Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01015223.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15244, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 9800
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.35


Found at i:439 original size:196 final size:194

Alignment explanation


    Indices: 39--542  Score: 603
    Period size: 196  Copynumber: 2.6  Consensus size: 194

         29 CGGGTTTAAC

                                                                 *  *        
         39 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATA--TTA-A-TATTTGATTATG-A
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGT-CCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTAATTAATTATGAA

                 *                             *           *   * * *         
         99 ATGGGATATGTGTCAACTTTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTATATTGATAGTGTATTGTA
         65 ATGGGGTATGTGTCAACTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACA-TAACAATGTATTGTA

               *          *   *    *        *                       *        
        164 TAATAATCCTATAAGAAATTTATGCAATACACTGTCAGTGTAGTTTAGCAGACTGCGCGCACGAG
        129 TAACAATCCTATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGTAGTTTAGCAGACTGCACGCACGAG

             
        229 G
        194 G

                                                                             
        230 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCTCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTAATTAATTATGAA
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCC-CTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTAATTAATTATGAA

                      *                   *       *                          
        295 ATGGGGTATGCGTCAACTTATTAACCCGCTCATGGAGTTCAAAATTTACA-AACAATGTATTGTA
         65 ATGGGGTATGTGTCAACTT-TTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATAACAATGTATTGTA

                                                *                         ** 
        359 TAACAATCCTATAAAAAAAATTATACAATACACCGTTAGTAG-AGTTTAGCATGACTGCACGTGC
        129 TAACAATCCTAT-AAAAAAATTATACAATACACCGTCAGT-GTAGTTTAGCA-GACTGCACGCAC

                 
        423 -ATGG
        191 GA-GG

                                      *    *             **                  
        427 TTTAA-GGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAAAATGTATTAATATTAAATATTAATTAATTATGAA
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGT-CCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTAATTAATTATGAA

                        *             **                        
        491 ATGGGGGTATGTATCAACTTCTTAACTAGCTTATGGAGTCCAAAATTTACAT
         65 AT-GGGGTATGTGTCAACTT-TTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACAT

        543 TGATAGTGTG


Statistics
Matches: 268,  Mismatches: 31, Indels: 21
        0.84            0.10        0.07

Matches are distributed among these distances:
 190    2  0.01
 191   40  0.15
 193    3  0.01
 194    1  0.00
 195   32  0.12
 196  104  0.39
 197   86  0.32

ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.18, T:0.35


Consensus pattern (194 bp):   
TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTAATTAATTATGAAA
TGGGGTATGTGTCAACTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATAACAATGTATTGTATA
ACAATCCTATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGTAGTTTAGCAGACTGCACGCACGAGG

Found at i:8911 original size:30 final size:30

Alignment explanation


    Indices: 8855--8917  Score: 83
    Period size: 30  Copynumber: 2.1  Consensus size: 30

       8845 TCTTCAAGGG

                        *  *    *         
       8855 GGAGGGAATGATGCGCCCAATGCTTATCAT
          1 GGAGGGAATGATACGACCAAGGCTTATCAT

                                           
       8885 GGAGGGAATGATAC-ACCAAGGACTTATCAT
          1 GGAGGGAATGATACGACCAAGG-CTTATCAT

               
       8915 GGA
          1 GGA

       8918 CTTGAAGACA


Statistics
Matches: 29,  Mismatches: 3, Indels: 2
        0.85            0.09        0.06

Matches are distributed among these distances:
  29    5  0.17
  30   24  0.83

ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.30, T:0.21


Consensus pattern (30 bp):   
GGAGGGAATGATACGACCAAGGCTTATCAT
Done.