Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015155.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15176, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Found at i:1193 original size:322 final size:323
Alignment explanation
Indices: 421--1892 Score: 2086
Period size: 323 Copynumber: 4.6 Consensus size: 323
411 TATTGTTTTT
*
421 TTGAGTCGGGGCTCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
1 TTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* *
486 AAAAACTGACCCGAAAAG-TTTGTTCTCAATTTTTAGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
66 AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
*
550 CAAAGCCAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTGTTTTTTCATTTTTTTCTGAAT
131 CAAAG-CAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTGTTTTTTCATTTTTTTCCGAAT
* *
615 TAATTTCTAATTAAATCGAAACACCATTAAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTATATCTAACATG
195 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCACGAAAAAACAAATCCTTATATCTAACATG
*
680 ACTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGTC-AAAAATCATGAAAAA
260 ACTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTG-CAAAAAATCATGCAAAA
* *
744 TTGAGTTGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
1 TTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* * *
809 AAAAACTGACCCAAAAAGTTTTTTTCTCAA-TTTTAGCCCCAATACTCAGAAAAAATATATAATT
66 AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
**
873 CAAAGCAAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTGTTTTTTCATTTTTTTCTAAAT
131 CAAAGC-AAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTGTTTTTTCATTTTTTTCCGAAT
*
938 TAATTTCTAATTAAATCGCAACAACATTAAGATGCACGAAAAAAC-AATCCTTATATCTAACATG
195 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCACGAAAAAACAAATCCTTATATCTAACATG
*
1002 ACTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAA
260 ACTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCAAAAAATCATGCAAAA
* * * *
1066 TTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCTAAAACTGTTATGG-TAGTACACGGTTTCGACT
1 TTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* ** * *
1130 AAAAAC-GAACCCGAAAAGTTTTTTTCCCAATTTTTTGCCACAATACAGAAAAAAAAAATATAAT
66 AAAAACTG-ACCCGAAAAGTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAAT
* * * * **
1194 TCAAA-CTTAAAAAGATTGACGAGCTTTTCAAGCTTCTAATATTCCTTTTTCATTTTTTTCCGAA
130 TCAAAGC-AAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTGTTTTTTCATTTTTTTCCGAA
* * **
1258 TTAATTTCTAATTAAATTGAAACAACATTAAGATGCTA-GAAAAAAAAAATCCTTATATCTAATT
194 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGC-ACGAAAAAACAAATCCTTATATCTAACA
* *
1322 TGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTAAAGGAGTCTTTGTGCAAAAAATCATGCAAA
258 TGACTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCAAAAAATCATGCAAA
1387 A
323 A
* * * * *
1388 TTGAATCGGGGCTCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAGTGTGATGGTTAGTACACAATTTTGGCT
1 TTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
*
1453 AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATT
66 AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
* * * *
1518 CAAAGCCAAAAAAACTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTGTTTTTTCATTTTTTTCCGACTT
131 CAAAGCAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTGTTTTTTCATTTTTTTCCGAATT
* * *
1583 AATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTAAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTATATCTAACATGG
196 AATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCACGAAAAAACAAATCCTTATATCTAACATGA
* *
1648 CTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTTGTGCAAAAAATCATGCTAAA
261 CTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCAAAAAATCATGCAAAA
* * * * * * ** *
1711 CTGAGCCAGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCCAAAAACCGTGATGGTTAG-AGCGTGATTTTG
1 TTGAGTCGGGGCTC-CGGAACGCGTTTTTAG-CCAAAAACTGTGATGGTTAGTA-CACGATTTCG
* * * * *
1775 ACTAAAAACTGGCCCGAAAAG--TTTTTCTCAATTTTCTTCCCACAATACACAAAAAATATATAT
63 GCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTTCTCAATTTT-TTGCCACAATACTCAGAAAA-A-ATAT
* * * * * * *
1838 ATAATTCTACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCATG-TTTCTAATATCGTTTTTT
125 ATAATTCAAAGCAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTT-TAATATTGTTTTTT
1893 TGAGTCGAGG
Statistics
Matches: 1033, Mismatches: 98, Indels: 33
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
320 1 0.00
321 134 0.13
322 277 0.27
323 484 0.47
324 42 0.04
325 48 0.05
326 47 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (323 bp):
TTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
CAAAGCAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTGTTTTTTCATTTTTTTCCGAATT
AATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCACGAAAAAACAAATCCTTATATCTAACATGA
CTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCAAAAAATCATGCAAAA
Found at i:2533 original size:322 final size:321
Alignment explanation
Indices: 1939--2895 Score: 1234
Period size: 322 Copynumber: 3.0 Consensus size: 321
1929 CTGTGATGGT
* * *
1939 TAAAAACTGACCCGAAAAGTTTGTTCTCAATTTTTAGCCACAATACTCAGAA-AAAATATATAAT
1 TAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACACA-AATAAAATATATAAT
* * *
2003 TCAAAGCCAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTGTTTTTTCATTTTTTTCTGAA
65 TCAAAG-CAAAAAAGATTGACGAGCTTTTCAAGCTTCTAATATTGTTTTTTCA-TTTTTTCTGAA
* *
2068 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTATATCTAACAT
128 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCTAATAT
*
2133 GACTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGTCAAAAATCATGCAAAA
193 GACTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGT-ACAAAAATCATGCAAAA
*
2198 TTGAGTTGGGGCTCTCG-AACGACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCTG
257 TTGAGTCGGGGCTCTCGAAACGACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT-GTACACGATTT-TG
2262 -C
320 AC
*
2263 TAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCCCAATTTTTTGCCACAATACACAAATAAAATATATAATT
1 TAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACACAAATAAAATATATAATT
** * * *
2328 CAAAGTTAAAAAGATTGACAAGCTTTTCAAGCTTCTAATATTGCTTTTTCATTTTTTCCGAATTA
66 CAAAGCAAAAAAGATTGACGAGCTTTTCAAGCTTCTAATATTGTTTTTTCATTTTTTCTGAATTA
* * * * *
2393 ATTTCTAATTAAATTGAAACAACATTAAGACGCTTGTAAAAACCAATCCTTATATCTAATTTGAC
131 ATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCTAATATGAC
* * * *
2458 TCAGATTTGATTCGATGAATATAGCTATTTTAAGGAGTCTTTGTACAAAAAATCATGCTAAACTG
196 TCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTAC-AAAAATCATGCAAAATTG
* *
2523 AGTCGGGGCTCTCGAAAC-ACGTTTTTAGCCCAAAAACCGTGAT-G--GTACATGATTTTGAC
260 AGTCGGGGCTCTCGAAACGACGTTTTTAG-CCAAAAACTGTGATGGTTGTACACGATTTTGAC
*
2582 TAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTTCCACAATACACAAAATATATATATATAT
1 TAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACAC-AAATA-A-A-ATATA-
* * * * * * * *
2647 GTAATTCTACA-CCAGAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTTTCATTCTTT
61 -TAATTC-AAAGCAAAAAAGATTGACGAGCTTTTCAAGCTTCTAATATTG-TTTTTTCATT-TTT
* * *
2711 ATCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAA-ATGCTCGTTAAAAGAAATCCTTATA
122 -TCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATT-AAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATA
* * ** * * * *
2775 TCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATC
185 TCTAATATGACTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGT-ACAAAAATC
2840 ATGCAAAATTGAGTCGGGGCTC-CGAAACG-CGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
249 ATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCTCGAAACGACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
2896 TGATCGGTCG
Statistics
Matches: 551, Mismatches: 61, Indels: 37
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
318 2 0.00
319 57 0.10
320 5 0.01
321 2 0.00
322 154 0.28
323 62 0.11
324 63 0.11
325 35 0.06
326 24 0.04
327 19 0.03
328 125 0.23
329 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (321 bp):
TAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACACAAATAAAATATATAATT
CAAAGCAAAAAAGATTGACGAGCTTTTCAAGCTTCTAATATTGTTTTTTCATTTTTTCTGAATTA
ATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCTAATATGAC
TCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTACAAAAATCATGCAAAATTGA
GTCGGGGCTCTCGAAACGACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTGTACACGATTTTGAC
Found at i:4390 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 4357--4392 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
4347 TTGAAATAAT
4357 TCTTCAATGATCTTCAAA
1 TCTTCAATGATCTTCAAA
*
4375 TCTTCAAATTATCTTCAA
1 TCTTC-AATGATCTTCAA
4393 GAAATCTTCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.31
19 11 0.69
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
TCTTCAATGATCTTCAAA
Found at i:6319 original size:324 final size:322
Alignment explanation
Indices: 4630--7562 Score: 3508
Period size: 324 Copynumber: 9.0 Consensus size: 322
4620 GAGCTCGATC
* * *
4630 ATGGTTAATACACGATTTTGGCTAAAAACTAACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCATAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
