Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014628.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14649, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7331
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.15, T:0.34
Found at i:1775 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1702--2137 Score: 471
Period size: 35 Copynumber: 12.7 Consensus size: 34
1692 TTCTAACTAA
* * *
1702 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTGCTTATTG---
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
*
1733 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
*
1767 GACTTAATTACCCTGATTTAAGTTGATTACTGACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
*
1802 CACTTAATTACCCTGAATTAA---G-TTACTGCCTT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC-T
* ** * * *
1834 ACTTAGTTTTCCTGAACTAAGTT-ACTAACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG-ACT
1869 ACTTAATTACCCTGAATTAAGGTTGATTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAA-GTTGATTACTGAC-T
*
1905 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
*
1939 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACT-CGTTGAACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC--TG-ACT
* * *
1975 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTAACTAAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACT-GACT
*
2010 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
2044 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
*
2080 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTGCTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
*
2114 CACTTAATTACCTTGAATTAAGTT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
2138 ACTCATTAAC
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 35, Indels: 46
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
31 51 0.15
32 2 0.01
33 1 0.00
34 7 0.02
35 246 0.71
36 36 0.10
37 2 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (34 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
Found at i:2050 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 1702--2137 Score: 529
Period size: 105 Copynumber: 4.2 Consensus size: 105
1692 TTCTAACTAA
* * *
1702 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTGCTTA-T---TGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGACTACT
* *
1763 G-ATTGACTTAATTACCCTGATTTAAGTTGATTACTGACTC
66 GAACT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
* * * ** *
1803 ACTTAATTACCCTGAATTAA---G-TTACTGCCTTACTTAGTTTTCCTGAACTAAGTT-ACTAAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGACT-AC
* *
1863 TGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGGTTGATTACTGACTT
65 TGAACTACTTAATTACCCTGAATTAA-GTTGATTACTGACTC
1905 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACT-CG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGACTAC-
* * * *
1968 TTGAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTAACTAAATT
65 -TGAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTC
* * *
2010 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGACTACT
*
2075 GAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTGCTGACTC
66 GAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
*
2115 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
2138 ACTCATTAAC
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 27, Indels: 30
0.84 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
97 3 0.01
98 2 0.01
100 2 0.01
101 63 0.22
102 37 0.13
104 2 0.01
105 123 0.42
106 58 0.20
107 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (105 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGACTACT
GAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
Found at i:2901 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 2893--2921 Score: 58
Period size: 3 Copynumber: 9.7 Consensus size: 3
2883 CACGCCTTTA
2893 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TC
1 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TC
2922 CCTCAACCCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 26 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.34, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (3 bp):
TCT
Found at i:4844 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 4812--4851 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
4802 GACTTCCCCC
*
4812 TTTTATTTATATATATT
1 TTTTATTAATATATATT
4829 TTTTATTAATAT-TATT
1 TTTTATTAATATATATT
*
4845 TTGTATT
1 TTTTATT
4852 GTATTTTTTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.48
17 11 0.52
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.03, T:0.70
Consensus pattern (17 bp):
TTTTATTAATATATATT
Done.