Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01014594.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14615, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3940
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.19, T:0.33


Found at i:1059 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 1015--1636  Score: 834
    Period size: 35  Copynumber: 17.8  Consensus size: 35

       1005 CAGTAATAAG

                                      * *      
       1015 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTAAGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

            *  *                    **         
       1050 TAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTGCGTCAGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

                                      *  *     
       1085 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCGGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

            *                       **         
       1120 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGGTCAGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

                                    *          
       1155 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

                                    **         
       1190 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGGTCAGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

                                      *  *     
       1225 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCGGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

            *                                 * 
       1260 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAA-TCAGTAGT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTAAT

                                               
       1295 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

                            *         *  *     
       1330 CAACTTAATTCAGGGTGATTAAGTAATTCGGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

            *                       **         
       1365 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGGTCAGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

                                    * *  *     
       1400 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGATTCGGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

            *         *                       * 
       1435 TAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTGAA-TCAGTAGT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTAAT

             *                                 
       1470 CTACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

                      *     *                  
       1505 CAACTTAATTTAGGGTGATTAAGTAAGTCAGTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

            *  *                          *    
       1540 AAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

                          *         *     *    
       1575 CAACTTAATTCAGGATAATTAAGTGAGTCAATAAT
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

            * * *                      
       1610 TATCATAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
          1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG

       1637 GGTAATTAAG


Statistics
Matches: 514,  Mismatches: 69, Indels: 8
        0.87            0.12        0.01

Matches are distributed among these distances:
  34    4  0.01
  35  507  0.99
  36    3  0.01

ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.19, T:0.34


Consensus pattern (35 bp):   
CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT

Found at i:1640 original size:14 final size:14

Alignment explanation


    Indices: 1621--1647  Score: 54
    Period size: 14  Copynumber: 1.9  Consensus size: 14

       1611 ATCATAATTC

                          
       1621 AGGGTAATTAAGTA
          1 AGGGTAATTAAGTA

                         
       1635 AGGGTAATTAAGT
          1 AGGGTAATTAAGT

       1648 TTAGCAAGAA


Statistics
Matches: 13,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
  14   13  1.00

ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.30, T:0.30


Consensus pattern (14 bp):   
AGGGTAATTAAGTA
Done.