Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014479.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14500, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 1--1723 Score: 1928
Period size: 336 Copynumber: 5.1 Consensus size: 329
* * * *
1 TTACGGGCATTTGACTCGTCTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATTAAAAAAAAA
1 TTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAA-T-AAAAAAAC
* * **
66 GATATTAGATGTGC-AAAAACCCTAAAATCTTTTTGAG-GTTAAATTATATATTTTTATTTGAGT
64 GATATTAGATGAGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTG-GCGTTAAATTATATATTTTT-TTT-AGT
* * * *
129 ATTGTGGCTAGAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCGAAATTTTTGCCGAAATCG
126 ATTGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGAGTCATTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCG
* * *
194 TGTGCTAATCATCACGATTTTTTGCTAAAAACGCGTTGTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
191 TGTGTTAATCATCACGA-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCTAGGG-CCCGACTCAGTTTTGCATGA-
*
259 TTTTTCCACCAAGACTCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTT
253 TTTTTGCACCAAGACTCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTT
324 AAGGATTTGCTT
318 AAGGATTTGCTT
* * * *
336 TTACAGGCATCTAACTCGATCGTGTTTCGATTTCATCTGAAATTAATTTGGGAAATAAAT-AAAA
1 TTACAGGCATCTGA--C--TCGTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAA-AAATAAAAA
* * * * *
400 AACGATATTAGAAGAGCGAAAAGCTCTTTAA-CATTTTTGGCATTAAATTATATATATTTTTTGA
61 AACGATATTAGATGAGCGAAAAGCCCTTCAATC-TTTTTGGCGTTAAATTATATAT-TTTTTTTA
* * * *
464 GTGA-TGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTAG-GATAATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
124 GT-ATTGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGAG-TCATTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAA
* * *
527 ATCGTGGCCGTT-A-CATCACAGATTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAAGCCCGACTCAGTTTTG
187 ATCGT-G-TGTTAATCATCAC-GATTTTGGCTAAAAACGCGTTCTAG-GGCCCGACTCAGTTTTG
* * * * * * * **
590 CATAATCTTTTGCGCCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAATTCTCAGCCATTTT
248 CATGAT-TTTTGCACCAAGACTCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCA-CAT
* *
655 TAGATTTAAGGATTT-TTT
311 TGGATTTAAGGATTTGCTT
* * *
673 TTACGGGCATCTGACTCGTGTATCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAAT-AAAAAATGA
1 TTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAAACGA
* * * *
737 TATTAGATGCGCGTAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATT
66 TATTAGATGAGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTT-T-TTAGTATT
* * **
802 GTGGCTAGAAATTAAGGAAAAATATTTCCTGTCATTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
129 GTGGCCAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGAGTCATTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
867 GTTAATCATCACGATTTTGGACTAAAAACGCGTTCTAGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTT
194 GTTAATCATCACGATTTTGG-CTAAAAACGCGTTCTAGGGCCC-GACTCAGTTTTGCATGATTTT
* ** *
932 TGGCACCAAGACTCCTTCGAATATTTACATTCATTTAACCAGTTCTCAGTCACATTGCTTTTCGA
257 T-GCACCAAGACTCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTT-AA
997 GGATTTGCTT
320 GGATTTGCTT
*
1007 TTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAAACGA
1 TTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAAACGA
* * * * * **
1072 TATTAGAAGAGCGAAAAGCTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTACAT-TTTTTTTTCGTGCTGT
66 TATTAGATGAGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTTTAGTATTGT
* ** * *
1136 GGCCAAAAATTAAGGAAAAATTATTTCAGATTTTTTTTTTTTTGCAAAGTTTTAGCCGAAATCGT
131 GGCCAAAAATTAAGGAAAAA-TATTTC-GA--GTCATTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGT
* * * * * * *
1201 GTGTTAACCGTCATAGATTTTCGCTAAAAACGCGTTCCAGAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATC
192 GTGTTAATCATCA-CGATTTTGGCTAAAAACGCGTTCTAG-GGCCCGACTCAGTTTTGCATGAT-
* * * * * ** ** *
1266 TTTTGCGCCAAGACTCCTTCAAATATCTATAATCATCTAACCAAATCT-ATGTCATGTTAGATTT
254 TTTTGCACCAAGACTCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCA-GTCACATTGGATTT
*
1330 AAGGATTTGTTT
318 AAGGATTTGCTT
* * * * * *
1342 TTATTA-GCATCCGACTCGTCTTTCAATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAACAAAAAAATT
1 TTA-CAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAAA-C
* * * * *
1406 GATAATAGATGCA-TGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTAATATCAGT
64 GATATTAGATG-AGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTT--TTTTAGT
* * * *
1470 ATTGTGG-CTAGAATTGAAGGAAAAATAATTCGACTCATTTTTTTGCAAAAATTTTTGCCGAAAT
126 ATTGTGGCCAAAAATT-AAGGAAAAATATTTCGAGTCATTTTTTTGC-AAAATTTTTGCCGAAAT
* * *
1534 CCTGTGCTAATCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTGTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATG
189 CGTGTGTTAATCATCACGA-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCTAGGG-CCCGACTCAGTTTTGCATG
*
1599 ATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGAA
252 ATTTTT-GCACCAAGACTCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGAT
1664 TTAAGGATTTGCTT
316 TTAAGGATTTGCTT
* *
