Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015185.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15206, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:619 original size:335 final size:335
Alignment explanation
Indices: 7--2570 Score: 2621
Period size: 335 Copynumber: 7.6 Consensus size: 335
1 TTTTTT
* * *
7 TTTCCTCAATTTTTGGAAAAAACACTCAAAAAAAAGTATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAAG
1 TTTCCTCAATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAAAGTATATAATTCAACGC-AAAAAGATTGAAG
* * * * *
72 GGCTTTTCACGCTTCTTATATTGTTTATCCTATTTTTTTTTCCAAATTAATTTGTGATTAAATCA
65 GGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTA-ATTTTTTACCAAATTAATTTGTGATTAAATCG
* ** * * *
137 AAATAAGATCCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTCAATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
129 AAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * *
202 TAATATAGATATTTCAAGGAATCTTGGGGCCAAAAATCATGC-AAATTGAGCCGGAGCAT-CGGA
194 TAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGC-TCCGGA
* * *
265 ACACGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGT-AAAAATT
258 ACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACT
* * *
329 GACCCAAAAAAAA
323 GATCCAGAAAATA
* * * *
342 TTTCCTC-ATCTTTTGGAAAAAATACTCATAATAAAAG-AAATAATTCAATGCAAAAATTATTGA
1 TTTCCTCAAT-TTTTGGCAAAAATACTCATAA-AAAAGTATATAATTCAACGCAAAAA-GATTGA
* * * * * ** *
405 AGGGCTTCTCAAGGC-TCTAATATCGTTTTTCTTAATCTCATACCAAATTAATTTCTGATTAAAT
63 AGGGCTTTTC-ACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTAATTTTTTACCAAATTAATTTGTGATTAAAT
* * * * * *
469 CGAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACATATTCTTAAATACAATTTGGCTGATATTTTGG-TA
127 CGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA-TTTGGTTA
* * * * * *
533 GATGAATATAGATGTTTCAAGGGGTCTTGGTGCCAAAAGTCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCT
191 GATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCG
**
598 GAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G-AACGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT-ACAAAA
256 GAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTAA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAA
** * *
660 TTTGA-CCCGATAAAAA
320 ACTGATCCAGA-AAATA
* * * *
676 ATTCCTCAATTTTTGGCTACAAA-ACTCATAAAAAA-TATATAATTCAATGCAAAAAATATTGAA
1 TTTCCTCAATTTTTGGC-AAAAATACTCATAAAAAAGTATATAATTCAACGC-AAAAAGATTGAA
* * * * * * *
739 GGGCTTCTCAAGCTTCTAATATTGTTTTTCTTAATTTCTTACCAAATTAATTTTTGATTAAATCG
64 GGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTAATTTTTTACCAAATTAATTTGTGATTAAATCG
* * * * * * *
804 AAACAAGATTCT-GATGCTCGTAAAAACACATCTTTAAATCCAATTTGGCTAAGACTTGGGTAGA
129 AAACAAGATT-TAGATGCTCGTAAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
* * * * *
868 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAGATAATGCAAAACTGAGTCGGAACTCCGGA
193 TTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCGGA
* * * *
933 ACACATTTATAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACT
258 ACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACT
* *
998 GATCCAGAAGATT
323 GATCCAGAAAATA
* * * * * *
1011 TTTCCTCAATTTGTGGCGAAAATAATCATATAAAAGTATATAATTCAACACAAAGAAGCTTGAAG
1 TTTCCTCAATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAAAGTATATAATTCAACGCAAA-AAGATTGAAG
* * *
1076 GGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTATTTTTTTA--AAAATAATTTGTGATTAGATCGA
65 GGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTAATTTTTTACCAAATTAATTTGTGATTAAATCGA
* * * *
1139 AACGAGATTTAGATCCTCGTAAAAAAAATTATCCTTGAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGA
130 AACAAGATTTAGATGCTCGT-AAAAAAA-TATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
* * * * * * ** * * *
1204 TTAATAGAGATACTTCACGGAGTCCTGGCGCAAAAAATGAAACAAAA-TCAAGTCGGGGAC-CTC
193 TTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT-GAGCCGGAG-CTC-C
*
1267 GGAACACGTTTTTATG-CAAAAACCGAGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAA
255 GGAACACGTTTTTA-GCCAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAA
* * *
1331 AACTGATCCGGAAGATT
319 AACTGATCCAGAAAATA
* * * * *
1348 TTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACGAAAAAGCTTGAAG
1 TTTCCTCAATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAAAGTATATAATTCAACGC-AAAAAGATTGAAG
* * * *
1413 GGATTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTATTTTTTTA--AAAATAATTTGTGATTAGATCGA
65 GGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTAATTTTTTACCAAATTAATTTGTGATTAAATCGA
