Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014579.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14600, whole genome shotgun sequence
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12 ACCCTATAAA
* *
22 GATTTAAGGA-TTGTTTTTACAAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGTAATTAATTCAAA
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* * * *
86 AAAAGAAAAACGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAACACCCTTAAATCTTTTTTATTTTAAGTTA
66 AAAA-AAAAA-GAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTA
* *
151 TATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAACAAACCTTCGGGTCATTTTTTTCAAAA
129 TATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTCAAAA
* * * *
216 TTTTATCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGATAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAAC
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* * * *
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258 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTT
346 ACACATATTG
323 ACACATATTG
** * * *
356 GATTTAAGGATTTGACTTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAAAAATTAATTGAAA
1 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAATTCAAA
* * * * * * *
421 AAAAGAAGAAGAGGAAAACCGATATTAGAAGCTTAAAAGGTCCTTCATTCTTTTTGATCTTGACT
66 AAAA-AA-AA-A-GAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGT
* * * * *
486 TGTATATTTTTTATTATTAGTAT-TGG-AAAAAATTGTGTAAAAAACATTCGCGTCAAATTTTTC
127 TATATATTTTTTATTATTA-T-TGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTC
* *
549 AAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCC
189 AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC
* * * *
614 CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCCTCTAACAAAA
254 CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAA
679 TCTTACACATATTG
319 TCTTACACATATTG
*
693 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAG--A--AA--CTAA
1 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAATTCAAA
* * * * * * * *
752 AAAAAAAAAG-AAAACTGATATTGGTAGCGTGAAACGACCTTCAATCATTTTAATTATAAGTTAT
66 AAAAAAAAAGAAAAAC-GATATTAGAAGCTTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTAT
* * *
816 ATATTTTTTATTATTATTGTGGAAAAAAAATGAGTAAAAAACCTTCGGGTCAAATTTTTTTCCAA
130 ATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACCTTCGGGTC-AA-TTTTTTCAAA
* *
881 ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAA
192 ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGA
*
946 CTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGAGTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCT
257 CTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCT
1011 TACACATATTG
322 TACACATATTG
*
1022 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAATT-AAA
1 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAATTCAAA
* * * * * * * * * *
1086 AAAAAAGAGGAAAACCGATATTAGAAGGTTAAAAGGCCCTTCATTCTTTTTGATCTTGACTTGTA
66 AAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTATA
* * * *
1151 TATTTTTGATTATTAGTATGG-AAAAAATTGAGTAAAAAACTTTCGGGTCAATTTTTTTCAAAAT
131 TATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACCTTCGGGTCAA-TTTTTTCAAAAT
* * **
1215 TTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCTTCACGGTTTTTTTCCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGAC
194 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGAC
* * * * * *
1280 TCGGTTTTGCCTGATTTTTTACGCAAAGACTCTTTAAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTT
258 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTT
1345 ACACATATTG
323 ACACATATTG
* * ** *
1355 GATTGAAGGATTTGGTTTTATTAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAA---ATA
1 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAATTCAAA
* * * * * * *
1417 ATAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAC-CCCTTCATTCATTTTGATCTTGACTTATA
66 AAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTATA
* * * * * *
1481 TAATTTCTATTATT-TGTGTGG-AAAAAATTGTGTAAAAAACATTCGAGTCAATTTTTTGAAAAT
131 TATTTTTTATTATTAT-TGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTCAAAAT
1544 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACT
194 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACT
* *
1609 CAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTTCTGAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTA
259 CAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTA
*
1674 CACATGTTG
324 CACATATTG
* *
1683 GATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACATAAATTAATTCAAA
1 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAATTCAAA
* * * ** *
1748 AAAAGAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCTTGAAACACCCTGAAATCTTTTTTATTTTAAGTTA
66 AAAA-AAAAA-GAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTA
1813 TATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAACAAACCTTCGGGTCAATTTTTTTCAAA
129 TATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAA-AAACCTTCGGGTCAA-TTTTTTCAAA
* * *
1878 ATTTTATCCGAAATCGTGTACTAACCGTCATC-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCTG
192 ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCG
* * *
1942 ACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCTAGACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTAACGAAATC
256 ACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATC
2007 TTACACATATTG
321 TTACACATATTG
* * * * ** **
2019 AATTTAAGGATTTGTGTGTACGAGCATCAGAATCTTTTTCGGATTTAATTAGAAATTTCTTCAAA
1 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAATTC-AA
* *
2084 AAAAAGAAAAAGAAAAACGTTATTAGAAGCGTT-AAACGCCCTACAATCTTTTTGATTTTAAGTT
65 AAAAA-AAAAAGAAAAACGATATTAGAAGC-TTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTT
* * * *
2148 ATGTATTTTTTATTATGATTGTGGCAGAAAATTGACTAAAAAACCTTCGGGTCAA-TTTTT-AAA
128 ATATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTCAAA
* * * * *
2211 AATTTAGCCGAAATC--G--------ATCACGGTTTTTGGTTAATAACACGTTCCGGGTCCCCGA
192 ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGA
* * * *
2266 CTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAAACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTCACGAAATCT
257 CTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCT
*
2331 TATACATATTG
322 TACACATATTG
* * * ** **
2342 AATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCTGATTTAATTAGAAATTTCTTCAAA
1 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAATTC-AA
* *
2407 AAAATAAATAAAGAAAAACGTTATTAGAAGCTTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTT
65 AAAA-AAA-AAAGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTT
* *
2472 ATATATTTTTTATTATTATTGTGGCAGAAAA-TGTACTAAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTCAA
128 ATATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTG-A-GAAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTCAA
* * *
2536 AATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCTGGGGCCCCG
191 AATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCG
* * *
2601 ACTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAAACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTAACGAAATC
256 ACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATC
2666 TTACACATATTG
321 TTACACATATTG
* * * ** **
2678 AATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCTGATTTAATTAGAAATTTCTTC--A
1 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAATTCAAA
* * * * *
2741 AAAAAAAAAGATAAACGTTATTAGAAG-TGTTAAACGCCCTTCAATATTTTTTATTTTAAGTTAT
66 AAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCT-TAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTAT
* * * *
2805 ATATTTTTTATTATTATTGTGGCAGAAAATTGACCAAAAAACATTCGGGTCAAATTTTTCAAAAT
130 ATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTCAAAAT
** *
2870 TTTAGCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAAGGGCCTCGACT
194 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACT
* *
2934 CAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATATATATTGATCTAACGAAATCTTA
259 CAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTA
2999 CACATATTG
324 CACATATTG
* * * *
3008 GAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCACAATCTTTTTCCGTTTTAAACAGAAATGAATT---A
1 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAATTCAAA
* * * * * * *
3070 AAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAGGCCCTTCATTCTTTTTGATCTTCACTTATA
66 AAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTATA
* * *
3135 TATTTTTTATTATTAGTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAAACATTTGGGTCAATTTTTTCAAAATT
131 TATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATT
* * * * *
3200 TTAACCGAAATCGAGTAATAACCATCACCGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGACTC
195 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTC
* * *
3265 AGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTAGACTCCTTAAAATATATATATTTATCTAACGAAATCTTAC