1678 TTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTATTTCG
1 TTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCG
1724 TTAAATTATT
Statistics
Matches: 1156, Mismatches: 181, Indels: 101
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
331 7 0.01
332 102 0.09
333 189 0.16
334 60 0.05
335 145 0.13
336 323 0.28
337 208 0.18
338 62 0.05
339 57 0.05
340 3 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
TTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAAACGA
TATTAGATGAGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTTTAGTATTGT
GGCCAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGAGTCATTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGT
TAATCATCACGATTTTGGCTAAAAACGCGTTCTAGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGCA
CCAAGACTCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTT
GCTT
Found at i:1404 original size:670 final size:666
Alignment explanation
Indices: 13--1723 Score: 2548
Period size: 670 Copynumber: 2.6 Consensus size: 666
3 ACGGGCATTT
* *
13 GACTCGTCTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATTAAAAAAAAAGATATTAGATGT
1 GACTCGTCTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGG-AAAAA--AAAAAAAATGATATTAGATGC
* ** *
78 GC-AAAAACCCTAAAATCTTTTTGAG-GTTAAATTATATATTTTTATTTGAGTATTGTGGCTAGA
63 GCGAAAATCCCTTCAATCTTTTTG-GCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTAGA
* *
141 AATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCGAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTAATCAT
127 AATTAAGGAAAAATATTTCGAGTCATTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTAATCAT
* **
206 CACGATTTTTTGCTAAAAACGCGTTGTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTCCACCAA
192 CACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTGTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAA
271 GACTCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGCTT
257 GACTCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGCTT
* * *
336 TTACAGGCATCTAACTCGATCGTGTTTCGATTTCATCTGAAATTAATTTGGGAAATAAATAAAAA
322 TTACAGGCATCTGA--C--TCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAATAAATAAAAA
* * *
401 ACGATATTAGAAGAGCGAAAAGCTCTTTAACATTTTTGGCATTAAATTATATATATTTTTTGAGT
383 ACGATATTAGAAGAGCGAAAAGCTCTTCAACATTTTTGACATTAAATTACATATATTTTTTGAGT
466 GATGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTAGGATAATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
448 GATGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTAGGATAATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
*
531 TGGCCGTTACATCACAGATTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAAGCCCGACTCAGTTTTGCATAAT
513 TGGCCGTTACATCACAGATTTTCGCTAAAAACGCGTTCCAGAAGCCCGACTCAGTTTTGCATAAT
* * *
596 CTTTTGCGCCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAATTCTCAGCCATTTTTAGATT
578 CTTTTGCGCCAAGACTCCTTCAAATATCTATAATCATCTAACCAAATCTCAGCCATTGTTAGATT
* *
661 TAAGGATTTTTTTTACGGGCATCT
643 TAAGGATTTTTTTTACGAGCATCC
* * *
685 GACTCGTGTATCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAATAAAAAATGATATTAGATGCGCG
1 GACTCGTCTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAAAAAAAAATGATATTAGATGCGCG
*
750 TAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTAGAAATT
66 AAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTAGAAATT
** *
815 AAGGAAAAATATTTCCTGTCATTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGTTAATCATCACG
131 AAGGAAAAATATTTCGAGTCATTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTAATCATCACG
* *
880 A-TTTTGGACTAAAAACGCGTTCTAGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGAC
196 ATTTTTGG-CTAAAAACGCGTTGTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGAC
* ** *
944 TCCTTCGAATATTTACATTCATTTAACCAGTTCTCAGTCACATTGCTTTTCGAGGATTTGCTTTT
260 TCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTT-AAGGATTTGCTTTT
1009 ACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAA-AAATAAAAAAACGAT
324 ACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAATAAAT-AAAAAACGAT
* ** *
1073 ATTAGAAGAGCGAAAAGCTCTTCAATC-TTTTTGACGTTAAATTACAT-T-TTTTTTTCGTGCTG
388 ATTAGAAGAGCGAAAAGCTCTTCAA-CATTTTTGACATTAAATTACATATATTTTTTGAGTGATG
** *
1135 TGGCCAAAAATTAAGGAAAAATTATTTCA-GATTTTTTTTTTTTTGCAAAGTTTTAGCCGAAATC
452 TGGCCAAAAATTAAGGAAAAATT-TTT-AGGA---TAATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * * *
1199 GT-G-TGTTAACCGTCATAGATTTTCGCTAAAAACGCGTTCCAGAGGTCCGACTCAGTTTTGCAT
512 GTGGCCGTT-A-CATCACAGATTTTCGCTAAAAACGCGTTCCAGAAGCCCGACTCAGTTTTGCAT
*
1262 AATCTTTTGCGCCAAGACTCCTTCAAATATCTATAATCATCTAACCAAATCT-ATGTCA-TGTTA
575 AATCTTTTGCGCCAAGACTCCTTCAAATATCTATAATCATCTAACCAAATCTCA-GCCATTGTTA
**
1325 GATTTAAGGATTTGTTTTTATTAGCATCC
639 GATTTAAGGATTT-TTTTTACGAGCATCC
* * *
1354 GACTCGTCTTTCAATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAACAAAAAAATTGATAATAGATGCA
1 GACTCGTCTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAA-AAAAAAA-TGATATTAGATGCG
* * *
1419 TGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTAATATCAGTATTGTGGCTAG-AA
64 CGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTAGAAA
* * *
1483 TTGAAGGAAAAATAATTCGACTCATTTTTTTGCAAAAATTTTTGCCGAAATCCTGTGCTAATCAT