* * *
4695 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAACTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTG
66 TACACAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTG
* * *
4760 TTTTTTCATTTTTTTCCGACTTAATTACTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
131 TTTTTTCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
* * *
4825 CAAATCCTTATATCGAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTT
195 CAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
* * * * * *
4890 GTGCAAAAAAATCATGCTAAACTAAGCCAGGGCTCTCGAAACACGTTTTTACCCCAAAAACCGTG
260 GTGC-AAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTA-GCCAAAAACTGTG
* * * * * *
4955 ATGGTTAGTGCATGATTTTGACTAAAAACTGGCCCAAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTTCCACAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
* * *
5020 T--ACAAAAAAAATATATAATTCTATGCCAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATT
66 TACACAAAAAAAATATATAATTCAAAGCC-AAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATT
**
5083 GTTTTTCTTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAA
130 GTTTTT-TCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAA
* *
5148 ACAAATCCTTATATCTAACATGACTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
194 ACAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
* * * * * *
5213 TGTGTC-AAAAATCATGCAAAATTGAGTTGGGGCTC-CGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACTGTT
259 TGTG-CAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
* * *
5276 AT-G-TAGTACACGATTTCGGCTAGAAACTGACCCGAAAAG-TTTTTCTCAATTTTTAGCCACAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
** ** *
5338 TAGTCTGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTG
66 TACACAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTG
* *
5403 TTTTTTCATTTTTTACCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAT
131 TTTTTTCATTTTTT-CTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
* *
5468 CAAATCCTTATATCTAATATGGTTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTT
195 CAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
* * * *
5533 GTACAAAAAATCATGCAACACTGAGCCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCCAAAA-TGCGTG
260 GTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAACT--GTG
* * * * * *
5597 TTGATTGGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAG-TATTTCCCAATTTTTTACCACAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
* * * *
5661 TACACAAATATATATATATATATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGACGAGCTTTTCAAGATT
66 TACAC--A-A-A-A-A-A-A-ATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTT
* * * *
5726 CTAATATTGCTTTTTCATTTTTT-TCGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATAACATTAAGATGC
122 TTAATATTGTTTTTTCATTTTTTCT-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGC
* * * * *
5790 TCGTAAAAACCAATCCTTATATCTAATTTGGATCAGATTTGATTCGAGGAATATAGATATTTCAA
186 TCGAAAAAACAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAA
* * * * * *
5855 GGAGTCTTTGTACAAAAAACCATGCTAAACTAAGTCTGGGGCTCTCGAAACACATTTTTTGCCCA
251 GGAGTCTTTGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAG-CCA
*
5920 AAAACCGTG
314 AAAACTGTG
* * * ** *
5929 ATGGTTAGTACATGATTTTGACTAAAAGCTGACCCGAGGAGTTTTTTCTCAATTTTTTTCCACAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
** * * * * * * *
5994 TACACAAAAAAAATATATAATTGTACGCCAGAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATACCG
66 TACACAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATA---
* * * *
6059 TTTTTTTTTCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
128 TTGTTTTTTCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAA
* * * * * * * *
6124 AAGAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
193 AACAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
* * * * *
6189 TTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGATC-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
258 TTGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
* * * *
6253 ATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTGTTCTCAATTTTTAGCCACAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
* * * *
6318 TACTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAAAATTGGCGAGCTTTTCATGCTTTTAATAT
66 TACACAAAAAAAATATATAATTCAAAGCC--AAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATAT
6383 TGTTTTTTCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAA
129 TGTTTTTTCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAA
* *
6448 AACAAATCATTATATCTAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
193 AACAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
* * * * *
6513 TTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGATCT-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
258 TTGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
* * * * * * *
6577 ATGGTTACTACACGATTTCGGCTAAAATCTTAGCAGAAAAGTTTTTTCCCAATTTTTTGCCACAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
* * * * * *
6642 TACAC-AAAAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGACGAGCTTTTTTGAAGCTTCTAATAT
66 TACACAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGC--TTTTCACGCTTTTAATAT
* * * * * * * *
6706 TGATGTTTCATTTTTTTTCTGAACTAATTTCTAAATAAATTGAAACAACATTAAGACGCTTGTAA
129 TGTTTTTTCA--TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAA
* * * * * * * *
6771 AACCCAATTCTTATATCTAATTTGACTCAGATTTGATTCGAGGAATAAAGATATTTCAAGG-TTC
192 AAACAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT-
* * *
6835 CTTTGTACAAAAAATCATGCTAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCCAAAAACC
256 CTTTGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAG-CCAAAAACT
6900 GTG
320 GTG
* * * *
6903 ATGGTTAGTATATGATTTTGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTTCCACAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
* * * * * * * * * *
6968 TACACAAAAAAATATATATAGTTCTATGCCAGAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAGTATC
66 TACACAAAAAAA-ATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATT
* * * * *
7033 GTTTTTTTTATCTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAA-ATGCTCGTAA
130 G-TTTTTTCAT-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATT-AAGATGCTCGAAA
* * * * * *
7097 AAAGAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
192 AAACAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * * * * *
7162 TTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTC-CGGAACGCGTTTCTAGCCAAAAACTGT
257 TTTGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGT
7226 G
322 G
* * * * * *
7227 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCAGAAAAGTTTGTTCTCAATTTTTAGCCATAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
* * *
7292 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAACTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTG
66 TACACAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTG
* *
7357 TTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
131 TTTTTTCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
* *
7422 CAAATCCTTATATCTAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAGTATAGATATTTCAAGGAGTAC-T
195 CAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT-CTT
* * * * *
7486 TGTTCAAAAAATTATGCTAAACTGAGTCAGGGCTCTCGAAACATGTTTTTAGCCCAAAAA-TCGT
259 TGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAG-CCAAAAACT-GT
7550 G
322 G
7551 ATGGTTAGTACA
1 ATGGTTAGTACA
7563 TG
Statistics
Matches: 2221, Mismatches: 335, Indels: 105
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
318 30 0.01
319 207 0.09
320 41 0.02
321 31 0.01
322 148 0.07
323 211 0.10
324 750 0.34
325 99 0.04
326 241 0.11
327 151 0.07
328 30 0.01
329 2 0.00
330 2 0.00
331 128 0.06
332 119 0.05
333 31 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (322 bp):
ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
TACACAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTG
TTTTTTCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAAC
AAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTG
TGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
Found at i:6336 original size:650 final size:647
Alignment explanation
Indices: 4630--7562 Score: 3691
Period size: 650 Copynumber: 4.5 Consensus size: 647
4620 GAGCTCGATC
* * * *
4630 ATGGTTAATACACGATTTTGGCTAAAAACTAACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCATAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
*
4695 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAACTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTG
66 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTG
* *
4760 TTTTTTCATTTTTTTCCGACTTAATTACTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
131 TTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
* * *
4825 CAAATCCTTATATCGAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTT
196 CAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
* * * * * *
4890 GTGCAAAAAAATCATGCTAAACTAAGCCAGGGCTCTCGAAACACGTTTTTACCCCAAAAACCGTG
261 GTAC-AAAAAATCATGCTAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTA-GCCAAAAACTGTG
