Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014591.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14612, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:125 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 84--127 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
74 GCAAAAGTGT
**
84 AAAAAGGGGGCGGTATTTAGC
1 AAAAAGGGGGCGGTAAATAGC
*
105 AAAAGGGGGGCGGTAAATAGC
1 AAAAAGGGGGCGGTAAATAGC
126 AA
1 AA
128 TAAGCATCTG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.39, T:0.14
Consensus pattern (21 bp):
AAAAAGGGGGCGGTAAATAGC
Found at i:7053 original size:29 final size:31
Alignment explanation
Indices: 6996--7057 Score: 92
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
6986 ATGTAAGAGT
6996 GTTTTATTTTACATAAAACTGTCAGTTATCATA
1 GTTTTATTTTACATAAAAC--TCAGTTATCATA
7029 GTTTTATTTTACATAAAAC-C-GTTATCATA
1 GTTTTATTTTACATAAAACTCAGTTATCATA
7058 ATTAATTGAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 4
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
29 9 0.31
30 1 0.03
33 19 0.66
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (31 bp):
GTTTTATTTTACATAAAACTCAGTTATCATA
Found at i:10161 original size:199 final size:198
Alignment explanation
Indices: 9809--11150 Score: 1760
Period size: 199 Copynumber: 6.8 Consensus size: 198
9799 AAATTTGAAT
* * *
9809 GTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAAAT
1 GTGC-GGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATT
* * * * *
9874 AATTATGAAATGAAGTATGTGCCAACTTCTTGACCCGCTTTTGGAGTTCAAAATTTACATTGACA
65 AATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACA
* * * *
9939 ATGTATTGTATAATAAACCTATAAGAACAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACT
130 GTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACT
*
10004 GCAA
195 GCAC
* * * *
10008 GCGCAAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTCCCTTAGGGAATATATATTAATATTATATATTTAATT
1 GTGC-GGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATT
* * * ** *
10073 AATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATAGAGTTTAAAATTTACAATGACA
65 AATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACA
* * *
10138 GCGTGTTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACT
130 GTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACT
10203 GCAC
195 GCAC
*
10207 GTGCGGGATTTGAGGGTTGACATGTG-TCCCTTTAGGGAATATGTATTAATATT-AA-A-TTAAT
1 GTGCGGG-TTTAAGGGTTGACATGTGTTCCC-TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAAT
* * * * *
10268 TAATTATGAAATGGGGTATATGTCAACTTCCTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACATAGAC
64 TAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGAC
* * * * *
10333 AGTGTATTGTATACTAATTCTATAAGAACAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGTAGAC
129 AGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGAC
10398 TGCAC
194 TGCAC
*
10403 GTGCGGGCTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAGTA
1 GTGCGGG-TTTAAGGGTTGACATGTGTTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTA--A
* * *
10468 TTAATTATGAAATGGGGTATGTGACAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGA
63 TTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGA
* *
10533 CAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATGCAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGA
128 CAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGA
10598 CTGCAC
193 CTGCAC
* *
10604 GTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATTCCTTTAGGGAATATGTATTAATA-T---TATTTAATT
1 GTGC-GGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATT
* * *
10665 AATTATGAAAT-AGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGAC
65 AATTATGAAATGA-GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGAC
* * * * * *
10729 AGTCTATTGTGTAATAATCATATAAAAAAAATTATATAATACACCGT-AGTGGAATTTAGCAGAC
129 AGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGAC
10793 TACACGCAC
194 T----GCAC
* ** **
10802 G-GGGGGTTTTTGGGGTTGACATGTG-TCCTCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTTATATTTAA
1 GTGCGGG-TTTAAGGGTTGACATGTGTTCC-CTTAGGGAATATGTATTAATA-TTAAATATTTAA
* * * *
10865 TTAATTATGAAAT-AGGATATGTGTCAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAGAATTTATC-CT
63 TTAATTATGAAATGAGG-TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTA-CATT
* * *
10928 AACAGTGTATTGTATAATAATCTTATTAA-AAAGATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC
126 GACAGTGTATTGTATAATAATCCTA-TAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC
10992 AGACTGCAC
190 AGACTGCAC
* * *
11001 ATGCATGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATT
1 GTGC-GGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATT
*
11066 AATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACA
65 AATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACA
*
11131 TTGTATTGTATAATAATCCT
130 GTGTATTGTATAATAATCCT
11151 TATTATAAAG
Statistics
Matches: 1000, Mismatches: 113, Indels: 60
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
194 17 0.02
195 100 0.10
196 173 0.17
197 48 0.05
198 14 0.01
199 307 0.31
200 41 0.04
201 176 0.18
202 103 0.10
203 21 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (198 bp):
GTGCGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTA
ATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAG
TGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTG
CAC
Found at i:10870 original size:397 final size:394
Alignment explanation
Indices: 9809--11148 Score: 1784
Period size: 397 Copynumber: 3.4 Consensus size: 394
9799 AAATTTGAAT
* *
9809 GTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAAAT
1 GTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATT--ATATTTAATT
** * * * * *
9874 AATTATGAAATGAAGTATGTGCCAACTTCTTGACCCGCTTTTGGAGTTCAAAATTTACATTGACA
64 AATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACATTGACA
* *
9939 ATGTATTGTATAATAAACCTATAAGAACAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACT
129 GTGTATTGTATAAT-AATCTATAAGAACAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACT
* * *
10004 --GCAAGCGCAAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTCCCTTAGGGAATATATATTAATATTATATAT
193 CAGC-A-CGGAGGGTTTAAGGGTTGACATGTG-TCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATATAT
* * * * *
10067 TTAATTAATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATAGAGTTTAAAATTTACA
255 TTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACA
* * * *
10132 ATGACAGCGTGTTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAG
320 ATGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAG
10197 CAGACTGCAC
385 CAGACTGCAC
* * * *
10207 GTGCGGGATTTGAGGGTTGACATGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATATTA-AATTAATTAA
1 GTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATATTTAATTAA
* * *
10271 TTATGAAATGGGGTATATGTCAACTTCCTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACATAGACAGT
66 TTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACATTGACAGT
* *
10336 GTATTGTATACTAATTCTATAAGAACAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGTAGACT--
131 GTATTGTATAATAA-TCTATAAGAACAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTCA
* *
10399 GCACGTGCGGGCTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTT
195 GCACG-GAGGG-TTTAAGGGTTGACATGTGT-CCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATATATTT
* * *
10464 AGTATTAATTATGAAATGGGGTATGTGACAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACA
257 A--ATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACA
* *
10529 TTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATGCAATACACCGTCAGTGGAGTTTAG
320 ATGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAG
10594 CAGACTGCAC
385 CAGACTGCAC
* * *
10604 GTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATTCCTTTAGGGAATATGTATTAATA-T-TATTTAATTAA
1 GTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATATTTAATTAA
* * *
10667 TTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGT
66 TTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACATTGACAGT
* * * * * * *
10732 CTATTGTGTAATAATCATATAAAAAAAATTATATAATACACCGT-AGTGGAATTTAGCAGACTAC
131 GTATTGTATAATAATC-TATAAGAACAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACT-C
* ** *
10796 ACGCACGGGGGGTTTTTGGGGTTGACATGTGTCCTCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTTATAT
194 A-GCACGGAGGG-TTTAAGGGTTGACATGTGTCC-CTTAGGGAATATGTATTAATA-TTATATAT
* * * *
10861 TTAATTAATTATGAAATAGGATATGTGTCAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAGAATTTATC
255 TTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTA-C
* * *
10926 -CTAACAGTGTATTGTATAATAA-TCTTATTAA-AAAGATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTT
319 AATGACAGTGTATTGTATAATAATTC-TA-TAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTT
10988 TAGCAGACTGCAC
382 TAGCAGACTGCAC
* **
11001 ATGCATGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATT
1 GTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATT--ATATTTAATT
*
11066 AATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACA
64 AATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACATTGACA
*
11131 TTGTATTGTATAATAATC
129 GTGTATTGTATAATAATC
11149 CTTATTATAA
Statistics
Matches: 832, Mismatches: 89, Indels: 39
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
393 2 0.00
394 6 0.01
395 189 0.23
396 106 0.13
397 334 0.40
398 96 0.12
399 14 0.02
401 85 0.10
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (394 bp):
GTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATATTTAATTAA
TTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACATTGACAGT
GTATTGTATAATAATCTATAAGAACAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTCAG
CACGGAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATATATTTAATT
AATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACAATGACA
GTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACT
GCAC
Found at i:11069 original size:596 final size:593
Alignment explanation
Indices: 9814--11150 Score: 1903
Period size: 596 Copynumber: 2.2 Consensus size: 593
9804 TGAATGTGCG
* *
9814 GGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAAATAATTA
1 GGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTA
** * * *
9879 TGAAATGAAGTATGTGCCAACTTCTTGACCCGCTTT-TGGAGTTCAAAATTTACATTGACAATGT
66 TGAAATGGGGTATGTGACAACTTCTTAACCCG-TTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAATGT
* * *
9943 ATTGTATAATAAACCTATAAGAACAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAA
130 ATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAA
*
10008 GCGCAAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTCCCTTAGGGAATATATATTAATATTATATATTTAATT
195 GCGCAAGGTTTAAGGGTTGACATGTATTCCCTTAGGGAATATATATTAATATTATATATTTAATT
* * **
10073 AATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATAGAGTTTAAAATTTACAATGACA
260 AATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAATCCAAAATTTACAATGACA
* * * *
10138 GCGTGTTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACT
325 GCGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGAATTTAGCAGACT
10203 GCACGTGCGGGATTTGAGGGTTGACATGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATTAAT
390 GCACGTGCGGGATTTGAGGGTTGACATGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATTAAT
* *
10268 TAATTATGAAATGGGGTATATGTCAACTTCCTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACATAGAC
455 TAATTATGAAATAGGATATATGTCAACTTCCTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACATAGAC
* * *
10333 AGTGTATTGTATACTAATTCTATAAGAACAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGTAGAC
520 AGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAACAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGAC
*
10398 TGCACGTGC
585 TGCACATGC
10407 GGGCTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAGTATTAA
1 GGG-TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTA--ATTAA
*
10472 TTATGAAATGGGGTATGTGACAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAGT
63 TTATGAAATGGGGTATGTGACAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAAT
* *
10537 GTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATGCAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGC
128 GTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGC
* * ** * *
10602 ACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATTCCTTTAGGGAATATGTATT-A-A-TAT-TATTTAA
193 AAGCGCAAGGTTTAAGGGTTGACATGTATTCCCTTAGGGAATATATATTAATATTATATATTTAA
* * * *
10663 TTAATTATGAAAT-AGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTG
258 TTAATGATGAAATGA-GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAATCCAAAATTTACAATG
*
10727 ACAGTC-TATTGTGTAATAATCATATAAAAAAAATTATATAATACACCGT-AGTGGAATTTAGCA
322 ACAG-CGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGAATTTAGCA
* *
10790 GACTACACGCACG-GGGGGTTTTTG-GGGTTGACATGTGT-CCTCTTAGGGAATATGTATTAATA
386 GACT----GCACGTGCGGG-ATTTGAGGGTTGACATGTGTCCCT-TTAGGGAATATGTATTAATA
* * * * * *
10852 TTTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGATATGTGTCAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCA
445 ---TTA-AATTAATTAATTATGAAATAGGATATATGTCAACTTCCTAACCCGCTTATGGAATCCA
* *
10917 GAATTTATCCTA-ACAGTGTATTGTATAATAA-TCTTATTAA-AA-AGATTATACAATACACCGT
506 AAATTTA-CATAGACAGTGTATTGTATAATAATTC-TA-TAAGAACA-ATTATACAATACACCGT
