Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014476.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14497, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 24583
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.17, T:0.34
Found at i:1873 original size:907 final size:908
Alignment explanation
Indices: 1--2330 Score: 4621
Period size: 907 Copynumber: 2.6 Consensus size: 908
1 GTATCCAATTATCTCCGTACATCTCTTTGTCTATATAACCAGTTCCATCGCAAAACCCAAACACC
1 GTATCCAATTATCTCCGTACATCTCTTTGTCTATATAACCAGTTCCATCGCAAAACCCAAACACC
*
66 ATACCCAGCTGTTCGCATGAACAGACTCTTCTCTTCATCATCTCAAACAATTAA-CTCTCATCTC
66 ATACCCAGCTGTTCGTATGAACAGACTCTTCTCTTCATCATCTCAAACAATTAATCTCTCATCTC
130 -TTAGTCATTAATTATACATCATATAACAATTTCTTCTGGTTTCGCTGCGCGACCAACATTTATT
131 TTTAGTCATTAATTATACATCATATAACAATTTCTTCTGGTTTCGCTGCGCGACCAACATTTATT
194 CATGAATTCGCAATTAGCTAACGCTCCTAATTCTTTTAATTATATTGAGTCTAATAGAGATGAGT
196 CATGAATTCGCAATTAGCTAACGCTCCTAATTCTTTTAATTATATTGAGTCTAATAGAGATGAGT
259 ACAGGCTGACCCATGATCTGACAGAGATAGTGCTTCAATTCCTTAAACATTAATAGTAACTCCAT
261 ACAGGCTGACCCATGATCTGACAGAGATAGTGCTTCAATTCCTTAAACATTAATAGTAACTCCAT
324 TGTTATCATCCTTAAACGCGCGGGTTCTTTATTCAAATTTGGAAAATAATCGCGTGGGTCACATG
326 TGTTATCATCCTTAAACGCGCGGGTTCTTTATTCAAATTTGGAAAATAATCGCGTGGGTCACATG
389 TATTTCTTATCCACGGCTTATATTGCACCACGTGGCGCAATTGTAGCCGTTTATTTAAAACGTCG
391 TATTTCTTATCCACGGCTTATATTGCACCACGTGGCGCAATTGTAGCCGTTTATTTAAAACGTCG
454 CTATCAAATATTGGCGCCCAATTCAAATTAAAGCGTACGGAAAAAGCGGCGGCTGCTGCACGGTA
456 CTATCAAATATTGGCGCCCAATTCAAATTAAAGCGTACGGAAAAAGCGGCGGCTGCTGCACGGTA
519 ATAATGGGGTCGTGCAGCAGCGGTATGTTATTTACAATTTTGCCCCTATAAAGTGAAATCCCCAA
521 ATAATGGGGTCGTGCAGCAGCGGTATGTTATTTACAATTTTGCCCCTATAAAGTGAAATCCCCAA
584 AATACCCCTGACTTTTATTTGTTTTAGCCTTTGCTGAATAGTGAAAAGACACAACTTGCCCTCGA
586 AATACCCCTGACTTTTATTTGTTTTAGCCTTTGCTGAATAGTGAAAAGACACAACTTGCCCTCGA
649 AGTTTAGTCCCTATGTCGCTGCTGACTCCTAGTAGTAATTTATAGGGAGACCTATAAATTGGCTC
651 AGTTTAGTCCCTATGTCGCTGCTGACTCCTAGTAGTAATTTATAGGGAGACCTATAAATTGGCTC
714 CGATATATCGGATACCAGAGACTTTGTTGTCTCCGATTTAAAACGCAACATGGATTGTCGTTTCA
716 CGATATATCGGATACCAGAGACTTTGTTGTCTCCGATTTAAAACGCAACATGGATTGTCGTTTCA
779 TCTAAAATAGAAAGTCTTAGATTTTATCCACCTTAATAACCTTTCCATTAATATAAACAACATTA
781 TCTAAAATAGAAAGTCTTAGATTTTATCCACCTTAATAACCTTTCCATTAATATAAACAACATTA
*
844 TTATGCTTAATTAAGCAAGATTTAATTGAAATTAAGAGAGATGAGAGAGAGTGAGAGATTGTT
