Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014554.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14575, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 31038
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Found at i:11072 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 11032--11095 Score: 101
Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
11022 TCGGATTTGC
*
11032 TATTATTTTCTGCACTGTTTAATTAATTTCTAT
1 TATTATTTTCTGCACTGTATAATTAATTTCTAT
* *
11065 TATTATTTTCTGTACTGTATAATTAGTTTCT
1 TATTATTTTCTGCACTGTATAATTAATTTCT
11096 TTCTATGATC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 28 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.11, G:0.08, T:0.58
Consensus pattern (33 bp):
TATTATTTTCTGCACTGTATAATTAATTTCTAT
Found at i:11253 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 11210--11282 Score: 137
Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 34
11200 ATATAATACT
11210 AAATCTTTATATGTTCCAACTTTTTATTCAAACA
1 AAATCTTTATATGTTCCAACTTTTTATTCAAACA
*
11244 AAATCTTTATATGTTCCTACTTTTTATTCAAACA
1 AAATCTTTATATGTTCCAACTTTTTATTCAAACA
11278 AAATC
1 AAATC
11283 GGTAAAATCA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 38 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (34 bp):
AAATCTTTATATGTTCCAACTTTTTATTCAAACA
Found at i:11857 original size:80 final size:83
Alignment explanation
Indices: 11718--11884 Score: 259
Period size: 80 Copynumber: 2.0 Consensus size: 83
11708 CCTTTCTTCT
*
11718 TGGTCCATTATAGGATACATATATTTATTCATTTATTTATTATTTATAGTTGCCATCTTAAAACA
1 TGGTCCATTATAGGATACA-ATATTTATTCATTTA-TTA-TATTTATAGTTGCCATCTTAAAAAA
11783 ATAATGCTCAAAAGCACTTAA
63 ATAATGCTCAAAAGCACTTAA
*
11804 TGGTCCATTATAGGATAC-ATATTTATTCATTTA-TA-ATTTATAGTTGCCGTCTTAAAAAAATA
1 TGGTCCATTATAGGATACAATATTTATTCATTTATTATATTTATAGTTGCCATCTTAAAAAAATA
*
11866 ATGCTCGAAAGCACTTAA
66 ATGCTCAAAAGCACTTAA
11884 T
1 T
11885 AATTAGTTAA
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 3, Indels: 6
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
80 43 0.55
82 2 0.03
84 15 0.19
86 18 0.23
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (83 bp):
TGGTCCATTATAGGATACAATATTTATTCATTTATTATATTTATAGTTGCCATCTTAAAAAAATA
ATGCTCAAAAGCACTTAA
Found at i:15186 original size:199 final size:198
Alignment explanation
Indices: 14838--16190 Score: 1626
Period size: 198 Copynumber: 6.8 Consensus size: 198
14828 AACGATCTGA
* * * * * *
14838 TTAGTAGACTGCACGTGC-AGGATTTAGGGGTTGACAGGTGTCCCCTTACGGAATATGTATTAAT
1 TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGA-TTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAAT
* * * * *
14902 ATTTAATATTTAATTAATTATGAAATGAGTTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTACGGAGTCCA
65 ATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCA
* * * *
14967 AAATTTACACTAATAGTGTATCGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATGCAATACACAGTCAGT
130 AAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACAC-GTCAGT
15032 GGAGT
194 GGAGT
* *
15037 TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGATTAATGGTTGACATGTATCCCTTTAGGGAATATGTATTAATA
1 TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGATTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATA
* ** *
15102 TTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCGACTTCTTAACCTACTTATGAAGTCCAA
66 TTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAA
* *
15167 AATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTCAGTG
131 AATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACA-CGTCAGTG
15232 GAGT
195 GAGT
* *
15236 TTAGCAGACTGCACATGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCC-TTATGGAATATGT
1 TTAGCAGACTGCACGTGCGGGG----A--TTAAGGGTTGACATGTGT-CCCTTTAGGGAATATGT
* * *
15300 ATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGAAATGGGGTATGTGCCAACTTCTTAACCCGTTTACGG
59 ATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGG
* * *
15361 AGTCTAAAATTTATACTCACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATAC-CG
124 AGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACG
* * *
15425 ATTAGTAGATT
189 -TCAGTGGAGT
* ** * *
15436 TTAGCAGATTGCACGTGC-AAGATTTAAGCGTTGACATGTGTTTCC-TTAGGGAATATGTATTAA
1 TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGA-TTAAGGGTTGACATGTG-TCCCTTTAGGGAATATGTATTAA
* * ** * *
15499 TATTAAATATATAATCAATTATGAAATAAGATATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGT-C
64 TATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCC
* * **
15563 ATAAATTTATACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATGTAATACACAGTCA
129 A-AAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACAC-GTCA
15628 GTGGAGT
192 GTGGAGT
* * * *
15635 TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAGCGAATATGTATTAATA
1 TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGATTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATA
* *
15700 TTAAATATTTAATT-ATTATGAAATTGGGTATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAA
66 TTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAA
* * **
15764 AATTTACGCTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAA-AAAAAGTTATACAATATTCGTCAGTG
131 AATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAA-TTATACAATACACGTCAGTG
*
15828 GATT
195 GAGT
* * *
15832 TTAACAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGT-CCTCTTAGGGAATATGTATTAAT
1 TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGATTAAGGGTTGACATGTGTCCCT-TTAGGGAATATGTATTAAT
* * * * * *
15896 AATT-TATATCTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAGCTTCTTAACCCAG-TTATAGAGTT
65 -ATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCC-GCTTATGGAGTC
* *
15959 CAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA-AAAAATTATACAACACACCGTCA
128 CAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACA-CGTCA
*
16023 CTGGAGT
192 GTGGAGT
* ** * *
16030 TTAGCAGACTGCATGTGCATGGTTTAAGGGTTGATATGTGT-CCTCTTAGGGAATATG-ATTAAT
1 TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGATTAAGGGTTGACATGTGTCCCT-TTAGGGAATATGTATTAAT
* * * * * *
16093 ATCAAATATTTAATCAATTATGAAATGAGATATGTGTTAACTTCATAACCCGCTTATGGAGTCCA
65 ATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCA
*
16158 AAATTTACATTGACAGTGTATTTGTATAATAAT
130 AAATTTACACTGACAGTGTA-TTGTATAATAAT
16191 TCTTATTATA
Statistics
Matches: 999, Mismatches: 125, Indels: 61
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
194 45 0.05
195 2 0.00
196 6 0.01
197 164 0.16
198 342 0.34
199 268 0.27
200 29 0.03
201 96 0.10
203 2 0.00
205 42 0.04
206 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (198 bp):
TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGATTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATA
TTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAA
AATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACGTCAGTGG
AGT
Done.