* * * * *
4955 ATGGTTAGTGCATGATTTTGACTAAAAACTGGCCCAAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTTCCACAA
324 ATGGTTAGTACACGATTTTGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTATCCACAA
* * *
5020 T--ACAAAAAAAATATATAATTCTATGCCAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATT
389 TACACAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTCTAATATT
*
5083 G-TTTTTCTTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAA
454 GTTTTTTC-ATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAA
5147 AACAAATCCTTATATCTAACAT-GACTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
518 AACAAATCCTTATATCTAACATGGA-TCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* *
5211 TTTGTGTCAAAAATCATGCAAAATTGAGT-TGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACTGT
582 TTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCTGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGT
*
5275 T
647 G
* *
5276 AT-G-TAGTACACGATTTCGGCTAGAAACTGACCCGAAAAG-TTTTTCTCAATTTTTAGCCACAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
* * *
5338 TAGTCTGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTG
66 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTG
* *
5403 TTTTTTCATTTTTTACCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAT
131 TTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
* *
5468 CAAATCCTTATATCTAATATGGTTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTT
196 CAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
* *
5533 GTACAAAAAATCATGC-AACACTGAGCCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCCAAAA-TGCGT
261 GTACAAAAAATCATGCTAA-ACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAACT--GT
* * * * * *
5596 GTTGATTGGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAG-TATTTCCCAATTTTT-TACCAC
323 GATGGTTAGTACACGATTTTGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTAT-CCAC
* * *
5659 AATACACAAATATATATATATATATATATAATTCAAAGTC-AAAAAGATTGACGAGCTTTTCAAG
387 AATACAC--A-A-A-A-A-A-A-ATATATAATTCAAAGCCAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATG
* * * *
5723 ATTCTAATATTGCTTTTTCATTTTTTTC-GAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATAACATTAAGA
443 CTTCTAATATTGTTTTTTCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGA
* * ** *
5787 TGCTCGTAAAAACCAATCCTTATATCTAATTTGGATCAGATTTGATTCGAGGAATATAGATATTT
508 TGCTCGAAAAAACAAATCCTTATATCTAACATGGATCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTT
* * * * * * * * * *
5852 CAAGGAGTCTTTGTACAAAAAACCATGCTAAACTAAGTCTGGGGCTCTCGAAACACATTTTTTGC
573 CAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCTGGGGCTC-CGGAACGCGTTTTTAG-
*
5917 CCAAAAACCGTG
636 CCAAAAACTGTG
* * * * ** *
5929 ATGGTTAGTACATGATTTTGACTAAAAGCTGACCCGAGGAGTTTTTTCTCAATTTTTTTCCACAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
* * ** * * * * * * *
5994 TACACAAAAAAAATATATAATTGTACGCCAGAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATACCG
66 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATA---
* * * * *
6059 TTTTTTTTTCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
128 TTGTTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAA
* * * * * * * *
6123 AAAGAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTC
193 AAACAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * * * * * *
6188 TTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGATC-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGT
258 TTTGTACAAAAAATCATGCTAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGT
* * *
6252 GATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTGTTCTCAATTTTTAGCCACA
323 GATGGTTAGTACACGATTTTGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTATCCACA
* * * *
6317 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAAAATTGGCGAGCTTTTCATGCTTTTAATA
388 ATACACAAAAAAAATATATAATTCAAAGCC-AAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTCTAATA
6382 TTGTTTTTTCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAA
452 TTGTTTTTTCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAA
* *
6447 AAACAAATCATTATATCTAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
517 AAACAAATCCTTATATCTAACATGGATCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* *
6512 TTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC-GGGGATCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGT
582 TTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCTGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGT
6576 G
647 G
* * * * * *
