Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014519.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14540, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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3678 ACGTAAGCAA
*
3688 CATAAGCCCATAAAATCTAGTGGGAGTGGACCAATCGAACCCATACAT
1 CATAAGCCCAAAAAATCTAGTGGGAGTGGACCAATCGAACCCATACAT
3736 CATAAGCCCAAAAAATCTAGTGGGAGTGGACCAATCGAACCCATACAT
1 CATAAGCCCAAAAAATCTAGTGGGAGTGGACCAATCGAACCCATACAT
3784 CAT
1 CAT
3787 GAAGATTTTT
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CATAAGCCCAAAAAATCTAGTGGGAGTGGACCAATCGAACCCATACAT
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7241 GTTCAAGATT
7251 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
7282 GAGGGATAGA
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1.00 0.00 0.00
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2 29 1.00
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TA
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8972 TGACACCAAA
8982 TTGTAAGTAGAGAGACCAAATTGACAATTT
1 TTGTAAGTAGAGAGACCAAATTGACAATTT
**
9012 TTGTAA-TATGAG-GACCAAATTGATCCCTTT
1 TTGTAAGTA-GAGAGACCAAATTGA-CAATTT
*
9042 TTGTAAGTAGAGGGACC
1 TTGTAAGTAGAGAGACC
9059 TATATGGTAT
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0.82 0.04 0.14
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29 13 0.32
30 22 0.54
31 6 0.15
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TTGTAAGTAGAGAGACCAAATTGACAATTT
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17521 ATGAGAATAT
17531 AAAAAATGTTGGCTTAATGTCCTTTTTATCCCCTGAACTAGTCCATTCG
1 AAAAAATGTTGGCTTAATGTCCTTTTTATCCCCTGAACTAGTCCATTCG
17580 AAAAAATGTTGGCTTAATGTCCTTTTTATCCCCTGAACTAGTCCATTCG
1 AAAAAATGTTGGCTTAATGTCCTTTTTATCCCCTGAACTAGTCCATTCG
17629 AAAAAATGTTGGCT
1 AAAAAATGTTGGCT
17643 AACTTGTACG
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AAAAAATGTTGGCTTAATGTCCTTTTTATCCCCTGAACTAGTCCATTCG
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19080 TATCATTCTT
*
19090 TAAGATTTACGCAAAACCATGTGGGAAATAAAATAAGTAG
1 TAAGATTTACGCAAAACCATGTGAGAAATAAAATAAGTAG
*
19130 TAAGATTTACGCAAAACCATGTGAGAAATATAATAAGTAG
1 TAAGATTTACGCAAAACCATGTGAGAAATAAAATAAGTAG
19170 CTAGTACTAC
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TAAGATTTACGCAAAACCATGTGAGAAATAAAATAAGTAG
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27615 GATTTAAATA
* * *
27625 CTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATATGTCTGAGATTTGATTAGAT-AATATAGATATTTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
* ** * * * * * *
27689 AGGGGTCACGGCA-CCAAAAATCATGCAAAATAGAGTCATGGTCCTGGAACGCGTTTTTAG-TAA
66 AGGAGTC-TTGAAGCCAAAAATCATGCAAAACAGA-TC-TGGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAA
* * ** * *
27752 AAAACCGTGATGTTAAATACACAATTTCGGCTTCAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTT
128 AAAACCGTGATG----GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAT-TTT
* * * **
27817 CCTCAATTTTTAGCTAAAATACTC-ATAAAATATATATAATTCGACATCAAAAATATTGAAAGGA
188 TCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAA-GA
* * * * *
27881 -TTTTAACGCTTCTAATA-CTGTTTTTCTTTTTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCG-
252 CTTTTCACGCTTTTAATATC-GTTTTTC---CTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
*
27943 -AAACA---AGATG
313 AAAAGATTCAGATG
* * * * * * *
27953 CTCGT-AAAACAAATCCTTAAATCCAATGGGGCCGATATTTGGTTAGGTGATTATGGATATTTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
* * * *** * * *
28017 AGGAATCTTGGAA-CCCAAAATCATGCAAAA-ATAAGAGGGACCCTAAAACGCCTTTTTAGCC-G
66 AGGAGTCTT-GAAGCCAAAAATCATGCAAAACAGATCTGGG-CCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAA
* * * *
28079 AAAACCGTGATGGTTAGCACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCAGAAAGATTTTT
128 AAAACCGTGATGG-T---ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTT
* * * * **
28144 CTCAATTTCTAGCAAAAATACTCAAAAAAAT-TATATAATTCAACGCCAAAAAAATTTAAATCCT
189 CTCAATTTTTAGCTAAAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAAGAC-
* *
28208 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTATTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAT
253 TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTA-TTT-TTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-
* ** *
28273 AATATTTTGATA
315 AAGATTCAGATG
* * *
28285 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTCGGTTAGATGAATATAGATATATTT
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAG--ATATTT
* * * *
28350 TAAAGAGTCTTGAAGCCAAAAATCATGCAAAACAGATCTGGAGTTCCGGAACGCGTTTTTAGCCA
64 CAAGGAGTCTTGAAGCCAAAAATCATGCAAAACAGATCTGG-G-CCCGAAACGCGTTTTTAGCCA
* * * * *
28415 AAAAATCTTGATGGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAACTGAAATATTTTTCTC
127 AAAAACCGTGATGGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTC
* * * * * *
28480 AATTTTTAG-TCACAATACTCATAAAAA-ATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTC
192 AATTTTTAGCT-AAAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAAGACTTT
* * *
28543 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTACTATTTTTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATC-AAAACATGA
256 TCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAA-A-GA
*
28606 TTCAAATG
319 TTCAGATG
* * * *
28614 CTCGTAAAAAACAAAACCTTAAATCCAATGTGGATAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
1 CTCGT-AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTC
* * * * * *
28679 AAGGAGT-TT-TA-CCATAAAAATTCATGCAAAACTGACCCAGGGTCCC-AGAATGCATTTTTAG
65 AAGGAGTCTTGAAGCC--AAAAA-TCATGCAAAACAGA-TCTGGG-CCCGA-AACGCGTTTTTAG
* * * *
28740 CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCGTGATGATACACGAATTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
124 C-------------CAAAAAACCGTGATGGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
* * * * * **
28805 CCAAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTC-ATAAAATATATATACTTAAATTCCAAA
176 CCGAAATATTTTT-CTCAATTTTTAGCTAAAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGCCAAA
* * * * * *
28869 AATATTGGAGGACCTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAAG
240 AATATTGAAAGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAAT
*
28933 TAAATCGAAACAAGATTCAGATA
305 TAAATCGAAA-AAGATTCAGATG
* * * * * *
28956 TTCATAAAAACAAATCCTTGAATTCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAGTATAGATATTTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
* * ** * *
29021 AGGATTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTA-AGCCGGGGCCACGAAACGCGTTTTTAGCC-A
66 AGGAGTCTTGAAGCCAAAAATCATGCAAAAC-AGA-TCTGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAGCCAA
* * ** * * *
29084 AAAATCGTGATGGTTAGTACACAATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCAAAAAAGTTT
128 AAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAATTGACCCGAAATA-TTT
* * * * * * * *
29149 TCCTCAA-TTTTGGCTAAAATACT-TATAAAATATATATAATTTAACGCAAAAAATATTGGAGGA
187 TTCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAAGA
* * *
