Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014469.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14490, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 31592
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.17, T:0.32
Found at i:12524 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 12488--12650 Score: 208
Period size: 31 Copynumber: 5.3 Consensus size: 31
12478 TTAATTTGGC
*
12488 CAAATAAGGGTCTAACGTTATCGAAAATGCT
1 CAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGCT
* * * **
12519 CAAATAAGGGTCCGATC-TT-T-TAATTTGGC-
1 CAAATAAGGG-CCTAACGTTATCGAAAAT-GCT
12548 CAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGCT
1 CAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGCT
*
12579 CAAATAAGGGCCTAAAGTTATCGAAAATGCT
1 CAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGCT
*
12610 CAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGTT
1 CAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGCT
12641 CAAATAAGGG
1 CAAATAAGGG
12651 TCTGGTGTCA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 14, Indels: 12
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.04
29 15 0.13
30 6 0.05
31 84 0.75
32 3 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (31 bp):
CAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGCT
Found at i:12563 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 12432--12652 Score: 249
Period size: 60 Copynumber: 3.7 Consensus size: 60
12422 GCTAATTGCT
* * *
12432 CAAATAA-GGTCTAACGTT-TGCCAAAATGCTCAAATAA---TCCGGTCTTTTAATTTGGC
1 CAAATAAGGGCCTAACGTTAT-CGAAAATGCTCAAATAAGGGTCCGATCTTTTAATTTGGC
*
12488 CAAATAAGGGTCTAACGTTATCGAAAATGCTCAAATAAGGGTCCGATCTTTTAATTTGGC
1 CAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGCTCAAATAAGGGTCCGATCTTTTAATTTGGC
* ** * **
12548 CAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGCTCAAATAAGGG-CCTAAAGTTATCGAAAAT-GC
1 CAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGCTCAAATAAGGGTCC-GATCTT-T-TAATTTGGC
*
12609 TCAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGTTCAAATAAGGGTC
1 -CAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGCTCAAATAAGGGTC
12653 TGGTGTCAGT
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 10, Indels: 13
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
56 7 0.05
57 27 0.19
58 1 0.01
59 2 0.01
60 61 0.42
61 3 0.02
62 43 0.30
63 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (60 bp):
CAAATAAGGGCCTAACGTTATCGAAAATGCTCAAATAAGGGTCCGATCTTTTAATTTGGC
Found at i:12718 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 12683--12908 Score: 197
Period size: 31 Copynumber: 7.5 Consensus size: 31
12673 CATGAGACAT
12683 GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAG
1 GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAG
** * *
12714 GCCCTTATTTG-GCCAAATT--CAAA-GATGG
1 GCCCTTATTTGAG-CATTTTGGCAAACGTTAG
12742 GACCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAG
1 G-CCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAG
* ** *
12774 GTCCTTATTTG-GCCAAATT--CAAA-GATCAG
1 GCCCTTATTTGAG-CATTTTGGCAAACG-TTAG
12803 GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAG
1 GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAG
* ** * *
12834 GTCCTTATTTG-GCCAAATT---AAAAGATCAG
1 GCCCTTATTTGAG-CATTTTGGCAAACG-TTAG
12863 GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAG
1 GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAG
12894 GCCCTTATTTGAGCA
1 GCCCTTATTTGAGCA
12909 ATTAGCCAAT
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 26, Indels: 36
0.71 0.12 0.17
Matches are distributed among these distances:
28 9 0.06
29 56 0.37
30 6 0.04
31 71 0.47
32 9 0.06
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (31 bp):
GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAG
Found at i:12748 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 12711--12873 Score: 123
Period size: 29 Copynumber: 5.5 Consensus size: 28
12701 TGGCAAACGT
12711 TAGGCCCTTATTTGGCCAAATTCAAAGA
1 TAGGCCCTTATTTGGCCAAATTCAAAGA
* ** *
12739 TGGGACCCTTATTTGAG-CATTTTGGCAAACGT
1 TAGG-CCCTTATTTG-GCCAAATT--CAAA-GA
*
12771 TAGGTCCTTATTTGGCCAAATTCAAAGA
1 TAGGCCCTTATTTGGCCAAATTCAAAGA