6577 ATGGTTACTACACGATTTCGGCTAAAATCTTAGCAGAAAAGTTTTTTCCCAATTTTTTGCCACAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
* * * * * * *
6642 TACACA-AAAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGACGAGCTTTTTTGAAGCTTCTAATAT
66 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGC--TTTTCACGCTTTTAATAT
* * * * * * * * *
6706 TGATGTTTCATTTTTTTTCTGAACTAATTTCTAAATAAATTGAAACAACATTAAGACGCTTGTAA
129 TGTTTTTTCA-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAA
* * * * * * * *
6771 AACCCAATTCTTATATCTAATTTGACTCAGATTTGATTCGAGGAATAAAGATATTTCAAGG-TTC
193 AAACAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT-
*
6835 CTTTGTACAAAAAATCATGCTAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCCAAAAACC
257 CTTTGTACAAAAAATCATGCTAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAG-CCAAAAACT
* * *
6900 GTGATGGTTAGTATATGATTTTGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTTCCA
321 GTGATGGTTAGTACACGATTTTGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTATCCA
* * * * * * * * *
6965 CAATACACAAAAAAATATATATAGTTCTATGCC-AGAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAG
386 CAATACACAAAAAAA-ATATATAATTCAAAGCCAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTCTAA
* * * * * *
7029 TATCGTTTTTTTTATCTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAA-ATGCTC
450 TATTG-TTTTTTCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATT-AAGATGCTC
* * * ** * * *
7093 GTAAAAAGAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGG
513 GAAAAAACAAATCCTTATATCTAACATGGATCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGG
* *
7158 AGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAG-CCGGGGCTCCGGAACGCGTTTCTAGCCAAAAA
578 AGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCTGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
7222 CTGTG
643 CTGTG
* * * * *
7227 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCAGAAAAGTTTGTTCTCAATTTTTAGCCATAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
*
7292 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAACTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTG
66 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTG
*
7357 TTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
131 TTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
* *
7422 CAAATCCTTATATCTAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAGTATAGATATTTCAAGGAGTAC-T
196 CAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT-CTT
* * * *
7486 TGTTCAAAAAATTATGCTAAACTGAGTCAGGGCTCTCGAAACATGTTTTTAGCCCAAAAA-TCGT
260 TGTACAAAAAATCATGCTAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAG-CCAAAAACT-GT
7550 GATGGTTAGTACA
323 GATGGTTAGTACA
7563 TG
Statistics
Matches: 1954, Mismatches: 286, Indels: 92
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
640 1 0.00
641 28 0.01
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645 2 0.00
646 11 0.01
647 32 0.02
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650 487 0.25
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654 1 0.00
655 30 0.02
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658 134 0.07
659 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (647 bp):
ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
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TTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
CAAATCCTTATATCTAATATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
GTACAAAAAATCATGCTAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT
GGTTAGTACACGATTTTGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTATCCACAATA
CACAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTCTAATATTGT
TTTTTCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAAC
AAATCCTTATATCTAACATGGATCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTG
TGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCTGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
Found at i:6723 original size:974 final size:970
Alignment explanation
Indices: 4630--7562 Score: 4305
Period size: 974 Copynumber: 3.0 Consensus size: 970
4620 GAGCTCGATC
* * *
4630 ATGGTTAATACACGATTTTGGCTAAAAACTAACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCATAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTAACCCGAAAAGTTTTTTCCCAATTTTTTGCCACAA
* * * * * *
4695 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAACTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAATATTG
66 TACACAGAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGACGAGCTTTTCAAGCTTCTAATATTG
* * * * * *
4760 TTTTTTCATTTTTTTCCGACTTAATTACTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
