Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014558.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14579, whole genome shotgun sequence
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Alignment explanation
Indices: 300--3645 Score: 4923
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290 CGTGTACTAA
* * * * *
300 CAACCGTCACGG-TTTTTGACTAAAAATGCATTAC-GGGC-CACAGCTCTGTTTTGCATGATTCT
1 CAACCATCACGGTTTTTTG-CTAAAAATGCGTTCCGGGGCTC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTCT
* * * *
362 TGGCGCCAAGACTCCTT-ATATTATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTAGATTTAA
64 TGGCGCCAAGACTCATTGA-AATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAA
* * * ** * * *
426 TGATTTGTTTTCACGAGCATATAAATCTTGTTTTGATTTAAATAGAAATTAATTCAGAAAAAACA
128 GGA-TT-TTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACT
*
491 AG-AAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAATTGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
191 AGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
** * *
555 TGTGGGTATTTTGG-CAAACAATTGA-GAAAAAAA-TTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTG
256 CATGAGTATTTTGGCCAAA-ATTTGAGGAAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTG
* * * *
617 TATTTATCATCACGATTTTTGGCTAAAAATGCATTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
320 TATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* *
682 TTGACGCCAAGACTCCTTGAAGTATCTATATTAATTTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAA
385 TTGACGCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAA
* *
747 GGATTTATTTTTACGAACATCTAAATCTTGTTTCGATTAATTAGAAGTTAGCTCCGGAGAAAATT
450 GGATTTATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTAGAAGTTAGCTCCGGAAAAAATT
812 AGGAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGTGTTGAATTATATATTTTT
515 AGGAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGTGTTGAATTATATATTTTT
*
877 ACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAAATTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
580 ACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* *
941 CAACCATCACGGTTTTTTGCTAAATATGCGTTCCGGGGCTCCGGCACAGTTTTGCATGATTCTTG
1 CAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTCTTG
* *
1006 GTGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATT-AGTTTAACCAAATCTCATCCACATTAGATTTAAGG
66 GCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCA-TTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGG
1070 A-TTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAA
130 ATTTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAA
*
1134 AAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCATCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCATG
195 AAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCATG
*
1199 AGTATTTTGGCCAAAATTTGAGG-AAAAACTTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTA
260 AGTATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTA
* *
1263 ACCATCACGGTTTTTGGCTAAGAATGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTGTTGCATGATTTTTGAC
325 ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGAC
* *
1328 GCCAACACTCCTTAAAGCATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGATT
390 GCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGATT
1393 TATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTAGAAGTTAGCTCCGGAAAAAATTAGGAA
455 TATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTAGAAGTTAGCTCCGGAAAAAATTAGGAA
* * **
1458 AATTGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATGCTTTTACGAG
520 AATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTACGAG
* * * * *
1523 TATTTTAGCCAAAATTTGAGTAAAAAAATTACAGCCCACTTTTAGACGAAGTCGTGTAC
585 TATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * * * * *
1582 CAACCATCACGGTTTTTTTTGCTAAAAATGCATTCCGGGACACCAGCTCAATTTTGCATAATTCT
1 CAACCATCACGG--TTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTCT
*
1647 TGGCGCAAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAG
64 TGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAG
1712 GATTTTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAG------A--T--AAAAAACTAG
129 GA-TTTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAG
1767 AAAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCA
193 AAAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCA
* * * *
1832 AGAGTATGTTAGCCAAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTA
258 TGAGTATTTTGGCC-AAAATTTGAGGAAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTA
* *
1897 TTAACCATCACGTTTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTCCATGATTTT
322 TTAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
1962 TGACGCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAAG
386 TGACGCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAAG
* **
2027 GATTTATTTTTACGAACATGTGAATCTTGTTTCGATTAATTCTAAGTTAGCTCCGGAAAAAATTA
451 GATTTATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTAGAAGTTAGCTCCGGAAAAAATTA
*
2092 GGAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAAAACCCTTCAATC-TTTTCGGTGTTGAATTATATATTT