29212 CTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTT-C-ATATTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATA
252 CTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-A
*
29275 AGGTTCAGATG
316 AGATTCAGATG
* * * * * * *
29286 CTCGTAAAAAAAAACCCTTAAATGCAATATGGCTGAGAATTGATTTGATGAATATAAATATTTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
* * *
29351 AGGAGTCTCGATGTCAAAAATCATGCAAAACTTAG-TC-GGGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCAA
66 AGGAGTCTTGAAGCCAAAAATCATGCAAAAC--AGATCTGGG--CCCGAAACGCGTTTTTAGC--
* ** * * *
29414 AAAAAAAAAAAGGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATT-ATCTGAAA
125 ---CAAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAATTGACCCGAAA
* * * ** * *
29478 -ATTTTTTCCTCAATTTTTGGCTGAAACACTC-ATCAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGAT
182 TA-TTTTT-CTCAATTTTTAGCTAAAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAATAT
* * * * *
29541 TGGAGGACTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTTTCCTA-TTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAA
245 TGAAAGACTTTTCACGCTTTTAATATCG--TTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
29605 ATCGAAACAAGATTCAGATG
308 ATCGAAA-AAGATTCAGATG
* * * * *
29625 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAAATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
* * * * *
29690 AGGAGTTTTGGCA-CCAAAAATCATGCAAAACTGACTCGGGGCCCTGAAATGCGTTTTTAGCC-A
66 AGGAGTCTT-GAAGCCAAAAATCATGCAAAACAGA-TCTGGGCCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAA
* * * * * * *
29753 AAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCGCCTAATATTTTGCAAAAAATGACCCAAAACATATTT
128 AAAACCGTGATG----GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAT-TTT
* * ** * ** * * *
29818 CCTCAATTTTTTGGCTAAAATACTCATTAAAA-ATACATAATTCAATTCTAAAAATATTGAAGGG
188 TCTCAA-TTTTTAGCTAAAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAAGA
* * * * * *
29882 TTTTTTACGCTTTTAATATCTTTTTTCCTACTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTCAATCGAAACA
252 CTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-A
*
29947 AGAATT-AGGTG
316 AG-ATTCAGATG
* * *
29958 CTAGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATTTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
* * * * * * *
30023 TGGAGTCTTGACGCCAAATATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCAAAA
66 AGGAGTCTTGAAGCCAAAAATCATGCAAAACAGA-TCTGGG-CCCGAAACGCGTTTTTAGC----
* * * *
30088 AAAAAAAAAACCCGTGATGGTACACGATTTCAGCTAATATTTTGCAAAAATTAACCCGAAATATT
125 ---CAAAAAA-CCGTGATGGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATT
* * * * *
30153 TATTCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAG
186 T-TTCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAA
* * * * * *
30218 GACTTTTCACGGTTCTAATATCGTTTTTACTATTTTTTCCTAATTAATTTCTACTTATATCGAAA
250 GACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
30283 CATA-ATTCAGATG
315 -A-AGATTCAGATG
* * * *
30296 TTTGTAAAAAC-AA----T-GA--C----T---T-AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
** * ** * * * * **
30345 AGGAGTCTTGGTGCTAAAAATCATGCAAAATTGAACCGAGTCTTAGAACGCGTTTTTAG-CAAAA
66 AGGAGTCTTGAAGCCAAAAATCATGCAAAACAGATCTGGGCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAA
* * * ** * * *
30409 AACCGTGATGATTACATGGTTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGT-TATGTCCTC
130 AACCGTGATG-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA-TAT-TTTTCTC
* * * * *
30473 AATTTTTAGCCACAATACT-AATAAAAA-ATATATAATTCAACACTAAAAAGATTGAAAGGA--T
192 AATTTTTAGCTAAAATACTCAA-AAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAA-GACTT
* * *
30534 TTCATGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAG
255 TTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-AAG
30599 ATTCAGATG
318 ATTCAGATG
* * *
30608 CTCATAAAAATAAATCCTTAAATGCAATGTG
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
30639 ACTTTCCGAC
Statistics
Matches: 2179, Mismatches: 370, Indels: 277
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
311 24 0.01
312 82 0.04
313 74 0.03
314 2 0.00
317 1 0.00
318 1 0.00
320 3 0.00
321 15 0.01
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324 3 0.00
325 7 0.00
326 79 0.04
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344 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (326 bp):
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AGGAGTCTTGAAGCCAAAAATCATGCAAAACAGATCTGGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
ACCGTGATGGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTCAATT
TTTAGCTAAAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAAGACTTTTCACG
CTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAAGATTCAGAT
G
Found at i:29307 original size:671 final size:662
Alignment explanation
Indices: 27567--31608 Score: 2851
Period size: 672 Copynumber: 6.0 Consensus size: 662
27557 CAAAATTTTG
* * * * * *
27567 TTTCATATTTTTTTGAATTAATTTCTAAAAACAATTAAGTTGAAACAAGATTTAAATACTCGTAA
1 TTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCT------AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * * * * **
27632 AAACAAATCATTAAATCCAATATGTCTGAGATTTGATTAGAT-AATATAGATATTTCAAGGGGTC
60 AAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTC
** * ** * * * ** *
27696 ACGGCACCAAAAATCATGCAAAA-TAGAGTCATGGTCCTGGAACGCGTTTTTAGTAAAAAACCGT
125 TTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTA-A--CCGGGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGT
* * ** ** * * * *
27760 GAT-GTTAAATACACAATTTCGGCTTCAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAAT
187 GATGGTT-AGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAAAT-TTTCCTCAAT
* * * ** * * *
27824 TTTTAGCTAAAATACTCATAAAATATATATAATTCGACATCAAAAATATTGAAAGGATTTTAACG
250 TTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACG
* * * **
27889 CTTCTAATA-CTGTTTTTCTTTTTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC---A--
315 CTTTTAATATC-GTTTTTC-----ATATTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
* * ** * * * * * *
27948 -AGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAATCCAATGGGGCCGATATTTGGTTAGGTGATTATGGAT
374 CAGATGCTCGTAAAAAAAAACCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGAT
* * * * *** * ** *
28011 ATTTCAAGGAATCTTGGAACC--CAAAATCATGCAAAAAT-AAGAGGGACCCTAAAACGCCTTTT
439 ATTTCAAGGAGTCTT--TACCATAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCGAAACGCATTTT
** *
28073 TAGC---------CGAAAACCGTGATGGTTAGCACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTA
502 TAGCAAAAAAAAAAAAAAACCGTGATGG-T---ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTA
* * * * *
28129 ACCAGAAAGATTTTT-CTCAATTTCTAGCAAAAATACTCA-AAAAAATTATATAATTCAACGCCA
563 CCCA-AAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAATA-TATATAATTCAACGCCA
* ** *** *
28192 AAAAAATTTAAATCCTTTTTCACGCTTCTAATATCGTT
626 AAAAGATTGGAGGAC-TTTTCACGCTTTTAATATCGTT
* ** * * ** *
28230 TTTCCTATTTTATTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAATATTTTGATACTCGTAAAAA
1 TTT-C-ATATT-TTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