131 ATTTTTCATTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAACATTAAGATGCTCGTAAAAA
* * ** * * *
4825 CAAATCCTTATATCGAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTT
196 CCAATCCTTATATCTAATTTGGATCAGATTTGATTCGAGGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
* * * *
4890 GTGCAAAAAAATCATGCTAAACTAAGCCAGGGCTCTCGAAACACGTTTTTACCCCAAAAACCGTG
261 GTAC-AAAAAATCATGCTAAACTAAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCCAAAAACCGTG
* * *
4955 ATGGTTAGTGCATGATTTTGACTAAAAACTGGCCCAAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTTCCACAA
325 ATGGTTAGTACATGATTTTGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTTCCACAA
* * * * * * *
5020 T--ACAAAAAAAATATATAATTCTATGCCAAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATT
390 TACACAAAAAAAATATATAATTCTATGCC-AGAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
* * * *
5083 GTTTTTCTTT-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAA
454 GTTTTTTTTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
* * ** ** * *
5147 AACAAATCCTTATATCTAACATGACTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
519 AAGAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
* * * *
5212 TTGTGTCAAAAATCATGCAAAATTGAGTTGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACTGTTA
584 TTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGA
*
5277 T-G-TAGTACACGATTTCGGCTAGAAACTGACCCGAAAAGTTT-TTCTCAATTTTTAGCCACAAT
649 TGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTGTTCTCAATTTTTAGCCACAAT
*
5339 AGTC-TGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTG
714 ACTCAT-AAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTG
* *
5403 TTTTTTCATTTTTTACCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAT
778 TTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAA
* * *
5468 CAAATCCTTATATCTAATATGGTTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTT
843 CAAATCCTTATATCTAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
* * *
5533 GTACAAAAAATCATGCAACACTGAGCCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCCAAAATGCGTG
908 GTACAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAAT-CGTG
* * * * * *
5597 TTGATTGGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAG-TATTTCCCAATTTTTTACCACAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTAACCCGAAAAGTTTTTTCCCAATTTTTTGCCACAA
* *
5661 TACACAAATATATATATATATATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGACGAGCTTTTCAAGATT
66 TACAC----AGA-A-A-A-A-ATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGACGAGCTTTTCAAGCTT
* *
5726 CTAATATTGCTTTTTCA-TTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATAACATTAAGATGC
122 CTAATATTGATTTTTCATTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAACATTAAGATGC
5790 TCGTAAAAACCAATCCTTATATCTAATTTGGATCAGATTTGATTCGAGGAATATAGATATTTCAA
187 TCGTAAAAACCAATCCTTATATCTAATTTGGATCAGATTTGATTCGAGGAATATAGATATTTCAA
* * *
5855 GGAGTCTTTGTACAAAAAACCATGCTAAACTAAGTCTGGGGCTCTCGAAACACATTTTTTGCCCA
252 GGAGTCTTTGTACAAAAAATCATGCTAAACTAAGTC-GGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCCA
* **
5920 AAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTGACTAAAAGCTGACCCGAGGAGTTTTTTCTCAATTTT
316 AAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTT
* * *
5985 TTTCCACAATACACAAAAAAAATATATAATTGTACGCCAGAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTT
381 TTTCCACAATACACAAAAAAAATATATAATTCTATGCCAGAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTT
*
6050 CTAATACCGTTTTTTTTTCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
446 CTAATATCGTTTTTTTTT-ATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
* *
6115 GCTCGTAAAAAGAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGGTTCGATCAATATAGATATTTC
510 GCTCGTAAAAAGAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGATATTTC
*
6180 AAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGATCCGGAACGCGTTTTTAGCCAA
575 AAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAA
*
6245 AAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTGTTCTCAATTTTT
640 AAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTGTTCTCAATTTTT
*
6310 AGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAAAATTGGCGAGCTTTTCATGCT
705 AGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCC--AAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCT
*
6375 TTTAATATTGTTTTTTCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATG
768 TTTAATATTGTTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATG
*