516 GGAAAATCGATATTAGAAAAGTG--AAAAGCCCTTCAATCATTTT-GGTGTTGAATTATATATTT
* ** * *
2156 TTACGAGTATTTTAACCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAATCCAATTTTATCCGAAATGGTGTA
578 TTACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
2221 C
643 C
* *
2222 CAACCATCACGGTTTTTTTTTGATAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGTCAT-AGTTTTGCATGATT
1 CAACCATCACGG---TTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGC-TCAGTTTTGCATGATT
*
2286 CTTGGCGCTAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTA
62 CTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTA
* *
2351 AGGATTTTTTTTTTCACGAGCATCTAAATATTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAA
127 AGGA----TTTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAA
*
2416 ACTAGAAAAAAGCGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATAT
188 ACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATAT
*
2481 TTTCATGAGTATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATAG
253 TTTCATGAGTATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCG
* * *
2546 TGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
318 TGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
2611 TTTTGACGCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTG
383 TTTTGACGCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTG
* ** *
2676 AAGGAATTATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTCTAAGTTAGCTCTGGAAAAAA
448 AAGGATTTATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTAGAAGTTAGCTCCGGAAAAAA
*
2741 TTAGGAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTT
513 TTAGGAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGTGTTGAATTATATATTT
2806 TTACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGG-AAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
578 TTACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
2870 C
643 C
* * * * *
2871 CAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGACTCCAGCTCAATTTTGAATAATTCTTG
1 CAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTCTTG
*
2936 GCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCGACATTAGATTTAAGGA
66 GCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGA
*
3001 TATTTTTCACGAGCATCCGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAA
131 T-TTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAA
* * *
3066 AAAAACGATATTTGAAACGGTGTCAAGCCCTTCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCAT
195 AAAAACGATATTAGAAAC-GTGACAAGCCCTCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCAT
* * **
3131 GAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGTAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACG
259 GAGTATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATT
* * * * *
3196 AACTATCACAGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGACTAAGTTTTGCATTATTTTTGA
324 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGA
* * * * *
3261 TGCCAAGACTCTTTGAAGTATCTATATTAATCTAA-ATAAATCTCAACCACATCGGATTGAAGGA
389 CGCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACA-AATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGA
* * * * * * * **
3325 TTT-TTCTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAGTTAAAAATTA-TTCCGGGAAAAAGCT-
453 TTTATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGA-TTAATTAGAAGTTAGCTCC-GGAAAAAATTA
* ** * *
3387 GGAAAATCTATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAAT-ATTTTTGGTATTGAATTATATATTTTT
516 GGAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCA-TTTTGGTGTTGAATTATATATTTTT
* * * * ** *
3451 ACGTGTATTTTATCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCGGTCCAATTTTAGTTGAAATTGTGTAC
580 ACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * * *
3515 CAACCATCACGGTTCTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTG
1 CAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTCTTG
** * * ** * * *
3580 GCATCAAGACTCATTGAAACATCTATATTCATCTAATTAAATCTCGGCCACATTGGAGTTAAGGA
66 GCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGA
3645 T
131 T
3646 CTCTTTTTAC
Statistics
Matches: 2466, Mismatches: 195, Indels: 85
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
635 85 0.03
636 10 0.00
637 50 0.02
638 195 0.08
639 58 0.02
640 181 0.07
641 481 0.20
642 87 0.04
643 293 0.12
644 426 0.17
645 40 0.02
646 107 0.04
649 45 0.02
650 61 0.02
651 4 0.00
652 200 0.08
653 58 0.02
654 85 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (643 bp):
CAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTCTTG
GCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGA
TTTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAA
AAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCATGA
GTATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAA
CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACG
CCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGATTT
ATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTAGAAGTTAGCTCCGGAAAAAATTAGGAAA
ATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTACGAGT
ATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
Found at i:1392 original size:320 final size:322
