGGAG-TAAAGGGCTTAATTT
61 ATTAAGTAGAGTAAAGA-ACATGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGCT-AAGGACTTAATTC
14618 CAAGGAAGGAAATTAAGTAG
124 CAAGGAAGGAAATTAAGTAG
* *
14638 AGGACTTGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAA
1 AGGACTTAATTCCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAA
14703 GT
66 GT
14705 CAAGTCAGGG
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 19, Indels: 20
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
139 2 0.01
143 61 0.33
144 19 0.10
145 1 0.01
148 18 0.10
149 83 0.45
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (143 bp):
AGGACTTAATTCCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAA
GTAGAGTAAAGAACATGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGCTAAGGACTTAATTCCAAGGAA
GGAAATTAAGTAG
Found at i:14733 original size:69 final size:72
Alignment explanation
Indices: 14350--14754 Score: 363
Period size: 69 Copynumber: 5.7 Consensus size: 72
14340 AAGTAAACAA
* * * * *
14350 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAA-T---TA-AGTTAAGGTCTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTA
1 AAGGACTTAATTCCAAGG-AGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTA
14410 AGTAGAGT
65 AGTAGAGT
* * * * * * *
14418 AAAGAACTTGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGCTAAGGATTTGATTCCAAGGAAGGGGAAT
1 -AAGGACTTAATTCCAAGG-AGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAA-GGAAAT
14483 TAAGTAGAGTT
63 TAAGTAGAG-T
* * * *
14494 AAGAACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGAAAGGAAATTA
1 AAGGACTTAATTCCAAGG-AGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTA
14559 AGTAGAGT
65 AGTAGAGT
* * * * * *
14567 AAAAGACATGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTGGAGTAAAGGGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATT
1 -AAGGACTTAATTCCAAGG-AGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATT
14632 AAGT--AG-
64 AAGTAGAGT
*
14638 -AGGACTTGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTA
1 AAGGACTTAATTCCAAGG-AGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTA
14702 AGTCA-AGT
65 AGT-AGAGT
* * *
14710 CAGGGACTTAATT-C-A-G-GGTAATTAAGTCA-AGTTAGGGACTTAATT
1 -AAGGACTTAATTCCAAGGAGGGAATTAAGT-AGAGTTAAGGACTTAATT
14755 CAGGGTAATT
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 36, Indels: 28
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
69 109 0.38
70 2 0.01
71 3 0.01
72 3 0.01
73 4 0.01
74 100 0.35
75 64 0.22
76 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.27, T:0.25
Consensus pattern (72 bp):
AAGGACTTAATTCCAAGGAGGGAATTAAGTAGAGTTAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAA
GTAGAGT
Found at i:14738 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 14697--14768 Score: 135
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 32
14687 CAAGGAAGGA
14697 AATTAAGTCAAGTCAGGGACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTCAAGTCAGGGACTTAATTCAGGGT
*
14729 AATTAAGTCAAGTTAGGGACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTCAAGTCAGGGACTTAATTCAGGGT
14761 AATTAAGT
1 AATTAAGT
14769 AGCGTCAATA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 39 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.24, T:0.31
Consensus pattern (32 bp):
AATTAAGTCAAGTCAGGGACTTAATTCAGGGT
Found at i:14795 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 14714--14898 Score: 156
Period size: 36 Copynumber: 5.2 Consensus size: 36
14704 TCAAGTCAGG
**
14714 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCA-AGT---T-AGG
1 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGAGTCAATAAAA
*
14746 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGCGTCAATAAAA
1 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAA
* *
14782 GGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGAGTCAAT-AAA
1 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAA
* **
14817 GAACTTAATCTAAACAGAG--ATTAAGTA-AAACAATAAAA
1 G-ACTTAAT-T---CAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAA
*
14855 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGAGTCAAT-AAA
1 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAA
14890 GAACTTAAT
1 G-ACTTAAT
14899 ATAAAAAAAG
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 15, Indels: 26
0.75 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.01
32 25 0.20
33 4 0.03
35 16 0.13
36 49 0.40
37 13 0.11
38 11 0.09
40 4 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (36 bp):
GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAA
Found at i:14862 original size:73 final size:74
Alignment explanation
Indices: 14774--14930 Score: 253
Period size: 73 Copynumber: 2.1 Consensus size: 74
14764 TAAGTAGCGT
* * *
14774 CAATAAAAGGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGAGTCAATAAAGAACTTAATCT-AAACAGAGAT
1 CAATAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGAGTCAATAAAGAACTTAATATAAAAAAGAGAT
*
14838 TAAGTAAAA
66 TAAGCAAAA
14847 CAATAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGAGTCAATAAAGAACTTAATATAAAAAAAGAGA
1 CAATAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGAGTCAATAAAGAACTTAATAT-AAAAAAGAGA
14912 TTAAGCAAAA
65 TTAAGCAAAA
*
14922 CACTAAAAG
1 CAATAAAAG
14931 GGCTTGATTT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 5, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
73 52 0.68
75 25 0.32
ACGTcount: A:0.51, C:0.10, G:0.17, T:0.23
Consensus pattern (74 bp):
CAATAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGAGTCAATAAAGAACTTAATATAAAAAAGAGAT
TAAGCAAAA
Found at i:24588 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 24580--24605 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 8.7 Consensus size: 3
24570 TAATTAAATG
24580 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT
24606 TTGAAAACTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 23 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.00, T:0.69
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:38095 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 38073--38106 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
38063 GAATCCACTA
38073 TGAATTTTTGAAGTTTC
1 TGAATTTTTGAAGTTTC
*
38090 TGAATTTTTGAATTTTC
1 TGAATTTTTGAAGTTTC
38107 AAGAAGATGG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.06, G:0.15, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
TGAATTTTTGAAGTTTC
Found at i:39934 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 39909--39949 Score: 82
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
39899 TGCCAATTAA
39909 CACACATCTTATATACTAAT
1 CACACATCTTATATACTAAT
39929 CACACATCTTATATACTAAT
1 CACACATCTTATATACTAAT
39949 C
1 C
39950 CTCTCCTGTC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 21 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.27, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (20 bp):
CACACATCTTATATACTAAT
Found at i:45636 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 45611--45658 Score: 87
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
45601 CACTTTCAGT
45611 TTCAAAATTTTTATACATCTAC
1 TTCAAAATTTTTATACATCTAC
*
45633 TTCAAAATTTTTATGCATCTAC
1 TTCAAAATTTTTATACATCTAC
45655 TTCA
1 TTCA
45659 TCGTCATACT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 25 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (22 bp):
TTCAAAATTTTTATACATCTAC
Found at i:47288 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 47234--47280 Score: 76
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
47224 ATTTTGTCTT
47234 AGCCCAAATGAAATTTAAGTTTTC
1 AGCCCAAATGAAATTTAAGTTTTC
* *
47258 AGGCCAAATGAATTTTAAGTTTT
1 AGCCCAAATGAAATTTAAGTTTT
47281 TGACCCAATC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 21 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (24 bp):
AGCCCAAATGAAATTTAAGTTTTC
Found at i:47673 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 47653--47682 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
47643 ATATGTTGCA
47653 TATATGATATATGAT
1 TATATGATATATGAT
*
47668 TATATGATTTATGAT
1 TATATGATATATGAT
47683 AATTATCTTG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.13, T:0.50
Consensus pattern (15 bp):
TATATGATATATGAT
Found at i:52230 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 52168--53417 Score: 1259
Period size: 35 Copynumber: 35.0 Consensus size: 34
52158 TATGCATCCA
* *
52168 TAAACACAGTCAAAGGCTTAATTCAGGGAAATT-AG
1 TAAA-ACAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
52203 CTAAAAGCTGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 -TAAAA-CAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
52239 TAAAATCAATTAAGGACTTAATTCAGGTTAATTAAG
1 TAAAA-C-AGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
52275 TAAATCAAGCAAAGACTTAATTCAGAGTAATTAAG
1 TAAAAC-AGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
52310 TAAAACAGACAAAAACTTAATTCACGGTAATTAAG
1 TAAAACAG-TAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
**
52345 TAAAACAAACAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAAC-AGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
52380 TAAAATCAGTTAAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAG
1 TAAAA-CAG-TAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
52416 TAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
1 TAAAA-CAG-TAAA-GACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
52453 TAAAACCAGTCAAGAACTTAATTCAGGGAAACTAAG
1 TAAAA-CAGTAAAG-ACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
52489 -AAAAGCAGTCAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAA-CAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
52524 TAAAATCAGTCAAGGACTTAATTCA-GGTTACTAAG
1 TAAAA-CAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
52559 TAAAAGCAGTCAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAG
1 TAAAA-CAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
52595 -AAAATCAGTCAAAAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAA-CAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
52630 TAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAAC-AGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
52665 TAAAACCAGTCAATGACTTAATTCAAGGAAATTAAG
1 TAAAA-CAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
52701 TAAAAGCAATAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAG
1 TAAAA-CAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
52736 TAAAATCAGTCAAAGACTTAATTCGGGGAAATTTAG
1 TAAAA-CAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
52772 TAAAAGCAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAA-CAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
** *
52807 TAAATTTAGTAAAGATTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAA-ACAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
52842 TAAAATCGGTAAAGTACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAA-CAGTAAAG-ACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
52878 TAAATCAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAAC-AGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
52913 CAAAACAAGCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAAC-AGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
52948 TAAACACAGTAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAA-ACAGT----AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
52987 TAAACACAGTCAGCAAAGACTTAATTCAGAGTAATTAAG
1 TAAA-ACAGT----AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
53026 TAAGTACAGTCAGCAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAG
1 TAA--A-A--CAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
53065 TAAATACAGTAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAA-ACAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
53101 TAAAACAGGCAAAGACTTAACTC-GGGATAATTAAG
1 TAAAACA-GTAAAGACTTAATTCAGGG-TAATTAAG
*
53136 TAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAAC-AGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
53171 TAAACATAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAA-ACAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
53207 TAAAACAGTCAAAGACTTAATTTAGGATAATTAAG
1 TAAAACAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
53242 TAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAAAAC-AGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
53277 TAGAATCAATAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TA-AAACAGTAAA-GACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
53313 TAAAAACAGTCAAAAACTTAATTTAGGGTAATTAAG
1 T-AAAACAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
53349 TAAAACATGCAAAGACTTAATTCAGGATAATTAAT
1 TAAAACA-GTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * * * *
53384 TTAAACATGCAAATACTTAACTCAGGATAATTAA
1 TAAAACA-GTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
53418 TAGAGAAAGG
Statistics
Matches: 1053, Mismatches: 118, Indels: 87
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
34 5 0.00
35 573 0.54
36 344 0.33
37 35 0.03
39 90 0.09
41 3 0.00
43 3 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.11, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (34 bp):
TAAAACAGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
Found at i:52305 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 52174--53417 Score: 1374
Period size: 71 Copynumber: 17.4 Consensus size: 71
52164 TCCATAAACA
* * * *
52174 CAGTCAAAGGCTTAATTCAGGGAAATT-AGCTAAAAGC-TGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTA
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG-TAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTA
52237 AGTAAAAT
64 AGTAAAAT
* * * * * *
52245 CAATTAAGGACTTAATTCAGGTTAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTCAGAGTAATTAAG
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
52310 TAAAA-
66 TAAAAT
* * * *
52315 CAGACAAAAACTTAATTCACGGTAATTAAGTAAAACAAACAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
52380 TAAAAT
66 TAAAAT
* * * * * *
52386 CAGTTAAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGC-AGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATT
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA-CAAG-CAAA-GACTTAATTCAGGGTAATT
*
52450 AAGTAAAAC
63 AAGTAAAAT
* * *
52459 CAGTC-AAGAACTTAATTCAGGGAAACTAAG-AAAAGC-AGTCAAGGACTTAATTCAGGGTAATT
1 CAGTCAAAG-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA-CAAG-CAAAGACTTAATTCAGGGTAATT
52521 AAGTAAAAT
63 AAGTAAAAT
* * * * *
52530 CAGTCAAGGACTTAATTCA-GGTTACTAAGTAAAAGC-AGTCAAGGACTTAATTCAGGGAAATTA
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA-CAAG-CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTA
52593 AG-AAAAT
64 AGTAAAAT
*
52600 CAGTCAAAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
52665 TAAAAC
66 TAAAAT
* * * * *
52671 CAGTCAATGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGCAA-TAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAA
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
52735 GTAAAAT
65 GTAAAAT
* * * *
52742 CAGTCAAAGACTTAATTCGGGGAAATTTAGTAAAAGC-AGTAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
*
52806 GTAAATT
65 GTAAAAT
* * * *
52813 TAGT-AAAGATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATC-GGTAAAGTACTTAATTCAGGGTAATTA
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA-CAAGCAAAG-ACTTAATTCAGGGTAATTA
52876 AGT-AAAT
64 AGTAAAAT
* *
52883 CAAG-CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAAACAAGCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAA
1 C-AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
52947 GTAAACA-
65 GTAAA-AT
*
52954 CAGTAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAGCAAAGACTTAATTCAGAGT
1 CAGT---CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-ACA---AGCAAAGACTTAATTCAGGGT
53019 AATTAAGTAAGTACAGT
59 AATTAAGTAA--A-A-T
* *
53036 CAG-CAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAATAC-AGTAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTA
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-ACAAG-CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTA
53099 AGTAAAA-
64 AGTAAAAT
* *
53106 CAGGCAAAGACTTAACTC-GGGATAATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGG-TAATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
53170 GTAAACAT
65 GTAAA-AT
* *
53178 -AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAC-AGTCAAAGACTTAATTTAGGATAATTAA
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAAG-CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
53241 GTAAAA-
65 GTAAAAT
* *
53247 CAAG-CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAATCAA-TAAAGGACTTAATTCAGGGTAATT
1 C-AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA-AAACAAGCAAA-GACTTAATTCAGGGTAATT
*
53310 AAGTAAAAA
63 AAGTAAAAT
* * * * *
53319 CAGTCAAAAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAACATGCAAAGACTTAATTCAGGATAATTAAT
1 CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
53384 TTAAA-
66 TAAAAT
* * *
53389 CA-TGCAAATACTTAACTCAGGATAATTAA
1 CAGT-CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
53418 TAGAGAAAGG
Statistics
Matches: 1018, Mismatches: 106, Indels: 99
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
69 1 0.00
70 270 0.27
71 510 0.50
72 60 0.06
73 50 0.05
74 31 0.03
75 30 0.03
78 60 0.06
80 3 0.00
82 3 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.11, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (71 bp):
CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
TAAAAT
Found at i:52386 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 52178--53417 Score: 1333
Period size: 106 Copynumber: 11.6 Consensus size: 106
52168 TAAACACAGT
* * * *
52178 CAAAGGCTTAATTCAGGGAAATT-AGCTAAAAGCTG-TAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG-TAAAA-CAGACAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * *
52241 AAATCAATTAAGGACTTAATTCAGGTTAATTAAGT-AAATCAAG
64 AAA-CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAAG
* * *
52284 CAAAGACTTAATTCAGAGTAATTAAGTAAAACAGACAAAAACTTAATTCACGGTAATTAAGTAAA
1 CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAGACAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA
**
52349 ACAAACAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATC-AG
