Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014713.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14734, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27721
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.19, T:0.31
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:9352 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 9310--9460 Score: 252
Period size: 38 Copynumber: 4.0 Consensus size: 38
9300 GGCTGTGCAT
* * *
9310 AGTGGACTCGCGCCTCAGGGGGTTAAACTGATGGTAAG
1 AGTGGACCCGTGCCTCAGGGGGTTAAACTGTTGGTAAG
9348 AGTGGACCCGTGCCTCAGGGGGTTAAACTGTTGGTAAG
1 AGTGGACCCGTGCCTCAGGGGGTTAAACTGTTGGTAAG
9386 AGTGGACCCGTGCCTCAGGGGGTTAAACTGTTGGTAAG
1 AGTGGACCCGTGCCTCAGGGGGTTAAACTGTTGGTAAG
*
9424 AGTGGACCCGTGCCTCA-GGGGTT-AACTGTTGGCAAG
1 AGTGGACCCGTGCCTCAGGGGGTTAAACTGTTGGTAAG
9460 A
1 A
9461 TTGTGATTGT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 4, Indels: 2
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
36 13 0.12
37 6 0.06
38 90 0.83
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.36, T:0.23
Consensus pattern (38 bp):
AGTGGACCCGTGCCTCAGGGGGTTAAACTGTTGGTAAG
Found at i:9470 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 9459--9483 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 4.2 Consensus size: 6
9449 CTGTTGGCAA
9459 GATTGT GATTGT GATTGT GATTGT G
1 GATTGT GATTGT GATTGT GATTGT G
9484 GTGCAGCCTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 19 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.00, G:0.36, T:0.48
Consensus pattern (6 bp):
GATTGT
Found at i:23449 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 23366--23652 Score: 344
Period size: 37 Copynumber: 7.8 Consensus size: 36
23356 AAAGCGATTA
* **
23366 AAGAACTTAACTCAGGAAAATTAAGTAAAAGCAGTT
1 AAGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAGCAGTT
* *
23402 AAGAACTTAATTCACGACAATTAAGTAAAAGCAGGTT
1 AAGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAGCA-GTT
*
23439 AAGAACTTAATTCAAGGCAATTAAGTAAAGAGCAGTT
1 AAGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAA-AGCAGTT
*
23476 AAAAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAGAGCAGTT
1 AAGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAA-AGCAGTT
23513 AAGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAGCAGTT
1 AAGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAGCAGTT
* * * *
23549 AAGGTACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGGCAATT
1 AA-GAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAGCAGTT
* * *
23586 AGAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAG-AAAAGCAATT
1 A-AGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAGCAGTT
* * *
23622 CGAA-ATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAA
1 --AAGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAA
23653 TAAACACAGT
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 16, Indels: 13
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
36 68 0.30
37 154 0.68
38 6 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (36 bp):
AAGAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAGCAGTT
Found at i:23675 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 23624--24055 Score: 624
Period size: 45 Copynumber: 9.6 Consensus size: 45
23614 AAGCAATTCG
*
23624 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAATAAACACAGTCAGTCA
1 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTCAGTCA
* * *
23669 AAATCTTAATTAAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACATTCAGTTA
1 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTCAGTCA
* * * * * *
23714 AAGTCTGAATTCAGGATAATTAAGAAAAGCAACCATAGTCAGTCA
1 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTCAGTCA
23759 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTCAGTCA
1 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTCAGTCA
23804 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAG-CTAGTCA
1 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTC-AGTCA
*
23849 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTCAGTTA
1 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTCAGTCA
* * * *
23894 AAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGCAACCATAGTCAGTCA
1 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTCAGTCA
*
23939 AAATCTTAAATCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTCAGTCA
1 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTCAGTCA
* *
23984 AAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAAG-AAA-ACA--CAGTTA
1 AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAG-AAAAGTAAACACAGTCAGTCA
24026 AAGA-CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAG
1 AA-ATCTTAATTCAGGGTAATTAAG-AAAAG
24056 AAGGTAAAGA
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 35, Indels: 11
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 32 0.09
44 4 0.01
45 306 0.88
46 6 0.02
ACGTcount: A:0.47, C:0.12, G:0.16, T:0.25
Consensus pattern (45 bp):
AAATCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTCAGTCA
Found at i:24064 original size:36 final size:38
Alignment explanation
Indices: 23983--24066 Score: 91
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 38
23973 ACAGTCAGTC
* *
23983 AAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAAGAAAACACAGTT
1 AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAAG---A-ACAGGT
*
24025 AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAG-A-AGGT
1 AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAAGAACAGGT
24061 AAAGAC
1 AAAGAC
24067 AAGCACAAAC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 6
