Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01014679.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14700, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6434
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.19, T:0.34


Found at i:425 original size:21 final size:21

Alignment explanation


    Indices: 401--449  Score: 98
    Period size: 21  Copynumber: 2.3  Consensus size: 21

        391 CTTTGTTTAT

                                 
        401 ATTTGTTCATAGTTGTCACCG
          1 ATTTGTTCATAGTTGTCACCG

                                 
        422 ATTTGTTCATAGTTGTCACCG
          1 ATTTGTTCATAGTTGTCACCG

                   
        443 ATTTGTT
          1 ATTTGTT

        450 GTAACAGAAT


Statistics
Matches: 28,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
  21   28  1.00

ACGTcount: A:0.18, C:0.16, G:0.18, T:0.47


Consensus pattern (21 bp):   
ATTTGTTCATAGTTGTCACCG

Found at i:6188 original size:36 final size:36

Alignment explanation


    Indices: 6147--6326  Score: 265
    Period size: 37  Copynumber: 4.9  Consensus size: 36

       6137 AGATTAAGTT

                      * *  *                    
       6147 CTTTATTGACTCCACCTAATTACCCTGAATTAA-AC
          1 CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGAC

                                                 
       6182 CTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAG-C
          1 C-TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGAC

                                      *           
       6218 CTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAATTAAGTAC
          1 C-TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAG-AC

                                                 
       6256 CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTAC
          1 CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAG-AC

                                     *        
       6293 CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAATTAAG
          1 CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAG

       6327 TCCCTAACTT


Statistics
Matches: 135,  Mismatches: 6, Indels: 6
        0.92            0.04        0.04

Matches are distributed among these distances:
  35    1  0.01
  36   64  0.47
  37   68  0.50
  38    2  0.01

ACGTcount: A:0.29, C:0.24, G:0.10, T:0.37


Consensus pattern (36 bp):   
CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGAC

Found at i:6270 original size:37 final size:37

Alignment explanation


    Indices: 6139--6327  Score: 271
    Period size: 36  Copynumber: 5.2  Consensus size: 37

       6129 CTGTTTTTAG

                    *          * *  *            
       6139 ATTAAGT-TCTTTATTGACTCCACCTAATTACCCTGA
          1 ATTAAGTACCTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA

                                                  
       6175 ATTAA--ACCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
          1 ATTAAGTACC-TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA

                                               *  
       6211 ATTAAG--CCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGA
          1 ATTAAGTACC-TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA

                                                 
       6247 ATTAAGTACCTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
          1 ATTAAGTACCTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA

                                              *  
       6284 ATTAAGTACCTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGA
          1 ATTAAGTACCTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA

                   
       6321 ATTAAGT
          1 ATTAAGT

       6328 CCCTAACTTG


Statistics
Matches: 141,  Mismatches: 7, Indels: 9
        0.90            0.04        0.06

Matches are distributed among these distances:
  35    1  0.01
  36   69  0.49
  37   69  0.49
  38    2  0.01

ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.10, T:0.38


Consensus pattern (37 bp):   
ATTAAGTACCTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA

Found at i:6361 original size:37 final size:36

Alignment explanation


    Indices: 6320--6429  Score: 141
    Period size: 37  Copynumber: 3.0  Consensus size: 36

       6310 AATTACCCCG

                                       *          
       6320 AATTAAGTCC-CTAACTTGACTTAATTTCCTTCCTTGA
          1 AATTAAGTCCTCT-ACTT-ACTTAATTCCCTTCCTTGA

                                                *
       6357 AATTAAGTCCTCTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGG
          1 AATTAAGTCCTCTACT-TACTTAATTCCCTTCCTTGA

               *             *                  
       6394 AATCAAGTCCTCTACTCCACTTAATTCCCTTCCTTG
          1 AATTAAGTCCTCTACT-TACTTAATTCCCTTCCTTG

       6430 GAATC


Statistics
Matches: 67,  Mismatches: 4, Indels: 4
        0.89            0.05        0.05

Matches are distributed among these distances:
  37   64  0.96
  38    3  0.04

ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.07, T:0.39


Consensus pattern (36 bp):   
AATTAAGTCCTCTACTTACTTAATTCCCTTCCTTGA

Found at i:6430 original size:37 final size:37

Alignment explanation


    Indices: 6338--6434  Score: 158
    Period size: 37  Copynumber: 2.6  Consensus size: 37

       6328 CCCTAACTTG

                    *         *   *             *
       6338 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTCTACTCT
          1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTCTACTCC

                                                 
       6375 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTCTACTCC
          1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTCTACTCC

                                   
       6412 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATC
          1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATC


Statistics
Matches: 56,  Mismatches: 4, Indels: 0
        0.93            0.07        0.00

Matches are distributed among these distances:
  37   56  1.00

ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.07, T:0.39


Consensus pattern (37 bp):   
ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTCTACTCC
Done.