Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014936.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14957, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4067
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Found at i:247 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 195--247 Score: 63
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
185 CAATCTGGAT
* * *
195 AAATTTAAACTTTTTTTTTCAGAAT
1 AAATTTAAACTTATTTTCTCAGAAA
*
220 AAATTTAAACTTATTTTCT-ATAAA
1 AAATTTAAACTTATTTTCTCAGAAA
244 AAAT
1 AAAT
248 AAAGGTTACC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 7 0.29
25 17 0.71
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (25 bp):
AAATTTAAACTTATTTTCTCAGAAA
Found at i:2129 original size:973 final size:976
Alignment explanation
Indices: 283--2234 Score: 3585
Period size: 973 Copynumber: 2.0 Consensus size: 976
273 AAATTACTAA
* * *
283 AAACATTTATGATGTTATCAAAATCGCTACGGTGCTAACATTAGTTACCATTTTTTTTATTTAAA
1 AAACATTTATGATGTTATCAAAATAGCTAAGGTGCTAACATTAGTTACCATTTTTTTTATCTAAA
348 GTTTTTAGGGAAAAAATATAAAGATTATCAGAAAGAGGTATAATACTATCAATAAATTTAGCAAC
66 GTTTTTAGGGAAAAAATATAAAGATTATCAGAAAGAGGTATAATACTATCAATAAATTTAGCAAC
413 CTTACATCTTTAGTAATTTTAGTAACTCTTTTTATCAATAATGAAGGATTCCAATTTTCTTTGAG
131 CTTACATCTTTAGTAATTTTAGTAACTCTTTTTATCAATAATGAAGGATTCCAATTTTCTTTGAG
478 GTTAGTTAAAAAAAAAAAAATCTTTTGAAGTTATTAAAAAGGCTATGATGCTGTCAACAAAATTT
196 GTTAGTTAAAAAAAAAAAAATCTTTTGAAGTTATTAAAAAGGCTATGATGCTGTCAACAAAATTT
543 AACTTTAAATCTTTAAGTAACATAGATATAACCTTTCATCAATAATTAAGGTTAGCAATTCTTTG
261 AACTTTAAATCTTTAAGTAACATAGATATAACCTTTCATCAATAATTAAGGTTAGCAATTCTTTG
608 ATTTAAAATTATTGGAAAAGCTATATAGTGATTATCCAAAAAGGTATATCATTAATCTTACATAT
326 ATTTAAAATTATTGGAAAAGCTATATAGTGATTATCCAAAAAGGTATATCATTAATCTTACATAT
673 TAGTAAGCAATATTGGATACCAATTTTCTTAATTATCTAAGTTTACTTTAAAGGTCATAAGGTTA
391 TAGTAAGCAATATTGGATACCAATTTTCTTAATTATCTAAGTTTACTTTAAAGGTCATAAGGTTA
738 TCAAAAATGTTGCATTACCATCAAGGAAAAAGTTGTCAATATATCCCTAATAATTACCAATTTTA
456 TCAAAAATGTTGCATTACCATCAAGGAAAAAGTTGTCAATATATCCCTAATAATTACCAATTTTA
803 TTATTTAAGTTTACTGAAAAAGCTATAAAACTATTAATATTGTTATCATACTATCAATAAATTTA
521 TTATTTAAGTTTACTGAAAAAGCTATAAAACTATTAATATTGTTATCATACTATCAATAAATTTA
* *
