Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014574.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14595, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:894 original size:322 final size:324
Alignment explanation
Indices: 2--3536 Score: 1700
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1 A
* *
2 AAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACACCCTTCAATCTTTTT-TATTGTAAGTTATATATTTTTTAT
1 AAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGAATT-TAAGTTATATATTTTTTAT
*
66 TATTATTGTGGCAGAAAATTGACT-AAAAACATTCGGGTCAA-TTTTTCAAAATTTTAGTCGAAA
65 TATTATTGTGGCAGAAAATTGACTAAAAAACATTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAA
* * *
129 TCATGTACTAACCATCACGGTTTTGGGCTAAAAACGCGTTCGGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCAT
130 TCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCAT
* *
194 GATTTTTTGTGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTTGA
195 GATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATA-TTGA
* * * * **
259 ATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCACAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATGAAATTAAAA
259 ATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCTGATTTAATTAG--AT---ATT----
*****
324 AAAAAAAAAG
315 TCTTCAAAAG
* * * * *
334 AAAAACGATT-TTAGAAGCGTAAAAGGCCCTTCATTCTTTTTG-ATCTTCACTTATATATTTTTT
1 -AAAACG-TTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGAAT-TTAAGTTATATATTTTTT
* * * * *
397 ATTATTAGTGTGGCAAAAAATTAAGTAAAAAACATTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAACCGA
63 ATTATTATTGTGGCAGAAAATTGACTAAAAAACATTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGA
* * * *
462 AATCGTGTAATAACCATCACCGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGC
128 AATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGC
* * * *
527 ATGATTTTTTGCGCCTAGACTCCTTCAAATATATATATTGATCTAACGAAATCATACACATATTG
193 ATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTG
* * * *
592 AATTTAAGGATTTGTATTTACAAGCATCAGAATATTTTTATGATTTAATTAGATATTTCTTCAAA
258 AATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCTGATTTAATTAGATATTTCTTCAAA
657 AG
323 AG
*
659 -AAACGTTATTAGAAGC-TCTAAACGGCCTTCAATCTTTTTGAATTTAAGTTATATATTTTTTAT
1 AAAACGTTATTAGAAGCGT-TAAACGCCCTTCAATCTTTTTGAATTTAAGTTATATATTTTTTAT
* * * *
722 TGTTATTGTGGTAGAAAATTGACTAAAAAACCCTT-GGGTCAATTTTTTCAAAATTTT-GCCCAA
65 TATTATTGTGGCAGAAAATTGACTAAAAAA-CATTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAA
* * ** * *
785 ATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACACGTTCTAGGGCCCCGAGTTAGTTTTGCA
129 ATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
* * * *
850 TGATTTTTTGCGCCAAGTCTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAACCAAATCTTAGACATATTGG
194 TGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTGA
* *
915 ATTGAAGGATTTGTATTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCTGATTTAATTAGAAATTTCTTCAAAA
259 ATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCTGATTTAATTAGATATTTCTTC----
980 AAAAAAG
320 --AAAAG
* *
987 AAAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTTATTTTAAGTTATATATTTTTTTA
1 -AAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGAATTTAAGTTATATA-TTTTTTA
* * * * *
1052 TTATTTTTGTGGCTGAAAATTGACTAAAATACCTTCGGG-AAATTTTTTACAAAATTTTAGCCGA
64 TTATTATTGTGGCAGAAAATTGACTAAAAAACATTCGGGTCAATTTTTT-CAAAATTTTAGCCGA
* * * * *
1116 AATCGTGTACTAACCATCACGATTTTATGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTT
128 AATCATGTACTAACCATCACGGTTTT-TGGCT-AAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTT
* * * * * * * * * * *
1181 CCATTAATTTTGGCCCCGAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAA--TAATTTTTCAGCCAT
191 GCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACA--CAT
** * * ** * *
1244 ATTGTTTTTAAGGATATAT-TCTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTC-GATTTAATCCGAAAATAA
254 ATTGAATTTAAGGATTTGTAT-TTACGAGCATCAAAATCTT-TTTCTGATTTAAT---TAGAT-A
**
1307 TTT-TGAAGAAAAAAAAAG
313 TTTCT-------TCAAAAG
** * * * * *
1325 AAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAC-CCCTTAAATCTTTTTG-GTGCTGAA-TTATATAATTTT
1 -AAAACGTTATTAGAAGCGT-TAAACGCCCTTCAATCTTTTTGAAT--TTAAGTTATATATTTTT
* * * *** * * * *
1387 TATGATTATTGTGGACA-AGAATTGAGTAAAAAGTTTTTCGTGTCAGTTTTTGCAAAATTTTATC
62 TATTATTATTGTGG-CAGAAAATTGACTAAAAA-ACATTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGC
* * * * * * ** *
1451 TGAAATTATGTGCTAAACATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGTCCTAACTTAGTTT
125 CGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * * ** * * * *
1515 TCCTTGATTTTTGGTGCTGAGACTCCTTGTAATATTTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGC-CA
