Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014478.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14499, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2754
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Found at i:1080 original size:332 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1--2754 Score: 2634
Period size: 332 Copynumber: 8.3 Consensus size: 333
* * * * * * *
1 CATCCGACTCGTCTTTCAATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAACAAAAAAATTGATAATAG
1 CATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAA-ATAAAAA-CGATATTAG
* * *
66 ATGCA-TGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATATTTTTATATAAGTATTGTGGC
64 ATG-AGCGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGC
* * ** * * *
130 TA-GAATTGAAGGAAAAATAATTCGACTCATTTTTTTGCTAAATTTTTGCCGAAATCCTGTGCTA
128 TACAAATT-AAGG-AAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTA
* * * ** * * *
194 ATCATTAC-GATTTTTGGCTAAAAACGTGTTGTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGG
191 ACCATCACGGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCACCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGG
* ** * *
258 CACCAAGACTCCTTCGAATAT-TGACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGT
256 CACCAAGACTCCTTCAAATATCT-ACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAGATTTAAGGA
* *
322 TTTGGTTTTACAGG
320 TTTGCTTTTACGGG
* * * *
336 CATCTAACTCGATCGTGTTTTGATTTAATCTAAAATTAATTCCGGAAAAAAAATAAAAAACGATA
1 CATCTGA--C--TCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATT-CGGGAAAAAAAT-AAAAACGATA
* * * * * * **
401 TTAGAAGAGCCAAAAGCTCTTCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATTTATATTTT-T-T-CGTGC
60 TTAGATGAGCGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATA--TAT-TTTTATATGAGTAT
* * **
463 TGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAATTATTTCGAATCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
122 TGTGGCTACAAATTAAGG-AAAA-TATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
* * * * * * *
528 GTGTTAAGCATTACAGA-TTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGAGG-TCCGACTCAATTTTGCATAA
185 GTGCTAACCATCACGGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAG-GGCACCGACTCAGTTTTGCATAA
* *
591 TCTTTT-GCGCCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC--T-ACCA-T--A
249 T-TTTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCA-CATTAGA
*
649 -TT-A-GA------TTTA-AGG
312 TTTAAGGATTTGCTTTTACGGG
* * *
661 -AT-T---T-GTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAATAAAAAAAATGATATTAGA
1 CATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAA-AATAAAAACGATATTAGA
* *
720 TGTGCGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCATTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTA
65 TGAGCGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTA
* * * * *
785 GAAATTAAGGAAAATATTTCAGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTTATCA
130 CAAATTAAGGAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCA
* ** * * * *
850 TCAC-GATTTTTGGCAAAAAACGCGTTGTAGGGCTCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCACC
195 TCACGGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCACCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACC
* * * ** * *
914 AAGACTCCTTCGATTATTTACATTCATCTAACCAGTTCTTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGC
260 AAGACTCCTTCAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAGATTTAAGGATTTGC
*
979 TTTTACAGG
325 TTTTACGGG
* *
988 CATCTGACTCTTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAAATAAAAACGATATTAGAA
1 CATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAAATAAAAACGATATTAGAT
* * *
1053 GAGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTA-ATGAGTATTCTGGCCAC
66 GAGCGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTAC
* * *
1117 AAATTAGGGAAAAATTCTTTCGGTTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCT-ACC
131 AAATTAAGG-AAAA-TATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACC
* *
1181 ATCACGGA-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGG-ACCGACTCAGTTTTACATAATTTTTGGCG
194 ATCACGGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAG-GGCACCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCA
* * * * * **