* * * * * * *
28295 CAAATCCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTCGGTTAGATGAATATAGATATATTTTAAAGAGTCT
63 CAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAG--ATATTTCAAGGATTCT
** * ** * *
28360 TGAAGCCAAAAATCATGCAAAAC-AGATCTGGAGTTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAATCTT
126 TGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTA-A-CCGG-GGCCCGAAACGCGTTTTTAGCC-AAAAATCGT
* * * ** * *
28424 GAT-G---GTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAACTGAAATATTTTTCTCAATTT
187 GATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAAATTTTCCTCAATTT
* * * *
28485 TTAG-TCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTCTCACGC
252 TTGGCT-AAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGC
* * * * * *
28549 TTCTAATATCGTTTTT-ACTATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACATGATTCAAAT
316 TTTTAATATCGTTTTTCA-TATTTTCT-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
* * * * *
28613 GCTCGTAAAAAACAAAACCTTAAATCCAATGTGGATAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
379 GCTCGTAAAAAA-AAACCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTT
* * *
28678 CAAGGAGT-TTTACCATAAAAATTCATGCAAAACTGACCCAGGGTCCC-AGAATGCATTTTTAGC
443 CAAGGAGTCTTTACCATAAAAA-TCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCGA-AACGCATTTTTAGC
* * *
28741 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCGTGATGATACACGAATTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACC
506 -----AAAAAAAAAAAAAAACCGTGATGGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT-ACC
* * **
28806 CAAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAATATATATACTTAAATTCCAAAAA
565 CAAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAA
* *
28871 TATTGGAGGACCTTTCACGCTTTTAATATCGTT
630 GATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTT
* ** *
28904 TTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAAGTAAATCGAAACAAGATTCAGATATTCATAAAAACAA
1 TTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAA
* * * * * *
28969 ATCCTTGAATTCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAGTATAGATATTTCAAGGATTCTCGGTG
66 ATCCTTAAATTCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTTGGCG
29034 CCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGGCCACGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTT
131 CCAAAAATCATGCAAAACTAA-CCGGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTT
*
29099 AGTACACAATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCAAAAAAGTTTTCCTCAA-TTTTGGC
194 AGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGC-AAAAAATGACCCAAAAAA-TTTTCCTCAATTTTTGGC
* * * * * * *
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* *
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* * * *
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** ** * ** * *
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* * **
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* ** * * *
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*
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * * * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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*
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* * * *
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* * * ** **
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* * * *
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** ** * * **
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* * * *
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*
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* ** * * * * *
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** * * * *
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* ** * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * **** * ** * *
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***** ** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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570 TATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAA-GATT
* * *
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** * *
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* * * * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* * ***
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*
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* *
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*
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*
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** *** * * * * * *
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* ** * * * *
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* *
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TTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAAAA
AA
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Alignment explanation
Indices: 39784--40628 Score: 1164
Period size: 418 Copynumber: 2.0 Consensus size: 418
39774 ATTTCACGCC
* * *
39784 TCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCT
1 TCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATACT
* * * *
39849 CGTAAAAACAAATTCTTAAATTCAATGTGGTTGAGATTTTGTTAAATGAATATAGATATTTCAAG
66 CATAAAAACAAATACTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTGTTAAATGAATATAGATATTTCAAG
* * * * **
39914 GAGTCTTAGTGCCAAAAATGATGCAAAATTGAGTAGGGGTCCTGAAATACGTTTTTAGCAACAAA
131 GAGGCTTAGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCAGGGGTCCTGAAATACAATTTTAG-AACAAA
* * *
39979 AAAATTGTGATGGTTTGTACACGATTTTGGTTAAAATTTCGCAGAAACTTACCCGAAAGGTTTTT
195 AAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTCGCAAAAACTTACCCCAAAGGTTTTT
* * *
40044 CATCAATTTTTAACCATTGTTCTCATAAAAGATATGTAATTAAACACCGAAAAGATTGAAAGGAA
260 CATCAATTTTTAACAATTGTTCTCATAAAAGATATATAATTAAACACCAAAAAGATTGAAAGGAA
* * * *
40109 TTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTACTCTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATAAAATCGAAACAAG
325 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTATACTCATTTTTCTGAATTAAATTATAATAAAATCGAAACAAG
*
40174 ATTTTCATGCTCGCAAAAAAATCCTTAAA
390 ATTTTCATGCTCGAAAAAAAATCCTTAAA
* *
40203 TCTAATATCATTTTTCCTATTTTCTTGATTTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATAC
1 TCTAATATCATTTTCCCTATTTT-TTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATAC
* * *
40268 TTATAAAAACAAATACTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTTTTTAGATGAATATAGATATTTCA
65 TCATAAAAACAAATACTTAAATCCAATGTGGCTGAGA-TTTTGTTAAATGAATATAGATATTTCA
* * * *
40333 AGGAGGCTTAGAGTCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGTTCC-GAAATGCAATTTT-G-GCA
129 AGGAGGCTTAGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCAGGGG-TCCTGAAATACAATTTTAGAACA
* * *
40395 AAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAATTTTCCCCAAAGGTTT
193 AAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTCGCAAAAACTTACCCCAAAGGTTT
* * ***
40460 TTCATGAATTTTTAACAATTGTTCTCATAAAAGATATATAATTCAACGTTAAAAAGATTGAAA-G