260 AGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTAC
3330 ACATATTG
325 ACATATTG
* * * * * * ** ** * *
3338 AATTTATGTATTTGTATTTACGAGCATCATAATATTTTTATGATTTAATTAGATATTACTTC---
1 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAATTCAAA
* * *
3400 -----AAAA-AAAAACGTTATTAGAAGCTCT-AAACGGCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTGT
66 AAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCT-TAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTAT
* *
3458 ATATTTTTTATTATTATTGTGGCAGAAAATTGACTAAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTCAAAAT
130 ATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTCAAAAT
* * * *
3523 TTTTGCCCAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTAGCTAAAAA
194 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
3568 TATCTATATT
Statistics
Matches: 2838, Mismatches: 316, Indels: 126
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
322 1 0.00
323 174 0.06
324 242 0.09
325 10 0.00
326 24 0.01
327 75 0.03
328 154 0.05
329 361 0.13
330 390 0.14
331 174 0.06
332 53 0.02
333 226 0.08
334 118 0.04
335 83 0.03
336 456 0.16
337 292 0.10
338 4 0.00
339 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAATTCAAA
AAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTATA
TATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTT
TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCA
GTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTACA
CATATTG
Found at i:3258 original size:660 final size:662
Alignment explanation
Indices: 23--3567 Score: 4544
Period size: 660 Copynumber: 5.4 Consensus size: 662
13 CCCTATAAAG
* * * *
23 ATTTAAGGA-TTGTTTTTACAAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGTAATTAATTCAAAA
1 ATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTACTTC--AA
* * * *
87 AAAGAAAAACGAAAAACGATATTAGAAGC-TTGAAACACCCTTAAATCTTTTTTATTTTAAGTTA
64 AAA-AAAAA-GAAAAACGATATTAGAAGCGTT-AAACGCCCTTCAATATTTTTGATTTTAAGTTA
* * **
151 TATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAACAAACCTTCGGGTCATTTTTTTCAAAA
126 TATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGACTAAAAAACCTTCGGGTCAAATTTTTCAAAA
* * * *
216 TTTTATCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGATAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAAC
191 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGAC
* * * *
281 TCAGATTTGCATGATTTTTTGCACCAAGAGTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTT
256 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTT
** *
346 ACACATATTGGATTTAAGGATTTGACTTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAAAAA
321 ACACATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAA
* *
411 TTAATTGAAAAAAAGAAGAAGAGGAAAACCGATATTAGAAGCTTAAAAGGTCCTTCATTCTTTTT
386 TTAATT---AAAAA-AA-AA-AGGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAAGGCCCTTCATTCTTTTT
* * * * *
476 GATCTTGACTTGTATATTTTTTATTATTAGTATTGG-AAAAAATTGTGTAAAAAACATTCGCGTC
445 GATCTTAACTTATATATTTTTTATTATTAGT-GTGGCAAAAAATTGAGTAAAAAACATTCGGGTC
* *
540 AAATTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
509 AATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * * *
605 CCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCCT
574 CCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAT
* *
670 CTAACAAAATCTTACACATATTGG
639 CTAACGAAATCTTACACATATTGA
* *
694 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAG-AA--AC-TAAAAA
1 ATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTACTTCAAAA
* * * * * *
755 AAAAAAG-AAAACTGATATTGGTAGCGTGAAACGACCTTCAATCA-TTTTAATTATAAGTTATAT
66 AAAAAAGAAAAAC-GATATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAAT-ATTTTTGATTTTAAGTTATAT
* * * *
818 ATTTTTTATTATTATTGTGGAAAAAAAATGAGTAAAAAACCTTCGGGTCAAATTTTTTTCCAAAT
129 ATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGACTAAAAAACCTTCGGGTCAAA--TTTTTCAAAAT
* *
883 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAACT
192 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACT
*
948 CAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGAGTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTA
257 CAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTA
1013 CACATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAAT
322 CACATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAAT
* *
1078 TAATTAAAAAAAAAGAGGAAAACCGATATTAGAAGGTTAAAAGGCCCTTCATTCTTTTTGATCTT