190 TGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAA-CGAAATCTTA-CACA
* * * * * * ** * * *
1578 CATTGGATTTGAGGATATAT-TCTTGCGAGCATC-TGATTTTTTTC-GATTTAATCAGAAATTAA
253 TATTGAATTTAAGGATTTGTAT-TTACGAGCATCAAAATCTTTTTCTGATTTAATTAGATATT--
*
1640 T-TTGGAAAAAATG
315 TCTT---CAAAA-G
** * * * * * * *
1653 AAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTAAATCTTTTTG-GTGTTGAA-TTATATAATGTTT
1 -AAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGAAT-TT-AAGTTATATATTTTTT
** ** **** * * * *
1716 AAGATTATTGTGGACA-AAAATTGAGGAAATAGTTTTTCAGGTTAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
63 ATTATTATTGTGG-CAGAAAATTGACTAAA-AAACATTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCC
* * * ** ** * *
1780 AAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGATCCCGTCTTAGTTTT
126 GAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTT
* * * * * * * * *
1845 CCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCCTTGAAGTATCTATATTCAACTAATC-AAGTCTCAGC-CAC
191 GCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAA-CGAAATCTTA-CACAT
* * ** * *
1908 ATTGGATTTAAGGATATG-ATCTTAC-ATGCATCTGAATCTTTCTT-TCGATTTAGTTAGAAATT
254 ATTGAATTTAAGGATTTGTAT-TTACGA-GCATCAAAATCTTT-TTCT-GATTTAATTAGATATT
*
1970 AAT-TTGGAAGAAAATAGGG
315 --TCTT-----CAAA-A--G
* * * * * * *
1989 AAAACGATATTAGAAGCGTTAAAAGGCTTTCAATGTTTTTG-GTGTTGAA-TTATATATTTTATA
1 AAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGAAT-TT-AAGTTATATATTTTTTA
* ** * * ** * ** * * *
2052 TGAGCATTGTGTCCA-AAAATTTTAAAAAAAAAAAATTCTAGTTAGTTTTTTGCAAAAATTTAGC
64 TTATTATTGTG-GCAGAAAA--TTGACTAAAAAACATTCGGGTCAATTTTTT-CAAAATTTTAGC
** * * * * * * * *
2116 TAAAATCGTGTACAAACCATCACGGTTTTT-TCTAAAAACACGTTCCGGGGTCCTGTCTCAGATT
125 CGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * * * *
2180 TCCATGATTTTTTGCGCCTAGACTACTTGAAAT-TACTAT-TT--TC-ATCTAAATCTCAGC-CA
190 TGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATAT-CTATATTGATCTAACGAAATCTTA-CACA
* * * ** * * *
2239 CATTGGATTTAAGGATATGT-TCTTACGAGCATCTGAATCTTTATTC-AATTTTACTAGA-ATTT
253 TATTGAATTTAAGGATTTGTAT-TTACGAGCATCAAAATCTTT-TTCTGATTTAATTAGATATTT
* *
2301 AATTTGAAAA-
316 --CTTCAAAAG
* * ** * * *
2311 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTAAATCTTTTTG-GTGTTGAA-TTATATATTTTTAA
1 AAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGAAT-TT-AAGTTATATATTTTTTA
* * * * * * **** * *
2374 TGAGTATTGTTGACA-AAAATTCAGGTAGAAGTTTTTCAGGTCAGTTTTTGT-AAAATTTTAGCC
64 TTATTATTG-TGGCAGAAAATTGA-CTAAAAAACATTCGGGTCAATTTTT-TCAAAATTTTAGCC
* * * * * * *
2437 GAAAATCGTATACTAACCTTCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCT-TGTT
126 G-AAATCATGTACTAACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTT
* * * * * * * *
2501 TTCCACGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTC-AAAACTCAGC-C
189 TTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTGATCTA-ACGAAATCTTA-CAC
* * * * ** * * *
2564 ACATTGCATTTAAGGATATGT-TCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTC-GATTTAATCAGAAATTA
252 ATATTGAATTTAAGGATTTGTAT-TTACGAGCATCAAAATCTTTTTCTGATTTAATTAGATATT-
*
2627 AT-TTGGAAAA-
315 -TCTT-CAAAAG
* * * * * ** * *
2637 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAA-TTATATAATTTTTAT
1 AAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTT-GAATTTAAGTTATATATTTTTTAT
* * ** **** * * *
2701 TAGTATTGTGGACA-AAGATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAA-TATATGCCG
65 TATTATTGTGG-CAGAAAATTGA-CTAAAAAACATTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTA-GCCG
* * * * * *
2764 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTGTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTC
127 AAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTG
* * * * * * * *
2829 CACGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAGTATCTATATTCATCTATTC-AAATCTCAGC-CACA
192 CATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTGATCTA-ACGAAATCTTA-CACATA
* * * * ** * * *
2892 CTGGATTTAAGTATATGT-TCTTACGAGCATCTGAATTTTTTTC-GATTTAATCAGAAATTAAT-
255 TTGAATTTAAGGATTTGTAT-TTACGAGCATCAAAATCTTTTTCTGATTTAATTAGATATT--TC
*
2954 TTGGAAAAAAAAAG
317 TT------CAAAAG
* * * * * * *
2968 ATAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGAGGTTGAA-TTATATAATTTTTA
1 A-AAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGA-ATTTAAGTTATATATTTTTTA
** ** *** * * *
3032 TTAGCATTGTGGACA-AAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTAGCCG
64 TTATTATTGTGG-CAGAAAATTGACTAAAAA-ACATTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCG
* * *
3096 AAATC--GT-GT----ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCC-AGCTTAGTTTT
