Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015255.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15276, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10279
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.20, T:0.30
Found at i:1442 original size:50 final size:49
Alignment explanation
Indices: 1363--1482 Score: 168
Period size: 50 Copynumber: 2.4 Consensus size: 49
1353 CTAAAAGATG
*
1363 GGATTTTTTATTAAGTTGTAAATAAGAATGGAATTTTTAAGTGAAAAAT
1 GGATTTTTAATTAAGTTGTAAATAAGAATGGAATTTTTAAGTGAAAAAT
* * * *
1412 GAGATTTTTGATTAAGTTGTAATTACGAATGGAATTTTTAAGTGAAAGATT
1 G-GATTTTTAATTAAGTTGTAAATAAGAATGGAATTTTTAAGTGAAA-AAT
*
1463 GGATTTTTAAGTAAGTTGTA
1 GGATTTTTAATTAAGTTGTA
1483 TATGAGGATT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 6, Indels: 3
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
49 1 0.02
50 59 0.94
51 3 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.01, G:0.21, T:0.42
Consensus pattern (49 bp):
GGATTTTTAATTAAGTTGTAAATAAGAATGGAATTTTTAAGTGAAAAAT
Found at i:2255 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 2213--2719 Score: 531
Period size: 35 Copynumber: 14.8 Consensus size: 35
2203 CAGTAATAAG
**
2213 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCCAGTCAGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
2248 TAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAATTC---AAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * * *
2280 T-A-TTGATTCAGGGTAATCAAGTAATTTAGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * **
2313 CAACTTAATTCAGGGTGA-T---TAAGTCAGTAGG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
2344 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTTAGTCAGCAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * *
2379 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCGGTTAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
2414 T-ACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAAT
1 TAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
2449 CAACTTAATTCAGGGTAATT---T-AGTCAGTAAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
2480 TAGCTTAATTCA-GGTAATTAAGTAAGTTAGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
2514 AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAGTAAT
1 --T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
2552 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * *
2587 AAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCATTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
2622 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * * * *
2657 CAACTTAAATCCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAAG
1 TAACTT-AATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
2693 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
2720 GGTAATTAAG
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 58, Indels: 40
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
30 28 0.07
31 42 0.11
32 6 0.02
33 4 0.01
34 11 0.03
35 240 0.61
36 34 0.09
37 10 0.03
38 19 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (35 bp):
TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
Found at i:2356 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 2314--2365 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 3.5 Consensus size: 15
2304 TTTAGTAATC
2314 AACTTAATTCAGGGT
1 AACTTAATTCAGGGT
* *
2329 GA-TTAAGTCAGTAGGT
1 AACTTAATTCAG--GGT
2345 AACTTAATTCAGGGT
1 AACTTAATTCAGGGT
2360 AA-TTAA
1 AACTTAA
2366 GTTAGTCAGC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 7
0.73 0.10 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 12 0.40
15 6 0.20
16 4 0.13
17 8 0.27
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (15 bp):
AACTTAATTCAGGGT
Found at i:2567 original size:173 final size:174
Alignment explanation
Indices: 2214--2715 Score: 493
Period size: 173 Copynumber: 2.9 Consensus size: 174
2204 AGTAATAAGT
** * * * *
2214 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGCCAGTCAGTAATTAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAATTC--
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
* * * * * * * *
2277 -AAT-TA-TTGATTCAGGGTAATCAAGTAATTTAGTAATCAACTT-AATTCAGGGTGATT-A---
