Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014546.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14567, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 1842--5279 Score: 4501
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1832 CGATTCAATG
* * * *
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** * * * * * *
1905 GGAAAACGATATTAGAAACT-TGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
66 AAAAAACGATATTAG-AAGTGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTTT
* * * ** * **
1969 -TTAGGTACTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAAATTTTCGGATCA-TGTTTTAGCCGAAATTTT
130 CTGA-GTACTGTGGCAAAAAATTTA-G-AAAAACTTTTTCGGGTCAGT-TTTTAGCCGAAATCAT
* * * * * * ** * *
2032 ATTCTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGTGTTCTGGAG-ACCTAACTTAATTTTGCATGCT
191 GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGA-TCAATTTTGCATGAT
* * * * *** * * * * *
2096 TTTTGGCAC-AAGACTTCTTGAATTATCTGTATTCATCGAATTAAATCTCAACCATATTGGATGT
255 TTTTGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATAT
*
2160 AAGG
320 AAGA
* * ** * *
2164 ATTTCTTTTTTA--AGCATCACAGTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AGAAAAAAT
1 ATTT-GTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAT
* ** * * *
2225 GGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAACCCGTCAATCTTTTT-GCCATTGAATTATATATTTTT
65 GAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCC-TTGAATTAAATATTTTT
* * * ** **
2289 TCTAAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAAAAC-CATTCGGGTCAGTTTTTAAGCCGAAATTG
129 TCTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAG---AAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTT-AGCCGAAATCA
* * ** * * ** * * * * * *
2353 TGTGCAAATTATCACGGTTTTAGGGTTAAAAACGCGTTTAGGGGTCCTGGCTCAGTTTTGAATGA
190 TGTACTAACCATCACGGTTTT-TGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGA
** * * * ** * * *
2418 TTTTTGGGAGAAAGACTCCTTGAAGTATCTATATTCATCTAATCAAATATCAACCACATT-AGTT
254 TTTTTGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGA-AT
*
2482 TTAAGA
318 ATAAGA
* * * * *
2488 ATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAGAAA-TAAATC-TAAAAAAAATG
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
* * * * * *
2551 AAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGCCTTAAAATATAT-TTTTGTT
66 AAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTT-TT
* * * * * * * * *
2615 ATGGGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAGAAACCTTTTCGAGTAAGTTTTTAGCCGAAATC--G---
130 CTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTAC
* * *
2675 ------T----G--TTTGGCTAAAAAAGCGTTCCGGAGCCTCGGCTCAA-TTTGCATGATTTTT-
195 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTTTTG
** * * *
2726 AGTGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGGGCCAAATGTCAGCAACATTGAATATAAGA
260 A-CACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
* *
2791 ATTTCTTTTTACGAATATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
* * *
2856 AAAAAATGATATTAGAAGCGTGTAAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTCT
66 AAAAAACGATATTAGAAGTGTGT--AAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTT
* * *
2921 TCTGAGTACTATGGCAAAAAATTTAGAAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTATGTA
129 TCTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTA
* * * *
2986 CTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGGATCAACTTTGCATTATTTTT
194 CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTTTT
* * * *
3051 GACATAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTAATCGAGCTAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
259 GACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
*
3116 ATTTGTTTTTAGGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
* **
3181 AAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAGCACGTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTAAATATTTTTTC
66 AAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTTTC
*
3246 TGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACT
131 TGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACT
* *
3311 AACCATAACGGTTTTTGGCTAAAAA-GACGTTCCGGAGCCCCAGATCAATTTTGCATGATTTTTG
196 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG-CGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTTTTG
*
3375 ACACAAAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
260 ACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
* *
3439 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCGTGATTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAAT
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAAAT
* * *
3504 G--AAAACGATATTAGAAGCGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCATTGACTTAAATATTTTTT
65 GAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTTT
* * *
3567 CTAAGTACTGTAGCAAAAAATTAAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTAC
130 CTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTAC
*
3632 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTACATGATTTTTG
195 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTTTTG
*
3697 ACACAAAGACTCC-TAAGAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
260 ACACAAAGACTCCTTGA-AATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
*
3761 ATTTGTTTTTACAAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAAA
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG---AAAAAAA
* * * *
3826 AAGAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAACCCGTTAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATTTT
63 ATGAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTT
* *
3891 TTCTGACTACTGTGACAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGT
128 TTCTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGT
* * * * *
3956 ACTAACCATTACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTCCGAAGACCCGGATGAATTTTGCATGATTTT
193 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTTT
*
4021 TGACACAAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAG
258 TGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAG
4086 A
323 A
4087 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
* *
4152 AAAAAACGATATCAGAAGAGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTTTC
66 AAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTTTC
*
4217 TGAGTACTATGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACT
131 TGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACT
* * * *
4282 AACCATCACGGTTTTTGGCTGAAAACACGTTCCGGAGCCCTGGATCAACTTTGCATGATTTTTGA
196 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTTTTGA
4347 CACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
261 CACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