* * * * *
1476 AACGAGATTTAGATCCTCGTAAAAAAAATTATCCTTGAATCCGATGTGACTGAGATTTGGTTAGA
130 AACAAGATTTAGATGCTCGT-AAAAAAA-TATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
* * * * * * * *
1541 TTAATAGAGATACTTCACGGAGTCCTT-GCGCCAAAAATGAAGCAAAATTAAGCCGGGGAC-CTC
193 TTAATATAGATATTTCAAGGAGT-CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAG-CTC-C
* ** * *
1604 GGAACACGTTTTTA-TCAAAAACCGTGATAATAAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTG-CAAAA
255 GGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAA
*
1667 ACTGAACC-GAAAACTA
320 ACTGATCCAGAAAA-TA
* * *** * * *
1683 TTTCCTGATTTTTTTGGCCTGAATACTCATAAAAAA-TATATAATTCAATGCAAAAAATATTGAT
1 TTTCCTCA-ATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAAAGTATATAATTCAACGC-AAAAAGATTGAA
* * * * * * * *
1747 GGGCTTCTCAAGCTTCTAATATTGTTTTTCTTAATTTCTTACAAAATTAATTTTTGATTAAATCG
64 GGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTAATTTTTTACCAAATTAATTTGTGATTAAATCG
* * * * * * * *
1812 AAACAAGGTTCT-GCTGCTCGTAAAAATACATCTTTAAATCCAAT-TCGGCTAAGACTTGGGTAG
129 AAACAAGATT-TAGATGCTCGTAAAAAAATATCCTTAAATCCAATGT-GGCTGAGATTTGGTTAG
* * *
1875 ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCGGAACTCCGG
192 ATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCGG
* * *
1940 AACACATTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAAC
257 AACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAAC
* *
2005 TGATCCGGAAGAGT-
322 TGATCCAGAA-AATA
* * * * *
2019 TTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACGAAAAAGCTTGAAG
1 TTTCCTCAATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAAAGTATATAATTCAACGC-AAAAAGATTGAAG
* * *
2084 GGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCT-ATTTTTTA-AAAAGTAATTTGTGATTAGATCGA
65 GGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTAATTTTTTACCAAATTAATTTGTGATTAAATCGA
* * * * *
2147 AACGAGATTTAGATCCTCGTAAAAAAAATTATCCTTGAATCTAATGTGACTGAGATTTGGTTAGA
130 AACAAGATTTAGATGCTCGT-AAAAAAA-TATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
* * * * * * *
2212 TTAATAGAGATACTTCACA-GAGTCCTGGCGCCAAAAATGAAGCAAAATTAAGCCGGAGCTCCGG
193 TTAATATAGATATTTCA-AGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCGG
2276 AACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA---TAACGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAA
257 AACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTAA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAA
* *
2338 CTGATCCGGAAGGAGT-
321 CTGATCCAGAA--AATA
* * * * *
2354 TTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACGAAAAAGCTTGAAG
1 TTTCCTCAATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAAAGTATATAATTCAACGC-AAAAAGATTGAAG
* ** *
2419 GGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCT-ATATTTTAAAAAATTAATTTGTGATTATATCGA
65 GGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTAATTTTTTACCAAATTAATTTGTGATTAAATCGA
** * * *
2483 AATGAGATTTAGATCCTCATAAAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGAT
130 AACAAGATTTAGATGCTCGT-AAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* *
2548 TAATAGAGATATTTCACGGAGTC
194 TAATATAGATATTTCAAGGAGTC
2571 GTGGACCCCA
Statistics
Matches: 1911, Mismatches: 261, Indels: 114
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
332 7 0.00
333 218 0.11
334 346 0.18
335 543 0.28
336 421 0.22
337 367 0.19
338 9 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (335 bp):
TTTCCTCAATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAAAGTATATAATTCAACGCAAAAAGATTGAAGG
GCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTAATTTTTTACCAAATTAATTTGTGATTAAATCGAA
ACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATTA
ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCGGAACA
CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGAT
CCAGAAAATA
Found at i:2025 original size:671 final size:665
Alignment explanation
Indices: 6--2570 Score: 2695
Period size: 671 Copynumber: 3.8 Consensus size: 665
1 TTTTT
** * * * *
6 TTTTCCTCAATTTTTGGAAAAAACACTCAAAAAAAAGTATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAA
1 TTTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAA
* * * *
71 GGGCTTTTCACGCTTCTTATATTGTTTATCCTATTTTTTTTTCCAAATTAATTTGTGATTAAATC
66 GGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTA--TTTTTTT-AAAAATAATTTGTGATTAAATC
* * ** * * * * *
136 AAAATAAGATCCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTCAATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
128 GAAACAAGATTTAGATCCTCGTAAAAAAATATCCTTGAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGA
* * * * * * * *
201 TTAATATAGATATTTCAAGGAATCTTGGGGCCAAAAATCATGC-AAATTGAGCCGGAGCAT-CGG
193 TTAATAGAGATACTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATGAAGCAAAATTAAGCCGGA-CCTCCGG
* * * *
264 AACACGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGT-AAAAAT
257 AACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAAC
* * * ** * * * **
328 TGACCCAAAAAAAATTTCCTC-ATCTTTTGGAAAAAATACTCATAATAAAAGAAATAATTCAATG
322 TGATCCAGAAAATATTTCCTCAAT-TTTTGGCGAAAATAATCATAA-AAAATATATAATTCAACA
** * * * *
392 CAAAAATTATTGAAGGGCTTCTCAAGGC-TCTAATATCGTTTTTCTTAATCTCATACCAAATTAA
385 CAAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCAA-GCTTCTAATATCGTTTTTCCTAATTTCTTACAAAATTAA
* * *
456 TTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAACATAT-TCTTAAATACAATTTGGC
449 TTTGTGATTAAATCGAAACAAGA-TTTGATGCTCGTAAAAAAATATCT-TTAAATCCAA-TTGGC
* * * * * *
520 TGATATTTTGGTAGATGAATATAGATGTTTCAAGGGGTCTTGGTGCCAAAAGTCATGCAAAACTG
511 TGAGATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC-G
* *
585 AGCCGGAGCTCCTGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G-AACGTACACGATTTCGGCTAA
575 AGCCGGAACTCCGGAACACGTTTTTAG-CAAAAACCGTGATGGTAA-GTACACGATTTCGGCTAA
** ** * *
648 AATTTT-ACAAAATTTGA-CCCGATAAAA
638 AATTTTGTGAAAAACTGATCCGGA-AGAA
** * * * ** *
675 AATTCCTCAATTTTTGGCTACAAA-ACTCATAAAAAA-TATATAATTCAATGCAAAAAATATTGA
1 TTTTCCTCAATTTTTGGCGA-AAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACAAAAAAGATTGA
* * * * * * * * *
738 AGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATTGTTTTTCTTAATTTCTTACCAAATTAATTTTTGATTAAATC
65 AGGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTATTTTTTTA--AAAATAATTTGTGATTAAATC
* * * * * * * * * *
803 GAAACAAGATTCT-GATGCTCGTAAAAACACATCTTTAAATCCAATTTGGCTAAGACTTGGGTAG
128 GAAACAAGATT-TAGATCCTCGTAAAAAAATATCCTTGAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAG
* * * * * * * *
867 ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAGAT-AATGCAAAACTGAGTCGGAACTCCG
192 ATTAATAGAGATACTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATGAA-GCAAAATTAAGCCGGACCTCCG
* * * * *
931 GAACACATTTATAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAA
256 GAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAA
* * * *
996 CTGATCCAGAAGATTTTTCCTCAATTTGTGGCGAAAATAATCATATAAAAGTATATAATTCAACA
321 CTGATCCAGAAAATATTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCATA-AAAAATATATAATTCAACA
* * * * * * *
1061 CAAAGAAGCTTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTATTTTTTTA-AAAA-TAAT
385 CAAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAATTTCTTACAAAATTAAT
* * * * * *
1124 TTGTGATTAGATCGAAACGAGATTTAGATCCTCGTAAAAAAAATTATCCTTGAATCCAATGTGAC
450 TTGTGATTAAATCGAAACAAGATTT-GATGCTCGT-AAAAAAA-TATCTTTAAATCCAAT-TGGC
* * * * * * * * ** *
1189 TGAGATTTGGTTAGATTAATAGAGATACTTCACGGAGTCCTGGCGCAAAAAATGAAACAAAATCA
511 TGAGATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAA-CG
* * *
1254 AGTCGGGGAC-CTCGGAACACGTTTTTATGCAAAAACCGAGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTA
575 AG-CCGGAACTC-CGGAACACGTTTTTA-GCAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTA
*
1318 AAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGAT
637 AAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGAA
* *
1347 TTTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACGAAAAAGCTTGAA
1 TTTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAA
* *
1412 GGGATTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTATTTTTTTAAAAATAATTTGTGATTAGATCGAA
66 GGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTATTTTTTTAAAAATAATTTGTGATTAAATCGAA
* *
1477 ACGAGATTTAGATCCTCGTAAAAAAAATTATCCTTGAATCCGATGTGACTGAGATTTGGTTAGAT
131 ACAAGATTTAGATCCTCGT-AAAAAAA-TATCCTTGAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGAT
*
1542 TAATAGAGATACTTCACGGAGTCCTT-GCGCCAAAAATGAAGCAAAATTAAGCCGGGGACCT-CG
194 TAATAGAGATACTTCAAGGAGT-CTTGGCGCCAAAAATGAAGCAAAATTAAGCC--GGACCTCCG
* * * *
1605 GAACACGTTTTTA-TCAAAAACCGTGATAATAAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTG-CAAAAA
256 GAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAA
* * * *** * *
1668 CTGAACC-GAAAACTATTTCCTGATTTTTTTGGCCTGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAT
321 CTGATCCAGAAAA-TATTTCCTCA-ATTTTTGGCGAAAATAATCATAAAAAATATATAATTCAAC
* * * * *
1732 GCAAAAAATATTGATGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATTGTTTTTCTTAATTTCTTACAAAATTAA
384 ACAAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAATTTCTTACAAAATTAA
* * * * *
1797 TTTTTGATTAAATCGAAACAAGGTTCTGCTGCTCGTAAAAATACATCTTTAAATCCAATTCGGCT
449 TTTGTGATTAAATCGAAACAAGATT-TGATGCTCGTAAAAAAATATCTTTAAATCCAATT-GGCT
* *
1862 AAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACGGA
512 GAGATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC-GA
* *
1927 GCCGGAACTCCGGAACACATTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
576 GCCGGAACTCCGGAACACGTTTTTAGC-AAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAA
*
1992 TTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGAG
640 TTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGAA
* *
2018 TTTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACGAAAAAGCTTGAA
1 TTTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAA
*
2083 GGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTAAAAAGTAATTTGTGATTAGATCGA
66 GGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTATTTTTTTAAAAA-TAATTTGTGATTAAATCGA
* *
2147 AACGAGATTTAGATCCTCGTAAAAAAAATTATCCTTGAATCTAATGTGACTGAGATTTGGTTAGA
130 AACAAGATTTAGATCCTCGT-AAAAAAA-TATCCTTGAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGA
* *
2212 TTAATAGAGATACTTCACA-GAGTCCTGGCGCCAAAAATGAAGCAAAATTAAGCCGGAGCTCCGG
193 TTAATAGAGATACTTCA-AGGAGTCTTGGCGCCAAAAATGAAGCAAAATTAAGCCGGACCTCCGG
*
2276 AACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-A-ACGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAAC
257 AACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAAC
* * *
2339 TGATCCGGAAGGAGT-TTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAAC
322 TGATCCAGAA--AATATTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCATAAAAAA-TATATAATTCAAC
* * * * * *
2403 ACGAAAAAGCTTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCT-ATATT-TTAAAAAATTA
384 ACAAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAAT-TTCTTACAAAATTA
* ** * * * *
2466 ATTTGTGATTATATCGAAATGAGATTTAGATCCTCATAAAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGA
448 ATTTGTGATTAAATCGAAACAAGATTT-GATGCTCGT-AAAAAAATATCTTTAAATCCAAT-TGG
* * * *
2531 CTGAGATTTGGTTAGATTAATAGAGATATTTCACGGAGTC
510 CTGAGATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
2571 GTGGACCCCA
Statistics
Matches: 1579, Mismatches: 261, Indels: 110
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
666 9 0.01
667 140 0.09
668 134 0.08
669 211 0.13
670 140 0.09
671 506 0.32
672 193 0.12
673 191 0.12
674 49 0.03
675 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (665 bp):
TTTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAA
GGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTTCCTATTTTTTTAAAAATAATTTGTGATTAAATCGAA
ACAAGATTTAGATCCTCGTAAAAAAATATCCTTGAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATTA
ATAGAGATACTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATGAAGCAAAATTAAGCCGGACCTCCGGAACA
CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGAT
CCAGAAAATATTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAATCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAA
AGATTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAATTTCTTACAAAATTAATTTGTGA
TTAAATCGAAACAAGATTTGATGCTCGTAAAAAAATATCTTTAAATCCAATTGGCTGAGATTTGG
GTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACGAGCCGGAACTC
CGGAACACGTTTTTAGCAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAA
ACTGATCCGGAAGAA
Found at i:3593 original size:962 final size:957
Alignment explanation
Indices: 1650--3528 Score: 2454
Period size: 962 Copynumber: 2.0 Consensus size: 957
1640 CACGATTTCG
* * *
1650 ACTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAACTATTTCCTGATTTTTTTGGCCTGAATACTCATAA
1 ACTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCAAAAACTATTTCCTCATTTTTTTGGCCAGAATACTCATAA
* * *
1715 AAAATATATAATTCAATGCAAAAAATATTGATGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATTGTTTTTCTTA
66 AAAATATATAATTCAATGCAAAAAATATTGAAGGGATTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCTTA
* * * *
1780 ATTTCTTACAAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAAGGTTCTGCTGCTCGTAAAAATACATCT
131 ATTTCTTACAAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACACATCT
*
1845 TTAAATCCAATTCGGCTAAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAA
196 TTAAATCCAATTCGGCTAAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCTTGGCGCCAA
* *
1910 AAATCATGCAAAACGGAGCCGGAACTCCGGAACACATTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTA
261 AAATCATGCAAAACGGAGCCGGAACTCCGGAACACATTTTTAGCCAAAAACCGTGA--GTAAGTA
**
1975 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGAGTTTTCCTCAATTTTTGGCGAAA