127 AAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGA-CTCAGTTTT
* * * * * * * * * ** *
3153 CCACGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTC-AAAACTCAGTCACA
191 GCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTGATCTA-ACGAAATCTTACACATA
* * * ** * *
3217 TTGCATTTAAGGATATGT-TCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTC-GATTTAATTAGAAATTAAT-
255 TTGAATTTAAGGATTTGTAT-TTACGAGCATCAAAATCTTTTTCTGATTTAATTAGATATT--TC
*
3279 TTGGAAAAAAAAAAG
317 TT-------CAAAAG
* * * * ** * *
3294 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGTGGTTGAA-TTATATAATTTTTA
1 -AAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTG-AATTTAAGTTATATATTTTTTA
* ** ** * * * * * **
3358 TTAGTATTGTGGACA-AAAATTGAGGAAAAAATTTTTCGAGTCAGTTTGTGCAAAAATTTAGCTT
64 TTATTATTGTGG-CAGAAAATTGACTAAAAAA-CATTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCG
* * * * *
3422 AAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTGGCTAAAAAGGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTTTT-
127 AAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTG
* * * * *
3485 CAGTGATTTTTGGCACCTAGACTCCTTGAACTATC-ATATTCATCTAATCGAA
192 CA-TGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAA-CGAA
3537 TCTAGCCACA
Statistics
Matches: 2690, Mismatches: 383, Indels: 259
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
320 13 0.00
321 33 0.01
322 286 0.11
323 124 0.05
324 39 0.01
325 334 0.12
326 294 0.11
327 14 0.01
328 154 0.06
329 102 0.04
330 78 0.03
331 83 0.03
332 287 0.11
333 101 0.04
334 181 0.07
335 293 0.11
336 86 0.03
337 85 0.03
338 90 0.03
339 13 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (324 bp):
AAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGAATTTAAGTTATATATTTTTTATT
ATTATTGTGGCAGAAAATTGACTAAAAAACATTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAAT
CATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATG
ATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTGAAT
TTAAGGATTTGTATTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCTGATTTAATTAGATATTTCTTCAAAAG
Found at i:1258 original size:656 final size:655
Alignment explanation
Indices: 3--1228 Score: 1689
Period size: 656 Copynumber: 1.9 Consensus size: 655
1 AA
*
3 AAACGTTATTAGAAGCGTTAAACACCCTTCAATCTTTTTTATTGTAAGTTATATATTTTTTATTA
1 AAACGTTATTAGAAGCGTTAAACACCCTTCAATCTTTTTAATTGTAAGTTATATATTTTTTATTA
* *
68 TTATTGTGGCAGAAAATTGACTAAAAACATTCGGGTCAATTTTTCAAAATTTTAGTCGAAATCAT
66 TTATTGTGGCAGAAAATTGACTAAAAACATTCGGGTCAATTTTTCAAAATTTTAGCCCAAATCAT
* * * *
133 GTACTAACCATCACGGTTTTGGGCTAAAAACGCGTTCGGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCATGATT
131 GTACTAACCATCACGGTTTTGAGCTAAAAACACGTTCGAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATT
* * *
198 TTTTGTGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTTGAATTT
196 TTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTAACCAAATCTTACACATATTTGAATTG
* *
263 AAGGATTTATTTTTACGAGCATCACAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATGAAATTAAAAAAAA
261 AAGGATTTATATTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATGAAATT-AAAAAAA
* * *
328 AAAAAGAAAAACGATTTTAGAAGCGTAAAAGGCCCTTCATTCTTTTTGATCTTCACTTATATATT
325 AAAAAGAAAAACGATTTTAGAAGCGTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATCTTAACTTATATATT
* *
393 TTTTATTATTAGTGTGGCAAAAAATTAAGTAAAAAACATTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAA
390 TTTTATTATTAGTGTGGCAAAAAATTAACTAAAAAACATTCGGGTAAATTTTTTCAAAATTTTAA
*
458 CCGAAATCGTGTAATAACCATCACCGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTT
455 CCGAAATCGTGTAATAACCATCACCGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTT
* * * * * * *
523 TTGCATGATTTTTTGCGCCTAGACTCCTTCAAATATATATATTGATCTAACGAAATCATACACAT
520 TTCCATGAATTTTGGCCCCGAGACTCCTACAAATATATATATTCATCTAACGAAATCATACACAT
588 ATTGAATTTAAGGATTTGTATTTACAAGCATCAGAATATTTTTATGATTTAATTAGATATTTCTT
585 ATTGAATTTAAGGATTTGTATTTACAAGCATCAGAATATTTTTATGATTTAATTAGATATTTCTT
653 CAAAAG
650 CAAAAG
**
659 AAACGTTATTAGAAGC-TCTAAACGGCCTTCAATCTTTTTGAATT-TAAGTTATATATTTTTTAT
1 AAACGTTATTAGAAGCGT-TAAACACCCTTCAATCTTTTT-AATTGTAAGTTATATATTTTTTAT
* * *
722 TGTTATTGTGGTAGAAAATTGACTAAAAAACCCTT-GGGTCAATTTTTTCAAAATTTT-GCCCAA
64 TATTATTGTGGCAGAAAATTGACT-AAAAA-CATTCGGGTCAA-TTTTTCAAAATTTTAGCCCAA
* * * *
785 ATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACACGTTCTAGGGCCCCGAGTTAGTTTTGCA
126 ATCATGTACTAACCATCACGGTTTTGAGCTAAAAACACGTTCGAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
* * *
850 TGATTTTTTGCGCCAAGTCTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAACCAAATCTTAGACATA-TTG
191 TGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTAACCAAATCTTACACATATTTG
* * * ** *** *
914 GATTGAAGGATTTGTATTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCTGATTTAATTAGAAAT-TTCTT-CA
256 AATTGAAGGATTTATATTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATGAAATTAAA
* * * *
977 AAAAAAAAAGAAAAACG-TTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTTATTTTAAGTTAT
321 AAAAAAAAAGAAAAACGATT-TTAGAAGCGTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATCTTAACTTAT
** ** * * *
1041 ATATTTTTTTATTATTTTTGTGGCTGAAAATTGACTAAAATACCTTCGGG-AAATTTTTTACAAA
385 ATA-TTTTTTATTATTAGTGTGGCAAAAAATTAACTAAAAAACATTCGGGTAAATTTTTT-CAAA
* * *
1105 ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-CGATTTTATGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGTCC
448 ATTTTAACCGAAATCGTGTAATAACCATCACCG-TTTT-TGGCT-AAAAACGCGTTCCGGGGCCC
* * * * *
1169 CGGCTTAGTTTTCCATTAATTTTGGCCCCGAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAA
510 CGACTCAGTTTTCCATGAATTTTGGCCCCGAGACTCCTACAAATATATATATTCATCTAA
1229 TAATTTTTCA
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 65, Indels: 22
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
652 2 0.00
653 68 0.14
654 74 0.15
655 8 0.02
656 193 0.39
657 132 0.27
658 17 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (655 bp):
AAACGTTATTAGAAGCGTTAAACACCCTTCAATCTTTTTAATTGTAAGTTATATATTTTTTATTA
TTATTGTGGCAGAAAATTGACTAAAAACATTCGGGTCAATTTTTCAAAATTTTAGCCCAAATCAT
GTACTAACCATCACGGTTTTGAGCTAAAAACACGTTCGAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATT
TTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTAACCAAATCTTACACATATTTGAATTG
AAGGATTTATATTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATGAAATTAAAAAAAA
AAAAGAAAAACGATTTTAGAAGCGTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATCTTAACTTATATATTT
TTTATTATTAGTGTGGCAAAAAATTAACTAAAAAACATTCGGGTAAATTTTTTCAAAATTTTAAC
CGAAATCGTGTAATAACCATCACCGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
TCCATGAATTTTGGCCCCGAGACTCCTACAAATATATATATTCATCTAACGAAATCATACACATA
TTGAATTTAAGGATTTGTATTTACAAGCATCAGAATATTTTTATGATTTAATTAGATATTTCTTC
AAAAG
Found at i:2910 original size:325 final size:327
Alignment explanation
Indices: 1--4137 Score: 3648
Period size: 332 Copynumber: 12.6 Consensus size: 327
* * * * *
1 AAAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACA-CCCTTCAATCTTTTT--TATTGTAAGTTATATATTTTT
1 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA-AGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTG-AA-TTATATAATTTT
* * ** ** *
63 TATTATTATTGTGG-CAGAAAATTGACTAAAAA--CATTCGGGTCAATTTTT-CAAAAT-TTTAG
63 TATGAGTATTGTGGACA-AAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAG
* * * * * *
123 TCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTGGGCTAAAAACGCGTT-CGGGGGCCTCGACTCAGT
127 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCC-CGGCTTAGT
* * * * * * *
187 TTTGCATGATTTTTTGTGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTAA-CGAAATCTTA-CA
191 TTTCCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGC-
* * * * * * ** * *
250 CATATTTGAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCACAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATG
254 CACA-TTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAAT-TTTTTTCGATTTAATCAGAAAT-
* ***
315 AAATTAAAAAAAAAAAAA
316 TAATT------TGGAAAA
* * * * * * * *
333 GAAAAACGATTTTAGAAGCGT-AAAAGGCCCTTCATTCTTTTTGATCTTCACTTATATATTTTTT
1 -AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-GCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAATTTTT
* * * * * *** * * *
397 ATTATTAGTGTGG-CAAAAAATTAAGTAAAAA-ACATTCGGGTCAATTTTTTCAAAAT-TTTAAC
64 ATGAGTATTGTGGAC-AAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAGC
* * * * * *
459 CGAAATCGTGTAATAACCATCACCGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
128 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTT
* * * * * *
524 TGCATGATTTTTTGCGCCTAGACTCCTTCAAATATATATATTGATCTAA-CGAAATCAT-A-CAC
193 TCCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATC-TCAGC-C
* * * * * * * *
586 ATATTGAATTTAAGGATTTGTAT-TTACAAGCATCAGAATATTTTTAT-GATTTAATTAGATATT
255 ACATTGGATTTAAGGATATGT-TCTTGCGAGCATCTGAAT-TTTTT-TCGATTTAATCAGAAATT
*
649 --TCTT--CAAA
317 AAT-TTGGAAAA
* * * * * * * *
657 AGAAACGTTATTAGAAGC-TCTAAACGGCCTTCAATCTTTTTGAAT-TT-AAGTTATATATTTTT
1 AAAAACGATATTAGAAGCGT-GAAAAGCCCTTAAATCTTTTTG-GTGTTGAA-TTATATAATTTT
* * ** **** * *
719 TATTG-TTATTGTGGTA-GAAAATTGACTAAAAAACCCTT-GGGTCAATTTTTTCAAAAT-TTT-
63 TA-TGAGTATTGTGG-ACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTA
* * * * ** *
779 GCCCAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACACGTTCTAGGGCCCCGAG-TTAG
126 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCG-GCTTAG
* * * * * * * *
