Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014336.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14357, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 63118
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.18, T:0.31
Found at i:2936 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2909--2947 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
2899 GTAAACAATT
*
2909 TAATTTGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGGTGTAATTAAG
*
2927 TAATTCGGTGTAATTATG
1 TAATTCGGTGTAATTAAG
2945 TAA
1 TAA
2948 ATTGGTAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.21, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAG
Found at i:2993 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2970--3008 Score: 78
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
2960 GTAAACAACT
2970 TAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGGTGTAATTAAG
2988 TAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGGTGTAATTAAG
3006 TAA
1 TAA
3009 CTTGGTAATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 21 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.21, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAG
Found at i:3036 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 2988--3547 Score: 598
Period size: 43 Copynumber: 12.5 Consensus size: 43
2978 TGTAATTAAG
* *
2988 TAATTCGGTGTAATTAAGTAACTTGGTAATTTGGTAAGCAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
3031 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT-G-G-------TA---A-TTTGGTAAACAACT
*
3087 TAATTCGGTGTAAATAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
3130 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
3173 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
** ****
3216 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAAGTAAA-TTGG
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
* ** * * *
3258 TAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGT--GTAA-TTAA----GT-AAATT-GGT-AATT--T-G----GTAAACAACT
*
3318 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAGTTGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
* * * *
3361 TAATTCGGTTTAATTAAGTAAATTTGTAATTTGCTAAAAAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
3404 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
3447 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
*
3490 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCGGTAA-----T---CAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
3525 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT
3548 CAGTAGTTGG
Statistics
Matches: 449, Mismatches: 37, Indels: 70
0.81 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
35 28 0.06
38 1 0.00
42 8 0.02
43 316 0.70
44 4 0.01
45 5 0.01
47 2 0.00
48 1 0.00
49 2 0.00
50 8 0.02
51 4 0.01
52 9 0.02
53 2 0.00
54 1 0.00
55 3 0.01
56 36 0.08
57 4 0.01
58 2 0.00
59 5 0.01
60 8 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (43 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
Found at i:3245 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 3182--3305 Score: 248
Period size: 59 Copynumber: 2.1 Consensus size: 59
3172 TTAATTCGGT
3182 GTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
3241 GTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
3300 GTAATT
1 GTAATT
3306 TGGTAAACAA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
59 65 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (59 bp):
GTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
Found at i:3269 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3225--3262 Score: 76
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
3215 TTAATTCGGT
3225 GTAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTAAGTAAATTG
3241 GTAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTAAGTAAATTG
3257 GTAATT
1 GTAATT
3263 TGGTAAACAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 22 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
GTAATTAAGTAAATTG
Found at i:3312 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 2874--3305 Score: 333
Period size: 61 Copynumber: 7.1 Consensus size: 59
2864 TTAATTCGGT
* * * *
2874 GTAATTAACTAAATTAGGTAATCTGGTAAACAATTTAATTTGGTGTAATTAAGT-AATTCGG
1 GTAATTAAGTAAATT-GGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT--G
*
2935 TGTAATTATGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT-AATTCGG
1 -GTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT--G
* *
2996 TGTAATTAAGTAACTTGGTAATTTGGTAAGCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1 -GTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
