Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015277.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15298, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25400
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.17, T:0.33
Found at i:136 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 1--1120 Score: 1531
Period size: 81 Copynumber: 13.9 Consensus size: 81
* * * *
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAAAATTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAACGTAAACACAGACATA
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
66 ATTTCAAGGAAGGAAA
66 ATTTCAAGGAAGGAAA
* * * *
82 TTAGGTAAAGACAAGCCCTGACTTAATTTCAAGGAAGAAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACATA
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
*
147 ATTTCAAGGACA-TAAA
66 ATTTCAAGGA-AGGAAA
*
163 TTAGGTAAAGACAAGCACAAACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
228 ATTTCAAGGAAGGAAA
66 ATTTCAAGGAAGGAAA
*
244 TTAGGTAAAGTA-AA-CACAAACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGCACAGAC
1 TTAGGTAAAG-ACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGAC
306 TTAATTTCAAGGAAGGAAA
63 TTAATTTCAAGGAAGGAAA
* *
325 TTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACTTAATTTGAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGGACAGAC
1 TTAGGTAAAG-ACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGAC
387 TTAATTTCAAGGAAGGAAA
63 TTAATTTCAAGGAAGGAAA
*
406 TTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGAGTT
1 TTAGGTAAAG-ACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTT
*
469 AATTTCAAGGAATGAAA
65 AATTTCAAGGAAGGAAA
* * *
486 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGGAATTAGGTAAAGTAAACGCAGACATA
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
551 ATTTCAAGGAAGGAAA
66 ATTTCAAGGAAGGAAA
* ** * *
567 TTAGGTATAGACAAGCATTGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAAGACAGAGTTA
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
632 ATTTCAAGGAAGGAAA
66 ATTTCAAGGAAGGAAA
* * *
648 CTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAACGT-AA-ACAGACATA
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
711 ATTTCAAGGAAGGAAA
66 ATTTCAAGGAAGGAAA
* * * *
727 TTAGGTAAAGACAAGCACAAAATTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAACGTAAACACAGACATA
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
792 ATTTCAAGGAAGGAAA
66 ATTTCAAGGAAGGAAA
* * *
808 TTAGGTAACGTA-AA-CACAGACATAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGCGCAGAC
1 TTAGGTAAAG-ACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGAC
870 TTAATTTCAAGGAAGGAAA
63 TTAATTTCAAGGAAGGAAA
* *
889 TTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACATAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGCACGGAC
1 TTAGGTAAAG-ACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGAC
* *
951 TTAATTTCTAGGAAGGAGA
63 TTAATTTCAAGGAAGGAAA
** * *
970 TTAGGTAAAGACAAGCATTGACTTAATTTCAAGGATGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGCACATACT
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACT
*
1034 TAATTTGAAGGAAGGAAA
64 TAATTTCAAGGAAGGAAA
** * * *
1052 TTAGGTAAAGTGAAGTACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTTAAA-TCAACAAAGACTT
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGG-TAAAGTAAACACAGACTT
1116 AATTT
65 AATTT
1121 AGGATAATTA
Statistics
Matches: 949, Mismatches: 73, Indels: 34
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
79 75 0.08
80 113 0.12
81 653 0.69
82 104 0.11
83 4 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.21, T:0.22
Consensus pattern (81 bp):
TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
ATTTCAAGGAAGGAAA
Found at i:236 original size:121 final size:121
Alignment explanation
Indices: 1--1120 Score: 1529
Period size: 121 Copynumber: 9.2 Consensus size: 121
* * * *
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAAAATTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAACGTAAACACAGACATA
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
* * *
66 ATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGCCCTGACTTAATTTCAAGGAAGAAAA
66 ATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
* * *
123 TTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACATAATTTCAAGGACA-TAAATTAGGTAAAG-ACAAGCACAAA
1 TTAGGTAAAG-ACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGA-AGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGA
184 CTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
62 CTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
*
244 TTAGGTAAAGTA-AA-CACAAACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGCACAGAC
1 TTAGGTAAAG-ACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGAC
*
306 TTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTGAAGGAAGGAAA
63 TTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
*
365 TTAGGTAAAGACAAGGACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
* *
430 ATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGAGTTAATTTCAAGGAATGAAA
66 ATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
* * *
486 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGGAATTAGGTAAAGTAAACGCAGACATA
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
* **
551 ATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTATAG-ACAAGCATTGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
66 ATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
* *
608 TTAGGTAAAGTA-AAG-ACAGAGTTAATTTCAAGGAAGGAAACTAGGTAAAG-ACAAGCACAGAC
1 TTAGGTAAAG-ACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGAC
* *
670 TTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAACGT-AA-ACAGACATAATTTCAAGGAAGGAAA
63 TTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
* * * *
727 TTAGGTAAAGACAAGCACAAAATTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAACGTAAACACAGACATA
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
* *
792 ATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAACGTAAACACAGACATAATTTCAAGGAAGGAAA
66 ATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
* *
848 TTAGGTAAAGACAAGCGCAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACATA
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
* * *
913 ATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGCACGGACTTAATTTCTAGGAAGGAGA
66 ATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
** * *
970 TTAGGTAAAGACAAGCATTGACTTAATTTCAAGGATGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGCACATACT
1 TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACT
* **
1034 TAATTTGAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTGAAGTACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
64 TAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGT-AAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
* *
1093 TTAGGTTAAA-TCAA-CAAAGACTTAATTT
1 TTAGG-TAAAGACAAGCACAGACTTAATTT
1121 AGGATAATTA
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 68, Indels: 54
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
118 1 0.00
119 71 0.08
120 41 0.05
121 482 0.53
122 235 0.26
123 67 0.07
124 5 0.01
125 1 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.21, T:0.22
Consensus pattern (121 bp):
TTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTA
ATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAA
Found at i:369 original size:202 final size:201
Alignment explanation
Indices: 1--1120 Score: 1546
Period size: 202 Copynumber: 5.5 Consensus size: 201
* * * *
1 TTAGGTAAAG-ACAAGCACAAAATTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAACGTAAACACAGACAT
1 TTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTT
* * *
65 AATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCCCTGACTTAATTTCAAGGAAGAAAATTAGGTA
64 AATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAA-CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTA
* * *
130 AAGTAAACACAGACATAATTTCAAGGACA-TAAATTAGGTAAAGACAAGCACAAACTTAATTTCA
128 AAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGA-AGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCA
194 AGGAAGGAAA
192 AGGAAGGAAA
*
204 TTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAAACTTAA
1 TTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAA
269 TTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAA
66 TTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAA-CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAA
* *
334 GTAAACACAGACTTAATTTGAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGGACAGACTTAATTTCAAGG
130 GTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGG
399 AAGGAAA
195 AAGGAAA
*
406 TTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGAGTTAA
1 TTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAA
* *
471 TTTCAAGGAATGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGGAATTAGGTAAA
66 TTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAA-CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAA
* * * **
536 GTAAACGCAGACATAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTATAGACAAGCATTGACTTAATTTCAAGG
130 GTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGG
601 AAGGAAA
195 AAGGAAA
* * *
608 TTAGGTAAAGTAAAGACAGAGTTAATTTCAAGGAAGGAAACTAGGTAAAG-ACAAGCACAGACTT
1 TTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACTT
* * *
672 AATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAACG-TAA-ACAGACATAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAA
64 AATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAA
* * * *
735 AG-ACAAGCACAAAATTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAACGTA-AA-CACAGACATAATTTC
129 AGTA-AA-CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGCACAGACTTAATTTC
797 AAGGAAGGAAA
191 AAGGAAGGAAA
* * *
808 TTAGGTAACGTAAACACAGACATAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAAGCGCAGACTT
1 TTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACTT
*
872 AATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTA-AACACAGACATAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTA
64 AATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-ACAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTA
* * * **
936 AAG-ACAAGCACGGACTTAATTTCTAGGAAGGAGATTAGGTAAAGACAAGCATTGACTTAATTTC
128 AAGTA-AA-CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTC
*
1000 AAGGATGGAAA
191 AAGGAAGGAAA
* * **
1011 TTAGGTAAAG-ACAAGCACATACTTAATTTGAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTGAAGTACAGACT
1 TTAGGTAAAGTA-AA-CACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGT-AAACACAGACT
* *
1075 TAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTTAAA-TCAACAAAGACTTAATTT
63 TAATTTCAAGGAAGGAAATTAGG-TAAAGACAACACAGACTTAATTT
1121 AGGATAATTA
Statistics
Matches: 830, Mismatches: 69, Indels: 35
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
199 1 0.00
200 142 0.17
201 37 0.04
202 489 0.59
203 78 0.09
204 77 0.09
205 5 0.01
206 1 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.21, T:0.22
Consensus pattern (201 bp):
TTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAGACTTAA
TTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG
TAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGA
AGGAAA
Found at i:1139 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1087--1155 Score: 84
Period size: 35 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
1077 ATTTCAAGGA
* * *
1087 AGGAAATTAGGTTAAATCAACAAAGACTTAATTT
1 AGGAAATTAAGTAAAATCAACAAAAACTTAATTT
**
1121 AGGATAATTAAGTAAAATCTGCAAAAACTTAATTT
1 AGGA-AATTAAGTAAAATCAACAAAAACTTAATTT
1156 TACAAGAATT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
34 4 0.14
35 25 0.86
ACGTcount: A:0.48, C:0.09, G:0.13, T:0.30
Consensus pattern (34 bp):
AGGAAATTAAGTAAAATCAACAAAAACTTAATTT
Found at i:1289 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1246--1332 Score: 120
Period size: 31 Copynumber: 2.7 Consensus size: 31
1236 AATTAAGTAG
**
1246 AGTCAAGGACTTAATTCAGGGTAGTTGAGTCA
1 AGTC-AGGACTTAATTCAGGGTAGTAAAGTCA
1278 AGTCAGGACTTAATTCAGGGTAGTAAAGTCA
1 AGTCAGGACTTAATTCAGGGTAGTAAAGTCA
*
1309 AGTCAGAAAACTTAATTCAGGGTA
1 AGTCAG--GACTTAATTCAGGGTA
1333 ATTAAGTAGC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 3, Indels: 3
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 31 0.62
32 4 0.08
33 15 0.30
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.25, T:0.26
Consensus pattern (31 bp):
AGTCAGGACTTAATTCAGGGTAGTAAAGTCA
Found at i:1409 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1282--1412 Score: 148
Period size: 37 Copynumber: 3.7 Consensus size: 37
1272 GAGTCAAGTC
* * *
1282 AGGACTTAATTCAGGGTAGTAAAGTCAA-GTC-A-GAA
1 AGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AACGTCAATAAA
*
1317 A--ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGCGTCAATAAA
1 AGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACGTCAATAAA
* *
1352 GGGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAACGTCAATAAA
1 AGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACGTCAATAAA
*
1389 AGG-CTTAATTCAGGGCAATTAAGT
1 AGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1413 GAAAACAATA
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 10, Indels: 9
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 1 0.01
33 23 0.28
34 1 0.01
35 3 0.04
36 19 0.23
37 34 0.42
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.22, T:0.27
Consensus pattern (37 bp):
AGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACGTCAATAAA
Found at i:13246 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 13200--13423 Score: 233
Period size: 36 Copynumber: 6.2 Consensus size: 36
13190 CTCTTCTTAG
* **
13200 ATTAAATTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCCAA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
**
13236 ATTAAGTTCTTTATTGACTTGACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
13272 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
* * ** ** *
