Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014494.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14515, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1 TCAT
* * * * *
5 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGGTAAGATTTGGTTAAATGGATATCGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGATATTTGGTTAAATGAATATAGATATT
* * * *
70 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCGTGCAAAATTGAGTCGAGGCTCCGGATCACGTTTTTAGTC
66 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCTCCGGATCGCGTTTTTAGTC
* *
135 AAAAACCTTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTATAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTC
131 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTC
* *** *
200 TCCTCAATTTCCGGCCACTATAGTCATAAAAAATATATAACTCAATATCAAAAAGATTGAAGGAC
196 TCCTCAATTTCCGGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGC
* * *
265 TTCTCACGCTTCTAATATTGTTCTTTTTTTTTAAT-TTCTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAAC-
261 TTCTCACGCTTCTAATATTGTTC-TTTTTTTAAATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCG
* * * * *
328 AAAATCGGATTGAGATGTTCGTAAACACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTAAGATTTCGTTAGA
325 AAACT-GGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCGTTAGA
* *
393 TAAATATAGATATTTCAATGAGTC-TTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAG-TCGGAGTCCTA
389 TAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTG-CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT-GGAGTCCCA
* * * * *
456 GAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACATGATAGTTAGTATATATGATTTCGGCTAAAATATCGTAAAA
452 GAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTTAG--TACACGATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAA
* * * * *
521 ATTGACCCGAAAGAATTTTGCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAGAAATATATAATTCAACA
515 ATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATAAATAATTCAACG
* * * * * *
586 CCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAATT
580 CCAACAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTCCTA-TTTTTTCCGAATTAATT
* *
651 CCTAATTGAATCGAAACATGATTCAT
644 CCTAATTAAATCGAAACATGATTCAG
* * *
677 TTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTG-TGACTTGGTTAAATGGATATAGATAT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAT-ATTTGGTTAAATGAATATAGATAT
* * *
741 TTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCGTGCAAAACAGAGCTGGGGCTCCGGATCGCGTTTTAAGT
65 TTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCTCCGGATCGCGTTTTTAGT
* * * * *
806 AAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCAGCTACAGTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTT
130 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTT
* * *
871 CTACTCAATTTCCGACCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGG
195 CTCCTCAATTTCCGGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG
* *
936 CTTCTCACGCTTATAATATT-TTCTTTTTTTTTTAAATATTTTTCTGAATTAGTTTCTAATTAAA
260 CTTCTCACGCTTCTAATATTGTTC---TTTTTTTAAATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * * * *
1000 TCGAAACCGAATTGAGATGCTCATAAAAATAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTA
322 TCGAAACTGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCGTTA
* * * * * *
1065 GTTAAATATAGATATTACAATGAGTCTTTGTGTCAAAAATCATGTAAAACTGAGCTGGAGTCCTA
387 GATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGTCCCA
*
1130 GAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTTAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAAT
452 GAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAAT
* * * *
1195 TGACCCGAAATAGTTTTCCTCAATTTTGGGCCACAATACTCATAAAAAATAAA-AATTCATCGCC
517 TGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATAAATAATTCAACGCC
* * * *
1259 AACAAGATTGAAAGGCTTTTCAAGCTTCTAATTTTGGTTTTCCTATTTTTTCCTAATTAATTTCT
582 AACAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCCT
*
1324 AATTAAATTGAAACATGATTCAG
647 AATTAAATCGAAACATGATTCAG
* ** *
1347 ATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATCCAATATGATTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGATATTTGGTTAAATGAATATAGATATT
* * * * * *
1411 TCAATTAAACTTTGCGCCAAAAATCGTACAAAATTGAACCGGGGATCCGGATCGCGTTTTTAGTC
66 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCTCCGGATCGCGTTTTTAGTC
*
1476 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAGAAATTTC
131 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTC
** * * *
1541 TCCTCAATTTTTGGCGACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAGATTGAAGGTC
196 TCCTCAATTTCCGGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGC
** *
1606 TTCGAACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTTAAAAAATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
261 TTCTCACGCTTCTAATATTGTTCTTTTTTT---AAATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
* *
1671 CGAAA-TCGGATTGAGATGCTCGT----A-AAATCTTTAAATCCCATGTGGCTAAGATTTCTTTA
323 CGAAACT-GGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCGTTA
**
1730 GATAAATATAGATATTTCAATGAGT-TTTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGTCCCA
387 GATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGTCCCA
* * * *
1794 GAATTCGTTTTTAGCCAAAAATCATGATAGTTACTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAT
452 GAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAAT
* * * * *
1859 TGACCTGAAACAGTTTTCCTCAATTTTTGGCAACAATACTCATAAAAAATAAATAATTCATCGCC
517 TGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATAAATAATTCAACGCC
* *
1924 AACAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCT
582 AACAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCCT
1989 AATTAAATCGAAACATGATTCAG
647 AATTAAATCGAAACATGATTCAG
* * ** *