Alignment explanation
Indices: 4--4279 Score: 3668
Period size: 321 Copynumber: 13.3 Consensus size: 322
1 GCT
* * * * *
4 CCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCACCAAAACTCATTGAAA-TATCTATATTCATCTAATCA
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT-AAAGTATCTATATTCATCTAACCA
* * * * *
68 AATCTCGGCCACATTGGAGTT-AAGGATCTCTTTTTACGAGCATCAGAAATC-GGTTTCGATTTA
65 AATCTCAGCCACATTGGA-TTGAAGGAT-TATTTTCACGAGCATCTG-AATCTTGTTTCGATTTA
* *
131 AATAGAAATTAATTTAGAAAAAA-TAGAAAAAAATGATATTA-AAAGCGTGAAAA-CTCCTTC-A
127 ATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAA-CGTGAAAAGC-CCTTCAA
* * * * * *** * **
192 ATTTTATTGGCGCTGAATTATATGTTTTTTATGAGTATTGTGGATTAAATTTGAGGAAATATCTT
190 ATGTT-TTGGCGTTGAATTATAT-ATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATT
* * *
257 TCG-GATCAATTTTTTTAAAATTATAACC-AGAATCGTGTACTAACAACCGTCACGGTTTTTGAC
253 TCGAG-TCAA-----TT----TT-TAGCCGA-AATCGTGTAC---CAACCATCACGGTTTTTGGC
*
320 TAAAAATGCATTAC--GGGCC
303 TAAAAATGCGTT-CTGGGGCC
* * * * * *
339 ACAGCTCTGTTTTGCATGATTCTTGGCGCCAAGACTCCTTATATTATCTATATTCATCTAACCAA
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTAAAGTATCTATATTCATCTAACCAA
* * * * * * * * *
404 ATTTCAGCCACATTAGATTTAATGATTTGTTTTCACGAGCATATAAATCTTGTTTTGATTTAAAT
66 ATCTCAGCCACATTGGATTGAAGGA-TTATTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* * * * *
469 AGAAATTAATTCAGAAAAAACAAG-AAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAATTGTT
130 AGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAAATGTT
* * * *
533 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTGTGGGTATTTT-GGCAAACAATTGA-GAAAAAAATTTCGAGT
195 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAA-ATTTGAGGAAAAAAATTTCGAGT
*** * * *
596 CAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTTATCATCACGATTTTTGGCTAAAAATGCATTCTGGGGCC
259 CAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCC
* * * *
660 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAGTATCTATATTAATTTAA-CAA
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTAAAGTATCTATATTCATCTAACCAA
* * * *
724 ATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGATTTATTTTTACGAACATCTAAATCTTGTTTCGA-TTAAT
66 A-TCTCAGCCACATTGGATTGAAGGA-TTATTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * *** * * * * *
788 TAGAAGTTAGCTCCGGAGAAAATTAG-GAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTC-AATC
129 TAGAAATTA-ATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAAAT-
* * * *
851 ATTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAAATTC-A
192 GTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCGA
* * * *
915 GCCCAA-TTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGGTTTTTTGCTAAATATGCGTTCCGGGG
257 G-TCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGG
*
979 CT
321 CC
* * * * *
981 CCGGCACAGTTTTGCATGATTCTTGGTGCCAAGACTCATTGAAA-TATCTATATT-AGTTTAACC
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT-AAAGTATCTATATTCA-TCTAACC
* * * *
1044 AAATCTCATCCACATTAGATTTAAGGA-T-TTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAAT
64 AAATCTCAGCCACATTGGATTGAAGGATTATTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * *
1107 TAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCATCCAAATGT
129 TAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAAATGT
* * **
1172 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTCATGAGTATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAACTTTTCGAGT
194 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCGAGT
** *
1237 CAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAGAATGCGTTCTGGGGCC
259 CAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCC
* * * * *
1301 CCGGCTCAGTGTTGCATGATTTTTGACGCCAACACTCCTTAAAGCATCTATATTAATCTAA-CAA
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTAAAGTATCTATATTCATCTAACCAA
* * *
1365 ATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGATTTATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGA-TTAAT
66 A-TCTCAGCCACATTGGATTGAAGGA-TTATTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * *** * * ** *
1429 TAGAAGTTAGCTCCGGAAAAAATTAG-GAAAATTGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTC-AATC
129 TAGAAATTA-ATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAAAT-
* * ** * * *
1492 TTTTTGGTGTTGAATTATATGCTTTTACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGTAAAAAAATTAC-A
192 GTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCGA
* * * * * * * *
1556 GCCCACTTTTAGACGAAGTCGTGTACCAACCATCACGGTTTTTTTTGCTAAAAATGCATTCCGGG
257 GTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGG--TTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGG
* *
1621 ACA
320 GCC
* * * * * * *
1624 CCAGCTCAATTTTGCATAATTCTTGGCGCAAAGACTCATTGAAA-TATCTATATTCATTTAACCA
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT-AAAGTATCTATATTCATCTAACCA
* * * *
1688 AATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATT
65 AATCTCAGCCACATTGGATTGAAGGATTATTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* *
1753 AG------A--T--AAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAAATGTT
130 AGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAAATGTT
* * * *
1808 TTGGCGTTGAATTATATATTTTCAAGAGTATGTTAGCCAAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGAG
195 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCC-AAAATTTGAGGAAAAAAA-TTTCGAG
** *
1873 TCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGTTTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGC
258 TCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGC
1938 C
322 C
* * * * *
1939 CCGGCTCAGTTTTCCATGATTTTTGACGCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAA-CAA
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTAAAGTATCTATATTCATCTAACCAA
* * * *
2003 ATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGATTTATTTTTACGAACATGTGAATCTTGTTTCGA-TTAAT
66 A-TCTCAGCCACATTGGATTGAAGGA-TTATTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
** * * *** * * * * *
2067 TCTAAGTTAGCTCCGGAAAAAATTAG-GAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAAAACCCTTC-AA
129 TAGAAATTA-ATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTG--AAAAGCCCTTCAAA
* * * *
2130 TCTTTTCGGTGTTGAATTATATATTTTTACGAGTATTTTAACCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTC
191 TGTTTT-GGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTC
* * * * *
2195 -AATCCAA-TTTTATCCGAAATGGTGTACCAACCATCACGGTTTTTTTTTGATAAAAATGCGTTC
255 GAGT-CAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGG---TTTTTGGCTAAAAATGCGTTC
* *
2258 CGGGGCT
316 TGGGGCC
* * * * *
2265 CCGTCAT-AGTTTTGCATGATTCTTGGCGCTAAGACTCATTGAAA-TATCTATATTCATTTAACC
1 CCGGC-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT-AAAGTATCTATATTCATCTAACC
* * * * * *
2328 AAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTTTTTTTTCACGAGCATCTAAATATTGTTTCAATTT
64 AAATCTCAGCCACATTGGATTGAAGGA---TTATTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * *
2393 AATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAGCGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAAA
126 AATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAAA
* *
2458 TGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCATGAGTATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTTC
191 TGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAA-TTTC
* * *
2523 GAGTCAATTTTTAGCCGAAATAGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGG
255 GAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGG
2588 GCC
320 GCC
* * * * *
2591 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAA-CAA
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTAAAGTATCTATATTCATCTAACCAA
* * *
2655 ATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGAATTATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGA-TTAAT
66 A-TCTCAGCCACATTGGATTGAAGG-ATTATTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
** * * * * * * * *
2719 TCTAAGTTAGCTCTGGAAAAAATTAG-GAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTC-AATC
129 TAGAAATTA-ATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAAAT-
* * *
2782 TTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGG-AAAAAATTTC-A
192 GTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCGA
* * * *
2845 GCCCAA-TTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGA
257 G-TCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGG
*
2909 CT
321 CC
* * * * * * *
2911 CCAGCTCAATTTTGAATAATTCTTGGCGCCAAGACTCATTGAAA-TATCTATATTCATTTAACCA
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT-AAAGTATCTATATTCATCTAACCA
* * * * *
2975 AATCTCAGCGACATTAGATTTAAGGA-TATTTTTCACGAGCATCCGAATCTTGTTTCAATTTAAT
65 AATCTCAGCCACATTGGATTGAAGGATTA-TTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* **
3039 TAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTTGAAACGGTGTCAAGCCCTTCAAATG
129 TAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAAC-GTGAAAAGCCCTTCAAATG
* *
3104 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGTAAAAAATTTTCGA
193 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGG-AAAAAAATTTCGA
* * *
3169 GTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACGAACTATCACAGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGC
257 GTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGC
3234 C
322 C
* * * ** * * * **
3235 CCGACTAAGTTTTGCATTATTTTTGATGCCAAGACTCTTTGAAGTATCTATATTAATCTAAATAA
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTAAAGTATCTATATTCATCTAACCAA
* * * * *
3300 ATCTCAACCACATCGGATTGAAGGATT-TTTCTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAGTT
66 ATCTCAGCCACATTGGATTGAAGGATTATTT-TCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* ** * * * * * *
3364 AAAAATT-ATTCCGGGAAAAAGCT-G-GAAAATCTATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATAT
130 AGAAATTAATT--TAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAA-AT
** * * *
3426 -TTTTGGTATTGAATTATATATTTTTACGTGTATTTTATCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCG-
192 GTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCGA
** * * *
3489 GTCCAA-TTTTAGTTGAAATTGTGTACCAACCATCACGGTTCTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGG
257 GT-CAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGG
*
3553 CT
321 CC
* ** * * **