13308 ATTAAG-CCTTTTATTG-TTTTACTTAATCT-CGTTTTA
1 ATTAAGTTC-TTTATTGACTCCACTTAAT-TAC-CCTGA
13344 GATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
1 -ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
* *
13381 ATTAAG-TCTTTTATTGA-TGCTACTTAATTACCTTGA
1 ATTAAGTTC-TTTATTGACT-CCACTTAATTACCCTGA
13417 ATTAAGT
1 ATTAAGT
13424 CCCTAACTTG
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 23, Indels: 19
0.79 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
35 13 0.08
36 116 0.75
37 16 0.10
38 10 0.06
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (36 bp):
ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
Found at i:13376 original size:73 final size:72
Alignment explanation
Indices: 13169--13396 Score: 300
Period size: 73 Copynumber: 3.1 Consensus size: 72
13159 TAAATCAAGC
* *
13169 CCTTTTATTGTTTTACTTAATCTCTTCTTAGATTAAATTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCC
1 CCTTTTATTGTTTTACTTAATCTCTT-TTAGATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCT
*
13234 AAATTAAG
65 GAATTAAG
* * * ** *
13242 -TTCTTTATTGACTTGACTTAAT-TACCCTGA-ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACC
1 CCT-TTTATTG-TTTTACTTAATCT-CTTTTAGATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACC
13304 CTGAATTAAG
63 CTGAATTAAG
13314 CCTTTTATTGTTTTACTTAATCTCGTTTTAGATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCT
1 CCTTTTATTGTTTTACTTAATCTC-TTTTAGATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCT
13379 GAATTAAG
65 GAATTAAG
*
13387 TCTTTTATTG
1 CCTTTTATTG
13397 ATGCTACTTA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 16, Indels: 14
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
71 10 0.08
72 50 0.38
73 62 0.47
74 10 0.08
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (72 bp):
CCTTTTATTGTTTTACTTAATCTCTTTTAGATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTG
AATTAAG
Found at i:13439 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13412--13500 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 5.1 Consensus size: 18
13402 ACTTAATTAC
13412 CTTGAATTAAGTCCCTAA
1 CTTGAATTAAGTCCCTAA
* *
13430 CTTGACTTAA-T---TAC
1 CTTGAATTAAGTCCCTAA
*
13444 CTTGAATTAAGTCCCTGA
1 CTTGAATTAAGTCCCTAA
* * * **
13462 CTTGACTTAATTTCCTTC
1 CTTGAATTAAGTCCCTAA
*
13480 CTTGAAATTAAGTCCTTAA
1 CTTG-AATTAAGTCCCTAA
13499 CT
1 CT
13501 CTGCTTAATT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 16, Indels: 9
0.67 0.21 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 11 0.22
15 1 0.02
17 1 0.02
18 27 0.54
19 10 0.20
ACGTcount: A:0.28, C:0.22, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (18 bp):
CTTGAATTAAGTCCCTAA
Found at i:13443 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 13402--13478 Score: 136
Period size: 32 Copynumber: 2.4 Consensus size: 32
13392 TATTGATGCT
13402 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTCCCTAACTTG
1 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTCCCTAACTTG
*
13434 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTCCCTGACTTG
1 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTCCCTAACTTG
*
13466 ACTTAATTTCCTT
1 ACTTAATTACCTT
13479 CCTTGAAATT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 43 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.22, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (32 bp):
ACTTAATTACCTTGAATTAAGTCCCTAACTTG
Found at i:13492 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 13411--13710 Score: 268
Period size: 37 Copynumber: 8.4 Consensus size: 37
13401 TACTTAATTA
*
13411 CCTTG-AATTAAGTCCCTAACT-TGACTTAA--T--TA
1 CCTTGAAATTAAGTCCCTAACTCT-ACTTAATTTCCTT
*
13443 CCTTG-AATTAAGTCCCTGACT-TGACTTAATTTCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTCCCTAACTCT-ACTTAATTTCCTT
* * *
13479 CCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCTGCTTAATTCCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTCCCTAACTCTACTTAATTTCCTT
* *
13516 CCTTGGAATCAAGT--C---CTCTACTTAATTTCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTCCCTAACTCTACTTAATTTCCTT
* *
13548 CCTTGAAATTACG-CCCTTAACTCTACTTAATTCCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTCCC-TAACTCTACTTAATTTCCTT
* * *
13585 TCTTGGAATTAAGTCCTTAACTCTACTTAATTTCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTCCCTAACTCTACTTAATTTCCTT
* ** *
13622 CCTTGAAATTAAGTCCTTTGCTCTACTTAATTCCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTCCCTAACTCTACTTAATTTCCTT
* * * ** *
13659 CCTTGGAATCATGTCATTTACTCTACTTAATTTCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTCCCTAACTCTACTTAATTTCCTT
*
13696 CCATGAAATTAAGTC
1 CCTTGAAATTAAGTC
13711 TGTTGTCTGA
