Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01014941.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig14962, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2173
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.20, T:0.32
Found at i:871 original size:200 final size:200
Alignment explanation
Indices: 522--2173 Score: 2063
Period size: 201 Copynumber: 8.3 Consensus size: 200
512 ATGCTTCCAT
*
522 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAACTTTAAGG
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
*
587 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAGTATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGATATG
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGG-TATG
* *
652 TGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGT-CAAAATTTACACTAACAGTGTATTGTATAACAATCC
130 TGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCC
716 TATAAG
195 TATAAG
* * ** *
722 AAAATCTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCATACTATACGTGCGGTGTTTAACTTTAAGG
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
*
787 GTTGACATGTGTGCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATAGGGTATG
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT-GGGTATG
* *
852 TGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCC
130 TGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCC
917 TATAAG
195 TATAAG
* *
923 AAAATTTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAAG
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
*
988 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTAAATATTTAATTATAAAATG
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATG------TATT-AATATTAAATATTTAATTATGAAATG
* * * *
1053 GGATATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGTAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATA
124 GG-TATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATA
1118 ATAATCCTATAAG
188 ATAATCCTATAAG
* * *
1131 AAAATTTATATAATACATCGTCAGTGGAGTTTAGCAGATTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
* * *
1196 GTTGATATGTGTACCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTTTGAAATGGG-ATGT
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGTATGT
* *
1260 GTTAACTTCTTAACCCTCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACAGTGTA---TATAATACA-CC
131 GTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATA-ATCC
* *
1321 -GTCAG
195 TATAAG
** * * * * ** * * ** *
1326 TGGAGTTTA-GCAGACTGCA-TGTGC-G-GG-GTTT---A-ACTTTAAGTGTTGACATGTTTACC
1 -AAAATTTATACA-A-TACACCGT-CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTG-CG--GGGTTTAAC
* * * *
1382 CTT-A-GG--GA-GTATGTA---TT----AATAT-TA--AATATT---TAATT-AT---GAAATG
59 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATG
* * * *
1425 GGATATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAGT-CAAAATTCACACTAACAGTGTATTGTATA
124 GG-TATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATA
*
1489 ACAATCCTATAAG
188 ATAATCCTATAAG
* * **
1502 AAAATCTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCATACTATACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
* * *
1567 GTTGATATGTGTGCCCTTAGGGAATATGTATTAAAATTAAATATTTAATTATGAAATAGGGTATG
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT-GGGTATG
* * * *
1632 TGTTAACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTTCACTAACAGTGTATTCTATAATAATCC
130 TGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCC
1697 TATAAG
195 TATAAG
*
1703 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGA
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
* * *
1768 GCTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAGATATTTAAATAATGAAATAGGGTAT
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTT-AATTATGAAAT-GGGTAT
* *
1833 AGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAATGCATTGTATAATAAT
129 -GTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAAT
1898 CCTATAAG
193 CCTATAAG
* * *
1906 AAAATTTATAAAATAAATCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
*
1971 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATAATAAACATTAAATATTTAATTATGAAATT
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTA-T--TAAT----ATTAAATATTTAATTATGAAATG
2036 GG-ATGTGTTAACTTCTTAA-CCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAA
124 GGTATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAA
2099 TAATCCTATAAG
189 TAATCCTATAAG
* * * *
2111 AAAAATTATATAATACACTGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAACTTTAA
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAA
Statistics
Matches: 1261, Mismatches: 124, Indels: 129
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 8 0.01
172 19 0.02
173 28 0.02
174 7 0.01
175 20 0.02
176 7 0.01
177 4 0.00
178 14 0.01
179 1 0.00
180 6 0.00
181 13 0.01
182 2 0.00
183 4 0.00
185 2 0.00
186 2 0.00
188 5 0.00
189 2 0.00
190 11 0.01
191 6 0.00
192 1 0.00
193 13 0.01
194 4 0.00
195 6 0.00
196 22 0.02
197 7 0.01
199 48 0.04
200 182 0.14
201 295 0.23
202 21 0.02
203 156 0.12
204 1 0.00
205 111 0.09
206 19 0.02
207 9 0.01
208 185 0.15
209 10 0.01
210 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (200 bp):
AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGTATGT
GTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCT
ATAAG
Found at i:1137 original size:208 final size:202
Alignment explanation
Indices: 522--2173 Score: 1241
Period size: 200 Copynumber: 8.3 Consensus size: 202
512 ATGCTTCCAT
*
522 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAACTTTAAGG
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
587 GTTGACATGTGTACCCTTAGGG--AGTATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGATA
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAAAGTATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGG-TA
* * *
650 TGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGT-CAAAATTTACACTAACAGTGTATTGTATAACAAT
130 TGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATAATAAT
714 CCTATAAG
195 CCTATAAG
* * ** *
722 AAAATCTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCATACTATACGTGCGGTGTTTAACTTTAAGG
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
*
787 GTTGACATGTGTGCCCTTAGGG-AA-TATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATAGGGTA
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAAAGTATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT-GGGTA
*
850 TGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATAATAAT
130 TGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATAATAAT
915 CCTATAAG
195 CCTATAAG
* *
923 AAAATTTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAAG
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
* *
988 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTAAATATTTAATTATAAAATG
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAA-A-GTA-T-GTATT-AATATTAAATATTTAATTATGAAATG
* * *
1053 GGATATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGTAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATA
126 GG-TATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATA
1118 ATAATCCTATAAG
190 ATAATCCTATAAG
* * *
1131 AAAATTTATATAATACATCGTCAGTGGAGTTTAGCAGATTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
* *
1196 GTTGATATGTGTACCCTTA-GGAAA-TATGTATTAATATTAAATATTTAATTTTGAAATGGG-AT
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAAAGTATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGTAT
* * *
1258 GTGTTAACTTCTTAACCCTCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACAGTGTA---TATAATACA-
131 GTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATAATA-AT
* *
1319 CC-GTCAG
195 CCTATAAG
** * * * * ** * * ** *
1326 TGGAGTTTA-GCAGACTGCA-TGTGC-G-GG-GTTT---A-ACTTTAAGTGTTGACATGTTTACC
1 -AAAATTTATACA-A-TACACCGT-CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTG-CG--GGGTTTAAC
* * * * * ** * * ***
1382 CTT-AGGG-AG-TATGTATTA---ATA-TTAAA-TATTTAATTATGAAATGGGATATGTGTCAAC
59 TTTAAGGGTTGACATGT-GTACCCTTAGGGAAAGTATGT-ATTA--ATATTAAATAT-T-T-AA-
* * ** ** * * * * * *
1439 TTCTTAACCCGCTTATAGAGTCAAAATTCACACTAA-CAG-TGTATTGTA-T--AACAA-TC-CT
116 TTATGAA-ATGGGTAT-GTGT-TAACTT--C-TTAACCCGCT-TA-TGGAGTCCAA-AATTCAC-
*** * * * *
1497 A-T-A-AGAAAATCTATACAATACA-CC-GTCAG
171 ACTGACAGTGTAT-TGTATAATA-ATCCTATAAG
** * * * ** * **** * **
1526 TGGAGTTTA-GC-ATACTATACGTGC-G-GG-GTTT---A-ACTTTAAGGGTTGATATGTGTGCC
1 -AAAATTTATACAATAC-A-CCGT-CAGTGGAGTTTAGCAGAC-TGCA-CG-TGCGGGGTTTAAC
* * * * *
1582 CTT-A-GG--GA-ATATGTA---TT----AAA--AT-TA--AATATTTAAT-TATGAA--ATA--
59 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAAAGTATGTATTAATATTAAATAT-TTAATTATGAA
* ** * *
1625 --GGGTATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTTCACTAACAGTGTATTCTA
123 ATGGGTATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTA
1688 TAATAATCCTATAAG
188 TAATAATCCTATAAG
*
1703 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGA
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
* * *
1768 GCTGACATGTGTACCCTTAGGG-AA-TATGTATTAATATTAGATATTTAAATAATGAAATAGGGT
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAAAGTATGTATTAATATTAAATATTT-AATTATGAAAT-GGGT
* * *
1831 ATAGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAATGCATTGTATAATA
129 AT-GTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATAATA
1896 ATCCTATAAG
193 ATCCTATAAG
* * *
1906 AAAATTTATAAAATAAATCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
*
1971 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTAT-TAATAATAAACATTAAATATTTAATTATGAAAT
66 GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAA-A-GTATGT-AT--T-AATATTAAATATTTAATTATGAAAT
* *
2035 TGG-ATGTGTTAACTTCTTAA-CCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATA
125 GGGTATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATA
2098 ATAATCCTATAAG
190 ATAATCCTATAAG
* * * *
2111 AAAAATTATATAATACACTGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAACTTTAA
1 AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAA
Statistics
Matches: 1183, Mismatches: 165, Indels: 203
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
171 5 0.00
172 6 0.01
173 3 0.00
174 8 0.01
175 7 0.01
176 23 0.02
177 11 0.01
178 8 0.01
179 8 0.01
180 2 0.00
181 5 0.00
182 2 0.00
183 2 0.00
184 8 0.01
186 2 0.00
187 7 0.01
188 9 0.01
189 5 0.00
190 13 0.01
191 15 0.01
192 8 0.01
193 11 0.01
194 18 0.02
195 14 0.01
196 22 0.02
197 15 0.01
198 10 0.01
