Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014388.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14409, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7592
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.14, T:0.32
Found at i:7393 original size:635 final size:634
Alignment explanation
Indices: 6089--7590 Score: 2745
Period size: 635 Copynumber: 2.4 Consensus size: 634
6079 GTTGCCAAAA
6089 TCAACTTTCGCCC-AAAACCAAAATTTGTTTGACATTGCGTTCTGGTTGAAAAGCTCATTTTTTA
1 TCAACTTTCGCCCAAAAACCAAAATTTGTTTGACATTGCGTTCTGGTTGAAAAGCTCATTTTTTA
* *
6153 TCTCCTAACTCAATCCTAAACCAGCACTAACTCTTGTTAAGGAGCCATCTAAGGAAGGTGAGCCA
66 TCTCCTAACTCAATCCCAAACCAGCCCTAACTCTTGTTAAGGAGCCATCTAAGGAAGGTGAGCCA
*
6218 CCAAGTCAACTTCTTGATAGACTTCCAAAAACACAAATTCCACACGTTGAAGTTTACCTCACATT
131 CCAAGTCAACTTCTTGATAGACTTCCAAAAACACAAATTCCACACGTCGAAGTTTACCTCACATT
* *
6283 TATTTTTTGAATTCCTAAAATCATGTAATAGTAATTATAGATAAATAATTGTAATTGTATCCCAT
196 TATTTTTTGAATTCCTAAAATCATGTAATAGTAATTATACAGAAATAATTGTAATTGTATCCCAT
6348 TATTCGAGGGAGTCCCGCATGTAAAAAATATTATAAATACAATGAGTTTTGCTACTTAATCCTCC
261 TATTCGAGGGAGTCCCGCATGTAAAAAATATTATAAATACAATGAGTTTTGCTACTTAATCCTCC
*
6413 ACTTGACCCTTCTACATGTCATTAGGAAACATACCTATAATTTATAAAACCTTATTTAATAATAC
326 ACTTGACCCTTCTACATGTCATTAGAAAACATACCTATAATTTATAAAACCTTATTTAATAATAC
* *
6478 CTAAAATCAAGTGATTTAACTTGCAAACTCTCTATATTTATAACTAGGGGTTAAACCTGGATTTA
391 CTAAAATCAAGTAATTTAACTTGCAAACTCTCTATATTTATAACTAGGGGCTAAACCTGGATTTA
6543 ATTTGTTACTTTAATTATTATGAGGGTCAAACTAAAGGGTGAAAAAGAATTTTCCAAATACAATA
456 ATTTGTTACTTTAATTATTATGAGGGTCAAACTAAAGGGTGAAAAAGAATTTTCCAAATACAATA
6608 TTCTCTCCTTAACTCTAACTCACCTTGAGTAGAGTGTTCTTTCTATATTCAATATATCTTTATGG
521 TTCTCTCCTTAACTCTAACTCACCTTGAGTAGAGTGTTCTTTCTATATTCAATATATCTTTATGG
*
6673 TATCAGAGCCTAAGGGTGAGGGAGTGAAAGAGAGAAAAAAGTGTTTAGT
586 TATCAGAGCCTAAGGGTGAGGGAGTGAAAGAGAGAAAAAAGTGCTTAGT
* *
6722 TCAACTCTCGCCCAAAAACCAAAATTTGTTTGACATTGTGTTCTGGTTGAAAAGCTCATTTTTTA
1 TCAACTTTCGCCCAAAAACCAAAATTTGTTTGACATTGCGTTCTGGTTGAAAAGCTCATTTTTTA
6787 TCTCCTAACTCAATCCCAAACCAGCCCTAACTCTTGTTAAGGAGCCATCTAAGGAAGGTGAGCCA
66 TCTCCTAACTCAATCCCAAACCAGCCCTAACTCTTGTTAAGGAGCCATCTAAGGAAGGTGAGCCA
* *
6852 CCAAGTCAACTTCTTGATAGACTTCCAAAAACACAAACTCCACACGTCGAAGTTTATCTCACATT
131 CCAAGTCAACTTCTTGATAGACTTCCAAAAACACAAATTCCACACGTCGAAGTTTACCTCACATT
* *
6917 TATTTTTTGAATTCCTAAAATCAGGTAATAGTAATTATACAGAAGTAATTGTAATTGTATCCCAT
