Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014533.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14554, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* ** * *
1 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGCTCAAGTTTTTTAGGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAA
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* * * * * *
66 ATATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAGCCAGATTGGATTTATGGATTTGGTTTTACGAGCATT
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* * * * * * * *
131 TCAATCCGATTTAGATTTACTTAGAAATTAATTCGGAAAAGATAGATATAAAAAACAATATCAGA
130 TGAATCTGATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTCGG-AAA-A-A-ATAGAAAAAACAATATTAGA
* * * *
196 AGTGTGAGA-AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATAG-GAGCC
191 AGCGTGAGATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATCGTG-GCC
** * * ** ** *
259 GGAAATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTTAATTTTCGCAAAATTTTAACTAAAATCGTGTACTGACT
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324 ATCACGGTTTTTGA
320 ATCACGGTTTTTGA
* ** * * * * * **
338 CTAAAAACGCGCTCTAGAGCCCTGGCTCAGCTTTGCACGATTTTTGGCGCCAACTCTCATTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGATCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
* *
403 TATCTATATCTATCTAACCAAATCTTA-CCTACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATA
66 TATCTATATCTATCTAACCAAATCTCAGCC-ACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATA
* * ** **
467 TGAATCATG-TTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGAGAAAATAGGGAAAATGATATTAGAAGC
130 TGAATC-TGATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAACAATATTAGAAGC
* *
531 GTGA-ATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGTGGTCAAAA
194 GTGAGATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATCGTGGCCAAAA
* * *
595 ATTCAGGA-AAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACTAT
259 ATTGAGGAGAAATT-TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATC-GTGTACTAACTAT
* *
659 CACGATTTTTGG
322 CACGGTTTTTGA
* * ***
671 CTAAAAACGTGTTCCGGATACCTAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGATCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
* * * * ** * *
736 TATCTATTTTTATCTAACGAAATCTCAGCCACATTGGGTTTAAAAATTTGGTTTTACGAGCATCT
66 TATCTATATCTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAT
* * * * * * * *
801 CAATCCGATTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGTAAAAAATAGAAAAAACAATATCAGAAGTGT
131 GAATCTGATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAACAATATTAGAAGCGT
* * * * * **
866 GAGAT-GCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATTTTTTTTATGAATATAGTGGCCGGAAAT
196 GAGATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATCGTGGCCAAAAAT
* ** * *
930 TGAGGAGAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACTAAAATCGTGTACTAACCATCAGG
261 TGAGGAGAAATTTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACG
995 GTTTTTGA
326 GTTTTTGA
*** * * * * *
1003 CTAAAAACGCGTTCTAAAGCCCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTAGCGCCACGTCTCATTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGATCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
* * * *
1068 TATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTTGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAT
66 TATCTATATCTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAT
* * ** * *
1133 GAATCATG-TTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAATAGCGAAAACGATATTAGAAGTG
131 GAATC-TGATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAACAATATTAGAAGCG
* * *
1197 TGA-TTAGCCTTTTTAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGTGGCCAAAA
195 TGAGATAGCC-TTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATCGTGGCCAAAA
* * *
1261 ATAGAGGA-AAATTCATTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACTAT
259 ATTGAGGAGAAATT-TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATC-GTGTACTAACTAT
1325 CACGGTTTTTGA
322 CACGGTTTTTGA
* * * * *
1337 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCGAAGACTCATTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGATCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
* ** * * * *
1402 TATCTATATTTATCTAACGTAATCTCAGCCACATTGAATTGAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCT
66 TATCTATATCTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAT
* * * * *
1467 CAATCCGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAAAAACAATATCAGAAG
131 GAATCTGATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAG---AAAAAACAATATTAGAAG
* * * * **
1532 TGTGAGA-AGTAC-TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATAGTGGCCGG
193 CGTGAGATAG-CCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATCGTGGCCAA
* * ** * *
1595 AAATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTTAATTTTCGCAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAACCAT
257 AAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTAT
1660 CACGGTTTTTGA
322 CACGGTTTTTGA
* *** * ** * * * *
1672 CTAAAAACGCGCTCTAAAGCCATGGCTCAGCTTTGCACGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGATCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
* * * *
1737 TGTCTATATCCATCTAACCAAATCTTAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTCTTTACGAGCATAT
66 TATCTATATCTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAT
* ** *
1802 GAATCATG-TTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAACT-GGGAAAACGATATTAGAAGC
131 GAATC-TGATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAA-TAGAAAAAACAATATTAGAAGC
* * * * * *
1865 GTTA-ATAGCCTTCCAATCTTTTTGGTGGTGAATTATATATTTTTTAAGAGTATCGTGGTCAAAA
194 GTGAGATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATCGTGGCCAAAA
* * * **
1929 ATTGAGGA-AAATTCCTTCGGGTCAACTATTACAAAATTTTAGGCGAAATCGGTGTACTAACTAT
259 ATTGAGGAGAAATT-TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATC-GTGTACTAACTAT
*
1993 CACGGTTTTTGG
322 CACGGTTTTTGA
*
2005 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGATCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
* * * * * *
2070 TATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCC
66 TATCTATATCTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT-A
* * * * * * *
2135 T-AATCCGATTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGTAAAAAATAGAAAAAAAACAATATCAAAAG
130 TGAATCTGATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAG--AAAAAACAATATTAGAAG
* * * * * * * *
2199 TGTGAGATGGCC-TTCAATTTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTCTTATCAATATAGTGGCCGAA
193 CGTGAGATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATCGTGGCCAAA
* * *
2263 AATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAACTGAAATC--G---------TC
258 AATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATC
2317 ACGGTTTTTGA
323 ACGGTTTTTGA
* * * * * * *
2328 CTAAAAACGGGTTCTGGAGCCCCGGCTAAGCTTTGCACGA-TTTTTGACGCCAAGTCTCATTGAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGATCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTG-CGCCAAGACTCATTGAA
* * * *
2392 ATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTGGATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATA
65 ATATCTATATCTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATA
* * **
2457 TGAATCAT-ATTTCGGTTCAATT-AAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAAGGATATTAGAAGC
130 TGAATC-TGATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAACAATATTAGAAGC
* * * * **
2520 GTGA-TTAGCCTTTCAATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGTGGTAAAAA
194 GTGAGATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATCGTGGCCAAAA
* *
2584 ATTGA-G-GAAATTTCATTCTGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACTA
259 ATTGAGGAGAAATTT--TTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATC-GTGTACTAACTA
*
2647 TCACGGTTTTTGG
321 TCACGGTTTTTGA
* * *
2660 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTCCGTCAAGACTCATTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGATCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
* * * * * *
2725 TATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAACCACATTGGATTTGAGGATTTGGTTTTACGAGCATCT
66 TATCTATATCTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAT
* * * *
2790 CAAT-TCGATTTCGTTTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAAAAACAATATTAGAA
131 GAATCT-GATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAG---AAAAAACAATATTAGAA
* * * **
2854 TCGTGAGA-AGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATGGTGGCCGG
192 GCGTGAGATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATCGTGGCCAA
* * * * * *
2918 AAATTAAGGAGAAATGTTTCGTGACAATTTTTGCAAAATTTTAGCC-ATAATCGTG---------