843 TTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGTCTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAACCAAATCTTAGAC
190 TTTTCCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCC
* * * * ** * * *
908 ATATTGGATTGAAGGATTTGTAT-TTACGAGCATCAAAATCTTTTTCTGATTTAATTAGAAATTT
255 ACATTGGATTTAAGGATATGT-TCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTC-GATTTAATCAGAAATTA
* ***
972 CTTCAAAAAAAAAA
318 ATT----TGGAAAA
* * * * ** * *
986 GAAAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTTAT-TTTAAGTTATATATTTTTT
1 -AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAA-TTATATA-ATTTT
* * * * ** ** ** * *
1050 TATTATTTTTGTGG-CTGAAAATTGA-CTAAAA-TACCTTCGGGAAATTTTTTACAAAAT-TTTA
63 TATGAGTATTGTGGAC-AAAAATTGAGGAAAAAGT-TTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTA
*
1111 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTATGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTA
126 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT-TGGCT-AAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTA
* * * * * *
1176 GTTTTCCATTAATTTTGGCCCCGAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAAT-AATTTTTCAG
189 GTTTTCCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAA-ATCTCAG
* ** * * * * *
1240 CCATATTGTTTTTAAGGATATATTCTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCCGAAAAT
253 CCACATTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAAT-TTTTTTCGATTTAATCAGAAATT
1305 AATTTTGAAGAAAAAAAAA
317 AA-TTTG--G-----AAAA
* * *
1324 GAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAACCCCTTAAATCTTTTTGGTGCTGAATTATATAATTTTTA
1 -AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAATTTTTA
* * * * * *
1389 TGATTATTGTGGACAAGAATTGAGTAAAAAGTTTTTCGTGTCAGTTTTTGCAAAAT-TTTATCTG
65 TGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAGCCG
** * * * ***
1453 AAATTATGTGCTAAACATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGTCCTAACTTAGTTTTC
130 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTC
* * * * *
1517 CTTGATTTTTGGTGCTGAGACTCCTTGTAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT
195 CATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT
* *
1582 GGATTTGAGGATATATTCTTGCGAGCATCTG-ATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGA
260 GGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGG-
1646 AAAAA
324 -AAAA
* * *
1651 TGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAATGTTT
1 --AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAATTTTT
* * * * *
1716 AAGATTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAATAGTTTTTCAGGTTAGTTTTTGCAAAAT-TTTAGCC
64 ATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAGCC
* * ** * *
1780 AAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGATCCCGTCTTAGTTTT
129 GAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTT
* * * * *
1845 CCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCCTTGAAGTATCTATATTCAACTAATCAAGTCTCAGCCACAT
194 CCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAT
* * * *
1910 TGGATTTAAGGATATGATCTTAC-ATGCATCTGAATCTTTCTTTCGATTTAGTTAGAAATTAATT
259 TGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGA-GCATCTGAAT-TTT-TTTCGATTTAATCAGAAATTAATT
1974 TGGAAGAAAA
321 T-G--GAAAA
* * * * *
1984 TAGGGAAAACGATATTAGAAGCGTTAAAAGGCTTTCAATGTTTTTGGTGTTGAATTATAT-ATTT
1 -A---AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAATTT
* ** * ** **** ** *
2048 TATATGAGCATTGTGTCCAAAAATTTTAAAAAAAAAAAATTCTAGTTAGTTTTTTGCAAAA-ATT
62 T-TATGAGTATTGTGGACAAAAA-TTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAG-TTTTTGCAAAATATT
** * * * * * *
2112 TAGCTAAAATCGTGTACAAACCATCACGGTTTTT-TCTAAAAACACGTTCCGGGGTCCTGTCTCA
124 TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTA
* * * * *
2176 GATTTCCATGATTTTTTGCGCCTAGACTACTTGAAAT-TACTATTTTCATC---T-AAATCTCAG
189 GTTTTCCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATAT-CTATATTCATCTAATCAAATCTCAG
* * * * *
2236 CCACATTGGATTTAAGGATATGTTCTTACGAGCATCTGAATCTTTATTCAATTTTA-CTAGAATT
253 CCACATTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAAT-TTTTTTCGATTTAATC-AGAAAT
2300 TAATTT-G-AAA
316 TAATTTGGAAAA
*
2310 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATAT-ATTTTTAA
1 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAATTTTT-A
* * * * * *
2374 TGAGTATTGTTGACAAAAATTCAGGTAGAAGTTTTTCAGGTCAGTTTTTGTAAAAT-TTTAGCCG
65 TGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAGCCG
* * *
2438 AAAATCGTATACTAACCTTCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTT-GTTT
130 -AAATCGTGTACTAACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTT
* * *
2502 TCCACGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAAACTCAGCCACA
193 TCCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
*
2567 TTGCATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTG
258 TTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTG
2632 G-AAA
323 GAAAA
* *
2636 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTAT
1 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAATTTTTAT
* * * *
2701 TAGTATTGTGGACAAAGATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATAT-GCCGA
66 GAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAGCCGA
*
2765 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTGTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCC
131 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCC
* * * *
2830 ACGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAGTATCTATATTCATCTATTCAAATCTCAGCCACACTG
196 ATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTG
* *
2895 GATTTAAGTATATGTTCTTACGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAA
261 GATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGG--
2960 AAAAAA
324 --AAAA
2966 AGATAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGAG-GTTGAATTATATAATTTT
1 A-A-AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTG-GTGTTGAATTATATAATTTT
* *
3030 TATTAGCATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAA-ATTTAGC
63 TATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAGC
* *
3094 CGAAATCGTG---T----ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCAGCTTAGTTT
128 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTT
* * * * *
3152 TCCACGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAAACTCAGTCACA
193 TCCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
* *
3217 TTGCATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTG
258 TTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTG
3282 GAAAAAAAAAA
323 G------AAAA
3293 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTT-GTGGTTGAATTATATAATTTTT
1 -AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGT-GTTGAATTATATAATTTTT
* * * * *
3357 ATTAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTCGAGTCAGTTTGTGCAAAA-ATTTAGCT
64 ATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAGCC
* * * *
3421 TAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTGGCTAAAAAGGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTTTT
129 GAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTT
* * * *
3485 -CAGTGATTTTTGGCACCTAGACTCCTTGAACTATC-ATATTCATCTAATCGAATCT-AGCCACA
194 CCA-TGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
* * * * *
3547 TTGGATTTAAAGATATTTTCTTGCAAGCATATGAATTTTTTTTATCGATTTAATCAGAAATAAAT
258 TTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAA--TTTTTT-TCGATTTAATCAGAAATTAAT
3612 TTGGAAAAAAA
320 TTGG---AAAA
* * * * *
3623 AGAAGAACGATATTAGAACCTTGAAAAGCTC-TAAATCCTTTTCGTGTTGAATTATATAATTTTT
1 A-AA-AACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAATTTTT
* *
3687 ATGAGTATTGTGGACAAAAATTTGAGGAAATAGTTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAAT-TTTAGC
64 ATGAGTATTGTGGACAAAAA-TTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAGC
* **** * * * *
3751 TGAAATCGTGTACTAACCATCATTAATTTTGACTAAAAACGTGTTCCGGGGTCCCGACTTAATTT
128 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTT
* * * * * * *
3816 TCCATGATTTTTTGCACAGAGACTCCTTGAAGTATCTATATTAATCTATTCAAATCTCAACCACA
193 TCCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
* *
3881 TTGGATTTAAGGATATGTTTTTGCGAGCATATGAATTTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTT
258 TTGGATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAA-TTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTT
3946 GGATAAAA
322 GG--AAAA
* *
3954 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAAATTTTAT
1 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAATTTTTAT
* * *** * * *
4019 AAGTATTGTGAACAAAAATTGAGGAATAAA-TTTTTCATATCTGTTTTTGCAAAAT-TTTAACCT
66 GAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAA-AAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAGCCG
* * ** * ** * *
4082 AAATCGTATAATAACCATCAC-AATTTTGTCTAAAAAAACGTTCCTGGTTCCCGGCT
130 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCT
4138 GAACATAAGC
Statistics
Matches: 3235, Mismatches: 436, Indels: 271
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
320 17 0.01
321 37 0.01
322 276 0.09
323 116 0.04
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325 338 0.10
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327 24 0.01
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330 207 0.06
331 178 0.06
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338 99 0.03