** *
12799 TCAGGCCCTTATTTGAG-CATTTTGGCAAACGT
1 T-AGGCCCTTATTTG-GCCAAATT--CAAA-GA
* *
12831 TAGGTCCTTATTTGGCCAAATTAAAAGA
1 TAGGCCCTTATTTGGCCAAATTCAAAGA
12859 TCAGGCCCTTATTTG
1 T-AGGCCCTTATTTG
12874 AGCATTTTGG
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 19, Indels: 25
0.70 0.13 0.17
Matches are distributed among these distances:
28 7 0.07
29 49 0.48
30 4 0.04
31 37 0.36
32 6 0.06
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
TAGGCCCTTATTTGGCCAAATTCAAAGA
Found at i:12757 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 12683--12904 Score: 392
Period size: 60 Copynumber: 3.7 Consensus size: 60
12673 CATGAGACAT
*
12683 GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAGGCCCTTATTTGGCCAAATTCAAAGAT-GG
1 GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAGGCCCTTATTTGGCCAAATTCAAAGATCAG
*
12742 GACCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAGGTCCTTATTTGGCCAAATTCAAAGATCAG
1 G-CCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAGGCCCTTATTTGGCCAAATTCAAAGATCAG
* *
12803 GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAGGTCCTTATTTGGCCAAATTAAAAGATCAG
1 GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAGGCCCTTATTTGGCCAAATTCAAAGATCAG
12863 GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAGGCCCTTATTTG
1 GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAGGCCCTTATTTG
12905 AGCAATTAGC
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 4, Indels: 3
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
59 1 0.01
60 154 0.98
61 2 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (60 bp):
GCCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAACGTTAGGCCCTTATTTGGCCAAATTCAAAGATCAG
Found at i:12958 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 12915--12965 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
12905 AGCAATTAGC
*
12915 CAATTT-TTTATTATTAAT
1 CAATTTATTTATAATTAAT
12933 -ATCATTTATTTATAATTAAT
1 CA--ATTTATTTATAATTAAT
*
12953 CAATTTATATATA
1 CAATTTATTTATA
12966 CCTGCCCTGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 7
0.75 0.06 0.19
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.04
19 14 0.52
20 11 0.41
21 1 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (19 bp):
CAATTTATTTATAATTAAT
Found at i:20217 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 20191--20237 Score: 62
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
20181 AATTATGTTG
*
20191 CTTTTGTT-GTTAG-TTTCGAATGC
1 CTTTTGTTGGTTAGATTGCGAATGC
*
20214 CTTTTTTTGGTTAGATTGCGAATG
1 CTTTTGTTGGTTAGATTGCGAATG
20238 TAAGATATAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.35
24 5 0.25
25 8 0.40
ACGTcount: A:0.15, C:0.11, G:0.23, T:0.51
Consensus pattern (25 bp):
CTTTTGTTGGTTAGATTGCGAATGC
Found at i:25059 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 24973--26265 Score: 974
Period size: 26 Copynumber: 49.9 Consensus size: 26
24963 GATGATGTCT
24973 TACTGAATATGCAACTATATGA-CCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
* *
24998 TATTGAATATGCAA-TCACATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACT-ATATGA-TCCC
** * *
25025 TACAAAATATGCAACTACATGACCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
*
25051 TACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
** **
25077 TACAAAATACACAACTATATGGA--CC
1 TACTGAATATGCAACTATAT-GATCCC
* *
25102 TACTGAATATGTAACTATATG-GCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
*
25127 TAC--AATTTATGCAACTATATG-GCCC
1 TACTGAA--TATGCAACTATATGATCCC
*
25152 TACTGAATATGCAACTATATG--GCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
* * *
25176 TACGGAATATGCTACTATATGATTTCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-TCCC
* *
25203 TGCTGAATATGCAACTATATGATTCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
* * * *
25229 TATTTAGTATGCAACTATATGATTCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
* *
25255 TACTTAATATGCAACAATATGATCCTAC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCC--C
* *
25283 AACTGAATATACAACTATATGATCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
*
25309 TACTGAATATGAAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-TCCC
25336 TACTGAATATGCAACTATATGAT---
