Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014866.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14887, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3127
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.11, T:0.34
Found at i:691 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 639--1188 Score: 506
Period size: 43 Copynumber: 11.8 Consensus size: 43
629 TATCAAATTG
* * *
639 CTTAGTTACACTGAATTAAGTTGATTACCAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* * *
682 CTTAATTACACCGAATTAAGCTATTTACTAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
725 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTAACAGATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
768 CTTAATTACACCGAATTAAGTCGTTTACTAAATTACTTAATTTAATCACAGTTTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTAC----------CA-A--TTTA
* *
824 CTTAATTATACCGAATTAAGTTGTTTGCCAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
867 CTTAATTACACTGAATTAAGTTGTTTACCAGATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* *
910 CTTAATTACACCGAATTAAGTCGTTTACTAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTAC-------C---A---AATTACCAATTTA
* * *
966 CTTAATTATACTGAATTAAGTTGTTTGCCAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* * *
1009 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCGATTAA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
* * *
1052 TTTAATTACACCGAATTAACTTAATTATACCAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTT-GTT-TACC-----A---AA--T--T-ACCAATTTA
1110 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
1153 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
1189 TTAATTACAC
Statistics
Matches: 419, Mismatches: 47, Indels: 82
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
43 290 0.69
44 2 0.00
45 5 0.01
46 4 0.01
48 2 0.00
49 1 0.00
50 2 0.00
51 1 0.00
53 5 0.01
54 1 0.00
55 1 0.00
56 75 0.18
57 3 0.01
58 27 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTA
Found at i:826 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 673--1188 Score: 809
Period size: 142 Copynumber: 3.6 Consensus size: 142
663 TTACCAAATT
* * *
673 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGCTATTTACTAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
* *
738 AATTAAGTTGTTTAACAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTCGTTTACTAAATTA
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTCGTTTACTAAATTA
803 CTTAATTTAATC
131 CTTAATTTAATC
* * * *
815 A-CAGTTTTACTTAATTATACCGAATTAAGTTGTTTGCCAAATTACCAATTTACTTAATTACACT
1 ACCA-ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACC
*
879 GAATTAAGTTGTTTACCAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTCGTTTACTAAATT
65 GAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTCGTTTACTAAATT
944 ACTTAATTTAATC
130 ACTTAATTTAATC
* * *
957 ACCAATTTACTTAATTATACTGAATTAAGTTGTTTGCCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
* * * * * ** *
1022 AATTAAGTTGCTTACCAAATTACCGATTAATTTAATTACACCGAATTAACTTAATTATACCAAAT
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAA-GTCGTT-TACTAAAT
1087 TACTTAATTTAATC
129 TACTTAATTTAATC
1101 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1166 AATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
66 AATTAAGTTGTTTACCAAATTAC
1189 TTAATTACAC
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 24, Indels: 6
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
141 2 0.01
142 234 0.68
143 5 0.01
144 105 0.30
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (142 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
AATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTCGTTTACTAAATTA
CTTAATTTAATC
Found at i:839 original size:99 final size:97
Alignment explanation
Indices: 721--1194 Score: 452
Period size: 99 Copynumber: 4.9 Consensus size: 97
711 AAATTACCAA
* *
721 TTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTAACAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTA
1 TTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTA
* *
786 AGTCGTTTACTAAATTACTTAATTTAATCACAGT
66 AGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCA-A-T
* * *
820 TTTACTTAATTATACCGAATTAAGTTGTTTGCCAAATTACCAATTTACTTAATTACACTGAATTA
1 TTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTA
* * * *
885 AGTTGTTTACCAGATTAC-CAATTTACTTAAT
66 AGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCAAT
** ** * * * * * * *** * * *
916 TACACCGAATTA-AGTCGTTTACTAAATTACTTAATTTAATCACCAATTTACTTAATTATACTGA
1 TTTACTTAATTACA-CCG--AATTAAGTT-GTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGA
*
980 ATTAAGTTGTTTGCCAAATTAC----------CAA-
62 ATTAAGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCAAT
* * * *
1005 TTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCGATTAATTTAATTACACCGAATTA
1 TTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTA
* * *
1070 ACTTAATTATACCAAATTACTTAATTTAATCACCAA
66 AGTT-GTT-TACCAAATTACTTAATTTAATCA--AT
1106 TTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTA
1 TTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTA
1171 AGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
66 AGTTGTTTACCAAATTACTTAATT
1195 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 59, Indels: 40
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
86 30 0.10
87 8 0.03
88 10 0.03
89 10 0.03
90 3 0.01
95 1 0.00
96 11 0.04
97 1 0.00
98 16 0.05
99 139 0.47
100 3 0.01
101 64 0.22
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (97 bp):
TTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTA
AGTTGTTTACCAAATTACTTAATTTAATCAAT
Found at i:1110 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1048--1116 Score: 72