66 ACAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAAG
* * * * ** *
52389 TTAAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT
1 -CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA-CAGACAAA-GACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
* * *
52454 AAAACCAGTC-AAGAACTTAATTCAGGGAAACTAAG-AAAAGC-AG
63 AAAA-CAGTCAAAG-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAAG
* * * * *
52497 TCAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAGTCAAGGACTTAATTCA-GGTTACTAAGTA
1 -CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA-CAGACAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
52561 AAAGCAGTCAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAG-AAAATC-AG
64 AAA-CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAAG
*
52603 TCAAAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACA-AGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 -CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAGA-CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * *
52667 AAACCAGTCAATGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGCAA-
64 AAA-CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAAG
* * * * * *
52710 TAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAAATCAGTCAAAGACTTAATTCGGGGAAATTTAGTAA
1 CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA-CAGACAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA
**
52775 AAGCAGT-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAATTTAG
65 AA-CAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAAG
* * **
52816 TAAAGATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATC-GGTAAAGTACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA-CAGACAAAG-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
52880 AATCAAG-CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAAA-CAAG
64 AAAC-AGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAAG
*
52922 CAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACACAGTAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-ACAG--A-CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
52987 TAAACACAGTCAGCAAAGACTTAATTCAGAGTAATTAAGTAAGTACAGTC-AG
62 TAAA-ACAGT---CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA--A-A-TCAAG
*
53039 CAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAATACAGTA-AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-ACAG-ACAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
53103 AAACAGGCAAAGACTTAACTC-GGGATAATTAAGTAAAA-CAAG
64 AAACAGTCAAAGACTTAATTCAGGG-TAATTAAGTAAAATCAAG
* *
53145 CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACATAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA
1 CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-ACAGACAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA
* *
53210 AACAGTCAAAGACTTAATTTAGGATAATTAAGTAAAA-CAAG
65 AACAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAAG
* *
53251 CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAATCA-ATAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA-AAACAGACAAA-GACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-
* * *
53315 AAAACAGTCAAAAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAA-CATG
63 AAAACAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAAG
* * * * * *
53358 CAAAGACTTAATTCAGGATAATTAATTTAAACATG-CAAATACTTAACTCAGGATAATTAA
1 CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACA-GACAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAA
53418 TAGAGAAAGG
Statistics
Matches: 978, Mismatches: 112, Indels: 88
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
105 61 0.06
106 530 0.54
107 138 0.14
108 71 0.07
109 51 0.05
110 29 0.03
113 31 0.03
114 29 0.03
115 1 0.00
116 2 0.00
117 34 0.03
118 1 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.11, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (106 bp):
CAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAACAGACAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA
ACAGTCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATCAAG
Found at i:57328 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 57301--57346 Score: 58
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
57291 AAGGATGAAT
57301 AATGAACA-AATGAAGAAGAAAAGG
1 AATGAACAGAATGAA-AAGAAAAGG
* *
57325 AATGAGCAGCATGAAAAGAAAA
1 AATGAACAGAATGAAAAGAAAA
57347 AAGATGAGCA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
24 14 0.74
25 5 0.26
ACGTcount: A:0.61, C:0.07, G:0.24, T:0.09
Consensus pattern (24 bp):
AATGAACAGAATGAAAAGAAAAGG