*
4410 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAAAA
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAAAAA
* * *
4475 TGAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAGATATTTTT
64 TGAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTT
* *
4540 TCTGACTACTGTGGCAAAATATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTA
129 TCTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTA
* * *
4605 CTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAAGACCCGGATCAATTTTGCATGATTTTT
194 CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTTTT
* * * * * *
4670 GAAATAAAGACTCCGTGAAATATATAAATATTCATCGAGTCAAATGTCAGCTACATTGAATATAA
259 GACACAAAGACTCCTTGAAATATCT--ATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAA
*
4735 TA
322 GA
* * *
4737 ATTTATTTTTACAAGTATCTGAATCGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATT-GGAAAAAAAAT
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT-AATTCGGAAAAAAAAT
* **
4801 GAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAACCCGTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTAAATATTTTTT
65 GAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTTT
*
4866 CTGACTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTAC
130 CTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTAC
* * * *
4931 TAACCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTCCGAAGACCCGGATCAATTTTGCATGATTTTTA
195 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTTTTG
* *
4996 ACACAAATACTCCTTCAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
260 ACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
*
5060 ATTTGTTTTTACGAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
* *
5125 AAAAAACGATATCAGAAGAGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTTTC
66 AAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTTTC
* *
5190 TGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCATGTACT
131 TGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACT
5255 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
196 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
5280 TG
Statistics
Matches: 2779, Mismatches: 276, Indels: 121
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
303 101 0.04
304 29 0.01
305 33 0.01
307 80 0.03
308 3 0.00
309 1 0.00
311 1 0.00
318 1 0.00
320 6 0.00
321 126 0.05
322 349 0.13
323 870 0.31
324 112 0.04
325 682 0.25
326 295 0.11
327 86 0.03
328 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (323 bp):
ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
AAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTTTC
TGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACT
AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTTTTGA
CACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
Found at i:3476 original size:648 final size:647
Alignment explanation
Indices: 1842--5279 Score: 4526
Period size: 648 Copynumber: 5.3 Consensus size: 647
1832 CGATTCAATG
* * * *
1842 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTATTTAGAAATTAATT-GG-GAAAAAATG
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
** * * * *
1905 GGAAAACGATATTAGAAACT-TGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
66 AAAAAACGATATTAG-AAGTGTGTAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTT
* * * * * **
1969 -TTAGGTACTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAAAT-TTTCGGATCA-TGTTTTAGCCGAAATTT
130 CTGA-GTACTGTGGCAAAAAATTTA-G--AAAAACTCTTTCGGGTCAGT-TTTTAGCCGAAATCA
* * * * * ** * *
2031 TATTCTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGTGTTCTGGAGA-CCTAACTTAATTTTGCATGC
190 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGACCCGGA-TCAATTTTGCATGA
* * * * *** * * * * *
2095 TTTTTGGCAC-AAGACTTCTTGAATTATCTGTATTCATCGAATTAAATCTCAACCATATTGGATG
254 TTTTTGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATA
* * * ** * *
2159 TAAGGATTTCTTTTTTA--AGCATCACAGTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AGAA
319 TAAGAATTT-GTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA
* * * *
2220 AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCATG-AAAAACCCGTCAATCTTTTT-GCCATTGAATTATAT
383 AAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGTAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCC-TTGAATTAAAT
* * * **
2283 ATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAAAAC-CATTCGGGTCAGTTTTTAAGCCG
447 ATTTTTTCTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAG---AAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTT-AGCCG
** * * ** * * ** * * * * *
2347 AAATTGTGTGCAAATTATCACGGTTTTAGGGTTAAAAACGCGTTTAGGGGTCCTGGCTCAGTTTT
508 AAATCATGTACTAACCATCACGGTTTT-TGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTT
* ** * * * * ** * *
2412 GAATGATTTTTGGGAGAAAGACTCCTTGAAGTATCTATATTCATCTAATCAAATATCAACCACAT
572 GCATGATTTTTGACACAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACAT
* *
2477 T-AGTTTTAAGA
637 TGA-ATATAAGA
* * * * *
2488 ATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAGAAA-TAAATC-TAAAAAAAATG
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
* * * * * *
2551 AAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAAGCCCGTCAATATTTTTGGCCTTAAAATATAT-TTTTGT
66 AAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAA-CCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTT-T
* * * * * * * *
2614 TATGGGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAGAAAC-CTTTTCGAGTAAGTTTTTAGCCGAAATC--G-
129 TCTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTC-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGT
* *
2675 --------T----G--TTTGGCTAAAAAAGCGTTCCGGAG-CCTCGGCTCAA-TTTGCATGATTT
193 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGACC-CGGATCAATTTTGCATGATTT
** * * *
2724 TT-AGTGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGGGCCAAATGTCAGCAACATTGAATATA
257 TTGA-CACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATA
* *
2788 AGAATTTCTTTTTACGAATATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAA
321 AGAATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAA
*
2853 ATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGTAAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATT
386 ATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGT-AAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATT
* * * *
2918 TCTTCTGAGTACTATGGCAAAAAATTTAGAAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTAT
450 TTTTCTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCAT
* * * *
2983 GTACTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGGATCAACTTTGCATTATT
515 GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATT
* * *