* *
3056 GTGA-T---TAAATTAGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAAATAAGTAAATTG
1 GTAATTAAGTAAATT-GGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
** **** * ** * * ** ***
3112 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT--G-GTAATTTGGTAAACAAC
1 GTAATTAAGTAAA-TTGGTAATT-TG-GTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA-TTG
* ** * *
3172 TTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAA
1 GTAATTAAGT-AAATT-GGT-AATT--T-----GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAA
3237 ATTG
56 ATTG
3241 GTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
3300 GTAATT
1 GTAATT
3306 TGGTAAACAA
Statistics
Matches: 297, Mismatches: 51, Indels: 47
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
55 5 0.02
56 45 0.15
57 1 0.00
58 1 0.00
59 55 0.19
60 19 0.06
61 97 0.33
62 32 0.11
64 1 0.00
66 4 0.01
67 13 0.04
68 5 0.02
69 8 0.03
70 11 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (59 bp):
GTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
Found at i:3355 original size:102 final size:102
Alignment explanation
Indices: 2836--3160 Score: 262
Period size: 105 Copynumber: 3.0 Consensus size: 102
2826 AAGACAAGAT
* * *
2836 TTAAG-AAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAACTAAATTAGGTAATCTGG
1 TTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT-GGTAATTTGG
* *
2900 TAAACAATTTAATTTGGTGTAATTAAGT-AATTCGGTGTAA
65 TAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT--G-GTAA
* *
2940 TTATGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT-AATTCGGTGTAATTA
1 TTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT--G-GTAATTT
* **** * * * *
3004 AGT-AACTTGGTAATTTGGTAAGCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
63 GGTAAACAACTTAATTCGGT--GTAA-TTAA----GT-AAATT-GGT-AA
* * *
3053 TTGGTGATTAAATTAGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAAATAAGTAAATTGGTAATT
1 -T--TAAGTAAATT-GGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATT
3118 TGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAA
62 TGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAA
3159 TT
1 TT
3161 TGGTAAACAA
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 28, Indels: 39
0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
103 1 0.01
104 8 0.05
105 55 0.32
106 9 0.05
107 5 0.03
108 8 0.05
109 2 0.01
112 4 0.02
113 6 0.03
114 8 0.05
115 8 0.05
116 19 0.11
117 37 0.21
118 4 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (102 bp):
TTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGT
AAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAA
Found at i:3391 original size:102 final size:100
Alignment explanation
Indices: 3139--3369 Score: 291
Period size: 102 Copynumber: 2.3 Consensus size: 100
3129 TTAATTCGGT
*** * *
3139 GTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATT
1 GTAATTAAGTAAAAACGTAATTCGGTAAACAACTAAATT--GTGTAATTAAGTAAATTGGTAATT
3204 TGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
64 TGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
*** * *
3241 GTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATT
1 GTAATTAAGTAAAAACGTAATTCGGTAAACAACTAAATT--GTGTAATTAAGTAAATTGGTAATT
*
3306 TGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAGTTG
64 TGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
** *
3343 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGT
1 GTAATTAAGTAAA-AACGTAATTCGGT
3370 TTAATTAAGT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 8, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
102 112 0.93
103 8 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (100 bp):
GTAATTAAGTAAAAACGTAATTCGGTAAACAACTAAATTGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTG
GTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
Found at i:3548 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 3479--3582 Score: 145
Period size: 35 Copynumber: 3.0 Consensus size: 35
3469 TTGGTAATTT
*
3479 GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATC
1 GGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATC
3514 GGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATC
1 GGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATC
* * *** *
3549 AGTAGTTGGCTTAATTCGGTATAATTAAGTAAAT
1 GGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT
3583 AAAGGGCTTA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 7, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 62 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (35 bp):
GGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATC
Found at i:7447 original size:6 final size:5
Alignment explanation
Indices: 7417--7446 Score: 51
Period size: 5 Copynumber: 6.0 Consensus size: 5
7407 GATTGCATTT
*
7417 GAAAA GAAAG GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA
1 GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA
7447 AAGAGCTCTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 23 1.00
ACGTcount: A:0.77, C:0.00, G:0.23, T:0.00
Consensus pattern (5 bp):
GAAAA
Found at i:8692 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 8646--8752 Score: 160
Period size: 35 Copynumber: 3.1 Consensus size: 35
8636 GTGATTCGGT
** *
8646 GAATCAGATGACTTAGTGTAGCATCTTCAAAGTTG
1 GAATCAGATGACTCGGTGCAGCATCTTCAAAGTTG
* *
8681 GAATCAGATGACTCGGTGGAGCATCTTCGAAGTTG
1 GAATCAGATGACTCGGTGCAGCATCTTCAAAGTTG
*
8716 GATTCAGATGACTCGGTGCAGCATCTTCAAAGTTG
1 GAATCAGATGACTCGGTGCAGCATCTTCAAAGTTG
8751 GA
1 GA
8753 TACGATGGAT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 7, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 65 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.27, T:0.28
Consensus pattern (35 bp):
GAATCAGATGACTCGGTGCAGCATCTTCAAAGTTG
Found at i:8911 original size:88 final size:89
Alignment explanation
Indices: 8761--9127 Score: 427
Period size: 88 Copynumber: 4.0 Consensus size: 89
8751 GATACGATGG
*
8761 ATCAAGTCAATGCGGTGCATTTCTTCAAAGATTGGGATTCGGTGAGCTCTGTGCAGCAAATTTTC
1 ATCAAGTCAATGCGGTGCATTTCTTCAAAGATTGGGATTCGGTGAGCTCGGTGCAGCAAATTTTC
*
8826 AAACAGTTCATGGTGATTCGGTAA
66 AAACAGTTCATGGTGATTCGGTGA
* *
8850 ATCAAGTTAATGCGGTGCA-TTCATTCGAAGA-TGGGATTCGGTGAGCTCGGTGCAGCAAATTTT
1 ATCAAGTCAATGCGGTGCATTTC-TTCAAAGATTGGGATTCGGTGAGCTCGGTGCAGCAAATTTT
*
8913 CAAACAGTTCATGGTGATTTGGTGA
65 CAAACAGTTCATGGTGATTCGGTGA
*
8938 ATCAAGTCAATGCGGTGCATTTCTCCAAAGATTGGGATTCGATTGGATTCGGAGAGCTCGGTGCA
1 ATCAAGTCAATGCGGTGCATTTCTTCAAAGATTGGGATTC----GG--T----GAGCTCGGTGCA
* *
9003 GCAAATTTTCAAACAGTT-AAGGATGATTCAGTGA
56 GCAAATTTTCAAACAGTTCATGG-TGATTCGGTGA
* * * * * *
9037 ATCAAGTTAAGGCGGTGCCTTATTTCTTCAAAGATTGGAAGTCGGTAAGCTCGGTGCAGCACATT
1 ATCAAGTCAATGCGGTG-C--ATTTCTTCAAAGATTGGGATTCGGTGAGCTCGGTGCAGCAAATT
*
9102 TTCAGACAGTTCA-GAGTGATTCGGTG
63 TTCAAACAGTTCATG-GTGATTCGGTG
9128 GATTATGTTA
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 20, Indels: 35
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
88 81 0.34
89 36 0.15
92 37 0.15
93 4 0.02
95 1 0.00
96 1 0.00
98 5 0.02
99 54 0.23
100 1 0.00
102 19 0.08
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.27, T:0.30
Consensus pattern (89 bp):
ATCAAGTCAATGCGGTGCATTTCTTCAAAGATTGGGATTCGGTGAGCTCGGTGCAGCAAATTTTC
AAACAGTTCATGGTGATTCGGTGA
Found at i:9054 original size:99 final size:101
Alignment explanation
Indices: 8883--9074 Score: 282
Period size: 99 Copynumber: 1.9 Consensus size: 101
8873 TTCGAAGATG
* * **
8883 GGATTCGGTGAGCTCGGTGCAGCAAATTTTCAAACAGTTCATGGTGATTTGGTGAATCAAGTCAA
1 GGATTCGGAGAGCTCGGTGCAGCAAATTTTCAAACAGTTCAAGGTGATTCAGTGAATCAAGTCAA
*
8948 TGCGGTG-C-ATTTCTCCAAAGATTGGGATTCGATT
66 GGCGGTGCCTATTTCTCCAAAGATTGGGATTCGATT
*
8982 GGATTCGGAGAGCTCGGTGCAGCAAATTTTCAAACAGTT-AAGGATGATTCAGTGAATCAAGTTA
1 GGATTCGGAGAGCTCGGTGCAGCAAATTTTCAAACAGTTCAAGG-TGATTCAGTGAATCAAGTCA
*
9046 AGGCGGTGCCTTATTTCTTCAAAGATTGG
65 AGGCGGTGCC-TATTTCTCCAAAGATTGG
9075 AAGTCGGTAA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 7, Indels: 5
0.87 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
98 3 0.04
99 62 0.76
100 1 0.01
102 16 0.20
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.27, T:0.30
Consensus pattern (101 bp):
GGATTCGGAGAGCTCGGTGCAGCAAATTTTCAAACAGTTCAAGGTGATTCAGTGAATCAAGTCAA
GGCGGTGCCTATTTCTCCAAAGATTGGGATTCGATT
Found at i:9153 original size:92 final size:92
Alignment explanation
Indices: 8992--9161 Score: 211
Period size: 92 Copynumber: 1.8 Consensus size: 92
8982 GGATTCGGAG
* *
8992 AGCTCGGTGCAGCAAATTTTCAAACAGTTAAGGATGATTCAGTGAATCAAGTTAAGGCGGTGCCT
1 AGCTCGGTGCAGCAAATTTTCAAACAGTTAAGGATGATTCAGTGAATCAAGTTAAGACGATGCCT
9057 TATTTCTTCAAAGATTGGAAGTCGGTA
66 TATTTCTTCAAAGATTGGAAGTCGGTA
* * * * * * *
9084 AGCTCGGTGCAGCACATTTTCAGACAGTTCA-GAGTGATTCGGTGGATTATGTT-AGTACGATGC
1 AGCTCGGTGCAGCAAATTTTCAAACAGTTAAGGA-TGATTCAGTGAATCAAGTTAAG-ACGATGC
9147 GC-TATTTCTTCAAAG
64 -CTTATTTCTTCAAAG
9162 TTTGATTCGG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 9, Indels: 6
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
91 4 0.06
92 61 0.92
93 1 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.25, T:0.31
Consensus pattern (92 bp):
AGCTCGGTGCAGCAAATTTTCAAACAGTTAAGGATGATTCAGTGAATCAAGTTAAGACGATGCCT