258 TTCATCAATTTTTAACAATTGTTCTCATAAAAGATATATAATTAAACACCAAAAAGATTGAAAGG
* * *
40524 ACATTTCATGCTTCTAATATCGTTTATACT-ATTTTT-TGAATTAATTTATAATAAAATCGAAAT
323 A-ATTTCACGCTTCTAATATCGTTTATACTCATTTTTCTGAATTAAATTATAATAAAATCGAAAC
40587 AAGA-TTTCGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
387 AAGATTTTC-ATGCTCG-AAAAA-AAATCCTTAAA
*
40621 TCCAATAT
1 TCTAATAT
40629 GTAGTTTTTT
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 45, Indels: 15
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
415 4 0.01
416 35 0.09
417 11 0.03
418 159 0.43
419 21 0.06
420 71 0.19
421 70 0.19
422 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (418 bp):
TCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATACT
CATAAAAACAAATACTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTGTTAAATGAATATAGATATTTCAAG
GAGGCTTAGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCAGGGGTCCTGAAATACAATTTTAGAACAAAA
AAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTCGCAAAAACTTACCCCAAAGGTTTTTC
ATCAATTTTTAACAATTGTTCTCATAAAAGATATATAATTAAACACCAAAAAGATTGAAAGGAAT
TTCACGCTTCTAATATCGTTTATACTCATTTTTCTGAATTAAATTATAATAAAATCGAAACAAGA
TTTTCATGCTCGAAAAAAAATCCTTAAA
Found at i:41302 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 41200--41427 Score: 402
Period size: 85 Copynumber: 2.7 Consensus size: 85
41190 TTTTTCCGAA
* *
41200 TTAAATTCTAATAAAATCGAAACAAGATTTTGATACTCGTAAAAAAAATCCTTAAATCTAATATC
1 TTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTTTGATACTCGTAAAAAAAATCCTTAAATCTAATATC
41265 ATTTTTTCAATTTTCTTGAT
66 ATTTTTTCAATTTTCTTGAT
41285 TTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTTTGATACTCGTAAAAAAAATCCTTAAATCTAATATC
1 TTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTTTGATACTCGTAAAAAAAATCCTTAAATCTAATATC
41350 ATTTTTTCAATTTTCTTGAT
66 ATTTTTTCAATTTTCTTGAT
* * * *
41370 TTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTCATAAAAAAAATACTTAAATC
1 TTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTTTGATACTCGTAAAAAAAATCCTTAAATC
41428 CAATGTGGCA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 6, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 137 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (85 bp):
TTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTTTGATACTCGTAAAAAAAATCCTTAAATCTAATATC
ATTTTTTCAATTTTCTTGAT
Found at i:41999 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 41341--44646 Score: 3147
Period size: 332 Copynumber: 9.9 Consensus size: 332
41331 AATCCTTAAA
* * * * * *
41341 TCTAATATCATTTTTTC-AATTTTCTTGATTTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATG
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATG
* * * * * * *
41405 CTCATAAAAA-AAAT-ACTTAAATCCAATGTGGCAGAGATTTTGTTAGTTGAATATTGATATTTC
66 CTCGTAAAAACAAATCA-TTAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTC
** * * * * *
41468 AAGGAGTCTTAGAACCAAAAATCATACAAAATTGAGCTGGGGTCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAA
130 AAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAA
* * * * * * **
41533 AAGATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGATAAAATATTGCAAAAATTTACCCGAAAGGTTTTT
195 AA-ACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTT
** *
41598 CATCAATTTTTAACCATTGT-TCTCATAAAAGATATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAAGTC
259 CATCAATTTTTAACCATTGTAT-TCATAAAAGATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGC
*
41662 ATTTCACACT
323 ATTTCACGCT
* *
41672 TCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATT-TCGAT
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCT-GAT
* * * *
41736 GC-CTGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAAATGAATATAGTTTTTT
65 GCTC-GTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTT
* * * ** *
41800 CAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGTTGGAATCTTGGAACGCGTTTTTAGCCA
129 CAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCCA
* * * * * *
41865 AAAACCGTGATAGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCCCGGAAGAATATT
194 AAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTT
* ** * * *
41930 CCTCAATTTTTGGCCATTGTATTCATGAAAA-ATATATAATTCAATGCCAAAGAGAATGAAAGGC
259 CATCAATTTTTAACCATTGTATTCAT-AAAAGATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGC
*
41994 ATTTCACGCC
323 ATTTCACGCT
* *
42004 TCTCATATCGTTTTTCCTA--TTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATG
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATG
* * * * * * * *
42067 TTCGTAAAAATAAATCCA-TAAATTCAATGTGGTTGAGATTTTGTTA-ATTGAATATAGATAATT
66 CTCGTAAAAACAAAT-CATTAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGGCTAGA-TGAATATAGATATTT
* * * * ** *
42130 CAAGGAGTCTTAGTGCAAAAAATCATGCAAAACTT-AGCTGGAGTCCCAAAATGCGTTTTTAGCA
129 CAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAA-TTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGC-
* * * * * ** * * *
42194 AAAAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTCACAGAAACTT-ACTCGAAAGG
192 --CAAAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA-AAAATTGACCCGAAAGA
* * * *
42258 TTTTTCATCAATTTTTAACCATTGT-TCTCATAAAATATATATAATTCAACACCGAAAAGATT-A
254 ATTTTCATCAATTTTTAACCATTGTAT-TCATAAAAGATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA
* *
42321 AAGGGAATTGCACGCT
318 AA-GGCATTTCACGCT
* * ** * * *
42337 TCTAATATTGTTTTTCCTCTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAAACGAAACAAGATTCTGATG
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATG
* * * *
42402 CTCGTAAAAA-AATATCCTTAAATTCC-ATGTGGTTGAGATTTAGCTAGATGAATATAGATATTT
66 CTCGTAAAAACAA-ATCATTAAA-TCCAATGTAGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTT
* * * *** *
42465 CAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATGATGCAAAACTTGAGCCAAGGTCTTGGAACGCGTTTTTAGCC
129 CAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAA-TTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCC
* * * * * *
42530 AAAAAACTGTGATGGATAGTACACGACTTCGACTAAAACTTTACAAAAATTGTCCCGAAATAATT
193 -AAAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATT
* * ** * * *
42595 CTCCTCAATTTTTGGCCACTATACTTGCAATATATATATATATATATATAATTCAACGCCAAAAA
257 TTCATCAATTTTTAACCATTGTA-TT-C-----ATA-A-A-AGATATATAATTCAACGCCAAAAA
*
42660 TATTGAAAGGCATTTCACGCT
312 GATTGAAAGGCATTTCACGCT
** * * **
42681 TCTAACCTCGTTTTCCCTA-TTTTTTTGAATTAATTTTTATTAAAATCAAAACAAGATTCTGACA
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATG
* * * * **
42745 CCCGTGAAAACAAATCTTTAAATCTAATGTAGCTGAGATTTGTTTAGATGAATATAGATATTTCA
66 CTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCA
* *
42810 AGGAGTCTTAGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTC-CCGAGACGCGTTTTTAGCAAC
131 AGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCTCGGA-ACGCGTTTTTAGC--C
* * *** **** * * * * **
42874 AAAAAAATTCTGATTTTTAGTACACGATTTTAATTAACATATTGCAAAAGTTTACCCGAAAGCTT
193 --AAAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAAT
* * ** *
42939 TTTCATCAATTTCTAACCATTGCT-CTCATAAAAGATATATAATTCAACGTAAAAAATATTGAAA
256 TTTCATCAATTTTTAACCATTG-TATTCATAAAAGATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAA
*
43003 GTCATTTCACGCT
320 GGCATTTCACGCT
* *
43016 TCTAATATTGTTTTTCCTA-TTTTTTTGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATT-TCGAT
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCT-GAT
* * *
43079 GCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGTTTTTTC
65 GCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTC
* * * *
43144 AAGGAG-CATTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGTTTTTAGCCA
130 AAGGAGTC-TTAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCCA
* * * *
43208 AAAACGGTGATGGAAAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAGAAA-AATAT
194 AAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-GAAAGAATTT
* ** * * * *
43272 TCCTCAATTTTTGGCCATTGTATTCGTGAAAA-ATATATAATTCAATGCCAAAGAGAATGAAAGG
258 TCATCAATTTTTAACCATTGTATTCAT-AAAAGATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGG
*
43336 CATTTCACGCC
322 CATTTCACGCT
*
43347 TCTAATATCGTTTTTCCTA--TTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATG
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATG
* * * * * * *
43410 TTCGTATAAACAAATCCA-TAAATTCAATGTGGTTGAGATGTT-GTTA-ATTGAATATAGATAAT
66 CTCGTAAAAACAAAT-CATTAAATCCAATGTAGCTGAGAT-TTGGCTAGA-TGAATATAGATATT
* * * * * *
43472 TCAAGGAGTCTTAGTGCAAAAAATCATGCAAAACTT-AGCTGGAGTCCCGAAATGCGTTTTTAGC
128 TCAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAA-TTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGC
* * * * * *
43536 AAAAAAGTTTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAACTT-ACCCGAAAGG
192 CAAAAA--CTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA-TTGACCCGAAAGA
* * * *
43600 TTTTTCATCAATTTTTAACCATTGT-TCTCATAAAATATATATAATTCAACACCGAAAAGATT-A
254 ATTTTCATCAATTTTTAACCATTGTAT-TCATAAAAGATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA
*
43663 AAGGGAATTTCACGCT
318 AA-GGCATTTCACGCT
* * ** * * *
43679 TCTAATATTGTTTTTCCTCTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAAACGAAACAAGATTCTGATG
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATG
* * * *
43744 CTCGT-AAAA-AAATCCTTAAATTCC-ATGTGGTTGAGATTTAGCTAGATGAATATAGATATTTC
66 CTCGTAAAAACAAATCATTAAA-TCCAATGTAGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTC
* * * * * *
43806 AAGGAATCTTGGCGCCTAAAATCATACAAAATTGAGCCGGGGTCTTGGAACGCGTTTTTAGCCAA
130 AAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCC-A
*
43871 AAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATT-ATCCCGAAA-AATAT
194 AAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCCGAAAGAAT-T
* ** * * * * * * *
43934 TTCCTCAATTTTTGGCCACTATACTTGCA-AATATATATGTAATTCAAGGCCAAAAATATTGAAA
257 TTCATCAATTTTTAACCATTGTA-TT-CATAAAAGATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAA
43998 GGCATTTCACGCT
320 GGCATTTCACGCT
** * * *
44011 TCTAACCTCGTTTTCCCTATTTTTTTCGAATTAATTTTTATTAAAATCAAAACAAGATTCTGATG
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATG
* * * * * *
44076 CCCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTAG-TAGAGATTTGGTTAGATGAATATCGATATTTG
66 CTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCT-GAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTC
* * * * * * * *
44140 AAGGAGTATTAGTGCCAAAAATCATGCAAATTTGAACTGGGGTCCCGAAACGCGTTTTTAACAAA
130 AAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGC--C
* * * * * * * **
44205 AAAAATTGTGATTGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATATTGCAAAAATTTACCCGAAAGGTTTT
193 AAAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA-GAATT
* *** * *
44270 TTTATCAATTTTTAACCATTGCCCTCATAAAAGATATATAATTCAACGTCAAAAAGATTGAAAGT
257 TTCATCAATTTTTAACCATTGTATTCATAAAAGATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGG
44335 CATTTCACGCT
322 CATTTCACGCT
* * *
44346 TCTAATATTGTTTTTCCTA-TTTTTTGGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATT-TCGAT
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCT-GAT
* * *
44409 GCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGTTTTTTC
65 GCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTC
* * * * * *
44474 AAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGCCTTGGAACGCGTTTTTAGCCAA
130 AAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAA
* * * * * *
44539 AAACGGTGATGGAAAGTATACGTTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAAA-AAATCT
195 AAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-GAAAGAATTTT
* ** * * *
44603 CCTCAATTTTTGGCAACTGTATTCGTGAAAA-ATATATAATTCAA
259 CATCAATTTTTAACCATTGTATTCAT-AAAAGATATATAATTCAA
44647 GAGGAGGGAT
Statistics
Matches: 2405, Mismatches: 476, Indels: 188
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 2 0.00
330 280 0.12
331 254 0.11
332 528 0.22
333 249 0.10
334 352 0.15
335 427 0.18
336 44 0.02
337 2 0.00
338 3 0.00
341 5 0.00
342 26 0.01
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345 63 0.03
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATG
CTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCA
AGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAA
AACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCA
TCAATTTTTAACCATTGTATTCATAAAAGATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCATT
TCACGCT
Found at i:43536 original size:665 final size:659
Alignment explanation
Indices: 41341--44646 Score: 4248
Period size: 665 Copynumber: 5.0 Consensus size: 659
41331 AATCCTTAAA
* * * * *
41341 TCTAATATCATTTTTTCAATTTTCTTGATTTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGC
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTT-TTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGC
* * * * ** * *
41406 TCATAAAAAAAATACTTAAATCCAATGTGGCAGAGATTTTGTTAGTTGAATATTGATATTTCAAG
65 TCGTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGTTGAGA-TTTGTTAATTGAATATAGATATTTCAAG
** *
41471 GAGTCTTAGAACCAAAAATCATACAAAATTGAGCTGGGGTCCCGAAATGCGTTTTTAGC-AAAAA
129 GAGTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAAAAA
* *
41535 GATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGATAAAATATTGCAAAAATTTACCCGAAAGGTTTTTCA
194 AATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATATTGCAAAAATTTACCCGAAAGGTTTTTCA
41600 TCAATTTTTAACCATTGTTCTCATAAAAGATATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAAGTCATT
259 TCAATTTTTAACCATTGTTCTCATAAAAGATATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAAGTCATT
* * * *
41665 TCACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGAT
324 TCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTA-TTTTTTCGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGAT
*
41730 TTCGATGC-CTGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAAATGAATATAG
388 TTCGATGCTC-GTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAG
* * **
41794 TTTTTTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGTTGGAATCTTGGAACGCGTTTT
452 TTTTTTCAAGGAG-CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGTTTT
* * * *
41859 TAGCCAAAAACCGTGATAGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCCCGGAAG
516 TAGCCAAAAACGGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-GAAA
