Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015094.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15115, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6290
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.20, T:0.29
Found at i:605 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 559--878 Score: 216
Period size: 35 Copynumber: 9.4 Consensus size: 34
549 GGGTAATTAG
* ** *
559 GGGTAATTAAGTAATTTTGTAATCAACTTGATTCA
1 GGGTAATTAAGTGA-TAAGTAATCAACTTAATTCA
594 GGGTAATTAAGTGGATAAGTAATCAACTTAATTCA
1 GGGTAATTAAGT-GATAAGTAATCAACTTAATTCA
*
629 GGGTAATTAAGTGAGTCAGTGAAT-AACTTAATTCA
1 GGGTAATTAAGTGA-TAAGT-AATCAACTTAATTCA
* * *
664 GGGTAATT--GAG-TCAGTAAAT-AGCTTAATTCA
1 GGGTAATTAAGTGATAAGT-AATCAACTTAATTCA
* *
695 GGGTAATTAAGTGAGTCAGTTAAT-GACTTAATTCA
1 GGGTAATTAAGTGA-TAAG-TAATCAACTTAATTCA
** * * *
730 AAGTATTTAA--G-TCAGTAAGT-AGCTTAATTCA
1 GGGTAATTAAGTGATAAGTAA-TCAACTTAATTCA
* *
761 GGGTAATTAAGTGAATCAGTAATCAACTTTAATTTA
1 GGGTAATTAAGTG-ATAAGTAATCAAC-TTAATTCA
* ** *
797 GGGTAATTAAGTGAGTTAA-TGAGGAAGTTAATTCA
1 GGGTAATTAAGTGA--TAAGTAATCAACTTAATTCA
*
832 GGGTAATTAAGTAGTTCAA-TAAGT-AACTTAATTCA
1 GGGTAATTAAGT-GAT-AAGTAA-TCAACTTAATTCA
867 GGGTAATTAAGT
1 GGGTAATTAAGT
879 TTAGTAAGCA
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 31, Indels: 40
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
30 3 0.01
31 47 0.20
33 6 0.03
34 4 0.02
35 142 0.61
36 30 0.13
37 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (34 bp):
GGGTAATTAAGTGATAAGTAATCAACTTAATTCA
Found at i:710 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 620--878 Score: 313
Period size: 66 Copynumber: 3.8 Consensus size: 65
610 AAGTAATCAA
*
620 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTGAATAACTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTAAATA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGT-AATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAATA
685 G
65 G
* ** * *
686 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTAATGACTTAATTCAAAGTATTTAAGTCAGTAAGTA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG-TAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAATA
751 G
65 G
* * * *
752 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAATCAGTAATCAACTTTAATTTAGGGTAATTAAGTGAGTTAAT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAAT
817 GAGG
64 -A-G
* *
821 AAGTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 --CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TCAGTAA-TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
879 TTAGTAAGCA
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 19, Indels: 14
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
65 4 0.02
66 87 0.53
67 22 0.13
68 1 0.01
69 1 0.01
70 20 0.12
71 29 0.18
72 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (65 bp):
CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAATAG
Found at i:828 original size:102 final size:105
Alignment explanation
Indices: 559--878 Score: 249
Period size: 101 Copynumber: 3.1 Consensus size: 105
549 GGGTAATTAG
** * * **
559 GGGTAATTAAGT-AATTTTGTAATCAAC-TTGATTCAGGGTAATTAAGTG-GATAAG-TAATCAA
1 GGGTAATTAAGTGAA-TCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TCAGATAA-GGA
** *
620 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TCAGTGAA-TAACTTAATTCA
63 CTTAATTCAAAGTAATTAA--GAGTTCAAT-AAGTAACTTAATTCA
* * * *
664 GGGTAA-T---TGAGTCAGTAAAT-AGC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTAATGACT
1 GGGTAATTAAGTGAATCAGT-AATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGATAAGGACT
* * *
723 TAATTCAAAGT-ATTTA-AG-TCAGTAAGTAGCTTAATTCA
65 TAATTCAAAGTAATTAAGAGTTCAATAAGTAACTTAATTCA
* * * *
761 GGGTAATTAAGTGAATCAGTAATCAACTTTAATTTAGGGTAATTAAGTGAGTTA-ATGAGGAAGT
1 GGGTAATTAAGTGAATCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGATAAGG-ACT
**
825 TAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAATAAGTAACTTAATTCA
65 TAATTCAAAGTAATTAAG-AGTTCAATAAGTAACTTAATTCA
867 GGGTAATTAAGT
1 GGGTAATTAAGT
879 TTAGTAAGCA
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 25, Indels: 31
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
96 2 0.01
97 24 0.14
98 1 0.01
100 7 0.04
101 54 0.31
102 43 0.25
103 4 0.02
104 1 0.01
105 8 0.05
106 30 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (105 bp):
GGGTAATTAAGTGAATCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGATAAGGACTT
AATTCAAAGTAATTAAGAGTTCAATAAGTAACTTAATTCA
Found at i:5928 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 5892--5937 Score: 60
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
5882 GAAATCCGAA
5892 AAAAGAAAGAAAGAAG-GAAAAATC
1 AAAAGAAAGAAAG-AGCGAAAAATC
5916 AAAA-AAAGAAAAGAGCGAAAAA
1 AAAAGAAAG-AAAGAGCGAAAAA
5938 AATGAAAATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 4
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
23 6 0.30
24 14 0.70
ACGTcount: A:0.74, C:0.04, G:0.20, T:0.02
Consensus pattern (24 bp):
AAAAGAAAGAAAGAGCGAAAAATC
Done.