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 35, Indels: 21
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
32 53 0.24
33 1 0.00
34 1 0.00
36 6 0.03
37 156 0.71
38 3 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.26, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (37 bp):
CCTTGAAATTAAGTCCCTAACTCTACTTAATTTCCTT
Found at i:13646 original size:74 final size:73
Alignment explanation
Indices: 13466--13710 Score: 354
Period size: 74 Copynumber: 3.4 Consensus size: 73
13456 CCCTGACTTG
*
13466 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCTGCTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGT-
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
13530 C---CTCT
66 CTTACTCT
* * * *
13535 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTACGCCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTTCTTGGAATTAAGTC
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
13600 CTTAACTCT
66 CTT-ACTCT
** *
13609 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTTGCTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCATGTC
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
*
13674 ATTTACTCT
66 -CTTACTCT
*
13683 ACTTAATTTCCTTCCATGAAATTAAGTC
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTC
13711 TGTTGTCTGA
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 14, Indels: 7
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
69 59 0.38
70 1 0.01
74 94 0.60
75 2 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.26, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (73 bp):
ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
CTTACTCT
Found at i:13781 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 13699--13837 Score: 174
Period size: 36 Copynumber: 3.8 Consensus size: 35
13689 TTTCCTTCCA
13699 TGAAATTAAGTCTGTTGTCTGATCTTACTTAATCATCTT-
1 TGAAATTAAGTCT-TTG-CTGAT-TTACTTAA-C-TCTTG
*
13738 TG-GATTAAGTCTTTGCTGACTTTACTTAACTCTTG
1 TGAAATTAAGTCTTTGCTGA-TTTACTTAACTCTTG
*
13773 TGAAATTAAGTCTTTGCTAATTTTACTTAACTCTTG
1 TGAAATTAAGTCTTTGCTGA-TTTACTTAACTCTTG
*
13809 TGAAATTAAGTCTTTGCTAATTTACTTAA
1 TGAAATTAAGTCTTTGCTGATTTACTTAA
13838 TTACCCTGAA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 4, Indels: 10
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 4 0.04
35 12 0.13
36 62 0.67
37 4 0.04
38 9 0.10
39 2 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.14, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (35 bp):
TGAAATTAAGTCTTTGCTGATTTACTTAACTCTTG
Found at i:13893 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 13846--13976 Score: 235
Period size: 41 Copynumber: 3.2 Consensus size: 41
13836 AATTACCCTG
*
13846 AATTAAGTCTGTGCTTGCCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTACCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
*
13887 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTACCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
*
13928 AATTAAGTCTGTACTTACCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTACCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
13969 AATTAAGT
1 AATTAAGT
13977 ATGTTGATTG
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 4, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 86 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (41 bp):
AATTAAGTCTGTGCTTACCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
Found at i:14010 original size:82 final size:77
Alignment explanation
Indices: 13829--14018 Score: 218
Period size: 82 Copynumber: 2.4 Consensus size: 77
13819 TCTTTGCTAA
** * *
13829 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGCCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAG
1 TTTACTTAATTACTTTGAATTAAGTCTGTACTTACCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAG
* *
13894 TCTGTGCTTATC
66 TATGTGATTATC
* *
13906 TTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTACTTACCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAA
1 TTTACTTAA-TTAC-T--TTG-AATTAAGTCTGTACTTACCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAA
*
13971 TTAAGTATGTTGATTGCCATT
61 TTAAGTATG-TGATT---ATC
13992 TTTACTTAATTACTTTGAATTAAGTCT
1 TTTACTTAATTACTTTGAATTAAGTCT
14019 TTTTGATTAC
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 11, Indels: 14
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
77 8 0.09
78 3 0.03
81 12 0.13
82 52 0.56
83 4 0.04
84 1 0.01
85 3 0.03
86 10 0.11
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (77 bp):
TTTACTTAATTACTTTGAATTAAGTCTGTACTTACCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAG
TATGTGATTATC
Found at i:14239 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 14025--14774 Score: 554