387 TAATTAAAAAAAAA-AGGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAAGGCCCTTCATTCTTTTTGATCTT
* * * * *
1143 GACTTGTATATTTTTGATTATTAGTATGG-AAAAAATTGAGTAAAAAACTTTCGGGTCAATTTTT
451 AACTTATATATTTTTTATTATTAGTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAAACATTCGGGTCAA-TTTT
* * **
1207 TTCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCTTCACGGTTTTTTTCCTAAAAACGCGTTCCGGG
515 TTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGG
* * * * *
1272 GCCCCGACTCGGTTTTGCCTGATTTTTTACGCAAAGACTCTTTAAAATATCTATATTCATCTAAC
579 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAAC
* *
1337 AAAATCTTACACATATTGG
644 GAAATCTTACACATATTGA
* ** ** *
1356 ATTGAAGGATTTG-GTTTTATTAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAAAT-AAT
1 ATTTAAGGATTTGTG-TTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTACTTCAAA
* * * * *
1419 AAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAC-CCCTTCATTCA-TTTTGATCTTGACTTATAT
65 AAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAAT-ATTTTTGATTTTAAGTTATAT
* * ** * * * *
1482 AATTTCTATTATT-TGTGTGG-AAAAAATTGTGTAAAAAACATTCGAGTCAATTTTTTGAAAATT
129 ATTTTTTATTATTAT-TGTGGCAAAAAATTGACTAAAAAACCTTCGGGTCAAATTTTTCAAAATT
1545 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTC
193 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTC
* *
1610 AGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTTCTGAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTAC
258 AGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTAC
* * * *
1675 ACATGTTGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACATAAATT
323 ACATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATT
* * ** ** * * *
1740 AATTCAAAAAAAGAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCTTGAAACACCCTGAAATCTTTTTTATT
388 AATT---AAAAA-AAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAAGGCCCTTCATTCTTTTTGATC
* * *
1805 TTAAGTTATATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAACAAACCTTCGGGTCAATT
449 TTAACTTATATATTTTTTATTATTAGTGTGGCAAAAAATTGAGTAAA-AAACATTCGGGTCAA-T
* *
1869 TTTTTCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTACTAACCGTCATC-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
512 TTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * *
1933 GGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCTAGACTCCTTAAAATATCTATATTGATCT
576 GGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCT
1998 AACGAAATCTTACACATATTGA
641 AACGAAATCTTACACATATTGA
* * ** *
2020 ATTTAAGGATTTGTGTGTACGAGCATCAGAATCTTTTTCGGATTTAATTAGAAATTTCTTCAAAA
1 ATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTACTTC---A
* * *
2085 AAAAGAAAAAGAAAAACGTTATTAGAAGCGTTAAACGCCCTACAATCTTTTTGATTTTAAGTTAT
63 AAAA-AAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATATTTTTGATTTTAAGTTAT
* * * *
2150 GTATTTTTTATTATGATTGTGGCAGAAAATTGACTAAAAAACCTTCGGGTC-AATTTTT-AAAAA
127 ATATTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGACTAAAAAACCTTCGGGTCAAATTTTTCAAAAT
* * * *
2213 TTTAGCCGAAATC--G--------ATCACGGTTTTTGGTTAATAACACGTTCCGGGTCCCCGACT
192 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACT
* * * *
2268 AAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAAACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTCACGAAATCTTA
257 CAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTA
* * * * * **
2333 TACATATTGAATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCTGATTTAATTAGAAAT
322 CACATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAAT
** * * * * *
2398 TTCTTCAAAAAAATAAATAAAGAAAAACGTTATTAGAAGCTTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGA
387 TAATT---AAAAA-AAA-AAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAAGGCCCTTCATTCTTTTTGA
* * * * * *
2463 TTTTAAGTTATATATTTTTTATTATTATTGTGGCAGAAAA-TGTACTAAAAAACCTTCGGGTCAA
447 TCTTAACTTATATATTTTTTATTATTAGTGTGGCAAAAAATTG-AGTAAAAAACATTCGGGTCAA
* * *
2527 TTTTTTCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCT
511 TTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * *
2592 GGGGCCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAAACTCCTTAAAATATCTATATTGATCT
576 GGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCT
2657 AACGAAATCTTACACATATTGA
641 AACGAAATCTTACACATATTGA
* ** *
2679 ATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCTGATTTAATTAGAAATTTCTTCAAAA
1 ATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTACTTCAAAA
* * * *
2744 AAAAAAGATAAACGTTATTAGAAGTGTTAAACGCCCTTCAATATTTTTTATTTTAAGTTATATAT
66 AAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATATTTTTGATTTTAAGTTATATAT
* * *
2809 TTTTTATTATTATTGTGGCAGAAAATTGACCAAAAAACATTCGGGTCAAATTTTTCAAAATTTTA
131 TTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGACTAAAAAACCTTCGGGTCAAATTTTTCAAAATTTTA
** *
2874 GCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAAGGGCCTCGACTCAGT
196 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGT
* *
2938 TTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATATATATTGATCTAACGAAATCTTACACA
261 TTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTACACA
* * * *
3003 TATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCACAATCTTTTTCCGTTTTAAACAGAAATGAAT
326 TATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAAT
* *
3068 T-AAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAGGCCCTTCATTCTTTTTGATCTTCACTT
391 TAAAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAAGGCCCTTCATTCTTTTTGATCTTAACTT
*
3132 ATATATTTTTTATTATTAGTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAAACATTTGGGTCAATTTTTTCAAA
456 ATATATTTTTTATTATTAGTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAAACATTCGGGTCAATTTTTTCAAA
* * * * *
3197 ATTTTAACCGAAATCGAGTAATAACCATCACCGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGA
521 ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGA
* * *
3262 CTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTAGACTCCTTAAAATATATATATTTATCTAACGAAATCT
586 CTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCT
3327 TACACATATTGA
651 TACACATATTGA
* * * * * ** ** *
3339 ATTTATGTATTTGTATTTACGAGCATCATAATATTTTTATGATTTAATTAGATATTACTTC----
1 ATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTACTTCAAAA
* * * *
3400 --AAAA-AAAAACGTTATTAGAAGC-TCTAAACGGCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTGTATA
66 AAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGT-TAAACGCCCTTCAATATTTTTGATTTTAAGTTATATA
* *
3461 TTTTTTATTATTATTGTGGCAGAAAATTGACTAAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTT
130 TTTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGACTAAAAAACCTTCGGGTCAAATTTTTCAAAATTTT
* * * *
3526 TGCCCAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTAGCTAAAAA
195 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
3568 TATCTATATT
Statistics
Matches: 2553, Mismatches: 271, Indels: 117
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
652 1 0.00
653 126 0.05
654 26 0.01
655 102 0.04
656 12 0.00
657 17 0.01
658 1 0.00
659 369 0.14
660 410 0.16
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663 39 0.02
664 339 0.13
665 102 0.04
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667 1 0.00
668 5 0.00
669 47 0.02
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671 35 0.01
672 40 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (662 bp):
ATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTACTTCAAAA
AAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATATTTTTGATTTTAAGTTATATAT
TTTTTATTATTATTGTGGCAAAAAATTGACTAAAAAACCTTCGGGTCAAATTTTTCAAAATTTTA
GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGT
TTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTTACACA
TATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTTTTTCCGATTTAAACAGAAATTAAT
TAAAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAAGGCCCTTCATTCTTTTTGATCTTAACTT
ATATATTTTTTATTATTAGTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAAACATTCGGGTCAATTTTTTCAAA
ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGA
CTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCT
TACACATATTGA
Found at i:3843 original size:277 final size:266
Alignment explanation
Indices: 3298--3844 Score: 740
Period size: 277 Copynumber: 2.0 Consensus size: 266
3288 TAGACTCCTT
* * * *
3298 AAAATATATATATTTATCTAACGAAATCTTACACATATTGAATTTATGTATTTGTATTTACGAGC
1 AAAATATATATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTGAATTGAAGGATTTGTATTTACGAGC
* * *
3363 ATCATAATATTTTTATGATTTAATTAGATATTACTTCAAAAAAAAACGTTATTAGAAGCTCTAAA
66 ATCAGAATATATTTATGATTTAATTAGAAATTACTTCAAAAAAAAACGTTATTAGAAGCTCTAAA
* *
3428 CGGCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTGTATATTTTTTATTATTATTGTGGCAGAAAATTGACT
131 CGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTATATATTTTTTATTATTATTGTGGCAGAAAATTGACT
* * * *