10978 CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGC
567 CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGC
*
11005 ATGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATT
1 -GGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATT
* * *
11070 ATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACATTGT
65 ATGAAATGGGGTATGTGACAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAATGT
11135 ATTGTATAATAATCCT
130 ATTGTATAATAATCCT
11151 TATTATAAAG
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 54, Indels: 39
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
591 18 0.03
592 104 0.16
593 10 0.01
594 92 0.14
595 13 0.02
596 245 0.37
597 6 0.01
598 173 0.26
599 8 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (593 bp):
GGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTA
TGAAATGGGGTATGTGACAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAATGTA
TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAAG
CGCAAGGTTTAAGGGTTGACATGTATTCCCTTAGGGAATATATATTAATATTATATATTTAATTA
ATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAATCCAAAATTTACAATGACAG
CGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGAATTTAGCAGACTG
CACGTGCGGGATTTGAGGGTTGACATGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATTAATT
AATTATGAAATAGGATATATGTCAACTTCCTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACATAGACA
GTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAACAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACT
GCACATGC
Found at i:11503 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 11478--11508 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
11468 TCTACATATT
11478 ATAAAGATTTAGTAAA
1 ATAAAGATTTAGTAAA
*
11494 ATAAATATTTAGTAA
1 ATAAAGATTTAGTAA
11509 TATTTTTCAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (16 bp):
ATAAAGATTTAGTAAA
Found at i:12604 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 12589--12628 Score: 53
Period size: 10 Copynumber: 4.0 Consensus size: 10
12579 TGAGAAACGA
12589 GATGGGACGG
1 GATGGGACGG
*
12599 GATGGGACGA
1 GATGGGACGG
*
12609 GATAGGACGG
1 GATGGGACGG
*
12619 GACGGGACGG
1 GATGGGACGG
12629 AAGGTCTTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 25 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.12, G:0.55, T:0.07
Consensus pattern (10 bp):
GATGGGACGG
Found at i:12610 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 12585--12627 Score: 68
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
12575 GGATTGAGAA
* *
12585 ACGAGATGGGACGGGATGGG
1 ACGAGATAGGACGGGACGGG
12605 ACGAGATAGGACGGGACGGG
1 ACGAGATAGGACGGGACGGG
12625 ACG
1 ACG
12628 GAAGGTCTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 21 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.51, T:0.07
Consensus pattern (20 bp):
ACGAGATAGGACGGGACGGG
Found at i:15977 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 15911--16049 Score: 207
Period size: 45 Copynumber: 3.2 Consensus size: 45
15901 AACAACAATT
15911 AATATTA-ACTTTATTTTGATGAATTATCTAGAGATGGAGGAGTAG
1 AATATTAGA-TTTATTTTGATGAATTATCTAGAGATGGAGGAGTAG
*
15956 AGTATTAGATTTATTTTGATGAATTATCTAGAGATGGAGGAGTAG
1 AATATTAGATTTATTTTGATGAATTATCTAGAGATGGAGGAGTAG
* *
16001 AATATTAGCTTTATTTTGATGAATTACCTAGAGAT--A-GAGTAG
1 AATATTAGATTTATTTTGATGAATTATCTAGAGATGGAGGAGTAG
16043 AAT-TTAG
1 AATATTAG
16050 GTAATGCACT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 4, Indels: 6
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.04
42 9 0.10
43 1 0.01
45 74 0.83
46 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (45 bp):
AATATTAGATTTATTTTGATGAATTATCTAGAGATGGAGGAGTAG
Found at i:18866 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 18858--18886 Score: 58
Period size: 3 Copynumber: 9.7 Consensus size: 3
18848 AAATACTAAT
18858 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA
18887 CCACCTTGTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 26 1.00
ACGTcount: A:0.66, C:0.00, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:20724 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 20677--20711 Score: 61
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
20667 ACAAAAATAG
20677 TA TA TA GTA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
20712 CACTAGCATA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
2 30 0.94
3 2 0.06
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.03, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
TA
Done.