Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01001491.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig01491, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 678
Length: 1131
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Found at i:963 original size:333 final size:329
Alignment explanation
Indices: 1--1125 Score: 1421
Period size: 333 Copynumber: 3.4 Consensus size: 329
* * ** * *
1 TTACGAGCATATGAATTTTGTTTCTATTTAATAAAAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAATTGA
1 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAATTGA
* * *
66 TATTAAAAAGGTGAAAAGTCCACCAATATTTTTTGGTGTTAAATCATATATAATTTATGAGTATT
66 TATTAAAAAAGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTTGGTGTTAAATCATATATATTTTATGAGTATT
* * *
131 TTATCAAAAAATTGAG-GATTTTTTTTGTGTCATTTTCAGCAAATATTTAGTCAAAATCGTGTAC
131 TTATCAAAAAATTGAGAAAATTTTTTTGAGTCATTTTCAGCAAAT-TTTAG-CAAAATCGTGTAC
*
195 TAACCATCA-TGTTTTTGGCTAAAAATGAGTTCCGGAGTCCCGGCTCAATTTTTAATGATTTTTT
194 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGAGTTCCGGAGTCCCGGCTCAA-TTTTAATGA-TTTTT
* * * * * *
259 GCGT-CAAGACCT-CTCT-AAATATCTATATTCACCAAACCAAATCTCAGCTACAGTGGATTTAA
257 G-GTGCAAAAACTCCT-TGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATATAA
*
321 -GAATTGATTT
320 GGATTTG-TTT
* * *
331 TTACGAGCATATGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATATGAAAATTG
1 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA-ATATGAAAATTG
*
396 ATATTAAAAAAGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTTTGTGTTAAATCATATATATTTTATGAGTAT
65 ATATTAAAAAAGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTTGGTGTTAAATCATATATATTTTATGAGTAT
* *
461 TTTATCCAAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTGGGTCATTTTTAGCAAA-TTT-------TC--GT-
130 TTTAT-CAAAAAATTGA-GAAAATTTTTTTGAGTCATTTTCAGCAAATTTTAGCAAAATCGTGTA
* * * * * * *
515 C-AA-AATCACGGTTTTTTTGTTAAAGATGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTAATAATTTTT
193 CTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAATGAGTTCCGGAGTCCCGGCTCAATTTTAATGATTTTT
* * * * *
578 TGCGCAAAGACTCCTGGAAATATCTATATTCATTAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATATAAGG
257 GGTGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATATAAGG
643 ATTTGTTT
322 ATTTGTTT
* *
651 TTACGATCATCTTAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAATTGA
1 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAATTGA
* * *
716 TATTAAAAACGAGCAAAGTCCTCCAATA-TTTTTGGTGTTAAATCATATATATTTTATGAGTATT
66 TATTAAAAAAGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTTGGTGTTAAATCATATATATTTTATGAGTATT
** *** * *
780 TTATCCGAAAATTGAGAAAAAAAAATTTTAAATCATTTTCAGCAAATTTTTAGCCAAAATCGTGT
131 TTATCAAAAAATTGAG--AAAATTTTTTTGAGTCATTTTCAGCAAA-TTTTAG-CAAAATCGTGT
* *
845 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCCGGAGTTCCGGCTCAATTTTACATGATTTT
192 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGAGTTCCGGAGTCCCGGCTCAATTTTA-ATGATTTT
* *
910 TGGTGCAAAAACTCCTTGAAATAACTATATTCATCAAACCAAATCTAAGCCACATTGGATATAAG
256 TGGTGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATATAAG
* *
975 GGTTTATTT
321 GATTTGTTT
984 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAATTGA
1 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAATTGA
* *
1049 T-TTAAAAAAGTGAAAAGTCCTCAAATA-TTTTTGGTGTTAAATCATATATATTTTATGATTATT
66 TATTAAAAAAGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTTGGTGTTAAATCATATATATTTTATGAGTATT
*
1112 TTATCAGAAAATTG
131 TTATCAAAAAATTG
1126 TGGAAA
Statistics
Matches: 693, Mismatches: 74, Indels: 54
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
316 1 0.00
317 9 0.01
318 61 0.09
319 52 0.08
320 107 0.15
321 38 0.05
322 2 0.00
324 2 0.00
328 2 0.00
330 51 0.07
331 79 0.11
332 122 0.18
333 144 0.21
334 23 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (329 bp):
TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAATTGA
TATTAAAAAAGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTTGGTGTTAAATCATATATATTTTATGAGTATT
TTATCAAAAAATTGAGAAAATTTTTTTGAGTCATTTTCAGCAAATTTTAGCAAAATCGTGTACTA
ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGAGTTCCGGAGTCCCGGCTCAATTTTAATGATTTTTGGTG
CAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATATAAGGATTT
GTTT
Done.