TATTTCTTCAAAGATTGGAAGTCGGTA
Found at i:9478 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 9448--9500 Score: 90
Period size: 28 Copynumber: 1.9 Consensus size: 28
9438 GCATTAGGGT
9448 CATCCA-GGGGCATTTTGGTCATTTTCA
1 CATCCAGGGGGCATTTTGGTCATTTTCA
*
9475 CATCTAGGGGGCATTTTGGTCATTTT
1 CATCCAGGGGGCATTTTGGTCATTTT
9501 TTATCTACTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 5 0.21
28 19 0.79
ACGTcount: A:0.17, C:0.19, G:0.25, T:0.40
Consensus pattern (28 bp):
CATCCAGGGGGCATTTTGGTCATTTTCA
Found at i:10005 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 9979--10021 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 16
9969 CTCATAAGGT
*
9979 TTGTTTTTCTCTTCTGAC
1 TTGTCTTTCTCTT-T-AC
9997 TTGTCTTTCTCTTTAC
1 TTGTCTTTCTCTTTAC
10013 TTAGTCTTT
1 TT-GTCTTT
10022 AGTAACCTGC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 7 0.30
18 12 0.52
ACGTcount: A:0.07, C:0.21, G:0.09, T:0.63
Consensus pattern (16 bp):
TTGTCTTTCTCTTTAC
Found at i:14161 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 14138--14176 Score: 78
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
14128 GTAAACAACT
14138 TAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGGTGTAATTAAG
14156 TAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGGTGTAATTAAG
14174 TAA
1 TAA
14177 ATTGGTAATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 21 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.21, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAG
Found at i:14204 original size:61 final size:62
Alignment explanation
Indices: 14094--14219 Score: 236
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 62
14084 GTAAACAACT
14094 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTAGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTAGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
*
14156 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT-GGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTAGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
14217 TAA
1 TAA
14220 CTTGGTAATT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 1, Indels: 1
0.97 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
61 39 0.62
62 24 0.38
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (62 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTAGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
Found at i:14208 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 14156--14576 Score: 644
Period size: 43 Copynumber: 9.5 Consensus size: 43
14146 TGTAATTAAG
14156 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
* *
14199 TAATTCGGTGTAATTAAGTAACTTGGTAATTTGGTAAGCAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
14242 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT-G-G-------TA---A-TTTGGTAAACAACT
*
14298 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTTGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
* *
14341 TCATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAATT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
*
14384 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAGTTGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
*
14427 TAATTCGTTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
14470 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
* *
14513 TAATTCGATGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAAGT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
14556 TAATTCGGTGTAATTAAGTAA
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAA
14577 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 17, Indels: 26
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
43 301 0.86
44 2 0.01
45 1 0.00
47 2 0.01
52 2 0.01
54 1 0.00
55 2 0.01
56 37 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
Found at i:14579 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 14556--14590 Score: 70
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
14546 GTAAACAAGT
14556 TAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGGTGTAATTAAG
14574 TAATTCGGTGTAATTAA
1 TAATTCGGTGTAATTAA
14591 ATAAATTGGT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.20, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAG
Found at i:14586 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 14513--14634 Score: 217
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 61
14503 GTAAACAACT
* *
14513 TAATTCGATGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAAGTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGATGTAATTAAATAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