Period size: 37 Copynumber: 19.3 Consensus size: 37
14015 GTCTTTTTGA
* * ** *
14025 TTACTTAATTTCCTTTAAAAAAGTCCTTTATCTGCTGTTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC---TT
* * * * *
14065 TTACTTAATTACCATGAATTAAGTTCTTTGACTGTTGTTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAAC---TGCTT
* * * *
14105 TTACTTAATTTCCATGAATTAAATCCTTTGACTAGTGTGT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACT-G-CT-T
* * * *
14145 TTACTTAATTACCATGAATTAAGTTCTTTGACTGCTGTTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC---TT
* *
14185 TTACTTAATTTCTCTGAATTAAGTTCTTTAACTGCTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
*
14222 TAACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
* * *
14259 TTACTTAATTAT-CATGAATTAAGTCCTTTGACTGCAT
1 TTACTTAATT-TCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
* *
14296 TTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCCTTTAAGTGCTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
*
14333 TTACTTAATTTCTCTGAATTAAGTCCTTTCACTACTTTTACTGCTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCC-TT---TA-----ACTGCTT
* *
14379 TTACTTAATTTCCCTGAATTAATTCCTTTTACCGCTTTTGCTACTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCC-TTTA--AC---TG---CTT
* *
14425 TTACTTAATTTCTCTGAATTAAGTCCTTTTACTGCTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
* * *
14462 TTACTTAATTTCCCTAAATTAAGTCGTTTCACTGCTTTTGCTGCT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTT-A--AC---TGCT--T
* * *
14507 TTCACTTAATTTCCCTGAATTAAATCCTTTCACTACTT
1 TT-ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
* * * * *
14545 TTACTTAATTACCATCAATTAAGTCCTTTTACTACTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
* * * *
14582 TTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTCATTGCTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
* * *
14619 TTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCTC
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
** * *
14656 TTACTTAATAGCCCTAAATTAAGTCCTTT-ACTGTTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
* * *
14692 TTACTTAA-TTACCTTAATTAAGTCCTTT-ACTGTTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
* * * * *
14727 TTACTTAATTACCCTTAATTAAGTTCTTTAATTGTTTT
1 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTG-CTT
14765 TTACTTAATT
1 TTACTTAATT
14775 ACCAAATTAA
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 81, Indels: 78
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
35 31 0.05
36 31 0.05
37 277 0.47
38 20 0.03
39 2 0.00
40 125 0.21
41 3 0.01
43 12 0.02
45 6 0.01
46 84 0.14
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (37 bp):
TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCTT
Found at i:14381 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 14328--14549 Score: 255
Period size: 46 Copynumber: 5.0 Consensus size: 46
14318 GTCCTTTAAG
*
14328 TGCTTTTACTTAATTTCTCTGAATTAAGTCCTTTCACTACTTTTAC
1 TGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTCACTACTTTTAC
* * ** *
14374 TGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAATTCCTTTTACCGCTTTTGC
1 TGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTCACTACTTTTAC
* *
14420 TACTTTTACTTAATTTCTCTGAATTAAG-----T--C--CTTTTAC
1 TGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTCACTACTTTTAC
* * * *
14457 TGCTTTTACTTAATTTCCCTAAATTAAGTCGTTTCACTGCTTTTGC
1 TGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTCACTACTTTTAC
* *
14503 TGCTTTCACTTAATTTCCCTGAATTAAATCCTTTCACTACTTTTAC
1 TGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTCACTACTTTTAC
14549 T
1 T
14550 TAATTACCAT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 20, Indels: 18
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
37 31 0.21
39 1 0.01
41 1 0.01
42 1 0.01
44 1 0.01
46 112 0.76
ACGTcount: A:0.21, C:0.23, G:0.07, T:0.49
Consensus pattern (46 bp):
TGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTCACTACTTTTAC
Found at i:14391 original size:83 final size:87
Alignment explanation
Indices: 14284--14466 Score: 230
Period size: 92 Copynumber: 2.1 Consensus size: 87
14274 GAATTAAGTC
* *
14284 CTTTGACTGCATTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCC-TTTA-AG-TG-CTTTTACTTAATTTC
1 CTTTTACTGCATTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACAGTTGACTTTTACTTAATTTC
14345 TCTGAATTAAGTCCTTTCACTA
66 TCTGAATTAAGTCCTTTCACTA
* * *
14367 CTTTTACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAATTCCTTTTACCGCTTTTGCTACTTTTACTTA
1 CTTTTACTGCATTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACAG---TTG--ACTTTTACTTA
* *
14432 ATTTCTCTGAATTAAGTCCTTTTACTG
61 ATTTCTCTGAATTAAGTCCTTTCACTA
14459 CTTTTACT