324 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGAGTTTTCCTCAATTTTTGGAAAAA
* *
2040 ATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACGAAAAAGCTTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTTATAT
389 ACAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACGAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTTATAT
* * * **
2105 CGTTTTTCCTATTTTTTAAAAAGTAATTTGTGATTAGATCGAAACGAGATTTAGATCCTCGTAAA
454 CGTTTATCCTATTTTTTAAAAAGTAATTTGTGATTAAATCGAAACAAGATCCAGATCCTCGTAAA
* * *
2170 AAAAATTATCCTTGAATCTAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATTAATAGAGATACTTCACAGAGT
519 AAAAATTATCCTTCAATCAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATTAATAGAGATACTTCACAGAAT
* * * *
2235 CCTGGCGCCAAAAATGAAGCAAAATTAAGCCGGAGCTCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGT
584 CCTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAAATAAGCCGGAGCACCGGAACACCTTTTTAGCCAAAAACCGT
* * * ** *
2300 GATAACGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGGAGTTTTCCTCAATT
649 GATAACGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGTGAAAAACTGACCCGAAAACAGATTTCCTCAATT
* * *
2365 TTTGGCGAAAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACGAAAAAGCTTGAAGGGCTTTTCACG
714 TTTGGAGAAAATAATCAGAAAAAAGTAAATAATTCAACACGAAAAAGCTTGAAGGGCTTCTCACG
* * * * **
2430 CTTCTTATATCGTTTTTCCTATATTTTAAAAAATTAATTTGTGATTATATCGAAATGAGATTTAG
779 CTTCTAATATCGTTTTTCCTATATTATAAAAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTTAG
* *
2495 ATCCTCATAAAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATTAATAGAGATAT
844 ATCCTCATAAAAAAAATATCCTTAAATACAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATAGAGATAT
* * * *
2560 TTCACGGAGTCGTGGACCCCAGAACACGTTTTTATGCAAAAACCGTGATGTC
909 TTCAAGGAGTCGTGGACCCCAGAACA---TATCATGCAAAAACCGAGATGTC
* *
2612 GACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAAATTATTTCCTCA-TTTTTTGGCCAGAATACTCATA
1 -ACTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCAAAAACTATTTCCTCATTTTTTTGGCCAGAATACTCATA
2676 AAAAATATATAATTCAATGCAAAAAATATTGAAGGGATTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCTT
65 AAAAATATATAATTCAATGCAAAAAATATTGAAGGGATTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCTT
*
2741 AATTAAT-TTGC-AAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACACA
130 AATT--TCTTACAAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACACA
* * * *
2804 TCTTTGAATCCAATTTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTCCATGGAGTCTTGGCGC
193 TCTTTAAATCCAATTCGGCTAAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCTTGGCGC
* * *
2869 CAAAAATCTTGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCGGAACACATTTTTAGCCAAAAACCGTGA-TAACG
258 CAAAAATCATGCAAAACGGAGCCGGAACTCCGGAACACATTTTTAGCCAAAAACCGTGAGTAA-G
*
2933 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAG-GCTTTTTTTTTCTCAATTTTT
322 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGAG-----TTTTCCTCAATTTTT
* *
2997 GGAAAAAACACTCAGAAAAAAGTATATAATTCAA-A-GAAAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGC
382 GGAAAAAACAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACG--AAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGC
* ** * *
3060 TTCTTATATTGTTTATCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTGTGATTAAATC-AAGATAAGATCCAG
445 TTCTTATATCGTTTATCCTA-TTTTTTAAAAAGTAATTTGTGATTAAATCGAA-ACAAGATCCAG
* * * **
3124 ATGCTCGT-AAAAACA-TATCCTTCAATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATTAATTTAGATA
508 ATCCTCGTAAAAAAAATTATCCTTCAATCAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATTAATAGAGATA
* * * * *
3187 TTTCA-AGGAATCTTGG-GCCAAAAATCATGCAAAAATGAGGCGGAGCACCGGAACACCTTTTTA
573 CTTCACA-GAATCCTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAAATAAGCCGGAGCACCGGAACACCTTTTTA
*
3250 GCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGT-AAAAACTGACCCGAAAA
637 GCCAAAAACCGTGA---TAACGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGTGAAAAACTGACCCGAAAA
* * **
3313 CA-ATTTCCTC-ATCTTTTGGAGAAAATACTCATAATAAAAG-AAATAATTCAATGC-AAAAATT
699 CAGATTTCCTCAAT-TTTTGGAGAAAATAATCAGAA-AAAAGTAAATAATTCAACACGAAAAA--
* * * **
3374 G-TTGAAGGGCTTCTCAAGGC-TGTAATATCGTTTTTCTTA-ATCTCATACCAAATTAATTTCTG
760 GCTTGAAGGGCTTCTC-ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATAT-T-ATAAAAAATTAATTTCTG
* * * * * * * *
3436 ATTAAATCGAAACAAGATTTTGATGCTCGT-AAAAATATATTCTTAAATACAATTTGGCTGATAT
822 ATTAAATCGAAACAAGATTTAGATCCTCATAAAAAAAATATCCTTAAATACAATGTGACTGAGA-
*
3500 TTTGG-TAGATGAATATAGATATTTCAAGG