*
14574 TAATTCGGTGTAATTAAATAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTCGATGTAATTAAATAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
14635 CAAATTAGTA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 3, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
61 58 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (61 bp):
TAATTCGATGTAATTAAATAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
Found at i:14590 original size:104 final size:105
Alignment explanation
Indices: 14050--14758 Score: 634
Period size: 104 Copynumber: 6.7 Consensus size: 105
14040 GTAAACAACT
* * *
14050 TAATTCAGTGTAATTAGGTAAATTAGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAA
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT-GGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAA
*
14115 ATTAGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG-
65 ATT-GGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGA
*
14156 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAC
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
*
14221 TTGGTAATTTGGTAAGCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG-
66 TTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGA
14260 TAAATT-GGTG--A-T---TAAATTAGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTA
1 T-AATTCGGTGTAATTAAGTAAATT-GGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTA
* *
14318 AATTGGTAATTTTGTAAACAACTTCATTCGGTGTAATTAAG-
64 AATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGA
** * ** *
14359 TAAATT--G-GTAATTTGGTAAACAATT--TAATTCGGTGTAATTAA-GTAAGTT--G-GTAATT
1 T-AATTCGGTGTAATTAAGT--A-AATTGGTAATT-TG-GTAAACAACTTAA-TTCGGTGTAATT
** **** * ** * * ** **
14415 TGGTAAACAACTTAATTCGTTGTAATTAAGTAAATT-GGTAATTTGGTAAACAACT
59 AAGTAAA-TTGGTAATT--TGGTAAACAACTTAATTCGG-----T-GTAATTAAGA
*
14470 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGATGTAATTAAGTAAA
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
*
14535 TTGGTAATTTGGTAAACAAGTTAATTCGGTGTAATTAAG-
66 TTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGA
* *
14574 TAATTCGGTGTAATTAAATAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGCAAA
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
* *
14639 TTAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCTGTGTAATTAAGA
66 TTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGA
* * * * **
14679 AAATT-GGTAATTAAGCTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAGGTAATTAACTTAATTCGGTGTAAT
1 TAATTCGGT--GTAA-TTAAGTAAATTGGTAA-T---TT-GGTAAACAACTTAATTCGGTGTAAT
*
14743 TAAGTAAATCGGTAAT
58 TAAGTAAATTGGTAAT
14759 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 64, Indels: 80
0.77 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
97 1 0.00
98 7 0.01
99 83 0.17
100 1 0.00
101 1 0.00
102 12 0.02
103 12 0.02
104 147 0.30
105 76 0.15
106 30 0.06
107 13 0.03
108 1 0.00
109 1 0.00
110 35 0.07
111 10 0.02
112 47 0.09
113 19 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (105 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
TTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGA
Found at i:14622 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 14574--14690 Score: 180
Period size: 43 Copynumber: 2.7 Consensus size: 42
14564 TGTAATTAAG
14574 TAATTCGGTGTAATTAAATAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAAA-AAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
* *
14617 TAATTCGGTGTAATTAAGCAAATTAGTAATTTGGTAAACAACT
1 TAATTCGGTGTAATTAA-AAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
*
14660 TAATTCTGTGTAATTAAGAAAATTGGTAATT
1 TAATTCGGTGTAATTAA-AAAATTGGTAATT
14691 AAGCTAAGTA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 5, Indels: 2
0.91 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
43 68 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (42 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAAAAATTGGTAATTTGGTAAACAACT
Found at i:14698 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14674--14713 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
14664 TCTGTGTAAT
14674 TAAGAAAATTGGTAATTAAGC
1 TAAGAAAATTGGTAATTAAGC
* *
14695 TAAGTAATTTGGTAATTAA
1 TAAGAAAATTGGTAATTAA
14714 ATTAGGTAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.03, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
TAAGAAAATTGGTAATTAAGC
Found at i:14722 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14682--14724 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
14672 ATTAAGAAAA
*
14682 TTGGTAATTAAGCTAAGTAAT
1 TTGGTAATTAAACTAAGTAAT
* *