1 CTTTTACT
14467 TAATTTCCCT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 7, Indels: 9
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
83 34 0.40
84 4 0.05
85 1 0.01
89 2 0.02
92 43 0.51
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.08, T:0.50
Consensus pattern (87 bp):
CTTTTACTGCATTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACAGTTGACTTTTACTTAATTTC
TCTGAATTAAGTCCTTTCACTA
Found at i:14467 original size:83 final size:76
Alignment explanation
Indices: 14367--14790 Score: 282
Period size: 83 Copynumber: 5.5 Consensus size: 76
14357 CCTTTCACTA
* * *
14367 CTTTTACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAATTCCTTTTACCGCTTTTGCTACTTTTACTTA
1 CTTTCACTGCTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTTA--G----TGCTACTTTTACTTA
14432 ATTTCTCTGAATTAAGTC
60 ATTTC-CTGAATTAAGTC
* * * * * * *
14450 CTTTTACTGCTTTTACTTAATTTCCCTAAATTAAGTCGTTTCACTGCTTTTGCTGCTTTCACTTA
1 CTTTCACTGCTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTTA--G----TGCTACTTTTACTTA
*
14515 ATTTCCCTGAATTAAATC
60 ATTT-CCTGAATTAAGTC
* * * *
14533 CTTTCACTACTTTTACTTAATTACCATCAATTAAGTCCTTTTA---CTACTTTTACTTAATTACC
1 CTTTCACTGCTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTTAGTGCTACTTTTACTTAATTTCC
14595 ATGAATTAAGTC
66 -TGAATTAAGTC
* * * * **
14607 CTTTCATTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCT-C--TTACTTAATAGCC
1 CTTTCACTGCTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTTAGTGCTACTTTTACTTAAT-TTC
*
14669 CTAAATTAAGTC
65 CTGAATTAAGTC
* * * * *
14681 CTTT-ACTGTTTTTACTTAATTACC-TTAATTAAGTCC-TTTACTG-T--TTTTACTTAATTACC
1 CTTTCACTGCTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTTAGTGCTACTTTTACTTAATT-TC
* *
14740 CTTAATTAAGTT
65 CTGAATTAAGTC
* * * * *
14752 CTTTAATTGTTTTTTACTTAATTACCA--AATTAAGACCTT
1 CTTTCACTG-CTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTT
14791 GACTATACTT
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 35, Indels: 36
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
70 1 0.00
71 31 0.11
72 23 0.08
73 37 0.13
74 86 0.29
75 2 0.01
76 1 0.00
77 2 0.01
83 109 0.37
84 1 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (76 bp):
CTTTCACTGCTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTTAGTGCTACTTTTACTTAATTTCC
TGAATTAAGTC
Found at i:16450 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 16416--16482 Score: 93
Period size: 25 Copynumber: 2.7 Consensus size: 26
16406 ATGATTTAAA
* *
16416 TTTTGACCCTCTGGATTGCTTTG-AC
1 TTTTTACCCTCTGAATTGCTTTGAAC
*
16441 TTTTTACCCTTTGAATTGCTTTGAAC
1 TTTTTACCCTCTGAATTGCTTTGAAC
16467 -TTTTACCCTCTGAATT
1 TTTTTACCCTCTGAATT
16483 ACTCATTTTG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 2
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
25 35 0.95
26 2 0.05
ACGTcount: A:0.16, C:0.22, G:0.13, T:0.48
Consensus pattern (26 bp):
TTTTTACCCTCTGAATTGCTTTGAAC
Found at i:17680 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 17650--17722 Score: 101
Period size: 27 Copynumber: 2.7 Consensus size: 27
17640 AGGGTCACAT
*
17650 GGGGCATTTTGGTCATTTTCACGTTCA
1 GGGGCATTTTGGTCATTTTCACATTCA
** *
17677 GGGGCATTTTGGTCATTTTTGCATTTA
1 GGGGCATTTTGGTCATTTTCACATTCA
*
17704 GGGGTATTTTGGTCATTTT
1 GGGGCATTTTGGTCATTTT
17723 AAGTTGTACT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 5, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 41 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.12, G:0.27, T:0.47
Consensus pattern (27 bp):
GGGGCATTTTGGTCATTTTCACATTCA
Found at i:19481 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19458--19493 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
19448 TAGCTTGATC
* *
19458 AAAAACAGAAAAGAAAAA
1 AAAAACAAAAAACAAAAA
19476 AAAAACAAAAAACAAAAA
1 AAAAACAAAAAACAAAAA
19494 TTCTAGTTTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.86, C:0.08, G:0.06, T:0.00
Consensus pattern (18 bp):
AAAAACAAAAAACAAAAA
Found at i:20592 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 20541--20611 Score: 74
Period size: 28 Copynumber: 2.6 Consensus size: 27
20531 TTTTTACTCT
*
20541 TTTCTTACTC-GTTTTACTAATTACCC
1 TTTCTTACTCTCTTTTACTAATTACCC
* *
20567 TTTCCTTACTCTCTTTTATTGATTACCAC
1 TTT-CTTACTCTCTTTTACTAATTACC-C
20596 TTT-TTACTCTTCTTTT
1 TTTCTTACTC-TCTTTT
20612 TCTCTTAGAC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 6
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
26 3 0.08
27 13 0.34
28 18 0.47
29 4 0.11
ACGTcount: A:0.15, C:0.25, G:0.03, T:0.56
Consensus pattern (27 bp):
TTTCTTACTCTCTTTTACTAATTACCC
Found at i:20703 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 20673--20753 Score: 85
