Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014592.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14613, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13505
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Found at i:599 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 304--650 Score: 529
Period size: 176 Copynumber: 2.0 Consensus size: 175
294 ATTTATACAA
* *
304 TACACCGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGTACATGTGT
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGGGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGTACATGTGT
*
369 ACCCTTAGGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATATGGTATGTGTTAAACTTC
66 ACCCTTAGGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATAGGGTATGTG-TAAACTTC
*
434 TTAACAC-TCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATATAT
130 TTAACACGT-TTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATATAT
* *
480 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGTAGACTGCATGGTGCGGGGGTTTAACTTTAAGGGTTG-ACATGT
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCA-CGTG-GGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGTACATGT
* * * * *
544 TTACCTTTA-GGGAGTATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTT
64 GTACCCTTAGGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATAGGGTATGTGTAAACTT
*
608 CTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTAT
129 CTTAACACGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTAT
651 TGTATAATAA
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 12, Indels: 7
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
175 45 0.29
176 74 0.47
177 16 0.10
178 21 0.13
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.22, T:0.36
Consensus pattern (175 bp):
TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGGGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGTACATGTGT
ACCCTTAGGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATAGGGTATGTGTAAACTTCT
TAACACGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATATAT
Found at i:745 original size:378 final size:373
Alignment explanation
Indices: 3--1611 Score: 1628
Period size: 381 Copynumber: 4.3 Consensus size: 373
1 GA
*
3 GAATATGGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATATGGTATGTGTTAGCTTCTTAACCCTCT
1 GAATAT-GTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATATGGTATGTGTTAACTTCTTAA-CCTCT
* * *
68 TATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGATTGC
64 TATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATATATTACACCGTCAGTGGAGTTTAGAAGACTGC
133 ATGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTTTACCTTTAGGGAGTATGTATTAATATTAAAT
129 ATGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTTTACCTTTAGGGAGTATGTATTAATATTAAAT
*
198 ATTTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTTTAAAATTCACACT
194 ATTTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTTCAAAATTCACACT
263 GACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAA-AAAATTTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGCA
259 GACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGCA
*
327 GACTGCACGTGTGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGTACATGTGTACCCTTAGGG
324 GACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTG-ACATGTGTACCCTTA-GG
379 GAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATATGGTATGTGTTAAACTTCTTAACACTCT
1 GAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATATGGTATGTGTT-AACTTCTTAAC-CTCT
*
444 TATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATATATTACACCGTCAGTGGAGTTTAGTAGACTGC
64 TATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATATATTACACCGTCAGTGGAGTTTAGAAGACTGC
509 ATGGTGCGGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTTTACCTTTAGGGAGTATGTATTAATATTAA
129 AT-GTGC-GGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTTTACCTTTAGGGAGTATGTATTAATATTAA
*
574 ATATTTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTCACA
192 ATATTTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTTCAAAATTCACA
*
639 CTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAG
257 CTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAG
704 CAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGG
322 CAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGG
* *
756 GAATATGTATTAATATTAAGTATTTAATTATGAAATGA-GGTATGTGTTAACTTCTTAATCCGCT
1 GAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT-ATGGTATGTGTTAACTTCTTAA-CCTCT
** * *** * *
820 TATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTATATAATA-ATTCTATAAGAAAAATTATACAA