868 ATAACCTTATATTTTAGTGGCCTTTCATCAGTAATAAAGATTATTGATTTTTTTTAATGTAATTA
586 ATAACCTTATATTTTAGTGGCCTTTCATCAGTAATAAAGATCATTGATTTATTTTAATGTAATTA
* *
933 TGGTTACTATATACTCCCTTTGTTTGTATTTACTTGTTACAATTTGATCAACTATCTTTCATCTT
651 TGGTTACTATATACTCCCTCTGTTTGTATTTACTCGTTACAATTTGATCAACTATCTTTCATCTT
*
998 GGACCATTATTTATGAAAAAAATATCAAAACTTAGAATTTCAAAAAATATGTATTGAAAAGTTTA
716 GGACCATTATTTATGAAAAAAATATCAAAACTTAAAATTTCAAAAAATATGTATTGAAAAGTTTA
* * * *
1063 TAATGTAAGGTTAACTTAAAGGTTGGTTGACCAAAATGTGACAAATAAAAAGCTAAGTCTGGTTT
781 TAATGGAAGGTTAACTTAAAGGTTGGTTGACCAAAATATGACAAATAAAAAGCTAAGTCTAGCTT
*
1128 CTCTCATAACTGTGCTTAGGTCCTGTTGTAACAACATTTTCTCTTCTACAGAAACTCTTTTCCCA
846 CTCTCATAACTGTGCTTAGGTCCTGTTGTAACAACATTTTCTCTTCTACAGAAACTCCTTTCCCA
* *
1193 TTGTAATCATGCCAACGAACTATAAACTGCTCCAAAGCTTTAGCATTCTCAAGTATAAATCTTAA
911 TAGTAATCATGCCAACGAACTATAAACTGCTCCAAAACTTTAGCATTCTCAAGTATAAATCTTAA
1258 T
976 T
1259 AAACATTTATGATGTTATCAAAATAGCTAAGGTGCTAACATTAGTTACCATTTTTTTTATCTAAA
1 AAACATTTATGATGTTATCAAAATAGCTAAGGTGCTAACATTAGTTACCATTTTTTTTATCTAAA
*
1324 GTTTTTAGGGAAAAAATTATAAAGATTATCAGGAAGAGGTATAATACTATCAATAAATTTAGCAA
66 GTTTTTAGGGAAAAAA-TATAAAGATTATCAGAAAGAGGTATAATACTATCAATAAATTTAGCAA
1389 CCTTACATCTTTAGTAATTTTAGTAACTCTTTTTATCAATAATGAAGGATTCCAATTTTCTTTGA
130 CCTTACATCTTTAGTAATTTTAGTAACTCTTTTTATCAATAATGAAGGATTCCAATTTTCTTTGA
1454 GGTTAGTT-AAAAAAAAAAAA-CTTTTGAAGTTATTAAAAAGGCTATGATGCTGTCAACAAAATT
195 GGTTAGTTAAAAAAAAAAAAATCTTTTGAAGTTATTAAAAAGGCTATGATGCTGTCAACAAAATT
1517 TAACTTTAAATCTTT-AGTAACATAGATATAACCTTTCATCAATAATTAAGGTTAGCAATTCTTT
260 TAACTTTAAATCTTTAAGTAACATAGATATAACCTTTCATCAATAATTAAGGTTAGCAATTCTTT
1581 GATTTAAAATTATTGGAAAAGCTATATAGTGATTATCCAAAAAGGTATATCATTAATCTTACATA
325 GATTTAAAATTATTGGAAAAGCTATATAGTGATTATCCAAAAAGGTATATCATTAATCTTACATA
1646 TTAGTAAGCAATATTGGATACCAATTTTCTTAATTATCTAAGTTTACTTTAAAGGTCATAAGGTT
390 TTAGTAAGCAATATTGGATACCAATTTTCTTAATTATCTAAGTTTACTTTAAAGGTCATAAGGTT
1711 ATCAAAAATGTTGCATTACCATCAAGG-AAAAGTTGTC-ATATATCCCTAATAATTACCAATTTT
455 ATCAAAAATGTTGCATTACCATCAAGGAAAAAGTTGTCAATATATCCCTAATAATTACCAATTTT
1774 ATTATTTAAGTTTACTGAAAAAGCTATAAAAACTATTAATATTGTTATCATACTATCAATAAATT
520 ATTATTTAAGTTTACTGAAAAAGCTAT-AAAACTATTAATATTGTTATCATACTATCAATAAATT
*