129 TT-AAGGAAAAATATTTCGAGTCATTTTTTTGC-AAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTAATCAT
1548 CACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTGTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAA
192 CACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTGTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAA
*
1613 GACTCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGAATTAAGGATTTGCTT
257 GACTCCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGCTT
*
1678 TTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTATTTCG
322 TTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCG
1724 TTAAATTATT
Statistics
Matches: 945, Mismatches: 74, Indels: 41
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
665 34 0.04
666 10 0.01
667 89 0.09
668 21 0.02
669 207 0.22
670 229 0.24
671 181 0.19
672 168 0.18
673 6 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (666 bp):
GACTCGTCTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAAAAAAAAATGATATTAGATGCGCG
AAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCTAGAAATT
AAGGAAAAATATTTCGAGTCATTTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTGCTAATCATCACG
ATTTTTGGCTAAAAACGCGTTGTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACT
CCTTCGAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGCTTTTAC
AGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTTAATCTGAAATTAATTCGGGAAATAAATAAAAAACGATATT
AGAAGAGCGAAAAGCTCTTCAACATTTTTGACATTAAATTACATATATTTTTTGAGTGATGTGGC
CAAAAATTAAGGAAAAATTTTTAGGATAATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGGCCGTT
ACATCACAGATTTTCGCTAAAAACGCGTTCCAGAAGCCCGACTCAGTTTTGCATAATCTTTTGCG
CCAAGACTCCTTCAAATATCTATAATCATCTAACCAAATCTCAGCCATTGTTAGATTTAAGGATT
TTTTTTACGAGCATCC
Found at i:3505 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1722--4384 Score: 2699
Period size: 338 Copynumber: 8.0 Consensus size: 332
1712 GAAATTATTT
* * * *
1722 CGTTAAATTATTTATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGGAAGAATTCTTTCGGGTCAT
1 CGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTCA-
* * * * *
1787 TTTTTTGGAAAATTTTAGCTGAAATCGAGTG-----CGTCACGGATTTTGGCTAAAAACGCGTTC
65 -TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * * * *
1847 CAAAGGTCCGACTCAGATTTGTATAATTTTTGGCGCCAAGACTCCTACAAATATCTATATTCATC
129 CAGAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATC
* ** * * * *
1912 TAACCAAATCTCATCCATGTTAGATTTAAGAATTTGTTTTTACGGGCATCTGACTCATCTTTCGA
194 TAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGAA-TTATTTTTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGA
* * * *
1977 TTTAAT-ATGAAATTAATTC-GGTAAAAAA-TAAAAAAATGATATTAGATACGTGAAAATCCCTT
258 TTTAATCA-GAAATTAATTCGGGAAAAAAATTAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAA-GCCTT
2039 CAATCTTTTTGG
321 CAATCTTTTTGG
* * *
2051 CATTAAATTATATATTTTTATTATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAAGGAAAAA-TATTTCAGGTC
1 CGTTAAATTATATA-TTTT-TTATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTC
* **
2115 ATTTTTTTGCAAAATTTT-GCCGAAAACGTGTG-----CATCACGGTTTTTGGCTAACGACGCGT
64 A--TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
* ** * *
2174 TCTAG-GCCG-CCGACTCAGTTTTGCA-ATATTTTTGGCACCAAGACTCCTTTGAATATTTACAT
127 TCCAGAG--GTCCGACTCAGTTTTGCATA-ATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTATAT
* ** * * *
2236 TCATCTAACCAATTCTCAGTAAAATTGGATTTAAGAATT-TGCTTTTACGGGCATCTGACTCGTG
189 TCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGAATTAT--TTTTACAGGCATCTGACTCGTG
* *
2300 TTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGG---AAAA-TAAAAAACT-ATATTAGAAGCGCGAAAAG
252 TTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAAATTAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAAG
2360 CACTTCAATCTTTTTGG
317 C-CTTCAATCTTTTTGG
* * *
2377 CGATAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGAGTCAT
1 CGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTCAT
* * *
2442 TTTGTGCAAAATTTTAGCCGAAACCGTGTGCTAACCATCACGGATTTTGGCTAAAAACACGTTCC
66 TTT-TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * * *
2507 AGAGGCCCGACTCAGTTTTGCATAAATTTTGGCTCCAAGCCTCCTTCAAATACCTATATTCATCT
130 AGAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCT
** * * * *
2572 AACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACTCGTGTTTTGAT
195 AACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAA-GAATTATTTTTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGAT
*
2637 TTAATCAGAAATTAATTCGGG--AAAAA-TATAAAAATGATATTAGAT--GC-----G-------
259 TTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAAATTAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAAGCCTTCAA
*
2685 -C-TTTAGG
324 TCTTTTTGG
* *
2692 CGTTAAATTATACATTTTTTATGAGTATTGTGG-TCAAAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTCA
1 CGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCT-AGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTC-
* * * *
2756 ATTTTTTTTTCAAAAGTTTT-GCCGAAATTGTATGCTAACCATCACGGATTTTGGCTAAAAACGC
64 A---TTTTTGCAAAA-TTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGC
* * *