3493 AAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTTGCCCAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTT
196 AAAAAAACTTCGGGTCAATATTTTCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
3558 TAGCTA
261 TAGCTA
* * *
3564 AAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTGAATTGAAGGATTTGTTTTTACGAGT
1 AAAATATATATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTGAATTGAAGGATTTGTATTTACGAGC
* *
3629 ATCAGAATCTATTTATGATTTAATTAGAAATTTCTTCAAAAAAGAAAAGAAAGAAAAACGTTATT
66 ATCAGAATATATTTATGATTTAATTAGAAATTACTTC----------A-AAA-AAAAACGTTATT
* *
3694 AGAAG-TGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTATATATTTTTTA-TATTGATT-TT
119 AGAAGCT-CTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTATATATTTTTTATTATT-ATTGTG
* *
3756 GCAGAAAATTGACTAAAAAAACTTCTGGTCAATATTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
182 GCAGAAAATTGACTAAAAAAACTTCGGGTCAATATTTTCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTA
*
3821 ACCATCACGGTTTTTGGCTA
247 ACCATCACGGTTTTTAGCTA
3841 AAAA
1 AAAA
3845 CACGTTCCGG
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 23, Indels: 17
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
266 90 0.37
276 1 0.00
277 91 0.37
278 62 0.25
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (266 bp):
AAAATATATATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTGAATTGAAGGATTTGTATTTACGAGC
ATCAGAATATATTTATGATTTAATTAGAAATTACTTCAAAAAAAAACGTTATTAGAAGCTCTAAA
CGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTATATATTTTTTATTATTATTGTGGCAGAAAATTGACT
AAAAAAACTTCGGGTCAATATTTTCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
TAGCTA
Found at i:4294 original size:333 final size:334
Alignment explanation
Indices: 3564--4310 Score: 1140
Period size: 333 Copynumber: 2.2 Consensus size: 334
3554 TTTTTAGCTA
*
3564 AAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTGAATTGAAGGATTTGTTTTTACGAGT
1 AAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTGAATTGAAGGATTTGTTTTTACGAGC
* *
3629 ATCAGAATCTATTTATGATTTAATTAGAAATTTCTTCAAAAAAGAAAAGAAAGAAAAACGTTATT
66 ATCAGAATCTTTTTATGATTTAATTAGAAATTTCTTC-AAAAAGAAAAGAAACAAAAACGTTATT
* *
3694 AGAAGTGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTATATATTTTTTATATTGATTTTGCA
130 AGAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTATATATTTTTTATATTGATTTGGCA
* * *
3759 GAAAATTGACTAAAAAAACTTCTGGTCAATATTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
195 GAAAATTGACTAAAAAAACTTCAGGTCAATATTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTAAAC
*
3824 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCGTC
260 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTATTGCAAGATTTTTTGCGTC
* *
3889 AAGTCTCCTT
325 AAGACTCCTC
* *
3899 AAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTGAATCGAAGGATTTGTATTTACGAGC
1 AAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTGAATTGAAGGATTTGTTTTTACGAGC
* * *
3964 ATCATAATATTTTTATGATTTAATTAGAAATTTCTTC-AAAATAAAA-AAACAAAAACGTTATTA
66 ATCAGAATCTTTTTATGATTTAATTAGAAATTTCTTCAAAAAGAAAAGAAACAAAAACGTTATTA
* *
4027 GAAGCGTTAAGCGCCCTTCAATGTTTTTGATTTTAAGTTATATATTTTTTATTATT-ATTGTGGC
131 GAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTATATATTTTTTA-TATTGATT-TGGC
* * *
4091 AGAAAATTGACTAAAAAACCTTCAGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTATTAAA
194 AGAAAATTGACTAAAAAAACTTCAGGTCAATATTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTAAA
* * *
4156 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTATTGCATGATTTTTTGGGT
259 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTATTGCAAGATTTTTTGCGT
*
4221 CTAGACTCCTC
324 CAAGACTCCTC
* * * * * * * **
4232 AAAATATCTATATTCATCTATCGAAATCTTACACAAAGTGGATTTAAGAATTCATTTTTACGAGC
1 AAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTGAATTGAAGGATTTGTTTTTACGAGC
4297 ATCAGAATCTTTTT
66 ATCAGAATCTTTTT
4311 CCGATTT
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 38, Indels: 6
0.89 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
332 67 0.18
333 209 0.56
335 96 0.26
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (334 bp):
AAAATATCTATATTGATCTAACGAAATCTTACACATATTGAATTGAAGGATTTGTTTTTACGAGC
ATCAGAATCTTTTTATGATTTAATTAGAAATTTCTTCAAAAAGAAAAGAAACAAAAACGTTATTA
GAAGCGTTAAACGCCCTTCAATCTTTTTGATTTTAAGTTATATATTTTTTATATTGATTTGGCAG
AAAATTGACTAAAAAAACTTCAGGTCAATATTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTAAACA
TCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTATTGCAAGATTTTTTGCGTCA
AGACTCCTC
Done.