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
*
25359 T-C----CATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-TCCC
* *
25381 TGCTGAATATACAACTATATGA-CCAC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCC-C
* * * *
25407 TACTGAGTATGCAACTACATAACCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
* * * * *
25433 TACTGAATGGTCCCTACGGA-AT-AT-GC
1 TACTGAAT-AT-GCAAC-TATATGATCCC
* * * *
25459 AACT--ATATGACCCTACTAAAT-AT-GC
1 TACTGAATATG---CAACTATATGATCCC
* * *
25484 AACT--ATATGGTC-CCTACTGAAT-ATGCAAC
1 TACTGAATAT-G-CAACTA-T--ATGAT-C-CC
** * * *
25513 TA-T-AAGGGTCCTACTGA-AT-AT-GC
1 TACTGAA-TATGCAACT-ATATGATCCC
* * *
25536 AACT--ATATG--A-TTTATG-GCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
* *
25556 TACTGAATATGTAACTATATGGGT-CC
1 TACTGAATATGCAACTATAT-GATCCC
**
25582 TACTGAATATGCAACTATATGAGGCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
*
25608 TACTGAATATGCAACTAAATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-TCCC
* *
25635 TATTGAATATGCAACTATATGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
*
25661 TACTGAATTTGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-TCCC
*
25688 TACTGAATATGCAACTATATGGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATAT-GATCCC
*
25715 TACTGAATATGCAATTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-TCCC
* * *
25742 TACAGAATATGAAACTATATGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
*
25768 TACTGAATATGCAAC-AGTATG-GCCC
1 TACTGAATATGCAACTA-TATGATCCC
*
25793 TACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
25819 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-TCCC
* *
25846 TACTGAATATGCAATTATATGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
* *
25872 TACTGAATTTGCAACTATATGATTCCT
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-TCCC
*
25899 TACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
* *
25925 TACTGAATATGTAACTATATGGGT-CC
1 TACTGAATATGCAACTATAT-GATCCC
* *
25951 TATTGAATATGCAACTATAAGATTTATGGCCC
1 TACTGAATATGCAACTAT---A-TGAT--CCC
* * *
25983 TACAGAAAATGCAACTATATGGGT-CC
1 TACTGAATATGCAACTATAT-GATCCC
* * * *
26009 TACTGAATCTGCAACTATATTAGCTC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
26035 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-TCCC
26062 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
*
26088 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
* **
26113 TACTGAATATGTAACTATATGGCCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
*
26139 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
* * *
26164 TACT-AGATATACAACTATACGAACCC
1 TACTGA-ATATGCAACTATATGATCCC
*
26190 TACTGAATATGCAACTGTATGATCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
26216 TACTGAATATGCAACTATATGAATCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATG-ATCCC
26243 TACTGAATATGCAACTATATGAT
1 TACTGAATATGCAACTATATGAT
26266 TCCATGCAAC
Statistics
Matches: 1033, Mismatches: 152, Indels: 165
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.01
19 4 0.00
20 5 0.00
22 8 0.01
23 11 0.01
24 30 0.03
25 165 0.16
26 458 0.44
27 276 0.27
28 32 0.03
29 10 0.01
30 3 0.00
32 17 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.22, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (26 bp):
TACTGAATATGCAACTATATGATCCC
Found at i:25304 original size:80 final size:81
Alignment explanation
Indices: 24974--26265 Score: 558
Period size: 79 Copynumber: 16.3 Consensus size: 81
24964 ATGATGTCTT
* * * * **
24974 ACTGAATATGCAACTATATGA-CCCTATTGAATATGCAA-TCACATGATTCCCTACAAAATATGC
1 ACTGAATATACAACTATATGATCCCTACTGAATATGAAACT-ATATGATTCCCTACTGAATATGC
* * * *
25037 AACTACATGA-CC-CCT
65 AACAATATGATCCTACA
* * ** *
25052 ACTGAATATGCAACTATATGGTCCCTACAAAATA-CACAACTATATGGA---CCTACTGAATATG
1 ACTGAATATACAACTATATGATCCCTACTGAATATGA-AACTATAT-GATTCCCTACTGAATATG
* * **
25113 TAACTATATGGCCCTACA
64 CAACAATATGATCCTACA
* * * * * * *
25131 A-T--TTATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCAACTATATG---GCCTACGGAATATGCT
1 ACTGAATATACAACTATATGATCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCA
* * * *
25189 ACTATATGAT-TTCCT
66 ACAATATGATCCTACA
* * * * * * * *
25204 GCTGAATATGCAACTATATGATTCCTATTTAGTATGCAACTATATGATT-CCTACTTAATATGCA
1 ACTGAATATACAACTATATGATCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCA
25268 ACAATATGATCCTACA
66 ACAATATGATCCTACA
25284 ACTGAATATACAACTATATGATCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCA
1 ACTGAATATACAACTATATGATCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCA
*
25349 ACTATATGAT--T-C-
66 ACAATATGATCCTACA
* * *
25361 -C-----ATGCAACTATATGATTCCCTGCTGAATAT-ACAACTATATGA--CCACTACTGAGTAT
1 ACTGAATATACAACTATATGA-TCCCTACTGAATATGA-AACTATATGATTCC-CTACTGAATAT
* * * * *
25417 GCAACTACAT-AACC-CCT
63 GCAACAATATGATCCTACA
* * * * * ** * * *
25434 ACTGAATGGTCCCTACGGAATATGCAACTATA-TGACCCTACTAAATATGCAACTAT-ATGGTCC
1 ACTGAAT-AT-ACAAC--TATATG-ATCCCTACTGA--ATA-TGAA-A--CTA-TATGAT--TCC
* * *
25497 CTACTGAATATGCAACTATAAGGGTCCT---
52 CTACTGAATATGCAACAAT-ATGATCCTACA
* * **
25525 ACTGAATATGCAACTATATGATTTATGGCCCTACTGAATATGTAACTATATGGGT-CCTACTGAA
1 ACTGAATATACAACTATATG----AT--CCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAA
* *
25589 TATGCAACTATATGAGGCCT---
60 TATGCAACAATATGA-TCCTACA
* * * * * *
25609 ACTGAATATGCAACTAAATGATTCCCTATTGAATATGCAACTATATG-GTCCCTACTGAATTTGC
1 ACTGAATATACAACTATATGA-TCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGC
* *
25673 AACTATATGATTCC--CT
65 AACAATATGA-TCCTACA
* * * * * *
25689 ACTGAATATGCAACTATATGGGTCCCTACTGAATATGCAATTATATGATTCCCTACAGAATATGA
1 ACTGAATATACAACTATAT-GATCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGC
* * *
25754 AACTATATGGTCC--CT
65 AACAATATGATCCTACA
* * * *
25769 ACTGAATATGCAAC-AGTATG-GCCCTACTGAATATGCAACTATATG-GTCCCTACTGAATATGC
1 ACTGAATATACAACTA-TATGATCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGC
* *
25831 AACTATATGATTCC--CT
65 AACAATATGA-TCCTACA
* * * * * *
25847 ACTGAATATGCAATTATATGGTCCCTACTGAATTTGCAACTATATGATTCCTTACTGAATATGCA
1 ACTGAATATACAACTATATGATCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCA
* * *
25912 ACTATATGGTCC--CT
66 ACAATATGATCCTACA
** * * * * *
25926 ACTGAATATGTAACTATATGGGT-CCTATTGAATATGCAACTATAAGATTTATGGCCCTACAGAA
1 ACTGAATATACAACTATAT-GATCCCTACTGAATATGAAACTATATGA--T-T--CCCTACTGAA
* * *
25990 AATGCAACTATATGGGTCCT---
60 TATGCAACAATAT-GATCCTACA
* * * * * *
26010 ACTGAATCTGCAACTATATTAGCTCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCA
1 ACTGAATATACAACTATATGATCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCA
* *
26075 ACTATATGATCC--CT
66 ACAATATGATCCTACA
* * * **
26089 ACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGTAACTATATG-GCCCCTACTGAATATGCA
1 ACTGAATATACAACTATATGATCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCA
* ** *
26152 ACTATATGGCCCTACT
66 ACAATATGATCCTACA
* * * *
26168 A--G-ATATACAACTATACGAACCCTACTGAATATGCAACTGTATGA-TCCCTACTGAATATGCA
1 ACTGAATATACAACTATATGATCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCA
* *
26229 ACTATATGAATCC--CT
66 ACAATATG-ATCCTACA
*
26244 ACTGAATATGCAACTATATGAT
1 ACTGAATATACAACTATATGAT
26266 TCCATGCAAC
Statistics
Matches: 973, Mismatches: 153, Indels: 175
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
70 3 0.00
71 33 0.03
72 24 0.02
73 2 0.00
74 23 0.02
75 18 0.02
76 45 0.05
77 135 0.14
78 101 0.10
79 210 0.22
80 139 0.14
81 52 0.05
82 5 0.01
83 9 0.01
84 103 0.11
85 8 0.01
86 5 0.01
87 7 0.01
88 3 0.00
89 7 0.01
90 4 0.00
91 26 0.03
92 6 0.01
93 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.22, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (81 bp):
ACTGAATATACAACTATATGATCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCA
ACAATATGATCCTACA
Found at i:25367 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 25344--25379 Score: 72
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
25334 CCTACTGAAT
25344 ATGCAACTATATGATTCC
1 ATGCAACTATATGATTCC
25362 ATGCAACTATATGATTCC
1 ATGCAACTATATGATTCC
25380 CTGCTGAATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 18 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
ATGCAACTATATGATTCC
Found at i:25665 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 24973--26268 Score: 1184
Period size: 53 Copynumber: 24.5 Consensus size: 53
24963 GATGATGTCT
* * *
24973 TACTGAATATGCAACTATATGA--CCCTATTGAATATGCAA-TCACATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACT-ATATG-GTCCC