846 TTATACTTAATTAAGCAAGATTTAATTGAAATTAAGAGAGATGAGAGAGAGTGAGAGATTGTT
907 GTATCCAATTATCTCCGTACATCTCTTTGTCTATATAACCAGTTCCATCGCAAAACCCAAACACC
1 GTATCCAATTATCTCCGTACATCTCTTTGTCTATATAACCAGTTCCATCGCAAAACCCAAACACC
972 ATACCCAGCTGTTCGTATGAACAGACTCTTCTCTTCATCATCTCAAACAATTAATCTCTCATCTC
66 ATACCCAGCTGTTCGTATGAACAGACTCTTCTCTTCATCATCTCAAACAATTAATCTCTCATCTC
1037 TTTAGTCATTAATTATACATCATATAACAATTTCTTCTGGTTTCGCTGCGCGACCAACATTTATT
131 TTTAGTCATTAATTATACATCATATAACAATTTCTTCTGGTTTCGCTGCGCGACCAACATTTATT
1102 CATGAATTCGCAATTAGCTAACGCTCCTAATTCTTTTAATTATATTGAGTCTAATAGAGATGAGT
196 CATGAATTCGCAATTAGCTAACGCTCCTAATTCTTTTAATTATATTGAGTCTAATAGAGATGAGT
1167 ACAGGCTGACCCATGATCTGACAGAGATAGTGCTTCAATTCCTTAAACATTAATAGTAACTCCAT
261 ACAGGCTGACCCATGATCTGACAGAGATAGTGCTTCAATTCCTTAAACATTAATAGTAACTCCAT
1232 TGTTATCATCCTTAAACGCGCGGGTTCTTTATTCAAATTTGG-AAATAATCGCGTGGGTCACATG
326 TGTTATCATCCTTAAACGCGCGGGTTCTTTATTCAAATTTGGAAAATAATCGCGTGGGTCACATG
1296 TATTTCTTATCCACGGCTTATATTGCACCACGTGGCGCAATTGTAGCCGTTTATTTAAAACGTCG
391 TATTTCTTATCCACGGCTTATATTGCACCACGTGGCGCAATTGTAGCCGTTTATTTAAAACGTCG
1361 CTATCAAATATTGGCGCCCAATTCAAATTAAAGCGTACGGAAAAAGCGGCGGCTGCTGCACGGTA
456 CTATCAAATATTGGCGCCCAATTCAAATTAAAGCGTACGGAAAAAGCGGCGGCTGCTGCACGGTA
1426 ATAATGGGGTCGTGCAGCAGCGGTATGTTATTTACAATTTTGCCCCTATAAAGTGAAATCCCCAA
521 ATAATGGGGTCGTGCAGCAGCGGTATGTTATTTACAATTTTGCCCCTATAAAGTGAAATCCCCAA
1491 AATACCCCTGACTTTTATTTGTTTTAGCCTTTGCTGAATAGTGAAAAGACACAACTTGCCCTCGA
586 AATACCCCTGACTTTTATTTGTTTTAGCCTTTGCTGAATAGTGAAAAGACACAACTTGCCCTCGA
1556 AGTTTAGTCCCTATGTCGCTGCTGACTCCTAGTAGTAATTTATAGGGAGACCTATAAATTGGCTC
651 AGTTTAGTCCCTATGTCGCTGCTGACTCCTAGTAGTAATTTATAGGGAGACCTATAAATTGGCTC
1621 CGATATATCGGATACCAGAGACTTTGTTGTCTCCGATTTAAAACGCAACATGGATTGTCGTTTCA
716 CGATATATCGGATACCAGAGACTTTGTTGTCTCCGATTTAAAACGCAACATGGATTGTCGTTTCA
1686 TCTAAAATAGAAAGTCTTAGATTTTATCCACCTTAATAACCTTTCCATTAATATAAACAACATTA
781 TCTAAAATAGAAAGTCTTAGATTTTATCCACCTTAATAACCTTTCCATTAATATAAACAACATTA
1751 TTATACTTAATTAAGCAAGATTTAATTGAAATTAAGAGAGATGAGAGAGAGTGAGAGATTGTT
846 TTATACTTAATTAAGCAAGATTTAATTGAAATTAAGAGAGATGAGAGAGAGTGAGAGATTGTT
1814 GTATCCAATTATCTCCGTACATCTCTTTGTCTATATAACCAGTTCCATCGCAAAACCCAAACACC
1 GTATCCAATTATCTCCGTACATCTCTTTGTCTATATAACCAGTTCCATCGCAAAACCCAAACACC
1879 ATACCCAGCTGTTCGTATGAACAGACTCTTCTCTTCATCATCTCAAACAATTAATCTCTCATCTC
66 ATACCCAGCTGTTCGTATGAACAGACTCTTCTCTTCATCATCTCAAACAATTAATCTCTCATCTC