3555 CCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCATCAAGACTCATTGAAA-CATCTATATTCATCTAATTA
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT-AAAGTATCTATATTCATCTAACCA
* * * * *
3619 AATCTCGGCCACATTGGAGTT-AAGGATCTCTTTT---TA-CA----AA-----TATCAATTTAA
65 AATCTCAGCCACATTGGA-TTGAAGGAT-TATTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
* * * *
3670 TTAGAAATTAATTCAGAAAAAA-TAGAAAAAAAAACGATATTCA-AAGCGTGAAAAGTCCATC-A
128 TTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAG--AAAAAAACGATATT-AGAAACGTGAAAAGCCCTTCAA
* ** * * ** * **
3732 ATTTTATTGGCACTGAATTATATATTTTGTATGAGTATTGTGGATAAAAATTGAGGAAAAATCTT
190 ATGTT-TTGGCGTTGAATTATATATTTT-TATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATT
* * * *
3797 TCG-GATCAATTTTTTAAAATTTTAACC-AGAATCGTAACTAACAACCATCACGGTTTTTGGATA
253 TCGAG-TCAA-----T----TTTTAGCCGA-AATCGT--GTACCAACCATCACGGTTTTTGGCTA
* *
3860 AAAATGTGTTC-CGGGCC
305 AAAATGCGTTCTGGGGCC
* * * * * * * * *
3877 ACGACTCTGTTTTGCATGATTCTTGACGCCAAGACTCCTTAATGTATATATATTCATCAAACTAA
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTAAAGTATCTATATTCATCTAACCAA
* * * ** * * * * * *
3942 ATCTCAGTCTCCTTAAATTTAAAGATTTGTTTTCACAAGTATCTGAATATTGTTTCGATTTAATT
66 ATCTCAGCCACATTGGATTGAAGGA-TTATTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* * * * * * * *
4007 ATAAATTAA-TT---------TAGAAAAAAACGATTTTCGAATCGTGACAAGCCCTCCAATTTTT
130 AGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAAATGTT
* * *
4062 TTGGCGTTGAATTCTATATTTTTATGATTATTTTGGCCAAAA-TTGAGGAAAAAAAATTTCGAGT
195 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGG-AAAAAAATTTCGAGT
* * * **** *
4126 CAATTTTTAACCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTTTTGGCTAAAAACATATTCTGGGA
259 CAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGG---TTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGG
*
4191 TC
321 CC
* * * * * * *
4193 CCGGTTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCTCCAAAACTCCTTGAAGTATCTATATTTATTTAACCAA
1 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTAAAGTATCTATATTCATCTAACCAA
4258 ATCTCAGCCACATTGGATTGAA
66 ATCTCAGCCACATTGGATTGAA
4280 AGTCTGAATG
Statistics
Matches: 3174, Mismatches: 612, Indels: 329
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
306 1 0.00
307 7 0.00
308 19 0.01
309 6 0.00
310 45 0.01
311 34 0.01
312 23 0.01
313 63 0.02
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315 117 0.04
316 126 0.04
317 2 0.00
318 39 0.01
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320 439 0.14
321 444 0.14
322 296 0.09
323 331 0.10
324 282 0.09
325 48 0.02
326 219 0.07
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329 60 0.02
330 2 0.00
333 17 0.01
334 28 0.01
335 174 0.05
336 11 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (322 bp):
CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTAAAGTATCTATATTCATCTAACCAA
ATCTCAGCCACATTGGATTGAAGGATTATTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
GAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAAATGTTT
TGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCGAGTCA
ATTTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCC
Found at i:3988 original size:643 final size:630
Alignment explanation
Indices: 300--4276 Score: 4495
Period size: 641 Copynumber: 6.2 Consensus size: 630
290 CGTGTACTAA
* * * * *
300 CAACCGTCACGG-TTTTTGACTAAAAATGCATTAC-GGGC-CACAGCTCTGTTTTGCATGATTCT
1 CAACCATCACGGTTTTTTG-CTAAAAATGCGTTCCGGGGCTC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTCT
* * * *
362 TGGCGCCAAGACTCCTT-ATATTATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTAGATTTAA
64 TGGC-CCAAGACTCATTGA-AATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAA
* * * *
426 TGATTTGTTTTCA-CGAGCATATAAATCTTGTTTTGATTTAAATAGAAATTAATTCAGAAAAAAC
127 GGATTT-TTTT-AGC-A-CA-AT--ATC-------AATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAAC
* * *
490 AAG-AAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAATTGTTTTGGCGTTGAATTATATATTT
178 TAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCATCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTT
** * * *
554 TTGTGGGTATTTTGG-CAAACAATTGA-GAAAAAAATTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTG
243 TCATGAGTATTTTGGCCAAA-ATTTGAGGAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTG
*** * * * *
617 TATTTATCATCACGATTTTTGGCTAAAAATGCATTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
307 TAACAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTT
* *
682 TTGACGCCAAGACTCCTTGAAGTATCTATATTAATTTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAA
372 TTGACGCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAA
* * *
747 GGATTTATTTTTACGAACATCTAAATCTTGTTTCGATTAATTAGAAGTTAGCTCCGGAGAAAATT
437 GGATTTATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTATAAGTTAGCTCCGGAAAAAATT
*
812 AGGAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGTGTTGAATTATATATTTTT
502 AGGAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTT
*
877 ACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAAATTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
567 ACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* *