Period size: 21 Copynumber: 3.9 Consensus size: 21
20663 TCTTTACTGA
*
20673 TTACTCCTTACTAATTACCATT
1 TTACT-CTTACTGATTACCATT
* *
20695 TTGCTCTTACTGATTACTATT
1 TTACTCTTACTGATTACCATT
*
20716 TTACTCTTACTGATTATC-TT
1 TTACTCTTACTGATTACCATT
*
20736 TTACTGATTACT-ATTACC
1 TTACT-CTTACTGATTACC
20754 CGATTACTTT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 8, Indels: 4
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.24
21 34 0.68
22 4 0.08
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (21 bp):
TTACTCTTACTGATTACCATT
Found at i:20805 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 20783--20828 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 3.4 Consensus size: 14
20773 TTTGTCATTT
20783 TTACT-TTTACTGA
1 TTACTCTTTACTGA
**
20796 TTACTCTTTACTTT
1 TTACTCTTTACTGA
*
20810 TTTCTCTTTACTGA
1 TTACTCTTTACTGA
20824 TTACT
1 TTACT
20829 ATTTTACCCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 1
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.19
14 21 0.81
ACGTcount: A:0.17, C:0.20, G:0.04, T:0.59
Consensus pattern (14 bp):
TTACTCTTTACTGA
Found at i:20924 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 20863--20932 Score: 97
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 32
20853 CTATTTTCAT
20863 TCTTTGAATTTAATCACCATTTGTCATTTTAC
1 TCTTTGAATTTAATCACCATTTGTCATTTTAC
* *
20895 TCTTTGGATTTAATTACCATTT-TACCATTTTAC
1 TCTTTGAATTTAATCACCATTTGT--CATTTTAC
20928 TCTTT
1 TCTTT
20933 ACTGATTACT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 3
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.03
32 20 0.59
33 13 0.38
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.06, T:0.53
Consensus pattern (32 bp):
TCTTTGAATTTAATCACCATTTGTCATTTTAC
Found at i:21047 original size:43 final size:40
Alignment explanation
Indices: 20976--21086 Score: 168
Period size: 43 Copynumber: 2.7 Consensus size: 40
20966 CTTTATCGAC
*
20976 TTACTGATTACTTCTTTTACTTTTACTCTTAATTACCATT
1 TTACTGATTACTTCTTTTACTTTCACTCTTAATTACCATT
*
21016 TTACTGATTACTTCCTTTTTTACTTTCACTCTTGATTACCATT
1 TTACTGATTACTT-C--TTTTACTTTCACTCTTAATTACCATT
*
21059 TTACCGATTACTTCTTTTACTTTCACTC
1 TTACTGATTACTTCTTTTACTTTCACTC
21087 CATCTTACTG
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 3, Indels: 6
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
40 27 0.42
41 1 0.02
42 1 0.02
43 36 0.55
ACGTcount: A:0.20, C:0.23, G:0.04, T:0.53
Consensus pattern (40 bp):
TTACTGATTACTTCTTTTACTTTCACTCTTAATTACCATT
Found at i:21189 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 21168--21231 Score: 69
Period size: 16 Copynumber: 4.1 Consensus size: 16
21158 TGATCTTTCA
21168 CTTTTACTGATTACTT
1 CTTTTACTGATTACTT
* * *
21184 CTTTTACT-TTTGC-C
1 CTTTTACTGATTACTT
*
21198 CTATTACTGATTACTT
1 CTTTTACTGATTACTT
*
21214 CCTTTACTGATTACTT
1 CTTTTACTGATTACTT
21230 CT
1 CT
21232 CTTGGTTACC
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 10, Indels: 4
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.19
15 6 0.17
16 23 0.64
ACGTcount: A:0.17, C:0.23, G:0.06, T:0.53
Consensus pattern (16 bp):
CTTTTACTGATTACTT
Found at i:21270 original size:110 final size:111
Alignment explanation
Indices: 21057--21274 Score: 273
Period size: 110 Copynumber: 2.0 Consensus size: 111
21047 TTGATTACCA
* *
21057 TTTTACCGATTACTTCTTTTACTTTCACTCCATCTTACTGATTACTTCTTCTACGGGTTACTTCT
1 TTTTACCGATTACTTCTTTTACTTTCACTCCATATTACTGATTACTTCTTCTACGGATTACTTCT
* *
21122 CTTGATCACCATTTTTCTGATTGCTTCCTTTACTTTTGATCTTTCAC
66 CTTGATCACCATCTTTCTGATTACTTCCTTTACTTTTGA-CTTTCAC
* ** *
21169 TTTTACTGATTACTTCTTTTACTTTTGC-CC-TATTACTGATTACTTCCTT-TACTGATTACTTC
1 TTTTACCGATTACTTCTTTTACTTTCACTCCATATTACTGATTACTT-CTTCTACGGATTACTTC
* * **
21231 TCTTGGTTACCATCTTTCTGATTACTTTGTTTTAC-TTTGACTTT
65 TCTTGATCACCATCTTTCTGATTAC-TTCCTTTACTTTTGACTTT
21275 TAAATTACTG
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 12, Indels: 7
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
109 4 0.04
110 51 0.55
111 12 0.13
112 25 0.27
ACGTcount: A:0.16, C:0.23, G:0.08, T:0.52
Consensus pattern (111 bp):
TTTTACCGATTACTTCTTTTACTTTCACTCCATATTACTGATTACTTCTTCTACGGATTACTTCT
CTTGATCACCATCTTTCTGATTACTTCCTTTACTTTTGACTTTCAC
Found at i:24440 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 24399--24445 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
24389 TATGTAATTC
*
24399 TTGTATTACTATTGCTATATTTT
1 TTGTATTACTATTGCTATACTTT
* **
24422 TTGTATTATTATTTTTATACTTT
1 TTGTATTACTATTGCTATACTTT
24445 T
1 T
24446 ATTTAAATCA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 20 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.06, G:0.06, T:0.66
Consensus pattern (23 bp):
TTGTATTACTATTGCTATACTTT
Done.