* * *
41924 AATATTCCTCAATTTTTGGCCATTGTATTCATGAAAAATATATAATTCAATGCCAAAGAGAATGA
580 AATATTCCTCAATTTTTGGCCACTGTATTCGTGAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAATGA
41989 AAGGCATTTCACGCC
645 AAGGCATTTCACGCC
* * *
42004 TCTCATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGTT
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGCT
* * *
42069 CGTAAAAATAAATCCATAAATTCAATGTGGTTGAGATTTTGTTAATTGAATATAGATAATTCAAG
66 CGT-AAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGTTGAGA-TTTGTTAATTGAATATAGATATTTCAAG
* * *
42134 GAGTCTTAGTGCAAAAAATCATGCAAAACTT-AGCTGGAGTCCCAAAATGCGTTTTTAGCAAAAA
129 GAGTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAA-TTGAGCTGGGGTCCCGAAATGCGTTTTTAGC-AAAA
* *
42198 AAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAAT-TT-CACAGAAACTTACTCGAAAGGTTT
192 AAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATATTGCA-A-AAATTTACCCGAAAGGTTT
* * *
42261 TTCATCAATTTTTAACCATTGTTCTCATAAAATATATATAATTCAACACCGAAAAGATT-AAAGG
255 TTCATCAATTTTTAACCATTGTTCTCATAAAAGATATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAA-G
** * * * * *
42325 GAATTGCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTCTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAAACGAAAC
319 TCATTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTT-CGAATTAATTTATAATAAAATCAAAAC
* * * * *
42390 AAGA-TTCTGATGCTCGTAAAAA-AATATCCTTAAATTCC-ATGTGGTTGAGATTTAGCTAGATG
383 AAGATTTC-GATGCTCGTAAAAACAA-ATCATTAAA-TCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATG
* * * * ****
42452 AATATAGATATTTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATGATGCAAAACTTGAGCCAAGGTCTTGGAA
445 AATATAGTTTTTTCAAGG-AGCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC-TGAGTTGGGGTCTTGGAA
* * * * * *
42517 CGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGATAGTACACGACTTCGACTAAAACTTTACAAAAATTG
508 CGCGTTTTTAGCC-AAAAACGGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTG
* * * *
42582 TCCCGAAATAAT-TCTCCTCAATTTTTGGCCACTATACTTGCAATATATATATATATATATATAA
572 ACCCGAAA-AATAT-TCCTCAATTTTTGGCCACTGTA-TT-C---GT-GA-A-A-A-ATATATAA
* * * *
42646 TTCAACGCCAAAAATATTGAAAGGCATTTCACGCT
625 TTCAATGCCAAAAAGAATGAAAGGCATTTCACGCC
** * * **
42681 TCTAACCTCGTTTTCCCTATTTTTTTGAATTAATTTTTATTAAAATCAAAACAAGATTCTGACAC
1 TCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGC
* * * *
42746 CCGTGAAAACAAATCTTTAAA-TCTAATGTAGCTGAGATTTGTTTAGA-TGAATATAGATATTTC
65 TCGT-AAAACAAATCCTTAAATTC-AATGTGGTTGAGATTTG-TTA-ATTGAATATAGATATTTC
* * *
42809 AAGGAGTCTTAGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCCCGAGACGCGTTTTTAGCAAC
126 AAGGAGTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCCCGAAATGCGTTTTTAGC-A-
* ** ** * * *
42874 AAAAAAATTCTGATTTTTAGTACACGATTTTAATTAACATATTGCAAAAGTTTACCCGAAAGCTT
189 AAAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATATTGCAAAAATTTACCCGAAAGGTT
* * * * *
42939 TTTCATCAATTTCTAACCATTGCTCTCATAAAAGATATATAATTCAACGTAAAAAATATTGAAAG
254 TTTCATCAATTTTTAACCATTGTTCTCATAAAAGATATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAAG
*
43004 TCATTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTTGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACA
319 TCATTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACA
43069 AGATTTCGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATA
384 AGATTTCGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATA
43134 TAGTTTTTTCAAGGAGCATTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGT
449 TAGTTTTTTCAAGGAGC-TTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGT
*
43199 TTTTAGCCAAAAACGGTGATGGAAAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAG
513 TTTTAGCCAAAAACGGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-G
* *
43264 AAAAATATTCCTCAATTTTTGGCCATTGTATTCGTGAAAAATATATAATTCAATGCCAAAGAGAA
577 AAAAATATTCCTCAATTTTTGGCCACTGTATTCGTGAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAA
43329 TGAAAGGCATTTCACGCC
642 TGAAAGGCATTTCACGCC
* *
43347 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGTT
1 TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGCT
* *
43412 CGTATAAACAAATCCATAAATTCAATGTGGTTGAGATGTTGTTAATTGAATATAGATAATTCAAG
66 CGTA-AAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGTTGAGAT-TTGTTAATTGAATATAGATATTTCAAG
* *
43477 GAGTCTTAGTGCAAAAAATCATGCAAAACTT-AGCTGGAGTCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAAAA
129 GAGTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAA-TTGAGCTGGGGTCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAAAA
** * *
43541 AGTTTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAGGTTTTTC
193 AAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATATTGCAAAAATTTACCCGAAAGGTTTTTC
* * * **
43606 ATCAATTTTTAACCATTGTTCTCATAAAATATATATAATTCAACACCGAAAAGATT-AAAGGGAA
258 ATCAATTTTTAACCATTGTTCTCATAAAAGATATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAA-GTCA
* * * *
43670 TTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTCTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAAACGAAACAAG
322 TTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTT-CGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAG
* * * * *
43735 A-TTCTGATGCTCGT-AAAA-AAATCCTTAAATTCC-ATGTGGTTGAGATTTAGCTAGATGAATA
386 ATTTC-GATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAA-TCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATA
* * * * * * **
43796 TAGATATTTCAAGGAATCTTGGCGCCTAAAATCATACAAAATTGAGCCGGGGTCTTGGAACGCGT
449 TAGTTTTTTCAAGG-AGCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGT
* * *
43861 TTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATT-ATCCC
513 TTTTAGCC-AAAAACGGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCC
* * * *
43925 GAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGCCACTATACTT-G-CAAATATATATGTAATTCAAGGCCAAA
576 GAAAAATA-TTCCTCAATTTTTGGCCACTGTA-TTCGTGAAA-A-ATATATAATTCAATGCCAAA
* * *
43988 AATATTGAAAGGCATTTCACGCT
637 AAGAATGAAAGGCATTTCACGCC
** * *
44011 TCTAACCTCGTTTTCCCTATTTTTTTCGAATTAATTTTTATTAAAATCAAAACAAGATTCTGATG
1 TCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTT-GAATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATG
* * * *
44076 CCCGTAAAAACAAATCCTTAAA-TCTAATGTAGTAGAGATTTGGTTAGA-TGAATATCGATATTT
64 CTCGT-AAAACAAATCCTTAAATTC-AATGTGGTTGAGATTT-GTTA-ATTGAATATAGATATTT
* * * * * *
44139 GAAGGAGTATTAGTGCCAAAAATCATGCAAATTTGAACTGGGGTCCCGAAACGCGTTTTTAACAA
125 CAAGGAGTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCCCGAAATGCGTTTTTAGCAA
*
44204 AAAAAATTGTGATTGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATATTGCAAAAATTTACCCGAAAGGTTT
190 AAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATATTGCAAAAATTTACCCGAAAGG-TT
* ** *
44269 TTTTATCAATTTTTAACCATTGCCCTCATAAAAGATATATAATTCAACGTCAAAAAGATTGAAAG
254 TTTCATCAATTTTTAACCATTGTTCTCATAAAAGATATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAAG
*
44334 TCATTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTGGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACA
319 TCATTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACA
44399 AGATTTCGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATA
384 AGATTTCGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATA
* *
44464 TAGTTTTTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGCCTTGGAACGCGT
449 TAGTTTTTTCAAGGAG-CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGT
* *
44529 TTTTAGCCAAAAACGGTGATGGAAAGTATACGTTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGG
513 TTTTAGCCAAAAACGGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-G
*
44594 AAAAA-ATCTCCTCAATTTTTGGCAACTGTATTCGTGAAAAATATATAATTCAA
577 AAAAATAT-TCCTCAATTTTTGGCCACTGTATTCGTGAAAAATATATAATTCAA
44647 GAGGAGGGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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681 2 0.00
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Consensus pattern (659 bp):
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CGTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGTTGAGATTTGTTAATTGAATATAGATATTTCAAGGA
GTCTTAGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAAAAAAA
TTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATATTGCAAAAATTTACCCGAAAGGTTTTTCATC
AATTTTTAACCATTGTTCTCATAAAAGATATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAAGTCATTTC
ACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTTC
GATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGTTTT
TTCAAGGAGCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGTTTTTAGCC
AAAAACGGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATATT
CCTCAATTTTTGGCCACTGTATTCGTGAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAAGGCA
TTTCACGCC
Found at i:52506 original size:328 final size:331
Alignment explanation
Indices: 50705--52677 Score: 2093
Period size: 328 Copynumber: 5.9 Consensus size: 331
50695 ATCCCTCCTC
*
50705 ATAATTCAATGCCAAAGAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTG
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* * * *
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66 AATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAAT-CATTAAATCCAA
* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** *
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* *
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319 T-T-GTAAAATATAT
** * * * * * ** *
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1 ATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTT-
* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * ** *
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1 ATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTG
* * * * * *
51438 AATTAATTTTTATTAAAATCAAAACAAAATTCTGATGCCCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAAT
66 AATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAAT
* * * * * * *
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* * * * ** *
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196 AACTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAACTGTG-ATGGAAGTACACGATT
* * * * * * * ** * *
51632 TTGGTTAGAATATTGCAAAAATTTACCC-GAAAGGTTTTTCATCAATTTTTAACCAT-TGCTCTC
260 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAAA--ATTTTCCTCAATTTTTGGCCATAT-AT-TT
*
51695 ATAAAATATAT
321 GTAAAATATAT
* * * * * *
51706 ATAATTCAACGTCAAAAAGATTGAAAGTCATTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTT
1 ATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCCTA--TTTTT
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64 TGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTCT-GATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCC
* * *
51835 AATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGTTTTTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATA
128 AATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
* * * *
51900 CAAAACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGTTTTTGGCC----AAAAACGGTGATGGAAAGTACACG
193 CAAAACTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAACTGTGATGG-AAGTACACG
* *
51961 TTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGGAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCATTATATT
257 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGG-AAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA-TATATT
*
52026 CGTGAAAA-ATAT
320 TGT-AAAATATAT
* * *
52038 ATAATTCAATGCCAAATAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTCG
1 ATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTG
52103 AATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATT-TCGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAA
66 AATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTCT-GATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAA
* * * * *
52167 TGTACCTGAAATATGGCTAGATGAATATAGTTTTTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATAATGCA
130 TGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCA
* * * * * * *
52232 AAACTGAGTTAGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAACCGTGAT-G-AGT-TAGGGTC
195 AAACTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAACTGTGATGGAAGTACACGATT
*
52294 TCGGCTAAAATGTTGC-AAAATTGACCCGGAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACTATATTTGTG
260 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA-TATATTTGT-
52358 AAAA-ATAT
323 AAAATATAT
* * *
52366 ATAATTAAATGCCAAAGAGAATGAAAGGCATTTCACACCTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTG
1 ATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTG
* *
52431 AATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACAAATTATTAAATCCAAT
66 AATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAAT
* *
52496 GTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGTTTTTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAA
131 GTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAA
* * * * *
52561 AACTGAGTTGGCGTCTTC-GAACGCGTTTTTAGCC----AAAAACCGTGATAGAAAGTACACGTT
196 AACTGAGCTGGGGTC-TCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAACTGTGAT-GGAAGTACACGAT
52621 TTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCAT
259 TTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGG-AAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCAT
52678 T
Statistics
Matches: 1402, Mismatches: 191, Indels: 98
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
324 12 0.01
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331 10 0.01
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337 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
ATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTG
AATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAAT
GTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAA
AACTGAGCTGGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAACTGTGATGGAAGTACACGATTT
CGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCATATATTTGTAAA
ATATAT
Found at i:52598 original size:658 final size:655
Alignment explanation
Indices: 50705--52678 Score: 2373
Period size: 658 Copynumber: 3.0 Consensus size: 655
