Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01015358.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig15379, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3468
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.15, T:0.33
Found at i:1914 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1875--2397 Score: 464
Period size: 35 Copynumber: 14.8 Consensus size: 35
1865 TTCTTACCAA
* *
1875 ACTTAGTTACCCTGAATTAAGTTACTTACTAACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGACTC
* * *
1910 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCAATTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGACTC
* *
1945 ACTTAATTACCCTTAATTAAGTTGAC-CATCTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTA-CTGACTC
*
1981 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAC---CT-ACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGACTC
* * *
2012 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTGA-TTACTAAAC-G
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTACT-GACTC
* * * * *
2047 GCTTAATTACCCTGAATTAAATTAGC-AACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-CTTACTGACTC
* * * *
2082 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTAATTATTGACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGACTC
* ** * *
2117 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACAAAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGACTC
*
2152 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTATTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTACTGACTC
2187 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGAACT-
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTACTG-ACTC
* * *
2222 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGACTTAATAACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-T--T-ACTTACTGACTC
*
2261 ACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTTA-TTCACTGAC-C
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTACTT-ACTGACTC
*
2296 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTACTGACTT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAC---TTACTGACTC
*
2335 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTCGCTGAC-C
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTT-ACTGACTC
*
2369 TACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTACTTA
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTA
2398 TTACTGATTC
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 50, Indels: 58
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
31 25 0.06
32 3 0.01
34 6 0.01
35 247 0.60
36 63 0.15
37 1 0.00
38 36 0.09
39 28 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGACTC
Found at i:2031 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1983--2031 Score: 62
Period size: 14 Copynumber: 3.3 Consensus size: 14
1973 TCTGACTCAC
1983 TTAATTACCCTGAA
1 TTAATTACCCTGAA
*
1997 TTAAGTTACCTACTGAC
1 TTAA-TTACC--CTGAA
2014 TTAATTACCCTGAA
1 TTAATTACCCTGAA
2028 TTAA
1 TTAA
2032 ATTGATTACT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 6
0.79 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
14 12 0.40
15 5 0.17
16 5 0.17
17 8 0.27
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (14 bp):
TTAATTACCCTGAA
Found at i:2145 original size:105 final size:106
Alignment explanation
Indices: 1875--2393 Score: 535
Period size: 105 Copynumber: 4.9 Consensus size: 106
1865 TTCTTACCAA
* * * * *
1875 ACTTAGTTACCCTGAATTAAGTTACTTACTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTCAATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
* * * *
1940 -GACTTACTTAATTACCCTTAATTAAGTTGACCATCTGACTC
66 AAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-AGCAACTGACTC
* * *
1981 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-A--CCT-ACTGACTTAATTACCCTGAATTAAATTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
** * * *
2042 AAAC-GGCTTAATTACCCTGAATTAAATTAGCAACTGAATT
66 AAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAGCAACTGACTC
* *
2082 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTAATTATTGACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTAC-
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
* *
2146 AAAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-G-ATTATTGACTC
66 AAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAGCA--ACTGACTC
* * *
2187 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTG-ACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTAC
* *
2251 TTAATAACTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTTATTC-ACTGAC-C
65 -T-A-AACTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTA-GCAACTGACTC
*
2296 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-AT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA---ATTACTGACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAAT
* * * *
2360 TCGCT-GACCTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTA
62 T-ACTAAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA
2394 CTTATTACTG
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 43, Indels: 44
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
101 30 0.09
102 51 0.15
103 5 0.01
104 5 0.01
105 112 0.32
106 25 0.07
108 4 0.01
109 49 0.14
110 30 0.09
112 5 0.01
113 31 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (106 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
AAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAGCAACTGACTC
Done.