339 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (327 bp):
AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAATTTTTAT
GAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAGCCGA
AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCC
ATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTG
GATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAA
AA
Found at i:2976 original size:658 final size:659
Alignment explanation
Indices: 1--4117 Score: 3873
Period size: 658 Copynumber: 6.3 Consensus size: 659
* * * ** *
1 AAAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACA-CCCTTCAATCTTTTT--TATTGTAAGTTATATATTTTT
1 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA-AGCCCTTAAATCTTTTTGGGGTTG-AA-TTATATAATTTT
* ** *
63 TATTATTATTGTGG-CAGAAAATTGACTAAAAACA---TTCGGGTCAATTTTT-CAAAAT-TTTA
63 TATTAGTATTGTGGACA-AAAATTGAGGAAAAA-ATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTA
* * *
122 GTCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTGGGCTAAAAACGCGTT-CGGGGGCCTCGACTCAG
126 GCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTT-GGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCC-CGACTTAG
* * * * * *
186 TTTTGCATGATTTTTTGTGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTAA-CGAAATCTTA-C
189 TTTTCCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGC
* * * * * ** * *
249 ACATATTTGAATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCACAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAAT
253 -CACA-TTGGATTTAAGGATATGTTCTTACGAGCATCTGAAT-TTTTTTCGATTTAATCAGAAAT
* *** * * * *
314 GAAATTAAAAAAAAAAAAAGAAAAACGATTTTAGAAGCGT-AAAAGGCCCTTCATTCTTTTTGAT
315 -TAATT--TGGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-GCCCTTAAATCTTTTTGGT
* * * * * * * * **** *
378 CTTCACTTATATATTTTTTATTATTAGTGTGG-CAAAAAATT-AAGTAAAAAACATTCGGGTCAA
376 GTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGAC-AAAAATTGAGGTAAAAGTTTTTCGGGTCAG
* * * *
441 TTTTTTCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTAATAACCATCACCG-TTTTTGGCTAAAAATGCGTTC
440 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-CGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * * * * * * * * *
505 CGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTAGACTCCTTCAAATATATATATTGATC
504 CGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * * * * * * * *
570 TA-ACGAAA-TCATACACATATTGAATTTAAGGATTTGTAT-TTACAAGCATCAGAATATTTTTA
569 TATTCAAAACTCA-GC-CACATTGCATTTAAGGATATGT-TCTTACGAGCATCTGAATCTTTTT-
* * *
632 T-GATTTAATTAGATATT--TCTT-CAAAAG
630 TCGATTTAATCAGAAATTAAT-TTGGAAAAG
* * * * * ** * *
659 --AAACGTTATTAGAAGC-TCTAAACGGCCTTCAATCTTTTT-GAATTTAAGTTATATATTTTTT
1 AAAAACGATATTAGAAGCGT-GAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGGGTTGAA-TTATATAATTTTT
* ** *** * *
720 ATT-GTTATTGTGGTA-GAAAATTGACTAAAAAACCCTT-GGGTCAATTTTTTCAAAAT-TTT-G
64 ATTAG-TATTGTGG-ACAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAG
* * * ** * *
780 CCCAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACACGTTCTAGGGCCCCGAGTTAGTT
127 CCGAAATCATGTACTAACCATCACGG-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTT
* * * * * * * *
845 TTGCATGATTTTTTGCGCCAAGTCTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAACCAAATCTTAGACAT
191 TTCCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC
* * ** * * **
910 ATTGGATTGAAGGATTTGTAT-TTACGAGCATCAAAATCTTTTTCTGATTTAATTAGAAATTTCT
256 ATTGGATTTAAGGATATGT-TCTTACGAGCATCTGAATTTTTTTC-GATTTAATCAGAAATTAAT
*** * * * * ** *
974 TCAAAAAAAAAAGAAAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTTAT-TTTAAGT
319 TTGGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAA-T
* * * * * * ** ** *
1038 TATATATTTTTTTATTATTTTTGTGG-CTGAAAATTGA-CTAAAA-TACCTTCGGGAAATTTTTT
383 TATATA-ATTTTTATGAGTATTGTGGAC-AAAAATTGAGGTAAAAGT-TTTTCGGGTCAGTTTTT
* *
1100 ACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTATGGCTAAAAAACGCGTTCCGGG
445 GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG-TTTTTTGGCT-AAAAACGCGTTCCGGG
* * * * *
1165 GTCCCGGCTTAGTTTTCCATTAATTTTGGCCCCGAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAAT
508 GTCCCGGCTTAGTTTTCCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATT
*** * ** * *
1230 -AATTTTTCAGCCATATTGTTTTTAAGGATATATTCTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
573 CAA-AACTCAGCCACATTGCATTTAAGGATATGTTCTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTT
* *
1294 AATCCGAAAATAATTTTGAAGAAAAAAAAAG
637 AATCAGAAATTAA-TTTG--G-----AAAAG
* * * *
1325 AAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAACCCCTTAAATCTTTTTGGTGCTGAATTATATAATTTTTAT
1 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTAT
* * * * * * * *
1390 GATTATTGTGGACAAGAATTGAGTAAAAAGTTTTTCGTGTCAGTTTTTGCAAAAT-TTTATCTGA