50695 ATCCCTCCTC
*
50705 ATAATTCAATGCCAAAGAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTG
1 ATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTG
* * * *
50770 AATTAATTTTTAATAAAATCGAAACAAGATCT-GATGTTCGTAAAAACAAATCCA-TAAATTCAA
66 AATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTTCGATGCTCGTAAAAACAAAT-CATTAAATCCAA
* * * * * *
50833 TATGGTTGAGATTTTGTTA-ATTGAATATAGATATTTAAAGGAGTCTTAGAGCAAAAAATCATGC
130 TGTAGCTGAGATTTGGTTAGA-TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTAGAGCCAAAAATCATGC
* * * * * *
50897 AAAACTTAACCGGGGTCCCGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAAATTGTGATG-GTTAGTAAACG
194 AAAACTGAGCTGGGGTCCGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAAAAAAATTGTGATGAGTTAG-----G
* *
50961 ATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAGATTTTTCATCAATTTTTAACCATTGTTCT
253 ATTTTGGTTAAAATATTGCAAAAA-TTACCCGAAAGA-TTTTCATCAATTTTTAACCATTATT-T
* * * *
51026 CATAAAAGATATATAATTCAACACCGAAAAGATTGAAGGGAATTTCACGCTTCTAATATTATTTT
315 -ATAAAAGATATATAATTCAACGCC-AAAAGATTGAAAGGCATTTCACGCTTCTAATATTGTTTT
* * * *
51091 TCCTCTTTTTTCCGAATTAATTTCTAA-AAAA-CGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAA-AAA
378 TCCTATTTTTT--GAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACAAA
* * * * * * * * *
51153 TCCTTAAATTCC-ATGTGGTTGAGATTTAGCTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAATCTTGGTG
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** * *
51217 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCTTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAAAAAAAACTGTG
505 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGTTTTTAG-C-----CAAAAACCGTG
** * * * *
51282 ATGGATTGTACACAATTTT-GACTAAAATTTTGCAAAAATTGTCCCGAAAAAATTTTCCTCAATT
564 ATGGAAAGTACAC-GTTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAAAAATTTTCCTCAATT
*
51346 TTTGGCCACTATACTTGCAAATATATAT
628 TTTGGCCATTATACTTGCAAATATATAT
* * * * ** *
51374 GTAATTCAATGCCAAAAATATTGAAAGGCATTTCACGCTTCTAACCTCGTTTTCCCT-TTTTTTG
1 ATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTG
* * * * *
51438 AATTAATTTTTATTAAAATCAAAACAA-AATTCTGATGCCCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAA
66 AATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTTC-GATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAA
* * * *
51502 TGTAGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATCGATATTTCAAGGAGTATTAGTGCCAAAAATCATGCA
130 TGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTAGAGCCAAAAATCATGCA
* * * *
51567 AAATTGAGCTGGGGTCCCGAAACGCGTTTTTAG-CAAAAAAAAATTGTGAATGTTAGTACAAGAT
195 AAACTGAGCTGGGGT-CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAATTGTG-ATG--AGT-TAGGAT
* * * *
51631 TTTGGTTAGAATATTGCAAAAATTTACCCGAAAGGTTTTTCATCAATTTTTAACCATTGCTCTCA
255 TTTGGTTAAAATATTGCAAAAA-TTACCCGAAA-GATTTTCATCAATTTTTAACCATT-AT-TTA
* * *
51696 TAAAATATATATAATTCAACGTCAAAAAGATTGAAAGTCATTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTC
316 TAAAAGATATATAATTCAACG-CCAAAAGATTGAAAGGCATTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTC
*
51761 CTATTTTTTTTGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTTCGATGCTCGTAAAAACAAATC
380 CTA--TTTTTTGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACAAATC
51826 ATTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGTTTTTTCAAGGAGTCTTGGCGCCA
443 ATTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGTTTTTTCAAGGAGTCTTGGCGCCA
* * *
51891 AAAATCATACAAAACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACGGTGATGGAAAGT
508 AAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGAAAGT
*
51956 ACACGTTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGGAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCATT
573 ACACGTTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCATT
*
52021 ATA-TTCGTGAAA-A-ATAT
638 ATACTT-G-CAAATATATAT
* * *
52038 ATAATTCAATGCCAAATAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTCG
1 ATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTG
*
52103 AATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTTCGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAAT
66 AATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTTCGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAAT
* * * * * * * * *
52168 GTACCTGAAATATGGCTAGATGAATATAGTTTTTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATAATGCAA
131 GTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTAGAGCCAAAAATCATGCAA
* * ** * * *
52233 AACTGAGTTAGGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAACCGTGATGAGTTAGGGTCTCGG
196 AACTGAGCTGGGGTC-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAATTGTGATGAGTTAGGATTTTGG
* * * ** *
52298 CTAAAATGTTGC-AAAATTGACCCGGAAA-ATTTTCCTCAATTTTTGGCCACTATATTTGTGAAA
260 TTAAAATATTGCAAAAATT-ACCC-GAAAGATTTTCATCAATTTTTAACCA-T-TATTTAT-AAA
* * * * * *
52361 A-ATATATAATTAAATGCCAAAGAGAATGAAAGGCATTTCACACCTCTAATATCGTTTTTCCTAT
320 AGATATATAATTCAACGCCAAA-AGATTGAAAGGCATTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTAT
*
52425 TTTTTGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACAAATTATTAAA
384 TTTTTGAATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAA
52490 TCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGTTTTTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATC
449 TCCAATGTAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGTTTTTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATC
* * *
52555 ATGCAAAACTGAGTTGGCGTCTTCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGAAAGTACACGT
514 ATGCAAAACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGAAAGTACACGT
52620 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCATT
579 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCATT
Statistics
Matches: 1127, Mismatches: 145, Indels: 77
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
658 246 0.22
659 4 0.00
660 70 0.06
661 14 0.01
662 20 0.02
663 3 0.00
664 59 0.05
665 217 0.19
666 20 0.02
667 2 0.00
668 174 0.15
669 147 0.13
670 51 0.05
671 97 0.09
672 2 0.00
673 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (655 bp):
ATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAAGGCATTTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTG
AATTAATTTTTAATAAAATCAAAACAAGATTTCGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAAT
GTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTAGAGCCAAAAATCATGCAA
AACTGAGCTGGGGTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAATTGTGATGAGTTAGGATTTTGGT
TAAAATATTGCAAAAATTACCCGAAAGATTTTCATCAATTTTTAACCATTATTTATAAAAGATAT
ATAATTCAACGCCAAAAGATTGAAAGGCATTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTGA
ATTAATTTATAATAAAATCAAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATG
TAGCTGAAATTTGGCTAGATGAATATAGTTTTTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
ACTGAGTTGGGGTCTTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGAAAGTACACGTTTTCGGC
TAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCATTATACTTGCAAATA
TATAT
Done.