941 CAACCATCACGGTTTTTTGCTAAATATGCGTTCCGGGGCTCCGGCACAGTTTTGCATGATTCTTG
1 CAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTCTTG
* *
1006 GTGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATT-AGTTTAACCAAATCTCATCCACATTAGATTTAAGG
66 G-CCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCA-TTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGG
** *
1070 ATTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAA
129 ATTTTT--TTAGCA-C--AA-----TATCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAA
1135 AAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCATCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCATGA
184 AAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCATCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCATGA
* **
1200 GTATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAACTTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAAC
249 GTATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTAACAAC
* * *
1265 CATCACGGTTTTTGGCTAAGAATGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTGTTGCATGATTTTTGACGC
314 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGC
* *
1330 CAACACTCCTTAAAGCATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGATTTA
379 CAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGATTTA
*
1395 TTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTAGAAGTTAGCTCCGGAAAAAATTAGGAAAA
444 TTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTATAAGTTAGCTCCGGAAAAAATTAGGAAAA
* **
1460 TTGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATGCTTTTACGAGTA
509 TCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTACGAGTA
* * * * *
1525 TTTTAGCCAAAATTTGAGTAAAAAAATTACAGCCCACTTTTAGACGAAGTCGTGTAC
574 TTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * * * * *
1582 CAACCATCACGGTTTTTTTTGCTAAAAATGCATTCCGGGACACCAGCTCAATTTTGCATAATTCT
1 CAACCATCACGG--TTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTCT
*
1647 TGGCGCAAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAG
64 TGGC-CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAG
* * * ** *
1712 GATTTTTTT--CACGAGCATCTGAATCTT-GTTTCAATTTAA-TTAGATAAAAAACTAGAAAAAA
128 GATTTTTTTAGCAC-A--ATATCAAT-TTAATTAGAAATTAATTTAG--AAAAAACTAGAAAAAA
* *
1773 ACGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCAAGAGTA
187 ACGATATTAGAAACGTGACAAGCCATCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCATGAGTA
* * * **
1838 TGTTAGCCAAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACC
252 TTTTGGCC-AAAATTTGAGG-AAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTAACAACC
* * *
1903 ATCACGTTTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTCCATGATTTTTGACGC
315 ATCACG-GTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGC
1968 CAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGATTTA
379 CAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGATTTA
* *
2033 TTTTTACGAACATGTGAATCTTGTTTCGATTAATTCTAAGTTAGCTCCGGAAAAAATTAGGAAAA
444 TTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTATAAGTTAGCTCCGGAAAAAATTAGGAAAA
* *
2098 TCGATATTAGAAAAGTGAAAAAAACCCTTCAATCTTTTCGGTGTTGAATTATATATTTTTACGAG
509 TCGATATTAGAAAAGTG--AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTACGAG
* ** * *
2163 TATTTTAACCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAATCCAATTTTATCCGAAATGGTGTAC
572 TATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* *
2222 CAACCATCACGGTTTTTTTTTGATAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGTCAT-AGTTTTGCATGATT
1 CAACCATCACGG---TTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGC-TCAGTTTTGCATGATT
*
2286 CTTGGCGCTAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTA
62 CTTGGC-CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTA
2351 AGGATTTTTTTTTTCACGAGCATCTAAATATTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAA
126 AGGA---TTTTTTT----AGCA-C--AATA-----TCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAA
* *
2416 ACTAGAAAAAAGCGATATTAGAAACGTGACAAGCCCTCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATAT
176 ACTAGAAAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAGCCATCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATAT
*
2481 TTTCATGAGTATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATAG
241 TTTCATGAGTATTTTGGCCAAAATTTGAGG-AAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCG
*
2546 TGT-ACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA
305 TGTAAC-AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA
2610 TTTTTGACGCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATT
369 TTTTTGACGCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATT
* * *
2675 GAAGGAATTATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTCTAAGTTAGCTCTGGAAAAA
434 GAAGGATTTATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTAATTATAAGTTAGCTCCGGAAAAA
2740 ATTAGGAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATT
499 ATTAGGAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATT
2805 TTTACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGG-AAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGT
564 TTTACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGT
2869 AC
629 AC
* * * * *
2871 CAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGACTCCAGCTCAATTTTGAATAATTCTTG
1 CAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTCTTG
*
2936 GCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCGACATTAGATTTAAGGA
66 GC-CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGA
* *
3001 TATTTTTCACGAGCATCCGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAA
130 T-TTTTT---TAGCA--C-AA-----TATCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAA
* * * *
3066 AAAAACGATATTTGAAACGGTGTCAAGCCCTTCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCAT
183 AAAAACGATATTAGAAAC-GTGACAAGCCATCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCAT
*
3131 GAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGTAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGT-AC
247 GAGTATTTTGGCCAAAATTTGAGG-AAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTAAC
* * * *
3195 GAACTATCACAGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGACTAAGTTTTGCATTATTTTTG
311 -AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
* * * * *
3260 ATGCCAAGACTCTTTGAAGTATCTATATTAATCTAA-ATAAATCTCAACCACATCGGATTGAAGG
375 ACGCCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTAACA-AATTCTCAACCACATTGGATTGAAGG
* * * * * * * **
3324 ATTT-TTCTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAGTTAAAAATTA-TTCCGGGAAAAAGCT
439 ATTTATTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGA-TTAATTATAAGTTAGCTCC-GGAAAAAATT
* ** * * *
3387 -GGAAAATCTATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGTATTGAATTATATATTTTT
502 AGGAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTT
* * * * ** *
3451 ACGTGTATTTTATCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCGGTCCAATTTTAGTTGAAATTGTGTAC
567 ACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * * *
3515 CAACCATCACGGTTCTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTG
1 CAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTCTTG
* * * ** * * *
3580 GCATCAAGACTCATTGAAACATCTATATTCATCTAATTAAATCTCGGCCACATTGGAGTTAAGGA
66 GC-CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGA
*
3645 TCTCTTTTTA-CA-AATATCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAA-TAGAAAAAAAAACGA
130 T-T-TTTTTAGCACAATATCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAG--AAAAAAACGA
* * * ** *
3707 TATTCA-AAGCGTGAAAAGTCCAT-C-AATTTTATTGGCACTGAATTATATATTTTGTATGAGTA
191 TATT-AGAAACGTGACAAG-CCATCCAAATGTT-TTGGCGTTGAATTATATATTTT-CATGAGTA
* ** * *
3769 TTGTGGATAAAAATTGAGG-AAAAATCTTTCG-GATCAATTTTTTAAAATTTTAACC-AGAATCG
252 TTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAAAAT-TTTCGAG-TCAA-----T----TTTTAGCCGA-AATCG
* * * * * *
3831 TAACTAACAACCATCACGGTTTTTGGATAAAAATGTGTTC-CGGGCCACGACTCTGTTTTGCATG
305 T--GTAACAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATG
* * * * * ** * * **
3895 ATTCTTGACGCCAAGACTCCTT-AATGTATATATATTCATCAAACTAAA-TCTCAGTCTCCTTAA
368 ATTTTTGACGCCAACACTCCTTGAA-GTATCTATATTAATCTAAC-AAATTCTCAACCACATTGG
* * * * * * * *
3958 ATTTAAAGATTTGTTTTCAC-AAGTATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTATAAATTA-AT----
431 ATTGAAGGATTTATTTTTACGAA-CATCTGAATCTTGTTTCGA-TTAATTATAAGTTAGCTCCGG
** * * * ** * * * * *
4017 TTAGAA--A--AAAA-CGATTTTCGAATCGTGACAAGCCCTCCAATTTTTTTGGCGTTGAATTCT
494 AAAAAATTAGGAAAATCGATATTAGAAAAGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTAT
* * * * *
4077 ATATTTTTATGATTATTTTGGCCAAAA-TTGAGGAAAAAAAATTTCGAG-TCAATTTTTAACCGA
559 ATATTTTTACGAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGG-AAAAAAATTTC-AGCCCAA-TTTTAGCCGA
*
4140 AATCGTATAC
621 AATCGTGTAC
* * * * * * *
4150 TAACCATCACGGTTTTTTTTGGCTAAAAA--CATATTCTGGGATCCCGGTTCAGTTTTGCGTGAT
1 CAACCATCACGG--TTTTTT-GCTAAAAATGCGT-TCCGGGGCT-CCGGCTCAGTTTTGCATGAT
* * * * * *
4213 TTTTGGCTCCAAAACTCCTTGAAGTATCTATATTTATTTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATT
61 TCTTGGC-CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATT
4277 GAAAGTCTGA
Statistics
Matches: 2914, Mismatches: 316, Indels: 215
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
631 15 0.01
632 67 0.02
633 51 0.02
634 87 0.03
635 118 0.04
636 12 0.00
637 64 0.02
638 275 0.09
639 32 0.01
640 180 0.06
641 505 0.17
642 164 0.06
643 350 0.12
644 405 0.14
645 5 0.00
646 109 0.04
648 2 0.00
649 45 0.02
650 68 0.02
651 1 0.00
652 200 0.07
653 56 0.02
654 87 0.03
655 12 0.00
656 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (630 bp):
CAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTCTTG
GCCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGAT
TTTTTTAGCACAATATCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAACTAGAAAAAAACGATATTA
GAAACGTGACAAGCCATCCAAATGTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTCATGAGTATTTTGGCCA
AAATTTGAGGAAAAAATTTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTAACAACCATCACGGTTTT
TGGCTAAAAATGCGTTCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAACACTCCTTG
AAGTATCTATATTAATCTAACAAATTCTCAACCACATTGGATTGAAGGATTTATTTTTACGAACA
TCTGAATCTTGTTTCGATTAATTATAAGTTAGCTCCGGAAAAAATTAGGAAAATCGATATTAGAA
AAGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTACGAGTATTTTAGCCAAAA
TTTGAGGAAAAAAATTTCAGCCCAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
Found at i:6261 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 5388--6923 Score: 2157
Period size: 332 Copynumber: 4.6 Consensus size: 331
5378 ATGAAAAAAT
*
5388 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCACGATTTTTTGGCAA
1 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCACGA-TTTTTGGCTA
* * * * * * * *
5453 AAAACTCGTTCCGAGGCCCCGACTCAGTTTTTCATGATTTTTTACGCGAAGGCTCCTTGAAATTT
65 AAACCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTTACGCCAAGACTTCTTGAAATAT
* * *
5518 CTATATTTATCTAACCAAATTTCAGCCA-AGTTGGATTTAAGGATTTATTCTTACGGGCATCTGA
130 CTATATTTATCTAACCAAATTTCAGCCACA-TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGA
*
5582 ATCATATTTCGATTTTCTTAGAATTTAATTCATAAAAAATAGAAAAAACGATATT-AGAAGCGTG
194 ATCATATTTCGATTTTCTTAGAATTTAATTCAT-AAAAATAGAAAAAACGATATTGA-AAGCGTA
* * * *
5646 AAAATCCTTTCAATAATTTTGGCATTGAATTATATATTTTATACGAGTATTGTATCCAAAAATTG
257 AAAAGCCTTTCAATCATTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGTCCAAAAATTG
*
5711 AGGAAAA-AC
322 AGGAAAATTC
** *
5720 TTTTCATGTCAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCACGATTTTTGGCTA
1 -TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCACGATTTTTGGCTA
* ** * * * * * * * *
5785 AAAACATGTTCCGGTGCCCCGACTTAATTTTGCATGATTTTTGACGCCAAG-CCTCATTGAATTA
65 AAACCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTTACGCCAAGACTTC-TTGAAATA
* * * * * *
5849 ACTATATTCATCTAACTAAATCTCAGCCACATTGGATTGAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGA
129 TCTATATTTATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGA
*** * *
5914 ATCATATTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCAGTAAAAATAGGAAAAACGATATTGAAAGCGTAA
194 ATCATATTTCGATTTTCTTAGAATTTAATTCA-TAAAAATAGAAAAAACGATATTGAAAGCGTAA
* *
5979 AAAGCCTTACAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGTCCAAAAATTGA
258 AAAGCCTTTCAATCATTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGTCCAAAAATTGA
6044 GGAAAATTC
323 GGAAAATTC
6053 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAATGTACTATCCATCACGATTTTTGGCTA
1 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC-ATGTACTATCCATCACGATTTTTGGCTA
*
6118 AAACCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTTCTTGATTTTTTACGCCAAGACTTCTTGAAATAT
65 AAACCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTTACGCCAAGACTTCTTGAAATAT
* * *
6183 CTATATTTATGTAACCAAATTTCAGCCAGATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAA
130 CTATATTTATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAA
* * * *
6248 TCATATTTCGATTTTCTTAGAATTTAATTCAGAAAAAAAAATGAAAAAACGATATTGAGAGC-AA
195 TCATATTTCGATTTTCTTAGAATTTAATTC--ATAAAAATA-GAAAAAACGATATTGAAAGCGTA
* *
6312 GAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGTTCAAAAATT
257 -AAAAGCCTTTCAATCATTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGTCCAAAAATT
*
6377 GAGGAAAATTT
321 GAGGAAAATTC
6388 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAATGTACTATCCATCACGATTTTTGGCTA
1 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC-ATGTACTATCCATCACGATTTTTGGCTA
* *
6453 AAACCGCGTTCCGGGGTCCCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTTAGGCCAAGACTTCTTGAAATAT
65 AAACCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTTACGCCAAGACTTCTTGAAATAT
* * * *
6518 CTATATTTATCTAACCAAATTTCCGCCAGATTGAATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAA
130 CTATATTTATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAA
* * *
6583 TCATAATTCGATTTTCTTAGAATTTAATTCATAAAATATAGGAAAAACGATATTGAAAGCGTGAA
195 TCATATTTCGATTTTCTTAGAATTTAATTCATAAAA-ATAGAAAAAACGATATTGAAAGCGTAAA
* * *
6648 AAGCCTTTCAATCATTTTGACATTGGATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGTCCAAAAATTGAG
259 AAGCCTTTCAATCATTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGTCCAAAAATTGAG
*
6713 AAAAACTT-
324 GAAAA-TTC
*
6721 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCACGATTTTTTGCTAA
1 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCACGATTTTTGGCTAA
** * *
6786 AACCGCGTTCCGAAGCCCCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTTACGCCAAGAATCCTTGAAATATC
66 AACCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTTACGCCAAGACTTCTTGAAATATC
* * * * * * *
6851 TTTATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGAATTTTGTTTTTATGAGAATCTGAA
131 TATATTTATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGA-TTTGTTTTTACGAGCATCTGAA
6916 TCATATTT
195 TCATATTT
Statistics
Matches: 1073, Mismatches: 115, Indels: 30
0.88 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
331 2 0.00
332 384 0.36
333 366 0.34
334 14 0.01
335 307 0.29
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCACGATTTTTGGCTAA
AACCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTTACGCCAAGACTTCTTGAAATATC
TATATTTATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT
CATATTTCGATTTTCTTAGAATTTAATTCATAAAAATAGAAAAAACGATATTGAAAGCGTAAAAA
GCCTTTCAATCATTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGTCCAAAAATTGAGGA
AAATTC
Done.