Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01001495.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig01495, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 5669
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.18, T:0.31


Found at i:4951 original size:120 final size:120

Alignment explanation


    Indices: 4738--4974  Score: 447
    Period size: 120  Copynumber: 2.0  Consensus size: 120

       4728 ATATCCTTTT

                                                 *     *                     
       4738 ATTTGGGTTTTAATTTCCTTAACTTAAATGTTCCTTTTTGTTATGTTATCATGAACTTTGTTTGT
          1 ATTTGGGTTTTAATTTCCTTAACTTAAATGTTCCTTTCTGTTACGTTATCATGAACTTTGTTTGT

                                                                   
       4803 ACTAACCTTGGTTGATTAATAAAATATTTGCTTCGTTATCCAAAAAAAAAAAGAC
         66 ACTAACCTTGGTTGATTAATAAAATATTTGCTTCGTTATCCAAAAAAAAAAAGAC

                                                           *                 
       4858 ATTTGGGTTTTAATTTCCTTAACTTAAATGTTCCTTTCTGTTACGTTCTCATGAACTTTGTTTGT
          1 ATTTGGGTTTTAATTTCCTTAACTTAAATGTTCCTTTCTGTTACGTTATCATGAACTTTGTTTGT

                                                                
       4923 ACTAACCTTGGTTGATTAATAAAATATTTGCTTCGTTATCCAAAAAAAAAAA
         66 ACTAACCTTGGTTGATTAATAAAATATTTGCTTCGTTATCCAAAAAAAAAAA

       4975 AAAGACATTG


Statistics
Matches: 114,  Mismatches: 3, Indels: 0
        0.97            0.03        0.00

Matches are distributed among these distances:
 120  114  1.00

ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.12, T:0.44


Consensus pattern (120 bp):   
ATTTGGGTTTTAATTTCCTTAACTTAAATGTTCCTTTCTGTTACGTTATCATGAACTTTGTTTGT
ACTAACCTTGGTTGATTAATAAAATATTTGCTTCGTTATCCAAAAAAAAAAAGAC
Done.