Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014573.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14594, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1716
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Found at i:792 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 134--1575 Score: 2240
Period size: 332 Copynumber: 4.4 Consensus size: 332
124 CGTGGTCGGG
134 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAG
* * * * *
199 ACTCCTTGAAATATCTCTATTCATGTATTTAAATCACAACCACTCTGGATTTAAGGATATGTTCT
66 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAAGGATATGTTCT
* * *
264 TGCGAACATCTTAATTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGAT
131 TGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCG-AAAAAAAAAGAAAAACGAT
329 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGT
195 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGT
* * *
394 GGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTAC
260 GGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTGGCAAAATTTAAGCTGAAATCGTGTAC
459 TAACCATC
325 TAACCATC
*
467 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAG
*
532 ACTCCTTGTAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAAGGATATGTTCT
66 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAAGGATATGTTCT
*
597 TGCGAGCATCTGAATTTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAAATAAAG-AAAACGAT
131 TGCGAGCATCTGAA-TTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAAAAAAAGAAAAACGAT
661 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGT
195 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGT
726 GGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTGGCAAAATTTAAGCTGAAATCGTGTAC
260 GGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTGGCAAAATTTAAGCTGAAATCGTGTAC
* *
791 TAAGCAAC
325 TAACCATC
* *
799 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGTTTTTTGGTGCAGAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAG
* *
864 ACTCCTTCAAATATTTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAAGGATATGTTCT
66 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAAGGATATGTTCT
* * *
929 TGCGAGCATCTGAATTTTTTTTCGATTAAATCAGAAATTAATTT-G----GAAAA-TAAAACGAT
131 TGCGAGCATCTGAA-TTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAAAAAAAGAAAAACGAT
* * *
988 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGTGGTTGAATAATATAATTTTTATTAGTATTGT
195 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGT
* * * * *
1053 GGA-AAAAATTTGA-GAAAACGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGGAAAAATAT-AGCTAAAATCGTGA
260 GGACAAAAA-TTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAG-TTTTGGCAAAATTTAAGCTGAAATCGTGT
*
1115 ACTAATCATC
323 ACTAACCATC
* * *
1125 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCACGATTTTTGGCGCCGAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAG
* * * * * * *
1190 ACTCCTTAAAATGTCTATATTCATCTATTTAAAACTCAGCCACATTGCATTTAAGGATATGTTCT
66 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAAGGATATGTTCT
* *
1255 TGCAAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAAAAAAAAAGAAAAACGATA
131 TGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAAAAAAAGAAAAACGATA
* * * * *
1320 TTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGGGTTGGATTATATAAATTCTATTAGTATTGTG
196 TTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTG
* * *
1385 GACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAATATTTTAG-TCGAAATCGTGTAC
261 GACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTGGCAAAATTTAAGCT-GAAATCGTGTAC
*
1449 TAACCATA
325 TAACCATC
* * * *
1457 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTTTTCCACGATTTTTGGCACCGAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAG
1522 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAA
66 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAA
1576 TCAGAAATTA
Statistics
Matches: 1018, Mismatches: 77, Indels: 29
0.91 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
325 28 0.03
326 175 0.17
327 92 0.09
330 4 0.00
331 86 0.08
332 459 0.45
333 144 0.14
334 30 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (332 bp):
ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAG
ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAAGGATATGTTCT
TGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAAAAAAAGAAAAACGATA
TTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTG
GACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTGGCAAAATTTAAGCTGAAATCGTGTACT
AACCATC
Found at i:1397 original size:658 final size:660
Alignment explanation
Indices: 134--1575 Score: 2245
Period size: 658 Copynumber: 2.2 Consensus size: 660
124 CGTGGTCGGG