14703 TTGGTAATTAAATTAGGTAAT
1 TTGGTAATTAAACTAAGTAAT
14724 T
1 T
14725 AACTTAATTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
TTGGTAATTAAACTAAGTAAT
Found at i:14743 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 14719--14777 Score: 61
Period size: 19 Copynumber: 3.3 Consensus size: 19
14709 ATTAAATTAG
14719 GTAATTAACTTAATTCGGT
1 GTAATTAACTTAATTCGGT
* *
14738 GTAATTAA-GTAAATC-G-
1 GTAATTAACTTAATTCGGT
* *
14754 GTAATCAACTTAATTTGGT
1 GTAATTAACTTAATTCGGT
14773 GTAAT
1 GTAAT
14778 AAAGTAAATC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 6
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.23
17 5 0.16
18 6 0.19
19 13 0.42
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
GTAATTAACTTAATTCGGT
Found at i:14757 original size:147 final size:145
Alignment explanation
Indices: 14435--14791 Score: 373
Period size: 147 Copynumber: 2.4 Consensus size: 145
14425 CTTAATTCGT
* * * * *
14435 TGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAAT
1 TGTAATTAAATAAATTAGTAAATCGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTAGTAAT
*
14500 TTGGTAAACAACTTAATTCGATGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAAGTTAATTCGGT
66 TTGGTAAACAACTTAATTCGATGTAATTAAGAAAATTGGTAA-TT-GTAAACAAGTTAATTCGGT
***
14565 GTAATTAAGTAATTCGG
129 GTAATTAAGTAATTAAC
* * * *
14582 TGTAATTAAATAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGCAAATTAGTAAT
1 TGTAATTAAATAAATTAGTAAATCGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTAGTAAT
* *
14647 TTGGTAAACAACTTAATTCTG-TGTAATTAAGAAAATTGGTAA-T-TAAGCTAAG-TAATTTGGT
66 TTGGTAAACAACTTAATTC-GATGTAATTAAGAAAATTGGTAATTGTAAAC-AAGTTAATTCGGT
* *
14708 AATTAAATTAGGTAATTAAC
129 --GT-AATTAAGTAATTAAC
*** * * * * *
14728 T-TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCGGTAATCAACTTAATTTGGTGTAATAAAGTAAATCAGTA
1 TGTAATTAAAT-AAATT-AGTAAATCGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTAGTA
14792 GTTGGCTTAA
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 23, Indels: 14
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
143 12 0.07
144 3 0.02
145 8 0.04
146 16 0.09
147 140 0.78
148 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (145 bp):
TGTAATTAAATAAATTAGTAAATCGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTAGTAAT
TTGGTAAACAACTTAATTCGATGTAATTAAGAAAATTGGTAATTGTAAACAAGTTAATTCGGTGT
AATTAAGTAATTAAC
Found at i:14783 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 14718--14821 Score: 118
Period size: 35 Copynumber: 3.0 Consensus size: 35
14708 AATTAAATTA
* *
14718 GGTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATC
1 GGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATAAAGTAAATC
*
14753 GGTAATCAACTTAATTTGGTGTAATAAAGTAAATC
1 GGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATAAAGTAAATC
* * *** * *
14788 AGTAGTTGGCTTAATTCGGTATAATTAAGTAAAT
1 GGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATAAAGTAAAT
14822 AAAGGGCTTA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 11, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 58 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (35 bp):
GGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATAAAGTAAATC
Found at i:18152 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18123--18176 Score: 65
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
18113 TGACCGGCCA
*
18123 CATGCCCGGCCATCA-CCATTG
1 CATGACCGGCCATCATCCA-TG
18144 CATGACCGGCCATCATCCATG
1 CATGACCGGCCATCATCCATG
**
18165 CACAACCGGCCA
1 CATGACCGGCCA
18177 CATGATCCTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
21 26 0.90
22 3 0.10
ACGTcount: A:0.24, C:0.43, G:0.19, T:0.15
Consensus pattern (21 bp):
CATGACCGGCCATCATCCATG
Found at i:20214 original size:72 final size:71
Alignment explanation
Indices: 20117--20297 Score: 269
Period size: 68 Copynumber: 2.6 Consensus size: 71
20107 CGAATACATT
* * *
20117 GGCTTTTCCAGAAGCCAAACTCGTTTCCATACGAGTCAGTTAGTTTAGCCTTGGTTCCATCCAAG
1 GGCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCATAC-AGTCAGTTAGTTTAGCCTTCGTTCCATCAAAG
*
20182 CATCAGG
65 CAGCAGG
* *
20189 GTCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCAT---GTGAGTTAGTTTAGCCTTCGTTCCATCAAAGC
1 GGCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCATACAGTCAGTTAGTTTAGCCTTCGTTCCATCAAAGC
20251 AGCAGG
66 AGCAGG
20257 GGCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCATACTAGTCAGTT
1 GGCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCATAC-AGTCAGTT
20298 TAAACCTCAC
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 8, Indels: 8
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
68 63 0.65