257 AAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGA-AATCGTGTACTAACTA
2973 T-A-------T--
321 TCACGGTTTTTGA
* * * * * *
2976 -TAAAAACGTGTTTCGAGAT-CCCGGCTCTGTTTTGCCTGA-TTTTTGACGCCAAGTCTCACTGA
1 CTAAAAACGCGTTCCG-GATCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTG-CGCCAAGACTCATTGA
* *
3038 AATATCTATATCCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
64 AATATCTATATCTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
* * * * ** *
3103 TTGAATCATG-TTTC-AATCTAATTAAGAATTAATTCGG-AAAAATAGGAAATCCGATATTAGAA
129 ATGAATC-TGATTTCGATTC-AATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAACAATATTAGAA
* * * * * * **
3165 ACGTGA-AAAGCCTTTCAATCTTTTTGATATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCATGGTAAA
192 GCGTGAGATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATCGTGGCCAA
* * * * *
3229 AAATTTAGGA-AATTTCTTTCGGGTAAATTTTTACAAAATTTTAATCGAAATCGTGTATTAAC-A
257 AAATTGAGGAGAAATT-TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTA
3292 TTCACGGTT
321 -TCACGGTT
3301 GTTGGTAACA
Statistics
Matches: 2412, Mismatches: 464, Indels: 185
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
310 4 0.00
311 104 0.04
312 1 0.00
314 14 0.01
315 128 0.05
316 3 0.00
317 1 0.00
318 8 0.00
319 5 0.00
320 95 0.04
321 1 0.00
322 27 0.01
323 133 0.06
325 1 0.00
326 1 0.00
330 1 0.00
331 14 0.01
332 524 0.22
333 539 0.22
334 177 0.07
335 267 0.11
336 307 0.13
337 50 0.02
338 7 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (333 bp):
CTAAAAACGCGTTCCGGATCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
TATCTATATCTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAT
GAATCTGATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAACAATATTAGAAGCGT
GAGATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATCGTGGCCAAAAAT
TGAGGAGAAATTTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACG
GTTTTTGA
Found at i:1819 original size:669 final size:666
Alignment explanation
Indices: 1--3305 Score: 4709
Period size: 669 Copynumber: 5.0 Consensus size: 666
** * *
1 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGCTCAAGTTTTTTAGGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGCTC-AGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAA
* * * *
66 ATATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAGCCAGATTGGATTTATGGATTTGGTTTTACGAGCATT
65 ATATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATC
* * * *
131 TCAATCCGATTTAGATTTACTTAGAAATTAATTCGGAAAAGATAGATATAAAAAACAATATCAGA
130 TCAATCCGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGA-AAAAAAAACAATATCAGA
196 AGTGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATAG-GAGCCG
194 AGTGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATAGTG-GCCG
* *
260 GAAATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTTAATTTTCGCAAAATTTTAACTAAAATCGTGTACTGACTA
258 GAAATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACTAAAATCGTGTACTAAC-A
* *
325 TCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGCTCTAGAGCCCTGGCTCAGCTTTGCACGATTTTTGGCGCCA
322 TCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGCTCTAAAGCCCCGGCTCAGCTTTGCACGATTTTTGGCGCCA
* * *
390 ACTCTCATTGAAATATCTATATCTATCTAACCAAATCTTACCTACATTGGATTTAAGGATTTGTT
387 AGTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTGGATTTAAGGATTTGTT
* * *
455 TTTATGAGCATATGAATCATGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGAGAAAATAGGGAAAATG
452 TTTACGAGCATATGAATCATGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATA-GGAAAACG
520 ATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATC
516 ATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATC
* *
585 GTGGTCAAAAATTCAGGAAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGT
581 GTGGTCAAAAATTGAGGAAAATTCATTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGT
*
650 ACTAACTATCACGATTTTTGG
646 ACTAACTATCACGGTTTTTGG
* * * ***
671 CTAAAAACGTGTTCCGGATACCTAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
* ** **
736 TATCTATTTTTATCTAACGAAATCTCAGCCACATTGGGTTTAAAAATTTGGTTTTACGAGCATCT
66 TATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCT
* *
801 CAATCCGATTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGTAAAAAATAG---AAAAAACAATATCAGAAG
131 CAATCCGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAAAAACAATATCAGAAG
* * *
863 TGTGAGATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATTTTTTTTATGAATATAGTGGCCGGAA