134 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAG
* * * * *
199 ACTCCTTGAAATATCTCTATTCATGTATTTAAATCACAACCACTCTGGATTTAAGGATATGTTCT
66 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAAGGATATGTTCT
* * *
264 TGCGAACATCTTAATTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGAT
131 TGCGAACATCTGAATTTTTTTCGATTAAATCAGAAATTAATTTCG----AAAAAAGAAAAACGAT
*
329 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGT
192 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATAATATAATTTTTATGAGTATTGT
* * * *
394 GGACAAAAATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTAC
257 GGACAAAAATTGA-GGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGAAAAATATAAGCCAAAATCGTGAAC
* *
459 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTG
321 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCACGATTTTTG
** * *
524 GCGCAGAGACTCCTTGTAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAAGGA
386 GCGCAGAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTATTCAAAACACAGCCACACTGCATTTAAGGA
* *
589 TATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAAATAAAGA
451 TATGTTCTTGCAAGCATCTGAATTTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAAAAAAAGA
* *
654 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTATGA
516 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAAATTCTATGA
719 GTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTGGCAAAATTTAAG-CTGAAA
581 GTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTGGCAAAATTTAAGTC-GAAA
*
783 TCGTGTACTAAGCA-A
645 TCGTGTACTAACCATA
* *
798 CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGTTTTTTGGTGCAGA
1 -ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGA
* *
863 GACTCCTTCAAATATTTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAAGGATATGTTC
65 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAAGGATATGTTC
* * *
928 TTGCGAGCATCTGAATTTTTTTTCGATTAAATCAGAAATTAATTT-G-GAAAA-TAAAACGATAT
130 TTGCGAACATCTGAA-TTTTTTTCGATTAAATCAGAAATTAATTTCGAAAAAAGAAAAACGATAT
* *
990 TAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGTGGTTGAATAATATAATTTTTATTAGTATTGTGG
194 TAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATAATATAATTTTTATGAGTATTGTGG
*
1055 A-AAAAATTTGA-GAAAACGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGGAAAAATAT-AGCTAAAATCGTGAAC
259 ACAAAAA-TTGAGGAAAA-GTTTTTCGGGTCAGTTTTT-GAAAAATATAAGCCAAAATCGTGAAC
* *
1117 TAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCACGATTTTTG
321 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCACGATTTTTG
* * * * *
1182 GCGCCGAGACTCCTTAAAATGTCTATATTCATCTATTTAAAACTCAGCCACATTGCATTTAAGGA
386 GCGCAGAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTATTCAAAACACAGCCACACTGCATTTAAGGA
*
1247 TATGTTCTTGCAAGCATCTGAA-TTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAAAAAAAAAGA
451 TATGTTCTTGCAAGCATCTGAATTTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAAAAAAAG-
* * *
1311 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGGGTTGGATTATATAAATTCTATT
515 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAAATTCTATG
* * *
1376 AGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAATATTTTAGTCGAAA
580 AGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTGGCAAAATTTAAGTCGAAA
1441 TCGTGTACTAACCATA
645 TCGTGTACTAACCATA
* * * *
1457 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTTTTCCACGATTTTTGGCACCGAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAG
1522 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAA
66 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAA
1576 TCAGAAATTA
Statistics
Matches: 714, Mismatches: 56, Indels: 21
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
657 44 0.06
658 419 0.59
659 86 0.12
660 4 0.01
665 134 0.19
666 27 0.04
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (660 bp):
ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTTGTTTTCCACGATTTTTGGCGCAGAG
ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCACAGCCACACTGGATTTAAGGATATGTTCT
TGCGAACATCTGAATTTTTTTCGATTAAATCAGAAATTAATTTCGAAAAAAGAAAAACGATATTA
GAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATAATATAATTTTTATGAGTATTGTGGAC
AAAAATTGAGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGAAAAATATAAGCCAAAATCGTGAACTAACC
ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCACGATTTTTGGCGCA
GAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTATTCAAAACACAGCCACACTGCATTTAAGGATATGT
TCTTGCAAGCATCTGAATTTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTCGAAAAAAAAAGAAAACG
ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAAATTCTATGAGTATT
GTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTGGCAAAATTTAAGTCGAAATCGTGT
ACTAACCATA
Done.