66 TAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAGCCGA
* * * * **
1454 AATTATGTGCTAAACATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGTCCTAACTTAGTTTTCC
131 AATCATGTACTAACCATCACG-GTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTTTTCC
* * ** * *
1518 TTGATTTTTGGTGCTGAGACTCCTTGTAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTG
195 ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTG
* * *
1583 GATTTGAGGATATATTCTTGCGAGCATCTG-ATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGG-A
260 GATTTAAGGATATGTTCTTACGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAA
* * *
1646 AAAAATGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAA
325 AAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAA
* * * * *
1711 TGTTTAAGATTATTGTGGACAAAAATTGAGG-AAATAGTTTTTCAGGTTAGTTTTTGCAAAATTT
390 TTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGTAAA-AGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTT
* * * ** * *
1775 TAGCCAAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGATCCCGTCTTA
454 TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTA
* * * * * **
1840 GTTTTCCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCCTTGAAGTATCTATATTCAACTAATCAAGTCTCAGC
519 GTTTTCCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAAACTCAGC
* * * *
1905 CACATTGGATTTAAGGATATGATCTTAC-ATGCATCTGAATCTTTCTTTCGATTTAGTTAGAAAT
584 CACATTGCATTTAAGGATATGTTCTTACGA-GCATCTGAATCTTT-TTTCGATTTAATCAGAAAT
1969 TAATTTGGAAGAAAATAGG
647 TAATTT-G--G-AAA-A-G
* * * * * * *
1988 GAAAACGATATTAGAAGCGTTAAAAGGCTTTCAATGTTTTTGGTGTTGAATTATAT-ATTTTATA
1 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTT-TA
* * ** * ** *** ** *
2052 TGAGCATTGTGTCCAAAAATTTTAAAAAAAAAAAATTCTAGTTAGTTTTTTGCAAAA-ATTTAGC
65 TTAGTATTGTGGACAAAAA-TTGAGGAAAAAATTTTTCGGGTCAG-TTTTTGCAAAATATTTAGC
** * * ** * * * * *
2116 TAAAATCGTGTACAAACCATCACGGTTTTTTCTAAAAACACGTTCCGGGGTCCTGTCTCAGATTT
128 CGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTTTT
* * * *
2181 CCATGATTTTTTGCGCCTAGACTACTTGAAAT-TACTATTTTCATC---T-AAATCTCAGCCACA
193 CCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATAT-CTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
* * * *
2241 TTGGATTTAAGGATATGTTCTTACGAGCATCTGAATCTTTATTCAATTTTA-CTAGAATTTAATT
257 TTGGATTTAAGGATATGTTCTTACGAGCATCTGAAT-TTTTTTCGATTTAATC-AGAAATTAATT
*
2305 T-G-----AAA-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTA
320 TGGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGTGTTGAATTA
* * * * *
2363 TAT-ATTTTTAATGAGTATTGTTGACAAAAATTCAGGTAGAAGTTTTTCAGGTCAGTTTTTGTAA
385 TATAATTTTT-ATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGTAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
* *
2427 AATTTTAGCCGAAAATCGTATACTAACCTTCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCC
449 AATTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCAC-GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCC
* *
2492 CGGCTT-GTTTTCCACGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAA
512 CGGCTTAGTTTTCCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAA
*
2556 ACTCAGCCACATTGCATTTAAGGATATGTTCTTGCGAGCATCTGAAT-TTTTTTCGATTTAATCA
577 ACTCAGCCACATTGCATTTAAGGATATGTTCTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATCA
2620 GAAATTAATTTGG-AAA-
642 GAAATTAATTTGGAAAAG
*
2636 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTAT
1 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGGGTTGAATTATATAATTTTTAT
* * * *
2701 TAGTATTGTGGACAAAGATTGAGGGAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATAT-GCCGA
66 TAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTAGCCGA
* *
2765 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTGTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTCC
131 AATCATGTACTAACCATCACGGTT-TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTTAGTTTTCC
* * * * *
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*
2895 GATTTAAGTATATGTTCTTACGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAA
260 GATTTAAGGATATGTTCTTACGAGCATCTGAATTTTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGG-A
*
2960 AAAAAAAGATAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGAG-GTTGAATTATAT
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* * * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *** * * *
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TTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGGTAAAAGTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTA
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TTGGAAAAG
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Done.