Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015281.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15302, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7310
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.16, T:0.35
Found at i:206 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 165--206 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
155 ATTTATATAT
* *
165 AAAGATTGATTTTTTTTAAGTA
1 AAAGATTGATATTTTTAAAGTA
187 AAAGATTGA-ATTTTTAAAGT
1 AAAGATTGATATTTTTAAAGT
207 GATTTGTAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.50
22 9 0.50
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.14, T:0.45
Consensus pattern (22 bp):
AAAGATTGATATTTTTAAAGTA
Found at i:370 original size:51 final size:50
Alignment explanation
Indices: 135--420 Score: 197
Period size: 51 Copynumber: 5.7 Consensus size: 50
125 AATATGGTAC
* * * * * * * *
135 AAAGTTTAAGCTTTTAAGTAATTTATATATAAAGATTGATTTTTTTTAAGTA
1 AAAGATTAATCTTTAAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGA--ATTTTTAATTG
* * * *
187 AAAGATTGAATTTTTAAAGTGATTTGTAAATAAA-AGTGGGATTTTTAATT-
1 AAAGATT-AATCTTTAAAGTAATTTGTAAATAAAGA-TTGAATTTTTAATTG
* * * *
237 AGAAGATGACTCTTTCAAGTAATTTGTAAATAGAGA-TGAATTTTTAATTG
1 A-AAGATTAATCTTTAAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATTG
* * * *
287 AAAGATTAAGCTTTTAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAGTTTTTAGTTGG
1 AAAGATTAATCTTTAAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATT-G
* * * * *
338 AAA-ATTAAATCTTTAAAGTATTTTGTGAATAAAGATTAAATCTTTTAAGTA
1 AAAGATT-AATCTTTAAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAAT-TTTTAATTG
* * *
389 AAAGATGAATTCTTTGAA-TAATATG-AAATAAA
1 AAAGATTAA-TCTTTAAAGTAATTTGTAAATAAA
421 AATGAAATCT
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 40, Indels: 24
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
49 40 0.22
50 43 0.23
51 56 0.31
52 22 0.12
53 22 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (50 bp):
AAAGATTAATCTTTAAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATTG
Found at i:954 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 915--1479 Score: 540
Period size: 35 Copynumber: 16.7 Consensus size: 34
905 AGTAATAAGA
*
915 AACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTGAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AAT
* *
950 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATC---AAC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * *
981 AATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA-AT
*
1015 AACTTAGTTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * *
1045 CAACTTAATTCAGGGTAATTAGGTAATTCAGTGATT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AAT
* *
1081 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAGC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-T
* *
1116 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-CCAG-CAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
1148 CAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
1183 CAACTTAATTCAGGGCAATTAAGT-GGTTCAGTAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGTAAT
* *
1218 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAATAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * *
1253 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAATGAGTCAG---C
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * *
1285 AACTTAATTGAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA-AT
* *
1319 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCGGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
1353 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAA-TCAGTAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTAAT
* *
1388 CAACTTTAATTCGGGGTAATTAAG-AGAGTC-G-AGT
1 -AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTA-AGTCAGTAAT
* *
1422 AAGTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAATAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGTAA-T
1457 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1480 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 58, Indels: 64
0.78 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
30 7 0.02
31 72 0.16
32 21 0.05
33 29 0.07
34 52 0.12
35 236 0.54
36 23 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (34 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
Found at i:1168 original size:103 final size:103
Alignment explanation
Indices: 910--1479 Score: 577
Period size: 103 Copynumber: 5.6 Consensus size: 103
900 GAATCAGTAA
* * *
910 TAAGAAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTGAAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 TAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-CCAGT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * *
974 A--A-TCAA-CAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AA
64 ATCAGT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
* * * *
1010 TAGGTAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGT---CAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAGGTAAT
1 TAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-
* *
1072 TCAGTGATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
65 TCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
* *
1111 TAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACCAG-CATCAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAT
1 TAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-
*
1175 TCAGTAATCAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTG-GTTCAG
