Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014572.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14593, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:1229 original size:609 final size:626
Alignment explanation
Indices: 207--2621 Score: 2667
Period size: 659 Copynumber: 3.8 Consensus size: 626
197 TTTGGAAAAT
*
207 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATATTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGA
1 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGA
* * *
272 GTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCTGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAAT
66 GTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAAT
* ** *
337 CGTATACTAACCATCA-GAGTTTTTGGCTAAAAACAAGTTCCGGGATCCCGGCTTAGTTTTCCAC
131 CGTGTACTAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCAC
* * *
401 GATTTTTGGAGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACAGGA
195 GATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAACCACACTGGA
* * * *
466 TTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTTAATTTATTTCGATTTAATCAGAAATTAATTT-AAAAA
260 TTTAAGAATATATTCTTGCGAGCATCTTAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAA
*
530 AAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAA
325 AAAAGAG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAA
* * *
595 TCTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATT-AAGG-AAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTACAAAATTTT
389 TTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAAGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTA
* * *
658 AGCCGAAATCGTGTA-T-TC-CACGATTTTTGGTGCAGAGACTAC-TTGAAATATCTATATT-CA
454 AGCCGAAATCGTGTACTACCACACGATTTTTGGTACAGAGACTACGTTGAAATATCTATTTTCCA
* *
718 TG-TATTCAAAC-CACA-AC-CACTCTG-GATTTA-A-GGATATGTTC-TTGCGA-ACATCTGAA
519 TGAT-TTCAAACGCACAGACTC-CT-TGAGATTTATATGCATATATTCATTGCGACACATCTGAA
*
774 TTTTTTTCGATTTAATCAGAA-ATT-AATT-TCGA-AAAAAAAGAA
581 TTTTTTTCGATTGAATCAGAATATTCAATTATCGATAAAAAAAGAA
* * *
816 AAACGATATTAGTAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTAGGGGTTCAATTATATAATTTTTATGA
1 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGA
* *
881 GTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAATATAAGCCGAAAT
66 GTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAAT
* * *
946 CGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAATGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCACG
131 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCACG
* * * *
1011 ATTTTTGGTGCCGAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTGAAATCACAGCCACACTGGAT
196 ATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAACCACACTGGAT
*
1076 TTAAGAATATATTCTTGCGAGCATCTTAATTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAA
261 TTAAGAATATATTCTTGCGAGCATCTTAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAAA
1141 AAAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATT
326 AAAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATT
*
1206 TTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGATGG-AAAG-TTTTCGGGTCAGTTTTTGC-AAATTTAAG
391 TTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAAGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAAG
* * * * * **** * *
1268 CCGCAATCGTGTACGCTACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACG-CGTTCCGGTGTACCGGCTTTG
456 CCGAAATCGTGTA--CTACCA-CACGATTTTTGG-TACAGA-GAC--TACGTTG-A-AATATCTA
**** * * * * *
1332 TTTTCCATGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAAT-C-ACAG
512 TTTTCCATGATTTCAAACGCACAGACTCCTTGAGAT-T-TATATGCATATATTC-ATTGCGACA-
* * * *
1395 CCACTCTGGATTTAAGGATATGTTC--TTGCGAGCATCTGAATTTTTTTTCGATTCAATCAGAAA
573 -CA-TCTGAATTT-----T-T-TTCGATT--GA--ATCAGAA----TATTCAATT--ATC-G--A
1458 TTAATTTCGAAAAAGAA
616 -TAA-----AAAAAGAA
*
1475 AAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGA
1 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGA
1540 GTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAAT
66 GTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAAT
* * * *
1605 CGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGTTTTGTTTTCCACG
131 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCACG
* * * *
1670 ATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATGTATTTAAATCACAACCACTCTGGAT
196 ATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAACCACACTGGAT
* * * *
1735 TTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCATAATTTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAA
261 TTAAGAATATATTCTTGCGAGCATCTTAA-TTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAA
*
1800 AAGAGA-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAAT
325 AAAAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAAT
*
1864 TTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAA
390 TTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAAGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAA
* ** *** * *
1929 GCCGAAATCGTGTACTACCATCACGGTTTTTGGCTA-A-A-ACCGCGTTCCGGTGTCCCGGCTTT
455 GCCGAAATCGTGTACTACCA-CACGATTTTTGG-TACAGAGACTACGTT--GAAAT-----ATCT
* * **** * * * *
1991 GTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTATTCAAATCACTGC
511 ATTTTCCATGATTTCAAACGCACAGACTCCTTG--AGATTTATATGCATATATTC--AT---TGC
* * * * * * *
2056 CACACTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGA--GCATCTGAATTTTTTTCAATTCAATCAGA-AAT
569 GACAC---ATCT---GA-AT-TTTTTTCGATTGAATCAGAA---TATTCAATT--ATC-GATAA-
*
2118 TAATTTCGAAAAAA