1244 CCAAGACTACTTCAAATATCTATATTAATCTTACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGGATTT
258 CCAAGACTCCTTCAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAGATTTAAGGATTT
*
1309 GTTTTTACGGG
323 GCTTTTACGGG
* * * *
1320 CATCTGACTCGTGTTTCTATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAAATGATATTAGA
1 CATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAA-ATAAAAACGATATTAGA
* *
1385 TGCGCGAAATTCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTA
65 TGAGCGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTA
*
1450 CAAATTAAGGGAAAATAGTTT-GGGTCATCTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTAA
130 CAAATTAA-GGAAAATA-TTTCGGGTCAT-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAA
* * * * * * * *
1514 TCACCAC-GATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTAAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
192 CCATCACGGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCACCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGC
** * * *
1578 ACCAAGACTCCTTCAAATAT-TACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACCTTGGATTTTAGGATT
257 ACCAAGACTCCTTCAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAGATTTAAGGATT
* * **
1642 TACTTTTTCGAA
322 TGCTTTTACGGG
*
1654 CATCTGACTCGTGTTACGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAAGATAAAAAACGATATTAG
1 CATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAA-AT-AAAAACGATATTAG
* * * * *
1719 AAGAGCGAAAAGCTCTTCAATATTTTTGGCGTTAAGTTA-ATATTTTT-TATGAGTATTGT-G--
64 ATGAGCGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCT
* * * ** *
1779 ACAAATTAGGGAAAATTCTTTCGGTTTTTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTGCTAA
129 ACAAATTAAGGAAAA-TATTTCGG-GTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAA
* *
1844 CCATCACGGA-TTTTGCCTAAAAACGCGTTCCAGAGG-ACCGACTCAGTTTTACATAATTTTTGG
192 CCATCACGGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAG-GGCACCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGG
* * * * * ** *
1907 CGCCAAGACTACTTCAAATATCT-CTATTAATCTTACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGAA
256 CACCAAGACTCCTTCAAATATCTAC-ATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAGATTTAAGGA
*
1971 TTTGTTTTTACGGG
320 TTTGCTTTTACGGG
* * * * *
1985 CATCTGACTCGTGTTTCTATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAAAAAGATATAAG
1 CATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGG-AAAAA-AATAAAAACGATATTAG
* * * * *
2050 ATGTGCGAAATTCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATTTATTTTTATATGAGTATTATGGTT
64 ATGAGCGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCT
* * * *
2115 AGAAATTAATGAAAAATATTTCGGGTCATCTTTTTAT-CAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGTTA
129 ACAAATTAA-GGAAAATATTTCGGGTCAT-TTTTT-TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTA
* * ** * *
2179 ATCATCAC-GATTTTTAGCTAAAAACGCGTTTTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
191 ACCATCACGGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCACCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGG
* * * ** * * *
2243 CACCAAGACTCCTTCTAATATTTACATTCATCTAACTAGTTCTCAATTACATTTGATTTAAGGA-
256 CACCAAGACTCCTTCAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAGATTTAAGGAT
*
2307 TAGACTTTTACGGG
321 TTG-CTTTTACGGG
* *
2321 CATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCAT-AAATGAATTTC-GGAAAAAAATAAAAAACGATATAA
1 CATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATC-TGAAATTAA-TTCGGGAAAAAAAT-AAAAACGATATTA
* * ** * * *
2384 GAAGTGCGAAAATGACTTCATTC-TTTCGGACATTAAATTATATATTTTT-TATGAGTATTGT-G
63 GATGAGCGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGG-CGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGG
* ** **
2446 -TTCGGAAATTAAGGAAGAAT-TCCTTCGGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGATGAAATCGTCC
127 CTAC--AAATTAAGGAA-AATAT--TTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
* * ** *
2508 ACTAACCATCACAGATTTTTGGCTAAAAACATGTCCCA--G-ATCCGACTCAGTTTTGCATAATT
187 GCTAACCATCACGGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCA-CCGACTCAGTTTTGCATAATT
** * * * * * * **
2570 TTTGGTGCCAATATTTCTTCAAATACCTATATTCATATAACCAAATAACA-TC-CATGTTAGATT
251 TTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACA--TTAGATT
* * *
2633 TAAGAATTTGTTTTTACAGG