199 58 0.05
200 199 0.17
201 156 0.13
202 18 0.02
203 152 0.13
204 3 0.00
205 114 0.10
206 18 0.02
207 18 0.02
208 177 0.15
209 11 0.01
210 12 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (202 bp):
AAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGG
GTTGACATGTGTACCCTTAGGGAAAGTATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGTAT
GTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATAATAATC
CTATAAG
Found at i:1424 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1137--1482 Score: 532
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
1127 TAAGAAAATT
* * *
1137 TATATAATACATCGTCAGTGGAGTTTAGCAGATTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGAT
1 TATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC
* *
1202 ATGTGTACCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTTTGAAATGGG-ATGTGTTAAC
66 ATGTGTACCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGAATGTGTCAAC
* * * * *
1266 TTCTTAACCCTCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACAGTG
131 TTCTTAACCCGCTTATAGAGT-CAAAATTCACACTAACAGTG
* *
1308 TATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCATGTGCGGGGTTTAACTTTAAGTGTTGAC
1 TATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC
* * *
1373 ATGTTTACCCTTAGGGAGTATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGATATGTGTCAA
66 ATGTGTACCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGA-ATGTGTCAA
1438 CTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCAAAATTCACACTAACAGTG
130 CTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCAAAATTCACACTAACAGTG
1480 TAT
1 TAT
1483 TGTATAACAA
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 15, Indels: 3
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 110 0.70
172 20 0.13
173 28 0.18
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.20, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC
ATGTGTACCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGAATGTGTCAAC
TTCTTAACCCGCTTATAGAGTCAAAATTCACACTAACAGTG
Found at i:1980 original size:203 final size:199
Alignment explanation
Indices: 1308--2173 Score: 1268
Period size: 203 Copynumber: 4.3 Consensus size: 199
1298 ACTGACAGTG
* * *
1308 TATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCATGTGCGGGGTTTAACTTTAAGTGTTGAC
1 TATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC
* * *
1373 ATGTTTACCCTTAGGGAGTATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGATATGTGTCAA
66 ATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGG--ATGTGTTAA
* *
1438 CTTCTTAACCCGCTTATAGAGT-CAAAATTCACACTAACAGTGTATTGTATAACAATCCTATAAG
129 CTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACACTAACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAG
*
1502 AAAATC
194 AAAATT
* ** *
1508 TATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCATACTATACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGAT
1 TATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC
* *
1573 ATGTGTGCCCTTAGGGAATATGTATTAAAATTAAATATTTAATTATGAAATAGGGTATGTGTTAA
66 ATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT-GGG-ATGTGTTAA
* *
1638 CTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTTCACTAACAGTGTATTCTATAATAATCCTATAAG
129 CTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACACTAACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAG
1703 AAAATT
194 AAAATT
* *
1709 TATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGAGCTGAC
1 TATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC
* *
1774 ATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAGATATTTAAATAATGAAATAGGGTATAGTGTT
66 ATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTT-AATTATGAAAT-GGG-AT-GTGTT
* * * *
1839 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAATGCATTGTATAATAATCCTATA
127 AACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACACTAACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
1904 AGAAAATT
192 AGAAAATT
* * *
1912 TATAAAATAAATCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC
1 TATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC
*
1977 ATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATAATAAACATTAAATATTTAATTATGAAATTGGATGT
66 ATGTGTACCCTTAGGGAATATGTA-T--TAAT----ATTAAATATTTAATTATGAAATGGGATGT
* *
2042 GTTAACTTCTTAA-CCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCT
124 GTTAACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACACTAACAGTGTATTGTATAATAATCCT
*
2106 ATAAGAAAAAT
189 ATAAGAAAATT
* * *
2117 TATATAATACACTGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGGTTTAACTTTAA
1 TATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAA
Statistics
Matches: 606, Mismatches: 49, Indels: 17
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
200 136 0.22
201 142 0.23
202 17 0.03
203 156 0.26
204 1 0.00
205 111 0.18
206 19 0.03
207 2 0.00
208 2 0.00
209 10 0.02
210 10 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (199 bp):
TATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGAC
ATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGATGTGTTAACT
TCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACACTAACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAA
AATT
Done.