Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015175.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15196, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 805
Length: 1343
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.37
Found at i:638 original size:331 final size:328
Alignment explanation
Indices: 1--1338 Score: 1801
Period size: 331 Copynumber: 4.1 Consensus size: 328
*
1 CCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTGGACGAAATCGTGTGCTA
1 CCAAAAATTGTGGAAAAAA-TTTTCGGGTCAGTTTTTGCCAAATTTTGGACGAAATCGTGTGCTA
*
66 ACCATCACGGTTTTTGGCTGAAAATGCGTTCCGAGGCCCCGACTTCTGTTTTGCATGACTTTTGC
65 ACC-TCA-GGTTTTTGGCTGAAAATGCGTTCCGAGGCCCCGAC-TCTGTTTTGCATGACTTTTGG
*
131 CACCAAGAATAATTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCTCAGCTACATTCGATTTAAATAT
127 CACCAAGAATAATTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCTCAGCTACATTCGATTTAAAGAT
*
196 TTGTTTATTCGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCTGAAAAATAAGAAA
192 TTGTTTTTTCGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCTGAAAAATAAGAAA
* * *
261 AACGATATTAGAGGGTTGAAAAGCCGTTTTTTCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAG
257 AACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCC-CTTTTTCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAG
326 TATTGTGG
321 TATTGTGG
** * * *
334 CCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTCGGCCCAATTTTTGCCAACTTTTGGACAAAATCGTGTGCTAA
1 CCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCCAAATTTTGGACGAAATCGTGTGCTAA
* * * *
399 TCCTCACGGTTTTTGGCTGAAAATGGGTTCCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
66 -CCTCA-GGTTTTTGGCTGAAAATGCGTTCCGAGGCCCCGACTCTGTTTTGCATGACTTTTGGCA
* * * * * *
464 CCAAGAGTAATTGAAGTATCTATATTCATCTATGCAAATCTAAACTATATTCGATTTAAAGATTT
129 CCAAGAATAATTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCTCAGCTACATTCGATTTAAAGATTT
529 GTTTTTTCGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCTGAAAAATAAGAAAAA
194 GTTTTTTCGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCTGAAAAATAAGAAAAA
* * * * *
594 CGATATTAGAAGCTTGAAAGGCCCTTGTTTCGTTTTGACGTTGAATTATATATATATTATGCGTA
259 CGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCTT-TTTCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTA
*
659 TTGTGT
323 TTGTGG
* * * *
665 TCAAAAATTGTGG-AAAATTTTTCGGGTCAGGTTTTGGCAAATTTTGGACGAAATCGTGTGCT-A
1 CCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCCAAATTTTGGACGAAATCGTGTGCTAA
*
728 CCATCCCA-GTTTTTGGCTGAAAATGCGTTCCGAGGCCCCGGCTCTGTTTTGCATGACTTTTGGC
66 CC-T--CAGGTTTTTGGCTGAAAATGCGTTCCGAGGCCCCGACTCTGTTTTGCATGACTTTTGGC
* * * * *
792 ACCAAGAATAATTGAAATATATATATTCATCTATTCAAATCTTAGCCAAATTCGATTTAAGGATT
128 ACCAAGAATAATTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCTCAGCTACATTCGATTTAAAGATT
857 TG-TTTTTCGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCTGAAAAATAAGAAAA
193 TGTTTTTTCGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCTGAAAAATAAGAAAA
* *
921 ACGACATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTTTTTCTTTTTGGCGTTGAATTATTATATATTTTATGAG
258 ACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCC-TTTTTCTTTTTGGCGTTGAATTA-TATATATTTTATGAG
*
986 TATTGTGT
321 TATTGTGG
* * *
994 CCAAAAATTGTGGAAAAACA-TTTCGGTTTAGTTTTTGCCAAATTTTTGACGAAATC----G---
1 CCAAAAATTGTGGAAAAA-ATTTTCGGGTCAGTTTTTGCCAAATTTTGGACGAAATCGTGTGCTA
* *
1051 ---T--GG----T---TGAAAATGCGTTCCGAGGCCCC-AGCACTGTTTTGCATTACTTTTGGCA
65 ACCTCAGGTTTTTGGCTGAAAATGCGTTCCGAGGCCCCGA-CTCTGTTTTGCATGACTTTTGGCA
* * * * *
1103 CAAAGAATACTAGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCTCAGCTACATTCGATATAATGATTT
129 CCAAGAATAATTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCTCAGCTACATTCGATTTAAAGA-TT
* *
1168 TTTTTTTTCGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTTGAAAAATTAA-AAA
193 TGTTTTTTCGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCTGAAAAA-TAAGAAA
* *
1232 AACGATATTAGAAGCATGAAAGGCCCTTTTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAG
257 AACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCTTTT-TCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAG
1297 TATTGTGG
321 TATTGTGG
* * * *
1305 CAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTTT
1 CCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTT
1339 AAGCC
Statistics
Matches: 902, Mismatches: 87, Indels: 54
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
310 97 0.11
311 58 0.06
312 98 0.11
313 4 0.00
317 1 0.00
320 1 0.00
326 1 0.00
328 105 0.12
329 146 0.16
330 78 0.09
331 214 0.24
332 78 0.09
333 21 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (328 bp):
CCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCCAAATTTTGGACGAAATCGTGTGCTAA
CCTCAGGTTTTTGGCTGAAAATGCGTTCCGAGGCCCCGACTCTGTTTTGCATGACTTTTGGCACC
AAGAATAATTGAAATATCTATATTCATCTATTCAAATCTCAGCTACATTCGATTTAAAGATTTGT
TTTTTCGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCTGAAAAATAAGAAAAACG
ATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCTTTTTCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTG
TGG
Done.