314 TAAGGATTTGCTTTTACGGG
* *
2653 CATCTGACTCGTGTTTCGATTTAAT-TAGAAATTAATTAGGGAAAAAAATAAAAAAATGATATTA
1 CATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCT-GAAATTAATTCGGGAAAAAAAT--AAAAACGATATTA
*
2717 GATGCA-CGAAAATCCCTTCAATATTTTTGGCGTTAAAT
63 GATG-AGCGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAAT
Statistics
Matches: 1986, Mismatches: 332, Indels: 204
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
311 12 0.01
312 125 0.06
313 5 0.00
314 76 0.04
315 28 0.01
316 1 0.00
317 1 0.00
318 2 0.00
319 1 0.00
320 2 0.00
323 1 0.00
324 2 0.00
325 3 0.00
326 8 0.00
327 3 0.00
328 2 0.00
329 10 0.01
330 114 0.06
331 152 0.08
332 352 0.18
333 245 0.12
334 213 0.11
335 190 0.10
336 181 0.09
337 13 0.01
338 4 0.00
339 82 0.04
340 141 0.07
341 13 0.01
342 4 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
CATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAAATAAAAACGATATTAGAT
GAGCGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTAC
AAATTAAGGAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCAT
CACGGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCACCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACCA
AGACTCCTTCAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAGATTTAAGGATTTGCT
TTTACGGG
Found at i:1937 original size:665 final size:665
Alignment explanation
Indices: 665--2754 Score: 3003
Period size: 666 Copynumber: 3.1 Consensus size: 665
655 TTAAGGATTT
*
665 GTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGG-AAAAATAAAAAAAATGATATTAGATGTGCGAAA
1 GTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAA
*
729 ATCCCTTCAATCTTTTTGGCATTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAAG
66 ATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAAG
* *
794 GAAAATATTTCAGGTCAT-TTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTTATCATCACGATT
131 GAAAATATTTCGGGTCATCTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTAATCATCACGATT
* * * * * *
858 TTTGGCAAAAAACGCGTTGTAGGGCTCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCACCAAGACTCCT
196 TTTAGCTAAAAACGCGTTCTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCT
* * * *
923 TCGATTATTTACATTCATCTAACCAGTTCTTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGCTTTTAC-AG
261 TCAAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTACTTTTACGA-
*
987 GCATCTGACTCTTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAAAT-AAAAACGATATTAG
325 GCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAAATAAAAAACGATATTAG
* * *
1051 AAGAGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTAATGAGTATTCTGGCCA
390 AAGAGCGAAAAGCACTTCAAT-TTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGT-G-CA
*
1116 CAAATTAGGGAAAAATTCTTTCGGTTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCT-AC
452 CAAATTAGGG-AAAATTCTTTCGGTTTATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAAC
1180 CATCACGGATTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGGACCGACTCAGTTTTACATAATTTTTGGCGC
516 CATCACGGATTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGGACCGACTCAGTTTTACATAATTTTTGGCGC
*
1245 CAAGACTACTTCAAATATCTATATTAATCTTACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGGATTTG
581 CAAGACTACTTCAAATATCTATATTAATCTTACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGAATTTG
1310 TTTTTACGGGCATCTGACTC
646 TTTTTACGGGCATCTGACTC
*
1330 GTGTTTCTATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAAT-AAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAA
1 GTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAA
* *
1394 TTCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTACAAATTAAG
66 ATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAA-
*
1459 GGAAAATAGTTT-GGGTCATCTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTAATCACCACGA
130 GGAAAATA-TTTCGGGTCATCTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTAATCATCACGA
* *
1523 TTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTAAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTC
194 TTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTC
* * *
1588 CTTCAAATA-TTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACCTTGGATTTTAGGATTTACTTTTTCG
259 CTTCAAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTACTTTTACG
* *
1652 AACATCTGACTCGTGTTACGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAAGATAAAAAACGATATT
324 AGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAA-ATAAAAAACGATATT
* *
1717 AGAAGAGCGAAAAGCTCTTCAATATTTTTGGCGTTAAGTTA-ATATTTTTTATGAGTATTGTG-A
388 AGAAGAGCGAAAAGCACTTCAAT-TTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGCA
* *
1780 CAAATTAGGGAAAATTCTTTCGGTTTTTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTGCTAAC
452 CAAATTAGGGAAAATTCTTTCGG-TTTATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAAC
*
1845 CATCACGGATTTTGCCTAAAAACGCGTTCCAGAGGACCGACTCAGTTTTACATAATTTTTGGCGC
516 CATCACGGATTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGGACCGACTCAGTTTTACATAATTTTTGGCGC
*
1910 CAAGACTACTTCAAATATCTCTATTAATCTTACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGAATTTG
581 CAAGACTACTTCAAATATCTATATTAATCTTACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGAATTTG
1975 TTTTTACGGGCATCTGACTC
646 TTTTTACGGGCATCTGACTC
* * * *
1995 GTGTTTCTATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAAAAAGATATAAGATGTGCGAAA
1 GTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAA
* * * *
2060 TTCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATTTATTTTTATATGAGTATTATGGTTAGAAATTAAT
66 ATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAA-
* *
2125 GAAAAATATTTCGGGTCATCTTTTTAT-CAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGTTAATCATCACGA
130 GGAAAATATTTCGGGTCATCTTTTT-TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTAATCATCACGA
*
2189 TTTTTAGCTAAAAACGCGTTTTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTC
194 TTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTC
* * * * * **
2254 CTTCTAATATTTACATTCATCTAACTAGTTCTCAATTACATTTGATTTAAGGATAGACTTTTACG
259 CTTCAAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTACTTTTACG
* *
2319 GGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCAT-AAATGAATTTC-GGAAAAAAATAAAAAACGATAT
324 AGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATC-TGAAATTAA-TTCGGGAAAAAAATAAAAAACGATAT
* * * *
2382 AAGAAGTGCGAAAATG-ACTTC-ATTCTTTCGGACATTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGT
387 TAGAAGAGCGAAAA-GCACTTCAATT-TTTTGG-CGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGT
** * * * * ** ***
2445 GTTCGGAAATTAAGGAAGAATTCCTTCGGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGATGAAATCGTCCA
449 G--CACAAATTAGGGAA-AATTCTTTCGGTTTATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTG
* ** * * *
2509 CTAACCATCACAGATTTTTGGCTAAAAACATGTCCCAGA--TCCGACTCAGTTTTGCATAATTTT
511 CTAACCATCACGGA-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGGACCGACTCAGTTTTACATAATTTT
* * * * * * * * ** *
2572 TGGTGCCAATATTTCTTCAAATACCTATATTCATATAACCAAATAACATCCATGTTAGATTTAAG
575 TGGCGCCAAGACTACTTCAAATATCTATATTAATCTTACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAG
*
2637 AATTTGTTTTTACAGGCATCTGACTC
640 AATTTGTTTTTACGGGCATCTGACTC
* * *
2663 GTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAGGGAAAAAA-ATAAAAAAATGATATTAGATGCACGAA
1 GTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATA-AAAAAAATGATATTAGATGCGCGAA
*
2727 AATCCCTTCAATATTTTTGGCGTTAAAT
65 AATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAAT
Statistics
Matches: 1287, Mismatches: 113, Indels: 47
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
663 13 0.01
664 47 0.04
665 313 0.24
666 361 0.28
667 239 0.19
668 235 0.18
669 38 0.03
670 31 0.02
671 10 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (665 bp):
GTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAA
ATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAAG
GAAAATATTTCGGGTCATCTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTAATCATCACGATT
TTTAGCTAAAAACGCGTTCTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCT
TCAAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTACTTTTACGAG
CATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAAATAAAAAACGATATTAGA
AGAGCGAAAAGCACTTCAATTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGCACAAA
TTAGGGAAAATTCTTTCGGTTTATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCA
CGGATTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGGACCGACTCAGTTTTACATAATTTTTGGCGCCAAGA
CTACTTCAAATATCTATATTAATCTTACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGAATTTGTTTTT
ACGGGCATCTGACTC
Done.