65 TCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TCAG
* * *
1214 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATT-A--AA
1 TAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-CCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA
* * * * * *
1276 TGAGTCAGCAACTTAATTGAGGGTAATTAAGTAAGT-AA
65 TCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
* * ** *
1314 TAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCGGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGA
1 TAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AACCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-A
* *
1379 ATCAGTAATCAACTTTAATTCGGGGTAATTAAGAGAGTCGAG
64 ATCAGTAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC-AG
** *
1421 TAAG----TTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAATAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 TAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA-ACCAGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1480 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 49, Indels: 45
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
95 3 0.01
96 28 0.07
99 2 0.01
100 102 0.26
101 56 0.14
102 5 0.01
103 138 0.35
104 18 0.05
105 41 0.10
107 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (103 bp):
TAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAT
CAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
Found at i:1346 original size:238 final size:238
Alignment explanation
Indices: 915--1479 Score: 713
Period size: 238 Copynumber: 2.4 Consensus size: 238
905 AGTAATAAGA
* **
915 AACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTGAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATC--
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAT
* * * *
978 AA-CAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGGTAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTCAGT
65 AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGATAACTTAATTCAGGGTAATTAAATCAGT
* * * * *
1042 AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAGGTAATTCAGTGATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG
130 AAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG
*
1107 TCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AACCAG-CATC
195 TCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAACCAGTAATC
* * * *
1149 AACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTGGTTCAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCA-
* *
1214 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAATA-ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAATG
64 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAATC
* *
1278 AGTCAGCAACTTAATTGAGGGTAATTAAGTAAGT-AAT-AGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
127 AGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATGA-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
1341 TGAGTCGGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAATCAGTAATC
191 TGAGTCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAACCAGTAATC
* * *
1389 AACTTTAATTCGGGGTAATTAAG-AGAGTC-G-AGTAAGTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCA
1 AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTA-AGTCAGTAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTC-
1451 ATAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
63 ATAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1480 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 31, Indels: 24
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
233 3 0.01
234 52 0.18
237 3 0.01
238 137 0.48
239 63 0.22
240 8 0.03
241 20 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (238 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCATA
ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGATAACTTAATTCAGGGTAATTAAATCAGTA
AGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
CAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAACCAGTAATC
Found at i:1431 original size:273 final size:267
Alignment explanation
Indices: 908--1479 Score: 701
Period size: 273 Copynumber: 2.1 Consensus size: 267
898 GTGAATCAGT
*
908 AATAAGAAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTGAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AATAAGTAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTGAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
* * * * *
973 AAATCAACAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGGTAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGT
66 AAATCAACAACTTAATTCAGGGTAATTAAATAAGT-ACAGGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
* * * * *
1038 CAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAGGTAATTCAGTGATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
130 AAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
1103 TGAGTCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACCAGCATCAACTTAATTCAAGGTAATT
195 TGAATCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACCAG-ATCAACTTAATTCAAGGTAATT
1168 AAGTAATTC
259 AAGTAATTC
* *
1177 AGTAA-TCAACTTAATTCAGGGCAATTAAGT-GGTTCAGT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTA
1 AATAAGT-AACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAG-TCAGTGAAT-AACTTAATTCAGGGTAATTA
* * *
1239 AGTAATTCAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAATGAGT-CA-GCAACTTAATTGAGGGTAA
63 AGTAAATC---AA-CAACTTAATTCAGGGTAATTAAATAAGTACAGGCAACTTAATTCAGGGTAA
* * *
1302 TTAAGTAAGTAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCGGTAATCAACTTAATTCAGG
124 TTAAGTAAGTAAT---CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGG
* * * *
1367 GTAATTAAGTGAATCAGTAATCAACTTTAATTCGGGGTAATTAAG-AGAGTC-GAGT-AAGTTAA
186 GTAATTAAGTGAATCAGTAAGCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTA-A-CCAGA-TCAACTTAA
* *
1429 TTCAGGGTAATTAAGTAGTTC
247 TTCAAGGTAATTAAGTAATTC
*
1450 AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AATAAGTAACTTAATTCAGGGCAATTAAGT
1480 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 28, Indels: 26
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
268 4 0.02
269 59 0.23
270 28 0.11
271 1 0.00
272 2 0.01
273 143 0.55
274 22 0.08
275 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (267 bp):
AATAAGTAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTGAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
AAATCAACAACTTAATTCAGGGTAATTAAATAAGTACAGGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
GAATCAGTAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACCAGATCAACTTAATTCAAGGTAATTAA
GTAATTC
Found at i:3147 original size:167 final size:166
Alignment explanation
Indices: 2764--3215 Score: 546
Period size: 166 Copynumber: 2.7 Consensus size: 166
2754 GTCATTTATC
* *
2764 AATTGATAAATGACCAAAAAGTTTAGTTATTTAATCCCCTCAAGAATCAAAAGTTAGAATATTTA
1 AATTGAGAAATGACCAAAAAGTTTAGTTATTTAATCCCCTCAAGAATCAAAAGTTAGGATATTTA
** * ** ** *
2829 AGTAATCTACCAAGTAGGTAAAGACGAAAAAGCTTAGTTCTCTAATTCATCATCAACCCTTGATG
66 AGTAATCTGTCAAGTAGGAAAAGACGAAAAAAATTAGTTCTCTAATTCAAAAGCAACCCTTGATG
* * * *
2894 GAGATCTTTTATTAATTTCACTACTCTATTCAAGTC
131 GAGATCTTTTAGTAATTCCACTACTCTATTAAAGTA
* * * *
2930 CATTGAGAAATGACCAAAAAGATTACTTATTTAATCCCATCAAGAATCAAAAGTTAGGATATTTA
1 AATTGAGAAATGACCAAAAAGTTTAGTTATTTAATCCCCTCAAGAATCAAAAGTTAGGATATTTA
* * * *
2995 AGTAATCTGTCAAGTTGGAAAAGACGAAAAAAATAAGTTCTCTAATTCCAAAAGCAAGCCTTGGT
66 AGTAATCTGTCAAGTAGGAAAAGACGAAAAAAATTAGTTCTCTAATT-CAAAAGCAACCCTTGAT
*
3060 AGG-GATCTTTTAGTAATTCCAGTACTCTATTAAAGTA
130 -GGAGATCTTTTAGTAATTCCACTACTCTATTAAAGTA
*
3097 AATTGAGAAATGACCAAAAAGTTTAGTTATTTAACCCCCTCAAGAATCAAAAGTTATTAAGACAT
1 AATTGAGAAATGACCAAAAAGTTTAGTTATTTAATCCCCTCAAGAATC---A---A--AAG---T
* *
3162 TAGGATATTTAAGTAATCTGTCAGGTGGGAAAAGACGAAAAAAATTAGTTCTCT
55 TAGGATATTTAAGTAATCTGTCAAGTAGGAAAAGACGAAAAAAATTAGTTCTCT
3216 CGCTCCTCGT
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 31, Indels: 14
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 99 0.41
167 84 0.35
168 2 0.01
170 1 0.00
173 1 0.00
175 3 0.01
178 52 0.21
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (166 bp):
AATTGAGAAATGACCAAAAAGTTTAGTTATTTAATCCCCTCAAGAATCAAAAGTTAGGATATTTA
AGTAATCTGTCAAGTAGGAAAAGACGAAAAAAATTAGTTCTCTAATTCAAAAGCAACCCTTGATG
GAGATCTTTTAGTAATTCCACTACTCTATTAAAGTA
Found at i:3665 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3632--3666 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
3622 ATTTTTAAGA
3632 ATTAATTTACATGAAT
1 ATTAATTTACATGAAT
*
3648 ATTAATTTA-ATTAAT
1 ATTAATTTACATGAAT
3663 ATTA
1 ATTA
3667 TTTTTATTCA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.50
16 9 0.50
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.03, T:0.49
Consensus pattern (16 bp):
ATTAATTTACATGAAT
Found at i:4961 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 4909--4966 Score: 73
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 24
4899 CTAATTAGAT
4909 TTGATTTAATTTTGATTTGAAGAA
1 TTGATTTAATTTTGATTTGAAGAA
* **
4933 ATGATTTAATTTTGATATTG-ATTA
1 TTGATTTAATTTTGAT-TTGAAGAA
4957 TTGATTTAAT
1 TTGATTTAAT
4967 AACTAATTTG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 2
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
24 26 0.90
25 3 0.10
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.14, T:0.53
Consensus pattern (24 bp):
TTGATTTAATTTTGATTTGAAGAA
Found at i:5247 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 5218--5274 Score: 80
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
5208 ATTTCTACAT
*
5218 AAATTTAGTAAC-CTCACATTCTTAGA
1 AAATTTAGAAACACT-ACATTCTTA-A
5244 AAATTTAGAAACACTACATTCTTAA
1 AAATTTAGAAACACTACATTCTTAA
5269 AAATTT
1 AAATTT
5275 CAGGTTTCTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
25 7 0.24
26 20 0.69
27 2 0.07
ACGTcount: A:0.44, C:0.16, G:0.05, T:0.35
Consensus pattern (25 bp):
AAATTTAGAAACACTACATTCTTAA
Found at i:5707 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 5699--5730 Score: 55
Period size: 5 Copynumber: 6.4 Consensus size: 5
5689 CACTAAACAA
*
5699 AAAAA AAAAG AAAAG AAAAG AAAAG AAAAG AA
1 AAAAG AAAAG AAAAG AAAAG AAAAG AAAAG AA
5731 CAAAGTTGTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 26 1.00
ACGTcount: A:0.84, C:0.00, G:0.16, T:0.00
Consensus pattern (5 bp):
AAAAG
Found at i:6704 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 6686--6710 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
6676 TAACAATTAA
6686 TAATTGATTTTAC
1 TAATTGATTTTAC
6699 TAATTGATTTTA
1 TAATTGATTTTA
6711 ATTGATCAAA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.08, T:0.56
Consensus pattern (13 bp):
TAATTGATTTTAC
Found at i:6776 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 6740--6798 Score: 91
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
6730 ATTAATTAAT
*
6740 CAATCAATCTAAACTAATTAATATATTTCC
1 CAATCAACCTAAACTAATTAATATATTTCC
* *
6770 CAATCAACCTAAAGTAATTAATTTATTTC
1 CAATCAACCTAAACTAATTAATATATTTC
6799 TTTTTATCCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 26 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.19, G:0.02, T:0.37
Consensus pattern (30 bp):
CAATCAACCTAAACTAATTAATATATTTCC
Done.