** * *
25025 TACAAAATATGCAACTACATGA-CCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
** ** *
25077 TACAAAATACACAACTATATGGA---CCTACTGAATATGTAACTATATGG-CCC
1 TACTGAATATGCAACTATAT-GATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
*
25127 TAC--AATTTATGCAACTATATG--GCCCTACTGAATATGCAACTATATGG--CC
1 TACTGAA--TATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
* * * * * *
25176 TACGGAATATGCTACTATATGATTTCCTGCTGAATATGCAACTATATGATTCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
* * * * * *
25229 TATTTAGTATGCAACTATATGATT-CCTACTTAATATGCAACAATATGATCCTAC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCC--C
* * * *
25283 AACTGAATATACAACTATATGA-TCCCTACTGAATATGAAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATG-GTCCC
*
25336 TACTGAATATGCAACTATATGATT--C--C-----ATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATG-GTCCC
* * * * ***
25381 TGCTGAATATACAACTATATGA--CCACTACTGAGTATGCAACTACATAACCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCC-CTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
* * * * *
25433 TACTGAATGGTCCCTACGGAATATGCAACTATATGACCCTACTAAATATGCAACTATATGGTCCC
1 TACTGAAT-AT-GCAAC--TATATG-----AT-T--CCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
* ** *
25498 TACTGAATATGCAACTATAAGGGT-CCTACTGAATATGCAACTATATGATTTATGGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATG------GTCCC
* ** *
25556 TACTGAATATGTAACTATATGGGT-CCTACTGAATATGCAACTATATGAG-GCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATG-GTCCC
* *
25608 TACTGAATATGCAACTAAATGATTCCCTATTGAATATGCAACTATATGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
*
25661 TACTGAATTTGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATAT-GGTCCC
* * *
25715 TACTGAATATGCAATTATATGATTCCCTACAGAATATGAAACTATATGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
*
25768 TACTGAATATGCAAC-AGTATG--GCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTA-TATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
*
25819 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAATTATATGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
* *
25872 TACTGAATTTGCAACTATATGATTCCTTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
* ** *
25925 TACTGAATATGTAACTATATGGGT-CCTATTGAATATGCAACTATAAGATTTATGG-CCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAAC--T---A--TATGGTCCC
* * ** * * *
25983 TACAGAAAATGCAACTATATGGGT-CCTACTGAATCTGCAACTATATTAG-CTC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATA-TGGTCCC
*
26035 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
* * *
26088 TACTGAATATGCAACTATATG--GCCCTACTGAATATGTAACTATATGGCCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
* * * **
26139 TACTGAATATGCAACTATATG--GCCCTACT-AGATATACAACTATACGAACCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGA-ATATGCAACTATATGGTCCC
* *
26190 TACTGAATATGCAACTGTATGA-TCCCTACTGAATATGCAACTATATGAATCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATG-GTCCC
26243 TACTGAATATGCAACTATATGATTCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCC
26269 ATGCAACTAT
Statistics
Matches: 1047, Mismatches: 127, Indels: 138
0.80 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
45 38 0.04
46 1 0.00
48 3 0.00
49 19 0.02
50 42 0.04
51 185 0.18
52 181 0.17
53 338 0.32
54 96 0.09
55 4 0.00
56 6 0.01
57 1 0.00
58 88 0.08
59 5 0.00
61 5 0.00
63 3 0.00
64 1 0.00
65 29 0.03
66 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.22, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (53 bp):
TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGTCCC
Found at i:26593 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 26554--26624 Score: 142
Period size: 35 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
26544 TGATTGTAAT
26554 GAGATTTCAATGTAACCTAAAAAAAATGTCGAAAG
1 GAGATTTCAATGTAACCTAAAAAAAATGTCGAAAG
26589 GAGATTTCAATGTAACCTAAAAAAAATGTCGAAAG
1 GAGATTTCAATGTAACCTAAAAAAAATGTCGAAAG
26624 G
1 G
26625 TTATTAGTTG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 36 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.11, G:0.18, T:0.23
Consensus pattern (35 bp):
GAGATTTCAATGTAACCTAAAAAAAATGTCGAAAG
Done.