Found at i:65419 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 65398--65448 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 4.0 Consensus size: 12
65388 TAAAAGTAGC
65398 AAAG-AAAATAA
1 AAAGAAAAATAA
*
65409 AAATAAAAATAAACA
1 AAAGAAAAAT--A-A
65424 AAACGAAAAATAA
1 AAA-GAAAAATAA
65437 AAAGAAAAATAA
1 AAAGAAAAATAA
65449 CGAAAAGAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 9
0.75 0.05 0.20
Matches are distributed among these distances:
11 3 0.09
12 14 0.42
13 4 0.12
14 2 0.06
15 4 0.12
16 6 0.18
ACGTcount: A:0.80, C:0.04, G:0.06, T:0.10
Consensus pattern (12 bp):
AAAGAAAAATAA
Found at i:65435 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 65407--65462 Score: 71
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
65397 CAAAGAAAAT
*
65407 AAAAATAAAAATAAACAA-AACG
1 AAAAATAAAAAGAAA-AATAACG
65429 AAAAATAAAAAGAAAAATAACG
1 AAAAATAAAAAGAAAAATAACG
*
65451 -AAAAGAAAAAGA
1 AAAAATAAAAAGA
65463 TAAAGGGTAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 13 0.42
22 18 0.58
ACGTcount: A:0.79, C:0.05, G:0.09, T:0.07
Consensus pattern (22 bp):
AAAAATAAAAAGAAAAATAACG
Found at i:65437 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 65398--65460 Score: 85
Period size: 28 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
65388 TAAAAGTAGC
*
65398 AAAG-AAAATAAAAATAAAAATAAAC-A
1 AAAGAAAAATAAAAAGAAAAAT-AACGA
65424 AAACGAAAAATAAAAAGAAAAATAACGA
1 AAA-GAAAAATAAAAAGAAAAATAACGA
65452 AAAGAAAAA
1 AAAGAAAAA
65461 GATAAAGGGT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 5
0.85 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
26 3 0.09
27 10 0.30
28 20 0.61
ACGTcount: A:0.79, C:0.05, G:0.08, T:0.08
Consensus pattern (27 bp):
AAAGAAAAATAAAAAGAAAAATAACGA
Found at i:70170 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 70097--70171 Score: 89
Period size: 30 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
70087 AGAGGATGCC
* **
70097 ATCGCACAAGACCGGCCATTGCATGGAGGG
1 ATCGCACAAGACCGGCCATGGCATGGAGCA
* *
70127 ATCACACATGACCGGCCATGGCATGG-GCCA
1 ATCGCACAAGACCGGCCATGGCATGGAG-CA
70157 ATCGCACAAGACCGG
1 ATCGCACAAGACCGG
70172 GCACAACCGG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 7, Indels: 2
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 1 0.03
30 36 0.97
ACGTcount: A:0.28, C:0.31, G:0.29, T:0.12
Consensus pattern (30 bp):
ATCGCACAAGACCGGCCATGGCATGGAGCA
Found at i:73215 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 73152--73299 Score: 208
Period size: 53 Copynumber: 2.8 Consensus size: 53
73142 CAAGTATTAT
* * *
73152 AAACAAAAGACGTTGGTGAAACATTGATCAATTCACCAAGTACTATAAACTAG
1 AAACAAAAGACTTTGGTGAAACATTGTTCCATTCACCAAGTACTATAAACTAG
* * *
73205 ATACAAAAGACTTTGGTGAAACATTGTTCCATTCACCATA-TACTATAAATTAT
1 AAACAAAAGACTTTGGTGAAACATTGTTCCATTCACCA-AGTACTATAAACTAG
* *
73258 AAACAGAAGACTTTGTTGAAACATTGTTCCATTCACCAAGTA
1 AAACAAAAGACTTTGGTGAAACATTGTTCCATTCACCAAGTA
73300 ATAATATATA
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 9, Indels: 4
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
52 1 0.01
53 82 0.98
54 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.18, G:0.13, T:0.28
Consensus pattern (53 bp):
AAACAAAAGACTTTGGTGAAACATTGTTCCATTCACCAAGTACTATAAACTAG
Found at i:75271 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 75243--75315 Score: 128
Period size: 21 Copynumber: 3.5 Consensus size: 21
75233 TCATCATCCA
75243 TCTCCATCTCATGGTCTTCAT
1 TCTCCATCTCATGGTCTTCAT
*
75264 TCTGCATCTCATGGTCTTCAT
1 TCTCCATCTCATGGTCTTCAT
75285 TCTCCATCTCATGGTCTTCAT
1 TCTCCATCTCATGGTCTTCAT
*
75306 CCTCCATCTC
1 TCTCCATCTC
75316 TTGATGTCCA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 3, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 49 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.36, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
TCTCCATCTCATGGTCTTCAT
Found at i:75794 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 75726--75816 Score: 94
Period size: 30 Copynumber: 3.0 Consensus size: 30
75716 AAAAAAGTAA
* * * *
75726 CAACAACCTCAAAATATATCACCAAAACTAC
1 CAACAGCCTCAAAATAGATCA-CAAAAGTTC
* *
75757 CAGCAGCCTCAAAATAGATCACAAAAGTTT
1 CAACAGCCTCAAAATAGATCACAAAAGTTC
*
75787 CAACAGCCTCTAAAT-GCATCACAAAAGTTC
1 CAACAGCCTCAAAATAG-ATCACAAAAGTTC
75817 TAAAAGTGAC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 9, Indels: 3
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 1 0.02
30 31 0.62
31 18 0.36
ACGTcount: A:0.45, C:0.29, G:0.08, T:0.19
Consensus pattern (30 bp):
CAACAGCCTCAAAATAGATCACAAAAGTTC
Done.