2012 ATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATGCAATGTGATTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGATATTTGGTTAAATGAATATAGATATT
* * *
2077 TCAATGAGACTTTGCGCTAAAAATCGTGCAAAACTGAGCTGGGGCTCCGGATCGCGTTTTTAGTA
66 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCTCCGGATCGCGTTTTTAGTC
* * **
2142 AAAAACTGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACATGAGAAATTTC
131 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTC
*** * * *
2207 TCCTCAATTTTTTGCCACTATAGTCATAAAAAATATATAACTCGACGCCAAAAATATTGAAGGGC
196 TCCTCAATTTCCGGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGC
* * *
2272 TTCTCACACTTCTAATATTGTT-TTTTTTT--CTATTTTAC-GAATTAATTTCTAATTAAATCGA
261 TTCTCACGCTTCTAATATTGTTCTTTTTTTAAATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
* * * *
2333 AACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACATATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATGTCGTTAGATA
326 AACTGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCGTTAGATA
* * ** *
2398 AATATAGATATTTCGATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGAGTCCCAAAAT
391 AATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGTCCCAGAAT
2463 GCG-TTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGA
456 GCGTTTTTAGCC-AAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGA
* * * *
2527 CCCGAAAGAATTTTCCTCAACTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAA-
520 CCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATAAATAATTCAACGCCAAC
* * * * *
2591 AGAAATTGAAAGACTATTCACGCTTCTAA-TATCG---T-GTA-TTTTTCCGAATTAATTCCTAA
585 A-AGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCCTAA
*
2650 TTAAATCGAAACATGATTCAT
649 TTAAATCGAAACATGATTCAG
* * *
2671 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGGGTAAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGATATTTGGTTAAATGAATATAGATATT
* ** *
2736 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTAGGGCTCCGGATTGCGTTTTTAGTC
66 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCTCCGGATCGCGTTTTTAGTC
* *
2801 AAAAACCGTGAT-GTTACGTACACGATTTCAGCTACAGTTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTT
131 AAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTT
* *
2865 CTCCTCAATTTCCGACCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGT
195 CTCCTCAATTTCCGGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG
* * *
2930 CTTCTAAGGCTTCTAGTATTGTTCTTTTTTTAAAAAATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAA
260 CTTCTCACGCTTCTAATATTGTTCTTTTTTT---AAATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * *
2995 TTGAAACTGGATTGAGATGCTCGTAAAAATAAATCTTTAAATCCCATGTGGCTAAGATTTCTTTA
322 TCGAAACTGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCGTTA
* *
3060 GATAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGTCCCA
387 GATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGTCCCA
*
3125 GAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAA
452 GAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATA-GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAA
* ** * * **
3190 TTGACCCGAAATAGGTTTCCTCAATTCTTGGCCATAATACTCATAAAAAATAAATAATTCATTGC
516 TTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATAAATAATTCAACGC
* * *
3255 CAACAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTATTTTC
581 CAACAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCC
*
3320 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
646 TAATTAAATCGAAACATGATTCAG
* * ** *
3344 ATGCTCGTAAAAA-ACATCCTTAAATGCAATGTGATTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGATATTTGGTTAAATGAATATAGATATT
*
3408 TCAATGAGACTTTGTGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCTCCGGATCGCGTTTTTAGTC
66 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCTCCGGATCGCGTTTTTAGTC
* * * *
3473 AAAAACCGTGATGATTAGTATACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAATTTGACCTGAGAAATTTC
131 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTC
* ** * *
3538 TCTTCAATTTTTGGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCGACGCCAAAAAGATTGAAAGGC
196 TCCTCAATTTCCGGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGC
* ** *
3603 TTCTCATGCTTCTAATATTG-T-TTTTTTT-CCTA-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
261 TTCTCACGCTTCTAATATTGTTCTTTTTTTAAATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
* * * *
3664 AAC-----CG-GA--CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATGTCGTTAGATA
326 AACTGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCGTTAGATA
* * ** * *
3721 AATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGCCAGATTCCCAAAAT
391 AATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGTCCCAGAAT
3786 GCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGA
456 GCGTTTTTAGCC-AAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGA
* *
3851 CCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAA-
520 CCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATAAATAATTCAACGCCAAC
* * *
3915 AGAAATTGAAAGACTATTCACGCTTCTAATATCATT--TTTTTCTATTTTTTCCGAATTAATTCC
585 A-AGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAAT-T--TTGGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCC
*
3978 TAATTAAATCGAAACATGATTCAT
646 TAATTAAATCGAAACATGATTCAG
* * * *
4002 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGGGTAAGATTTGGTTAAATGATATATATATAT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGATATTTGGTTAAATGA-ATATAGATAT
4067 TTCAATGAGACT
65 TTCAATGAGACT
4079 CTGATCGCGG
Statistics
Matches: 3018, Mismatches: 335, Indels: 110
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
656 1 0.00
657 231 0.08
658 77 0.03
659 361 0.12
660 40 0.01
661 1 0.00
663 1 0.00
664 210 0.07
665 376 0.12
666 401 0.13
667 132 0.04
668 4 0.00
