Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015275.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15296, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7448
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.20, T:0.33
Found at i:1803 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 1757--1868 Score: 170
Period size: 33 Copynumber: 3.4 Consensus size: 33
1747 GCCGCGCACC
* * * *
1757 ACCGGCCAGATGACTCGACCATGCCCGGACACT
1 ACCGGCCACATGACTCGGCCATGCCCGGCCACA
1790 ACCGGCCACATGACTCGGCCATGCCCGGCCACA
1 ACCGGCCACATGACTCGGCCATGCCCGGCCACA
*
1823 ACCGGCCACATGACTCGGCCATGCCCAGCCACA
1 ACCGGCCACATGACTCGGCCATGCCCGGCCACA
*
1856 ACCGGCGACATGA
1 ACCGGCCACATGA
1869 TCCTTTAACT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 6, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 73 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.42, G:0.24, T:0.10
Consensus pattern (33 bp):
ACCGGCCACATGACTCGGCCATGCCCGGCCACA
Found at i:4236 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 4185--4382 Score: 283
Period size: 41 Copynumber: 4.8 Consensus size: 41
4175 GGCGTGACAT
*
4185 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTTCTTTACTTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACTTAATTTCC
*
4226 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTATACTTTACTTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACTTAATTTCC
* * *
4267 -ACATGTGAAATTAAGTCTGTGCTTGT-CTTTACTAAATTTCC
1 TTCCT-TGAAATTAAGTCTGTGCTT-TACTTTACTTAATTTCC
* **
4308 TGCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTACACTTTACTTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACTTAATTTCC
*
4349 TTCCTTGAAATTAAGTCTATGCTTTACTTTACTT
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACTT
4383 GATTACCATG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 15, Indels: 8
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 2 0.01
41 133 0.96
42 3 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (41 bp):
TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACTTAATTTCC
Found at i:4425 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 4376--4971 Score: 601
Period size: 37 Copynumber: 16.2 Consensus size: 37
4366 TATGCTTTAC
* * *
4376 TTTACTTGATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * *
4413 TTTACTTAATTACCATGAATTATGTCCTTTTACTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * *
4450 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * *
4487 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTTTACCGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
** *
4524 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTGGCTGATGT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTG--CT
* * *
4563 GTTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCCTTTAATTGCT
1 -TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
*
4601 TTTACTTAATTT-CCTAGAATTAAGTCCTTTGACTGCTGTT
1 TTTACTTAATTTCCCT-GAATTAAGTCCTTTTACTGC---T
* * * * *
4641 TTTACTTAATTACCTTGAATTAA-ACC-TTT-GTGAT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * * *
4675 TTTACCTAATTTCCTTGAATTAAGTCCCTTGA---C-
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * * *
4708 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAGGTCATTTAATTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
4745 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT-CTTTTAACTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTT-ACTGCT
*
4782 TTTACTTACTTTCCCTGAATTAAGT-CTTTTAACTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTT-ACTGCT
* * *
4819 TTTACTTAATTTCCCTAAATTAAGTCCTTTGACCGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * * *
4856 TTTACCTAATTCCCCTGAATTAAGTCCTTTAATTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
*
4893 TTTACTTACTTTCCCTGAATTAAGT-CTTTTAACTGAC-
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTT-ACTG-CT
*
4930 -TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT-CTTTTGACTG-G
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTT-ACTGCT
4965 TTTACTT
1 TTTACTT
4972 TATGCATATG
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 61, Indels: 43
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
33 26 0.05
34 22 0.05
35 2 0.00
36 50 0.10
37 314 0.66
38 8 0.02
39 3 0.01
40 50 0.10
41 2 0.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (37 bp):
TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
Found at i:7110 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 6965--7444 Score: 675
Period size: 40 Copynumber: 11.9 Consensus size: 40
6955 TCTGGTATAG
* * * *
6965 CACAAACTTAATTTCAAGTAAGGAAATTATGTAAAGTATAG
1 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA
* * *
7006 CACAGACTTAATTTGAAGGAAGGAAATTAAGTAAAGTATAG
1 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA
*
7047 CACATACTTAATTTCGAA-GAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA
1 CACAGACTTAATTTC-AAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA
*
7087 CACAGACATAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA
1 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA
* *
7127 -ACAGACATAGTTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAA
1 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA
*
7166 GCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTACGTAAAGTAAA
1 -CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA
7207 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAA
1 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA
* *
7247 GCACTGACTTAATTTCAAGGAAGAAAATTAGGTAAAGTAAA
1 -CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA
* *
7288 CACAGACATAATTTCAAGGACA-TAAATTAGGTAAAG-ACAA
1 CACAGACTTAATTTCAAGGA-AGGAAATTAGGTAAAGTA-AA
*
7328 GCACAAACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA
1 -CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA
7369 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA
1 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA
7409 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG
1 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG
7445 ACAA
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 24, Indels: 29
0.88 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
38 1 0.00
39 40 0.10
40 182 0.45
41 173 0.43
42 5 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.19, T:0.23
Consensus pattern (40 bp):
CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA
Found at i:7249 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 6965--7444 Score: 697
Period size: 81 Copynumber: 6.0 Consensus size: 81
6955 TCTGGTATAG
* * * * *
6965 CACAAACTTAATTTCAAGTAAGGAAATTATGTAAAGTATAGCACAGACTTAATTTGAAGGAAGGA
1 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGA
* *
7030 AATTAAGTAAAGTATAG
66 AATTAGGTAAAGTA-AA
* *
7047 CACATACTTAATTTCGAA-GAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA-CACAGACATAATTTCAAGGAAGG
1 CACAGACTTAATTTC-AAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGG
7110 AAATTAGGTAAAGTAAA
65 AAATTAGGTAAAGTAAA
* *
7127 -ACAGACATAGTTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGG
1 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGG
*
7190 AAATTACGTAAAGTAAA
65 AAATTAGGTAAAGTAAA
* *
7207 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGCACTGACTTAATTTCAAGGAAGA
1 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGG
7271 AAATTAGGTAAAGTAAA
65 AAATTAGGTAAAGTAAA
* * *
7288 CACAGACATAATTTCAAGGACA-TAAATTAGGTAAAG-ACAAGCACAAACTTAATTTCAAGGAAG
1 CACAGACTTAATTTCAAGGA-AGGAAATTAGGTAAAGTA-AAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAG
7351 GAAATTAGGTAAAGTAAA
64 GAAATTAGGTAAAGTAAA
7369 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAA-CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGA
1 CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGA
7433 AATTAGGTAAAG
66 AATTAGGTAAAG
7445 ACAA
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 26, Indels: 18
0.89 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
78 3 0.01
79 31 0.09
80 75 0.21
81 218 0.60
82 35 0.10
83 2 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.19, T:0.23
Consensus pattern (81 bp):
CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGA
AATTAGGTAAAGTAAA
Done.