1944 TTTAGTCATTAATTATACATCATATAACAATTTCTTCTGGTTTCGCTGCGCGACCAACATTTATT
131 TTTAGTCATTAATTATACATCATATAACAATTTCTTCTGGTTTCGCTGCGCGACCAACATTTATT
2009 CATGAATTCGCAATTAGCTAACGCTCCTAATTCTTTTAATTATATTGAGTCTAATAGAGATGAGT
196 CATGAATTCGCAATTAGCTAACGCTCCTAATTCTTTTAATTATATTGAGTCTAATAGAGATGAGT
2074 ACAGGCTGACCCATGATCTGACAGAGATAGTGCTTCAATTCCTTAAACATTAATAGTAACTCCAT
261 ACAGGCTGACCCATGATCTGACAGAGATAGTGCTTCAATTCCTTAAACATTAATAGTAACTCCAT
2139 TGTTATCATCCTTAAACGCGCGGGTTCTTTATTCAAATTTGGAAAATAATCGCGTGGGTCACATG
326 TGTTATCATCCTTAAACGCGCGGGTTCTTTATTCAAATTTGGAAAATAATCGCGTGGGTCACATG
2204 TATTTCTTATCCACGGCTTATATTGCACCACGTGGCGCAATTGTAGCCGTTTATTTAAAACGTCG
391 TATTTCTTATCCACGGCTTATATTGCACCACGTGGCGCAATTGTAGCCGTTTATTTAAAACGTCG
2269 CTATCAAATATTGGCGCCCAATTCAAATTAAAGCGTACGGAAAAAGCGGCGGCTGCTGCACG
456 CTATCAAATATTGGCGCCCAATTCAAATTAAAGCGTACGGAAAAAGCGGCGGCTGCTGCACG
2331 CCAAAATGAA
Statistics
Matches: 1419, Mismatches: 2, Indels: 4
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
906 118 0.08
907 916 0.65
908 385 0.27
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (908 bp):
GTATCCAATTATCTCCGTACATCTCTTTGTCTATATAACCAGTTCCATCGCAAAACCCAAACACC
ATACCCAGCTGTTCGTATGAACAGACTCTTCTCTTCATCATCTCAAACAATTAATCTCTCATCTC
TTTAGTCATTAATTATACATCATATAACAATTTCTTCTGGTTTCGCTGCGCGACCAACATTTATT
CATGAATTCGCAATTAGCTAACGCTCCTAATTCTTTTAATTATATTGAGTCTAATAGAGATGAGT
ACAGGCTGACCCATGATCTGACAGAGATAGTGCTTCAATTCCTTAAACATTAATAGTAACTCCAT
TGTTATCATCCTTAAACGCGCGGGTTCTTTATTCAAATTTGGAAAATAATCGCGTGGGTCACATG
TATTTCTTATCCACGGCTTATATTGCACCACGTGGCGCAATTGTAGCCGTTTATTTAAAACGTCG
CTATCAAATATTGGCGCCCAATTCAAATTAAAGCGTACGGAAAAAGCGGCGGCTGCTGCACGGTA
ATAATGGGGTCGTGCAGCAGCGGTATGTTATTTACAATTTTGCCCCTATAAAGTGAAATCCCCAA
AATACCCCTGACTTTTATTTGTTTTAGCCTTTGCTGAATAGTGAAAAGACACAACTTGCCCTCGA
AGTTTAGTCCCTATGTCGCTGCTGACTCCTAGTAGTAATTTATAGGGAGACCTATAAATTGGCTC
CGATATATCGGATACCAGAGACTTTGTTGTCTCCGATTTAAAACGCAACATGGATTGTCGTTTCA
TCTAAAATAGAAAGTCTTAGATTTTATCCACCTTAATAACCTTTCCATTAATATAAACAACATTA
TTATACTTAATTAAGCAAGATTTAATTGAAATTAAGAGAGATGAGAGAGAGTGAGAGATTGTT
Found at i:8310 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 8298--8331 Score: 59
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
8288 AGTTGGAGAC
*
8298 AT AT AT GT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
8332 TTCCTTCTTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.03, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.