1839 TAATAACCTTATATTTTAGTGGCCTTTTATCAG-AATAAAGATCATTGATTTATTTT-ATGTAAT
584 TAATAACCTTATATTTTAGTGGCCTTTCATCAGTAATAAAGATCATTGATTTATTTTAATGTAAT
* *
1902 TATGGTTACTATATAGTCCCTCTGTTTGTATTTACTCGTTACAATTTGGTCAACTATCTTTCATC
649 TATGGTTACTATATACTCCCTCTGTTTGTATTTACTCGTTACAATTTGATCAACTATCTTTCATC
*
1967 TTTGACCATTATTTATGGAAAAAAAATATCAAAACTTAAAATTTCAAAAAATATGTATTGAAAAG
714 TTGGACCATTATTTAT-G-AAAAAAATATCAAAACTTAAAATTTCAAAAAATATGTATTGAAAAG
* *
2032 TTTATAATGGAAGGTTAACTTGAAGGTTGGTTGACCAAAATATGACAAATAAAGAGCTAAGTCTA
777 TTTATAATGGAAGGTTAACTTAAAGGTTGGTTGACCAAAATATGACAAATAAAAAGCTAAGTCTA
*
2097 GCTTCTCTCATAACTGTGCTTAGGTCCTGTTGTAACGACATTTTCTCTTCTACAGAAACTCCTTT
842 GCTTCTCTCATAACTGTGCTTAGGTCCTGTTGTAACAACATTTTCTCTTCTACAGAAACTCCTTT
* *
2162 CCCATAGTAATCATGCCAACGAACTGTAAACTGTTCCAAAACTTTAGCATTCTCAAGTATAAATC
907 CCCATAGTAATCATGCCAACGAACTATAAACTGCTCCAAAACTTTAGCATTCTCAAGTATAAATC
*
2227 TTAGT
972 TTAAT
2232 AAA
1 AAA
2235 TCAATCTCTT
Statistics
Matches: 946, Mismatches: 26, Indels: 11
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
971 83 0.09
972 75 0.08
973 314 0.33
974 206 0.22
975 58 0.06
976 90 0.10
977 120 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (976 bp):
AAACATTTATGATGTTATCAAAATAGCTAAGGTGCTAACATTAGTTACCATTTTTTTTATCTAAA
GTTTTTAGGGAAAAAATATAAAGATTATCAGAAAGAGGTATAATACTATCAATAAATTTAGCAAC
CTTACATCTTTAGTAATTTTAGTAACTCTTTTTATCAATAATGAAGGATTCCAATTTTCTTTGAG
GTTAGTTAAAAAAAAAAAAATCTTTTGAAGTTATTAAAAAGGCTATGATGCTGTCAACAAAATTT
AACTTTAAATCTTTAAGTAACATAGATATAACCTTTCATCAATAATTAAGGTTAGCAATTCTTTG
ATTTAAAATTATTGGAAAAGCTATATAGTGATTATCCAAAAAGGTATATCATTAATCTTACATAT
TAGTAAGCAATATTGGATACCAATTTTCTTAATTATCTAAGTTTACTTTAAAGGTCATAAGGTTA
TCAAAAATGTTGCATTACCATCAAGGAAAAAGTTGTCAATATATCCCTAATAATTACCAATTTTA
TTATTTAAGTTTACTGAAAAAGCTATAAAACTATTAATATTGTTATCATACTATCAATAAATTTA
ATAACCTTATATTTTAGTGGCCTTTCATCAGTAATAAAGATCATTGATTTATTTTAATGTAATTA
TGGTTACTATATACTCCCTCTGTTTGTATTTACTCGTTACAATTTGATCAACTATCTTTCATCTT
GGACCATTATTTATGAAAAAAATATCAAAACTTAAAATTTCAAAAAATATGTATTGAAAAGTTTA
TAATGGAAGGTTAACTTAAAGGTTGGTTGACCAAAATATGACAAATAAAAAGCTAAGTCTAGCTT
CTCTCATAACTGTGCTTAGGTCCTGTTGTAACAACATTTTCTCTTCTACAGAAACTCCTTTCCCA
TAGTAATCATGCCAACGAACTATAAACTGCTCCAAAACTTTAGCATTCTCAAGTATAAATCTTAA
T
Done.