669 231 0.08
670 109 0.04
671 52 0.02
672 560 0.19
673 65 0.02
674 159 0.05
675 7 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (669 bp):
ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGATATTTGGTTAAATGAATATAGATATT
TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCTCCGGATCGCGTTTTTAGTC
AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTC
TCCTCAATTTCCGGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGC
TTCTCACGCTTCTAATATTGTTCTTTTTTTAAATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
AACTGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCGTTAGATA
AATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGTCCCAGAAT
GCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGAC
CCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATAAATAATTCAACGCCAACA
AGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCCTAATT
AAATCGAAACATGATTCAG
Found at i:3805 original size:998 final size:987
Alignment explanation
Indices: 5--5119 Score: 4677
Period size: 999 Copynumber: 5.2 Consensus size: 987
1 TCAT
* * ** *
5 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGGTAAGATTTGGTTAAATGGATATCGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATT
* * * * * *
70 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCGTGCAAAATTGAG-TCGAGGCTCCGGATCACGTTTTTAGT
66 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGGCTCCGAATCGCGTTTTTAGC
* *
134 CAAAAACCTTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTATAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTT
131 CAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTT
* * * **
199 CTCCTCAATTTCCGGCCACTATAGTCATAAAAAATATATAACTCAAT-ATCAAAAAGATTG-AAG
196 CTCCTCAATTT-TGGCCACTATACTCATAAAAAATAAATAACTC-ATCGCCAAAAAGATTGAAAG
** * *
262 GACTTCTCACGCTTCTAATATTGTTCTTTTTTTTTAATTTCTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAA
259 G-CTTCTCACGCTTCTAATATTGTT-TTCCTATTT--TTTC--C-GAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * * * *
327 CAAAATC-GGATTGAGATGTTCGTAAACACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTAAGATTTCGTTA
317 CGAAA-CAGGATTCAGATGCTCGTAAA-A-AAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTCGTTA
* * *
391 GATAAATATAGATATTTCAATGAGTC-TTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGTCCT
379 GATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTTG-CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGTCC-
* * * * * * *
455 AGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACATGATAGTTAGTATATATGATTTCGGCTAAAATATCGTAAA
442 AGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTTAG--TACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAA
* * * *
520 AATTGACCCGAAAGAATTTTGCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAGAAATATATAATTCAAC
505 AATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACCATACTCATAAAAAATATATAACTCAAC
* ** * * *
585 ACCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCTGAATTAAT
570 ACCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTTAATATTTTCCGAATTAAT
* * * * *
650 TCCTAATTGAATCGAAACATGATTCATTTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTG
635 TCCTAATTAAATCGAAACACG---GA--T-CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTA
* * * ** * *
715 TGACTTGGTTAAATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCGTGCAAAACAGAG
694 AGATTTCGTTAAATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * * * ** * *
780 -CTGGGGCTCC-GGATCGCGTTTTAAGTAAAAAACCGTGAT-GATTAGTACACGATTTCAGCTAC
759 CCAGAGGCTCCAGAAT-GCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAG-TTAGTACACGATTTCAGCTAA
* * *
842 AGTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTCTACTCAATTTCCGACCACCATAGTCATAAAAAATA
822 AATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTT-TCCTCAATTTCCGACCACCATACTCATAAAAAATA
* * *
907 TATAACTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTATAATATTTTCTTTTTTTTTTAAA
886 TATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAA-GGCTTCTCACGCTTCTAATATTTTC---TTTTTCT--A
* * * *
972 TATTTTTCTGAATTAGTTTCTAATTAAATCGAAAC-CGAATTGAG
945 T-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATG-ATTCAG
* * * ** *
1016 ATGCTCATAAAAATAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTAGTTAAATATAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATT
* * * * *
1081 ACAATGAGTCTTTGTGTCAAAAATCATGTAAAACTGAGCTGGA-G-TCCTAGAAT-GCGTTTTTA
66 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGGCTCC--GAATCGCGTTTTTA
* * * * *
1143 GCCAAAAACCATGATAGTTAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGACCCGA-AATA
129 GCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAA-A
* * *
1207 GTTT-TCCTCAATTTTGGGCCACAATACTCATAAAAAATAAA-AATTCATCGCCAACAAGATTGA
193 -TTTCTCCTCAATTTT-GGCCACTATACTCATAAAAAATAAATAACTCATCGCCAAAAAGATTGA
* * * * *
1270 AAGGCTTTTCAAGCTTCTAATTTTGGTTTTCCTATTTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAAATTGA
256 AAGGCTTCTCACGCTTCTAATATT-GTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
* * * * * *
1335 AACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAAATCCAATATGATTGATATTTGGTTAGATGA
320 AACAGGATTCAGATGCTCGT-AAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTCGTTAGATAA
* * * * * * * *
1400 ATATAGATATTTCAATTAAACTTTGCGCCAAAAATCGTACAAAATTGAACCGGGGATCC-GGATC
384 ATATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAG-TCCAGAAT-
* * *
1464 GCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
447 GCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
* * * *
1529 CTGAGA-AATTTCTCCTCAATTTTTGGCGACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAA
512 CCGAAAGAATTT-TCCTCAATTTTTGGCCACCATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAA
* * *
1593 AAGATTG-AAGG-TCTTCGAACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTTAAAAAATATTTTTCTGAATT
576 AAGATTGAAAGGCTATTC--ACGCTTCTAATATCG--TTTTTTTT----AATA-TTTTCCGAATT
* * * *
1656 AATTTCTAATTAAATCGAAATCGGATTGAGATGCTCGT----A-AAATCTTTAAATCCCATGTGG
632 AATTCCTAATTAAATCGAAA-C--A-CG-GAT-CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * **
1716 CTAAGATTTCTTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAG-TTTTATGCCAAAAATCATGCAAAACT
691 CTAAGATTTCGTTAAATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACT
** * * * * *
1780 GAGCTGGAGTC-CCAGAATTCGTTTTTAGCCAAAAATCATGATAGTTACTACACGATTTCGGCTA
756 GAGCCAGAGGCTCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTA
* * * ** * * *
1844 AAATTTTGTAAAAATTGACCTGAAACAGTTTTCCTCAATTTTTGGCAACAATACTCATAAAAAAT
821 AAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA-AATTTTCCTCAATTTCCGACCACCATACTCATAAAAAAT
* * * * * ** *
1909 AAATAATTCATCGCCAACAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAAT-TTTGGTTTTCCTATTTT
885 ATATAACTCAACGCCAAAAAGATTG-AAGGCTTCTCACGCTTCTAATATTTTCTTTTTCTATTTT
1973 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAG
949 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAG
* * * ** * * *
2012 ATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATGCAATGTGATTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATT
* * * *
2077 TCAATGAGACTTTGCGCTAAAAATCGTGCAAAACTGAGCTGG-GGCTCCGGATCGCGTTTTTAGT
66 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGGCTCCGAATCGCGTTTTTAGC
* ** * **
2141 AAAAAACTGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACATGAGAAATTT
131 CAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTT
* * * * *
2206 CTCCTCAATTTTTTGCCACTATAGTCATAAAAAATATATAACTCGA-CGCCAAAAATATTGAAGG
196 CTCCTCAA-TTTTGGCCACTATACTCATAAAAAATAAATAACTC-ATCGCCAAAAAGATTGAAAG
* ** * *
2270 GCTTCTCACACTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTACGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
259 GCTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCTAT-T-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* * * * *
2335 CCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACATATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATGTCGTTAGATAAA
322 CAGGATTCAGATGCTCGTAAAAA-A-ATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTCGTTAGATAAA
* * * * *
2400 TATAGATATTTCGATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGAGTCCCAAAATGC
385 TATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGT-CCAGAATGC
* * *
2465 G-TTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGACC
449 GTTTTTAGCC-AAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC
* * * **
2529 CGAAAGAATTTTCCTCAACTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAGA
513 CGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACCATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAA-A
* *
2594 A-ATTGAAAGACTATTCACGCTTCTAATATCG-----TGT-AT-TTTTCCGAATTAATTCCTAAT
577 AGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTTAATATTTTCCGAATTAATTCCTAAT
** * * *
2651 TAAATCGAAACATGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGGGTAAGATTTG
642 TAAATCGAAAC---A--CGGAT-CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTC
* *
2716 GTTAAATGAATATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTAG-GG
701 GTTAAATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGAGG
* * * * * *
2780 CTCCGGATTGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAT-GTTACGTACACGATTTCAGCTACAGTTTTGC
766 CTCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTTA-GTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGC
* *
2844 AAAAATTGACCCGAGAAATTTCTCCTCAATTTCCGACCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTC
830 AAAAATTGACCCGAAAAATTT-TCCTCAATTTCCGACCACCATACTCATAAAAAATATATAACTC
* * * *
2909 AACGCCAAAAAGATTGAAGGTCTTCTAAGGCTTCTAGTATTGTTCTTTTTTTAAAAAATATTTTT
894 AACGCCAAAAAGATTGAAGG-CTTCTCACGCTTCTAATATT-TTCTTTTTCT-----AT-TTTTT
* * *
2974 CTGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAAC-TGGATTGAG
951 CCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAT-GATTCAG
* * **
3011 ATGCTCGTAAAAATAAATCTTTAAATCCCATGTGGCTAAGATTTCTTTAGATAAATATAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATT
** * *
3076 TCAATGAGTTTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGTC-CCAGAAT-GCGTTTTTAG
66 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGGCTCC-GAATCGCGTTTTTAG
* *
3139 CCAAAAACCATGATAGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGA-AATA
130 CCAAAAACCATGAT-GGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAA-A
* * * *
3203 GGTT-TCCTCAATTCTTGGCCA-TAATACTCATAAAAAATAAATAATTCATTGCCAACAAGATTG
193 -TTTCTCCTCAATT-TTGGCCACT-ATACTCATAAAAAATAAATAACTCATCGCCAAAAAGATTG
* * *
3266 AAAGGCTTTTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTATTTTCTAATTAAATCG
255 AAAGGCTTCTCACGCTTCTAATATT-GTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
* * * * * *
3331 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAACATCCTTAAATGCAATGTGATTGATATTTGGTTAGATG
319 AAACAGGATTCAGATGCTCGTAAAAAA-ATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTCGTTAGATA
* * * *
3396 AATATAGATATTTCAATGAGACTTTGTGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCTCC-GGAT
383 AATATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAG-TCCAGAAT
* * * *
3460 CGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAT-GATTAGTATACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAATTTG
447 -GCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAG-TTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTG
* * * * * *
3524 ACCTGAGA-AATTTCTCTTCAATTTTTGGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCGACGCCA
510 ACCCGAAAGAATTT-TCCTCAATTTTTGGCCACCATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCA
* * ** *
3588 AAAAGATTGAAAGGCT-TCTCATGCTTCTAATATTGTTTTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTC
574 AAAAGATTGAAAGGCTAT-TCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTTAATATTTTCCGAATTAATTCC
* *
3652 TAATTAAATCGAAAC-CGGA-CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATGTCGT
638 TAATTAAATCGAAACACGGATCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCGT
* * * * **
3715 TAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGCCAGATTC-
703 TAAATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGAGGCT
* * * *
3779 CCAAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAGTAA
768 CCAGAATGCGTTTTTAGCC-AAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAA
** * * *
3844 AAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAA
832 AAATTGACCCGAAA-AATTTTCCTCAATTTCCGACCACCATACTCATAAAAAATATATAACTCAA
* *
3909 CGCCAAAGAA-ATTGAAAGACTAT-TCACGCTTCTAATATCATT-TTTTTCTATTTTTTCCGAAT
896 CGCCAAA-AAGATTG-AAGGCT-TCTCACGCTTCTAATAT-TTTCTTTTTCTATTTTTTCCGAAT
* *
3971 TAATTCCTAATTAAATCGAAACATGATTCAT
957 TAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAG
* * * *
4002 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGGGTAAGATTTGG-T---T-AA-AT-GATATA
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATT
* * *
4060 T--AT-ATA-TTT----C----A--ATG----A--GA-CT-----CT--G-ATCGCGGTTTTAGT
66 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGGCTCCGAATCGCGTTTTTAGC
* * * * * *
4096 CAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTACAGTTTTGCAAAAATTGACTCGAGAAATTT
131 CAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTT
* * * * * *
4161 CTCCTCAATTTCCGACCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTG-AAGG
196 CTCCTCAATTT-TGGCCACTATACTCATAAAAAATAAATAACTCATCGCCAAAAAGATTGAAAGG
* * * * *
4225 TCTTCTAACGCTTCTAGTATT-TTTTCTTTTTTTAAAAAATATTTTTCTGAATTAATTTTTAATT
260 -CTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTC-----CT-----AT-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATT
* * * * * *
4289 AAA-CTGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAAGAAATCTTTAAATCCCATGTGGCTAAGATTTC
313 AAATC-GAAACAGGATTCAGATGCTCGT-AAAA-AAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTC
* * ** * *
4353 TTTATATAAATATAGATATTTCAATGAGTGTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGT
375 GTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGT
* * * *
4418 CCCAAGAAAGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGCTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTA
440 -CC-AGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCA
* * * * * *
4483 AAAATTGACCCGAAATAGTTTTCCACAATTTTTGGCCACAATACT-AAAAAAAATA-ATAATTCA
503 AAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACCATACTCATAAAAAATATATAACTCA
* * * * * * ** *
4546 TCACCAACAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTCCT-ATTTTTTCCGAATTA
568 ACACCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTTAATATTTTCCGAATTA
* * * *
4610 ATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAGA-AAATCCTTAAATGCAATGTGA
633 ATTCCTAATTAAATCGAAAC---A--CGGAT-CTCGTAAAA-ACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * * * * * * *
4674 TTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGATTTTGCGCTAAAAATCGTGCAAAACT
691 CTAAGATTTCGTTAAATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACT
* *** * * * *
4739 GAGCC-GGGGCTCCAG-ATCGCGTTTTTAATTAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCT
756 GAGCCAGAGGCTCCAGAAT-GCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCAGCT
* * * ** *
4802 -AAATTTTGCAAAAATTGACCTGAGAAATTTCTCTTCAATTTTTTG-CCACCATAGTCATAAAAA
820 AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTT-TCCTCAA-TTTCCGACCACCATACTCATAAAAA
* * * *
4865 ATATATAACTCGACGCCAAAAAGATAGAAGGGCTTCTCACCCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTA
883 ATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAA-GGCTTCTCACGCTTCTAATA-T-TTTCTTTTTCTA
* * * ** *
4930 --TTTTCCGAATTATTTTCTTATTAAATTGAAACCGGATTGAG
945 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAG
* * *** *
4971 ATGCTCGTAAAAACAAATC-TTAAATCCAATGTGGTTGAGATGACGTTAGATAAATTTAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATT
* ** * *
5035 TCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGAGTC-CCAAAAT-GCGTTTTTAG
66 TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGGCTCC-GAATCGCGTTTTTAG
*
5098 CCAAAAAACCATGATAGTTAGT
130 CC-AAAAACCATGATGGTTAGT
5120 TGATCGTGTC
Statistics
Matches: 3334, Mismatches: 581, Indels: 385
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
953 5 0.00
954 7 0.00
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TCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGGCTCCGAATCGCGTTTTTAGC
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CTCCTCAATTTTGGCCACTATACTCATAAAAAATAAATAACTCATCGCCAAAAAGATTGAAAGGC
TTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAGG
ATTCAGATGCTCGTAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGA
TATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGTCCAGAATGCGTTTTTA
GCCAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAA
TTTTCCTCAATTTTTGGCCACCATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAGATTGAAA
GGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTTAATATTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAATCGAA
ACACGGATCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCGTTAAATAAATATAG
ATATTTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGAGGCTCCAGAATGCGTTT
TTAGCCAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
AATTTTCCTCAATTTCCGACCACCATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTGA
AGGCTTCTCACGCTTCTAATATTTTCTTTTTCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
AACATGATTCAG