6440 CTCGAAAAAACAAATCATTATATCTAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCA
833 CTCGAAAAAACAAATCCTTATATCTAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCA
* * * * * *
6505 AGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGATCT-GGAACGCGTTTTTAGCCAA
898 AGGAGTCTTTGTACAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAA
6569 AAA-CTGTG
963 AAATC-GTG
* * * * * *
6577 ATGGTTACTACACGATTTCGGCTAAAATCTTAGCAGAAAAGTTTTTTCCCAATTTTTTGCCACAA
1 ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTAACCCGAAAAGTTTTTTCCCAATTTTTTGCCACAA
* *
6642 TACACA-AAAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGACGAGCTTTTTTGAAGCTTCTAATAT
66 TACACAGAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGACGAGC--TTTTCAAGCTTCTAATAT
* * * * *
6706 TGATGTTTCATTTTTTTTCTGAACTAATTTCTAAATAAATTGAAACAACATTAAGACGCTTGTAA
129 TGATTTTTCATTTTTTTTC-GAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAACATTAAGATGCTCGTAA
* * * *
6771 AACCCAATTCTTATATCTAATTT-GACTCAGATTTGATTCGAGGAATAAAGATATTTCAAGG-TT
193 AAACCAATCCTTATATCTAATTTGGA-TCAGATTTGATTCGAGGAATATAGATATTTCAAGGAGT
*
6834 CCTTTGTACAAAAAATCATGCTAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCCAAAAAC
257 -CTTTGTACAAAAAATCATGCTAAACTAAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCCAAAAAC
*
6899 CGTGATGGTTAGTATATGATTTTGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTTCC
321 CGTGATGGTTAGTACATGATTTTGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTTCC
* *
6964 ACAATACACAAAAAAATATATATAGTTCTATGCCAGAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAG
386 ACAATACACAAAAAAA-ATATATAATTCTATGCCAGAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAA
* * *
7029 TATCG-TTTTTTTTATCTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAATGCTC
450 TATCGTTTTTTTTTAT-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC
7093 GTAAAAAGAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGG
514 GTAAAAAGAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGG
* *
7158 AGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTCTAGCCAAAAAC
579 AGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
* *
7223 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCAGAAAAGTTTGTTCTCAATTTTTAGCC
644 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTGTTCTCAATTTTTAGCC
* * * *
7288 ATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAACTGACGAGCTTTTCACGCTTTTAAT
709 ACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAAT
*
7353 ATTGTTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAA
774 ATTGTTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAA
*
7418 AAAACAAATCCTTATATCTAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAGTATAGATATTTCAAGGAGT
839 AAAACAAATCCTTATATCTAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
* * * * *
7483 AC-TTGTTCAAAAAATTATGCTAAACTGAGTCAGGGCTCTCGAAACATGTTTTTAGCCCAAAAAT
904 -CTTTGTACAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAG-CCAAAAAT
7547 CGTG
967 CGTG
7551 ATGGTTAGTACA
1 ATGGTTAGTACA
7563 TG
Statistics
Matches: 1768, Mismatches: 164, Indels: 61
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
966 23 0.01
967 36 0.02
970 2 0.00
971 33 0.02
972 187 0.11
973 62 0.04
974 617 0.35
975 262 0.15
976 25 0.01
977 168 0.10
978 1 0.00
979 38 0.02
980 81 0.05
981 46 0.03
982 187 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (970 bp):
ATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTAACCCGAAAAGTTTTTTCCCAATTTTTTGCCACAA
TACACAGAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGACGAGCTTTTCAAGCTTCTAATATTG
ATTTTTCATTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAACATTAAGATGCTCGTAAAAA
CCAATCCTTATATCTAATTTGGATCAGATTTGATTCGAGGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
GTACAAAAAATCATGCTAAACTAAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCCAAAAACCGTGA
TGGTTAGTACATGATTTTGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTTCCACAAT
ACACAAAAAAAATATATAATTCTATGCCAGAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
TTTTTTTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
GAAATCCTTATATCCAATGTGGTTGACATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
GTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATG
GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTGTTCTCAATTTTTAGCCACAATAC
TCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCATGCTTTTAATATTGTTT
TTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAACATTAAGATGCTCGAAAAAACAA
ATCCTTATATCTAACATGGCTCAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTA
CAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAATCGTG
Done.