Period size: 21 Copynumber: 3.3 Consensus size: 21
1038 AAATTACCGA
*
1048 TTAATTTAATTACACCGAATTAAC
1 TTAATTTAA-T-CACC-AATTTAC
*
1072 TTAA-TT-AT-ACCAAATTAC
1 TTAATTTAATCACCAATTTAC
1090 TTAATTTAATCACCAATTTAC
1 TTAATTTAATCACCAATTTAC
1111 TTAATT
1 TTAATT
1117 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 9
0.76 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.23
19 5 0.13
20 2 0.05
21 16 0.41
22 1 0.03
23 2 0.05
24 4 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.16, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
TTAATTTAATCACCAATTTAC
Found at i:1128 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 901--1194 Score: 354
Period size: 101 Copynumber: 2.9 Consensus size: 101
891 TTACCAGATT
* *
901 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTCGTTTACTAAATTA-C-TTAATTTAA-T-CACC-A
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCATTAATTTAATTACACCGA
* ** * * *
961 ATTTACTTAATTATACTGAATTAAGTT-GTTTGCCAAATT
66 ATTAACTTAATTATACCAAATT-ACTTAATTT--C-AATC
*
1000 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGCTTACCAAATTACCGATTAATTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACC-ATTAATTTAATTACACCG
1065 AATTAACTTAATTATACCAAATTACTTAATTT-AATC
65 AATTAACTTAATTATACCAAATTACTTAATTTCAATC
* *
1101 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCG
1 ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACC-ATTAATTTAATTACACCG
* *
1166 AATTAAGTT-GTT-TACCAAATTACTTAATT
65 AATTAACTTAATTATACCAAATTACTTAATT
1195 ACACCGAATT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 15, Indels: 14
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
99 58 0.34
100 3 0.02
101 72 0.42
102 9 0.05
103 1 0.01
104 7 0.04
105 23 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (101 bp):
ACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAAATTACCATTAATTTAATTACACCGA
ATTAACTTAATTATACCAAATTACTTAATTTCAATC
Found at i:1181 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1141--1216 Score: 134
Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
1131 TGTTTACCAA
*
1141 ATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG
1 ATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG
*
1176 TTTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG
1 ATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG
1211 ATTACC
1 ATTACC
1217 CACTGATTTA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 38 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (35 bp):
ATTACCAAATTACTTAATTACACCGAATTAAGTTG
Found at i:1289 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 1240--1406 Score: 298
Period size: 55 Copynumber: 3.0 Consensus size: 55
1230 TAATTGCTAC
1240 TTTACTGATTACTATTACCTTAACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTGA
1 TTTACTGATTACTATTACCTTAACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTGA
*
1295 TTTACTGATTACTATTACCTTAACTCTAATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTGA
1 TTTACTGATTACTATTACCTTAACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTGA
* * *
1350 TTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGACTAATCTCTTTTTTCTTAATTACTGA
1 TTTACTGATTACTATTACCTTAACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTGA
1405 TT
1 TT
1407 GCCCCTTTTT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 5, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 107 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.05, T:0.50
Consensus pattern (55 bp):
TTTACTGATTACTATTACCTTAACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACTGA
Found at i:2287 original size:50 final size:49
Alignment explanation
Indices: 2230--2460 Score: 266
Period size: 49 Copynumber: 4.7 Consensus size: 49
2220 TTTAAAACTG
* * * *
2230 CAATCTTTTATTCAAAGGTTACATCTCTATTTACTAATTACTCTAAAAA-T
1 CAATCTTTTACTCAAAGGTGACATCTTTACTTACTAATTA--CTAAAAATT
* * * *
2280 CAATCTTTTGCTCCAAGGTGACATCTTTACTTACTAATCACTAAAAGTTT
1 CAATCTTTTACTCAAAGGTGACATCTTTACTTACTAATTACTAAAA-ATT
* * *
2330 CAATCTTTTACCCAAAGTTGACATTTTTACTTACTAATTACTAAAAATT
1 CAATCTTTTACTCAAAGGTGACATCTTTACTTACTAATTACTAAAAATT
* ** *
2379 CAATCTTTTACACAAATATGACATTTTTACTTACTAATTACTAAAAATT
1 CAATCTTTTACTCAAAGGTGACATCTTTACTTACTAATTACTAAAAATT
* * *
2428 CAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTACTTA
1 CAATCTTTTACTCAAAGGTGACATCTTTACTTA
2461 AGTTATTTAA
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 20, Indels: 5
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
48 6 0.04
49 79 0.50
50 74 0.47
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.05, T:0.40
Consensus pattern (49 bp):
CAATCTTTTACTCAAAGGTGACATCTTTACTTACTAATTACTAAAAATT
Found at i:2401 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 2260--2460 Score: 280
Period size: 49 Copynumber: 4.1 Consensus size: 49
2250 ACATCTCTAT
* * *
2260 TTACTAATTACTCTAAAAA-TCAATCTTTTGCTCC-AAGGTGACATCTTTAC
1 TTACTAATTA--CTAAAAATTCAATCTTTTAC-CCAAAGATGACATTTTTAC
* * *
2310 TTACTAATCACTAAAAGTTTCAATCTTTTACCCAAAGTTGACATTTTTAC
1 TTACTAATTACTAAAA-ATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
* *
2360 TTACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACACAAATATGACATTTTTAC
1 TTACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
2409 TTACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
1 TTACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
2458 TTA
1 TTA
2461 AGTTATTTAA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 12, Indels: 7
0.88 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
48 6 0.04
49 81 0.60
50 49 0.36
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.05, T:0.40
Consensus pattern (49 bp):
TTACTAATTACTAAAAATTCAATCTTTTACCCAAAGATGACATTTTTAC
Done.