2820 ATTCCAGAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCTCCAAGACTCCTTCAAATACCTATATT
125 GTTCCAGAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTATATT
** * *
2885 CATCTAACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGGATT-TGTTCTTACAAGCATCTGACTCGTGT
190 CATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGAATTAT-TT-TTACAGGCATCTGACTCGTGT
* *
2949 TTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGGAAAATAA--AAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAATG
253 TTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAAATTAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAA-G
3012 CCTTCAATCTTTTTGG
317 CCTTCAATCTTTTTGG
* * ** * * *
3028 CATTGAATTATATATTTTTGTATGAGTATTGTTCCTAG-AATTAA--AAAAACATATTTCGGGTA
1 CGTTAAATTATATATTTTT-TATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAAGGAAAAA-TTCTTTCGGGTC
* * * *
3090 ATTTTT-CTTAAAATTTTTGCCAAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCAT
64 ATTTTTGC--AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
** * * * * ** * *
3154 TCTTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGTCACCAAGACTCCTTTGAATATTTACATTC
127 TCCAGAGG-TCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTC
** ** * * * *
3219 ATCTAACCAGTTCTCAGTTACATTGGATTTAAGTAATTACTTTTACAGGCATCAGACTCCTGTTT
191 ATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAG-AATTATTTTTACAGGCATCTGACTCGTGTTT
* * * **
3284 GGATTTAATCAAAAATTAATTCGGGAAAAAAATTAAAAAAACGATATTAGAAACGCGAAAAGCAC
255 CGATTTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAAATTAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAAGC-C
* *
3349 TTTAATCTTCTTGG
319 TTCAATCTTTTTGG
* * *
3363 TGTTAAATTATATATTTTTTATGATTATTGTGGCTAGAAA-TAAGAAAAAATTCTTTCGGGTCAT
1 CGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTCAT
* * * * *
3427 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAACCGTGTGTTATCCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACTCGTTCCA
66 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCA
* * *
3492 GAGGTCTGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGAGTCCTTCAAATATCTATATTCATCTA
131 GAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTA
* * * * *
3557 ACCAAATCTCAGCCATC-TTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGAATCCGACTCGTGTTTCGAT
196 ACCAAATCTCAGCCA-CATTAGATTTAA-GAATTATTTTTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGAT
* * * *
3621 TTAATCAGAAATTAATTCGAGAAAAAAATCAAAAAAAAAATTATATTAGATGCGCGAAAATCCCT
259 TTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAAAT---TAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAA-GCCT
*
3686 TCAATGTTTTTGG
320 TCAATCTTTTTGG
* ** * * * **
3699 TGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTACAGTGGCTATAAATTATGGAAAAA-TATTTCTCGTCA
1 CGTTAAATTATATATTTTT-TATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTCA
* * * * * *
3763 TTTTCTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGGGCTAATCATCACGATTTTTGGCTAAAAAAGTGTTC
65 TTTT-TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * * * * * * *
3828 TAG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATAATTGTTGGCACTAAGACTCCTTCGAATATTTACATTGAT
129 CAGAGG-TCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCAT
** * *
3892 CTAACCAGTTCTCAGTCACATT-GAATTTAAGGATTCATTTTTAC-GGACATCTGACTCGTGTTT
193 CTAACCAAATCTCAGCCACATTAG-ATTTAAGAATT-ATTTTTACAGG-CATCTGACTCGTGTTT
* * * *
3955 CGATTTAATAAGAAATTAATTCGGGAAAAAAAAACAATAAAAAAACGATATTAGAAGCGCGAAAA
255 CGATTTAATCAGAAATTAATTCGGG---AAAAAA-ATTAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAA
*
4020 GCCTTTCAATATTTTTGG
316 GCC-TTCAATCTTTTTGG
* *
4038 CGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTTAGGAAAAATTCTTTCGGGTCAT
1 CGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTCAT
* * *
4103 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA-CTGTGGGCTAAACATCACGGTTTTTCGCTAAAAACGCGTTCC
66 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC-GTGTGCTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * ** *
4167 AAAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTTGCGTCAAGTCTCCTTCAAATATCTATATTCATCT
130 AGAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCT
* * * ** * * * *
4232 AACTAAATCTAAACCATGTTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCTTCTGACTCGTGTTTCGAT
195 AACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAA-GAATTATTTTTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGAT
** * ** *
4297 TTAATCAGAAATTAATTCACGAAAAAAATTTTAAAAAATGATATTAGATATGCGAAAATCCCTTC
259 TTAATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAAA-TTAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAA-GCCTTC
4362 AATCTTTTTGG
322 AATCTTTTTGG
*
4373 GGTTAAATTATA
1 CGTTAAATTATA
4385 AACGCGTTGT
Statistics
Matches: 1943, Mismatches: 296, Indels: 184
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
315 62 0.03
316 3 0.00
317 5 0.00
318 184 0.09
319 25 0.01
320 4 0.00
321 2 0.00
323 4 0.00
324 43 0.02
325 28 0.01
326 42 0.02
327 14 0.01
328 4 0.00
329 166 0.09
330 184 0.09
331 56 0.03
332 59 0.03
333 246 0.13
334 86 0.04
335 133 0.07
336 89 0.05
337 54 0.03
338 367 0.19
339 76 0.04