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
36 9 0.23
37 1 0.03
42 29 0.74
ACGTcount: A:0.50, C:0.08, G:0.19, T:0.23
Consensus pattern (38 bp):
AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAAGAACAGGT
Found at i:24120 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 24059--24277 Score: 220
Period size: 41 Copynumber: 5.6 Consensus size: 40
24049 GTAAAAGAAG
* *
24059 GTAAAGACAAGCACAAACTTAATTTCAAGAAAGGAAATTAG
1 GTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAG-AAGGAAATTAA
* * *
24100 GTAAGGACAAGCAAAGACTTAA-TTC-AG--GGTAATTAA
1 GTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGAAGGAAATTAA
* * *
24136 GTAAAGAAAAGCACAGATTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
1 GTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAA-GAAGGAAATTAA
* * *
24177 GTAAGGACAAGCACAGACTTGA-TTC-AG--GGTAATTAA
1 GTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGAAGGAAATTAA
* * *
24213 GTAAAGAAAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGAAAATTAA
1 GTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAA-GAAGGAAATTAA
*
24254 GTAAAGACAAGCACAGATTTAATT
1 GTAAAGACAAGCACAGACTTAATT
24278 CAGGGTAATT
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 26, Indels: 20
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
36 50 0.35
37 6 0.04
38 3 0.02
39 5 0.04
40 6 0.04
41 72 0.51
ACGTcount: A:0.48, C:0.11, G:0.20, T:0.21
Consensus pattern (40 bp):
GTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGAAGGAAATTAA
Found at i:24140 original size:77 final size:77
Alignment explanation
Indices: 24059--24294 Score: 373
Period size: 77 Copynumber: 3.1 Consensus size: 77
24049 GTAAAAGAAG
* * * *
24059 GTAAAGACAAGCACAAACTTAATTTCAAGAAAGGAAATTAGGTAAGGACAAGCAAAGACTTAATT
1 GTAAAGAAAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAGGACAAGCACAGACTTAATT
24124 CAGGGTAATTAA
66 CAGGGTAATTAA
* *
24136 GTAAAGAAAAGCACAGATTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAGGACAAGCACAGACTTGATT
1 GTAAAGAAAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAGGACAAGCACAGACTTAATT
24201 CAGGGTAATTAA
66 CAGGGTAATTAA
* * * * *
24213 GTAAAGAAAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGAAAATTAAGTAAAGACAAGCACAGATTTAATT
1 GTAAAGAAAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAGGACAAGCACAGACTTAATT
24278 CAGGGTAATTAA
66 CAGGGTAATTAA
24290 GTAAA
1 GTAAA
24295 TTAGCAAAGA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 13, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
77 146 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.11, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (77 bp):
GTAAAGAAAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAGGACAAGCACAGACTTAATT
CAGGGTAATTAA
Found at i:24432 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 24387--24473 Score: 165
Period size: 37 Copynumber: 2.4 Consensus size: 37
24377 AACTTAACCC
24387 AAGGGGATTAAGTAGAGTTAAGAACTTAATTCCAAGG
1 AAGGGGATTAAGTAGAGTTAAGAACTTAATTCCAAGG
24424 AAGGGGATTAAGTAGAGTTAAGAACTTAATTCCAAGG
1 AAGGGGATTAAGTAGAGTTAAGAACTTAATTCCAAGG
*
24461 AAGGGAATTAAGT
1 AAGGGGATTAAGT
24474 TAGGGACTTG
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 49 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (37 bp):
AAGGGGATTAAGTAGAGTTAAGAACTTAATTCCAAGG
Found at i:24556 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 24516--24703 Score: 254
Period size: 36 Copynumber: 5.2 Consensus size: 36
24506 CAAGTTAGAG
*
24516 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGCGTCAATAAAGA
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAGA
* *
24552 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTTGAGTCAAGT-TAGA
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAA-TAAAGA
* *
24588 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGCGCCAATAAAGA
1 -ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAGA
* *
24625 ACTTAATTCAGGGTAACTAAGTCGAGTCAATAAAGA
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAGA
* *
24661 ACTTAATTCAGGATAAATAAGT-GAAGTCAATAAAGA
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAG-AGTCAATAAAGA
24697 ACTTAAT
1 ACTTAAT
24704 CTAAAAAGAG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 13, Indels: 8
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
35 1 0.01
36 103 0.76
37 31 0.23
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (36 bp):
ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAGA
Found at i:24584 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 24503--24703 Score: 300
Period size: 73 Copynumber: 2.8 Consensus size: 73
24493 AAGGGAATCA
24503 AGTCAAGTTAGAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGCGTCAATAAAGAACTTAATTCAGGGTAA
1 AGTCAAGTTAGAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGCGTCAATAAAGAACTTAATTCAGGGTAA
* *
24568 TTAAGTTG
66 CTAAGTCG
*
24576 AGTCAAGTTAGAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGCGCCAATAAAGAACTTAATTCAGGGTAA
1 AGTCAAGTTAGAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGCGTCAATAAAGAACTTAATTCAGGGTAA
24641 CTAAGTCG
66 CTAAGTCG
* * * *
24649 AGTCAA--TAAAGAACTTAATTCAGGATAAATAAGT-GAAGTCAATAAAGAACTTAAT
1 AGTCAAGTTAGAG-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAG-CGTCAATAAAGAACTTAAT
24704 CTAAAAAGAG
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 8, Indels: 5
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
71 5 0.04
72 37 0.31
73 76 0.64
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (73 bp):
AGTCAAGTTAGAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGCGTCAATAAAGAACTTAATTCAGGGTAA
CTAAGTCG
Done.