Found at i:4490 original size:640 final size:636
Alignment explanation
Indices: 785--5119 Score: 4299
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775 CAGAGCTGGG
* * * * * * *
785 GCTCCGGATCGCGTTTTAAGTAAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCAGCTACAGTTTTGC
1 GCTCCAGATCGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTA-AATTTTGC
* * **
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* * * *
914 CAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTATAATATTTTCTTTTTTTTTTAAATATTTTT
128 CGACGCCAAAAAGATTGAA-GGCTTCTCACGCTTCT-ATA-TTT-TTTTTTTTTT--CTA-TTTT
* * * * * *
979 CTGAATTAGTTTCTAATTAAATCGAAACCGAATTGAGATGCTCATAAAAATAAATCTTTAAATCC
186 CCGAATTAATTTTTAATTAAAT-GAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATC-TTAAATCC
* * * * * *
1044 AATGTGGCTGAGATTTCTTTAGTTAAATATAGATATTACAATGAGTCTTTGTGTCAAAAATCATG
249 AATGTGGCTGAGATGTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATG
* ** * * *
1109 TAAAACTGAGCTGGAGTCCTAGAATGCGTTTTTAGCC-AAAAACCATGATAGTTAGTACAAGATT
314 CAAAACTGAGCCAGAGTCCCAAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATT
* * * * *
1173 TCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGACCCGAAATAGTTTTCCTCAATTTTGGGCCACAATACTCAT
379 TCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATTTTTGGCCACAATACT-AA
* * * * * * *
1238 AAAAAATAAAAATTCATCGCCAACAAGATTGAAAGGCTTTTCAAGCTTCTAATTTTGGTTTTCCT
443 AAAAAATAATAATTCAACACCAACAAAATTGAAAGACTATTCACGCTTCTAATTTT-GTTTTCCT
* * *
1303 ATTTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAA-AAAATCCT
507 ATTTTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAGAAAATCCT
* * * * * *
1367 TAAATCCAATATGATTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATTAAACTTTGCGCCAAA
572 TAAATCCAATGTGAGTAAGATTTGGTTAAATGAATATA-ATA-TT-AA-T-GA-TTT--------
* *
1432 AATCGTACAAAATTGAACCGGG
623 --T-G--C-AAACTGAA-C-GA
* * * *
1454 GATCCGGATCGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGC
1 GCTCCAGATCGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCT-AAATTTTGC
* *
1519 AAAAATTGACCTGAGAAATTTCTCCTCAATTTTTGGCGACCATAGTCATAAAAAATATATAACTC
65 AAAAATTGACCTGAGAAATTTCTCTTCAATTTTT-GCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTC
* * ** **
1584 AACACCAAAAAGATTGAAGGTCTTCGAACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTTAAAAAATATTTTT
129 GACGCCAAAAAGATTGAAGG-CTTCTCACGCTTCT-ATATT-TTTTTTTTTT----TCTA-TTTT
* * * * *
1649 CTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGATTGAGATGCTCGTAAAATC---T-TTAAATCCC
186 CCGAATTAATTTTTAATTAAAT-GAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTAAATCCA
* * * **
1710 ATGTGGCTAAGATTTCTTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGT-TTTATGCCAAAAATCATGC
250 ATGTGGCTGAGATGTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGC
** * * * *
1774 AAAACTGAGCTGGAGTCCCAGAATTCGTTTTTAGCC-AAAAATCATGATAGTTACTACACGATTT
315 AAAACTGAGCCAGAGTCCCAAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTT
* * * * * * *
1838 CGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCTGAAACAGTTTTCCTCAATTTTTGGCAACAATACTCATA
380 CGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATTTTTGGCCACAATACT-AAA
* * * * *
1903 AAAAATAAATAATTCATCGCCAACAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTCCT
444 AAAAAT-AATAATTCAACACCAACAAAATTGAAAGACTATTCACGCTTCTAATTTT-GTTTTCCT
* *
1968 ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCT
507 ATTTTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAGAAAATCCT
* * * * * *
2033 TAAATGCAATGTGATTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCTAAA
572 TAAATCCAATGTGAGTAAGATTTGGTTAAATGAATATA-ATA-TT-AAT--GA-TTT-TGC---A
2098 AATCGTGCAAAACTGA
627 AA-C-TG---AAC-GA
* *
2114 GCTGGGGCTCCGGATCGCGTTTTTAGT-AAAAAACTGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTAAA
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* * *
2178 ATTTTGCAAAAATTGACATGAGAAATTTCTCCTCAATTTTTTGCCACTATAGTCATAAAAAATAT
58 ATTTTGCAAAAATTGACCTGAGAAATTTCTCTTCAA-TTTTTGCCACCATAGTCATAAAAAATAT
* * *
2243 ATAACTCGACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTCTCACACTTCTA-ATATTGTTTTTTTTTCTATTT
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* * *
2307 TACGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACATATCTTTAAATC
185 TCCGAATTAATTTTTAATTAAAT-GAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATC-TTAAATC
* *
2372 CAATGTGGCTGAGATGTCGTTAGATAAATATAGATATTTCGATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT
248 CAATGTGGCTGAGATGTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCAT
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313 GCAAAACTGAGCCAGAGTCCCAAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGAT
* * *
2501 TTCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAACTTTTGGCCACGATACTCA
378 TTCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATTTTTGGCCACAATACT-A
* ** * *
2566 TAAAAAATATATAATTCAATGCCAA-AGAAATTGAAAGACTATTCACGCTTCTAATATCG---T-
442 AAAAAAATA-ATAATTCAACACCAACA-AAATTGAAAGACTATTCACGCTTCTAATTTTGTTTTC
* *
2626 GTA-TTTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAATCGAAACATGATTCATATGCTCGTAAAA-ACAAAT
505 CTATTTTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAGA-AAAT
* * *
2689 CCTTAAGTCCAATGTGGGTAAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGAGACTTTGCGCC
569 CCTTAAATCCAATGTGAGTAAGATTTGGTTAAATGAATATA-ATA-TT-AAT--GA-TTT-TG-C
2754 AAAAATCATGCAAAACTGAGCTA
626 --AAA-C-TG---AAC---G--A
* * * * *
2777 GGGCTCCGGATTGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAT-GTTACGTACACGATTTCAGCTACAGTTT
1 --GCTCCAGATCGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTA-GTATACGATTTCAGCTA-AATTT
* * **
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* * * ***