886 TTTGGTTAGATGAATAGAGATATTTCAAGG
3529 GGTCTTGGTG
Statistics
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Consensus pattern (957 bp):
ACTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCAAAAACTATTTCCTCATTTTTTTGGCCAGAATACTCATAA
AAAATATATAATTCAATGCAAAAAATATTGAAGGGATTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCTTA
ATTTCTTACAAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACACATCT
TTAAATCCAATTCGGCTAAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCTTGGCGCCAA
AAATCATGCAAAACGGAGCCGGAACTCCGGAACACATTTTTAGCCAAAAACCGTGAGTAAGTACA
CGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGAGTTTTCCTCAATTTTTGGAAAAAAC
AATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACACGAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTTATATCG
TTTATCCTATTTTTTAAAAAGTAATTTGTGATTAAATCGAAACAAGATCCAGATCCTCGTAAAAA
AAATTATCCTTCAATCAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATTAATAGAGATACTTCACAGAATCC
TGGCGCCAAAAATCAAGCAAAAATAAGCCGGAGCACCGGAACACCTTTTTAGCCAAAAACCGTGA
TAACGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGTGAAAAACTGACCCGAAAACAGATTTCCTCAATTTT
TGGAGAAAATAATCAGAAAAAAGTAAATAATTCAACACGAAAAAGCTTGAAGGGCTTCTCACGCT
TCTAATATCGTTTTTCCTATATTATAAAAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTTAGAT
CCTCATAAAAAAAATATCCTTAAATACAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATAGAGATATTT
CAAGGAGTCGTGGACCCCAGAACATATCATGCAAAAACCGAGATGTC
Found at i:3627 original size:335 final size:333
Alignment explanation
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Period size: 337 Copynumber: 5.1 Consensus size: 333
2604 GTGATGTCGA
* * * * *
2614 CTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAAATTATTTCCTCATTTTTTGGCCAGAATACTCATAAAA
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* *
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65 AAGATATAATTCAATGCAAAAAA-AGTTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCTTAA
* ** *
2743 -TTAATTTGCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACACA-TC
129 TTTCA-TACCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACATATTC
* * * *
2806 TTTGAATCCAATTTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTCCATGGAGTCTTGGCGCCA
193 -TTAAATACAATTTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCA
* * *
2871 AAAATCTTGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCGGAACACATTTTTAGCCAAAAACCGTGA---TAACG
257 AAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCGGAACACATTTTTAGGCAAAAACCGTGATGGTTA-G
2933 TACACGATTTCGG
321 TACACGATTTCGG
* ** * * * *
2946 CTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGGCTTTTTTTTTCTCAATTTTTGGAAAAAACACTCA
1 CTAAAATTTTGT-AAAAACTGA-CCCGAAAAC---TATTTCCTC-ATTTTTGGACAAAATACTCA
* * * * * * * *
3011 GAAAAAAGTATATAATTCAAAG-AAAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTTATATTGTTTA
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* ** * * * * *
3075 TCCT-ATTTTTTTCCAAATTAATTTGTGATTAAATC-AAGATAAGATCCAGATGCTCGTAAAAAC
123 TCTTAATTTCATACCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAA-ACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAAC
* * * * * * * *
3138 ATATCCTTCAAT-CAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATTAATTTAGATATTTCAAGGAATCTTG
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* * * * *
3202 G-GCCAAAAATCATGCAAAAATGAGGCGGAGCACCGGAACACCTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG
251 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCGGAACACATTTTTAGGCAAAAACCGTGATG
3266 GTTAGTACACGATTTCGG
316 GTTAGTACACGATTTCGG
* * *
3284 CAAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGAAAACAATTTCCTCATCTTTTGGAGAAAATACTCATAATA
1 CTAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGAAAACTATTTCCTCAT-TTTTGGACAAAATACTCATAA-A
* ** *
3349 AAAGAAATAATTCAATGCAAAAATTGTTGAAGGGCTTCTCAAGGC-TGTAATATCGTTTTTCTTA
64 AAAGATATAATTCAATGCAAAAAAAGTTGAAGGGCTTCTCAA-GCTTCTAATATCGTTTTTCTTA
* * *
3413 ATCTCATACCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAATATATTC
128 ATTTCATACCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACATATTC
* * * * * *
3478 TTAAATACAATTTGGCTGATATTTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGGGTCTTGGTGTCAA
193 TTAAATACAATTTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAA
* * * *
3543 AAATCATGCAAAACTGCGCCAGAGCTCCTGAACACGTTTTTAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
258 AAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCGGAACACATTTTTAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
*