3048 TTTGACATAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTAATCGAGCTAAATGTCAGCCACATTGAATATA
580 TTTGACACAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATA
3113 AGA
645 AGA
*
3116 ATTTGTTTTTAGGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
* * *
3181 AAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAGCACGTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTAAATATTTTTTC
66 AAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTC
3246 TGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACT
131 TGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACT
* * *
3311 AACCATAACGGTTTTTGGCTAAAAA-GACGTTCCGGAGCCCCAGATCAATTTTGCATGATTTTTG
196 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG-CGTTCCGGAGACCCGGATCAATTTTGCATGATTTTTG
*
3375 ACACAAAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGAA
260 ACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGAA
* *
3440 TTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCGTGATTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAATG
325 TTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAAATG
* *
3505 --AAAACGATATTAGAAGCGTGT-AAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCATTGACTTAAATATTTTTT
389 AAAAAACGATATTAGAAGCGTGTAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTTT
* * *
3567 CTAAGTACTGTAGCAAAAAATTAAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTAC
454 CTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTAC
*
3632 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTACATGATTTTTG
519 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTTTTG
*
3697 ACACAAAGACTCC-TAAGAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
584 ACACAAAGACTCCTTCA-AATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
*
3761 ATTTGTTTTTACAAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAAA
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG---AAAAAAA
* * *
3826 AAGAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAACCCGTTAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATTTT
63 ATGAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTT
* * *
3891 TTCTGACTACTGTGACAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGT
128 TTCTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGT
* * * *
3956 ACTAACCATTACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTCCGAAGACCCGGATGAATTTTGCATGATTTT
193 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGACCCGGATCAATTTTGCATGATTTT
*
4021 TGACACAAAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAG
258 TGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAG
4086 AATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAT
323 AATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAT
* *
4151 GAAAAAACGATATCAGAAGAGTGT-AAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTT
388 GAAAAAACGATATTAGAAGCGTGTAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTT
*
4215 TCTGAGTACTATGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTA
453 TCTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTA
* * * *
4280 CTAACCATCACGGTTTTTGGCTGAAAACACGTTCCGGAGCCCTGGATCAACTTTGCATGATTTTT
518 CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTTTT
*
4345 GACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
583 GACACAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
*
4410 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAAAA
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAAAAA
*
4475 TGAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAGATATTTTT
64 TGAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTT
* * *
4540 TCTGACTACTGTGGCAAAATATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTA
129 TCTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTA
* *
4605 CTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAAGACCCGGATCAATTTTGCATGATTTTT
194 CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGACCCGGATCAATTTTGCATGATTTTT
* * * * * *
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259 GACACAAAGACTCCTTGAAATATCT--ATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAA
* * * *
4735 TAATTTATTTTTACAAGTATCTGAATCGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATT-GGAAAAAAA
322 GAATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT-AATTCGGAAAAAAA
* **
4799 ATGAAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAA-CCCGTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTAAATATTT
386 ATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGTAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTT
*
4863 TTTCTGACTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATG
451 TTTCTGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATG
* * *
4928 TACTAACCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTCCGAAGACCCGGATCAATTTTGCATGATTT
516 TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTT
* *
4993 TTAACACAAATACTCCTTCAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAA
581 TTGACACAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAA
5058 GA
646 GA
*
5060 ATTTGTTTTTACGAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
1 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
* * * *
5125 AAAAAACGATATCAGAAGAGTGTAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTTTC
66 AAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTC
*
5190 TGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCATGTACT
131 TGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACT
5255 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
196 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
5280 TG
Statistics
Matches: 2486, Mismatches: 245, Indels: 120
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
626 20 0.01
627 72 0.03
628 163 0.07
629 38 0.02
630 148 0.06
631 8 0.00
632 57 0.02
633 4 0.00
641 1 0.00
643 4 0.00
644 22 0.01
645 284 0.11
646 110 0.04
647 59 0.02
648 798 0.32
649 304 0.12
650 387 0.16
651 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (647 bp):
ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG
AAAAAACGATATTAGAAGTGTGTAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTC
TGAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACT
AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGACCCGGATCAATTTTGCATGATTTTTGA
CACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGAAT
TTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATGAA
AAAACGATATTAGAAGCGTGTAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTAAATATTTTTTCT
GAGTACTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTA
ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGATCAATTTTGCATGATTTTTGAC
ACAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGA
Done.