Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01015226.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15247, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 16584
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.21, T:0.29


Found at i:1685 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 1646--1909  Score: 320
    Period size: 35  Copynumber: 7.5  Consensus size: 35

       1636 TAAGCATCTA

                             *     *           
       1646 AATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCGGTAATCAACTT
          1 AATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTT

                                * *  *         
       1681 AATTCAGGGTAATTAAGTAATTAAGCAATCAACTT
          1 AATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTT

                                 *              
       1716 AATTC-GGTGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTT
          1 AATTCAGG-GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTT

                              *    *           
       1751 AATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCGGTAATCAACTT
          1 AATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTT

                              *                 
       1786 AATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTT
          1 AATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAAC-TT

                  *           *   * *           
       1822 AATTCAAGGTAATTAAGTGAGTTAATCAAT-AACTT
          1 AATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AATCAACTT

                                     *           
       1857 AATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAATAAGT-AACTT
          1 AATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGTAA-TCAACTT

                    *         
       1892 AATTCAGGATAATTAAGT
          1 AATTCAGGGTAATTAAGT

       1910 TTAGTAAGAA


Statistics
Matches: 206,  Mismatches: 17, Indels: 12
        0.88            0.07        0.05

Matches are distributed among these distances:
  34    6  0.03
  35  167  0.81
  36   30  0.15
  37    3  0.01

ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.17, T:0.33


Consensus pattern (35 bp):   
AATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTT

Found at i:1899 original size:141 final size:140

Alignment explanation


    Indices: 1646--1909  Score: 390
    Period size: 141  Copynumber: 1.9  Consensus size: 140

       1636 TAAGCATCTA

                                   *                 *                       
       1646 AATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCGGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTAAGCAATC
          1 AATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAATTAAGCAATC

                                         *                  *                
       1711 AACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCGG
         66 AACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTCAATAATCAACTTAATTCAGGATAATTAAGTGAGTCGG

                      
       1776 TAATCAACTT
        131 TAATCAACTT

                             **                                     *    *   
       1786 AATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAAGGTAATTAAGTGAGTTAATCAA
          1 AATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAGTAATCAAC-TTAATTCAAGGTAATTAAGT-AATTAAGCAA

                                       *                                  
       1851 T-AACTTAATTCAGG-GTAATTAAGTAGTTCAATAAGT-AACTTAATTCAGGATAATTAAGT
         64 TCAACTTAATTC-GGTGTAATTAAGTAATTCAATAA-TCAACTTAATTCAGGATAATTAAGT

       1910 TTAGTAAGAA


Statistics
Matches: 111,  Mismatches: 9, Indels: 7
        0.87            0.07        0.06

Matches are distributed among these distances:
 140   30  0.27
 141   69  0.62
 142   12  0.11

ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.17, T:0.33


Consensus pattern (140 bp):   
AATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAATTAAGCAATC
AACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTCAATAATCAACTTAATTCAGGATAATTAAGTGAGTCGG
TAATCAACTT

Found at i:8148 original size:34 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 8064--8157  Score: 120
    Period size: 34  Copynumber: 2.7  Consensus size: 35

       8054 CATTCAGTTG

                                      *         
       8064 ATTGACCCAGGGCGGTCTC-CATTCAGTAAAGTTCA
          1 ATTGACCCAGGGCGGTCTCTC-TTCAATAAAGTTCA

            *    *                        *    
       8099 TTTGATCCAGGGCGGTCTCTCTTCAAT-AATTTCA
          1 ATTGACCCAGGGCGGTCTCTCTTCAATAAAGTTCA

                              *      
       8133 ATTGACCCAGGGCGGTCTTTCTTCA
          1 ATTGACCCAGGGCGGTCTCTCTTCA

       8158 GTTGCTTTCA


Statistics
Matches: 51,  Mismatches: 7, Indels: 3
        0.84            0.11        0.05

Matches are distributed among these distances:
  34   28  0.55
  35   22  0.43
  36    1  0.02

ACGTcount: A:0.21, C:0.26, G:0.21, T:0.32


Consensus pattern (35 bp):   
ATTGACCCAGGGCGGTCTCTCTTCAATAAAGTTCA

Found at i:8468 original size:35 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 8407--8494  Score: 97
    Period size: 34  Copynumber: 2.6  Consensus size: 34

       8397 ACTCGATCAG

                            *    *              
       8407 GGGCGATCTTTCTTCAGTTAATTTCAAAT-AGTCCA
          1 GGGCGATCTTTCTTCAATTAACTTC-AATGA-TCCA

                    *          *              
       8442 GGGCGATCATTCTTCAATTTACTTCAATGATCCA
          1 GGGCGATCTTTCTTCAATTAACTTCAATGATCCA

               * *             
       8476 GGGTGGTCTTTCTTCAATT
          1 GGGCGATCTTTCTTCAATT

       8495 CTCCAATTAT


Statistics
Matches: 45,  Mismatches: 7, Indels: 3
        0.82            0.13        0.05

Matches are distributed among these distances:
  34   23  0.51
  35   22  0.49

ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.18, T:0.39


Consensus pattern (34 bp):   
GGGCGATCTTTCTTCAATTAACTTCAATGATCCA
Done.