64 TATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTA-TATAT--TACA--CCGTCAGTGGAGTT-TAGAA
* * * ** * * * *
884 TAC-CCA-CTGC-ACGTGTAGGA-TTTAAGGGTTGACAT-TTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTA
123 GACTGCATGTGCGGGGTTTA--ACTTTAAGGGTTGACATGTT-TACCTTTAGGGAGTATGTATTA
* * * * *
944 ATATTGAATATTTAATTAATTATGAAATAGAGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATT
185 ATATT-AA-A--TATTTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTT
* * * * * *
1009 CAAAATTTATACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATGCAATGCACCGTCA
246 CAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTTA
* * * *
1074 GTGGAGTTTAGCAGACTACACGTGCGGGG------TTTAAGGGTTGACATGTATTCCCTTAGT
311 GTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGG
*
1131 GAATATGTATTAATA-T---TATTTAA-TA-G------GGTATGTGTCAACTT-TTAAACC-CGT
1 GAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATATGGTATGTGTTAACTTCTT-AACCTC--
* *
1182 TTACGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAATTATACAAT
63 TTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACA--G---TG-----------TAT------A-TAT----T
* * * * ** * *
1247 ACACCGTCAGTAGAATTTAGCAGACTGCACGTGCGGGG--T---TTTGGGGGTTGACACGTGT-C
101 ACACCGTCAGTGGAGTTTAGAAGACTGCATGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTTTAC
* * * * *
1306 CTCTTAGAGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTT
166 CT-TTAGGGAGTATGTATTAATA--TTA-A-ATATTTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTT
* * * * * *
1371 CTTATCCCGCTTATGGAGTTCAGAATTTAC-CTAACAGTGTATTGTATAATAATTTTATAA-AAA
226 CTTAACCCGTTTATGGAGTTCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAA
* * * * * **
1434 AGATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAAAGTGCACATGCATGG------TTTAAGGGT
291 A-TTTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGT
*
1493 TGACATGTGTCCCCTTAGG
355 TGACATGTGTACCCTTAGG
** * *
1512 GAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCC
1 GAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGAAATATGGTATGTGTTAACTTCTTAA-CC
* * *
1577 GCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACATTGTAT
61 TCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTAT
1612 TGTATAATAA
Statistics
Matches: 1067, Mismatches: 89, Indels: 149
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
361 1 0.00
362 4 0.00
363 41 0.04
365 1 0.00
368 2 0.00
369 1 0.00
370 2 0.00
371 7 0.01
374 1 0.00
375 83 0.08
376 133 0.12
377 96 0.09
378 173 0.16
379 73 0.07
380 13 0.01
381 251 0.24
382 91 0.09
383 2 0.00
384 5 0.00
385 10 0.01
386 12 0.01
387 8 0.01
388 2 0.00
389 4 0.00
390 2 0.00
391 1 0.00
392 2 0.00
397 41 0.04
398 4 0.00
399 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (373 bp):
GAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATATGGTATGTGTTAACTTCTTAACCTCTTA
TGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATATATTACACCGTCAGTGGAGTTTAGAAGACTGCAT
GTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTTTACCTTTAGGGAGTATGTATTAATATTAAATAT
TTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTTCAAAATTCACACTGA
CAGTGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGCAGA
CTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGG
Found at i:827 original size:201 final size:203
Alignment explanation
Indices: 480--886 Score: 665
Period size: 201 Copynumber: 2.0 Consensus size: 203
470 GTGTATATAT
* * *
480 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGTAGACTGCATGGTGCGGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTT
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCATCGTGCGGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTG
* * *
545 TACCTTTAGGGAGTATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCT
66 TACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCT
* * *
610 TAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAT
131 TAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTATATAATAATCCTATAAGAAAAA
675 TTATACAA
196 TTATACAA
*
683 TACACCGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCA-CGTGC-GGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTG
1 TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCATCGTGCGGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTG
* *
746 TACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAGTATTTAATTATGAAATGAGGTATGTGTTAACTTCT
66 TACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCT
* * *
811 TAATCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTATATAATAATTCTATAAGAAAAA
131 TAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTATATAATAATCCTATAAGAAAAA
876 TTATACAA
196 TTATACAA
884 TAC
1 TAC
887 CCACTGCACG
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 15, Indels: 2
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 157 0.83
202 4 0.02
203 28 0.15
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (203 bp):
TACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCATCGTGCGGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTG
TACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCT
TAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTATATAATAATCCTATAAGAAAAA
TTATACAA
Found at i:1026 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 728--1064 Score: 525
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 176
718 GGGGTTTAAC
728 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAGTATTTAATTATGAAATG
1 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAGTATTTAATTATGAAATG
* * *
793 AGGTATGTGTTAACTTCTTAATCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTATATA
66 AGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTATATA
858 ATAATTCTATAAGAAAAATTATACAATACCCACTGCACGTGTAGGA
131 ATAATTCTATAAGAAAAATTATACAATACCCACTGCACGTGTAGGA
* *
904 TTTAAGGGTTGACATTTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTGAA-TATTTAATTAATTATG
1 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATT-AAGTA--T--TTAATTATG
* *
968 AAAT-AGAGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATTCAAAATTTATACTGACAGTGTAT
61 AAATGAG-GTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTAT
* *
1032 TGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATGCAAT
125 TATATAATAATTCTATAAGAAAAATTATACAAT
1065 GCACCGTCAG
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 9, Indels: 8
0.90 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 45 0.31
177 2 0.01
178 1 0.01
179 2 0.01
180 96 0.66
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (176 bp):
TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAGTATTTAATTATGAAATG
AGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTATATA
ATAATTCTATAAGAAAAATTATACAATACCCACTGCACGTGTAGGA
Found at i:1212 original size:183 final size:183
Alignment explanation
Indices: 581--1622 Score: 781
Period size: 199 Copynumber: 5.4 Consensus size: 183
571 TAAATATTTA
* * * * *
581 ATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAG
1 ATTAT-AAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATTCAAAATTTACACTGACAG
* * *
646 TGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTG
65 TGTATTGTATAATAATTCTATAA-AAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTG
* *
711 CACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATT
129 CACGTGCGGGG------TTTAAGGGTTGACATGT-TTCCCTTAGAGAATATGTATTAATATT
* * * * *
773 AAGTATTTAATTATGAAATGAGGTATGTGTTAACTTCTTAATCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTA
1 -A-T-TATAA--AT---A-G-GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATTCAAAATTTA
* * *
838 CACTGACAGTGTATTATATAATAATTCTATAAGAAAAATTATACAATAC-CCACTGCACGTGTAG
56 CACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATAA-AAAAATTATACAATACACC-GT-CA-GTGGA-
** ** *** * * ** **
902 GATTTA--AGGGTTGACATTTGTC--CCCTT-AGGG--AATATGTATT--AATATTGAATA--T-
116 G-TTTAGCA-GACTG-CACGTG-CGGGGTTTAAGGGTTGACATGT-TTCCCTTAGAGAATATGTA
*
955 TTAAT-TA
176 TTAATATT
* *
962 ATTATGAAATAGAGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATTCAAAATTTATACTGACAG
1 ATTAT-AAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATTCAAAATTTACACTGACAG
* * *
1027 TGTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATGCAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTA
65 TGTATTGTATAATAATTCTATAA-AAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTG
*
1092 CACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATTCCCTTAGTGAATATGTATTAATATT
129 CACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGT-TTCCCTTAGAGAATATGTATTAATATT
* * *
1148 ATT-T-AATAGGGTATGTGTCAACTT-TTAAACCCGTTTACGGAATCCAAAATTTACACTGACAG
1 ATTATAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTT-AACCCGCTTATGGAATTCAAAATTTACACTGACAG
* *
1210 TGTATTGTATAATAA-TCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTAGAATTTAGCAGACTG
65 TGTATTGTATAATAATTC-TATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTG
** * *
1274 CACGTGCGGGGTTTTGGGGGTTGACACGTGTCCTCTTAGAGAATATGTATTAATATTTTATATTT
129 CACGTGCGGGG-TTTAAGGGTTGACATGTTTCC-CTTAGAGAATATG------TA--TTA-A--T
1339 AATT
181 -ATT
* * * *
1343 AATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAGAATTTAC-CTAACA