196 TGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATAGTGGCCGGAA
* *
928 ATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACTAAAATCGTGTACTAACCATCA
261 ATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACTAAAATCGTGTACTAA-CATCA
* * * * *
993 GGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCTAAAGCCCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTAGCGCCACGT
325 CGGTTTTTGACTAAAAACGCGCTCTAAAGCCCCGGCTCAGCTTTGCACGATTTTTGGCGCCAAGT
*
1058 CTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTTGATTTAAGGATTTGTTTTT
390 CTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
*
1123 ACGAGCATATGAATCATGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAATAGCGAAAACGATA
455 ACGAGCATATGAATCATGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAG-GAAAACGATA
* * *
1188 TTAGAAGTGTGATTAGCCTTTTTAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGT
519 TTAGAAGCGTGAATAGCC-TTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGT
* *
1253 GGCCAAAAATAGAGGAAAATTCATTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTAC
583 GGTCAAAAATTGAGGAAAATTCATTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTAC
*
1318 TAACTATCACGGTTTTTGA
648 TAACTATCACGGTTTTTGG
* * * *
1337 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCGAAGACTCATTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
* *
1402 TATCTATATTTATCTAACGTAATCTCAGCCACATTGAATTGAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCT
66 TATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCT
1467 CAATCCGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAAAAACAATATCAGAAG
131 CAATCCGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAAAAACAATATCAGAAG
**
1532 TGTGAGAAGTACTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATAGTGGCCGGAA
196 TGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATAGTGGCCGGAA
* *
1597 ATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTTAATTTTCGCAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAACCATCA
261 ATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACTAAAATCGTGTACTAA-CATCA
**
1662 CGGTTTTTGACTAAAAACGCGCTCTAAAGCCATGGCTCAGCTTTGCACGATTTTTGGCGCCAAGT
325 CGGTTTTTGACTAAAAACGCGCTCTAAAGCCCCGGCTCAGCTTTGCACGATTTTTGGCGCCAAGT
* * *
1727 CTCATTGAAATGTCTATATCCATCTAACCAAATCTTAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTCTTT
390 CTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
*
1792 ACGAGCATATGAATCATGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAACTGGGAAAACGATA
455 ACGAGCATATGAATCATGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAA-TAGGAAAACGATA
* * * *
1857 TTAGAAGCGTTAATAGCCTTCCAATCTTTTTGGTGGTGAATTATATATTTTTTAAGAGTATCGTG
519 TTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGTG
* * * *
1922 GTCAAAAATTGAGGAAAATTCCTTCGGGTCAACTATTACAAAATTTTAGGCGAAATCGGTGTACT
584 GTCAAAAATTGAGGAAAATTCATTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACT
1987 AACTATCACGGTTTTTGG
649 AACTATCACGGTTTTTGG
2005 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
* * *
2070 TATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAGCCAAATT-AGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATC
66 TATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAGCCACATTGA-ATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATC
* * *
2134 -CTAATCCGATTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGTAAAAAATAG-AAAAAAAACAATATCAAA
130 TC-AATCCGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAAAAACAATATCAGA
* * * * * * *
2197 AGTGTGAGATGGCCTTCAATTTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTCTTATCAATATAGTGGCCGA
194 AGTGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATAGTGGCCGG
* *
2262 AAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCAAGTTTT-GCAAAATTTTAACTGAAATC--G--------T
259 AAATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTCAA-TTTTCGCAAAATTTTAACTAAAATCGTGTACTAACAT
* * ** * *
2316 CACGGTTTTTGACTAAAAACGGGTTCTGGAGCCCCGGCTAAGCTTTGCACGATTTTTGACGCCAA
323 CACGGTTTTTGACTAAAAACGCGCTCTAAAGCCCCGGCTCAGCTTTGCACGATTTTTGGCGCCAA
*
2381 GTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTGGATTTAATGATTTGTTT
388 GTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
* *
2446 TTACGAGCATATGAATCATATTTCGGTTCAATT-AAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAAGGA
453 TTACGAGCATATGAATCATGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAGG-AAAACGA
* * *
2510 TATTAGAAGCGTGATTAGCCTTTCAATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCG
517 TATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCG
* * *
2575 TGGTAAAAAATTGAGGAAATTTCATTCTGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTA
582 TGGTCAAAAATTGAGGAAAATTCATTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTA
2640 CTAACTATCACGGTTTTTGG
647 CTAACTATCACGGTTTTTGG
* *
2660 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTCCGTCAAGACTCATTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
* * *
2725 TATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAACCACATTGGATTTGAGGATTTGGTTTTACGAGCATCT
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* * *
2790 CAATTCGATTTCGTTTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAAAAACAATATTAGAA-
131 CAATCCGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAAAAACAATATCAGAAG
* *
2854 TCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATGGTGGCCGGA
196 T-GTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATAGTGGCCGGA
* * * * * * * * * *
2919 AATTAAGGAGAAATGTTTCGTGACAATTTTTGCAAAATTTTAGCCATAATCGTGTATTAA-A-AA
260 AATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACTAAAATCGTGTACTAACATCA
* * * * * *
2982 C-G-TGTT---T-------CG----AGA-TCCCGGCTCTGTTTTGC-CTGATTTTTGACGCCAAG
325 CGGTTTTTGACTAAAAACGCGCTCTAAAGCCCCGGCTCAGCTTTGCAC-GATTTTTGGCGCCAAG
* * *
3029 TCTCACTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
389 TCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* ** * *
3094 TACGAGCATTTGAATCATGTTTC-AATCTAATTAAGAATTAATTCGG-AAAAATAGGAAATCCGA
454 TACGAGCATATGAATCATGTTTCGGTTC-AATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAA-ACGA
* * * * *
3157 TATTAGAAACGTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGATATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCA
517 TATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCG
* * * * * **
3222 TGGTAAAAAATTTAGGAAATTTCTTTCGGGTAAATTTTTACAAAATTTTAATCGAAATC-GTGTA
582 TGGTCAAAAATTGAGGAAAATTCATTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTA
* *
3286 TTAAC-ATTCACGGTTGTTGG
647 CTAACTA-TCACGGTTTTTGG
3306 TAACAAAGGA
Statistics
Matches: 2382, Mismatches: 222, Indels: 86
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
645 1 0.00
646 27 0.01
647 238 0.10
648 14 0.01
652 1 0.00
654 3 0.00
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658 1 0.00
659 1 0.00
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664 3 0.00
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670 24 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (666 bp):
CTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
TATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCT
CAATCCGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAAAAACAATATCAGAAG
TGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATAGTGGCCGGAA
ATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACTAAAATCGTGTACTAACATCAC
GGTTTTTGACTAAAAACGCGCTCTAAAGCCCCGGCTCAGCTTTGCACGATTTTTGGCGCCAAGTC
TCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
CGAGCATATGAATCATGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAACGATATT
AGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATCGTGGT
CAAAAATTGAGGAAAATTCATTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAA
CTATCACGGTTTTTGG
Found at i:5460 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 5430--5483 Score: 74
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
5420 TACTCCGTTC
*
5430 CTTTTTAATTATCTC-TTTCTCTTGTTT
1 CTTTTTAATTATC-CATTTCCCTTGTTT
*
5457 CTTTTTAATTGTCCATTTCCCTTGTTT
1 CTTTTTAATTATCCATTTCCCTTGTTT
5484 TCCAGAAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.04
27 23 0.96
ACGTcount: A:0.11, C:0.20, G:0.06, T:0.63
Consensus pattern (27 bp):
CTTTTTAATTATCCATTTCCCTTGTTT
Found at i:6413 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 6405--6445 Score: 64
Period size: 3 Copynumber: 13.7 Consensus size: 3
6395 TTAAACACAT
* *
6405 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA GTA ATT ATA AT
1 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA AT
6446 CAACTAGTAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 34 1.00
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.02, T:0.37
Consensus pattern (3 bp):
ATA
Done.