3608 CATGATTTCGG
323 CACGATTTCGG
* * * * * *
3619 CTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGA-TTTTTCCTCAATTTGTGG-CAAAAATAATCAGA
1 CTAAAATTTTGT-AAAAACTGA-CCCGAAAACTATTTCCTC-ATTTTTGGAC-AAAATACTCATA
* * * * *
3682 AAAAAGTATATAATTCAA--CACAAAAAAGCATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGTTTTA
62 AAAAAG-ATATAATTCAATGCA-AAAAAAG-TTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTT
* * * * * * * * * *
3745 ATTATTTTCTTA-AAAAATAATTTGTGATTAGATCGAAACGAGATT-TAGATCCTCGTAAAAAAA
124 CTTAATTTCATACCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCT-GATGCTCGT-AAAAAC
* * * * * * * * * * * * *
3808 ATTATCCTTGAATCCAATGTGACTAAGATTTAGTTAGATTAATAGAGATATTTCACGGAGTCATG
187 A-TATTCTTAAATACAATTTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTG
* * * * * * * **
3873 GCGCCAAAAATGAAGCAAAATTAAGCCGGGACCT-CGGAACACGTTTTTATGCAAAAACCGACAT
251 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGAGCTCCGGAACACATTTTTAGGCAAAAACCGTGAT
*
3937 GGTATA-TACACGATTTCGA
315 GGT-TAGTACACGATTTCGG
* * * * *
3956 CTAAAATTTTGCAAAAACTGATCCGAAAATTATTTCCTCATTTTTTGGCCAGAATACTCATAAAA
1 CTAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGAAAACTATTTCCTCA-TTTTTGGACAAAATACTCATAAAA
* *
4021 AATATATAATTCAATGCAAAAAACA-TTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATTGTTTTTCTTAA
65 AAGATATAATTCAATGCAAAAAA-AGTTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCTTAA
* * *
4085 TTTCATACCAAATTAATTT-TATATTAAATCGAAACAAGGTTCTGATGCTCGTAAAAACACA-TC
129 TTTCATACCAAATTAATTTCT-GATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACATATTC
* *
4148 TTTAAA-ACCAATTCGGCTAAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCC
193 -TTAAATA-CAATTTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCC
* * *
4212 AAAAATCATGCAAAACGGAGCCGGAACTCCAGAACACATTTTTA-GCTAAAAACCGTGATGGTTA
256 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCGGAACACATTTTTAGGC-AAAAACCGTGATGGTTA
4276 GTACACGATTTCGG
320 GTACACGATTTCGG
*
4290 CTAAAATTTTGCGAAAAACTGA
1 CTAAAATTTTG-TAAAAACTGA
4312 TCAGGAAGAT
Statistics
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0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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339 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (333 bp):
CTAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGAAAACTATTTCCTCATTTTTGGACAAAATACTCATAAAAA
AGATATAATTCAATGCAAAAAAAGTTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCTTAATT
TCATACCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACATATTCTTA
AATACAATTTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAA
TCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCGGAACACATTTTTAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
GATTTCGG
Found at i:4032 original size:671 final size:666
Alignment explanation
Indices: 2610--4322 Score: 2261
Period size: 671 Copynumber: 2.6 Consensus size: 666
2600 AACCGTGATG
*
2610 TCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAAATTATTTCCTCATTTTTTGGCCAGAATACTCAT
1 TCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTATTTCCTCATTTTTTGGCCAGAATACTCAT
*
2675 AAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAATATTGAAGGGATTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCT
66 AAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAATATTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCT
* **
2740 TAATTAATTTGCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACACAT
131 TAATTCA-TACCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACACAT
* * * *
2805 CTTTGAATCCAATTTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTCCATGGAGTCTTGGCGCC
195 CTTTAAATACAATTTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCC
* * * *
2870 AAAAATCTTGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCGGAACACATTTTTAGCCAAAAACCGTGA---TAAC
260 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCAGAACACATTTTTAGGCAAAAACCGTGATGGTTA-
* * *
2932 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGGCTTTTTTTTTCTCAATTTTT
324 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAA-G---ATTTTTCCTCAATTTGT
* *
2997 GGAAAAAACACTCAGAAAAAAGTATATAATTCAAAGAAAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTT
385 GGAAAAAACAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAAAGAAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTT
* * ** * * *
3062 CTTATATTGTTTATCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTGTGATTAAATCAAGATAAGATCCAGATG
450 CTTATATCGTTTAT-CTATTTTCTTAAAAAATAATTTGTGATTAAATCAAGACAAGATCCAGATC