1 -ATTAT-AAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATTCAAAATTTACACTGACA
* * *
1407 GTGTATTGTATAATAATTTTATAAAAAAGATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAAAGT
64 GTGTATTGTATAATAATTCTATAAAAAA-ATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACT
* ** * *
1472 GCACATGCATGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAAT
128 GCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGT-TTCCCTTAGAGAATATGTATTAATA-T---T
* * *
1533 ATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTA
1 A-TT-A-TAA--AT---A--GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATTCAAAATTTA
* *
1598 CATTGACATTGTATTGTATAATAAT
56 CACTGACAGTGTATTGTATAATAAT
1623 CCTTATTATA
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 97, Indels: 136
0.75 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 8 0.01
177 5 0.01
178 9 0.01
179 2 0.00
180 93 0.14
181 3 0.00
182 63 0.09
183 96 0.14
184 1 0.00
185 8 0.01
186 7 0.01
187 5 0.01
188 1 0.00
189 5 0.01
190 11 0.02
191 7 0.01
192 4 0.01
193 10 0.01
194 4 0.01
195 11 0.02
196 6 0.01
197 5 0.01
198 100 0.15
199 105 0.15
200 5 0.01
201 87 0.13
202 1 0.00
203 5 0.01
204 4 0.01
205 8 0.01
206 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (183 bp):
ATTATAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATTCAAAATTTACACTGACAGT
GTATTGTATAATAATTCTATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCA
CGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTTTCCCTTAGAGAATATGTATTAATATT
Found at i:1528 original size:198 final size:198
Alignment explanation
Indices: 1152--1623 Score: 660
Period size: 198 Copynumber: 2.4 Consensus size: 198
1142 AATATTATTT
* * *
1152 AATAGGGTATGTGTCAACTTTTAAACCCGTTTACGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
1 AATAGGGTATGTGTCAACTTTT-AACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
* * *
1217 TATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTAGAATTTAGCAGACTGCACGTGCG
65 TATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTAGAATTTAGCAAACTGCACATGCA
** * **
1282 GGGTTTTGGGGGTTGACACGTGTCCTCTTAGAGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATT
130 GGGTTTTAAGGGTTGACACGTGTCCCCTTAGAGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATT
1347 ATGA
195 ATGA
* * * *
1351 AATAGGGTATGTGTCAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAGAATTTAC-CTAACAGTGTATTG
1 AATAGGGTATGTGTCAACTT-TTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
** * * *
1415 TATAATAATTTTATAAAAAAGATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAAAGTGCACATGC
65 TATAATAATCATATAAAAAA-ATTATACAATACACCGTCAGTAGAATTTAGCAAACTGCACATGC
* * *
1480 ATGG-TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAAT
129 AGGGTTTTAAGGGTTGACACGTGTCCCCTTAGAGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAAT
1544 TATGA
194 TATGA
* * *
1549 AATGGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACATTGTATTG
1 AATAGGGTATGTGTCAAC-TTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
1614 TATAATAATC
65 TATAATAATC
1624 CTTATTATAA
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 31, Indels: 8
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
198 132 0.55
199 104 0.44
200 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (198 bp):
AATAGGGTATGTGTCAACTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGT
ATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTAGAATTTAGCAAACTGCACATGCAG
GGTTTTAAGGGTTGACACGTGTCCCCTTAGAGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTA
TGA
Found at i:6009 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 5988--6023 Score: 72
Period size: 13 Copynumber: 2.8 Consensus size: 13
5978 TTTTCGACAG
5988 ACAAAAAAAAGAA
1 ACAAAAAAAAGAA
6001 ACAAAAAAAAGAA
1 ACAAAAAAAAGAA
6014 ACAAAAAAAA
1 ACAAAAAAAA
6024 TACCTATTAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 23 1.00
ACGTcount: A:0.86, C:0.08, G:0.06, T:0.00
Consensus pattern (13 bp):
ACAAAAAAAAGAA
Found at i:10486 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10465--10508 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 21.5 Consensus size: 2
10455 TTATAATTAG
*
10465 TA TA GA TA TA CTA T- TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TCA TA TA
1 TA TA TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T-A TA TA
10508 T
1 T
10509 CATGTTAATC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 6
0.82 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 32 0.86
3 4 0.11
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
TA
Done.