Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014575.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14596, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11077
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.21, T:0.31
Found at i:6044 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 6004--6632 Score: 419
Period size: 35 Copynumber: 18.6 Consensus size: 35
5994 ATTACCCTTG
*
6004 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGACTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGACTTA
*
6039 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTGTTGAC---
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGACTTA
* ** * *
6071 CCTAA--ACCCT-AA--ACCCTAACCCTA--AAC---
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCT-A-CTTATTGACTTA
* *
6098 CATAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGACTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGACTTA
*
6133 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTT-TT---TGA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGACTTA
6164 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTG----A
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGACTTA
* **
6195 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTCGCTGACTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTT-ATTGACTTA
* * * * *
6230 ATTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTAAATTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACTTATTGACTTA
* * * * * *
6265 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATAACTGAATTT
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGACTTA
* *
6300 CTTAATTACCCTGAA-TAA---AGTTACTG-CTTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGAC-TTA
* * *
6331 CTTAATTTCCCTGAATTAAGTTACTAATTGACTTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGAC-TTA
* * * * * *
6367 CTTAATTATCCTGAATCAAGTTGCTAAATGACTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGACTTA
* *
6402 CTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGA-TTACTGAAC-TA
1 CTTAATTACCCTGAATT-AAGCT-ACTTATTG-ACTTA
* *
6438 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACTTATTGACTTA
* *
6473 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACTTATTGACTTA
** * *
6508 CTTAATTACCCTGAATTAAATTGA-TTATTGAATTG
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACTTATTGACTTA
* * *
6543 CTTAATTACCCTGAATTAAGTCGA-TTACTGACTCA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAG-CTACTTATTGACTTA
* * *
6578 CTTAATTCCCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACTTATTGACTTA
*
6613 CTTAATCACCCTGAATTAAG
1 CTTAATTACCCTGAATTAAG
6633 TTGATTACTG
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 63, Indels: 66
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
27 9 0.02
28 1 0.00
29 9 0.02
30 12 0.02
31 76 0.15
32 13 0.03
34 8 0.02
35 305 0.61
36 63 0.13
37 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
CTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGACTTA
Found at i:6093 original size:6 final size:7
Alignment explanation
Indices: 6069--6098 Score: 53
Period size: 7 Copynumber: 4.4 Consensus size: 7
6059 CTACTTGTTG
6069 ACCCTAA
1 ACCCTAA
6076 ACCCTAA
1 ACCCTAA
6083 ACCCT-A
1 ACCCTAA
6089 ACCCTAA
1 ACCCTAA
6096 ACC
1 ACC
6099 ATAATTACCC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.27
7 16 0.73
ACGTcount: A:0.40, C:0.47, G:0.00, T:0.13
Consensus pattern (7 bp):
ACCCTAA
Found at i:6093 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 6069--6098 Score: 53
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
6059 CTACTTGTTG
6069 ACCCTAAACCCTAA
1 ACCCTAAACCCTAA
6083 ACCCT-AACCCTAA
1 ACCCTAAACCCTAA
6096 ACC
1 ACC
6099 ATAATTACCC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
13 11 0.69
14 5 0.31
ACGTcount: A:0.40, C:0.47, G:0.00, T:0.13
Consensus pattern (14 bp):
ACCCTAAACCCTAA
Found at i:6167 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 6100--6214 Score: 167
Period size: 31 Copynumber: 3.6 Consensus size: 31
6090 CCCTAAACCA
* *
6100 TAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGACTTACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGCTACTT-TT---TGACT
6135 TAATTACCCTGAATTAAGCTACTTTTTGACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGCTACTTTTTGACT
*
6166 TAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGACT
1 TAATTACCCTGAATTAAGCTACTTTTTGACT
6197 TAATTACCCTGAATTAAG
1 TAATTACCCTGAATTAAG
6215 TTATTCGCTG
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 3, Indels: 4
0.92 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 52 0.68
34 2 0.03
35 23 0.30
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (31 bp):
TAATTACCCTGAATTAAGCTACTTTTTGACT
Found at i:6633 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 6163--6645 Score: 569
Period size: 35 Copynumber: 14.0 Consensus size: 35
6153 CTACTTTTTG
* *
6163 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACTTA-T---TG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTT
*
6194 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTCGCTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTGACTT
* * *
6229 AATTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
* * *
6264 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATAACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
* *
6299 TCTTAATTACCCTGAA-TAA--AG-TTACTG-CTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC-TT
* * *
6330 ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTT-ACTAATTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGAC-TT
* * * * *
6366 ACTTAATTATCCTGAATCAAGTTGCTAAATGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
6401 ACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGAAC-T
1 ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTG-ACTT
6437 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
6472 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
* * *
6507 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTGATTATTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
* * *
6542 GCTTAATTACCCTGAATTAAGTCGATTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
*
6577 ACTTAATTCCCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
*
6612 ACTTAATCACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
6646 CTTTTCTTAC
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 46, Indels: 30
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.01
31 44 0.11
32 4 0.01
34 5 0.01
35 269 0.69
36 63 0.16
37 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
Found at i:9439 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 9398--9461 Score: 128
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
9388 TGCTCTCTCT
9398 CTCTCTCTCTCTCTTTAGATTTTCTAGTTTTC
1 CTCTCTCTCTCTCTTTAGATTTTCTAGTTTTC
9430 CTCTCTCTCTCTCTTTAGATTTTCTAGTTTTC
1 CTCTCTCTCTCTCTTTAGATTTTCTAGTTTTC
9462 TTTATCTTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 32 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.28, G:0.06, T:0.56
Consensus pattern (32 bp):
CTCTCTCTCTCTCTTTAGATTTTCTAGTTTTC
Done.