196 TATTTTTTGAATTCCTAAAATCATGTAATAGTAATTATACAGAAATAATTGTAATTGTATCCCAT
*
6982 TATTCGAGGGAGTCCCGCATGTAAAAAATATTATAAATACAATGAGTTTTGCTACTTGATCCTCC
261 TATTCGAGGGAGTCCCGCATGTAAAAAATATTATAAATACAATGAGTTTTGCTACTTAATCCTCC
*
7047 ACTTGACCCTTCTGACGTGTCATTAGAAAACATACCTATAATTTATAAAACCTTATTTAATAATA
326 ACTTGACCCTTCT-ACATGTCATTAGAAAACATACCTATAATTTATAAAACCTTATTTAATAATA
*
7112 CCTAAAATCAAGTAATTTACCTTGCAAACTCTCTATATTTATAACTAGGGGCTAAACCTGGATTT
390 CCTAAAATCAAGTAATTTAACTTGCAAACTCTCTATATTTATAACTAGGGGCTAAACCTGGATTT
* *
7177 AATTTGTTATTTTAATTATTATGAGGGTCAAACTAAAGTGTGAAAAAGAATTTTCCAAATACAAT
455 AATTTGTTACTTTAATTATTATGAGGGTCAAACTAAAGGGTGAAAAAGAATTTTCCAAATACAAT
* * *
7242 ATTCTCTCCTTAACTCTAACTCACCTTGTGTAGAGTGTTCTTTCTATATTCTATATTTCTTTATG
520 ATTCTCTCCTTAACTCTAACTCACCTTGAGTAGAGTGTTCTTTCTATATTCAATATATCTTTATG
*
7307 TTATCAGAGCCTAAGGGTGAGGGAGTGAAAGAGAGAAAAAAGTGCTTAGT
585 GTATCAGAGCCTAAGGGTGAGGGAGTGAAAGAGAGAAAAAAGTGCTTAGT
* * *
7357 TCAACTTTCACCCAAAAACCAAAATTTGTTTGACATTGCGTTTTGGTTGAAAATCTCATTTTTTA
1 TCAACTTTCGCCCAAAAACCAAAATTTGTTTGACATTGCGTTCTGGTTGAAAAGCTCATTTTTTA
7422 TCTCCTAACTCAATCCCAAACCAGCCCTAACTCTTGTTAAGGAGCCATCTAAGGAAGGTGAGCCA
66 TCTCCTAACTCAATCCCAAACCAGCCCTAACTCTTGTTAAGGAGCCATCTAAGGAAGGTGAGCCA
7487 CCAAGTCAACTTCTTGATAGACTTCCAAAAACACAAATTCCACACGTCGAAGTTTACCTCACATT
131 CCAAGTCAACTTCTTGATAGACTTCCAAAAACACAAATTCCACACGTCGAAGTTTACCTCACATT
7552 TATTTTTTGAATTCCTAAAATCATGTAATAGTAATTATA
196 TATTTTTTGAATTCCTAAAATCATGTAATAGTAATTATA
7591 GA
Statistics
Matches: 835, Mismatches: 32, Indels: 2
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
633 12 0.01
634 313 0.37
635 510 0.61
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (634 bp):
TCAACTTTCGCCCAAAAACCAAAATTTGTTTGACATTGCGTTCTGGTTGAAAAGCTCATTTTTTA
TCTCCTAACTCAATCCCAAACCAGCCCTAACTCTTGTTAAGGAGCCATCTAAGGAAGGTGAGCCA
CCAAGTCAACTTCTTGATAGACTTCCAAAAACACAAATTCCACACGTCGAAGTTTACCTCACATT
TATTTTTTGAATTCCTAAAATCATGTAATAGTAATTATACAGAAATAATTGTAATTGTATCCCAT
TATTCGAGGGAGTCCCGCATGTAAAAAATATTATAAATACAATGAGTTTTGCTACTTAATCCTCC
ACTTGACCCTTCTACATGTCATTAGAAAACATACCTATAATTTATAAAACCTTATTTAATAATAC
CTAAAATCAAGTAATTTAACTTGCAAACTCTCTATATTTATAACTAGGGGCTAAACCTGGATTTA
ATTTGTTACTTTAATTATTATGAGGGTCAAACTAAAGGGTGAAAAAGAATTTTCCAAATACAATA
TTCTCTCCTTAACTCTAACTCACCTTGAGTAGAGTGTTCTTTCTATATTCAATATATCTTTATGG
TATCAGAGCCTAAGGGTGAGGGAGTGAAAGAGAGAAAAAAGTGCTTAGT
Done.