341 6 0.00
342 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
CGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTCAT
TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCA
GAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTA
ACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGAATTATTTTTACAGGCATCTGACTCGTGTTTCGATTT
AATCAGAAATTAATTCGGGAAAAAAATTAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAAGCCTTCAATC
TTTTTGG
Found at i:4298 original size:676 final size:670
Alignment explanation
Indices: 2690--4384 Score: 2302
Period size: 671 Copynumber: 2.5 Consensus size: 670
2680 ATGCGCTTTA
* * *
2690 GGCGTTAAATTATACATTTTTTATGAGTATTGTGGTCAAAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTC
1 GGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTC
* * * * *
2755 AATTTTTTTTTCAAAAGTTTT-GCCGAAATTGTATGCTAACCATCACGGATTTTGGCTAAAAACG
66 -A---TTTTTGCAAAA-TTTTAGCCGAAACTGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACG
* *
2819 CATTCCAGAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGC-TCCAAGACTCCTTCAAATACCTATA
126 CGTTCCAGAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGT-CAAGACTCCTTCAAATATCTATA
* **
2883 TTCATCTAACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGGATTTGTTCTTACAAGCATCTGACTCGTG
190 TTCATCTAACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACTCGTG
* *
2948 TTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCG-G--GAAAATAAAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAA
255 TTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGAGAAAAAAATAAAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAA
* * * * ** * *
3010 TGCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTGTATGAGTATTGTTCCTAGAATTAAAAA
320 TCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTACAGTGCCTAAAATTAAAAA
* * * *
3075 AACATATTTCGGGTAATTTTTCTTAAAATTTTTGCCAAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTT
385 AACATATTTCGCGTAATTTTTCTCAAAATTTTTGCCAAAATCGTGGGCTAACCATCACGATTTTT
* * * * * * *
3140 TGCTAAAAACGCATTCTTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGTCACCAAGACTCCTTT
450 GGCTAAAAAAGCATTCTTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATAATTGTTGGCACCAAGACTCCTTC
* *
3205 GAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTTACATTGGATTTAAGTAATTACTTTTACAGGCA
515 GAATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGAATTTAAGTAATTACTTTTACAGGCA
* *
3270 TCAGACTCCTGTTTGGATTTAATCAAAAATTAATTCGGGAAAAAAATTAAAAAAACGATATTAGA
580 TCAGACTCCTGTTTCGATTTAATCAAAAATTAATTCGGGAAAAAAAATAAAAAAACGATATTAGA
*
3335 AACGCGAAAAGCACTTTAATCTTCTT
645 AACGCGAAAAGCACTTTAATATTCTT
* * * *
3361 GGTGTTAAATTATATATTTTTTATGATTATTGTGGCTAGAAA-TAAGAAAAAATTCTTTCGGGTC
1 GGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTC
* * * *
3425 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAACCGTGTGTTATCCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACTCGTTC
66 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAACTGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTC
* * *
3490 CAGAGGTCTGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGAGTCCTTCAAATATCTATATTCATC
131 CAGAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATC
* * *
3555 TAACCAAATCTCAGCCATCTTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGAATCCGACTCGTGTTTCGA
196 TAACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACTCGTGTTTCGA
*
3620 TTTAATCAGAAATTAATTCGAGAAAAAAATCAAAAAAAAAATTATATTAGATGCGCGAAAATCCC
261 TTTAATCAGAAATTAATTCGAGAAAAAAAT--AAAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAATCCC
* * * **
3685 TTCAATGTTTTTGGTGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTACAGTGGCTATAAATTATGGAAAA
324 TTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTACAGTGCCTA-AAATTA-AAAAAA
* * * *
3750 -ATATTTCTCGTCA-TTTTCTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGGGCTAATCATCACGATTTTTG
387 CATATTTCGCGTAATTTTTCT-CAAAATTTTTGCCAAAATCGTGGGCTAACCATCACGATTTTTG
** *
3813 GCTAAAAAAGTGTTC-TAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATAATTGTTGGCACTAAGACTCCTTCG
451 GCTAAAAAAGCATTCTTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATAATTGTTGGCACCAAGACTCCTTCG
* * *
3877 AATATTTACATTGATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGAATTTAAG-GATTCATTTTTAC-GGAC
516 AATATTTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGAATTTAAGTAATT-ACTTTTACAGG-C
* *
3940 ATCTGACTCGTGTTTCGATTTAAT-AAGAAATTAATTCGGGAAAAAAAAACAATAAAAAAACGAT
579 ATCAGACTCCTGTTTCGATTTAATCAA-AAATTAATTCGGG---AAAAAA-AATAAAAAAACGAT
* *
4004 ATTAGAAGCGCGAAAAGC-CTTTCAATATTTTT
639 ATTAGAAACGCGAAAAGCACTTT-AATATTCTT
*
4036 GGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTTAGGAAAAATTCTTTCGGGTC
1 GGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTC
* * *
4101 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAACTGTGGGCTAAACATCACGGTTTTTCGCTAAAAACGCGTTC
66 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAACTGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTC
* * *
4166 CAAAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTTGCGTCAAGTCTCCTTCAAATATCTATATTCATC