66 TAATCAACTTAATTCAGGGTAAT-TA-TGAGTCAGTAATCAACTTAAATCCAGGGTAATTAAGTG
* * ** * *
2334 AGTCAGTAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTTAGTCAGCAATT
129 AGTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAGCAATC
* * * * *
2380 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-TTCGGTTAT-TACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTT-AGTAATAAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* *
2443 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT-T-AGTCAGTAAGT-AGCTT-AATTCA-GGTAATTAAGT
64 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTATGAGTCAGTAA-TCAACTTAAATCCAGGGTAATTAAGT
*
2503 AAGTTAGT-AATAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAGTAATC
128 --G--AGTCAATAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAGCAATC
* *
2553 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
2618 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAAATCCAGGGTAATTAAGTG
66 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATT-A-TGAGTCAGTAATCAACTTAAATCCAGGGTAATTAAGTG
2683 AGTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
129 AGTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
2716 TAAGGGTAAT
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 31, Indels: 46
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.01
166 56 0.20
167 18 0.06
168 2 0.01
169 3 0.01
170 1 0.00
171 14 0.05
172 1 0.00
173 109 0.39
174 7 0.03
175 3 0.01
176 29 0.10
177 15 0.05
178 5 0.02
179 11 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (174 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTATGAGTCAGTAATCAACTTAAATCCAGGGTAATTAAGTGAG
TCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAGCAATC
Found at i:2721 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 2704--2730 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
2694 AACTTAATTC
2704 AGGGTAATTAAGTA
1 AGGGTAATTAAGTA
2718 AGGGTAATTAAGT
1 AGGGTAATTAAGT
2731 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (14 bp):
AGGGTAATTAAGTA
Found at i:9380 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 9334--9431 Score: 117
Period size: 35 Copynumber: 2.8 Consensus size: 35
9324 GCCCTCAGTT
* *
9334 AATTGGTCCAGGGTGATCTTTCTTCAGTTAATTTC
1 AATTGGTCCAGGGTGATCTTTCTTCAATTAACTTC
* * * *
9369 AATTGGTCCAGGGCGATCATCCTTCAATTTACTTC
1 AATTGGTCCAGGGTGATCTTTCTTCAATTAACTTC
* *
9404 AA-TGATCCAGGGTGGTCTTTCTTCAATT
1 AATTGGTCCAGGGTGATCTTTCTTCAATT
9432 CTCCAATTAT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 11, Indels: 1
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 21 0.40
35 31 0.60
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.19, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
AATTGGTCCAGGGTGATCTTTCTTCAATTAACTTC
Found at i:9582 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 9452--9611 Score: 112
Period size: 36 Copynumber: 4.4 Consensus size: 36
9442 TCAATGCTTC
* * * * *
9452 AATGACCCAGGGTGGTCTTTTCTTCAGTTTAGTCCGA
1 AATGATCCAGGGTGGTC-ATTCTTCAGTTCAGTTCGG
* * * * * * *
9489 AATGATCGAGGGTGGTCGTTTTTCATTTTATTTCAG
1 AATGATCCAGGGTGGTCATTCTTCAGTTCAGTTCGG
* * *
9525 -TTGA-CCTAGGGTGGTCTTTCTTCGGTTTGC-G-TCGG
1 AATGATCC-AGGGTGGTCATTCTTCAG-TT-CAGTTCGG
*
9560 AATGATCGAGGGTGGTCATTCTTCAGTTCAGTTCGG
1 AATGATCCAGGGTGGTCATTCTTCAGTTCAGTTCGG
9596 AATGATCCAGGGTGGT
1 AATGATCCAGGGTGGT
9612 TTTTCTCCAG
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 23, Indels: 15
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
34 2 0.02
35 23 0.25
36 52 0.56
37 16 0.17
ACGTcount: A:0.17, C:0.17, G:0.29, T:0.37
Consensus pattern (36 bp):
AATGATCCAGGGTGGTCATTCTTCAGTTCAGTTCGG
Found at i:10188 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 10134--10197 Score: 76
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
10124 GGGTATCATG
*** *
10134 TTCCCATTAGTTGTATTGGTCATAGT-CATATC
1 TTCCCATTAGTCACATTAGTCAT-GTACATATC
10166 TTCCCATTAGTCACATTAGTCATGTACATATC
1 TTCCCATTAGTCACATTAGTCATGTACATATC
10198 CATTTTCATT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 2 0.07
32 25 0.93
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (32 bp):
TTCCCATTAGTCACATTAGTCATGTACATATC
Done.