Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01015251.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15272, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4298
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.13, T:0.35


Found at i:2575 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 2543--3181  Score: 903
    Period size: 35  Copynumber: 18.5  Consensus size: 35

       2533 TAACTAACTC

                                  *       *   *    
       2543 AATTACCCTGAATTAAGTTACTAACTTACTAACTTACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAG-T--TGA-TTACTGACTCACTT

                                        * *    
       2582 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                               *        * *    
       2617 AATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGAATTACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                             * 
       2652 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACCT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                             * 
       2687 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACCT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                 *                           * 
       2722 AATTATCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACCT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                               
       2757 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                               
       2792 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                               
       2827 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                               
       2862 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                               
       2897 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                               
       2932 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                               
       2967 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                   *      *    
       3002 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTGCTGACTTACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                      *   *    
       3037 AATTACCCTGAATTAA---G-TTACTAACTGAC-T
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                     *          **    *   *    
       3067 --TTA--CTTAATTAAGTTGCCTA-TTACTTACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                          *    
       3097 AATTACCCTGAATTAAGTTG----CTGACTTACTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

                                           *  * 
       3128 AATTACCCTGAATTAAGTT-ATTCACTGACTTACAT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTGACTCACTT

                *              
       3163 AATTGCCCTGAATTAAGTT
          1 AATTACCCTGAATTAAGTT

       3182 TCTTATTACT


Statistics
Matches: 561,  Mismatches: 24, Indels: 34
        0.91            0.04        0.05

Matches are distributed among these distances:
  26    8  0.01
  28    3  0.01
  29    7  0.01
  30    4  0.01
  31   37  0.07
  32    4  0.01
  34   12  0.02
  35  466  0.83
  36    2  0.00
  38    1  0.00
  39   17  0.03

ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.11, T:0.38


Consensus pattern (35 bp):   
AATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTT

Found at i:3866 original size:19 final size:19

Alignment explanation


    Indices: 3816--3859  Score: 61
    Period size: 19  Copynumber: 2.3  Consensus size: 19

       3806 TATTTATCAA

                 *    *      * 
       3816 TTACTTAAAAGTTCTATTT
          1 TTACTCAAAAATTCTATCT

                               
       3835 TTACTCAAAAATTCTATCT
          1 TTACTCAAAAATTCTATCT

                  
       3854 TTACTC
          1 TTACTC

       3860 CCAAATTATT


Statistics
Matches: 22,  Mismatches: 3, Indels: 0
        0.88            0.12        0.00

Matches are distributed among these distances:
  19   22  1.00

ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.02, T:0.48


Consensus pattern (19 bp):   
TTACTCAAAAATTCTATCT
Done.