131 CAGAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATC
* * * *
4231 TAACTAAATCTAAACCATGTTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCTTCTGACTCGTGTTTCGA
196 TAACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACTCGTGTTTCGA
*** **
4296 TTTAATCAGAAATTAATTC-ACGAAAAAAATTTTAAAAAATGATATTAGATATGCGAAAATCCCT
261 TTTAATCAGAAATTAATTCGA-GAAAAAAATAAAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAATCCCT
*
4360 TCAATCTTTTTGGGGTTAAATTATA
325 TCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATA
4385 AACGCGTTGT
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 106, Indels: 37
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
665 4 0.00
666 187 0.21
667 1 0.00
669 6 0.01
670 28 0.03
671 243 0.27
672 64 0.07
673 4 0.00
674 61 0.07
675 77 0.09
676 223 0.25
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (670 bp):
GGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGGAAAAATTCTTTCGGGTC
ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAACTGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTC
CAGAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATC
TAACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACTCGTGTTTCGA
TTTAATCAGAAATTAATTCGAGAAAAAAATAAAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAATCCCTT
CAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTACAGTGCCTAAAATTAAAAAAACATA
TTTCGCGTAATTTTTCTCAAAATTTTTGCCAAAATCGTGGGCTAACCATCACGATTTTTGGCTAA
AAAAGCATTCTTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATAATTGTTGGCACCAAGACTCCTTCGAATAT
TTACATTCATCTAACCAGTTCTCAGTCACATTGAATTTAAGTAATTACTTTTACAGGCATCAGAC
TCCTGTTTCGATTTAATCAAAAATTAATTCGGGAAAAAAAATAAAAAAACGATATTAGAAACGCG
AAAAGCACTTTAATATTCTT
Found at i:5095 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 4384--7674 Score: 3179
Period size: 331 Copynumber: 9.9 Consensus size: 330
4374 GTTAAATTAT
** * * * * * *
4384 AAACGCGTTGTAGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTGTTGGCACCAAGACTCCTTCGAATATT
1 AAACGCGTTCCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCAAATATC
* ** * *
4449 TACATTCATCTAACCAGTTC-CGAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCA-CTTGA
66 TATATTCATCTAACCAAATCTC-AGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATC-TGA
* *
4512 CTCGTGTTTTGATTTAATCAGAAATTAATTCGG-----AA-AAAAAAACGATATTAGAAGCGCGA
129 CTCGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAAAAAAACGATATTAGAAGCGCGA
* * *
4571 AAAGCCCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATATGTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTGA
194 AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAA-TATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATT-A
* * *
4636 A-GAAAATTTCTTTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGG
257 AGGAAAA-ATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCAC-G
*
4700 ATTTTGGCTAA
320 ATTTTTGCTAA
** * * **
4711 AAACGCGTTCCAGAGGTCAGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCAAATGCC
1 AAACGCGTTCCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCAAATATC
* * * * *
4776 TATATTCATCTAACCAAATCACAGCCATGTTAGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTGACT
66 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACT
* * *
4841 CGTGTTTCGATTTAATTAGAAAATAATTCGTGAAAAAAATAAAAAAATGATATTAGATGCGCGAA
131 CGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-GAAAAAAATAAAAAAACGATATTAGAAGCGCGAA
* * * *
4906 AATCCCTTCAATCTTTTTGGCATTAAAT-TATATTTTATATGAGTATTGCGGCCAGAAATTAAGG
195 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGG
* * * * * *
4970 AAAAATCTCTCGGATCATTTTTTACAAAATTTTTGTCGAAATCGTGTGCTAATCATCACGAATTT
260 AAAAATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACG-ATTT
5035 TTGCTAA
324 TTGCTAA
* * * * * * *
5042 AAACGTGTTCTAGAGCCCCGACTCGGTTTTGCAAGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCGAATATT
1 AAACGCGTTCCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCAAATATC
* * ** * * * * *
5107 TACATTCATCTAATCAGTTCTTAGTCAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGGGCATCTGGCT
66 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACT
* * * * *
5172 CGTGTTTCGATTTAATCAGAATTTAATTTGGGAAAAAAT-AAAAAACGATATTAGAAGCGCAAAA
131 CGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAAAAAAACGATATTAGAAGCGCGAAA
* * * *
5236 AGCCCTTCGATCTTTTTGGCATTAAATTATATAGTTTTTATGAGTATTGTGGTCAGAAATTAAGG
196 AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAA-TATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGG
* * * * * * * * *
5301 AAAAATTCTTTCGGGTCATTTTTTGAAAAATTTTTGTCGAAATCGTGTACCAATCTTCATGGTTT
260 AAAAA-TCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGATTT
*
5366 TAGCCTAA
324 TTG-CTAA
* * * * * * * * *
5374 CAACGCATTCCGGAGACTCAAATCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACACCTTCAAATATC
1 AAACGCGTTCCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCAAATATC
* * * * * ** * ** * * *
5439 TATTTTCATCTAACCGAATTTTAGCCATGTCAGATTAAAATATTTGTTTTTACGAGCATCTTAAT
66 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACT
* * * * * * *
5504 CATGTTTCGGTTTATTTAGAAATTATTTCAGAAAAAAATAGAAAAAATGATATTAGAAGCAC-AA