619 -AA-----AAAGAA
*
2132 AAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGA
1 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGA
2197 GTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAAT
66 GTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAAT
* *
2262 CGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCACG
131 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCACG
* * * *
2327 ATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAACATCTATATTCATCTATTCAAATCACAACCACTCTGTAT
196 ATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAACCACACTGGAT
** *
2392 TTAAGGAAT-TATTCTTGCGAGCATCTGCACTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAA
261 TTAA-GAATATATTCTTGCGAGCATCTTAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAA
*
2456 AAAAGAAAGAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATA
325 AAAAG--AGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATA
* * *
2521 ATATTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTG-AGGAAAACGTGTTTCGGGTCAGTTTTTGCAATATT
388 ATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAAGGAAAA-GTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATT
* *
2585 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
452 TAAGCCGAAATCGTGTACT-ACCA-CACGATTTTTGG
2622 CTAAAAATGC
Statistics
Matches: 1575, Mismatches: 128, Indels: 155
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
608 20 0.01
609 393 0.25
610 18 0.01
611 1 0.00
612 1 0.00
614 12 0.01
615 4 0.00
616 1 0.00
617 2 0.00
618 2 0.00
619 1 0.00
620 5 0.00
621 7 0.00
622 6 0.00
623 6 0.00
624 2 0.00
625 2 0.00
626 1 0.00
627 7 0.00
628 2 0.00
629 1 0.00
630 2 0.00
631 8 0.01
636 3 0.00
637 1 0.00
638 4 0.00
640 6 0.00
645 2 0.00
646 3 0.00
649 2 0.00
650 1 0.00
652 3 0.00
654 2 0.00
655 6 0.00
656 37 0.02
657 279 0.18
658 11 0.01
659 507 0.32
660 140 0.09
661 22 0.01
662 25 0.02
664 4 0.00
665 2 0.00
666 5 0.00
667 1 0.00
669 1 0.00
670 2 0.00
671 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (626 bp):
AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGA
GTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAAT
CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCACG
ATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAACCACACTGGAT
TTAAGAATATATTCTTGCGAGCATCTTAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAAA
AAAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATT
TTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAAGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAAG
CCGAAATCGTGTACTACCACACGATTTTTGGTACAGAGACTACGTTGAAATATCTATTTTCCATG
ATTTCAAACGCACAGACTCCTTGAGATTTATATGCATATATTCATTGCGACACATCTGAATTTTT
TTCGATTGAATCAGAATATTCAATTATCGATAAAAAAAGAA
Found at i:2101 original size:659 final size:657
Alignment explanation
Indices: 673--2726 Score: 3326
Period size: 659 Copynumber: 3.1 Consensus size: 657
663 AAATCGTGTA
* * * * *
673 TTCCACGATTTTTGGTGCAGAGACTACTTGAAATATCTATATTCATGTATTCAAACCACAACCAC
1 TTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCAC
* * *
738 TCTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAACATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTT
66 ACTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTCAATCAGAAATTAATTT
* * * *
803 CGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGTAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTAGGGGTTCAATTAT
131 CG---AAAAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTAT
*
868 ATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAA
193 ATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAA
* * * *
933 TATAAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAATGCGTTCCGGGGTCCCGGC
258 TTTAAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGTCCCGGC
* * * *
998 TTAGTTTTCCACGATTTTTGGTGCCGAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTGAAATCAC
323 TTAGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCAC
* * *
1063 AGCCACACTGGATTTAAGAATATATTCTTGCGAGCATCTTAATTTTTTTCGATTTAATTAGAAAT
388 AACCACTCTGGATTTAAGGATATATTCTTGCGAGCATC-TAATTTTTTTCGATTTAATTAGAAAT
*
1128 TAATTTCGAAAAAAAAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTT
452 TAATTTCGAAAAAAGAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTT
1193 GAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGATGG-AAAG-TTTTCGGGTCAGTTTT
517 GAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGA-GGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTT
* *
1256 TGC-AAATTTAAGCCGCAATCGTGTACGCTACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGT
581 TGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTA--CTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGT
*
1320 GTACCGGCTTTGTT
644 GTCCCGGCTTTGTT
*
1334 TTCCATGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCAC
1 TTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCAC
*
1399 TCTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTTCGATTCAATCAGAAATTAATT
66 ACTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAA-TTTTTTTCGATTCAATCAGAAATTAATT
1464 TCGAAAAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATAT
130 TCGAAAAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATAT
1529 AATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATT
195 AATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATT
* * *
1594 TAAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGTTT
260 TAAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGTCCCGGCTT
* * *
1659 TGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATGTATTTAAATCACAA
325 AGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAA
*
1724 CCACTCTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCATAATTTTTTTTCGATTTAATTAGAAATT
390 CCACTCTGGATTTAAGGATATATTCTTGCGAGCATC-TAA-TTTTTTTCGATTTAATTAGAAATT
1789 AATTTCGAAAAAAGAGA-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTG
453 AATTTCGAAAAAAGAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTG
1853 AATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTT
518 AATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGA-GGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTT
*
1918 GCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCGGTGTC
582 GCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTC
1983 CCGGCTTTGTT
647 CCGGCTTTGTT
* *
1994 TTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTATTCAAATCACTGCCAC
1 TTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCAC
*
2059 ACTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCAATTCAATCAGAAATTAATTT
66 ACTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTCAATCAGAAATTAATTT
2124 CG-AAAA-AAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATA
131 CGAAAAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATA
2187 ATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTT
196 ATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTT
2252 AAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTA
261 AAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTA
* *
2317 GTTTTCCACGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAACATCTATATTCATCTATTCAAATCACAAC
326 GTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAAC
* * * *
2382 CACTCTGTATTTAAGGA-ATTATTCTTGCGAGCATCTGCACTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTA
391 CACTCTGGATTTAAGGATA-TATTCTTGCGAGCATCT-AATTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTA
* *
2446 ATTTCGAAAAAAAAGAAAGAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTT
454 ATTTCG--AAAAAAGAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTT
* *
2511 GAATTATATAATATTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAACGTGTTTCGGGTCAGTTTT
517 GAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAA-GTTTTTCGGGTCAGTTTT
* * * *
2576 TGCAATATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGG
581 TGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTG
*
2641 TCCCGGCTTAGTT
645 TCCCGGCTTTGTT
*
2654 TTCCACGA-TTTTGGCGCAGAGACT-C-T-AATATATCTATA-TCATCTA-TC-AATCACAGTCA
1 TTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAA-ATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCA
2712 CACTGGGATTTAAGG
65 CACT-GGATTTAAGG
2727 GAT
Statistics
Matches: 1311, Mismatches: 68, Indels: 34
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
654 13 0.01
655 12 0.01
656 40 0.03
657 285 0.22
658 20 0.02
659 535 0.41
660 242 0.18
661 113 0.09
662 51 0.04
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (657 bp):
TTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCAC
ACTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTCAATCAGAAATTAATTT
CGAAAAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATA
ATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTT
AAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTA
GTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAAC
CACTCTGGATTTAAGGATATATTCTTGCGAGCATCTAATTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
TTCGAAAAAAGAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAAT
TATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
AATTTAAGCCGAAATCGTGTACTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCCGG
CTTTGTT
Found at i:2593 original size:991 final size:986
Alignment explanation
Indices: 673--2678 Score: 3251
Period size: 991 Copynumber: 2.0 Consensus size: 986
663 AAATCGTGTA
* *
673 TTCCACGATTTTTGGTGCAGAGACTACTTGAAATATCTATATTCATGTATTCAAACCACAACCAC
1 TTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATGTATTCAAACCACAACCAC
738 TCTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAACATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTT
66 TCTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAACATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTT
*
803 CGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGTAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTAGGGGTTCAATTAT
131 CGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTAGGGGTTCAATTAT
868 ATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAA
196 ATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAA
*
933 TATAAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAATGCGTTCCGGGGTCCCGGC
261 TATAAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGC
* * * *
998 TTAGTTTTCCACGATTTTTGGTGCCGAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTGAAATCAC
326 TTAGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCAC
* * * *
1063 AGCCACACTGGATTTAAGAATATATTCTTGCGAGCATCTTAATTTTTTTCGATTTAATTAGAAAT
391 AGCCACACTGGATTTAAGAATATATTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCAATTCAATCAGAAAT
1128 TAATTTCGAAAAAAAAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTT
456 TAATTTCG---AAAAAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTT
*
1193 GAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGATGGAAAGTTTTCGGGTCAGTTTTTG
518 GAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAGTTTTCGGGTCAGTTTTTG
* *
1258 CAAATTTAAGCCGCAATCGTGTACGCTACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTA
583 CAAATTTAAGCCGAAATCGTGTAC-CTACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTA
* * *
1323 CCGGCTTTGTTTTCCATGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAA
647 CCGGCTTAGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAACATCTATATTCATCTATTCAA
* * *
1388 ATCACAGCCACTCTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTTCGATTCAATC
712 ATCACAACCACTCTGGATTTAAGGATATATTCTTGCGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTCAATC
*
1453 AGAAATTAATTTCGAAAAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGG
777 AGAAATTAATTTCGAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGG
* *
1518 TTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTT
842 TTGAATTATATAATATTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTGTTTCGGGTCAGTT
* *
1583 TTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG
907 TTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG
* *
1648 GGTCCCGGTTTTGTT
972 GGTCCCGGCTTAGTT
* *
1663 TTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATGTATTTAAATCACAACCAC
1 TTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATGTATTCAAACCACAACCAC
* *
1728 TCTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCAT-AATTTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
66 TCTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAACATC-TGAA-TTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAAT
* * *
1792 TTCGAAAAAAGAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATT
129 TTCGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTAGGGGTTCAATT
*
1857 ATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
194 ATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAA
* * *
1922 AATTTAAGCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTTTTGGC-TAAAACCGCGTTCCGGTGTCCC
259 AATATAAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAA-CGCGTTCCGGGGTCCC
* *
1985 GGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTATTCAAAT
323 GGCTTAGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAAT
* * *
2050 CACTGCCACACTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCAATTCAATCAGA
388 CACAGCCACACTGGATTTAAGAATATATTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCAATTCAATCAGA
*
2115 AATTAATTTCG-AAAA-A-AAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTT
453 AATTAATTTCGAAAAAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTT
2177 GAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTT
518 GAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGG-AAAG-TTTTCGGGTCAGTTTT
* * *
2242 TGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTA-CTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGG
581 TGC-AAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCT-ACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGG
* *
2306 GTCCCGGCTTAGTTTTCCACGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAACATCTATATTCATCTATT
644 GTACCGGCTTAGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAACATCTATATTCATCTATT
* * *
2371 CAAATCACAACCACTCTGTATTTAAGGA-ATTATTCTTGCGAGCATCTGCA-CTTTTTTCGATTT
709 CAAATCACAACCACTCTGGATTTAAGGATA-TATTCTTGCGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTC
*
2434 AATCAGAAATTAATTTCGAAAAAAAAGAAAGAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCATAAAT
773 AATCAGAAATTAATTTCG---AAAAAG--A-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAAT
2499 CTTTTTGGGGTTGAATTATATAATATTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGA-GGAAAACGTGTT
832 CTTTTTGGGGTTGAATTATATAATATTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAA-GTGTT
* *
2563 TCGGGTCAGTTTTTGCAATATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
896 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
*
2628 ATGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTT
961 ACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTT
2654 TTCCACGA-TTTTGGCGCAGAGACTC
1 TTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTC
2679 TAATATATCT
Statistics
Matches: 944, Mismatches: 57, Indels: 30
0.92 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
984 87 0.09
985 37 0.04
986 158 0.17
987 21 0.02
988 6 0.01
989 5 0.01
990 278 0.29
991 352 0.37
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (986 bp):
TTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATGTATTCAAACCACAACCAC
TCTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAACATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTT
CGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTAGGGGTTCAATTAT
ATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAA
TATAAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGC
TTAGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCAC
AGCCACACTGGATTTAAGAATATATTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCAATTCAATCAGAAAT
TAATTTCGAAAAAGAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAA
TTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAGTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
ATTTAAGCCGAAATCGTGTACCTACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTACCGG
CTTAGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAGACTCCTTGAAACATCTATATTCATCTATTCAAATCA
CAACCACTCTGGATTTAAGGATATATTCTTGCGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTCAATCAGAA
ATTAATTTCGAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGA
ATTATATAATATTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGGAAAAGTGTTTCGGGTCAGTTTTTG
CAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTC
CCGGCTTAGTT
Done.