72 34 0.35
ACGTcount: A:0.24, C:0.27, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (71 bp):
GGCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCATACAGTCAGTTAGTTTAGCCTTCGTTCCATCAAAGC
AGCAGG
Found at i:20447 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 20366--20591 Score: 301
Period size: 48 Copynumber: 4.7 Consensus size: 48
20356 GTGAGTTGGT
* * * *
20366 AATCTTTTCGACCCAAGTTGGTCTTTCCTCACTTTCATGTAAGTCAAA
1 AATCGTTTCGACCCAAGTTGGTCTTTCCTCACTTCCATGTGAGTCAGA
*
20414 AATCGTTTCAACCCAAGTTGGTCTTTCCTCACTTCCATGTGAGTCAGA
1 AATCGTTTCGACCCAAGTTGGTCTTTCCTCACTTCCATGTGAGTCAGA
*
20462 AATCGTTTCGACCCAAGTTGGTCTTTCCTCATTTCCATGTGAGTCAGA
1 AATCGTTTCGACCCAAGTTGGTCTTTCCTCACTTCCATGTGAGTCAGA
* * * *
20510 AATCCTTCCGACCCAAGTTGGTGTTTCCTCACTTCCATGTGAGTCAGT
1 AATCGTTTCGACCCAAGTTGGTCTTTCCTCACTTCCATGTGAGTCAGA
** * * **
20558 GGTC-CTTCGACCAAAGTTGGTCTTTTTTCACTTC
1 AATCGTTTCGACCCAAGTTGGTCTTTCCTCACTTC
20592 TATGCAAAGT
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 20, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
47 24 0.15
48 134 0.85
ACGTcount: A:0.21, C:0.27, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (48 bp):
AATCGTTTCGACCCAAGTTGGTCTTTCCTCACTTCCATGTGAGTCAGA
Found at i:20816 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 20702--21462 Score: 799
Period size: 62 Copynumber: 12.4 Consensus size: 62
20692 TCCTCTTTAT
* * * * * * * * *
20702 TTTCCGACCTCAGATAGGTATTTTTTCAATATTCAAAGTTGATCACGGACTGGTCTTCTTAAG
1 TTTCAGACCTCAGACAGGT-CTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCTTCTTCAG
* * * *
20765 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAATCGACCACAAACTGGTTTTCTTCAA
1 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCTTCTTCAG
* *
20827 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACGGACTGGTCTCCTTCAG
1 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCTTCTTCAG
* * *
20889 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAATCGACCACAGACCGGTCTTCTTCAA
1 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCTTCTTCAG
* * * * * * *
20951 TTTTAGACCTCAAACAGGTCTTTCTTAATATTCAAAGTTGATCACGGACTGGTCTTCTTCAG
1 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCTTCTTCAG
*
21013 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCCTCTTCAG
1 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCTTCTTCAG
* * *
21075 TTTCAGACCTCAGACAAGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCATAGACTGGTCCTCTTCAG
1 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCTTCTTCAG
* *
21137 TTTCAGACCTCAGACAGGTTTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTAGTCTTCTTCCA-
1 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCTTCTT-CAG
* * ** * * *
21199 TTTCAGACCTCGGACATGTCTTTCTCAGCTTTCAAAGTCGACCATAGACTGATCTTCTTCAA
1 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCTTCTTCAG
* * * * * ** * ** * *
21261 TTTCAGACCTCAAACAGATTTTTCTTAGTTTTCAAAGTTTACCACGGACCAGTGTTCTTCAA
1 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCTTCTTCAG
* * * * * * *
21323 TTTCAGACCTTAGACAAG--TGT-T---TTTT---AGTGGACCACGGATTGGTCTTCTTCAA
1 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCTTCTTCAG
* * * * * * * * *
21376 CTTCAGATCTCAGACAGGTCTTTCTCACTTTT--AAGATAGACCACGGATTTGTCTTTTTCAAA
1 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAG-TCGACCACAGACTGGTCTTCTTC-AG
*
21438 CTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCT
1 TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCT
21463 TAAACAGGTC
Statistics
Matches: 595, Mismatches: 92, Indels: 23
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
53 35 0.06
55 2 0.00
56 5 0.01
59 5 0.01
60 4 0.01
61 22 0.04
62 503 0.85
63 19 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (62 bp):
TTTCAGACCTCAGACAGGTCTTTCTCAATTTTCAAAGTCGACCACAGACTGGTCTTCTTCAG
Found at i:33188 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 33142--33188 Score: 60
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
33132 GAAAAGCAAT
**
33142 TAAACTATCAGAATAAATTAAATC
1 TAAACTATCAGAATAAAGAAAATC
33166 TAAACTAT-AGCAATAAAGAAAAT
1 TAAACTATCAG-AATAAAGAAAAT
33189 AATAATAAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 2 0.10
24 18 0.90
ACGTcount: A:0.57, C:0.11, G:0.06, T:0.26
Consensus pattern (24 bp):
TAAACTATCAGAATAAAGAAAATC
Found at i:36301 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 36238--36317 Score: 106
Period size: 28 Copynumber: 2.8 Consensus size: 28
36228 GCTTAATACC
*
36238 CAAATTAGCCCCTTAACTATCCATTTTGGGA
1 CAAATTAGCCCCTTAACT-T--TTTTTGGGA
36269 CAAATTAGCCCCTTAACTTTTTTTGGGA
1 CAAATTAGCCCCTTAACTTTTTTTGGGA
* *
36297 CAAATTGGCCCCTTAAGTTTT