131 CGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATA-AAAAAACGATATTAGAAGCGCGAA
* * * * *
5568 ACAACCCTTCAATCTTTTTCGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAGTATTGTGGCCAGAAAATAA
195 A-AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTT-AAATATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAA
*
5633 GGAAAAATCTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAATTTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGGA
258 GGAAAAATCTTTCGGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCAC-GA
5698 TTTTTGCTAA
321 TTTTTGCTAA
* ** * * *
5708 AAACGCCTTCCAGAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTCAAATATA
1 AAACGCGTTCCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCAAATATC
* * * * *
5773 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATGTTAGATTTAAGGATATGATTTTACGGGCATTTGACT
66 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACT
* * * * *
5838 CATGTTTCGATTTAATAAGAAATTAATTCGGGAAAGAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGCGAA
131 CGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAAATAAAAAAACGATATTAGAAGCGCGAA
* * * *
5903 AATCCCTTCAAACTTTTTGTCGTTAAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGTCAGAAATTAA
195 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAA-TATATATTTTT-TATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAA
** * * * *
5968 GGAAAAA-AATTCGAGTCATTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTATGCTAATCATCACGATT
258 GGAAAAATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGA-T
6032 TTTTGCTAA
322 TTTTGCTAA
* * * **
6041 CAACGCGTTCTAG-GACCCCGACTCAGTGTTGCATGATTTTTGGTACCAAGACTCCTTCAAATAT
1 AAACGCGTTCCAGAG-CCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCAAATAT
* ** * * * * *
6105 TTGCATTCATCTAACCAATTCTC-GTTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTATACGGGCATCTAA
65 CTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGA
* * * * *
6169 CTCGTGTTTTGATTTAATCAGAAATTCATTTGAAAAAAAATATAAAAAAACGATATTAGAAGCGC
129 CTCGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-GAAAAAA-ATAAAAAAACGATATT---A----
* * * * *
6234 GAAGCGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTAAATAATACATTTTTTATGAGTAGTATTGCC
185 GAAGCGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAAT-ATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCC
* * * * * * *
6299 AAAAATTGAGGAGAAAT-TCTACCGGTTAATTTTTGCCAAAA-TTTAGCCGAAATC--GTG-T--
249 AGAAATTAAGGAAAAATCT-TTCGGGTCATTTTTTG-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAA
* *
6357 CCATCACGGTTTTTAGTTAA
312 CCATCACGATTTTT-GCTAA
* * * * ** * ** * * *
6377 AAACGGGTTCCTGGGTCCCGGTTCTGTTTTATATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAGATATC
1 AAACGCGTTCCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCAAATATC
* * * * * * * * *
6442 TATATTCA-CCAGATCAAATCTCAACAACATTGGATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAA
66 TATATTCATCTA-ACCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGAC
* * * ** * * ** *
6506 ACAG-GTTAT-GATTTAATTAGAAATAAATTCGG--AAAATTAGGTAAATCTATATTATTAGCGT
130 TC-GTGTT-TCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATA-AAAAAACGATATTAGAAGCGC
* * * * * *
6567 GACAAGCCCTTCAATCATATTGCCGTTGAAT-TATATATTTTTATGAGTATTGGGGCCAGAAATT
192 GAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATATATAT-TTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATT
* * * * *
6631 AAGGAAAAATCTTTCGGGTCTTTTTTTTTGCAAAGTCTTAGCCGAAATCATGTGCTAACCATCAT
256 AAGGAAAAATCTTTCGGGTC--ATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCAC
**
6696 GGGTTTTGACTAA
319 GATTTTTG-CTAA
* *** * * *
6709 AAACGCGTTCCAAAG-ATTGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTAAAATATC
1 AAACGCGTTCCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCAAATATC
**
6773 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACT
66 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACT
* * *
6838 CGTGTTTCGA--T--TT---AATTAATTCGG-GAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGTGCGAAA
131 CGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAAAAAAACGATATTAGAAGCGCGAAA
** * *
6895 AGCCCTTCAATCTTTTTAACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGA
196 AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTT-AAATATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGG
*
6960 AAAAATCTTCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGGATTT
260 AAAAATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCAC-GATTT
*
7025 TGGCTAA
324 TTGCTAA
** * * *
7032 AAACGCGTT-CAGAAGGTCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTCGAATAT
1 AAACGCGTTCCAG-AGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCAAATAT
** * *
7096 CTATATTCATCTAACCAGTTGTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGAC
65 CTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGAC
* * * * *
7161 TTGTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGG-GAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGCGAA
130 TCGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAAAAAAACGATATTAGAAGCGCGAA
* * * *
7225 AAACCCTTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAAG
195 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTT-AAATATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAAG
* * * * * * *
7290 GGAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAATCATCATGGTTT
259 GAAAAATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGATTT
*
7355 TAGCCTAA
324 TTG-CTAA
* * * * * * * *
7363 CAACGTGTTCCGGAGACCCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACACCTTTAAATATC
1 AAACGCGTTCCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCAAATATC
* * * * * ** * *
7428 TATAGTCATCTAACCAAATCTTAGCCATGTCGGATTAAAAAATTTGTTTTTACGGGCATCTTAAT
66 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACT
* * * * * *
7493 CATGTTTCGATTTATTTAGAAATTATTTCAGAAAAAAATAGAAAAAATGATATTAGAAGCACGAA
131 CGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATA-AAAAAACGATATTAGAAGCGCGAA
* * * * * *
7558 CAA-CCCTTCAATCTTTTTCGCGTTGAATTATATATTTTTTGTAATTATTGTGGCCATAAATTAA
195 -AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTT-AAATATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAA
* * *
7622 GGAAAAATCTCTCGGATCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAAAATCGTGTGC
258 GGAAAAATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCG--AAATCGTGTGC
7675 GTTCGACTTA
Statistics
Matches: 2404, Mismatches: 478, Indels: 156
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
322 2 0.00
323 53 0.02
324 163 0.07
325 87 0.04
326 40 0.02
327 150 0.06
328 4 0.00
329 50 0.02
330 20 0.01
331 605 0.25
332 253 0.11
333 322 0.13
334 362 0.15
335 65 0.03
336 125 0.05
337 4 0.00
338 1 0.00
339 2 0.00
340 26 0.01
341 65 0.03
342 5 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
AAACGCGTTCCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCAAATATC
TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGACT
CGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAAAAAAACGATATTAGAAGCGCGAAA
AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGGA
AAAATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACGATTTTT
GCTAA
Found at i:9668 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 9650--9674 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
9640 AGAAACCATC
9650 GATTACATAAATA
1 GATTACATAAATA
9663 GATTACATAAAT
1 GATTACATAAAT
9675 TTGAATCAAA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.08, G:0.08, T:0.32
Consensus pattern (13 bp):
GATTACATAAATA
Found at i:26449 original size:32 final size:30
Alignment explanation
Indices: 26390--26468 Score: 77
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
26380 GAACCCGCCC
* *
26390 GACCCGTGACCCGAGTGACCCACAATCCAGA
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***
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GACCCGAGACCCGAATGACCCACAATCCGA
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26413 AATCCAGATG
* *
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* *
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ACCCGAGACCCGAATGACCCGAA
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27300 AATCCACCCA
*
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* *
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ACCCGAGACCCGAATG
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GACCCGGAACCCGAATGACCCGAAT
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*
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*
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GACCCGAAT
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*
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1 TTTCTAGGTTTAGGTTCCGAGGAGTAGAAGA
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28780 AGTTTAGCCT
* *
28790 TAATTTCACTAAGTTTAACCCCAAATTAAAATTTTATTTTTATTTTAAGGGTAAATTTCAAAATT
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*
28855 AATAATTTATTGTTATAGGGTTTTAGAAATAAAATACAAAAC
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*
28897 TAATTTCACTAAGTTTAGCCCCAAATTAAAATTTTATTTTTATTTTAAGGGTAAATTCCATAATT
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* * *
28962 AATAATATTGTTATAGGGTTCTAGAAATAAAATATATAAT
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48336 AATATCCTCT
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48416 TT
1 TT
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49219 GGAATTCCAA
*
49229 TTTGTCTAAAATAAATGAATATTATAAAAGAATTAATTCAAACTATATATTACCGGATAGTTTTC
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* *
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*
49359 AGAGGTTTGTTGAGATTAAAATTGAGAGTTCGGTTAAGATAAAATTTGATTAAGAG
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* * *
49545 AGAGGTTTGTTGAGATTAAAATTGGGAGTTTGGTTAAGATAAAAATTGGTTAAGAG
131 AGAGGTTTGTTGAGATTAAAATTGAGAGTTCGGTTAAGATAAAAATTGATTAAGAG
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Indices: 49549--49593 Score: 65
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49539 TCTTGAAGAG
* *
49549 GTTT-GTTGAGATTAAAATTGGGA
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1 GTTTGGTTAAGATAAAAATTGG
49594 TTAAGAGTTT
Statistics
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Done.