2906 CTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGTCTTCTAAGGCTTCTAGTATTGTTCTTTTTTTAAAAAATATT
126 CTCGACGCCAAAAAGATTGAAGG-CTTCTCACGCTTCTA-TATT-TT-TTTTTTT---TTCTA-T
* * * *
2971 TTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACTGGATTGAGATGCTCGTAAAAATAAATCTTTAAA
183 TTTCCGAATTAATTTTTAATTAAA-TGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATC-TTAAA
* * * * * *
3036 TCCCATGTGGCTAAGATTTCTTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTTGTGCCAAAAATC
246 TCCAATGTGGCTGAGATGTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATC
** *
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* * ** * * *
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375 GATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATTTTTGGCCACAATAC
* *** * * *
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440 T-AAAAAAAAT-AATAATTCAACACCAACAAAATTGAAAGACTATTCACGCTTCTAATTTT-GTT
* * * *
3295 TTCCTATTTTTTCCGAATTATTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA-AAC
502 TTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAGAAA
* * * * *
3359 ATCCTTAAATGCAATGTGATTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGACTTTGTG
567 ATCCTTAAATCCAATGTGAGTAAGATTTGGTTAAATGAATATA-ATA-TT-AAT--GA-TTT-TG
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625 -C--AAA-C-TG---AAC-GA
* * *
3445 GCCGGGGCTCCGGATCGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGATTAGTATACGATTTCAGCTAAAA
1 ------GCTCCAGATCGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCT-AAA
*
3510 TTTTGCAAAATTTGACCTGAGAAATTTCTCTTCAATTTTTGGCCACCATAGTCATAAAAAATATA
59 TTTTGCAAAAATTGACCTGAGAAATTTCTCTTCAATTTTT-GCCACCATAGTCATAAAAAATATA
* * *
3575 TAACTCGACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTCTCATGCTTCTA-ATATTGTTTTTTTTCCTATTTT
123 TAACTCGACGCCAAAAAGATTG-AAGGCTTCTCACGCTTCTATAT-TTTTTTTTTTTTCTATTTT
*
3639 CCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACC-----G-GA--CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
186 CCGAATTAATTTTTAATTAAAT-GAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAAT-CTTAAATCC
*
3696 AATGTGGCTGAGATGTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
249 AATGTGGCTGAGATGTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATG
* *
3761 CAAAACTTAGCCAGATTCCCAAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATT
314 CAAAACTGAGCCAGAGTCCCAAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATT
* * *
3826 TCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCAT
379 TCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATTTTTGGCCACAATACT-AA
*
3891 AAAAAATATATAATTCAACGCCAA-AGAAATTGAAAGACTATTCACGCTTCTAATATCATT-TTT
443 AAAAAATA-ATAATTCAACACCAACA-AAATTGAAAGACTATTCACGCTTCTAAT-T--TTGTTT
* *
3954 TTCTATTTTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAATCGAAACATGATTCATATGCTCGTAAAA-ACAA
503 TCCTATTTTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAGA-AA
* *
4018 ATCCTTAAGTCCAATGTGGGTAAGATTTGGTTAAATG-ATAT-ATA-T-AT-A-TTT-C-AA-TG
567 ATCCTTAAATCCAATGTGAGTAAGATTTGGTTAAATGAATATAATATTAATGATTTTGCAAACTG
4074 -A-GA
632 AACGA
* * * * *
4077 -CT-CTGATCGCGGTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTACAGTTTTGC
1 GCTCCAGATCGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTA-AATTTTGC
* **
4140 AAAAATTGA-CTCGAGAAATTTCTCCTCAATTTCCGACCACCATAGTCATAAAAAATATATAACT
65 AAAAATTGACCT-GAGAAATTTCTCTTCAATTTTTG-CCACCATAGTCATAAAAAATATATAACT
* * *
4204 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGTCTTCTAACGCTTCTAGTATTTTTTCTTTTTTTAAAAAATATTT
128 CGACGCCAAAAAGATTGAAGG-CTTCTCACGCTTCTA-TATTTTTT-TTTTTTT-----CTA-TT
* *
4269 TTCTGAATTAATTTTTAATTAAACTGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAAGAAATCTTTAAAT
184 TTCCGAATTAATTTTTAATTAAA-TGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATC-TTAAAT
* * * * * * *
4334 CCCATGTGGCTAAGATTTCTTTATATAAATATAGATATTTCAATGAGTGTTTGTGCCAAAAATCA
247 CCAATGTGGCTGAGATGTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCA
** * *
4399 TGCAAAACTGAGCTGGAGTCCCAAGAAAGCGTTTTTAGCC-AAAAACCATGATAGCTAGTACACG
312 TGCAAAACTGAGCCAGAGTCCCAA-AATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGTACACG
* * *
4463 ATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATAGTTTTCCACAATTTTTGGCCACAATACT
376 ATTTCGGCTAAAATTTAGTAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATTTTTGGCCACAATACT
* * * *
4528 AAAAAAAATAATAATTCATCACCAACAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTC
441 AAAAAAAATAATAATTCAACACCAACAAAATTGAAAGACTATTCACGCTTCTAATTTT-GTTTTC
*
4593 CTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAGAAAATC
505 CTATTTTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAGAAAATC
* * * * *
4658 CTTAAATGCAATGTGATTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGATTTTGCGCTA
570 CTTAAATCCAATGTGAGTAAGATTTGGTTAAATGAATATA-ATA-TT-AAT--GATTTT--GC--
4723 AAAATCGTGCAAAACTGA
626 -AAA-C-TG---AAC-GA
* *
4741 GCCGGGGCTCCAGATCGCGTTTTTAATTAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTAAAT
1 ------GCTCCAGATCGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTAAAT
4806 TTTGCAAAAATTGACCTGAGAAATTTCTCTTCAATTTTTTGCCACCATAGTCATAAAAAATATAT
60 TTTGCAAAAATTGACCTGAGAAATTTCTCTTCAA-TTTTTGCCACCATAGTCATAAAAAATATAT
* * *
4871 AACTCGACGCCAAAAAGATAGAAGGGCTTCTCACCCTTCTA-ATATTGTTTTTTTTTCTATTTTC
124 AACTCGACGCCAAAAAGATTGAA-GGCTTCTCACGCTTCTATAT-TTTTTTTTTTTTCTATTTTC
*
4935 CGAATT-ATTTTCTTATTAAATTGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTAAATCCA
187 CGAATTAATTTT-TAATTAAA-TGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTAAATCCA
* * *
4999 ATGTGGTTGAGATGACGTTAGATAAATTTAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGC
250 ATGTGGCTGAGATGTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGC
5064 AAAACTGAGCCAGAGTCCCAAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGT
315 AAAACTGAGCCAGAGTCCCAAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGT
5120 TGATCGTGTC
Statistics
Matches: 3192, Mismatches: 319, Indels: 317
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
623 8 0.00
624 136 0.04
625 6 0.00
626 8 0.00
631 2 0.00
632 31 0.01
633 1 0.00
634 1 0.00
635 2 0.00
637 94 0.03
638 47 0.01
639 11 0.00
640 183 0.06
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644 3 0.00
646 1 0.00
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648 3 0.00
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672 274 0.09
673 60 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (636 bp):
GCTCCAGATCGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTAAATTTTGCA
AAAATTGACCTGAGAAATTTCTCTTCAATTTTTGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCGA
CGCCAAAAAGATTGAAGGCTTCTCACGCTTCTATATTTTTTTTTTTTTCTATTTTCCGAATTAAT
TTTTAATTAAATGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
ATGTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
AGAGTCCCAAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
TAGTAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATTTTTGGCCACAATACTAAAAAAAATAATAAT
TCAACACCAACAAAATTGAAAGACTATTCACGCTTCTAATTTTGTTTTCCTATTTTTTCCGAATT
AATTCCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAGAAAATCCTTAAATCCAATGTGA
GTAAGATTTGGTTAAATGAATATAATATTAATGATTTTGCAAACTGAACGA
Found at i:4912 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 4081--5104 Score: 1095
Period size: 331 Copynumber: 3.1 Consensus size: 331
4071 ATGAGACTCT
* * *
4081 GATCGCGGTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTACAGTTTTGCAAAAAT
1 GATCGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTA-AATTTTGCAAAAAT
*
4146 TGA-CTCGAGAAATTTCTCCTCAA-TTTCCGACCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCAACG
65 TGACCT-GAGAAATTTCTCCTCAATTTTTCG-CCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTC-ACG
* * * *
4209 CCAAAAAGATTGAAGGTCTTCTAACGCTTCTAGTATTTTTTCTTTTTTTAAAAAATATTTTTCTG
127 CCAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTA--A--TTTTGTTTTTTT-----ATATTTTTCCG
* * * *
4274 AATTAATTTTTAATTAAA-CTGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAAGAAATCTTTAAATCCCA
183 AATTAATTTCTAATTAAATC-GAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * * * *
4338 TGTGGCTAAGATTTCTTTATATAAATATAGATATTTCAATGAGTGTTTGTGCCAAAAATCATGCA
247 TGTGGTTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCA
*
4403 AAACTGAGCTGGAGTCCCAA
312 AAACTGAGCCGGAGTCCCAA
** * * * * * * *
4423 GAAAGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGCTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAT
1 GATCGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT-AAATTTTGCAAAAAT
* * * * * * * *
4488 TGACCCGA-AATAGTTT-TCCACAATTTTTGGCCACAATACT-AAAAAAAATA-ATAATTCATCA
65 TGACCTGAGAA-A-TTTCTCCTCAATTTTTCGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCA-CG
* * * **
4549 CCAACAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATTTTGGTTTTCCTAT-TTTTTCCGAATTAATT
127 CCAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATTTT-GTTTTTTTATATTTTTCCGAATTAATT
** * * *
4613 TCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAGA-AAATCCTTAAATGCAATGTGATTG
191 TCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAA-ACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTG
* * * * *
4677 ATATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGAT-TTTGCGCTAAAAATCGTGCAAAACTGA
255 AGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAG-TCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
*
4741 GCCGG-GGCTCC-A
319 GCCGGAGTC-CCAA
* * *
4753 GATCGCGTTTTTAATTAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTAAATTTTGCAAAAATT
1 GATCGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAATTTTGCAAAAATT
* *
4818 GACCTGAGAAATTTCTCTTCAATTTTTTGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCGACGCCA
66 GACCTGAGAAATTTCTCCTCAATTTTTCGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTC-ACGCCA
* * * * * *
4883 AAAAGATAGAAGGGCTTCTCACCCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTCCGAATTATTTTCT
130 AAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATTTTGTTTTTTTATAT-TTTTCCGAATTAATTTCT
* *
4948 TATTAAATTGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAAT-CTTAAATCCAATGTGGTTGAGAT
194 AATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGAT
** * *
5012 GACGTTAGATAAATTTAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAG
259 TTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
5077 AGTCCCAA
324 AGTCCCAA
* *
5085 AAT-GCGTTTTTAGCCAAAAA
1 GATCGCGTTTTTAGTCAAAAA
5105 ACCATGATAG
Statistics
Matches: 558, Mismatches: 102, Indels: 55
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
328 3 0.01
329 41 0.07
330 60 0.11
331 256 0.46
332 62 0.11
336 4 0.01
337 5 0.01
338 1 0.00
339 1 0.00
340 34 0.06
341 11 0.02
342 71 0.13
343 9 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
GATCGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAATTTTGCAAAAATT
GACCTGAGAAATTTCTCCTCAATTTTTCGCCACCATAGTCATAAAAAATATATAACTCACGCCAA
AAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATTTTGTTTTTTTATATTTTTCCGAATTAATTTCTAA
TTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTT
CGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAG
TCCCAA
Found at i:5335 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 5326--5352 Score: 54
Period size: 6 Copynumber: 4.5 Consensus size: 6
5316 AAAGCAAAGC
5326 AAATCT AAATCT AAATCT AAATCT AAA
1 AAATCT AAATCT AAATCT AAATCT AAA
5353 GCAGATTATA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 21 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.15, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (6 bp):
AAATCT
Done.