1 CAAATTAGCCCCTTAACTTTT
36318 AAAAGTGAGA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 3
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 27 0.59
30 1 0.02
31 18 0.39
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (28 bp):
CAAATTAGCCCCTTAACTTTTTTTGGGA
Found at i:37079 original size:31 final size:29
Alignment explanation
Indices: 37009--37089 Score: 117
Period size: 29 Copynumber: 2.7 Consensus size: 29
36999 TCTCGTTTTT
*
37009 AAAAGTTAAGGGGGCAATTTGTCCCAAAA
1 AAAAGTTAAGGGGCCAATTTGTCCCAAAA
37038 AAAAGTTAAGGGGCCAATTTGTCCCAAAA
1 AAAAGTTAAGGGGCCAATTTGTCCCAAAA
* *
37067 TGAATAGTTAAGGGGCTAATTTG
1 --AAAAGTTAAGGGGCCAATTTG
37090 GGTATTAAGC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 28 0.60
31 19 0.40
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.25, T:0.25
Consensus pattern (29 bp):
AAAAGTTAAGGGGCCAATTTGTCCCAAAA
Found at i:45415 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 45386--45426 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 3.9 Consensus size: 11
45376 CCTTGGCTTA
45386 TGATCTTCAAT
1 TGATCTTCAAT
*
45397 T-CTCTTCAAT
1 TGATCTTCAAT
45407 TGATCTTCAAT
1 TGATCTTCAAT
*
45418 GGA-CTTCAA
1 TGATCTTCAA
45427 GCCTTCAAGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 3
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
10 15 0.58
11 11 0.42
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (11 bp):
TGATCTTCAAT
Found at i:45424 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 45386--45426 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
45376 CCTTGGCTTA
* *
45386 TGATCTTCAATTCTCTTCAAT
1 TGATCTTCAATGCACTTCAAT
*
45407 TGATCTTCAATGGACTTCAA
1 TGATCTTCAATGCACTTCAA
45427 GCCTTCAAGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
TGATCTTCAATGCACTTCAAT
Found at i:51478 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 51419--51508 Score: 130
Period size: 44 Copynumber: 2.1 Consensus size: 43
51409 TTACCTTCTC
51419 ATATATACTAATTTATGTAA-GTTTTTTATTTATTTATCA-GG
1 ATATATACTAATTTATGTAACGTTTTTTATTTATTTATCAGGG
* *
51460 ATATATACTATCATTTATGTAACTTTTTTTATTTATTTATTAGGG
1 ATATATACTA--ATTTATGTAACGTTTTTTATTTATTTATCAGGG
51505 ATAT
1 ATAT
51509 TCGCCCGTGA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 4
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 10 0.23
43 10 0.23
44 17 0.40
45 6 0.14
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.09, T:0.54
Consensus pattern (43 bp):
ATATATACTAATTTATGTAACGTTTTTTATTTATTTATCAGGG
Found at i:53289 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 53282--53315 Score: 68
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
53272 CCCTTTGATT
53282 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
53316 AGTGTAGATT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:55205 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 55198--55235 Score: 76
Period size: 2 Copynumber: 19.0 Consensus size: 2
55188 AATTAGGAGC
55198 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
55236 GACAGAGACA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 36 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:55474 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 55463--55499 Score: 74
Period size: 6 Copynumber: 6.2 Consensus size: 6
55453 TAAGAAGGGA
55463 GTATAT GTATAT GTATAT GTATAT GTATAT GTATAT G
1 GTATAT GTATAT GTATAT GTATAT GTATAT GTATAT G
55500 CAGCTTACCA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 31 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.19, T:0.49
Consensus pattern (6 bp):
GTATAT
Found at i:57056 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 57049--57106 Score: 82
Period size: 2 Copynumber: 29.5 Consensus size: 2
57039 CGGATTGTGC
* * *
57049 AT AT AT AT A- AC AT AT AT AT AT AT AT GT AT AA AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
57090 AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT A
57107 ACATATAACA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 5, Indels: 2
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 49 0.98
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:57114 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 57102--57134 Score: 66
Period size: 7 Copynumber: 4.7 Consensus size: 7
57092 ATATATATAT
57102 ATATAAC
1 ATATAAC
57109 ATATAAC
1 ATATAAC
57116 ATATAAC
1 ATATAAC
57123 ATATAAC
1 ATATAAC
57130 ATATA
1 ATATA
57135 TTAAAGTTGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 26 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.12, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (7 bp):
ATATAAC
Done.