* * * * **
3127 CTCGTAAAAACATATCCTTCAATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATTAATTTAGATATTTCA
514 CTCGTAAAAAAATATCCTTCAATCAAATGTGACTAAGATTTAGTTAGATTAATAGAGATATTTCA
* * * *
3192 AGGAATCTTGGGCCAAAAATCATGCAAAAATGAGGCGGAGCACCGGAACACCTTTTTAGCCAAAA
579 AGGAATCATGGGCCAAAAATCAAGCAAAAATAAGCCGGAGCACCGGAACACCTTTTTAGCCAAAA
**
3257 ACCGTGATGGTTAGTACACGATT
644 ACCGACATGGTTAGTACACGATT
* * * ** * ** *
3280 TCGGCAAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGAAAACAATTTCCTCATCTTTTGGAGAAAATACTCAT
1 TCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTATTTCCTCATTTTTTGGCCAGAATACTCAT
* * * * *
3345 AATAAAAGAAATAATTCAATGCAAAAATTGTTGAAGGGCTTCTCAAGGC-TGTAATATCGTTTTT
66 AA-AAAATATATAATTCAATGCAAAAAATATTGAAGGGCTTCTCAA-GCTTCTAATATCGTTTTT
* * *
3409 CTTAATCTCATACCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTTTGATGCTCGTAAAAATAT
129 CTTAAT-TCATACCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAC
* * * * *
3474 AT-TCTTAAATACAATTTGGCTGATATTTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGGGTCTTGGT
193 ATCT-TTAAATACAATTTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGC
* * * * *
3538 GTCAAAAATCATGCAAAACTGCGCCAGAGCTCCTGAACACGTTTTTAGGCAAAAACCGTGATGGT
257 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCAGAACACATTTTTAGGCAAAAACCGTGATGGT
*
3603 TAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGATTTTTCCTCAATTTGTGG
322 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGATTTTTCCTCAATTTGTGG
* * *
3668 CAAAAATAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAACA-CAAAAAAGCA-TGAAGGGCTTTTCACGCTT
387 AAAAAACAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAA-AGAAAAAAAG-ATTGAAGGGCTTTTCACGCTT
* * **
3731 CTTATATCGTTTTAAT-TATTTTCTTAAAAAATAATTTGTGATTAGATCGAA-ACGAGATTTAGA
450 CTTATATCG-TTT-ATCTATTTTCTTAAAAAATAATTTGTGATTAAATC-AAGACAAGATCCAGA
* *
3794 TCCTCGTAAAAAAAATTATCCTTGAATCCAATGTGACTAAGATTTAGTTAGATTAATAGAGATAT
512 TCCTCGT-AAAAAAA-TATCCTTCAATCAAATGTGACTAAGATTTAGTTAGATTAATAGAGATAT
* * * * *
3859 TTCACGGAGTCATGGCGCCAAAAATGAAGCAAAATTAAGCCGG-G-ACCTCGGAACACGTTTTTA
575 TTCAAGGAATCATGG-GCCAAAAATCAAGCAAAAATAAGCCGGAGCA-C-CGGAACACCTTTTTA
3922 TG-CAAAAACCGACATGGTATA-TACACGATT
637 -GCCAAAAACCGACATGGT-TAGTACACGATT
*
3952 TCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGATCCGAAAATTATTTCCTCATTTTTTGGCCAGAATACTCAT
1 TCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTATTTCCTCATTTTTTGGCCAGAATACTCAT
* *
4017 AAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAACATTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATTGTTTTTCT
66 AAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAATATTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCT
* *
4082 TAATTTCATACCAAATTAATTT-TATATTAAATCGAAACAAGGTTCTGATGCTCGTAAAAACACA
131 TAA-TTCATACCAAATTAATTTCT-GATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACACA
* *
4146 TCTTTAAA-ACCAATTCGGCTAAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCG
194 TCTTTAAATA-CAATTTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCG
* *
4210 CCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCGGAACTCCAGAACACATTTTTA-GCTAAAAACCGTGATGGT
258 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCAGAACACATTTTTAGGC-AAAAACCGTGATGGT
* *
4274 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAAACTGATCAGGAAGATT
322 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGATT
4323 AATAGAAAAA
Statistics
Matches: 901, Mismatches: 117, Indels: 49
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
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674 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (666 bp):
TCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTATTTCCTCATTTTTTGGCCAGAATACTCAT
AAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAATATTGAAGGGCTTCTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCT
TAATTCATACCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACACATC
TTTAAATACAATTTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCA
AAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCTCCAGAACACATTTTTAGGCAAAAACCGTGATGGTTAGT
ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAACTGATCCGGAAGATTTTTCCTCAATTTGTGGAAAA
AACAATCAGAAAAAAGTATATAATTCAAAGAAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTTATA
TCGTTTATCTATTTTCTTAAAAAATAATTTGTGATTAAATCAAGACAAGATCCAGATCCTCGTAA
AAAAATATCCTTCAATCAAATGTGACTAAGATTTAGTTAGATTAATAGAGATATTTCAAGGAATC
ATGGGCCAAAAATCAAGCAAAAATAAGCCGGAGCACCGGAACACCTTTTTAGCCAAAAACCGACA
TGGTTAGTACACGATT
Done.